The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
168
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structure length |
168
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Chain Sequence |
MLVANINGGFESTPAGVVTDLAEGVEGWDLNVGSSVTNPPVFEVLETSDAPEGNKVLAVTVNGVGNNPWDIEATAFPVNVRPGVTYTYTIWARAEQDGAVVSFTVGNQSFQEYGRLHEQQITTEWQPFTFEFTVSDQETVIRAPIHFGYAANVGNTIYIDGLAIASQP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The solution structure of the CBM4-2 carbohydrate binding module from a thermostable Rhodothermus marinus xylanase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Rhodothermus marinus
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molecule keywords |
Xylanase
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total genus |
18
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structure length |
168
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sequence length |
168
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ec nomenclature |
ec
3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase. |
pdb deposition date | 2001-10-05 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Galactose-binding domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3THC A; 1JYX A; 1DYO A; 2E31 A; 4OMD A; 3MUZ 1; 4QDQ A; 2J22 A; 3HN3 A; 2YFU A; 1GU3 A; 5G05 L; 2VZR A; 2VR4 A; 3NNG A; 5JMO A; 5B4N A; 2E26 A; 2WZ8 A; 4RN5 A; 1ULP A; 1GOH A; 1OT5 A; 4CVU A; 1KEX A; 1J83 A; 2VMC A; 3T0D A; 4OZO A; 5JUV A; 3VD5 A; 5LA0 A; 2VOT A; 2WO2 A; 4P00 B; 4XUT A; 2BER A; 2JDA A; 1O8P A; 1OH4 A; 1UY3 A; 3WSO A; 2J1U A; 3MV0 1; 4PQQ A; 4BJ0 A; 4ARX A; 4MO3 M; 1GOG A; 4LPL A; 4DXT A; 1MPX A; 2JE8 A; 3SEE A; 2W9X A; 3K4A A; 2C26 A; 1NAE A; 3GGL A; 4DXR A; 4GZ9 A; 4PT6 A; 2VMD A; 4QDR A; 4CU9 A; 5C70 A; 4LQR A; 5LA2 A; 2VZS A; 2WO3 A; 4UAP A; 4D8M A; 3GDB A; 1JZ4 A; 3T0A A; 4JX0 A; 1UMI A; 4UI9 L; 3IAQ A; 4QX3 A; 4XUQ A; 2V72 A; 2W1W A; 4CU8 A; 2QQO A; 4DUW A; 1UX7 A; 2WQ8 A; 5A1A A; 4A4A A; 5F7U A; 2Y8K A; 1IQD C; 1W8O A; 2EIE A; 1LNS A; 3NJV A; 2WUH A; 3OEA A; 1JZ7 A; 3DYP A; 3CZU A; 3C7E A; 2WAA A; 5JXI A; 2W87 A; 3P1I A; 3I2K A; 3WNL A; 3ZM8 A; 4DEV A; 1GOF A; 2CDP A; 5HXM A; 1W99 A; 1CZV A; 2YC2 A; 4KWU A; 5EJ1 B; 2VO5 A; 3U37 A; 1W9T A; 3D3A A; 4HG6 B; 4RYD A; 4ZZ8 A; 4Z2A A; 3T09 A; 2DCJ A; 2ZEW A; 4CUA A; 3HNY M; 3A23 A; 3LEI A; 1UWW A; 4QB1 A; 4A42 A; 2X09 A; 2BGP A; 3BGA A; 5CZK A; 2EIB A; 2QQI A; 3BN6 A; 3FL7 A; 2J1E A; 3WNK A; 4A6O A; 3VD7 A; 1GNY A; 1UYX A; 4MOA A; 1US3 A; 2DDU A; 1UY2 A; 1XNT A; 2WO1 A; 5C7G A; 2VM9 A; 2VQU A; 2VMF A; 5IHR A; 3I97 A; 3PUH A; 3THD A; 2XOM A; 5JR2 A; 1JZ2 A; 1GMM A; 2EID A; 4QX0 A; 3T2O A; 3DYM A; 1W8N A; 3WF1 A; 2QBX A; 3WNP A; 3FHA A; 2BBA A; 2XQX A; 1UY1 A; 4L0P A; 3ACG A; 5B4X A; 2VZ3 A; 1UXX X; 3I2F A; 1CX1 A; 1W9S A; 3T08 A; 3PUI A; 5LCW L; 1OF3 A; 2W3J A; 3NRU A; 2YFZ A; 2J1V A; 5IJR A; 3ETP A; 2X10 A; 3W5M A; 3HOB A; 4GWI A; 2VCC A; 5IFP A; 1L7Q A; 3T2P A; 2Y64 A; 3EB7 A; 2W1U A; 1ULO A; 3WQB A; 3C8X A; 1WKY A; 2XHN A; 1O59 A; 2ZEZ A; 1DP0 A; 1GUI A; 1I5P A; 3C7G A; 3MUY 1; 4E8C A; 3NJX A; 5HPO A; 2QQN A; 1EUT A; 2BGO A; 2WYS A; 3CKH A; 2LW8 A; 4MGQ A; 4QAW A; 2YC4 A; 2JKX A; 5DPN A; 1HN1 A; 2VCB A; 4P02 B; 3ACF A; 1K3I A; 1JZ6 A; 1SG3 A; 3K75 B; 4XUO A; 2VQT A; 4QX2 A; 4BDV B; 3W5N A; 2J1S A; 2QQL A; 4CUC A; 1JZ3 A; 4KMQ A; 1JYN A; 1PX3 A; 1TG7 A; 4BK5 A; 1CZT A; 4ZXE A; 1H6Y A; 3FHQ A; 1JI6 A; 3MBW A; 1XNA A; 3DEC A; 2E32 A; 4A44 A; 3LEG A; 1K42 A; 2VZP A; 2B4K A; 2PQS A; 3SKV A; 3K4D A; 2C4X A; 3ACI A; 3I3B A; 1PMJ X; 2V4V A; 2W46 A; 1EUU A; 4ZZ5 A; 1CZS A; 4BK4 A; 3K77 A; 2RVA A; 1PMH X; 3LPF A; 5IYY A; 3I3E A; 2LS6 A; 2ZXQ A; 3ECQ A; 3WF2 A; 2VTF A; 3WEZ A; 3SEP A; 3I2I A; 5DN2 A; 2VC9 A; 3C7F A; 4QB6 A; 1SDD B; 4QB2 A; 1OD3 A; 3JXS A; 4UOJ A; 3WF0 A; 2QQK A; 3I2G A; 4W50 A; 1O8S A; 1UY0 A; 2VZO A; 3C7H A; 2JD9 A; 3WF3 A; 1P8J A; 2QQM A; 1RYY A; 3LPG A; 4QX1 A; 2DCK A; 4FI9 A; 2Y6K A; 3GXU A; 3IAP A; 2ORZ A; 3A22 A; 2QQJ A; 5FUI A; 2YG0 A; 1W9W A; 2C9K A; 2VZT A; 2WBK A; 3LQC A; 4LHS A; 4DUX A; 4DUV A; 5EIY B; 2XON A; 2E33 A; 2J1R A; 1JZ5 A; 5CYY A; 2ORX A; 1BHG A; 5JXJ A; 1UMH A; 2HLE A; 5G04 L; 3ABZ A; 3VD3 A; 5IFT A; 3III A; 2ZEY A; 1UXZ A; 1L7R A; 4P5Y A; 1KGY A; 3WNM A; 4CU7 A; 2V5D A; 3AC0 A; 1NUK A; 2RJ2 A; 4P08 A; 3J7H A; 1T2X A; 3LE0 A; 1H6X A; 3OGV A; 4E8D A; 3WNO A; 4XUR A; 3ACH A; 4CUB A; 1US2 A; 5JXG A; 1TVG A; 4A3Z A; 2W5F A; 4AAX A; 3T0B A; 4A45 A; 2Y6H A; 3T2Q A; 2VZV A; 3WNN A; 3A21 A; 3VD9 A; 4YPJ A; 3HJR A; 1PX4 A; 4OYU A; 5EJZ B; 2EIC A; 4JKL A; 3I2J A; 2VZU A; 4BXS V; 3MV1 1; 4OUE A; 4ZY9 A; 1F4H A; 1JYV A; 4M4P A; 3SKJ E; 4OMC A; 4CU6 A; 1XC6 A; 3HEI A; 4JKK A; 2WZE A; 2BZD A; 1K12 A; 3VD4 A; 3F2Z A; 5JXH A; 3OGS A; 3C7O A; 2KD7 A; 2ZEX A; 3VDC A; 1CIY A; 1UY4 A; 4M4R A; 1NKG A; 3DYO A; 4GWJ A; 2WDB A; 3GM8 A; 4PF1 A; 5I0D A; 1D7P M; 5C71 A; 4W4Z A; 2WAO A; 2ID4 A; 3E1F 1; 2OKX A; 4JKM A; 2WAB A; 1GQP A; 4MGS A; 2WN3 A; 1WCQ A; 2J1A A; 4D0Q A; 3WF4 A; 1XPW A; 2WN2 A; 2R7E B; 3EYP A; 1DLC A; 1YQ2 A; 3CIH A; 2YB7 A; 3VDA A; 3OG2 A; 1SHW B; 1W0N A; 2W94 A; 5DMY A; 4QDS A; 1F4A A; 3CQO A; 2Y6J A; 2VME A; 3I3D A; 4LKS A; 4MAD A; 4QPW A; 3UNP A; 2W1S A; 3NQH A; 2Y6G A; 2RV9 A; 2CDO A; 2J1T A; 3I2H A; 3CDZ B; 2VZQ A; 1K45 A; 2W1Q A; 4TXW A; 5DQ0 A; 1NX9 A; 1UYZ A; 1JU3 A; 2VJX A; 3HPN A; 1UYY A; 4DXS A; 3K46 A; 3HNM A; 4XVH A; 3OBA A; 3OB8 A; 2Y6L A; 3A7Q A; 2W47 A; 4JHZ A; 2VCA A; 4DEQ A; 4IUG A; 3FN9 A; 3K4Z A; 4KI5 M; 4A41 A; 3CZJ A; 4AG4 A; 4ET7 A; 1OF4 A; 4XZU G; 2VL4 A; 4XUP A; 2Z4F A; 2X05 A; 2L9L A; 3MO4 A; 3HNB M; 3P6B A; 3LEK A; 2HYX A; 3IDA A; 3OGR A; 1JYW A; 1JHJ A; 1UZ0 A; 2W91 A; 5J1X A; 2W92 A; 3IB3 A; 1R64 A; 4XUN A; 1JU4 A; 1J84 A; 3CMG A; 2VZ1 A; 2B9V A; 4ARY A; 5LA1 A; 2J7M A; 4TTG A; 3OEB A; 2W95 A; 3UES A; 3UET A; 3VDB A; 1JZ8 A; 4W8J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FBF A; 5JAX A; 2ARC A; 3ES1 A; 1MS9 A; 5IK8 A; 4LKE A; 1YHF A; 5LEJ A; 1VJ2 A; 3MUZ 1; 2D3S A; 4JGY A; 4QDQ A; 3S57 A; 2UY8 A; 1RUJ 1; 3NNL A; 4IXL A; 3RJR A; 1OLQ A; 4AGR A; 3NNM A; 4QXB A; 4GJY A; 5CIS A; 5LK7 B; 3S7E A; 2VQA A; 3NNG A; 1W6P A; 1AXY A; 4ERO A; 1W03 A; 5JMO A; 4FTB A; 3TAY A; 5C8C C; 2DV9 A; 1C1L A; 1OT5 A; 3WW3 A; 2BWC A; 3HD8 B; 2YGL A; 2TEP A; 2Z5W A; 3AMN A; 5FBJ A; 3SHR A; 3ZFE B; 3ZX7 A; 4C91 A; 5A3M A; 2ERF A; 1ZZB A; 2UYA A; 5C8C A; 2ARB A; 2DCT A; 2FZ1 A; 3POI A; 5BNN A; 5CFD C; 1W2O A; 4P00 B; 2XJV A; 2WFF 2; 4BIO A; 1RUH 2; 2JDA A; 4DS0 A; 2FDF A; 4LA3 A; 2CTV A; 5JPM B; 3N36 A; 2J1U A; 3MV0 1; 2WWJ A; 3OF1 A; 4GXL A; 4PQQ A; 3VBS C; 2QTW B; 4ARX A; 4YZ2 A; 2WQZ C; 1LOD A; 2PHT A; 2OII A; 2YUE A; 1MPX A; 2JE8 A; 1HB1 A; 2RS3 2; 4DOU A; 1POV 0; 1Q8Q A; 4MUV A; 1UOG A; 5LBC A; 1C5H A; 1DF0 A; 2YZ4 A; 1NAE A; 1L3J A; 2A6Z A; 2BVV A; 2XJT A; 2R04 2; 4RR3 A; 1B35 A; 2VW2 A; 4FAH A; 1NCR B; 1DQ6 A; 5FZA A; 2VZS A; 3OUI A; 4LEJ A; 3KLS A; 4Q1R A; 3LA3 A; 2JE9 A; 3AXD A; 3PVO A; 1VAV A; 4JX0 A; 1WZX A; 1HRI 1; 3E97 A; 1CAV B; 1HRI 3; 3ASI A; 2EAK A; 1GZW B; 4CU8 A; 2BV4 A; 2HJI A; 3BTA A; 4EN0 A; 4DUW A; 5E6H A; 4NIH A; 4N9I A; 3P3N A; 4FP2 A; 1UX7 A; 1G9B A; 2WQ8 A; 5A1A A; 4BWO A; 2VG9 A; 1U5I A; 1REF A; 4BMB A; 2VUL A; 1UMZ A; 4A3X A; 4LUK A; 2EIE A; 1SFY A; 1LNS A; 4J1X A; 5BNO A; 4XEZ A; 3ZDV A; 1Y9Q A; 1UU4 A; 1HQL A; 3USU B; 2WAA A; 1OPM A; 1SCR A; 4QXK A; 4MET A; 3LGR A; 4Q26 A; 1PM4 A; 1D4V B; 4FTE A; 1YLL A; 2VE1 A; 1URX A; 2WLP A; 3TEY A; 3J9S A; 1W99 A; 1H9P A; 4RFR B; 5A7W B; 2YC2 A; 4LT5 A; 4KWU A; 2VU9 A; 1OA3 A; 2XR4 A; 4BOW A; 5FYV A; 2VO5 A; 1DIW A; 3PL0 A; 1CVN A; 4M00 A; 4QU2 A; 3GZT B; 2GNT A; 2PTM A; 2ZEW A; 3U11 A; 4PBP A; 4L11 A; 4G4F A; 1COV 2; 3IMM A; 4Y22 B; 5CBL A; 4CXW A; 1LOF C; 4QB1 A; 1F5J A; 2X09 A; 3NNJ A; 4ITC A; 4A42 A; 1ZBE 1; 1OLM E; 2EXH A; 1ZBE 3; 2ARX A; 4JAA A; 2BGP A; 3BGA A; 2JEC A; 2EIB A; 2QQI A; 3U07 A; 1AXK A; 3NJZ A; 4A6O A; 4F3J A; 3WNK A; 3BTY A; 3IPV A; 4AGV A; 4UXA A; 3CU7 A; 5DAW A; 3M70 A; 4MOA A; 3RDI A; 4AYU A; 5L7O A; 1RUJ 2; 1UY2 A; 3SNM A; 4MGY E; 5C7G A; 2VQU A; 4XFC A; 3LEM A; 2GP5 A; 1QEX A; 5K8S A; 1QNW A; 3O14 A; 3B02 A; 3I97 A; 3KM5 A; 2XB6 C; 5A3W A; 2WNV B; 2XOM A; 2JB4 A; 4GD4 A; 4LBQ A; 1JZ2 A; 1CX4 A; 1TME 2; 2EID A; 2GAU A; 3LD8 A; 5DAV A; 5A6Y A; 3U0Z A; 1AL2 1; 3KGL A; 4LNV A; 1O7F A; 3POG A; 1AL2 3; 4MH0 E; 1POV 1; 3PDQ A; 2VOX A; 2G4I A; 4B7K A; 1POV 3; 4QX0 A; 4RQP A; 4XFB A; 3HWJ A; 1WBL A; 1W8N A; 3WNP A; 1OHF A; 4AHX A; 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1JZ6 A; 4QPI C; 4R9A A; 5FZ1 A; 1ZRR A; 1R1A 3; 1ZX5 A; 2BNM A; 5GLU A; 1VRB A; 3URF A; 3W5N A; 1VBD 1; 2J1S A; 1VBD 3; 4UT5 A; 1XOY A; 4CUC A; 2DVD A; 1R08 2; 3AL5 A; 1JYN A; 2D6L X; 3VZK A; 1WCU A; 1CAX A; 3FE5 A; 4ZXE A; 1H6Y A; 2XWB B; 5FMD A; 3ZFG B; 1ZBE 2; 1JI6 A; 1LES A; 1ODN A; 5E16 A; 4MGK E; 4LHL A; 3VBH C; 3ZXG A; 4PBO A; 1HB2 A; 1FX5 A; 2DTY A; 2WNU B; 3NWK A; 4XBQ A; 4DMI A; 1V9U 1; 2ZGO A; 1U5X A; 2B4K A; 1V9U 3; 2VUA A; 4HT1 T; 4E27 A; 1S0C A; 3SXW A; 3LZZ A; 1MS3 A; 5JMC A; 3I3B A; 2HEW F; 4WVV A; 1OUS A; 4QM9 A; 5FYT A; 1RTV A; 2W46 A; 1IS5 A; 5D8A C; 5FK7 A; 4LE3 A; 2Q5T A; 1PMH X; 3LPF A; 3VDD B; 1BK1 A; 1PO1 2; 2QNK A; 2WR9 A; 2LS6 A; 4D7Y A; 2AEN A; 1OSG A; 2X5I B; 4Q1P A; 4FXK B; 1NCQ A; 4B8E A; 2BU9 A; 3I2I A; 4TLF A; 5GKA C; 1AYM 2; 1CAU B; 5CA6 A; 1LGB A; 3AXE A; 3ZKU A; 1SDD B; 1FV3 A; 1LU2 A; 4MZU A; 4Z8B A; 3GF6 A; 3MIE A; 2J42 A; 4XE9 A; 5JSR A; 1OD3 A; 3HVD A; 5A7P A; 1ASJ 2; 1GIC A; 3VBF A; 3JXS A; 2GME A; 3AFK A; 4XQD A; 4UOJ A; 4QX8 A; 4JRL A; 4KH9 A; 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