The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
345
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structure length |
343
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Chain Sequence |
PSARIMTFYPTMEEFRNFSRYIAYIESQGAHRAGLAKVVPPKEWKPRASYDDIDDLVIPAPIQQLVTGQSGLFTQYNIQKKAMTVREFRKIANSDKYCTPRYSEFEELERKYWKNLTFNPPIYGADVNGTLYEKHVDEWNIGRLRTILDLVEKESGITIEGVNTPYLYFGMWKTSFAWHTEDMDLYSINYLHFGEPKSWYSVPPEHGKRLERLAKGFFPGSAQSCEAFLRHKMTLISPLMLKKYGIPFDKVTQEAGEFMITFPYGYHAGFNHGFNCAESTNFATRRWIEYGKQAVLCSCRMVKISMDVFVRKFQPERYKLWKAGKDNTVIDHTLPTPEAAEFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Lysine-specific demethylase 4A
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| total genus |
107
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| structure length |
343
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| sequence length |
345
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.-: |
| pdb deposition date | 2015-12-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02373 | JmjC | JmjC domain, hydroxylase |
| A | PF02375 | JmjN | jmjN domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Cupin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FYI A; 2Q8C A; 2Q8E A; 2XXZ A; 3OPT A; 5LW9 A; 5F39 A; 4QXC A; 3AVS A; 4GAZ A; 4D6S A; 5F3C A; 1VRB A; 3PDQ A; 5E6H A; 5FYM A; 4E4H A; 4URA A; 3N9P A; 5FYZ A; 2VD7 A; 2GP3 A; 4CCM A; 5FYB A; 4DO0 A; 3DXU A; 3NJY A; 4BXF A; 5FZM A; 4EZ4 A; 4Y3O A; 5IVF A; 5FPL A; 4LIV A; 4CUG A; 5IW0 A; 3N9N A; 2OS2 A; 3ZPO A; 5IVC A; 3ZLI A; 5F5A A; 5A3T A; 4GJZ A; 5FYT A; 3N9M A; 5A3W A; 4QXB A; 5FP3 A; 5FYU A; 4QX8 A; 5IVB A; 5IVJ A; 5FPU A; 2GP5 A; 2XML A; 5F3E A; 4D6R A; 3KVB A; 5FXZ A; 5FYS A; 5FYH A; 5FZL A; 2WWJ A; 2XDV A; 4QXH A; 5F37 A; 5FPV A; 5FZO A; 5FZC A; 4LIT A; 5LWB A; 5FXW A; 3DXT A; 4UF0 B; 5F2S A; 2XUE A; 5F3G A; 4C8D A; 5IVE A; 5FUP A; 5FJH A; 5FY9 A; 5FP8 A; 2YU2 A; 4QWN A; 5FBJ A; 4CCL A; 5FPA A; 4AAP A; 5FZ4 A; 2YU1 A; 5A7N A; 5FZI A; 4CCK A; 4QX7 A; 5FY8 A; 5A3P A; 2OQ7 A; 2P5B A; 5FZD A; 5FZE A; 3PU3 A; 4CSW A; 2OT7 A; 5FZ3 A; 4DIQ A; 3N9Q A; 5CEH A; 5A7Q A; 5FUN A; 4LIU A; 2YBP A; 4XDP A; 5FZ1 A; 5FYY A; 5A7S A; 3K3O A; 4AI9 A; 3N9O A; 5LY1 A; 5FPB A; 5FP4 A; 2PXJ A; 3K3N A; 5FZH A; 5IVV A; 5FY5 A; 2OX0 A; 5F5I A; 4BIS A; 5FP9 A; 5FZB A; 5FYV A; 4IGQ A; 5FXV A; 5FZ0 A; 4TN7 A; 2YPD A; 3PUR A; 5A3N A; 5A1F A; 5A80 A; 5IVY A; 3U78 A; 5A7W B; 4ASK A; 4EYU A; 3AL5 A; 4CCO A; 4CCJ A; 3PUA A; 3KV9 A; 5ANQ A; 5FJK A; 4XDO A; 4QU1 A; 5F2W A; 4HON A; 3PUS A; 4IGP A; 5F32 A; 5FYC A; 3AL6 A; 5A1L A; 3PTR B; 2OQ6 A; 5FZO B; 5KR7 A; 4CCN A; 3PU8 A; 3K2O A; 4Y33 A; 2YBS A; 5FZK A; 5IWF A; 5F3I A; 4EZH A; 4V2W A; 4IGO A; 5F5C A; 5FWE A; 5FZG A; 3UYJ A; 5FWJ A; 3KV5 A; 5FZ6 A; 3KVA A; 5FY1 A; 5K4L A; 2Q8D A; 3KV4 A; 3LD8 A; 5FZ9 A; 4V2V A; 4BU2 A; 3LDB A; 5LY2 A; 3RVH A; 3N9L A; 5FZ7 A; 4GD4 A; 5FP7 A; 2W2I A; 5FV3 A; 5FXX A; 5A7P A; 3PUQ A; 4NUB A; 5A7O A; 5FY4 A; 3AVR A; 4HOO A; 4LXL A; 4UF0 A; 4Y4R A; 5FY0 A; 5FZA A; 2WWU A; 5FZF A; 4D6Q A; 5FZ8 A; 3OPW A; 5ISL A; 2YBK A; 5A7W A; 3KV6 A; 5FY7 A; 3U4S A; 4GJY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TTG A; 2JJ6 A; 1FNY A; 5FBZ A; 1DZT A; 4LLO A; 1C1F A; 1YLL A; 4GKX A; 3UK9 A; 1HKD A; 1T6B X; 4LBJ A; 1DZQ A; 2QQK A; 4YM0 A; 2RM2 3; 2BZD A; 3Q8A A; 4IV1 C; 1QJU 1; 2XQR A; 4HET A; 3JB8 A; 5B4X A; 4R9A A; 2VNR A; 4CEY B; 1YO8 A; 2QKD A; 3J4U H; 5JPM B; 4Q4X 2; 2ZZJ A; 1MVE A; 1OHF A; 1WWY A; 2V73 A; 2EAA A; 3FHA A; 4MG2 A; 1RUH 2; 3I97 A; 3VKL A; 3SLI A; 5IVC A; 1US2 A; 2ADD A; 2UU8 A; 3MGU A; 2RR1 2; 3AYD A; 1XBF A; 1AR6 3; 5FMC A; 4BLJ A; 1RTV A; 3B01 A; 5A3W A; 1SLA A; 1WCD J; 5C70 A; 2D98 A; 4N7I A; 4A45 A; 4OMC A; 4DMI A; 5FPU A; 4NIH A; 1PZ9 A; 3B02 A; 4CZS A; 3H8R A; 1PX4 A; 5FZL A; 1YCI A; 3VB9 A; 2WN3 A; 2RDR A; 3DF0 A; 2C24 A; 2YPJ A; 1HX6 A; 3CBN A; 3UKN A; 5F2S A; 4C8D A; 3MV1 1; 1KFX L; 4GH4 C; 4FPY A; 2WWS A; 1F35 A; 3MIB A; 4RL7 A; 2NMN A; 4HK9 A; 4JZR A; 2I07 B; 2HWF 1; 4AGG A; 4AAP A; 1DGW X; 1CAW A; 2WT2 A; 4FTS A; 1QJY 1; 1H9P A; 1AYM 3; 3ST7 A; 4QB2 A; 4XF1 A; 4XF3 A; 3T1M A; 2R07 2; 3ZN5 A; 4TSV A; 3I2I A; 4XFF A; 2ZS6 B; 3VHN A; 4OVE A; 1JXN A; 1WCU A; 4FFH A; 2ZKL A; 1TZO A; 4CDU C; 2D6L X; 4FQZ A; 3MBW A; 4X6Q B; 2VQA A; 3GDB A; 5KC5 A; 3VD4 A; 3ZFF A; 5FUN A; 3U07 A; 4YG6 A; 3WX5 A; 1ND3 C; 2HKX A; 4ZY9 A; 3ILF A; 5JDB A; 1CR7 A; 1ZBA 2; 3I4I A; 1UY0 A; 1Q5O A; 4PBO A; 4LA3 A; 4Q4Y 3; 1DF0 A; 1JOJ A; 4OHZ A; 2HWC 2; 2DBN A; 1Y3T A; 5C3S A; 2WNE A; 3T2T A; 3NWK A; 4NJ4 A; 3FN9 A; 4QX5 A; 1IS5 A; 1SAC A; 4LBQ A; 4MGT A; 1OLQ A; 2HYX A; 4YGD A; 4MHR A; 1DYK A; 2HWE 3; 1BCX A; 2RHP A; 5F2W A; 2WFF 1; 2HEY F; 4LBQ D; 3GNE A; 4ZZ5 A; 4LBN A; 4WM8 C; 2RS1 3; 5L9V A; 2UWC A; 2YBS A; 4Q27 A; 1D7P M; 3O1V A; 2QFE A; 5JOY A; 4ZU4 A; 4LKF A; 4IE7 A; 3WF2 A; 4W4Z A; 3U11 A; 1PZ8 A; 4XAA A; 4BPZ A; 1SCR A; 1M4W A; 2HLE A; 3LD8 A; 4RGA A; 3I3E A; 3VZK A; 3AP4 A; 2WN2 A; 2UUR A; 1R09 2; 2ZHK A; 5BNN B; 1W05 A; 4LXL A; 3VL8 A; 1A8M A; 3ZFF B; 2RS3 3; 4K40 A; 2WWU A; 5JZG A; 4L2N A; 3LEM A; 3MDP A; 1QQP 3; 2QQI A; 2ES3 A; 2WZR 1; 5ACA 3; 1A8D A; 2D6N A; 2XON A; 3NV3 A; 1GSL A; 2R16 A; 3VV1 A; 3PL0 A; 3TRS B; 1BXH A; 2GAL A; 2VMC A; 3HQU A; 1DQ0 A; 2E33 A; 4F7Z A; 2CAU A; 4HSL A; 2BRT A; 1OKQ A; 5F9T A; 2BJS A; 1DBN A; 1I1E A; 1W9F A; 3M70 A; 1CD3 G; 4KGQ A; 2LTN A; 5BV6 A; 1RIR A; 3WW3 A; 2BFU L; 3TEX A; 1CJP A; 2GDF A; 4Q0V A; 4LBQ B; 4Q4W 2; 1HB2 A; 2ATF A; 4FP2 A; 5C4W A; 1NLS A; 3ZSK A; 1Q8Q A; 3URF A; 2XPJ A; 3USU A; 5CAD A; 4I30 A; 3ZN4 A; 2XLG A; 4N43 A; 4WM7 B; 1Y9Q A; 4YVS C; 1QJU 2; 2WNU B; 1OOP B; 5A3T A; 3O12 A; 1XSQ A; 4JQT A; 1UYZ A; 2VTX J; 5J3U A; 4UBH A; 1NX9 A; 1ULD A; 3SXW A; 5IVJ A; 2ZGT A; 4B7K A; 2WDB A; 4ZPI A; 3UJO A; 2O8O A; 3RI8 A; 5GM0 A; 2X8K A; 5BNP C; 4AGR A; 1AX1 A; 1RUG 1; 3SH4 A; 3VDD C; 3OYW B; 3U0Z A; 1W90 A; 2WWJ A; 2B46 X; 4AVC A; 4N8M A; 1ZRR A; 3UL2 A; 3NNL A; 2AYH A; 1TMF 3; 3MFC A; 5FXW A; 4DPN A; 5JSR A; 2XUE A; 2JDZ A; 3WDT A; 3ZPY A; 1LOE A; 5KWR A; 2ZTN A; 2YU2 A; 4Q8L A; 3WQ1 A; 2FDH A; 3ALQ A; 4SBV A; 4DY5 A; 2EAK A; 5GAL A; 1JW6 A; 2IVI B; 3DPR C; 1ULO A; 3TAY A; 3SH5 A; 4OCT A; 3B9I A; 4LUL A; 4RQP B; 1HRI 3; 2BNO A; 2VMG A; 2YY1 A; 3K4A A; 1XRU A; 1N3Q A; 3F2Z A; 2ZGN A; 1ZA7 A; 5GZF A; 4GWJ A; 5LCW L; 2HWF 2; 4XFH A; 3W5M A; 3UGF A; 2MHF A; 1VMH A; 1OH3 A; 5L19 A; 1QJY 2; 1W6N B; 5A7S A; 2XWB B; 2PMW B; 2PHU A; 2ID4 A; 3RWN A; 3AFG A; 3C7H A; 3IT8 A; 4DUW A; 3S6P A; 2WO7 A; 3BN6 A; 5FBJ A; 1WME A; 1OPM A; 1BK0 A; 1HXS 3; 3SMH A; 3USU B; 1HN1 A; 2F4L A; 2WNV B; 4Q1P A; 1H9W A; 2EAL A; 2I74 A; 4N43 B; 4O7X A; 1EAH 1; 1UZZ A; 5AVA A; 4ZXK A; 1AR8 3; 3VN4 A; 4PLN A; 1PO1 3; 2VBB A; 2BTV C; 1UU6 A; 5EJ1 B; 2QNK A; 4EN7 B; 4R9D A; 2P2K A; 1QOS A; 5HI0 A; 4NVP A; 1H6X A; 3UNP A; 4HON A; 2HJI A; 2UYB A; 2FDF A; 1XC6 A; 3AL6 A; 1VRH 1; 3GF6 A; 2JG8 A; 1ZZB A; 5FYC A; 4CU9 A; 2BNM A; 1ENS A; 2NZ9 A; 4BQ1 A; 3OGS A; 3ZYI B; 4YW5 A; 4LTA A; 4Y33 A; 2W1W A; 3POW A; 3V0B A; 3J9S A; 2I2S A; 2Y6J A; 3A4U A; 3QLQ A; 1W6Q A; 3KV5 A; 1XE0 A; 1JZ7 A; 3WNX A; 3QBQ A; 2WFF 2; 3SEE A; 5EP9 A; 1N3P A; 4EWD A; 5I0U A; 5FP7 A; 1UZ0 A; 4JTN A; 1TE1 B; 1L7Q A; 1NE6 A; 2A6Y A; 1J3R A; 3MEP A; 1GZC A; 2JB8 A; 4Y4Y A; 1VP6 A; 2D97 A; 1VMF A; 2E7T A; 4XC9 A; 1DLL A; 1RED A; 4M00 A; 2ADE A; 2KA3 A; 4AQ6 A; 2IXC A; 5H9R A; 1ZRF A; 3V0A A; 2C9A A; 4QQH A; 5CU1 A; 4OLL A; 3KCC A; 2JIG A; 2V4V A; 3RZJ A; 5T5P A; 3U4S A; 3G6J B; 1V6I A; 1JOD A; 2YFZ A; 4GZ9 A; 3WCS A; 5E88 A; 2OKX A; 1F2N A; 5E16 A; 1PGW 1; 5GZD A; 4GB3 1; 1PNF A; 4FAG A; 3I3D A; 5F39 A; 3CLP A; 3LOB A; 1UXZ A; 1R1Z A; 4QX0 A; 2WNO A; 4MGK E; 1OF3 A; 5A6X A; 5ABJ B; 4W6Y A; 1UY2 A; 2W95 A; 5LEJ A; 3WVJ A; 1GWM A; 2TNF A; 4LKE A; 5ERL A; 4DO0 A; 1Z78 A; 2PEL A; 2BOJ A; 4XZU G; 3JXS A; 1FT9 A; 4JDM A; 1LEM A; 1K5J A; 4QB6 A; 3ZPO A; 2Y6L A; 4XAE A; 1MEC 1; 2H0B A; 2ZBJ A; 2WFF 3; 2BBV A; 3V0B B; 3H8X A; 4D7Y A; 1NUK A; 3N9M A; 2PLV 1; 4Y22 B; 4PF5 A; 4K7J A; 1UIK A; 2YV8 A; 3GAL A; 4AED A; 4DIN B; 4DQA A; 4CXW A; 2IWG B; 4HKL A; 2VG9 A; 5JMC A; 3JBG 3; 1QWR A; 2VBP A; 5D8A B; 4LNV A; 3RZZ A; 4DXS A; 3LA7 A; 1ULC A; 2Z79 A; 5LWB A; 3ACL A; 2IXJ A; 1AYN 1; 5KC6 A; 3WUD A; 4YPJ A; 4AVT A; 2VPV A; 5FP8 A; 3RYP A; 2E9Q A; 4QWN A; 1RUG 2; 2VZ3 A; 3GZE A; 3V0A B; 4RD7 A; 1A3K A; 1JI6 A; 2WZR 3; 3WEZ A; 1FV3 A; 4WVM A; 2P5B A; 3MW2 A; 2Z42 A; 4CU8 A; 4HMZ A; 1CX1 A; 4CSW A; 2CWM A; 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