The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
120
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structure length |
120
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Chain Sequence |
ITKVEAENMKIGGTYAGKISAPFDGVALYANADYVSYSQYFANSTHNISVRGASSNAGTAKVDLVIGGVTVGSFNFTGKTPTVQTLSNITHATGDQEIKLALTSDDGTWDAYVDFIEFSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Ab Initio Structure Determination and Functional Characterization of Cbm36: A New Family of Calcium-Dependent Carbohydrate Binding Modules
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Paenibacillus polymyxa
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molecule keywords |
ENDO-1,4-BETA-XYLANASE D
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total genus |
21
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structure length |
120
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sequence length |
120
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ec nomenclature |
ec
3.2.1.55: Non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase. |
pdb deposition date | 2004-06-09 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF03422 | CBM_6 | Carbohydrate binding module (family 6) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Galactose-binding domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JZ2 A; 3BGA A; 4JKM A; 1UXX X; 1NKG A; 4XUP A; 3I3E A; 1UY2 A; 2W9X A; 4QX3 A; 4LPL A; 3DYP A; 1JYX A; 5I0D A; 4UOJ A; 2LW8 A; 2C9K A; 5IYY A; 2BGP A; 1L7Q A; 3III A; 2E31 A; 2VCC A; 3FL7 A; 3J7H A; 4M4P A; 2YC2 A; 4KWU A; 4A4A A; 3NQH A; 3BN6 A; 3ACF A; 2W95 A; 3LPF A; 4OUE A; 3PUI A; 2VMF A; 4GZ9 A; 4HG6 B; 2WYS A; 1O8S A; 2E26 A; 2XON A; 5HPO A; 2V4V A; 4CUC A; 1YQ2 A; 5HXM A; 4JKK A; 3OB8 A; 1OH4 A; 2OKX A; 3WNP A; 2VZU A; 3T2P A; 5CZK A; 1XC6 A; 1OF3 A; 4W4Z A; 1UMI A; 2WBK A; 4XUQ A; 3T0B A; 1UXZ A; 3U37 A; 3OEB A; 5JXI A; 2J1V A; 4CU6 A; 2VC9 A; 2WQ8 A; 4BK4 A; 5JMO A; 2BZD A; 3VDB A; 3VD9 A; 3EB7 A; 1JZ6 A; 5IHR A; 3MV0 1; 2W92 A; 1OD3 A; 3MUZ 1; 2QQM A; 1UY3 A; 1GQP A; 4BJ0 A; 1F4H A; 1F4A A; 2VMC A; 3F2Z A; 4DEQ A; 2VCB A; 2X09 A; 1BHG A; 4UAP A; 1NAE A; 1PX4 A; 3ABZ A; 4QX1 A; 1UY0 A; 3CDZ B; 1GNY A; 2ZEY A; 3UES A; 2W5F A; 1CZV A; 3T0D A; 3W5N A; 2VTF A; 1WCQ A; 2L9L A; 2BGO A; 2C26 A; 3ACI A; 1JZ4 A; 4RYD A; 1GOH A; 3A7Q A; 3WSO A; 4OZO A; 2XQX A; 5G04 L; 3JXS A; 2ORX A; 3OGV A; 4DXR A; 2VQT A; 2Y6J A; 5JXH A; 2ID4 A; 1W99 A; 1UZ0 A; 4CU7 A; 1GOG A; 1K12 A; 4ZY9 A; 5DQ0 A; 1H6Y A; 4PF1 A; 3NNG A; 5C70 A; 1GU3 A; 4OYU A; 2RV9 A; 3CIH A; 2VM9 A; 3T08 A; 3DYM A; 3DEC A; 1DLC A; 3D3A A; 1JZ7 A; 4QB6 A; 3HEI A; 4ZXE A; 2WZ8 A; 1J84 A; 2B9V A; 2EIC A; 2Y64 A; 3THD A; 2WAB A; 3HN3 A; 1DYO A; 1SG3 A; 4KI5 M; 4OMD A; 4A45 A; 1LNS A; 3WF2 A; 2Z4F A; 3I97 A; 3ACH A; 2VZO A; 4JX0 A; 2ZEX A; 3WEZ A; 4DXS A; 3FHA A; 2E33 A; 2WUH A; 3ACG A; 4JHZ A; 4ZZ5 A; 5JXG A; 3VD3 A; 3WF0 A; 2J1S A; 2YFZ A; 5B4X A; 5LA2 A; 3AC0 A; 3SEP A; 1JU4 A; 4A44 A; 2DDU A; 3K75 B; 1K3I A; 3SKJ E; 5G05 L; 2BER A; 2VZ3 A; 1NUK A; 1W0N A; 3LEI A; 4P08 A; 2VL4 A; 2Y6L A; 2QQJ A; 3K4D A; 3A21 A; 3T0A A; 3ETP A; 3LEK A; 4MAD A; 2DCK A; 2WAA A; 3T2Q A; 2Y6K A; 4QAW A; 4BDV B; 3HNY M; 3OGS A; 3C7E A; 2QQO A; 4QDS A; 3E1F 1; 3I3B A; 3SEE A; 1P8J A; 3C7G A; 2V5D A; 3MUY 1; 3I2G A; 2Y6G A; 4CVU A; 4GWJ A; 4OMC A; 1W8N A; 3CKH A; 3I2I A; 1XPW A; 4XUT A; 5LCW L; 2W87 A; 4QPW A; 3HNM A; 1JU3 A; 2VMD A; 2ZEW A; 2XHN A; 2J1U A; 2W94 A; 4P5Y A; 4DUX A; 3K4A A; 2XOM A; 4P00 B; 4DUV A; 2J22 A; 4UI9 L; 1TG7 A; 3W5M A; 4DXT A; 3HNB M; 3WF3 A; 3UNP A; 1DP0 A; 4XVH A; 2C4X A; 3IB3 A; 4L0P A; 2W47 A; 3OBA A; 1UYZ A; 4A42 A; 2PQS A; 3K77 A; 4LKS A; 4GWI A; 2YB7 A; 1JZ8 A; 2HYX A; 1UY1 A; 3DYO A; 3CMG A; 3VD4 A; 1JI6 A; 3IDA A; 4Z2A A; 3GDB A; 3EYP A; 3HJR A; 3VDC A; 5JXJ A; 1W9T A; 4QDR A; 1JYV A; 2Y6H A; 4W8J A; 3NRU A; 3HOB A; 2W91 A; 2CDP A; 3NJX A; 2VQU A; 4M4R A; 3PUH A; 2WDB A; 2YC4 A; 1XNA A; 4ARY A; 3VD7 A; 4MO3 M; 2JDA A; 5CYY A; 1US3 A; 2J1E A; 1I5P A; 4E8D A; 3K4Z A; 3C8X A; 2VZV A; 3C7O A; 3IAP A; 2VR4 A; 3CZJ A; 2HLE A; 4MGQ A; 4AAX A; 3P1I A; 3I2F A; 5EJZ B; 2B4K A; 1XNT A; 5C7G A; 1UX7 A; 3T2O A; 2VZQ A; 1CZT A; 3ZM8 A; 1K45 A; 3ECQ A; 5EIY B; 3NJV A; 2WN3 A; 1JYW A; 1GUI A; 1OT5 A; 2VZS A; 1UMH A; 4QB1 A; 2QBX A; 1TVG A; 2VCA A; 2EIB A; 1OF4 A; 5JUV A; 5C71 A; 2J1A A; 2ZXQ A; 2VZR A; 3WNK A; 2LS6 A; 2DCJ A; 4MGS A; 4MOA A; 2EID A; 2WZE A; 3I2J A; 2ORZ A; 4CUA A; 1JZ5 A; 3FHQ A; 2WN2 A; 4A3Z A; 3SKV A; 3HPN A; 5LA1 A; 4TXW A; 1CIY A; 1UYY A; 3MBW A; 1JHJ A; 4QB2 A; 3THC A; 3LPG A; 3I2K A; 4W50 A; 3IAQ A; 3GM8 A; 1SDD B; 4XUR A; 3LQC A; 3LE0 A; 1W9W A; 4D0Q A; 1RYY A; 5EJ1 B; 2JD9 A; 4AG4 A; 3GXU A; 4TTG A; 1R64 A; 4CU9 A; 4D8M A; 1W8O A; 2J1R A; 2W46 A; 3WNL A; 5JR2 A; 1O8P A; 3A23 A; 3OEA A; 2WO2 A; 4LHS A; 4QX0 A; 3UET A; 2JE8 A; 1K42 A; 1MPX A; 3MV1 1; 4ARX A; 1JZ3 A; 2RJ2 A; 5B4N A; 4XUN A; 3OG2 A; 2J7M A; 2VOT A; 1W9S A; 4DUW A; 1UWW A; 1T2X A; 4XZU G; 1D7P M; 3P6B A; 1GMM A; 2W1Q A; 1ULP A; 4LQR A; 3T09 A; 3WNO A; 1CX1 A; 1UYX A; 2RVA A; 4YPJ A; 2JKX A; 4PT6 A; 4P02 B; 2J1T A; 2YFU A; 1EUU A; 5J1X A; 1O59 A; 2YG0 A; 3WF1 A; 1HN1 A; 4FI9 A; 2EIE A; 1US2 A; 4JKL A; 3C7F A; 2QQN A; 4ET7 A; 4BK5 A; 4PQQ A; 1KGY A; 4A6O A; 3GGL A; 2X10 A; 2WAO A; 3WNM A; 1PMJ X; 2WO1 A; 4BXS V; 4RN5 A; 1UY4 A; 1PMH X; 3CQO A; 2VJX A; 2BBA A; 3WQB A; 2QQI A; 2WO3 A; 4A41 A; 2VZ1 A; 2E32 A; 5DN2 A; 5DMY A; 1H6X A; 3WF4 A; 1J83 A; 1KEX A; 1GOF A; 1IQD C; 3LEG A; 2VZT A; 5IFP A; 3MO4 A; 5FUI A; 5IJR A; 2KD7 A; 2Y8K A; 2W1S A; 1CZS A; 3K46 A; 3FN9 A; 1L7R A; 2W3J A; 2ZEZ A; 5IFT A; 4QX2 A; 3CZU A; 1WKY A; 3VDA A; 4DEV A; 1PX3 A; 2X05 A; 2R7E B; 1EUT A; 4ZZ8 A; 2CDO A; 1JYN A; 2W1W A; 2W1U A; 2VO5 A; 5F7U A; 5A1A A; 4XUO A; 4QDQ A; 2QQK A; 4E8C A; 1SHW B; 2QQL A; 3VD5 A; 2VZP A; 3WNN A; 2VME A; 3I2H A; 3I3D A; 5LA0 A; 5DPN A; 2V72 A; 4KMQ A; 4IUG A; 3OGR A; 1NX9 A; 3A22 A; 4CU8 A; 4CUB A; 3C7H A; 1ULO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GZF A; 1LHN A; 1U12 A; 3MF6 A; 4J1X A; 1VBC 3; 1QJU 3; 3H8U A; 1NKG A; 4XHX A; 5FPL A; 2LRO A; 1UY2 A; 3I3E A; 3TN9 1; 1ND3 C; 5GLU A; 2UWB A; 3VBO C; 1QJZ A; 3DF0 A; 4LPL A; 2EXI A; 3DYP A; 3ZFG B; 4HVR A; 1CX4 A; 1JYX A; 5I0D A; 2DVG A; 4DMI A; 1J58 A; 4HVO A; 4NID A; 1SLB A; 2BGP A; 1L7Q A; 3ZFF B; 3MIE A; 3PHM A; 5CFD B; 2VCC A; 4M4P A; 1AXZ A; 3VBR A; 1ZBE 3; 3WW1 A; 5FO7 B; 4QPG C; 2WWJ A; 4HON A; 5BNN A; 4PI2 A; 5FYM A; 3ZVX A; 3LSE A; 5DUW A; 3PUI A; 2VMF A; 1QJX 3; 2FCT A; 1PGS A; 2Z69 A; 3OYW B; 4COW A; 2WYS A; 3TNP B; 2WO7 A; 3HVD A; 4K6B A; 3RZZ A; 4HKW A; 1FOD 3; 4OHW A; 5L36 A; 1YQ2 A; 3QD6 A; 4JKK A; 3N9P A; 1F9K A; 1R1A 1; 5LY1 A; 2IFR A; 4BME A; 1OH4 A; 1OA2 A; 3NWK A; 2RS5 1; 4FXK B; 2OKX A; 1XC6 A; 5FKB A; 2XBO 1; 3V64 A; 2BBV A; 4BWO A; 1YQ6 A; 3MEP A; 3LOB A; 2ZAC A; 1UXZ A; 5FY5 A; 2R0F A; 1RVF 2; 2C5D A; 4KQ7 A; 1V9U 1; 3RI9 A; 5A3U A; 1VBA 2; 4XBQ A; 3S6P A; 4RQP B; 4ZON A; 2WQ8 A; 2QFE A; 4LKE A; 2RS3 1; 3VDB A; 1W2A X; 5C4W B; 4X6Q B; 3HT2 A; 3ZPY A; 2DCT A; 1BZW A; 2RS1 2; 2W92 A; 1FMD 2; 1OD3 A; 1LOG A; 2XXZ A; 3TB0 A; 5LBB A; 1ENQ A; 1A6C A; 4LXL A; 4BJ0 A; 3OUH A; 3MIF A; 1F4H A; 4DIN B; 3NST A; 2VQA A; 5A33 A; 5BNO C; 3FLR A; 5KHG A; 3PL0 A; 5GAL A; 3UKT A; 1UY0 A; 3LWC A; 3GZT B; 3K51 A; 2HWB 1; 2BQP A; 5A3L A; 3ZO0 B; 4BM8 A; 1CZV A; 2ZS6 B; 1MS9 A; 3MID A; 4OHV A; 2JG8 B; 3WR0 A; 4FPG A; 1H2L A; 4HFS A; 2L9L A; 4P9L A; 3H0O A; 2EXH A; 1HXS 2; 1W04 A; 2QJV A; 2RE9 A; 4YVS C; 3OUJ A; 3ZXA C; 4EN0 A; 1HRI 3; 4PBO A; 5A3T A; 4IGQ A; 5FAX A; 3WG2 A; 4GKX A; 3DL3 A; 4OHY A; 2GAU A; 3OOX A; 4YVW A; 1B35 A; 3GCX A; 5HI0 A; 4UYB A; 3ES4 A; 2BRT A; 3JXS A; 3AP5 A; 3V0A A; 1SQ4 A; 1VIW B; 4FO9 A; 5JXH A; 3IDC B; 2IVJ A; 4NPM A; 1UZ0 A; 3O1P A; 4QMA A; 2JEC A; 1T6G C; 1YYN A; 4AVS A; 1W0O A; 3JB4 C; 4DIQ A; 1ZZB A; 4ZY9 A; 1LOF A; 5LA1 A; 5FY7 A; 1NA1 C; 2Y38 A; 1ZBE 2; 2R06 3; 4E2Q A; 2VBB A; 4CCE A; 1VAV A; 1X9T A; 5J96 B; 1HRV 3; 4Z8B A; 4DQA A; 3NNG A; 2JJ6 A; 2AR6 A; 3IIA A; 2XDV A; 3KV4 A; 4Q0Q A; 3PIJ A; 2RV9 A; 3CIH A; 4FPL A; 3GBF A; 5C3S A; 3WP5 A; 3DYM A; 3DEC A; 2XB6 C; 2PHX A; 1LUL A; 4PLO A; 2HWC 1; 1FOD 2; 1HW5 A; 2ADE A; 4AAP A; 2PAE A; 4BIO A; 3O1U A; 1J84 A; 1ZX5 A; 2B9V A; 1CAV A; 3I59 B; 4NHX A; 3VB9 A; 5T5O A; 4GAZ A; 1EV1 1; 3FMG A; 1UKR A; 4OMD A; 4A45 A; 4N9I A; 3ZSM A; 4C90 A; 1C1F A; 2WYF A; 3FHI B; 3WF2 A; 1YUD A; 2ETE A; 4NHM A; 4H3W A; 2O1Q A; 5FJH A; 1O91 A; 1Q8P A; 3SH3 A; 4Y3O A; 4XF9 A; 1QOS A; 3ILR A; 3FHA A; 5JAX A; 2VEC A; 4I3G A; 3ACG A; 3VDD A; 1GNZ A; 4QWN A; 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4K40 A; 4Q4X 2; 1ND2 B; 5C8W A; 2MEV 3; 3LSD A; 2D6N A; 4P00 B; 1HRV 2; 2YPJ A; 4COZ A; 4DB5 A; 3UGH A; 4XFH A; 4JV4 A; 4DUV A; 3IKW A; 4O7X A; 5APA A; 2PXJ A; 1U5X A; 2ZGM A; 1CIW A; 3J8F 3; 3FUO A; 5FJK A; 1F15 A; 4QPI A; 4Q0S A; 3UNP A; 5A7W B; 3GJB A; 2JD4 A; 1NLS A; 2H6B A; 2W47 A; 4K8R B; 1GNH A; 3ST7 A; 2JDH A; 4QKB A; 1BBT 3; 1LGC A; 2PQS A; 1A34 A; 5EWS A; 1JZ8 A; 1RMU 1; 2D5F A; 3DYO A; 1J1L A; 3KVB A; 4OHZ A; 1W8Z A; 5EP9 A; 4XBN A; 4SLI A; 3VZJ A; 3TAY A; 3VD4 A; 5K0U A; 5I8Y A; 1WWY A; 3IDA A; 4A6S A; 5GLT A; 4Z2A A; 2HWD 1; 4AGR A; 5FZ4 A; 3EYP A; 4NMI A; 2VOV A; 3M8L A; 1VRH 1; 4QDR A; 3TN9 3; 1JYV A; 3BAL A; 1NE6 A; 1PNF A; 4Q4Y 2; 2Y6H A; 4W8J A; 1W6P A; 1C8N A; 4CEY A; 2P17 A; 3SH5 A; 5JCT A; 1UPI A; 2W91 A; 5KHI A; 2WKK A; 2CDP A; 2ZAB A; 4N53 B; 2YMZ A; 1GFF 2; 5C9A A; 2QZ2 A; 1PGL 1; 4KU7 A; 2YC4 A; 3WW4 A; 2QVS B; 4GB3 2; 1WMD A; 5CBL A; 2ZBJ A; 1UF2 C; 3VD7 A; 2PN5 A; 1YWK A; 2OYZ A; 3UT0 A; 3KCX A; 4WZC A; 4XEZ A; 3WDY A; 1NCR B; 1WMX A; 1AL2 2; 5IAV A; 4IEX A; 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