The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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sequence length |
203
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structure length |
200
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Chain Sequence |
SWRHIRAEGLDSSYTVLFGKAEADEIFQELEKEVEYFTGALARVQVFGKWHSVPRKQATYGDAGLTYTFSGLTLSPKPWIPVLERIRDHVSGVTGQTFNFVLINRYKDGSDHICEHRDDERELAPGSPIASVSFGASRDFVFRHKDSRPSRRVAVVRLPLAHGSLLMMNHPTNTHWYHSLPVRKKVLAPRVNLTFRKILL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of DNA/RNA repair enzymes AlkB and ABH2 bound to dsDNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase/dna
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DTP*DAP*DTP*(MA7)P*DAP*DCP*DTP*DGP*DC
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| total genus |
52
|
| structure length |
200
|
| sequence length |
203
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.33: DNA oxidative demethylase. |
| pdb deposition date | 2008-01-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13532 | 2OG-FeII_Oxy_2 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H8X A; 3S57 A; 3T4V A; 4ZS2 A; 2IUW A; 4QKN A; 4NPM A; 3T4H B; 3H8O A; 4OCT A; 3O1T A; 3O1S A; 3BTY A; 4NII A; 4QKB A; 4ZHN A; 4NID A; 4CXX A; 3O1M A; 4NJ4 A; 3S5A A; 4NIH A; 4QKF A; 3BIE A; 3O1V A; 4JHT A; 3BTX A; 3RZM A; 4O7X A; 4IE7 A; 5DAB A; 4MG2 A; 3RZJ A; 3BI3 A; 3O1R A; 4QKD A; 2FDI A; 3I2O A; 3H8R A; 3LFM A; 4IDZ A; 4IE0 A; 3BU0 A; 4QHO A; 4MGT A; 3T3Y A; 3O1P A; 4IE4 A; 3RZL A; 4NRM A; 3RZK A; 3KHC A; 5F8P A; 3RZH A; 4CXY A; 2FDK A; 3BKZ A; 4IE5 A; 2FDH A; 3BTZ A; 4NPL A; 3O1U A; 4O61 A; 2FD8 A; 4NIG A; 3I3M A; 2FDJ A; 3KHB A; 2FDF A; 3I49 A; 4NRP A; 4RFR B; 3BUC A; 3I3Q A; 2FDG A; 4NRO A; 4NRQ A; 3RZG A; 4CXW A; 4IE6 A; 4ZS3 A; 3O1O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V00 A; 1FYU A; 3RWN A; 3MIE A; 3AMN A; 5KXC A; 2CAU A; 2RM2 2; 1AJK A; 3AP9 A; 3PU8 A; 2WNU C; 2VUC A; 4QPG A; 5T5P A; 4FTS A; 1RUH 3; 1IS3 A; 2QE3 A; 2VZ1 A; 4OFG A; 2E63 A; 4Q4X 2; 2VBB A; 2AGS A; 5EJ1 B; 1NLQ A; 3W9A A; 1LAJ A; 1UU4 A; 1SG3 A; 3T4H B; 3GBW A; 5DAX A; 3ZYR A; 4BIS A; 4DB5 A; 3ORJ A; 5CKN A; 4Z1V A; 2QVS B; 2ET7 A; 2JDK A; 2R04 1; 5JR2 A; 1JOB A; 4ISQ A; 4BXF A; 4CZS A; 2XG3 A; 2BZD A; 3WZ1 A; 4B1M A; 1V9U 2; 2AC1 A; 2D5H A; 2XR4 A; 4D3W A; 1G8W A; 5JUV A; 1QHD A; 1QH7 A; 1TNR A; 5HV4 A; 1ODM A; 2HWD 1; 2PHX A; 1VBA 1; 3T0A A; 2A70 A; 1DGW X; 1PHM A; 4Q8K A; 4CPB A; 3R0R A; 1YHF A; 1CAX B; 2JDY A; 3HAG A; 4OLL A; 4JKL A; 4I30 A; 5FZI A; 3WNP A; 5F9T A; 1CAW A; 2VCA A; 2XDV A; 1JMU B; 1K5M A; 2WA3 A; 3AC0 A; 3TOJ A; 3TYJ A; 3HNB M; 4A7Y A; 1LHN A; 3CJX A; 1K3I A; 3MLL A; 3VHN A; 2P37 A; 2XWB B; 3M2M A; 1JOD A; 1GQG A; 2XJT A; 4E4H A; 1W90 A; 2D98 A; 2R30 A; 1TME 1; 3SNM A; 4PDW A; 4QKD A; 4AFM A; 5A6Y A; 4YW3 A; 1L7Q A; 5F5A A; 4I02 A; 3WEZ A; 4E8C A; 1RGS A; 4YW1 A; 3NNL A; 4QX7 A; 4X8N A; 4XJ9 A; 2VG9 A; 1S55 A; 5CVR A; 3CIH A; 2DVA A; 4E2S A; 2YMZ A; 1UU5 A; 2HBT A; 1D4M 2; 3QH6 A; 5IAX A; 1CX1 A; 4LUM A; 2ZKL A; 3P6B A; 4I0A A; 3L2H A; 2D3S A; 2UYB A; 3KHC A; 3DXU A; 1DLC A; 5IHR A; 1NCR B; 3PU3 A; 5JPM B; 4XFF A; 3GYD A; 4ES9 A; 4HN1 A; 3H1W A; 3LA7 A; 4AQS A; 5LA0 A; 1LOA A; 4YG0 A; 3MUY 1; 3AM2 A; 1OLM A; 1J3R A; 2QQJ A; 3GM8 A; 4HK8 A; 2YFZ A; 2R06 2; 4PI0 A; 1GZC A; 1OLM E; 5LK5 A; 1U5Y A; 1UIK A; 1W9W A; 1DDL A; 2J1V A; 2VZO A; 4AI2 A; 2ZX0 A; 5F6L B; 1JN2 P; 4QHZ A; 3RNS A; 1JZ5 A; 4QU1 A; 4LHK A; 1BMV 2; 3V0A B; 4ITC A; 4QDQ A; 3N9M A; 4BK4 A; 4C0H A; 4MET A; 4ZON A; 1A8D A; 1VBB 2; 5C70 A; 2DUR A; 3IWZ A; 2BNO A; 1UY2 A; 2Y6L A; 3JZV A; 1LHO A; 4QXK A; 3MO4 A; 1POV 1; 4FFF A; 4UOJ A; 2FDG A; 1H4H A; 3ZYB A; 2ERF A; 2XJP A; 5CFD C; 1OXC A; 2Y0I A; 2VZU A; 3K4Z A; 2VCB A; 1V0A A; 3C7G A; 3VDC A; 3JD7 1; 4A41 A; 5C9A C; 3K4A A; 1O4Y A; 4ZXK A; 3P3N A; 2Q8O A; 1JHJ A; 2W87 A; 1RIN A; 3NMB A; 2WFF 2; 2C1F A; 1GUI A; 4EV0 A; 2ET1 A; 2RS3 1; 5FP3 A; 3CHX A; 2FCU A; 3CEW A; 3PVB B; 4DY3 A; 1GYK A; 4WBB A; 4AE2 A; 3VD9 A; 1GP6 A; 1VIW B; 2KA3 A; 3PDQ A; 1PVC 1; 2O8O A; 3ZVX A; 1QQP 3; 2XVK A; 2GMM A; 2HWE 3; 2XVG A; 4WVW A; 5F3G A; 5F5Q A; 3SHR A; 4PQQ A; 1EAH 2; 1KGY A; 1NUK A; 2E32 A; 3G6J B; 3EJK A; 3GNE A; 3WF1 A; 3EHK A; 4LE3 A; 4MZU A; 4QDS A; 3LCP A; 1IS6 A; 2JE8 A; 3VBU B; 1G9A A; 3FUO A; 3WF4 A; 3WQB A; 1MZ6 A; 2WT0 A; 1FOD 1; 4B4P A; 3SKJ E; 3V64 A; 5LA2 A; 2BTV C; 5GZG A; 3ZDV A; 3VZK A; 4OCT A; 5FZC A; 3ZYH A; 5FYT A; 5LEK A; 3M3Q A; 4QPI B; 5FUP A; 4IEX A; 2BDR A; 1B35 C; 1SLA A; 4N43 B; 4K1Y A; 1AHS A; 2W47 A; 2ATF A; 3WDT A; 1YFX A; 1BCX A; 3LA3 A; 3N9P A; 1VRH 3; 4IEQ A; 4QQH A; 4RQP C; 4CP9 A; 1N3Q A; 1AL2 2; 3MLJ A; 5EHD A; 1CIW A; 3MEP A; 3SC7 X; 4Y1X A; 1GIC A; 3OY8 A; 3A22 A; 5K8S A; 2VUD A; 4GB3 1; 1OVP A; 2WDB A; 3U37 A; 1W9F A; 4LA2 A; 5C4W C; 5A32 A; 5DAB A; 5DAW A; 5B2G B; 1CJP A; 5GM0 A; 2EAA A; 5ABJ B; 2X10 A; 4LKF A; 1UYX A; 2W3J A; 3AJZ A; 3W21 A; 2ZGO A; 1R1Z A; 1OH3 A; 5T54 A; 3N4M A; 4Q5O A; 4EN6 B; 5F7U A; 3ROU A; 1OHF A; 3D4K A; 1OMI A; 5HCA A; 3WUD A; 1K5J A; 5DUV A; 3NNM A; 4CUG A; 1FMD 1; 4JTO A; 4D8M A; 2VE1 A; 3NNG A; 1YJL A; 1O3R A; 1R08 3; 4ERO A; 3OF1 A; 3HNY M; 5DZG A; 1GZW A; 5IYY A; 1WCQ A; 4IEZ A; 4CUC A; 5HV0 A; 4N7I A; 3ZO0 B; 3KGL A; 5JOZ A; 4WM8 A; 5D2A A; 4QM8 A; 4OQ8 A; 1ST8 A; 2Q5T A; 3OB8 A; 4QPY A; 4GXL A; 1RUO A; 3RZH A; 4CXY A; 4MVT A; 2QNK A; 4HVO A; 1HKD A; 3LAG A; 4BPZ A; 4YWA A; 1XBF A; 2DBI A; 3AMM A; 2AYH A; 4IV1 C; 3UV9 A; 2Z69 A; 2JE7 A; 1EPZ A; 1C8M 3; 4PJY A; 5DPN A; 4DIN B; 1W0O A; 3ETQ A; 4AVV A; 2P2K A; 2WO1 A; 4EWA A; 4QU2 A; 4KWK A; 4MGI E; 3PIJ A; 2K46 A; 1X8E A; 4LBO A; 5A7N A; 3SIS A; 2JX9 A; 4AYU A; 1SDD B; 5I8Y A; 1NXM A; 4YGD A; 1AR8 3; 5FMO S; 4NHM A; 4TWT A; 1XB9 A; 2VXJ A; 1F35 A; 1GLH A; 2WQZ C; 3VDA A; 3O5S A; 4JCK A; 3ZM8 A; 5T5J A; 1PZ9 A; 3K46 A; 4RA0 A; 3RFR A; 4XDO A; 4AHX A; 1D0H A; 1IG3 A; 1J3P A; 1SQ4 A; 1OSG A; 2JG9 B; 2XJR A; 3V56 A; 1GWL A; 4MSV A; 3FFZ A; 5BNN B; 5C3P A; 1GP4 A; 4NRQ A; 1VBE 1; 3RZG A; 3HJR A; 1UPS A; 4FVV A; 4LTA A; 4P08 A; 4HXC A; 1HXS 3; 3QOP A; 4YPJ A; 3TNP B; 3WF0 A; 4JC1 A; 1PO1 1; 2R7E B; 4HKO A; 4IE6 A; 4RL7 A; 5AFE A; 4Q4V 3; 1ZRE A; 2NM1 A; 1EP0 A; 5A7W A; 3ZXD A; 4IGQ A; 5C33 A; 1BZW A; 1GU3 A; 5FZG A; 3QH7 A; 5CIS A; 5CA6 A; 3UES A; 3WXP A; 1W8Z A; 5FQ0 A; 5F3I A; 3WDV A; 1WUV A; 5FMD A; 2UUR A; 4W8J A; 5FAX A; 5FY4 A; 3HR9 A; 1X8M A; 3RMY A; 3ZN6 A; 1F8V A; 1VMJ A; 5JSO A; 1IZ3 A; 1ND2 C; 1KD7 A; 1UX7 A; 1BQP A; 3O0W A; 2R04 3; 2ARE A; 3HMY A; 4KG0 A; 4KGG A; 5F2S A; 3WNX A; 3N7M A; 3OBR A; 1I5P A; 5C8C C; 1YLL A; 4CDX C; 5CZK A; 4QPG C; 4H7M A; 2FZ2 A; 1OA2 A; 2HLE A; 2WSV A; 4WVV A; 1ENR A; 2HWD 3; 2ZGT A; 2XUE A; 2WO2 A; 1VBA 3; 1OFN A; 4AAX A; 2XBO 3; 4XC9 A; 1X50 A; 3O1V A; 5DZF A; 1K45 A; 2OUH A; 3O14 A; 4E4S A; 3J8F 1; 4NHX A; 1AYN 2; 2D6K A; 4GUL A; 1ULD A; 2E33 A; 5FBZ A; 5CFC B; 2CGN A; 3B01 A; 1GZ9 A; 1RXF A; 2W95 A; 1H4G A; 3LEG A; 4MXW B; 1RUD 1; 3ZFE B; 3I3D A; 3DKQ A; 5FK7 A; 3WF3 A; 1ND3 B; 2RJ2 A; 1QJF A; 1C3H A; 5KXD A; 1CD3 G; 5FZ9 A; 3MW3 A; 3LF7 A; 1AX1 A; 1TME 3; 2XJS A; 3N7J A; 3QLQ A; 4OI4 A; 5IVJ A; 3H3L A; 1WLT A; 3O1R A; 1O4T A; 2WS9 1; 3N7L A; 5FPU A; 1SLI A; 2JIG A; 1JTZ X; 3I97 A; 3LEK A; 3H8R A; 4MGT A; 1YRZ A; 3ACG A; 1G7Y A; 2GAL A; 2JG8 C; 4FI9 A; 5E1R A; 1WLW A; 1WMF A; 4IV3 A; 4FAG A; 1R64 A; 1QJX 1; 5KXB A; 5FZ3 A; 2VMC A; 4DRR A; 2EAK A; 1QNY A; 4Y3O A; 3U4X A; 1R1A 1; 1QMJ A; 1ZBA 1; 3IDB B; 3SH5 A; 4GZ9 A; 1FXZ A; 4Y5T A; 2J1T A; 4I01 A; 1OPM A; 1ACC A; 4K8F A; 2DU1 A; 1RUG 1; 2WYS A; 1SMV A; 2WWJ A; 2DVD A; 5A7O A; 1PNF A; 2XWJ B; 1OUS A; 3KV4 A; 4XXP A; 2NPI A; 4Z92 B; 1ZRD A; 5CEH A; 1O7F A; 2YC4 A; 1NCQ A; 3A0K A; 4COU A; 2P17 A; 1QDO A; 2BWC A; 2ZML A; 5GLZ A; 3LWC A; 4AGV A; 4DQA A; 2ZGM A; 2PHF A; 2EXI A; 2PHL A; 3VZL A; 1UWW A; 3ZXK A; 3IBM A; 4B4Q A; 3GAL A; 1CAV A; 1H9P A; 2QTW B; 5I93 A; 4CDW C; 5EYX A; 2PTM A; 4OHY A; 1LU1 A; 2GDF A; 3ACF A; 3ZR6 A; 5J7M A; 4Q4W 1; 1DQ1 A; 1POV 3; 4OVE A; 4MOA A; 5FBJ A; 3MUZ 1; 4JX0 A; 4LA3 A; 1FPN 2; 4E9K A; 1O5L A; 4FPE A; 4RFT 0; 1UQX A; 2JDA A; 3BPS A; 3JD7 3; 1VBC 2; 2YPD A; 3OPW A; 2PLV 1; 1NA1 A; 5D8A A; 2PXJ A; 4HSL A; 1W04 A; 2PN5 A; 2X5I C; 2GME A; 4NR1 A; 4UFK A; 1MEC 2; 2OQ7 A; 2ZPX A; 3ALQ A; 4XFI A; 2RS3 3; 3C7E A; 4DFS A; 2QQM A; 4E4Z A; 4UW4 A; 2VU9 A; 2OYZ A; 4OQ9 A; 4DEQ A; 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5FO7 B; 4LO6 B; 4YGC A; 1O6U A; 3LSE A; 5GAL A; 1UPI A; 2QJV A; 1LTE A; 1V6N A; 2D3R A; 3NL1 A; 5FXX A; 3U07 A; 1RUH 2; 1U5X A; 4UT5 A; 2BFU L; 5KR7 A; 2HWF 1; 3RG0 A; 3Q9O A; 5HCF A; 1JUH A; 2MNG A; 4DOU A; 1VAL A; 4IEU A; 5C4W B; 2CV6 A; 1CES A; 5BXX A; 5I8S A; 1WKY A; 2A6V A; 4BQW A; 1O8P A; 2ADE A; 2BV4 A; 4BXS V; 1YFU A; 1W6O B; 4LKE A; 4MO3 M; 4XZU G; 3NJX A; 1PO2 1; 4YVS C; 1YUD A; 3VZN A; 3R6S A; 2D7F A; 2PEL A; 3HOB A; 4GJZ A; 4XF4 A; 3I2H A; 4AQ6 A; 1EPW A; 5J96 B; 4KGQ A; 3IZO A; 1DYP A; 4I09 A; 3WNN A; 3TEZ A; 3H3Z A; 3C8X A; 2EA7 A; 1STM A; 2W39 A; 3JQW A; 1X9T A; 4OI1 A; 1RVF 3; 2EVX A; 1OA3 A; 1OD3 A; 2XLF A; 2GU9 A; 2X29 A; 2G9Z A; 1J84 A; 4Y1Z A; 5IVE A; 4DPN A; 4OMD A; 1D2S A; 4NWV A; 4OI2 A; 4RS5 C; 4Q0U A; 4O9G A; 4S2D A; 5L7O B; 2GC0 A; 2RDR A; 1W8W A; 5LA9 A; 4DUV A; 2Y64 A; 1R09 1; 4HET A; 4IV1 B; 1UXX X; 1HRV 1; 2SLI A; 5H9P A; 3I59 A; 4A6S A; 4E8D A; 1ZX5 A; 4NO4 A; 5EP9 A; 2Y6K A; 1PO1 3; 1AR7 1; 3JB8 A; 2ZXQ A; 4LK7 A; 4E4D X; 3E6C C; 2QUO A; 3A0N A; 5FTT C; 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