The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
AWKGEVLANNEAGQVTSIIYNPGDVITIVAAGWASYGPTQKWGPQGDREHPDQGLICHDAFCGALVMKIGNSGTIPVNTGLFRWVAPNNVQGAITLIYNDVPGTYGNNSGSFSVNIGKDQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Glycopeptide Dendrimer Inhibitor of the Galactose-Specific Lectin Leca and of Pseudomonas Aeruginosa Biofilms.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PA-I galactophilic lectin
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| molecule tags |
Sugar binding protein
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| source organism |
Pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / dsm 22644 / cip 104116 / jcm 14847 /
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| total genus |
22
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07828 | PA-IL | PA-IL-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Galactose-binding lectin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HN0 A; 5D21 A; 2VXJ A; 1W8U A; 1WZX A; 2WYF A; 4LKD A; 1OH3 A; 1GWK A; 4YW6 A; 1W8Z A; 4YWA A; 4AL9 A; 4BQ5 A; 1W9F A; 4LK6 A; 1W8W A; 4LKF A; 1GWL A; 3UT0 A; 2C24 A; 1UOJ A; 2KR2 A; 2O14 A; 4BQ3 A; 4CPB D; 1W90 A; 4LKE A; 4A6S A; 3ZYF A; 4LJH A; 3ZYH A; 4CP9 B; 2LRP A; 1W8T A; 2Q1F A; 4CPB A; 1GWM A; 1WMX A; 2LRO A; 3ZYB A; 4BQ2 A; 1OKO A; 4LK7 A; 1WCU A; 3F95 A; 4YW7 A; 3ORJ A; 4BQ4 A; 1V0A A; 4CP9 A; 2JWP A; 1L7L A; 2K46 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NE9 A; 3OGR A; 2HWC 2; 2J1E A; 1CJD A; 2P3I A; 3H0O A; 3J7N A; 3RZJ A; 4CUB A; 2BYV E; 2YMZ A; 3WHT A; 1A8M A; 2Y64 A; 4A44 A; 5H9P A; 3RZG A; 1JZ8 A; 2BDR A; 5FLI A; 3H3U A; 5JOY A; 1HJG A; 4GQ7 A; 4D6Q A; 4Q29 A; 3PLQ A; 1BVV A; 1LUL A; 2D6L X; 1RMU 2; 4AED A; 1H4H A; 3LWC A; 5A1L A; 3MZH A; 1BLZ A; 1RC6 A; 4RGG A; 4N43 A; 2V4V A; 5T55 A; 4BIF A; 2RM2 1; 2QQL A; 4QKN A; 4YGD A; 3WOG A; 2FDH A; 1QKQ A; 1Y9Q A; 1V00 A; 3SC7 X; 4LUL A; 2K9Z A; 2LM3 A; 1VR3 A; 4EWE A; 3VBS A; 5IK5 A; 2VU9 A; 2VUA A; 3AVR A; 2ZHM A; 4GZ9 A; 1ZBA 1; 1X50 A; 3N7K A; 1X8E A; 4IGQ A; 4FPJ A; 1GP4 A; 5APA A; 1COV 2; 1LOC A; 2XKP A; 3ZFF B; 5K0U B; 3D0S A; 2NMO A; 5CKN A; 1OLR A; 4OQ9 A; 3ZXA C; 4ZHN A; 1W9F A; 2J1A A; 2J22 A; 3WG1 A; 1CIW A; 3U0Z A; 5DDJ 3; 3MIG A; 1JZ6 A; 1QJY 2; 4MVT A; 3WDW A; 1CVN A; 5C9A A; 4GWN A; 4GJZ A; 4N9I A; 4MGT A; 1RUI 1; 5FP9 A; 2PHF A; 3LEG A; 3THD A; 5FUN A; 3W21 A; 4AF9 A; 5A70 A; 2DVB A; 3KT1 A; 1RUH 2; 1W3V A; 2VZO A; 3ZFG B; 4AHY A; 1AJK A; 1PM7 A; 1US3 A; 4GB3 3; 4I3P A; 3T1M A; 5ERL A; 4BQX A; 2C9K A; 3O0W A; 5J36 A; 2QJV A; 2VMH A; 4JTO A; 4RFR B; 3ZOI A; 1JUH A; 2R30 A; 2QKD A; 4H7L A; 1CAU A; 4HPK B; 2WNO A; 1JW6 A; 3VDD B; 5BNO C; 1AR9 3; 3P3P A; 1SDW A; 2K0G A; 5FOJ B; 3MGU A; 2YV8 A; 1Q5O A; 4A3Z A; 2H6C A; 3CDZ B; 5F39 A; 5FZ6 A; 3ZVX A; 1LOF C; 4CP0 A; 2YPJ A; 3T09 A; 3JBG 3; 1OVP A; 1ZYB A; 2OT7 A; 1RUE 3; 3WDV A; 4HET A; 4LOS A; 5CFD A; 5JOX A; 1S0B A; 4EQV A; 1S0G A; 4AAP A; 1W0P A; 2Q5T A; 5A7W A; 5I0S A; 4W6X A; 1HXS 1; 3RDI A; 4YSF A; 1BMV 2; 1WUV A; 4BCU A; 4DB5 A; 3B94 A; 4AW7 A; 4HXC A; 3S7E A; 4QXC A; 1HN0 A; 5FJK A; 1F8V A; 4Q4X 3; 2GN7 A; 1ZRF A; 1TME 2; 3PUR A; 4D3W A; 2CGN A; 4F7Z A; 2JX9 A; 3KWV A; 3LEK A; 5GZF A; 4A3X A; 1OD3 A; 3O1R A; 5EYY A; 2OKX A; 3LCP A; 1JHN A; 4JGY B; 4KBZ A; 3UYJ A; 3W59 A; 4CDX A; 4PDW C; 1UY3 A; 3WUC A; 1UZZ A; 2PYT A; 5SV5 A; 4MHU A; 5FUP A; 1EAH 3; 4DRV A; 3WVJ A; 4DUX A; 5JWP A; 1AR8 2; 1GOG A; 3ZIX A; 1WCU A; 3OD4 A; 4P5Y A; 2ZZQ A; 1U5Y A; 4QPI C; 5A3W A; 2TUN A; 1AX2 A; 1R08 2; 1UO9 A; 2JWP A; 4BZ4 A; 5C8C B; 1PK6 A; 2ZGQ A; 5CB7 A; 2YZ4 A; 3UV9 A; 3LFM A; 4NO4 A; 1RUF 1; 5FZA A; 4CDW B; 4Z1V A; 4PIX A; 4DXZ A; 3IT8 A; 1QNW A; 3VZO A; 5FPX A; 1UU5 A; 2HKX A; 1OUR A; 1ULC A; 4B4Q A; 5I8T A; 5C4W B; 1WLD A; 3DXU A; 1QQP 1; 2PA7 A; 2VQU A; 3ZXK A; 3FBM A; 1CPM A; 5DUU A; 1JTZ X; 4HZF A; 1GFF 2; 1WCK A; 3GJB A; 4LJH A; 5BY5 A; 1PMH X; 4IV3 B; 3M8L A; 4GJY A; 4YVS C; 4CDU A; 3MDP A; 4MHR A; 2DCK A; 4B3N A; 4IL7 A; 3PU3 A; 3Q8B A; 1S2E A; 5FCC A; 1RHI 2; 2WZR 2; 2WWS A; 2XML A; 2RS3 2; 2JDZ A; 4XAA A; 2OX0 A; 3CZU A; 3DYP A; 1NKG A; 2RV9 A; 5ABJ C; 2DUP A; 4XHB A; 3DPR A; 1LJ7 A; 1SCS A; 5TSW A; 3AMH A; 2WNE A; 4ATF A; 1L7R A; 1GAN A; 2W9X A; 2ZPX A; 1C8M 2; 4HVO A; 2FDF A; 2ZGT A; 2VZT A; 3NNG A; 1XJA A; 2FZ1 A; 3H3L A; 4PQQ A; 3RZL A; 1NLQ A; 1YFY A; 2A6Z A; 2XPJ A; 5FPV A; 1DQ5 A; 2VD7 A; 4Y24 A; 5A33 B; 3S57 A; 1IG3 A; 1SPP B; 3WW4 A; 3PME A; 1AL0 G; 2RE9 A; 4OUS A; 4O7X A; 2JD4 A; 2DBN A; 4JX0 A; 1SLT A; 2ZX3 A; 4P9I A; 3HN1 A; 1O3T A; 3S7I A; 1AR6 1; 3O1V A; 1VBA 2; 1WW5 A; 1QDO A; 4LBJ A; 3MPP G; 4HVR A; 2WQ8 A; 3I3Q A; 1QJX 1; 1H2M A; 2GH2 A; 2HWF 1; 3AKS A; 4WM8 B; 4CVU A; 4CCL A; 3WDT A; 4PQ9 A; 3VD3 A; 2RR1 1; 4AVB A; 3GNE A; 2VUJ A; 3UL2 A; 3WDX A; 4C91 A; 1FX5 A; 3BU7 A; 1YLL A; 3E5Q A; 2BZD A; 1LHV A; 4ZU7 A; 3V0B A; 1NLS A; 4MAD A; 2KR2 A; 5HCH A; 5D8A B; 1R09 3; 3VD5 A; 1IS6 A; 3M3I A; 3ZYF A; 4IEZ A; 1ND3 A; 1O4Z A; 3AP6 A; 4N53 B; 4OI0 A; 2RDQ A; 1VIW B; 4KWJ A; 5JXH A; 2C0Z A; 1LHU A; 1MQT A; 2HBT A; 4R9A A; 1S0F A; 5GLT A; 1G8W A; 5FXZ A; 1H6Y A; 1PHM A; 2J42 A; 5A7P A; 3O1O A; 4JDM A; 1GIC A; 3IKW A; 1VBC 1; 4CCC A; 1EPW A; 1V6M A; 1S0E A; 1QIQ A; 4FFH A; 5EJ3 A; 1LRH A; 1WZX A; 2XVK A; 2VZ1 A; 4DPN A; 1GUI A; 2EAA A; 3ZMO A; 1I5P A; 4QB2 A; 1GLH A; 5LRR A; 1JOB A; 1OUX A; 1S0D A; 1C28 A; 2E32 A; 5JPN B; 1AHS A; 4XEZ A; 2D3R A; 2Q0A A; 3SCF A; 3BTZ A; 1QXR A; 2ZBJ A; 1Z7S 2; 4WBB A; 4NHX A; 4HK9 A; 3BTY A; 4M3C B; 2JEM A; 5CZK A; 1F15 A; 1OKO A; 4XBQ A; 3BAL A; 4NRM A; 4PDW B; 4Y1U A; 5FZO B; 1HRV 2; 5FXX A; 3FFZ A; 3SKJ E; 5CIS A; 4ONU A; 1DZR A; 1RUJ 2; 1SAC A; 3N9L A; 1WA6 X; 1X8M A; 2O14 A; 3EJK A; 4H3W A; 5EZW A; 1PO2 1; 3N9M A; 3VBR A; 3VV1 A; 1COV 1; 3OGG A; 5CKM A; 2HEV F; 4ZS2 A; 2RHP A; 4QPI B; 4QQO A; 4LUK A; 4OI2 A; 3MO4 A; 4RHV 2; 1RJ7 A; 1JI6 A; 1JZ7 A; 2QQN A; 3PMS A; 2VQ0 A; 3AZX A; 3U1X A; 1QJY 1; 3C3V A; 1LED A; 1GZT A; 3CJI C; 1GYK A; 4L11 A; 4MOA A; 1C8N A; 2ERF A; 3VBO A; 1HRI 2; 2BNO A; 3S5Q A; 3HPN A; 5EPA A; 1U5X A; 2BWA A; 1WMX A; 2HWD 3; 4ZZ5 A; 3HMY A; 2AYH A; 1VMH A; 4M4R A; 1XC6 A; 3T08 A; 3WP6 A; 2Y33 A; 4GXL A; 4KG0 A; 3VBH C; 3FHI B; 4YVS B; 4AGV A; 1R1A 1; 4E2Q A; 5FY4 A; 1C5I A; 4OHY A; 4CTE A; 4NR1 A; 3OGS A; 1UYP A; 5KR7 A; 2P6H A; 5IJR A; 1PIV 2; 2J1U A; 2NPI A; 5F3G A; 1W06 A; 4C0B A; 2E7A A; 1W04 A; 2VMC A; 1O5L A; 2UUR A; 3OG2 A; 3ZN4 A; 1UN1 A; 5BNN B; 2VZV A; 3AP7 A; 5EHD A; 4OHZ A; 4XET A; 5FYU A; 2OUJ A; 1CX4 A; 2HEY F; 3ROU A; 3WG2 A; 2RVA A; 2BOI A; 4M0N A; 3IDB B; 3UET A; 1RUO A; 2IXK A; 4W4Z A; 4BXF A; 4UW6 A; 1NCQ A; 4YRD A; 3WW2 A; 1H8T B; 1RXG A; 3NKT A; 1W6P B; 3ZX7 A; 1BMV 1; 3ZFE C; 5IK8 A; 1EPZ A; 2BW8 A; 4J1X A; 2VCA A; 3T2Q A; 3PU8 A; 4AQT A; 3I3M A; 2EA7 A; 3UK9 A; 1UY0 A; 1B35 A; 1FXZ A; 1G9B A; 4BQY A; 2JG8 B; 3I59 B; 1TMF 2; 1J3P A; 1G86 A; 4CXY A; 2R1B A; 3RZH A; 2ZGK A; 4XFC A; 4BOW A; 4DOU A; 3A23 A; 5SV8 A; 3ILF A; 1M06 G; 1IOA A; 2YRO A; 4G9S B; 1GKB A; 4Q0Q A; 4Q1R A; 3ZSK A; 4DEQ A; 3NNJ A; 1YO8 A; 3NL1 A; 2IUW A; 2ZHL A; 2O8Q A; 2ATF A; 1VBD 3; 3B3Q E; 4YM2 A; 3DEM A; 3C7G A; 4COZ A; 1MVQ A; 2DCY A; 2QCS B; 4WVM B; 1W8T A; 4XUR A; 1VRB A; 4XJA A; 4E8C A; 4XE9 A; 1AR8 1; 3WZ1 A; 1AJO A; 1A6C A; 1POQ A; 3C2U A; 2R07 3; 1SEF A; 3EXU A; 3J9S A; 1F35 A; 2Y60 A; 1VAM A; 3MYX A; 5FR3 A; 4CU7 A; 2CTV A; 2QQJ A; 1G7Y A; 1GZW A; 5D1I A; 2X10 A; 1W3X A; 4FXK B; 5JSR A; 5IVY A; 4QU2 A; 4CXW A; 3LIG A; 2V5Y A; 2VOV A; 1KGY A; 4YM0 A; 1F4H A; 4MSV A; 4AHW A; 4EWA A; 2XBO 2; 4LBK A; 4LA2 A; 4A42 A; 4CEY B; 4QPG C; 1WME A; 4HKL A; 2Y6G A; 1H1I A; 2VOW A; 4GH4 A; 5DDJ 1; 3J7H A; 5T54 A; 4BME A; 4E4D X; 4AFA A; 1SLB A; 2FD8 A; 1Q8S A; 2WJS A; 3JD7 3; 2YXS A; 4NIG A; 4XCA A; 2WZR 1; 2VZ3 A; 4YVW C; 3DN7 A; 1QOO A; 3TB0 A; 5C3R A; 2RDS A; 1FMD 2; 4GB3 1; 4L0P A; 1AXY A; 4PIZ A; 4KH9 A; 5BYN A; 2I07 B; 1SG3 A; 1ZZ8 A; 3RI9 A; 1OPO A; 3T3Y A; 2W1U A; 3WR0 A; 4EN8 B; 2QDN A; 2VVF A; 5HI0 A; 1CX1 A; 1C8M 1; 2VBD A; 2GAL A; 4YPJ A; 3OGV A; 2PLV 3; 3FLT A; 3I2I A; 4LKS A; 1V6K A; 1H9P A; 5DPN A; 2Q8E A; 4MV2 A; 4N8M A; 3I2H A; 2HEW F; 3KGL A; 1WLC A; 3U78 A; 1W6M B; 1LNS A; 5KXB A; 2WT0 A; 2XOM A; 3E1F 1; 4FPE A; 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3LKJ A; 5A6X A; 1W8N A; 2BGC A; 1LES A; 2DVF A; 4FOW A; 4QMA A; 2EIG A; 1X36 A; 3ETQ A; 3E6C C; 1E57 A; 3MIE A; 3KLS A; 3LEI A; 1O3R A; 4QDQ A; 2ORX A; 5EYX A; 3IAP A; 1RUJ 1; 1JBC A; 1S1A A; 3SH5 A; 2C4X A; 1A8D A; 3NST A; 2GAU A; 1F9K A; 2RMU 3; 3ZN6 A; 1IPJ A; 4E2G A; 2GND A; 4W6Y A; 1LAJ A; 1JXN A; 1W8U A; 5FMO S; 5C3S A; 1QGL A; 4RHV 1; 2E33 A; 4RD7 A; 3OTF A; 2QQP A; 2MNG A; 4DQA A; 2ZKL A; 4NN0 A; 4CCO A; 2PQS A; 3IDC B; 3BGA A; 2GP3 A; 2Y0O A; 3OUH A; 4N7U A; 5HBA A; 2D44 A; 4TWT A; 4UFI A; 1RUD 2; 4QQP A; 5CEH A; 2Y8K A; 3ZYH A; 4YFW A; 1DDL A; 4GMP 3; 4LIU A; 2UYB A; 3POG A; 1CN1 A; 3NVC A; 2J1S A; 2QFE A; 3LDB A; 1CAV B; 4IDZ A; 2A1X A; 3QOP A; 4FT8 A; 5FZF A; 1JZ4 A; 2O0O A; 2E31 A; 4FPF A; 2G4I A; 3POI A; 2OS2 A; 1DFQ A; 1UW8 A; 4IER A; 2AZ5 A; 4YZ1 A; 1H9W A; 4W8J A; 2VUL A; 4PJY A; 5A6Y A; 1PIV 1; 4HMZ A; 4FVV A; 2GMM A; 2QDR A; 4FPL A; 5DAP A; 4C1W A; 1PVC 3; 5LCW L; 1US2 A; 3E6B A; 5GKA C; 1GZ9 A; 1SFY A; 3AJY A; 3WXP A; 5JXG A; 5DXD A; 3LA3 A; 1ULD A; 1C4R A; 2D7F A; 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