The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
|
Chain Sequence |
MIGKKILGERYVTVSEAAEIMYNRAQIGELSYEQGCALDYLQKFAKLDKEEAKKLVEELISLGIDEKTAVKIADILPEDLDDLRAIYYKRELPENAEEILEIVRKYI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of an Archaeal Homolog of the Eukaryotic RNA Polymerase II Rpb4/Rpb7 Complex
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Methanococcus jannaschii
|
| molecule keywords |
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
|
| total genus |
33
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
N
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D8B A; 1YT3 A; 1GO3 F; 4QJF B; 3SAH A; 4O3M A; 2HBM A; 5C0Y A; 3SAF A; 2KV2 A; 4NLC A; 2E1F A; 2MA1 A; 3CYM A; 2E1E A; 1WUD A; 4CGZ A; 2CPR A; 2RHF A; 4CDG A; 2HBK A; 4NLB A; 2HBL A; 2HBJ A; 4OO1 J; 4QIW F; 2RRD A; 3SAG A; 2DGZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q6H A; 3NRZ A; 4Y2U A; 4PI0 A; 1N33 O; 4DR6 B; 4F92 B; 3SYP A; 5H5N A; 3D2N A; 4WJ3 B; 4F4W A; 1NKB A; 2QKQ A; 2P90 A; 3QO8 A; 5LMN O; 1EZJ A; 2VRZ A; 4OPH A; 1K33 A; 2ZIO A; 3F2B A; 5J0S A; 2W54 A; 3SYO A; 1H8H G; 2IHM A; 4GXI A; 2BHN A; 2KEY A; 3JAL B; 1N34 O; 1RYR A; 4NTX A; 2WA4 A; 4U3J A; 4RT2 A; 1EN5 A; 1ZJM A; 3K59 A; 3EZ5 A; 5CA0 B; 1XMO B; 1LR1 A; 4Z2W A; 2E76 B; 1VF5 B; 2Y0P A; 3RT3 C; 3FB8 C; 5KUM A; 5KT4 A; 2Q0A A; 2VJ5 A; 5ALQ A; 3SPC A; 5ALJ A; 3SI8 A; 2QWP B; 4CC6 A; 4IGG A; 3PX0 A; 5AIA A; 2P5O A; 4LH6 A; 5J2F A; 1ZQL A; 4GX0 A; 4HBN A; 4TV9 B; 1T8E A; 2L35 A; 1ED1 A; 2E8M A; 1KLN A; 4NKG B; 1HNZ B; 2E8N A; 3ETR A; 4YHH B; 4EEY A; 2NR5 A; 1S76 D; 2ES6 A; 2QDO A; 4MVS A; 1SL2 A; 1WNS A; 4UB2 A; 2Y0S F; 4JV5 O; 7ICJ A; 4BIO A; 2W7P A; 4F5O A; 4C0Z A; 5III A; 1Q3V A; 1YT3 A; 1T5E A; 4KLU A; 4GIB A; 3ICX A; 9ICN A; 5AG2 A; 3ZMZ A; 4DUY B; 4KLO A; 5C93 A; 3QYP A; 3M6K A; 3CE2 A; 3ZHV A; 3BQT A; 2YB4 A; 2WHE A; 4O3Q A; 5AI9 A; 5LA6 A; 3V6K A; 2DYR C; 4RNM A; 4BW5 A; 3JPT A; 1RPR A; 4DSL A; 1ZD5 A; 4JI6 B; 4DR7 O; 5FPO A; 3E8F A; 2K9P A; 1RPL A; 2DWE C; 3J81 N; 4GCZ A; 4F91 B; 2WLL B; 4I2A A; 4X1Y A; 5EYP A; 1SXE A; 2NV3 A; 9ICX A; 2ZR3 A; 5EZY B; 1KFT A; 2IJK A; 2OIG A; 4GUN A; 2LKY A; 3C3S A; 3T1Y B; 1CUK A; 1ZQJ A; 3V7K A; 1ZOL A; 2VS0 A; 3HWT A; 1WA8 B; 2WLJ A; 2CUG A; 4BUG A; 2WF8 A; 1TGO A; 1SV4 A; 3MAQ A; 3V72 A; 1U47 A; 1Q3E A; 2K8B B; 1NH2 D; 5CB4 B; 4DR3 O; 1X59 A; 3QUB A; 1R6K A; 2CH7 A; 4MTX A; 1JA8 A; 4DWI A; 5BMV B; 4DR4 B; 4DR6 O; 3ZRX A; 2YIC A; 3BJY A; 3P3N A; 2EIM B; 3F5A A; 5F2V O; 1L7M A; 2V1D A; 4TQR A; 3TXQ A; 3LUT B; 4JI0 B; 3K58 A; 3R66 A; 4AHC A; 4KLI A; 3M99 B; 5IYD O; 2P22 C; 3D6J A; 2OIE A; 1KL9 A; 4X1I A; 3CCL V; 4FO6 A; 2H3Q A; 4JMU A; 7ICV A; 2E1F A; 2H8P C; 4MSW C; 4JV0 A; 1B0X A; 3I76 A; 4RUA A; 2B1I A; 1XMO O; 3NVW A; 3DXR B; 2RN9 A; 2JDI G; 2BCQ A; 1BPX A; 3QEA Z; 2NO4 A; 4TSF G; 1RDF A; 3L9D A; 3BDP A; 3CP1 A; 4UV8 A; 3VQV A; 4CNQ A; 2HOQ A; 2QB0 B; 4MF2 A; 3EYZ A; 4DSE A; 1GRJ A; 1A77 A; 4I9W A; 4P2H A; 2DJV A; 5AI8 A; 2VWK A; 3ZCC A; 4FFB B; 1US6 A; 5L1I A; 1YTF B; 2H3I A; 1L5U A; 4YHH O; 4ED7 A; 3CCE V; 2FJ6 A; 4C7Y A; 1VQ7 V; 1Y76 A; 4QZA A; 1KQQ A; 3K9S A; 7ICH A; 5AK6 A; 2XAS A; 4XDK A; 4DV4 B; 2D6F C; 4G27 B; 4BWM A; 3M7M X; 3K5L A; 1SKW A; 4BW9 A; 2QM8 A; 4MT8 A; 4DUY O; 5AK4 A; 1ZQX A; 3UO2 A; 3PR5 B; 4QZ8 A; 1OJH A; 4FLZ A; 5KG7 A; 4AQY B; 4NXN B; 2EJ7 A; 2XID A; 4JTC B; 3DTU B; 4RQN A; 4LC1 A; 1X6J A; 1ZSP A; 3PW5 A; 5KL8 B; 3RFA A; 1WYG A; 1G6U A; 2RMK B; 4EBE A; 1YZ7 A; 4F6E A; 4R8C A; 4JI6 O; 2BE3 A; 4TUQ A; 3RYI A; 4K3A A; 4FVM A; 4AIL C; 4Z6E A; 5HFM A; 3DSQ A; 1ZD4 A; 5KLV H; 5ALP A; 3T1Y O; 4I29 A; 2Q4P A; 4TQD A; 5LHH A; 5IY5 C; 1R73 A; 1BZK A; 2A19 A; 5KA5 A; 4CDG A; 4WFB V; 2WWW A; 1X66 A; 4IQW A; 3VBB A; 1V54 C; 2F1H A; 1SS3 A; 5J0O A; 4ELT A; 5FP0 A; 5J2I A; 2GDS A; 5CA1 A; 2IJH A; 4FLT A; 3E58 A; 3ZN1 A; 4RQ8 A; 4UV9 A; 2P06 A; 1FFX A; 3E22 B; 1KKD A; 4LZG A; 3E89 A; 1PPJ H; 5EWG A; 4Q45 A; 1CRX A; 1TA8 A; 4ECZ A; 3IAY A; 4F6R B; 2MW2 B; 4O5K A; 1S72 V; 5ALE A; 4JYA B; 8ICE A; 2JGD A; 2Z0A A; 4OJ5 A; 4DSI A; 1D8L A; 4HNA B; 2BR0 A; 5DB7 A; 2ADQ B; 5L3D A; 3TJT A; 3ETQ A; 4JI0 O; 2ZKO A; 2Y0I A; 1HR0 B; 4I2F A; 3RJK A; 1N48 A; 3OGU A; 4QIW C; 3K5M A; 1VQK V; 1NK8 A; 1TK5 A; 5EWE A; 4F2R A; 4X62 B; 2KJ5 A; 4I2G A; 4U7O A; 4IT5 A; 5B3S B; 2OH2 A; 2KZZ A; 4ICG A; 3BS7 A; 4X66 B; 2AHO B; 2BQU A; 1L7N A; 1IG6 A; 1J2M A; 2P6U A; 4UCS A; 2AGQ A; 3MAB A; 3L70 H; 4LF8 B; 3B0X A; 4QW9 A; 5H9C A; 4O3R A; 4I2E A; 4TQS A; 3PMN A; 3SPJ A; 1ZQN A; 9ICO A; 1T4G A; 3H01 A; 3CW2 C; 3OR6 C; 1WUD A; 4JPR A; 4X8A A; 3HRD D; 1QCK A; 2KOB A; 2IM9 A; 5EC2 C; 2R8J A; 4DUZ B; 4Q8E A; 3ZMU A; 2P7T C; 4DSK A; 4EB6 A; 2QWO B; 4F71 A; 3MR5 A; 1R6N A; 3K0G A; 1PVR A; 4PA4 A; 4WFH A; 3JD1 A; 3RJF A; 2Y9U A; 4MS2 A; 2K4I A; 2DWQ A; 3OUF A; 5LGU A; 4DV4 O; 3WU2 U; 5KFE A; 1PK1 B; 3C5F A; 4ED6 A; 2PFO A; 4JYC A; 4WBN A; 4FFK A; 3U0Z A; 3E8B A; 2A7W A; 2ZE5 A; 2E3C A; 8ICL A; 1SGG A; 4R7C A; 4P0Q A; 5EE3 A; 5B1B C; 4B3S B; 4KLG A; 4NXN O; 3BS5 A; 4DOC A; 1RPO A; 1B6Q A; 1AB3 A; 1VQM V; 4U7C A; 3FAH A; 3K3W A; 2DE0 X; 2HBK A; 1HP8 A; 4O5E A; 2W8K A; 4J9S A; 4DFM A; 3PX6 A; 1LKY A; 4UB3 A; 2LP7 A; 2Z5U A; 2FB5 A; 1MSD A; 4KLL A; 3AG1 B; 1VQN V; 4BIZ A; 2P4K A; 4WCE V; 1MC8 A; 2BPF A; 2W6I G; 4YD1 A; 5ALN A; 4OJO A; 3Q4H B; 3LVV A; 3RJH A; 5HNK A; 1OCO C; 1Y6X A; 2ZNJ A; 2F1M A; 1ZUQ A; 2WF6 A; 3HKC B; 4L87 A; 4UW9 A; 1KFS A; 1K73 W; 1H2M A; 3MBY A; 2W0F C; 1NZP A; 3NUQ A; 5EC1 C; 2A3Q A; 5L3G A; 4KL1 A; 3KG2 A; 2LBO A; 2CK3 G; 5J2C A; 4PEL A; 4BXO B; 2R8G A; 4ED0 A; 3H0R B; 4K4H A; 2AH5 A; 3PSI A; 2IOH A; 3Q8L A; 1OCC B; 4PA3 A; 4JYA O; 4DQQ A; 2OCC B; 3AU6 A; 5KFK A; 1U49 A; 2YMM A; 1SL1 A; 4DL3 A; 4JYB A; 3RTV A; 3GIL A; 1UJW B; 4KLM A; 1FS0 G; 1HR0 O; 2HCF A; 3SAH A; 4B9U A; 3C90 A; 4BR6 A; 8ICZ A; 2OYY A; 1DTO A; 1LNQ A; 4RQ5 A; 3ZMS A; 3NS1 A; 2QTS A; 4Q6G A; 4MF8 A; 1RXV A; 5JH7 A; 7ICG A; 5J2U A; 3BQ2 A; 1I94 B; 5EBW C; 1A76 A; 3JPQ A; 2JXJ A; 5J0P A; 4M6W A; 1TV9 A; 4X66 O; 4PA9 A; 3JPP A; 4FZL A; 3BY6 A; 1N32 O; 4KLD A; 4HAM A; 5HR6 A; 5KG4 A; 9ICM A; 5KG0 A; 4QZH A; 3M9N B; 4OPA A; 2KG5 A; 4LF8 O; 4NLB A; 3GIK A; 1NK0 A; 3BAA A; 4F2S A; 3SGI A; 3SV3 A; 1K97 A; 4UB8 U; 2DYS C; 5J2T A; 4P30 A; 3K06 A; 2AZ2 A; 1NK5 A; 1OCR C; 3FAV B; 2QA4 V; 1V38 A; 5LGN A; 3CSX A; 3SYQ A; 4DUZ O; 8ICW A; 4QW8 A; 2XTA A; 2ZUC A; 4ECQ A; 5CBG A; 3ASN B; 3TKA A; 2IJJ A; 1GM8 A; 3ZHQ A; 5BOM A; 1FIQ A; 3OTF A; 5J0T A; 2YSU B; 5C5J A; 1KU9 A; 1Q6U A; 1XO0 A; 3PJS K; 2M6Y A; 8ICT A; 4DW0 A; 3NAS A; 3DDH A; 3QUT A; 1Z00 A; 4LNU B; 4O4H A; 5KUK A; 3CCJ V; 4R8U B; 4DQI A; 2NRW A; 5AKE A; 1KB9 F; 5L3F A; 2OTJ V; 5J2A A; 1S0O A; 3QXG A; 3IV6 A; 4JTA B; 4ED1 A; 5J9P C; 5TIS U; 2PY5 A; 1YXB A; 1YIT V; 5KHI A; 4RQ6 A; 4EBD A; 2KB1 A; 3DGE A; 5LYJ A; 4ZHQ B; 2KJ8 A; 4C8N A; 2KVS A; 5KFD A; 2ZXW C; 2HJF C; 2ESE A; 1SES A; 4B3S O; 2MUT B; 4UCR A; 1FO4 A; 1NJY A; 3P3P A; 3QO7 A; 5BXZ A; 4ZOL A; 2DFL A; 2BTQ A; 1QVF U; 4GLX A; 1NK7 A; 1SZT A; 5AKK A; 2N74 A; 4ECT A; 4DQR A; 1NTK H; 1MOF A; 2BSK B; 4DOA A; 1SXD A; 1Y88 A; 1DGS A; 3Q8R B; 4KIT B; 4BJQ A; 1S5L U; 2LMR A; 3FC4 A; 3WK4 A; 4DV1 B; 1NR1 A; 4IIJ A; 2KNJ A; 2LI6 A; 5AI4 A; 4I55 A; 2GUZ A; 1PP9 H; 4KMU A; 2HFE C; 3ORY A; 4ZI7 A; 5J2E A; 1XUQ A; 4K8Z A; 2YXY A; 1N61 A; 2W04 A; 1HWY A; 4UB6 Z; 3UO3 A; 4D7S A; 1GN6 A; 4LFC B; 2QB1 A; 1FXV A; 5KFV A; 3PSP A; 3RYC A; 5CBH A; 2Y4U A; 4UVA A; 3M1Y A; 1VEW A; 1R6T A; 3RVZ A; 1PNK A; 5KAI Z; 4L8J A; 2A0L A; 3M6Z A; 4DL7 A; 4F4Z A; 4NY8 A; 4LF6 B; 3KTQ A; 1Z4O A; 5DLF A; 2QLT A; 1S97 A; 3OJS A; 2HVH A; 4F93 B; 3IJ4 A; 2KE7 A; 5IYZ A; 2RHF A; 4O3O A; 4UFZ A; 5LBQ A; 4X1K B; 4QNH B; 4X20 A; 4BWA A; 4RUC A; 4JI7 B; 3MDC A; 5IJ0 A; 1RSO B; 1PZN A; 4O4I A; 2A1J A; 4KLJ A; 2JEG A; 4QWE A; 4YR2 A; 4B9M A; 5DGA A; 7ICN A; 2ETN A; 1ORQ C; 1I94 O; 1TUB A; 3NVZ A; 5K4L A; 5CA3 A; 3ABT A; 3BA8 A; 5BY1 A; 3C2K A; 3QG5 A; 5KT5 A; 1LV5 A; 1PK3 A; 5IYC O; 5AKG A; 1B22 A; 3CC7 V; 3CPW U; 3LSQ A; 1IM4 A; 2UXX A; 2YX8 A; 2Y9T A; 4JAV A; 4G3I A; 2HMX A; 1KSP A; 1RM1 B; 5HMM A; 4NL9 A; 4PHZ A; 5LOV A; 1LB2 B; 2LO1 A; 3ABK C; 9ICF A; 3HW8 A; 1K5Q A; 2FL4 A; 3CC4 V; 3OR7 C; 5DED A; 4DFJ A; 4QIW F; 4QE9 A; 3L72 H; 3D36 A; 5ITZ B; 1KN5 A; 4IQU A; 1SQV H; 1YVW A; 1NT2 B; 3MFI A; 5HP4 A; 4YN4 A; 3Q8K A; 1HUZ A; 1BSM A; 4GKJ B; 3AQE A; 1NK6 A; 1KP2 A; 4NL9 C; 5HR7 A; 2F95 B; 4JB3 A; 2ZUD A; 4CCH A; 4DL4 A; 2O57 A; 5EE9 A; 2E8P A; 1QSS A; 2W0X A; 2EZZ A; 3TXS A; 2EJR A; 4LCU C; 4P0P B; 4Q43 A; 2XGP A; 1SF9 A; 3D36 C; 2Z7J A; 1MZE A; 3RBD A; 1QSL A; 4RZR A; 2EAO A; 2Q8V A; 5JJN B; 1SB3 C; 1I0H A; 2P6J A; 5GTI Z; 5DBA A; 1F51 A; 2ARH A; 4UAT A; 3NXS A; 5AKI A; 3PO5 A; 3ZMT A; 2RRD A; 2FLP A; 5KFA A; 1A6S A; 1FXH A; 2ZE7 A; 3C2L A; 3RR8 A; 2JK5 C; 1NU1 H; 1KKC A; 2GLE A; 2NRV A; 2ASD A; 4DYL A; 4DV1 O; 3EFF K; 2DPI A; 4DL5 A; 1SQF A; 3WK7 A; 3LSU A; 3A0H Z; 3D3I A; 5GTH Z; 3RVY A; 3IHQ B; 2VKQ A; 2MRL A; 2UXB B; 3RB6 A; 9ICQ A; 1KMI Z; 5IWA O; 1N33 B; 4LFC O; 4EKW A; 4LF4 O; 2ZNI A; 3KKY A; 5AKH A; 1G1X B; 2LGQ A; 4F4Y A; 2FLL A; 4U7N A; 4DS4 A; 1BT8 A; 1TUE B; 4QPK A; 4LBE C; 4ZIB A; 4LF6 O; 1XC9 A; 5EOZ A; 1MA1 A; 2DWD C; 1W2B U; 2KVC A; 1UQV A; 2BQR A; 2QTO A; 2DMX A; 4JI7 O; 4F5Q A; 1SKS A; 1N34 B; 3KKA A; 5FPR A; 2JHD A; 3UQ2 A; 2ODM A; 3SMV A; 4C8K A; 3JAK B; 3H0L B; 2FMP A; 4ZKI A; 3TAQ A; 4J9O A; 5DQG A; 3HKE B; 4GXJ A; 5JU5 A; 1XIL A; 2JMG A; 4O3S A; 2F8K A; 3SZ2 A; 4US9 A; 5EWF A; 2C2D A; 1N0N A; 1PD3 A; 4PDR A; 1O9G A; 1F0M A; 3AL0 B; 3AK2 A; 3FB6 C; 1PUZ A; 4NVP A; 4PHE A; 2RCV A; 4MTG A; 5KG5 A; 3KKA C; 2KTQ A; 4I4T B; 5CA0 A; 5B1O A; 1SA0 A; 3C5G A; 1J95 A; 2ZDI C; 3CC2 V; 4M04 A; 4W4K A; 4O2B B; 3JAM N; 2Q0O C; 2F77 X; 8ICV A; 1FJG B; 5J0U A; 4NLK A; 2JEI A; 2VJ4 A; 4CF3 A; 2W9M A; 9ICK A; 4ED2 A; 3ASO C; 4PA6 A; 2VWJ A; 5D4B A; 4US8 A; 1COO A; 5B1N A; 2H94 A; 4MFC A; 1JN3 A; 4DQS A; 3L74 H; 3PW0 A; 1VF6 C; 4DV6 O; 4JF3 A; 1WG8 A; 1V55 B; 4J9Z B; 3K5O A; 2KK0 A; 3JAR A; 1AR1 B; 1JXL A; 4GKJ O; 1URJ A; 4IRC A; 8ICR A; 3AM9 A; 4WFE A; 4EFE A; 1SV0 A; 2PFN A; 3JPS A; 2XND G; 2FPK A; 3DEE A; 3OEH G; 2EZP A; 1TAM A; 1WCN A; 5DQH A; 3E2E A; 2BOC C; 3MHH C; 3AG3 B; 2ZTD A; 1YIJ V; 1XSP A; 4DF4 A; 5HML A; 2EDU A; 2FPL A; 4FLY A; 2HSZ A; 5IJ9 A; 3JAS B; 4B9T A; 5CJ7 A; 2FKX A; 3E8G A; 4IYI A; 1SV0 C; 1S8O A; 2CPR A; 2KN7 A; 8ICM A; 5ALG A; 2AGP A; 1XBL A; 3O9O A; 4Z1V A; 4J10 A; 2NRX A; 2MSN A; 5DN6 G; 1PNL A; 4I7Z B; 4J7Z A; 1U96 A; 4OJ6 A; 4RUE A; 4IC9 A; 5TZV A; 1NNL A; 1QQC A; 1AR4 A; 2W9C A; 2XIC A; 3NVY A; 1NQT A; 2JJ2 G; 3FX7 A; 5EZY A; 5LGT A; 2QKS A; 3B8M A; 3ZHU A; 1IV8 A; 2LPE A; 3UM7 A; 4FM0 A; 3HIL A; 3P32 A; 2G0A A; 3A8T A; 1WA8 A; 2UXB O; 3T3F A; 5DLG A; 4Z6F A; 3QU7 A; 1L3V A; 5KFQ A; 1Z5V A; 3AG4 C; 3N2K B; 1KC8 W; 4WFA V; 4ACO A; 2HHU A; 2XGQ A; 1H2K A; 2XAF A; 3O65 A; 2HHT A; 5EBM C; 1V85 A; 1TAU A; 5IT9 N; 4A8E A; 1R3K C; 5IYB O; 5J0R A; 1GN2 A; 1MG1 A; 2UXD O; 1TK0 A; 2DQN B; 7ICO A; 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