The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
49
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sequence length |
202
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structure length |
202
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Chain Sequence |
EPLAAGAVILRRFAFNAAEQLIRDINDVASQSPFRQMVTPGGYTMSVAMTNCGHLGWTTHRQGYLYSPIDPQTNKPWPAMPQSFHNLCQRAATAAGYPDFQPDACLINRYAPGAKLCLHQDKDEPDLRAPIVSVSLGLPAIFQFGGLKRNDPLKRLLLEHGDVVVWGGESRLFYHGIQPLKAGFHPLTIDCRYNLTFRQAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Iron-catalysed oxidation intermediates captured in a DNA repair dioxygenase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
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total genus |
49
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structure length |
202
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sequence length |
202
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ec nomenclature |
ec
1.14.11.33: DNA oxidative demethylase. |
pdb deposition date | 2010-07-21 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BTX A; 4NIH A; 3I3Q A; 3T3Y A; 3RZG A; 3H8R A; 2FDH A; 2FDK A; 4QKB A; 3BKZ A; 3H8O A; 3O1M A; 4IE0 A; 4MG2 A; 3O1O A; 2FDI A; 3RZH A; 3RZK A; 3H8X A; 2FDG A; 4NRQ A; 3KHC A; 3S57 A; 5F8P A; 4ZS3 A; 3BTY A; 3RZJ A; 4NPL A; 4NII A; 2FDF A; 4QKF A; 4IE7 A; 3I3M A; 3BTZ A; 3T4H B; 4NRM A; 3BU0 A; 4IE6 A; 3LFM A; 3S5A A; 4IDZ A; 3O1T A; 4IE4 A; 3I2O A; 3KHB A; 4IE5 A; 4QHO A; 4NIG A; 3O1R A; 3BI3 A; 3O1V A; 4MGT A; 4ZHN A; 2FDJ A; 3I49 A; 2IUW A; 4QKN A; 4JHT A; 5DAB A; 4QKD A; 3BUC A; 4NPM A; 4RFR B; 4NJ4 A; 3O1P A; 3RZL A; 4O61 A; 3O1U A; 4ZS2 A; 4NID A; 3BIE A; 4OCT A; 3RZM A; 4NRO A; 4CXY A; 4O7X A; 2FD8 A; 4CXX A; 4NRP A; 3O1S A; 3T4V A; 4CXW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FFQ A; 1H9P A; 4XHX A; 4XTM A; 3ZOI A; 4OI2 A; 1X36 A; 1S0J A; 3IIA A; 3RZG A; 3M2M A; 3KV4 A; 2WO1 A; 4LHK A; 3W5M A; 1AYM 1; 2V72 A; 1AR6 1; 3H8R A; 1MS8 A; 1I9R A; 5KXB A; 2VW1 A; 1AR7 3; 3P3N A; 3PTR B; 2FDK A; 4DXT A; 3IBM A; 3WOG A; 2RS1 1; 4LLF A; 2Y6L A; 1ACC A; 1R1A 3; 5H9S A; 2IC1 A; 3OSD A; 4YZ2 A; 3N4M A; 2D3P A; 2X29 A; 1JN2 P; 1CIY A; 2Q1F A; 4PQ9 A; 1ZBE 2; 4Q1R A; 1APN A; 2GH8 A; 4CEY C; 1WGP A; 5T3N A; 3C7G A; 5DDJ 3; 1K5J A; 1O4Y A; 5BNQ A; 4DRR A; 4URT A; 1HXS 1; 2C24 A; 2O0O A; 5FDB A; 2VPV A; 4UF0 A; 3U10 A; 1AJK A; 1VBC 3; 2GAU A; 2ZAB A; 4QU1 A; 1YIF A; 4BMB A; 4BYY A; 5KHH A; 3DXT A; 1ND3 A; 1TME 1; 3ETQ A; 4LUL A; 5FP9 A; 4FAH A; 2BU9 A; 4AI8 A; 4AYU A; 1AHS A; 2JEN A; 3QCW A; 2QFE A; 4CEW A; 5M0T A; 5IW0 A; 4MX3 A; 5GKA C; 1CON A; 5BYN A; 2A6W A; 3B93 A; 2WN2 A; 4UBH A; 1DGW A; 4AHX A; 5A7S A; 5D8A B; 1RJ8 A; 1RUE 1; 5FKB A; 2WFP A; 1VB4 A; 5CIR A; 3FLR A; 3JBG 2; 4S2D A; 1ZBA 2; 5ABJ C; 3URF A; 2VMG A; 3OTF A; 4IEY A; 5BUV A; 4W6X A; 3OBZ A; 4P9I A; 3WV6 A; 5HV0 A; 3TYJ A; 2PA7 A; 2JX9 A; 3DKQ A; 2VZV A; 4FPJ A; 4B29 A; 2D40 A; 5KXE A; 4LBM A; 2CNA A; 2P4E A; 3E1F 1; 3ZXF A; 3WF0 A; 1D0H A; 1FI2 A; 1NA1 B; 2BTV C; 4FP2 A; 3WUC A; 4CCK A; 2RM2 1; 5FY7 A; 5FMO S; 3AZV A; 2J1U A; 1S2K A; 1G9D A; 3B7M A; 1C3H A; 4LT5 A; 4WVM B; 1H8T B; 1VBB 1; 2WYS A; 3AP7 A; 1ZZC A; 3GJB A; 1XNA A; 2X5I C; 4KG0 A; 2RDS A; 3HEI A; 4NWV A; 5JWP A; 1MEC 3; 5JPM B; 4OQ9 A; 4EWA A; 1N3P A; 3LDR A; 1NG0 A; 1G9C A; 4CE8 A; 4N43 A; 1CIW A; 4YGB A; 5LA2 A; 2D44 A; 4JZR A; 2YB7 A; 3NKT A; 4OHX A; 5DN2 A; 3I3D A; 3APB A; 1G9F A; 1JBC A; 5LA9 A; 1UMZ A; 5K0U C; 2WO2 A; 5AVP A; 1K42 A; 3M70 A; 4QPI C; 4WM7 A; 1AYN 3; 3KVB A; 2D7F A; 4ASL A; 1BEV 3; 3TWI A; 1K5M C; 2WNV A; 4DMI A; 1EPZ A; 4MGZ E; 5SV8 A; 4GJY A; 4BQX A; 1UU5 A; 4MHU A; 2WNU A; 4ZS2 A; 1JZ4 A; 3I2G A; 3KV6 A; 2DVA A; 3J7M A; 1VBA 3; 1XND A; 5BV6 A; 2YFZ A; 4YGC A; 5LCW L; 4R9B A; 4CXX A; 5GZD A; 2RS5 1; 4XE9 A; 1DFQ A; 1W90 A; 4CCM A; 1R09 3; 2MEV 2; 1OQE A; 3IPV A; 4W4Z A; 1WW6 A; 4RGA A; 5F3G A; 4Q4W 1; 4BQ1 A; 4CPB D; 5J96 B; 3V0B A; 1AL0 G; 4BH9 A; 4CCN A; 1O3S A; 3RWN A; 1IS5 A; 4IV1 C; 2E26 A; 2W1Q A; 5DUU A; 2LRO A; 4Q4V 3; 1X8M A; 4JDM A; 3WF4 A; 5BNN C; 3KGL A; 2Y6H A; 5C4W A; 1TVG A; 3R4U A; 4P9J A; 3AL5 A; 4QX5 A; 5EPA A; 1VIW B; 1LUL A; 3O7O A; 1Y7B A; 1RUH 1; 2VOV A; 1AR9 1; 3PUQ A; 3E6C C; 1RIN A; 4P14 A; 4CPB A; 2R49 A; 1MVQ A; 3HR9 A; 1RUG 1; 4D3W A; 2FDI A; 2JG9 B; 4Y20 A; 1RVF 2; 1NAE A; 4BLI A; 5CKQ A; 3TN9 2; 3C7O A; 2HWE 2; 1Y43 B; 3VD5 A; 3VHO A; 1VBE 2; 4Q0P A; 2XON A; 3FUO A; 1JYX A; 4MSV A; 2CAV A; 1ZRI A; 2WQ4 A; 2SLI A; 3FFZ A; 3S57 A; 4MZU A; 3MZH A; 5IK7 A; 5DAP A; 1GWK A; 2EIG A; 2GC2 A; 1VRH 1; 2HLE A; 3W5N A; 3CJI B; 3FUQ A; 4W6Y A; 1X9P A; 4XUQ A; 3WNN A; 1WMF A; 4IEW A; 1QY4 A; 3QH7 A; 3LA3 A; 4YGD A; 3AP6 A; 5C9A A; 4YZ3 A; 3N7M A; 2E7Q A; 5A1L A; 4NRM A; 4NR1 A; 5KHI A; 4IE6 A; 4GUL A; 3S5A A; 4ZON A; 4F8A A; 3MIB A; 5LBB A; 3LWC A; 4XCA A; 2UY8 A; 4HMZ A; 4XBQ A; 1AXK A; 5L19 A; 2AGS A; 2FMD A; 1NY7 1; 1Q8V A; 1ONA A; 4GD4 A; 2J1A A; 1LB2 A; 1V6J A; 1WBL A; 3WCS A; 3OUH A; 1XYP A; 2VBB A; 4EN0 A; 5F5I A; 1W6O B; 5A3W A; 2YRO A; 4JAA A; 1WLD A; 3HBZ A; 3LPF A; 3O0W A; 3CL1 A; 4FPF A; 3LOI A; 3PJQ A; 4NAM A; 4D8M A; 3AFG A; 5CAD A; 1W6P B; 5JPN B; 4CDU B; 1W3V A; 1UMI A; 1X50 A; 1W04 A; 2VMI A; 3RRD A; 2JDK A; 4XW3 A; 2HWC 2; 4GH4 B; 4HT1 T; 3GXU A; 1W6N B; 4Y1X A; 1J83 A; 5FFO C; 2VQU A; 1CES A; 4QPG A; 4RL7 A; 3ON7 A; 4XQD A; 5FUP A; 5T5L A; 2DFC A; 1HRI 1; 3AL6 A; 4BOW A; 5CU1 A; 1WKY A; 3OCP A; 4IV3 B; 4H7M A; 3BOD A; 1XU2 A; 3DKW A; 4COZ A; 2WZP P; 2D6K A; 2JG8 B; 2RR1 1; 1BQP A; 5JZG B; 5FZL A; 1OT5 A; 3LEI A; 4ZU7 A; 1ODM A; 3RJ2 X; 3ZSE A; 5ISL A; 4XIO A; 4XUO A; 4LE3 A; 4DPN A; 4B7K A; 2RVA A; 4CDX B; 4M00 A; 2WC2 A; 2WZE A; 2VH9 A; 3RGB A; 1Z7S 1; 1UYY A; 2Y6K A; 1ULO A; 3OPT A; 4B4P A; 2BNO A; 4UAP A; 2OZJ A; 4YYO A; 3ZFF C; 4JGZ A; 2ZMN A; 3DEM A; 5IAV A; 1C8M 2; 3RZM A; 4KQ7 A; 1EV1 1; 5F6L B; 3A0N A; 2VZO A; 4X6Q B; 2W1W A; 3VBU B; 2ADE A; 1F5F A; 3ZM8 A; 5BNO B; 1ZZ7 A; 2ZHL A; 2RJL A; 2EAK A; 2MEV 3; 2HBU A; 4H14 A; 3H1Y A; 4AEM A; 3ZN5 A; 2VGD A; 2WZ8 A; 3CNA A; 4KNC A; 3OGJ A; 1L3J A; 4AVA A; 2Q0A A; 2QQK A; 4Y4R A; 4XQW A; 3AFK A; 2H6B A; 4NOT A; 1S0G A; 3VL9 A; 2XVL A; 1UKG A; 3PUH A; 4KI5 M; 5IT6 A; 3O1M A; 1YEW A; 2GC3 A; 3IT8 A; 4A44 A; 5L7O B; 1WCD J; 3VBS A; 1NX9 A; 4LO7 A; 1CPM A; 3UL2 A; 1W8H A; 2RG4 A; 5BNP B; 3VBH B; 3P5B A; 3FMG A; 1I3H A; 1RVF 3; 1XYN A; 5FP4 A; 3KHC A; 1XE0 A; 4CUA A; 4FPG A; 2HWE 3; 3INA A; 4Y26 A; 4CCJ A; 3BOW A; 1VBE 3; 1ALY A; 3ECQ A; 3W58 A; 2PTM A; 1KJL A; 1POQ A; 3ETP A; 5D1I A; 3RZJ A; 4XTP A; 3ZO0 B; 3THD A; 3VBR A; 2UY9 A; 1XYO A; 3K51 A; 4K6B A; 4ZXK A; 2D6M A; 4XBN A; 1FOD 3; 3H3L A; 2A1X A; 1HV0 A; 5KR7 A; 1QXR A; 2Y34 A; 2IVI B; 3T4H B; 5FWJ A; 2F4L A; 3NKG A; 4DO0 A; 2VUJ A; 3H3U A; 2C6S A; 5FPA A; 4I0W B; 1V6L A; 4WVW A; 3SEE A; 3ZYF A; 1YRZ A; 2XQX A; 1GOF A; 4JGY B; 4LTA A; 4MV2 A; 1MS5 A; 1DIW A; 2AC1 A; 1KQR A; 2PHU A; 4C1X A; 1IG3 A; 2ZX0 A; 3ALQ A; 3GBG A; 4ZU5 A; 3ASI A; 3OYW A; 1XRU A; 4GWN A; 2C9K A; 3N36 A; 4I3G A; 4Q4X 1; 4ES9 A; 4PT6 A; 3BI3 A; 2Z2S B; 2HWF 2; 3G7D A; 3DPR A; 3OY8 B; 3MID A; 1EYB A; 4P9Y A; 4HPK A; 2DCZ A; 1IKP A; 1B35 C; 2IUW A; 3QH6 A; 5A3M A; 1QMJ A; 1F35 A; 4KGG A; 5HI0 A; 2HWC 3; 3SCG A; 5A32 A; 2LM3 A; 4MVT A; 1A8D A; 2BUK A; 5F2S A; 2GP5 A; 5CNA A; 2GZW A; 4QB1 A; 1S1A A; 5JMC A; 3DYM A; 4RQP C; 1HW5 A; 1R08 3; 3WQB A; 4Q4Y 2; 4N90 A; 4IL7 A; 5G05 L; 4I30 A; 1W03 A; 2ORX A; 1RUJ 3; 1H8V A; 2JG8 C; 3WHT A; 1H1I A; 4Z07 A; 2QQP A; 4LPL A; 2PAM A; 4IND A; 1HIX A; 1H4G A; 1LEM A; 5FZO B; 3UKV A; 4OHV A; 4D94 A; 2PHD A; 1DYO A; 4O61 A; 1SAC A; 2A6Y A; 3JD7 3; 1UY4 A; 1Y9M A; 1AYM 2; 1PGS A; 1S0E A; 1AR6 2; 1FMD 3; 3LIH A; 4FSJ A; 4OQ8 A; 5FAX A; 2JEM A; 1ZX5 A; 1DHK B; 1W8Z A; 4NID A; 5FPX A; 3BIE A; 1POV 3; 1QJE A; 4Q8L A; 4D69 A; 3AC0 A; 4L8Q A; 1HX6 A; 4NUB A; 1HN0 A; 5KHG A; 2VZ3 A; 1QIQ A; 1C5I A; 2ZHK A; 2CL2 A; 2CGO A; 1GOH A; 1OH3 A; 3SKJ E; 1HXS 2; 2XWJ B; 4Q2F A; 4YW6 A; 2VTX J; 1W2O A; 3GZT B; 3KGZ A; 5BNO C; 3ZXG A; 1BZW A; 1FAT A; 1TME 2; 3LSE A; 3AYE A; 4XF4 A; 2D6O X; 4JVA A; 5DZE A; 4YG3 A; 2VW0 A; 1XJA A; 2W9X A; 4ARX A; 4ZKT B; 4F83 A; 1J3P A; 2WLQ A; 1OFS A; 4Q5O A; 3U07 A; 1RUE 2; 1PK6 B; 5F37 A; 2CU5 A; 4RA0 A; 2GNT A; 5FZ0 A; 1X33 A; 4AG4 A; 5IVC A; 1H2M A; 1F2N A; 4AE2 A; 1IPJ A; 2OS2 A; 2QZ2 A; 1SZB A; 4KL1 A; 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1CX1 A; 1G7Y A; 3HNY M; 3HT2 A; 1LEC A; 2GNM A; 1HRV 1; 2P3J A; 1UPI A; 2RS5 2; 4E4S A; 2WO3 A; 3MLL A; 5FRE A; 3HVD A; 5FZ8 A; 3WF1 A; 2NMN A; 1LAJ A; 4PLN A; 4Q4W 2; 1NXD 1; 1YWK A; 1XB9 A; 2OQ6 A; 1UOG A; 4KG8 A; 3POW A; 5I0S A; 4C91 A; 4AED A; 5CEH A; 3T0D A; 1NCQ A; 1Q8Q A; 5I0U A; 3VZN A; 3E5Q A; 2DBI A; 2B4K A; 2ZBJ A; 5E6H A; 1O8S A; 4LNV A; 3T08 A; 3WDW A; 1JUI A; 1AR6 3; 2Y60 A; 3H42 B; 4Y5S A; 2YV8 A; 3D5O A; 1AR9 2; 2D6L X; 5JSP A; 4XIK A; 3EO6 A; 5JDB A; 1VBD 1; 4LKE A; 5FBJ A; 5C3Q A; 1MZ5 A; 4M3C A; 4FXG B; 2X10 A; 2JXA A; 3H1W A; 1RUG 2; 2BFU L; 2HWD 3; 2W92 A; 3J26 N; 4QM8 A; 3ZKU A; 1ZRR A; 4IXL A; 2R0F A; 4KBZ A; 4OHW A; 3K48 A; 5A7N A; 2C26 A; 3FHI B; 5K4L A; 3Q8F A; 4TLF A; 4J1X A; 3OF1 A; 2UU8 A; 4Y33 A; 3NNL A; 4M0H A; 1OA2 A; 2HKX A; 4QX1 A; 4AGR A; 4RGG A; 5JAX A; 4C1W A; 2XJV A; 1J3Q A; 4Z82 A; 4AL9 A; 4L92 A; 1TME 3; 1UXX X; 2OUJ A; 1CAV B; 4ZU4 A; 1GP6 A; 5JMO A; 3RYR A; 1V9U 3; 1VRH 2; 5FYH A; 2BNN A; 3NAP B; 3PTY A; 4EN8 B; 3MIH A; 4ITC A; 1UD1 A; 4CDQ A; 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