The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
145
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sequence length |
462
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structure length |
452
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Chain Sequence |
SMFLPPPECPVFEPSWEEFADPFAFIHKIRPIAEQTGICKVRPPPDWQPPFACDVDKLHFTPRIQRLNELEAQTRVDYTLRTFGEMADAFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSTIEEDVTVEYGADIASKEFGSGFPVRDIKLSPEEEEYLDSGWNLNNMPVMEQSVLAHITADICGMKLPWLYVGMCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPGYAAEQLENVMKKLAPELFVSQPDLLHQLVTIMNPNTLMTHEVPVYRTNQCAGEFVITFPRAYHSGFNQGFNFAEAVNFCTVDWLPLGRQCVEHYRLLHRYCVFSHDEMICKMASKADVLDVVVASTVQKDMAIMIEDEKALRETVRKLGVIDSERMDFELLPDDERQCVKCKTTCFMSAISCSCKPGLLVCLHHVKELCSCPPYKYKLRYRYTLDDLYPMMNALKLRAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Jarid1B in Complex with L-2-Hydroxyglutarate
rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 5B
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| total genus |
145
|
| structure length |
452
|
| sequence length |
462
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.-: |
| pdb deposition date | 2016-03-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02373 | JmjC | JmjC domain, hydroxylase |
| A | PF02375 | JmjN | jmjN domain |
| A | PF02928 | zf-C5HC2 | C5HC2 zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Cupin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4Y33 A; 5FY9 A; 2P5B A; 2WWJ A; 3DXU A; 5FJH A; 5F5C A; 4LIT A; 3AL5 A; 2OX0 A; 5FZA A; 5FYT A; 4QWN A; 3ZPO A; 5IVC A; 2WWU A; 3PU3 A; 5F37 A; 5E6H A; 5FV3 A; 2OS2 A; 5K4L A; 5FYY A; 5FP7 A; 5FXZ A; 2Q8D A; 5FP9 A; 5FZ3 A; 4V2W A; 5FZG A; 5A7S A; 4Y3O A; 4IGP A; 5FY0 A; 3N9Q A; 5LY2 A; 5FY5 A; 5A1F A; 2VD7 A; 4AI9 A; 4TN7 A; 4V2V A; 5FZ4 A; 5FPL A; 5FYS A; 4CSW A; 5IVB A; 5FPV A; 4QX7 A; 4Y4R A; 5IVY A; 5F2S A; 5A7N A; 5CEH A; 3PUQ A; 5FWJ A; 5FZ9 A; 2XML A; 3K3N A; 3PDQ A; 4D6R A; 4UF0 B; 5A1L A; 5F3C A; 4EYU A; 5FYM A; 5FWE A; 5A7P A; 3RVH A; 5IVE A; 5FY4 A; 3OPT A; 5F2W A; 5F5A A; 5FP8 A; 3AVS A; 3N9L A; 5FY8 A; 5A3P A; 3AL6 A; 3U4S A; 2YBK A; 5FZK A; 5FZ6 A; 2YBP A; 5LWB A; 5ANQ A; 4HOO A; 5FUN A; 5FZF A; 3N9P A; 5FXW A; 4GAZ A; 4EZ4 A; 5FP4 A; 2W2I A; 2XUE A; 3N9M A; 4LXL A; 3KV6 A; 4GD4 A; 5F5I A; 5IWF A; 5KR7 A; 3PTR B; 3OPW A; 3KV5 A; 5A7O A; 4XDO A; 5IVF A; 5FZO A; 5A3N A; 4DIQ A; 4CUG A; 5FYC A; 4D6Q A; 3N9N A; 2OQ6 A; 5FZI A; 2GP5 A; 3KVA A; 5A7Q A; 2XDV A; 4HON A; 4AAP A; 4QXB A; 2XXZ A; 5FZE A; 4LIU A; 5A3W A; 5FBJ A; 4CCM A; 2YPD A; 5FPB A; 2YU2 A; 5F32 A; 4URA A; 5FYU A; 2PXJ A; 3ZLI A; 4IGQ A; 1VRB A; 5FY1 A; 5A80 A; 5FZH A; 2OQ7 A; 3NJY A; 4GJY A; 4GJZ A; 5A7W A; 5FP3 A; 4CCL A; 3N9O A; 3U78 A; 5LW9 A; 4DO0 A; 5FZL A; 2GP3 A; 2YU1 A; 3LD8 A; 4C8D A; 4NUB A; 3KV4 A; 5F39 A; 3K2O A; 5FZ7 A; 5FXV A; 3DXT A; 2YBS A; 3PUS A; 4QX8 A; 3K3O A; 4CCJ A; 3PU8 A; 4QXH A; 5A3T A; 2OT7 A; 3LDB A; 5FZ0 A; 5FZ8 A; 5LY1 A; 5F3E A; 5IVV A; 3AVR A; 5FYZ A; 3UYJ A; 5FXX A; 4QU1 A; 4BU2 A; 5FZM A; 4IGO A; 5FY7 A; 4UF0 A; 5FZ1 A; 5FZD A; 4XDP A; 5IW0 A; 5A7W B; 4BXF A; 4EZH A; 5FYV A; 3PUA A; 5IVJ A; 2Q8C A; 3PUR A; 5FYH A; 2Q8E A; 5F3I A; 4CCK A; 5FZB A; 5FYI A; 5FPA A; 4D6S A; 4CCN A; 4LIV A; 5FJK A; 3KV9 A; 5ISL A; 5FZC A; 4E4H A; 3KVB A; 5F3G A; 4BIS A; 5FPU A; 5FZO B; 4CCO A; 5FYB A; 5FUP A; 4ASK A; 4QXC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ES1 A; 2VL4 A; 5B4N A; 2K2S A; 3MF9 A; 1OUR A; 3DXU A; 2YMZ A; 3VKO A; 2WNU B; 3ZR5 A; 1LTE A; 1MPX A; 4LKF A; 3AL5 A; 5DAW A; 4CVU A; 4ERO A; 4G4F A; 1OOP C; 4D69 A; 5E6H A; 2VMF A; 3M70 A; 3JCI A; 5F7U A; 2QQU A; 2EAK A; 3B01 A; 4BK5 A; 3WF2 A; 5EHD A; 5FXZ A; 3N7K A; 4P9L A; 4NWW A; 4D0Q A; 2I2S A; 1GLH A; 1V00 A; 4L2N A; 4X6Q B; 3SH3 A; 1ASJ 2; 5CZK A; 5GLZ A; 2WS9 2; 2JE7 A; 1K3I A; 5EXO A; 4MG2 A; 3N7L A; 4JC1 A; 3A22 A; 4TN7 A; 4MZU A; 1X82 A; 1AR7 3; 3TEY A; 5LBF A; 1AYM 3; 1VBD 3; 4NAM A; 3ZSE A; 2VUD A; 1LEC A; 1OUX A; 2GH2 A; 4QX7 A; 1RMU 1; 1S2B A; 4Q8L A; 4JTN A; 4Y4R A; 5CNA A; 5FWJ A; 5A3O A; 3IAQ A; 2B45 X; 3EQE A; 3GF6 A; 4YZ4 A; 3PL0 A; 3NNL A; 3NJV A; 2W46 A; 4AQS A; 2XPJ A; 1LES A; 3RFR A; 2E31 A; 4WZC A; 2JG9 A; 5FPZ A; 3J7L A; 2GC1 A; 5FY8 A; 2ZGT A; 4J6G A; 2DBI A; 2ZAC A; 5ABJ C; 3ZMN A; 5D8A A; 3SXW A; 1T6G C; 1PO1 2; 5FZF A; 4GAZ A; 4NRO A; 5EFU A; 1KXG A; 2W5F A; 3VBS B; 1NAE A; 3POW A; 4NHM A; 2ARX A; 3TEZ A; 1K42 A; 4GKY A; 5IWF A; 2OKX A; 4KG0 A; 1A6C A; 4HL0 A; 1JYT A; 1A78 A; 1NCR C; 2A6Y A; 3DL3 A; 2XBO 1; 3ZFE C; 1AXK A; 1S0E A; 4QPG B; 3ZN6 B; 4D6Q A; 1E5R A; 5D1I A; 5JZG B; 2MPF A; 4YFZ A; 2W0X A; 5FCC A; 1Q8S A; 4PQQ A; 3V64 A; 2R07 2; 1SFP A; 1D4M 1; 2QNK A; 5CA6 A; 4IEP A; 4W4Z A; 2ES3 A; 3AMM A; 3RI8 A; 2VZO A; 5JXI A; 4CCE A; 1REF A; 3WNL A; 2LAL A; 2WT0 A; 3AXE A; 4LOR A; 1XYN A; 1FOD 1; 4YW7 A; 1ZM1 A; 3LEI A; 3URF A; 1D0G A; 3ZFG C; 2EA7 A; 2YB7 A; 3WDY A; 4C1W A; 4CXW A; 4FTS A; 1APN A; 4DFS A; 1AJK A; 1HQN A; 2YBS A; 3IZO A; 3RGB A; 4DQA A; 4BB3 A; 5H9R A; 1UO9 A; 1GOF A; 2WBK A; 3IDA A; 5FDB A; 4UFI A; 3MIH A; 5FYZ A; 1UWW A; 1CAW B; 3ETQ A; 2XJT A; 1DQ0 A; 3L9J T; 1WCK A; 2X05 A; 1PK6 C; 2JEN A; 1C3H A; 2DU1 A; 1FPN 2; 1W6M B; 1HB1 A; 1O91 A; 1R09 1; 1XYO A; 3KQR A; 1O8P A; 3CLP A; 3HT1 A; 2B7Y A; 1GNZ A; 2E63 A; 2RDQ A; 2FZ2 A; 3KZ4 C; 2J1A A; 3ZFF B; 3RNS A; 1Y9G A; 4Q0V A; 2D98 A; 3CJI C; 4K8F A; 4R9B A; 4W6X A; 1SHW B; 1MS4 A; 2MEV 1; 4Y1Z A; 3VZM A; 5I0R A; 3SNM A; 5HCF A; 1I6X A; 3HNB M; 1NZI A; 4P9Y A; 4X6R B; 2HWE 2; 3LA2 A; 3T2T A; 3UGH A; 1LOA A; 1GV9 A; 3RJ2 X; 1ZRD A; 3KS7 A; 1NE6 A; 1WBL A; 4QPG A; 3ZN6 A; 2XHK A; 5JZG A; 4IV3 C; 3AP7 A; 1CJD A; 4BQY A; 1O4Z A; 2UYA A; 4KGQ A; 1YEW A; 1NY7 1; 4QM9 A; 1V70 A; 5FYY A; 4CYD A; 1BVP 1; 5C8C B; 1R64 A; 1X7N A; 2GZW A; 4BWO A; 2W47 A; 2VM9 A; 2JDY A; 5J37 A; 4XJ9 A; 4Y3O A; 2WNV B; 3HT2 A; 1QQP 3; 2HWB 1; 1TMF 2; 3GXU A; 3ZXE A; 4C0H A; 3BPZ A; 3BTX A; 5F6L B; 2WZR 1; 1V6O A; 4GZ9 A; 3FBM A; 4LBQ B; 4V2V A; 4I0W B; 3DV8 A; 5LK5 A; 4XJ8 A; 4Y4Y A; 3OUI A; 3S30 A; 5IVB A; 3EJK A; 1J1L A; 1JOJ A; 3KT1 A; 3MYX A; 4B7E A; 4I0A A; 4P14 A; 1PNF A; 1G6N A; 5T5L A; 3P1I A; 5CFC B; 5F3C A; 1CAW A; 1QNW A; 4OVE A; 5JOY A; 3BPS A; 4COW A; 3P3N A; 1YFX A; 1CZS A; 2Y64 A; 1W6M A; 1CAX B; 5FP8 A; 1ENR A; 1GP4 A; 4RFR B; 1QIQ A; 1X8M A; 5FZK A; 2RS3 3; 1H2M A; 4YRD A; 4NHK A; 1MQT C; 2QCS B; 4AEJ A; 5ERL A; 3E1F 1; 3LE0 A; 2BNM A; 1XNK A; 2BYV E; 2ZX1 A; 4NE9 A; 4J1X A; 5C4W B; 4XXP A; 3RZJ A; 3ZFF A; 1H2L A; 3DGT A; 1O5U A; 2C9K A; 4A6S A; 1HX6 A; 3P6B A; 4FOW A; 1US2 A; 3S7I A; 2ENR A; 3LDK A; 3OPW A; 1DZR A; 1QWR A; 4AHW A; 2RMU 1; 3ZXK A; 3KCX A; 2A5Z A; 1SLT A; 1OKQ A; 2XR4 A; 4COZ A; 1UZV A; 3UKV A; 1XB9 A; 1QH6 A; 2OQ6 A; 3ZIX A; 4B3N A; 1W8N A; 1DZQ A; 5CKN A; 1HLC A; 4CCM A; 1N3O A; 1BEV 2; 3WNM A; 3KT4 A; 3WF1 A; 1VBB 2; 4S2G A; 4YVW B; 1EPW A; 4A3X A; 4F3J A; 3E5X A; 5FP3 A; 3S6P A; 2WFF 3; 4CCL A; 3LPF A; 5C8C A; 1UPS A; 1DYO A; 2PEL A; 4KQ7 A; 4HK9 A; 3U78 A; 4CDQ B; 1V9U 2; 2Y0O A; 5LCW L; 3KHC A; 5DQ0 A; 5JSO A; 3VDC A; 2WNV A; 1ZRR A; 3KGZ A; 2IXH A; 1BK0 A; 4ZS2 A; 3KV4 A; 4M01 A; 2P3J A; 2ZGO A; 4UW6 A; 3R6S A; 4A45 A; 4UW5 A; 4Q0P A; 4FAG A; 4GA9 A; 4LBQ A; 1U5Y A; 4CUC A; 3K3O A; 4YAR A; 1BMV 1; 5JXH A; 4KL1 A; 4JQT A; 1A3K A; 4XJU A; 3RWN A; 1LAJ A; 4BHP A; 1VBA 1; 3KT7 A; 5J09 A; 5A33 B; 5LA0 A; 5FY7 A; 1ZA4 A; 5FZ1 A; 5IW0 A; 4D7Y A; 4A4A A; 2VZR A; 1DLL A; 2Y34 A; 2Q8C A; 4BE3 A; 2WZR 3; 1CAX A; 5E16 A; 4NPL A; 2QE3 A; 1SEF A; 4JKM A; 1UY1 A; 1T6B X; 2QFE A; 1Z7S 2; 3CU7 A; 2GMM A; 4YM3 A; 3PVN A; 4BME A; 3HPN A; 1W6Q B; 3MW3 A; 1XNA A; 5C4W A; 2CU5 A; 1BHG A; 2WAO A; 3KVB A; 2OW4 A; 3MFC A; 2CL2 A; 4W50 A; 1OFS A; 1LU2 A; 1WMF A; 3WIN E; 3AZW A; 2GH8 A; 4CUG A; 2EXI A; 2KXL A; 2JIJ A; 3WF0 A; 2D44 A; 3O1T A; 1PGS A; 1WWY A; 4AFB A; 1H4G A; 2GN3 A; 1OLR A; 1DIW A; 3OG2 A; 5K9Y A; 3ZM8 A; 2F4L A; 2PYT A; 3QD6 A; 2PN5 A; 4FXG B; 3ZPO A; 2RHP A; 4FFI A; 1OPM A; 4YW3 A; 5LBB A; 4XZP A; 1N3P A; 3ACL A; 1PIV 2; 2AEZ A; 3UKT A; 1B35 C; 3PVB B; 5FP7 A; 2FQP A; 3VBU A; 4YVW A; 4P9W A; 2ID4 A; 4AR2 A; 3AMN A; 5DZG A; 2FMY A; 5GLT A; 2RMU 3; 3V56 A; 1AR9 1; 2R32 A; 4ASM B; 4ZZ8 A; 1CON A; 2GSY A; 4Q4W 1; 3UT0 A; 1UYP A; 2DVB A; 3I7D A; 3H3L A; 2BVB A; 2VUJ A; 1IPJ A; 3QBQ A; 3RZK A; 4H14 A; 4YG3 A; 1R08 1; 5IVY A; 4FTE A; 1XBF A; 1SFN A; 1RUF 1; 4JCK A; 4MHR A; 2WIN B; 3FJS A; 3O0X A; 4SBV A; 4YVS B; 3N7M A; 2JDK A; 3FL7 A; 3VBO A; 2ZS6 B; 1N1V A; 3RVH A; 4CDX A; 3ZX7 A; 3CZU A; 5EJZ B; 1FV3 A; 2EID A; 4LO8 A; 2ILM A; 2CY6 A; 2HEW F; 5KXC A; 4ATF A; 1S55 A; 2YBP A; 4NID A; 1PO2 2; 2XQR A; 1W2U A; 3FHI B; 4QDS A; 2ZMN A; 5A6Y A; 1H9P A; 4IEV A; 2W94 A; 2EIC A; 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