The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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sequence length |
329
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structure length |
329
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Chain Sequence |
SVSKANVPKIDVSPLFGDDQAAKMRVAQQIDAASRDTGFFYAVNHGINVQRLSQKTKEFHMSITPEEKWDLAIRAYNKEHQDQVRAGYYLSIPGKKAVESFCYLNPNFTPDHPRIQAKTPTHEVNVWPDETKHPGFQDFAEQYYWDVFGLSSALLKGYALALGKEENFFARHFKPDDTLASVVLIRYPYLDPYPEAAIKTAADGTKLSFEWHEDVSLITVLYQSNVQNLQVETAAGYQDIEADDTGYLINCGSYMAHLTNNYYKAPIHRVKWVNAERQSLPFFVNLGYDSVIDPFDPREPNGKSDREPLSYGDYLQNGLVSLINKNGQT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Interactions of Isopenicillin N Synthase with Cyclopropyl-Containing Substrate Analogues Reveal New Mechanistic Insight.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ISOPENICILLIN N SYNTHETASE
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Emericella nidulans
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| total genus |
109
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| structure length |
329
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| sequence length |
329
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| ec nomenclature |
ec
1.21.3.1: Isopenicillin-N synthase. |
| pdb deposition date | 2006-06-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF03171 | 2OG-FeII_Oxy | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
| B | PF14226 | DIOX_N | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ODN A; 1W2N A; 1W3X A; 1WA6 X; 4BB3 A; 1GP4 A; 1E5S A; 1GP5 A; 4RGK A; 1W28 A; 2IVJ A; 1HJF A; 3ZKY A; 2BRT A; 2DBI A; 2VBD A; 2IVI B; 5C3Q A; 5C3S A; 1W05 A; 5APA A; 3ZOI A; 2WO7 A; 3ZKU A; 2CSG A; 1RXF A; 2JB4 A; 1UOB A; 1GP6 A; 1HB3 A; 1W9Y A; 2VBP A; 2JB8 A; 5C3R A; 1UNB A; 1QJE A; 2DBN A; 2VBB A; 1HB4 A; 2Y6F A; 2VE1 A; 1HJG A; 2BJS A; 1UZW A; 1UOG A; 3OOX A; 1ODM A; 1E5H A; 5C3O A; 1W04 A; 1W2A X; 1OBN A; 1RXG A; 1HB2 A; 1UO9 A; 2VAU A; 2BU9 A; 1BLZ A; 1QJF A; 3ON7 A; 2Y60 A; 1W2O A; 1UOF A; 1IPS A; 1E5R A; 1W3V A; 1W03 A; 1OC1 A; 1BK0 A; 4XAE A; 5C3P A; 2VCM A; 1QIQ A; 1DCS A; 1HB1 A; 1W06 A; 1E5I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E6D A; 3GCW A; 4K6B A; 5J98 B; 5C8W A; 4KH9 A; 4Q1P A; 2O8O A; 2HWB 1; 1J1T A; 1SLT A; 3J7H A; 3ETQ A; 5FLJ A; 1L7Q A; 4FXK B; 3WLU A; 4QX5 A; 3NJY A; 5FP4 A; 3VBF C; 3AP9 A; 4RR3 A; 4XZP A; 1KD7 A; 3I2K A; 1QKQ A; 1XJA A; 3WUD A; 2PLV 1; 5FY5 A; 5GZF A; 1YXW A; 2CTV A; 2P5B A; 1AX2 A; 1ENS A; 4O7X A; 3PUA A; 1ND2 B; 1TME 3; 4JDM A; 4LR4 A; 4FFF A; 4FOY A; 4WM7 B; 1LHV A; 1RUN A; 3SC7 X; 4AED C; 4RYD A; 1S0F A; 4AI8 A; 1DQ4 A; 4LOR A; 2ZZQ A; 4AFM A; 1NOV A; 2MNG A; 1ZZ8 A; 5EXO A; 2LW8 A; 5BNN A; 3NKT A; 2N7G A; 2JDP A; 4HL0 A; 3N35 A; 3VKL A; 2D6L X; 3VDA A; 2WSV A; 1BVV A; 1QDC A; 1GWL A; 3FL7 A; 5IAV A; 3V64 A; 1TE1 B; 1XNB A; 4URT A; 4CDQ B; 1RUH 2; 1ZZC A; 4MUV A; 3D82 A; 2Y26 A; 2X5I C; 4MGS A; 1AHS A; 4PQQ A; 4QB2 A; 1C8M 2; 5F3C A; 2QQJ A; 3OD0 A; 5SV5 A; 1VBA 2; 3DYP A; 2ZGQ A; 1MVQ A; 1NLS A; 3AL5 A; 4NID A; 1ASJ 2; 3KVB A; 2ARE A; 2RDQ A; 4I30 A; 2BP6 A; 3P6B A; 4COZ A; 2I2S A; 2XXZ A; 4KQ7 A; 3OEA A; 3PNA A; 1LR5 A; 3IAP A; 1POV 3; 4HOO A; 4OUE A; 1B35 B; 3AXD A; 1H9P A; 3I54 A; 3JCI A; 3SCH A; 1XNT A; 4FO9 A; 1VRH 2; 5DG2 A; 2X10 A; 4FTE A; 1FNZ A; 1X8M A; 2TBV A; 2YV8 A; 3OTF A; 4PBP A; 1YO8 A; 1JYN A; 1R09 1; 3MID A; 3V65 A; 4E2G A; 4ASL A; 2RS1 1; 3SH5 A; 1M06 G; 5HXV A; 4FPK A; 2EXJ A; 1LKN A; 5FLI A; 3HNY M; 1YFW A; 4E4H A; 2JDM A; 4L8Q A; 2ZGK A; 4Z92 B; 3CJI C; 3I2I A; 4QPG C; 1RUG 2; 1PVC 1; 4M00 A; 2WQ4 A; 1VBD 3; 4A6O A; 3LA7 A; 5FR3 A; 2WFF 1; 2HWF 3; 4IL7 A; 3LPG A; 3NNF A; 2B7Y A; 5HCA A; 1OSG A; 3CL1 A; 3VBF B; 3K2O A; 4CP9 A; 5DMY A; 5FZC A; 1ULF A; 2BNN A; 4XQD A; 4IXL A; 3RI8 A; 1APN A; 1PGL 2; 5A7O A; 5LW9 A; 3OBA A; 4MSV A; 4XJ8 A; 3LF7 A; 5GKA C; 4LBO A; 1U5I A; 1UOJ A; 3T30 A; 2W68 A; 4HKO A; 1B09 A; 1UU6 A; 3AYC A; 5E88 A; 3RMX A; 1DQ0 A; 4C90 A; 1HV1 A; 1GQP A; 2DFB A; 2NZ9 A; 4KG0 A; 5F1R A; 1QJU 2; 4Q4Y 2; 5A7P A; 5A3W A; 4AED B; 4Q4W 3; 1Z0H A; 3PUR A; 1NZI A; 2R04 2; 4UBG A; 2ZCW A; 5C33 A; 5KHH A; 1U5Y A; 3O0W A; 4LOS A; 5DZF A; 1QEX A; 3L2H A; 1CR7 A; 2VEC A; 2D7F A; 1ZBE 2; 3POJ A; 2HJI A; 3ZFG C; 4IER A; 4AQ6 A; 4Y1Z A; 2ZGT A; 3T2O A; 3VBU C; 3BOW A; 5IW0 A; 3VKM A; 5BY5 A; 1EAH 3; 2CV6 A; 4TN7 A; 2QZ3 A; 4K20 A; 2DVA A; 4QX2 A; 4B3N A; 3AYD A; 4Q4X 2; 1NLQ A; 4J1X A; 3LEK A; 1EYB A; 1MEC 2; 2ET1 A; 2JJ6 A; 4RGK A; 1IZ3 A; 3JBG 3; 5L9R A; 4CEW A; 2B5H A; 4GMP 3; 4K8F A; 2XLG A; 2CWM A; 1FYU A; 2OKX A; 1G8W A; 2BNO A; 2RDS A; 4Q27 A; 1AR9 3; 5FZG A; 1DGW A; 3SIS A; 1XNC A; 3J9S A; 2UWC A; 5FO9 B; 2XH6 A; 3VUO A; 4LO7 A; 1RUO A; 1NLR A; 4IE4 A; 1RUI 1; 1F5J A; 3AZZ A; 4Y1U A; 2C4X A; 4BIS A; 4CCM A; 2VUL A; 5FPV A; 2BTV C; 2QBX A; 3I3D A; 3ZM8 A; 5D21 A; 1G9F A; 1UX7 A; 2DVF A; 1ND3 B; 4IW3 A; 4YZ3 A; 3A0K A; 5IFT A; 1RUC 3; 4NMI A; 1GYK A; 4D7Y A; 2WO7 A; 1EUU A; 3ROU A; 1A78 A; 3ZYF A; 1NKG A; 4A45 A; 2HWB 3; 1XE7 A; 4MGK E; 2VNG A; 2WIN B; 2ZX3 A; 2TEP A; 1PX3 A; 3HQU A; 5DAV A; 3CJI B; 5FYB A; 3OCP A; 4QPG B; 1QGL A; 1ACC A; 2FZ1 A; 3UKN A; 1AX0 A; 4P9I A; 1YFU A; 4J1W A; 4ZHN A; 3O1S A; 2RG4 A; 1UMZ A; 4AHW A; 1OMI A; 3AM2 A; 3V0B A; 4YWA A; 2CHH A; 4ISR A; 3H0O A; 2MHF A; 2ZHK A; 4FPL A; 1AJK A; 1QQP 1; 2B9U A; 2PFW A; 2VUA A; 3RYP A; 3VZM A; 4AK3 A; 5IFP A; 1DDL A; 1FMD 2; 2FCU A; 2VOX A; 4HSJ A; 3O5S A; 3WW3 A; 4ZU7 A; 5FPX A; 5FXZ A; 4AOC A; 3J7N A; 1SPP B; 3CJX A; 4ZKT B; 1ZVF A; 3OUJ A; 1H0B A; 4NR1 A; 2J7M A; 3CEW A; 5FMO S; 4QXH A; 2J42 A; 2VZO A; 3QH6 A; 1O8P A; 3GGL A; 2XUM A; 5KXB A; 3ORJ A; 2K9Z A; 2RS3 2; 2BJS A; 1UMH A; 5EYX A; 1RVF 2; 1C1F A; 3IB3 A; 1JOP A; 3U75 A; 1N1V A; 3I59 B; 3ZSJ A; 1WBL A; 3VDD C; 5LEJ A; 2B9V A; 2JKX A; 4ISQ A; 3AZW A; 3RRD A; 1LOF C; 2I07 B; 1ENR A; 3ZFG B; 2G4I A; 1KGY A; 1KS4 A; 1SLB A; 5I0U A; 1LGN A; 1WLD A; 3K3O A; 3PJQ A; 1QNW A; 2RS5 1; 2Y33 A; 4PIY A; 5D8A C; 3VBU B; 4B1M A; 1FNY A; 4DUW A; 5CAD A; 5E1R A; 1H30 A; 4FT8 A; 4Q2F A; 4CCN A; 1WLC A; 2ID4 A; 3ELN A; 1UW8 A; 2FDJ A; 1MQT C; 2XVL A; 1BEV 2; 1XYN A; 2VG9 A; 4X8N A; 5F9T A; 1FAY A; 2Y60 A; 5ABJ B; 2VO5 A; 5FMB A; 2CAU A; 2QQU A; 3DXU A; 1VBC 1; 1W03 A; 4FXG B; 5DPN A; 3VL8 A; 4OUS A; 1N3O A; 3MIH A; 2RDN A; 4Q26 A; 3PVO A; 5EHD A; 2J1E A; 1H2N A; 3I4I A; 3USU A; 4XUO A; 1JOJ A; 1RHI 1; 3CLP A; 1QOT A; 1S0G A; 4HN1 A; 3ZYR A; 1US2 A; 2NP0 A; 1POQ A; 1H2M A; 4YZ5 A; 2WLP A; 2F17 A; 4QX8 A; 5TSW A; 2VXR A; 1UKR A; 1W6Q B; 2ADE A; 2XJT A; 2C5D A; 3MLJ A; 1QOS A; 2VVE A; 4V2W A; 5A3L A; 1TVG A; 1OH4 A; 4WVM A; 5EPA A; 4ORF A; 2O14 A; 3DEM A; 5LY2 A; 1QF3 A; 3NRU A; 2WA4 A; 3VBS B; 2HEW F; 1U0A A; 1CAU A; 3IKW A; 1H1M A; 2VUD A; 1LHN A; 5IVE A; 2C26 A; 3ZYG A; 1AYN 1; 1PO2 1; 2XL7 A; 2WS9 1; 1WA6 X; 4UW6 A; 4EYU A; 1GP5 A; 3KD4 A; 1DG6 A; 2LAL A; 4UOJ A; 1W28 A; 2IVJ A; 4QKF A; 1IPJ A; 4TLG A; 4HLT A; 3ZKY A; 5AC9 1; 3S57 A; 4OUL A; 4PCR A; 3ZFF C; 2VME A; 1J3R A; 4UYB A; 1MPX A; 3D4K A; 4ZS2 A; 3WDX A; 4WVZ A; 3JD7 2; 4XET A; 2YU1 A; 5GZD A; 1OKQ A; 2B39 A; 5ISL A; 2FZ2 A; 1GU3 A; 1RUE 2; 3RZJ A; 3DKQ A; 4ONU A; 1XSR A; 2W91 A; 4E4Z A; 4UI9 L; 2RMU 2; 5FQ0 A; 2WZR 2; 4I0A A; 4K7J A; 4UF0 A; 3KGL A; 1VMJ A; 3PTR B; 1J3P A; 4EWA A; 4FPJ A; 1PGW 2; 2D44 A; 2O8Q A; 2JG8 C; 2XVK A; 2XQR A; 1UOB A; 3IDC B; 5EWS A; 2QJV A; 2V09 A; 3ZYJ B; 3I2H A; 5HCB A; 4BQY A; 4Y33 A; 5BNP C; 1XU1 A; 3BTZ A; 1W9Y A; 1F5F A; 1WCQ A; 3B02 A; 3MO4 A; 2MPF A; 1DGR N; 2VBP A; 4QX3 A; 4YGB A; 2VZT A; 1YJL A; 3WF0 A; 2A70 A; 1OHF A; 1RUI 3; 2DUR A; 3LA3 A; 5GM0 A; 1CIW A; 1Z7S 2; 3CO2 A; 4HK8 A; 3ZDS A; 4IV3 A; 4CDW A; 5C4W C; 2JE8 A; 4OHW A; 4QGM A; 4MXV A; 1HLC A; 5JLV A; 4NJ4 A; 3RZL A; 4E4D X; 1PM7 A; 4LMF A; 1D2S A; 1HB4 A; 1YHF A; 3VHP A; 5K8S A; 3AKP A; 5DQ0 A; 1SZB A; 5CIS A; 3I97 A; 1VMH A; 3DGT A; 1ODM A; 1UYX A; 1UPS A; 3S5Q A; 4QM9 A; 1W6O B; 2WO2 A; 2R0F A; 1PO1 1; 2HEV F; 1VBB 3; 3QH7 A; 4ZS3 A; 2YYO A; 1NQD A; 4K40 A; 5AVA A; 4LEJ A; 2QQK A; 5FRE A; 1W9F A; 2B46 X; 3R6S A; 1EPW A; 4GH4 C; 3PU3 A; 3S6P A; 1YQ2 A; 4QHO A; 4XJA A; 1Q8P A; 2PHT A; 4GAL A; 4D6S A; 5H9R A; 4MHR A; 1SG3 A; 3C3V A; 4OI0 A; 4WV8 A; 1LED A; 1XOY A; 3LSD A; 1XU2 A; 4BJ0 A; 5C4W B; 1W0P A; 3OUI A; 2UWB A; 1VPH A; 2WO1 A; 3ITQ A; 3SQO A; 1ND2 A; 1J59 A; 3FFQ A; 4HAN A; 3OJB A; 1RJ7 A; 1BVP 1; 3WHU A; 5B4N A; 4WM7 A; 5FZ7 A; 1UY3 A; 3LOB A; 5A32 B; 5FK7 A; 1QJZ A; 1WLW A; 1YQ6 A; 1QJX 3; 4QU1 A; 2R07 2; 2J1A A; 4CCD A; 1XB9 A; 3WNX A; 4Y22 B; 1HX6 A; 3ZFF B; 3OY8 B; 1EV1 2; 4CEY C; 5KR7 A; 3VD9 A; 1WW5 A; 5DDJ 1; 5F7U A; 4QAW A; 4IDZ A; 4KBZ A; 4XFC A; 1QNY A; 3H3U A; 3VZN A; 3VN4 A; 4LBM A; 3ILN A; 5M0T A; 4CDX B; 4FFH A; 1S2E A; 1AL0 G; 3WCR A; 4YVS A; 4XFI A; 2CNA A; 2UYB A; 3B00 A; 2BW8 A; 2VMC A; 2KM2 A; 2A3W A; 3EYP A; 4LPL A; 2JG8 B; 1VBE 3; 3ME2 A; 1H4H A; 4N9H A; 1KJL A; 1COV 2; 3Q8A A; 5ERL A; 4CA9 A; 1L3J A; 1BK1 A; 3LD8 A; 4MGZ E; 5LBF A; 5JXI A; 1CJD A; 3PVE A; 4NHM A; 4DXZ A; 1AL2 2; 1VBC 3; 5BNP B; 1CGP A; 1Q56 A; 4YFZ A; 1DP0 A; 2GNB A; 2ILM A; 1RMU 1; 1W8U A; 2IXK A; 2OII A; 2P17 A; 2HWC 1; 3RWN A; 5B2G B; 2VOW A; 3RZK A; 3C2U A; 2XHN A; 4BCU A; 4O61 A; 4H7M A; 3FX3 A; 2XJS A; 1Y3T A; 3I3M A; 4LKD A; 1TMF 3; 4Y3O A; 5A1F A; 2YGL A; 1GOH A; 2NN8 A; 1DF0 A; 3T4H B; 1KDK A; 2EXK A; 2PAK A; 4I0B A; 2HWD 1; 3U11 A; 3IT8 A; 5FDB A; 5CKN A; 3IAQ A; 2OXB A; 4QMA A; 5C3S A; 2WO3 A; 1PHM A; 3K3N A; 4LBQ D; 5IHR A; 4XXA A; 2BVV A; 4RFR B; 4YFW A; 1QMJ A; 1ZZ9 A; 3URF A; 1PGS A; 3ZIX A; 4RQP C; 4CPB A; 2DU1 A; 3P1I A; 3E5X A; 5C8C A; 2J1T A; 1AYN 3; 4GH4 B; 4S2G A; 1Q5O A; 2EXH A; 3FHQ A; 4HMZ A; 2JG9 B; 2WS9 3; 3UET A; 3GBG A; 1RUF 2; 3SCF A; 5EYY A; 1C5H A; 4B4P A; 2Y0I A; 3WX5 A; 3WNN A; 3UKT A; 2BZD A; 5ANQ A; 4YNI A; 5FCC A; 4Q8K A; 2H0B A; 3C7E A; 5K0U B; 5AC9 3; 4HKW A; 3LEI A; 5BXX A; 1W6P B; 5C3R A; 4I02 A; 1AXZ A; 4XFB A; 3IDB B; 4KGQ A; 2R1D A; 4XUR A; 5GZE A; 3C7F A; 3GHN A; 2QQL A; 4IGQ A; 5BNO C; 1O91 A; 1VRB A; 2KXL A; 4X6Q B; 4CXX A; 4I09 A; 2BBV A; 2CGN A; 4IQP A; 4Y24 A; 2DVG A; 1YNA A; 3RQ0 A; 2WZP P; 2RHP A; 3KQR A; 5DG1 A; 1F4H A; 2XWJ B; 4FPY A; 5BYN A; 1JMU B; 5H9P A; 4XF9 A; 4LO8 A; 4FAG A; 5A1A A; 5J96 B; 4H2A A; 4YM3 A; 2W0X A; 1O5U A; 1O3S A; 2GME A; 4M4P A; 3U07 A; 2W46 A; 2OX0 A; 3CU7 A; 4XF1 A; 4XF3 A; 3KT1 A; 4FPG A; 4FPO B; 1E57 A; 1R08 3; 1IKQ A; 4LLO A; 5JMO A; 4BLI A; 1VE0 A; 1OPM A; 2D6M A; 3N3H A; 4CU8 A; 4XE9 A; 2KR2 A; 2B4K A; 4QU2 A; 2Q1M A; 1ND3 A; 2V5D A; 3AYA A; 4HSL A; 1LU2 A; 4NWW A; 5DAP A; 5LAT A; 3S5A A; 4A42 A; 5FWJ A; 2HBT A; 2XBO 3; 4FP3 A; 3KB5 A; 3POS A; 4K9S A; 3T08 A; 1LHU A; 1DGW X; 3WQ0 A; 3DPR B; 1A3K A; 2A3Y A; 2JXA A; 1O3Q A; 4CTE A; 2YXS A; 3WNL A; 1J3Q A; 2OZJ A; 2YFU A; 4ITC A; 2Q8C A; 1X50 A; 2A6V A; 3U14 A; 1HRV 1; 3PUH A; 1YEW A; 2A3X A; 1ZBA 1; 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