The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
407
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structure length |
407
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Chain Sequence |
MTTSGALFPSLVPGSRGASNKYLVEFRAGKMSLKGTTVTPDKRKGLVYIQQTDDSLIHFCWKDRTSGNVEDDLIIFPDDCEFKRVPQCPSGRVYVLKFKAGSKRLFFWMQEPKTDQDEEHCRKVNEYLNNPPMPGALGASGSSGHELSALGGEGGLQSLLGNMSHSQLMQLIGPAGLGGLGGLGALTGPGLASLLGSSGPPGSSSSSSSRSQSAAVTPSSTTSSTRATPAPSAPAAASATSPSPAPSSGNGASTAASPTQPIQLSDLQSILATMNVPAGPAGGQQVDLASVLTPEIMAPILANADVQERLLPYLPSGESLPQTADEIQNTLTSPQFQQALGMFSAALASGQLGPLMCQFGLPAEAVEAANKGDVEAFAKAMQNNAKPEQKEGDTKDKKDEEEDMSLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Proteasome Ubiquitin Receptor hRpn13 and Its Activation by the Scaffolding Protein hRpn2.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
|
| total genus |
63
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| structure length |
407
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| sequence length |
407
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-11-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04683 | Proteasom_Rpn13 | Proteasome complex subunit Rpn13 ubiquitin receptor |
| A | PF16550 | RPN13_C | UCH-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | PH-domain like | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L5V A; 2Z4D A; 2Z59 A; 5IRS A; 2KR0 A; 2R2Y A; 2KQZ A; 2NBV A; 2MKZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IEJ A; 1B7Z A; 2VKI A; 4F1Y A; 4G61 A; 4BDM A; 1Y3Q A; 2X7P A; 4MX6 A; 1X86 A; 2YLN A; 5I5P A; 1EU8 A; 3T1B A; 3G3K A; 4OZ9 A; 4NHB A; 5FHM A; 1TJ6 A; 4G2Z A; 2VOZ A; 5BUU A; 3EHS A; 3U8Q A; 1H3D A; 4XKN A; 2H5Y A; 1B0L A; 3KC0 A; 1UPR A; 2RSG A; 4HAY B; 1MAI A; 1AL3 A; 3CIJ A; 2KLF A; 4IY6 A; 5EQ8 A; 5CBS A; 2Y7K A; 1DTZ A; 5HBC A; 2QVR A; 4LON B; 2CRF A; 2EMS A; 2Z0Q A; 5DVI A; 2Y7B A; 2H98 A; 4IOY X; 3F5R A; 2GS0 A; 1WJ1 A; 4QFL A; 3CSG A; 3SDF A; 2P0F A; 2F36 A; 3QUF A; 4M1V A; 1LB8 A; 3A8Q A; 5KDT B; 2ZPY A; 4HCY A; 4HAZ B; 4GXB A; 3C35 A; 2I48 A; 1URD A; 3B6T A; 5TU0 A; 5DTB A; 1LBC A; 4R75 A; 3CG3 A; 1MQG A; 3RNN A; 4NF6 A; 1GG3 A; 2CAY A; 4DBB A; 4OVP A; 2OQB A; 5CRY A; 2K00 A; 2VHA A; 5A5X A; 1AOV A; 3C36 A; 4JVI A; 2W2X C; 1ZMG A; 3L6H A; 4O7I A; 2KUQ A; 3W9W A; 5I57 A; 2M14 A; 4G8N A; 4WJ7 A; 4N6D A; 2P0D A; 1MI1 A; 4HB4 B; 3UOR A; 5LDZ A; 2UVM A; 4GWU A; 2F6G A; 4MFI A; 2RLO A; 4N81 A; 4F7H A; 2ZXT A; 3IFC A; 1WGQ A; 4L6E A; 4JBZ A; 4K3F A; 4ZE8 A; 2NZ8 B; 5IRS A; 1MM6 A; 1FBG A; 2F7C A; 3E9X A; 4P1L A; 3VLV A; 4X9T A; 3PUV E; 1XVY A; 1X05 A; 3QMF A; 5BWJ A; 1MM7 A; 2DYQ A; 1B0H A; 3RLF E; 4RPO A; 1POT A; 1JW1 A; 1Y3P A; 3TTR A; 1B55 A; 4KR5 A; 5B70 A; 4PF6 A; 2HHM A; 4DXU A; 1MK9 B; 3IOW A; 1ATG A; 2GCJ A; 1FBC A; 2PFZ A; 3E79 A; 5DI9 B; 4U1Z A; 3R7X A; 4KHO A; 1SDX A; 2GHA A; 1B3L A; 1D4N A; 2AIX A; 2F78 A; 2Q9T A; 2UVI A; 4O8M A; 3TPA A; 1KZ8 A; 4RA1 A; 5I58 A; 3IO6 A; 4HB3 B; 4KAX B; 3KOS A; 1Y3N A; 3SES A; 4QFO A; 1MY2 A; 1PBP A; 1V88 A; 1DPE A; 1JVY A; 2JJK A; 2F7A A; 2H9B A; 4WVF B; 1B5H A; 3FV2 A; 2RUK B; 2Z0O A; 2QVU A; 5ET7 A; 4R2F A; 3BKI B; 3TTN A; 2XX9 A; 1O63 A; 4OEU A; 1A54 A; 5FI0 A; 3CRB A; 2ZNU A; 1MK7 B; 1UTH B; 1FCK A; 4OET A; 1ISN A; 4QBA A; 2QMX A; 4F31 B; 3GYO A; 3A3C A; 4OAN A; 1MXY A; 3A98 B; 1TXF A; 2ESN A; 1FHO A; 3MYU A; 4OHN A; 2EC1 A; 4BDL A; 1UEF A; 1NV0 A; 1NU2 A; 2PT2 A; 3CFZ A; 3MQ9 A; 4P11 A; 5AA2 B; 4ONY A; 3B77 A; 1X1F A; 4DX8 A; 1Y1Z A; 1JNF A; 4P8B A; 3DLN A; 2V76 A; 5AA2 D; 1I7A A; 1ANF A; 2X18 A; 1UTB B; 3ILU B; 4A6H A; 3PMX A; 3CG1 A; 3QSL A; 4F1V A; 3EQ1 A; 3UZT A; 1VDW A; 2XX8 A; 4RNS A; 4YB7 A; 5CBR A; 1PLS A; 1ELJ A; 3RGY A; 1KA1 A; 4NGU A; 1OMW A; 3M3K A; 4KXP A; 5HE0 A; 3C4M A; 2LYD A; 4IB2 A; 5TPA A; 4YL8 A; 2OWS A; 1V61 A; 4PFW A; 4MCO A; 3F11 A; 1Y19 B; 1V5M A; 1EVH A; 2O68 A; 3PVL A; 4JSD A; 1IXH A; 2PBW A; 4QJ4 B; 1P1O A; 3H06 B; 4TLM B; 1MPC A; 1XD4 A; 5IZ1 A; 1SYI A; 4U2R A; 4DIG A; 5I2M A; 4DX9 0; 2PCR A; 2OTX A; 1B9J A; 1H43 A; 4ZEC A; 1NL5 A; 4H6D A; 4ZZE A; 4AB6 A; 4PE5 B; 2O1L A; 4IY5 A; 4L17 A; 4TQU Q; 3AJ4 A; 3TCA A; 4ZRI A; 1DSN A; 1ZVR A; 5AA3 A; 3K2D A; 3CSB A; 4PTK A; 1DMB A; 2D2Q A; 4PGN A; 3T0J A; 5CC2 A; 3D8D A; 2VP1 A; 5DVJ A; 1XOD A; 1K9Y A; 3RQT A; 3SET A; 1AMF A; 4PFT A; 4F3B A; 1UIU A; 2XXQ A; 2CZI A; 5DW8 A; 2O7U A; 4KI0 E; 2NWJ A; 1DDM A; 2H25 A; 1IRS A; 3LSX A; 4NF5 A; 5GOW B; 5I59 A; 2XX7 A; 2GJY A; 4NWC A; 5D3X A; 4F39 A; 2ABH A; 2Y8F A; 4I1D A; 1IMF A; 3MDB C; 1U5E A; 3IOV A; 4YKI A; 4MNC A; 1QQG A; 2IFS A; 4DZ1 A; 3KZ1 A; 1OIB A; 3FXB A; 1SW4 A; 2P3N A; 3E3K A; 2VPO A; 2ZYK A; 1UPQ A; 2DS9 A; 2OBG A; 1INP A; 3Q27 A; 2CY4 A; 4AS5 A; 3PVW A; 2HZK A; 1NV7 A; 2R2Y A; 1MIX A; 4CSQ A; 4LQ2 A; 2I1J A; 1K5G B; 1EZ9 A; 3I6V A; 3K4U A; 3MST A; 4G68 C; 4G8H A; 3MPX A; 2FIX A; 2D9Z A; 1CE2 A; 1LGB C; 2F6P A; 1NI9 A; 3THI A; 3KN8 A; 3TOD A; 3DP8 A; 2VRW B; 4MH5 A; 3WAF A; 1PBQ A; 1Y1M A; 2DQV A; 1USY H; 4RJZ A; 3KN3 A; 5K2Y A; 2OZZ A; 2KIG A; 5CMK A; 2KCJ A; 4QFP A; 3TEP A; 1MDQ A; 2O84 X; 4ZDM A; 1RDZ A; 1UNQ A; 1FPB A; 2I6E A; 2HCA A; 3KSX A; 3C31 A; 3D8E A; 2UZR A; 1FRP A; 1FTL A; 3A09 A; 1JW4 A; 3VVE A; 4JVD A; 1BP5 A; 1Z7M E; 3BIH A; 3FVO A; 5FI1 A; 3A3U A; 1B46 A; 1N7W A; 4U23 A; 4U1O A; 2W2W A; 1PC3 A; 2HXW A; 2LKO A; 4QSD A; 2Y84 A; 4NF8 B; 1OLC A; 3U72 A; 5F24 A; 1AH5 A; 5I2S A; 4YKJ A; 4PGP A; 3W9V A; 2H7E A; 4X04 A; 4E0X A; 3DEL B; 1FW0 A; 1P99 A; 1SD3 A; 2XXP A; 1D9V A; 2I3V A; 2CZL A; 2QFL A; 3K00 A; 4BBK A; 4RK9 A; 1B4H A; 2COA A; 1R1N A; 4GX3 A; 3H6U A; 4DDD A; 4EXK A; 2QS2 A; 1BTJ A; 5EHM A; 5DHA B; 5FTH A; 4FAJ A; 1P1W A; 3K6X A; 1X11 A; 2L1C A; 2YJP A; 3VDF A; 4R74 A; 1S50 A; 1XT8 A; 4BDQ A; 5KZT A; 4G8M A; 3M1I B; 5F7V A; 2RRF A; 3W15 C; 1N0T A; 3CFX A; 4KYD A; 3ECR A; 5I2K A; 2DE3 A; 3OMB A; 3IX1 A; 2F97 A; 2Z23 A; 4DLD A; 1SBP A; 5CMM A; 5ICQ A; 3N7C A; 3TTM A; 1SPI A; 1H4R A; 3BFU A; 4ESX A; 5ELV A; 3T66 A; 3O6I A; 1UIV A; 3M3F A; 4EQ9 A; 2K2J A; 1LAG E; 1YZ0 A; 3KOT A; 4ELO A; 2H4I A; 2DX1 A; 2YF0 A; 2D5W A; 4EF1 A; 1N3X A; 3H03 A; 2KR0 A; 1DDV A; 1W1H A; 5LON B; 4P3L A; 3U8Z A; 4LP2 B; 1I2H A; 4YU0 A; 2UVG A; 4KHA A; 3T96 B; 4F1U A; 5I56 A; 2YT0 A; 3LV0 A; 1CNQ A; 1NV6 A; 5LOM A; 2V84 A; 5FHO A; 4A6F A; 3S2V A; 5M4Y B; 2VSZ A; 3G3G A; 3PEG A; 3KG2 A; 1N84 A; 2MKR A; 1LBB A; 2OCU A; 1B05 A; 1SYH A; 1SW5 A; 1PB9 A; 1Y4C A; 3PPQ A; 1IXI A; 3KEI A; 5IGA A; 4MLV A; 3N94 A; 5ET6 A; 3TCF A; 3PZD A; 1T77 A; 4UAC A; 3PUY E; 3KBR A; 1FTM A; 3A29 A; 4MJO A; 3QBV B; 2E2X A; 2UXA A; 1Q1K A; 4GBV A; 3O97 A; 1FTA A; 1MY1 A; 1U2B A; 3MC2 A; 4NF6 B; 2XXH A; 4GWZ A; 3KRX A; 4CHM A; 2O6A A; 4M4G A; 5A5X B; 4EJN A; 2DTC A; 4G68 A; 4TYZ A; 3PPO A; 4H46 A; 2XQN M; 1ZU0 A; 4PFI A; 2VD3 A; 3IJX B; 4G4P A; 5L9M A; 2QVV A; 4PQJ A; 1SI0 A; 1MXX A; 1LB1 A; 3EKI A; 1MXU A; 1MY4 A; 2ZZX A; 2HFB A; 3K6W A; 1WOD A; 2XWI A; 2ZNS A; 3HK0 A; 4PP0 A; 3KY9 A; 1MPD A; 2L2I A; 2XXK A; 1MXZ A; 1Z87 A; 2N0Y A; 4FIM A; 5L9S A; 1WDN A; 4H67 A; 1WVH A; 3M8U A; 3H4Z A; 1U29 A; 3WA0 A; 2KIE A; 1FBF A; 3LR1 A; 3DP6 A; 5C5B A; 4POX A; 1T0K A; 1J19 A; 3IR1 A; 3FVC A; 1FHX A; 3PSC A; 3GLB A; 3EHT A; 1YAE A; 5I58 B; 2CEX A; 3OAN A; 3OSR A; 2Y8G A; 4LN5 A; 4CYE A; 4HAX B; 2P2A A; 1G0I A; 3U12 A; 1LEV A; 4IO4 A; 2Q88 A; 3ZSF A; 3FXQ A; 5H8N A; 4A5K A; 1CB6 A; 4XXU A; 2V93 A; 2OX3 A; 3N6T A; 4OVQ A; 2P3V A; 4PCD A; 3NWF A; 2B3B A; 3O29 A; 4BDO A; 1FB8 A; 1B7U A; 4F19 A; 3MW0 A; 4DI4 B; 3OEL A; 1IMA A; 3QIM A; 4X1B A; 4R73 A; 2DSF A; 1VFD A; 4HAT B; 2REJ A; 4HW8 A; 1EH3 A; 3CHG A; 1S9T A; 1NI2 A; 2QRY A; 3Q26 A; 2Z22 A; 1B1X A; 4R6K A; 2D9X A; 4GL0 A; 3RYD A; 2Y5L A; 4PET A; 1NNP A; 2K2U A; 5KQ1 A; 3EN3 A; 1B5J A; 4ZRJ A; 4GWS A; 3VOQ A; 5IKB A; 2QPQ A; 3FJ7 A; 1SGH A; 3C32 A; 3QWM A; 4HB2 B; 4OQO A; 2ZKM X; 4C1T A; 4RY1 A; 3FD3 A; 4K2O A; 2DKP A; 3RTW B; 2D4Q A; 3S4U A; 1MPB A; 1QGX A; 2WYK A; 5J3T A; 4EQB A; 3N5L A; 2CY5 A; 4EXL A; 1J0W A; 3FVK A; 3P7I A; 4R6H A; 4F3P A; 3HST A; 1XI6 A; 2CZH A; 2P1S A; 3UN6 A; 5TPA B; 2Q8M A; 1ZLQ A; 1DK4 A; 4IR8 A; 3V5A A; 3IL1 B; 1JEV A; 4JWY A; 3SEW A; 4XKP A; 3MP6 A; 1MS7 A; 1NH7 A; 3CIK A; 1DRO A; 2QJE A; 4GWX A; 1EF1 A; 2AL6 A; 1R9Q A; 1N3W A; 1WGU A; 2PX1 A; 3N26 A; 1H76 A; 4H45 A; 4N91 A; 4R9G A; 2YS5 A; 3SNH A; 4KHB A; 4OER A; 4I8C A; 1XHY A; 1ZIU A; 2MDX A; 4R2B A; 4LZ7 A; 2V4C A; 1L5T A; 1FPF A; 1I6Q A; 1PB8 A; 1TFA A; 2G93 A; 5FTI A; 3SO6 A; 1IMC A; 1VFE A; 1I6B A; 3D1R A; 3PPN A; 2V3T A; 4Z7E A; 1GV8 A; 3AXF A; 5T3J A; 1FQB A; 3UP9 A; 1I6A A; 5DHF B; 3DM0 A; 3IB2 A; 2EMT A; 3VV5 A; 5LOP B; 1MXV A; 1PMS A; 5JEI A; 2RC8 A; 3OO7 A; 3HFU A; 4FAT A; 2HZL A; 1FPJ A; 3PP2 A; 2L5V A; 4JWO A; 4IGR A; 4NF0 A; 2QS1 A; 3A8P A; 3B7D A; 4MT7 A; 3CI8 A; 4NF5 B; 3ZKK A; 5I59 B; 1IMD A; 4K81 A; 3TCG A; 1URG A; 1H44 A; 1K9Z A; 4U22 A; 4H8J A; 2O1M A; 4H65 A; 1NUW A; 4N6P A; 1MG1 A; 2V25 A; 3MVW A; 3IO4 A; 4BDR A; 4GN1 A; 2ZYM A; 1NFT A; 4HAU B; 2FBP A; 4HS7 A; 3RY3 A; 3VE1 B; 4HHV A; 3OD7 A; 3RUM A; 4NTL A; 3LC8 A; 2I49 A; 1II5 A; 1A7L A; 2RC9 A; 1FGY A; 3TDJ A; 4O3A A; 3MBP A; 1EAZ A; 2F3D A; 2I0C A; 1B5I A; 1RKM A; 1X1G A; 3GBA A; 1B51 A; 2XWO A; 1B4Z A; 3H7M A; 1MRP A; 4P9K A; 3T9X B; 1B58 A; 5EQA A; 4PQ0 A; 4OXV A; 3EF7 A; 1QUL A; 4GX4 A; 3TAJ A; 2RF1 A; 3FV1 A; 1U5G A; 3N6U A; 3PMW A; 4PAI A; 2DXY A; 2HAV A; 2R71 A; 3RPW A; 4QHQ A; 3KJT A; 5HPQ A; 1SW2 A; 4NAP A; 4GPT B; 2DHK A; 3U65 A; 3FJG A; 4IO5 A; 2FA7 A; 1E5W A; 1MY3 A; 1B52 A; 4ELQ A; 5CI5 A; 2I1K A; 2DOJ A; 3TFL A; 2OLB A; 3TFM A; 2NXO A; 1P1Q A; 1FPK A; 2DVC A; 1NTY A; 1EZO A; 4GOU A; 4MF3 A; 4YMA A; 2O7I A; 2K49 A; 2UVH A; 1YCJ A; 2XXI A; 2Y7I A; 3TMG A; 1Y9U A; 5DT6 A; 4K2P A; 1QKA A; 4L1R A; 4YKK A; 4IGT A; 2D3I A; 2ZZW A; 3PG7 A; 2GRV A; 4F7U P; 4OFO A; 1FQF A; 4QFN A; 1FHW A; 1FQE A; 4LZ8 A; 3IOU A; 3Q25 A; 5M2V A; 2OWZ A; 3CVG A; 4F2O A; 5ESY A; 3E13 X; 4PFB A; 1FBP A; 1DBZ A; 1O64 A; 3T22 A; 2THI A; 5KCJ A; 2XA5 A; 3NW8 A; 4HE2 A; 4HTG A; 2H7D A; 3G9W A; 4GIZ A; 1WG7 A; 2Z8E A; 4YB5 A; 3H6W A; 2RNR B; 2Q74 A; 4ZED A; 1SHC A; 3RPL A; 5D3V A; 3M3L A; 2I0B A; 3H3G A; 3LSW A; 5I2K B; 1KA0 A; 3MWB A; 3UA8 A; 1LW3 A; 4MLQ A; 4NWD A; 4O7M A; 1D9Q A; 4MHF A; 3TZA A; 4WKM A; 5H8H A; 2HTH B; 2DWI A; 5JHG A; 1B32 A; 1JQF A; 1OMP A; 3RT6 B; 5ITO A; 1BLF A; 2RKM A; 1MY0 A; 4O3C A; 1MQH A; 4EF2 A; 1US4 A; 5DH9 B; 2RVB B; 4QF9 A; 1LFI A; 2G29 A; 2CEY A; 2R6G E; 3TTL A; 4HDO A; 5A5L A; 1RYO A; 3DXD A; 1HSE A; 2HQ0 A; 2P0S A; 4OEN A; 5CLQ B; 1B3E A; 1YYZ A; 2M38 A; 4MEV A; 2UVJ A; 2XXX A; 1RJ2 A; 1RRP B; 5I56 B; 3PPR A; 2ALU A; 3A58 A; 3E4R A; 4A6F B; 3SEX A; 3TCH A; 5ITP A; 4N17 A; 4F3S A; 3UIF A; 5KQ4 A; 2VPN A; 1EGX A; 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