The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
69
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sequence length |
213
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structure length |
213
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Chain Sequence |
WRGEVVHLSWSPRAFLLKNFLSDEECDYIVEKARPKMVKSSVVDNESGKSVDSEIRTSTGTWFAKGEDSVISKIEKRVAQVTMIPLENHEGLQVLHYHDGQKYEPHYDYFHDPVNAGPEHGGQRVVTMLMYLTTVEEGGETVLPNAEQKVTGDGWSECAKRGLAVKPIKGDALMFYSLKPDGSNDPASLHGSCPTLKGDKWSATKWIHVAPIG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Crystal Structure of an Algal Prolyl 4-Hydroxylase Complexed with a Proline-rich Peptide Reveals a Novel Buried Tripeptide Binding Motif
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Predicted protein
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Chlamydomonas reinhardtii
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| total genus |
69
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| structure length |
213
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| sequence length |
213
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-04-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13640 | 2OG-FeII_Oxy_3 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | q2cbj1_9rhob like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y5S A; 5IAX A; 4J25 A; 3OUJ A; 3KT1 A; 5DAQ A; 2FCT A; 3W21 A; 4XCB A; 3OBZ A; 3DKQ A; 5HV0 A; 2HBT A; 5LBF A; 2OPW A; 5C5T A; 3OUH A; 3GJA A; 3GJB A; 3BVC A; 5IAT A; 3NNM A; 4ZPI A; 2HBU A; 5HV4 A; 2JIG A; 4NHY A; 4NAO A; 4IW3 A; 2Y34 A; 3HQU A; 3W20 A; 5L9R A; 5LAT A; 5LBC A; 5A3U A; 4BQW A; 4XAC A; 2RG4 A; 5DAX A; 5LBE A; 4Q5O A; 5LA9 A; 4BQY A; 4NHM A; 4XAB A; 3NNL A; 4Y5T A; 4XC9 A; 2JIJ A; 5DAV A; 3EMR A; 4XCA A; 4NHL A; 3GZE A; 4NMI A; 5LAS A; 4KBZ A; 5EQU A; 4ZON A; 2G19 A; 5DAW A; 5L9V A; 5LB6 A; 2FCU A; 4NHK A; 5DAP A; 4XAA A; 4NHX A; 5C5U A; 2RDS A; 2A1X A; 3KT7 A; 5IAV A; 3PL0 A; 5ERL A; 5LBB A; 2RDQ A; 4UWD A; 2FCV A; 4MHU A; 2G1M A; 4MHR A; 5EP9 A; 4JZR A; 2RDN A; 3NNJ A; 3MGU A; 2Y33 A; 3NNF A; 3OUI A; 4BQX A; 5L9B A; 3KT4 A; 3HQR A; 2RDR A; 3ITQ A; 2V4A A; 5EPA A; 5M0T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HNM A; 1VAL A; 4P5H A; 1AUY A; 4HK8 A; 1GOF A; 2BZD A; 3WDW A; 1BK0 A; 3AYE A; 5FZM A; 2BNN A; 5IVE A; 4G9S B; 3BTY A; 1GSL A; 1MVE A; 4LKD A; 1A8M A; 4EN7 B; 5D8A A; 5DG2 A; 3RZZ A; 3QD6 A; 1VRB A; 3RI9 A; 3OGJ A; 1W8N A; 5CFD C; 1PGL 1; 1UY4 A; 3OGR A; 3CKH A; 4OUM A; 3VGI A; 2DTY A; 5BNP B; 3H3U A; 5DUU A; 5HCB A; 2HWE 1; 2VTX J; 2RM2 2; 3KCY A; 5I93 A; 4XF1 A; 5FPB A; 3ZO0 B; 4FTB A; 1ZBE 3; 1XQN A; 1QNW A; 2W1W A; 3AJZ A; 2K2S A; 5FZO A; 4IW3 A; 4Y1Z A; 3CJX A; 4QPG B; 2WS9 1; 1UU4 A; 2XBO 3; 2IFW A; 1S2B A; 2XHN A; 4Q4V 2; 1QXR A; 2BBA A; 3FJS A; 1ZRR A; 1ODM A; 3LSD A; 5E88 A; 3WVJ A; 1FPN 3; 1WW7 A; 2GC1 A; 3FHQ A; 3PUH A; 4XZU G; 5FLJ A; 2OXB A; 4FXK B; 4HVQ A; 4K40 A; 2FDI A; 1AR7 2; 2VW0 A; 4NHM A; 4IV3 A; 4TSV A; 2VU9 A; 4LNV A; 1JZ8 A; 3N7M A; 3WQ7 A; 4EJR A; 4Y1V A; 4ZXE A; 3RWK X; 5ACA 1; 1PO2 3; 4XMA A; 1BBT 1; 5F3G A; 3KVA A; 4M3C B; 1VR3 A; 1RTV A; 4XXA A; 1TMF 3; 2PYT A; 3E5U A; 1DU3 D; 2GH8 A; 2VZQ A; 4AG4 A; 4QKF A; 3NJV A; 2ZML A; 4AK3 A; 2OPK A; 2UU8 A; 4IEW A; 5LAS A; 1LOF C; 2IVJ A; 1ZBE 1; 1Q56 A; 5FZ9 A; 3SNM A; 3AZV A; 2A75 A; 2GC2 A; 4K21 A; 3QH6 A; 2WA3 A; 2X8K A; 4WVM B; 4XIL A; 5C4W C; 1ZZ8 A; 4MVT A; 3ZXJ A; 5J3U A; 4XQW A; 4DNY A; 4UYB A; 3TEW A; 2PHR A; 4D6R A; 2ET7 A; 2VNV A; 5JI9 A; 1Q8O A; 2XUM A; 2BW8 A; 5FZ4 A; 3MLJ A; 1KEX A; 2I2S A; 4NHX A; 1V6N A; 5C5U A; 4AZZ A; 1DLC A; 4E4Z A; 2E51 A; 3QAC A; 1S0B A; 4XOG A; 5T54 A; 1LOG A; 4K3U A; 4SBV A; 2CWM A; 3ZMN A; 1K42 A; 1R09 1; 3VDA A; 3WW3 A; 2VZ3 A; 2XJU A; 2VZU A; 4TXW A; 4XTM A; 2A6Z A; 1A8D A; 1VBE 2; 2DVF A; 4CRQ A; 3WHT A; 3HOB A; 3WSO A; 5GLW A; 3R0R A; 1W90 A; 3FFQ A; 1VMH A; 3JQW A; 2A3W A; 4QQL A; 3PU3 A; 3O1P A; 4KQ7 A; 4LO7 A; 3SEE A; 1T6B X; 2ZKL A; 4LE4 A; 3WNP A; 1NCR B; 4M3C F; 3ACI A; 2DV9 A; 2YU2 A; 2Y6H A; 3NQH A; 5K0U C; 4GB3 2; 4YPJ A; 5FPU A; 4D69 A; 2BER A; 4IE6 A; 2ZGK A; 5CB7 A; 3VZM A; 5HI0 A; 1GQH A; 1QJU 2; 4JKL A; 3NO8 A; 1DGW A; 1REE A; 3PHM A; 4A45 A; 5DXD A; 4LBO A; 2PFW A; 1GV9 A; 1UZZ A; 1DBN A; 2ZEZ A; 3C2U A; 2NP0 A; 2P1B A; 1QJF A; 2DVG A; 1ST8 A; 3T0B A; 5FY9 A; 2VQ0 A; 3MF9 A; 1RL3 A; 2PAM A; 4QQO A; 1OF4 A; 1ND3 B; 5FP7 A; 4B7E A; 3UK9 A; 5LA0 A; 4K7J A; 1DGR A; 2R04 3; 4LBJ A; 2WWJ A; 5LRR A; 2XJR A; 4CUC A; 1W3X A; 3D5O A; 3PLQ A; 2BWC A; 4ATF A; 1H8T A; 1HB1 A; 3LD8 A; 1HN1 A; 5T3N A; 5D21 A; 5A1A A; 1U5I A; 3T0D A; 4CCO A; 1ZZB A; 3AYC A; 3FBY A; 4PDW C; 2YDE A; 2NN8 A; 3C8X A; 2WT2 A; 4YGE A; 5DDJ 3; 2ATF A; 2OX0 A; 5BNO B; 2ENR A; 3AXE A; 3RFR A; 1FMD 1; 4LBQ A; 3FLR A; 3N7J A; 1DZR A; 1Q8P A; 4KWL A; 1XYP A; 2WFF 1; 3T09 A; 2ZOE B; 1LKN A; 3KCX A; 5FY5 A; 5J36 A; 3GBG A; 4AFA A; 4CDU A; 4R4Z A; 1SBF A; 4NPR A; 4JRL A; 1VBC 1; 1AR8 1; 1V6I A; 3OD0 A; 5FPZ A; 2HBU A; 2JIG A; 3IWZ A; 1RUE 3; 4UW3 A; 4BIS A; 2B9U A; 2GND A; 4QKD A; 3VBF A; 2WKK A; 2RJK A; 5GLV A; 1SPP A; 2QZ3 A; 5A3U A; 1W8T A; 1ACC A; 4ISQ A; 1MS3 A; 4PI0 A; 2J1A A; 4YVW C; 3OBT A; 3THP A; 4Q4X 2; 3ZFG B; 5AC9 3; 2JG9 A; 2Y6J A; 1RUD 2; 3AK0 A; 1SLA A; 4IE7 A; 4Y22 B; 1PIV 3; 3MW4 A; 4UF0 A; 3LPF A; 4CCK A; 1NLS A; 4IDZ A; 3U4S A; 2X53 S; 4AED B; 2H6C A; 4XCA A; 5KHG A; 2BDR A; 4RHV 1; 4LBM A; 1W2O A; 1DF0 A; 1VB2 A; 3IDB B; 1EP0 A; 3OGS A; 1L7Q A; 1PO1 2; 1BHG A; 3JQX A; 1GYK A; 1IKP A; 4H7L A; 1PVX A; 1JU3 A; 4DFS A; 3V65 A; 4GXL A; 1QQP 1; 4YSF A; 2JG8 B; 1VAV A; 1F8V A; 1KXG A; 1OLM A; 3MPB A; 2CGP A; 1FV3 A; 2GZW A; 5DUV A; 1LED A; 1W6M B; 3VDD A; 2VQA A; 4IEO A; 1V9U 2; 3CQO A; 3TB0 A; 4S2H A; 1W8W A; 1H1M A; 4HG6 B; 5FO7 B; 4XFI A; 1NCQ B; 1XJA A; 4CTE A; 2ZA9 A; 5JIA A; 4Q2F A; 3RRD A; 3WF4 A; 3H8X A; 2ARE A; 5GM0 A; 5DAB A; 3PUA A; 4JGY C; 3MV1 1; 3JD7 2; 4R52 A; 4NWW A; 3WT3 A; 1TME 2; 1W9Y A; 4JDM A; 3AKT A; 4YZ3 A; 4EN0 A; 4AFB A; 1RGS A; 4LT5 A; 4FP2 A; 3ZFF C; 1EV1 1; 3GDB A; 1UMI A; 1JMU B; 5FZK A; 3GCX A; 2DF7 A; 1W6O A; 5GZD A; 3NAP B; 1KFX L; 1O7F A; 2ZGT A; 2X10 A; 3EBR A; 4MHU A; 1WMD A; 2IXC A; 5CKM A; 2K0G A; 2W39 A; 3OBR A; 3CJI A; 4LUK A; 3ZN6 B; 4YW3 A; 1W28 A; 4HPK B; 1NAE A; 1LAJ A; 3MYX A; 1G86 A; 3AYA A; 1YC6 1; 4CDX B; 2WO2 A; 5A3T A; 1Z0H A; 1US3 A; 1ZRF A; 2IWG B; 3OD4 A; 3OGV A; 5FYU A; 2ZX3 A; 5A3L A; 1NXM A; 5A70 A; 2BFU L; 4UFJ A; 2V09 A; 3VL8 A; 3BB6 A; 1AR6 2; 2WII B; 4L8Q A; 2FD8 A; 4BQX A; 5I8S A; 2VAU A; 1FNZ A; 4OLL A; 5APA A; 1COV 3; 1UU5 A; 2V5Y A; 2R49 A; 4XYX A; 5KHI A; 2VVD A; 1S0D A; 1K5M A; 4Y4Y A; 2D5F A; 4OHW A; 1R08 2; 4WV8 A; 5I0D A; 3I2F A; 3SCF A; 3Q8F A; 4KI5 M; 4QKB A; 2ZGR A; 4COU A; 3KT1 A; 5J7M A; 3A0K A; 1H30 A; 2BOI A; 3SKJ E; 1TNR A; 1ULF A; 4PLN A; 1GFF 2; 1LJ7 A; 3TEX A; 3HNY M; 3J9S A; 4PT6 A; 1YIF A; 1IG0 A; 4BLI A; 4QDQ A; 5D2A A; 2GAL A; 4WM7 A; 4P14 A; 2W52 A; 3RZM A; 2RHP A; 1W6Q B; 1DYO A; 1GNZ A; 2W9X A; 2JX9 A; 2RMU 1; 4GMP 0; 2DYC A; 4CDQ C; 3TYJ A; 3ZYI B; 1VAM A; 2Q30 A; 4N8M A; 1S0E A; 1TG7 A; 3USU B; 4DB5 A; 4QB2 A; 2W1S A; 1S0I A; 2NLR A; 4XMI A; 1CJD A; 1PK6 C; 1Y7B A; 1COV 1; 2W91 A; 2C26 A; 5KC6 A; 5F8P A; 3AKP A; 3FX3 A; 2Y0O A; 5F3I A; 2QQW A; 2JDP A; 5D8A C; 3VBS A; 3WD5 A; 5KHJ A; 2C24 A; 2DFC A; 2E63 A; 2TBV A; 2Y34 A; 2VD7 A; 1LB2 A; 1RUO A; 1MZF A; 2ARB A; 4LO6 B; 4NPM A; 5FYH A; 2WRA A; 2Z2S B; 5F6L B; 2P34 A; 1MEC 1; 4IGQ A; 4Q4W 3; 4Q4Y 3; 2Y6F A; 4BHP A; 4QU1 A; 4DUX A; 3AZY A; 1QOT A; 2JD9 A; 2R32 A; 3HVD A; 1O5L A; 1OPO A; 4QWN A; 4QMA A; 5IFT A; 1POV 0; 2J1V A; 2OZJ A; 2ARC A; 1J83 A; 2VR4 A; 4GIQ A; 1AXK A; 4LO8 A; 3ZXL A; 5F7U A; 2H0B A; 1LGB A; 2P2K A; 2EIG A; 1UY3 A; 1RHI 1; 5C3P A; 1R1A 3; 3SC7 X; 4XFF A; 2HWD 2; 4MZU A; 3RG0 A; 3OGG A; 4XJA A; 4Y20 B; 1CPN A; 4HON A; 3H8R A; 1EAH 2; 1PVC 3; 2MPF A; 4JCK A; 1YQC A; 1AYN 2; 2DU1 A; 4IE5 A; 4IET A; 3H50 A; 2FBE A; 4FO9 A; 1LEN A; 3K75 B; 1K45 A; 3PMS A; 4GD4 A; 4FOV A; 1OLR A; 4CEY A; 5CG9 A; 3MIF A; 4QX0 A; 4PBP A; 3O0V A; 1XNT A; 2ZHL A; 3MIB A; 2ZS6 B; 3ZXF A; 2QQN A; 2V72 A; 4TYS A; 4YVS A; 3AYD A; 4AHX A; 3A4U A; 2CU5 A; 2WNU C; 3M8L A; 5SV8 A; 3WLU A; 2JDK A; 5FO8 B; 3ZSM A; 3IN9 A; 3THC A; 1Y4W A; 3PTR B; 3O14 A; 3K4D A; 1JXN A; 5CKQ A; 5FWE A; 4YFZ A; 5FZD A; 1ZZ6 A; 5JIU A; 3CNA A; 1UY1 A; 1WD4 A; 1HV0 A; 3AX4 A; 4XVH A; 1FOD 3; 2CY6 A; 4YRD A; 5L7O B; 2GME A; 3JB4 C; 4QU2 A; 4ZXK A; 2XQR A; 3WF1 A; 3POS A; 5FMC A; 4YM2 A; 2RJL A; 4N90 A; 4N53 A; 1Q8Q A; 1SMV A; 4CU7 A; 1GIC A; 4AXO A; 1N3O A; 4LBN A; 5JZG B; 4MGI E; 1L3J A; 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5JOZ A; 1WLD A; 4CDU C; 1X7N A; 1AX1 A; 2WNV B; 1HDK A; 2LRP A; 2RS1 2; 2Q8O A; 1RVF 3; 1JW6 A; 1Z7S 1; 1DQ5 A; 4F7Z A; 1RUH 2; 3INA A; 4QDR A; 3DN7 A; 3VBU A; 2FDF A; 1JH5 A; 1MS0 A; 3HEI A; 1RED A; 2ZGU A; 3K51 A; 1IS5 A; 3I59 B; 3J7N A; 1QY4 A; 4WZC A; 4AHY A; 1DGL A; 1OUR A; 3DUI A; 3POB A; 1QXJ A; 2XB6 C; 4DY5 A; 2VJX A; 4Z2W A; 5CFD B; 2JD4 A; 2JG9 C; 3GBF A; 3H8U A; 4QB1 A; 5A7Q A; 2QUO A; 2ZKN A; 1SDD B; 2XWB B; 2D97 A; 3SXW A; 2A70 A; 4Q8K A; 1L7R A; 3UNP A; 2X09 A; 1W8H A; 2BV4 A; 1W9S A; 4GUL A; 3CEW A; 3PUR A; 1G6N A; 2B7Y A; 5JR7 B; 5C7G A; 1A3K A; 5JXG A; 4YZ2 A; 1X50 A; 2PAE A; 3WP5 A; 1W9W A; 3GHN A; 5A32 A; 3Q8E A; 2QVS B; 1AR9 3; 4B7K A; 2LAL A; 1K5J A; 1QJX 2; 2WSV A; 3ILF A; 3MDP A; 4JC1 A; 5EYY A; 4GAL A; 3MZH A; 1VBD 2; 4CPB D; 5J96 B; 1J3R A; 5JVV A; 3T1M A; 2GNB A; 4MH0 E; 5E89 A; 1UAI A; 2YPD A; 4AI3 A; 4LMF A; 3TN9 3; 2BYV E; 3VHP A; 2RDQ A; 3CLP A; 2DVD A; 2G1M A; 4Q8L A; 4X6Q B; 4CDW A; 4KWK A; 1LCL A; 1RUC 2; 2W08 A; 2XXZ A; 4COW A; 5JXH A; 4U36 A; 4X8N A; 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