The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
107
|
structure length |
107
|
Chain Sequence |
MIGKKILGERYVTVSEAAEIMYNRAQIGELSYEQGCALDYLQKFAKLDKEEAKKLVEELISLGIDEKTAVKIADILPEDLDDLRAIYYKRELPENAEEILEIVRKYI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of an Archaeal Homolog of the Eukaryotic RNA Polymerase II Rpb4/Rpb7 Complex
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase
|
source organism |
Methanococcus jannaschii
|
molecule keywords |
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE SUBUNIT E
|
total genus |
33
|
structure length |
107
|
sequence length |
107
|
chains with identical sequence |
N
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2001-10-17 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CYM A; 2KV2 A; 3SAH A; 1WUD A; 4NLB A; 1YT3 A; 2HBL A; 4OO1 J; 4NLC A; 2DGZ A; 2MA1 A; 2HBK A; 2E1F A; 3SAG A; 4QJF B; 2HBM A; 1GO3 F; 3SAF A; 2HBJ A; 4QIW F; 5C0Y A; 2CPR A; 4CDG A; 4CGZ A; 1D8B A; 4O3M A; 2RRD A; 2RHF A; 2E1E A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3IGA C; 5DM6 V; 3E22 B; 1QSY A; 4OO1 J; 7ICM A; 4EFE A; 3K59 A; 2FJ6 A; 4GCZ A; 3TAC B; 1VF6 A; 2ZQM A; 4I50 B; 2WB1 F; 4BR6 A; 3K58 A; 5ALN A; 4PHA A; 1AI6 A; 4WF9 V; 3IP4 B; 3PSP A; 5LP6 B; 2JMG A; 3HKZ C; 1WN7 A; 2BOB C; 2GO7 A; 4ECY A; 4JV0 A; 2AHO B; 3C28 A; 1MAB G; 5HFL A; 2CXY A; 4HNA B; 1PVR A; 8ICE A; 3CC7 V; 3QXG A; 2OCC C; 1U97 A; 2NRT A; 1XQ8 A; 2HOI A; 1X9W A; 2IBZ H; 4DV3 O; 4GUN A; 3G6E V; 3WKB A; 1YDX A; 2BTQ A; 4O5C A; 2R9A A; 3QO7 A; 4PGY A; 3PR4 A; 2ATK C; 2WSS G; 3VQX A; 5LGU A; 2Y9T A; 4DR1 B; 2VRZ A; 5IWA B; 2K8A A; 3PW2 A; 2IHN A; 1C20 A; 4EFB A; 2ADP A; 3TET A; 1CP9 A; 5KFU A; 4Q8E A; 2L35 A; 2XTA A; 2CH7 B; 5HNK A; 2F43 G; 2PYL A; 4JF3 A; 2H94 A; 4UCU A; 3HW8 A; 1K4C C; 3FYI B; 4DR7 B; 2DJV A; 1X6I A; 1FS0 G; 1WCL A; 3BVO A; 3JAT B; 1LKY A; 3F2D A; 5KAF U; 1FKA O; 2Y0I A; 3AUO A; 1UQV A; 3QUT A; 1N5X A; 3K5M A; 2A3V A; 3FFQ A; 1FXK B; 1XRE A; 2ZNI A; 1H2K A; 3CCM V; 3S6J A; 3ETG A; 1TAE A; 2BTQ B; 3OGC C; 9ICQ A; 1RYR A; 1Q43 A; 1ZD3 A; 4MVU A; 2K8B B; 4B6J A; 4FLV A; 1JXE A; 2VA8 A; 3JPN A; 2ODG A; 3ED5 A; 1JFF B; 3C21 A; 4UW9 A; 3MDC A; 3ISC A; 2E3C A; 3QNE A; 4X20 A; 1BPD A; 1VQ6 V; 1XSP A; 2ZIU B; 5KG5 A; 4KUM A; 4O4J A; 5CBG A; 2HBJ A; 3K5L A; 1BCC H; 1BQZ A; 3ABM B; 5AI5 A; 2Q5Z A; 1M4U A; 1TA8 A; 3THV A; 1DGJ A; 1LKY B; 2KZZ A; 3UT5 B; 3D2N A; 3SDL A; 2DYR B; 3LSQ A; 4J42 A; 4MTO A; 4ABM A; 2JEU A; 5KFS A; 1QLE B; 2ZE8 A; 4HAI A; 3K04 A; 4E0D A; 2JJ2 G; 4HYK A; 4B3R B; 4N23 A; 2ITD C; 1K9M W; 1TAU A; 1OZ0 A; 2QM8 A; 4IL6 Z; 1M93 A; 4J9Z B; 1UCV A; 5EE0 A; 3RBD A; 1XS9 D; 1JX4 A; 5IE9 A; 5K1X A; 1B04 A; 5LA6 A; 2WAQ F; 1R6N A; 5FNV A; 1X4T A; 3PML A; 3OR6 C; 3FAV B; 4MW8 A; 2F1H A; 3HRD D; 3HB3 B; 3K9A A; 1SL0 A; 7ICR A; 2W0F C; 2WLM A; 2QJ1 A; 2DL0 A; 4CGZ A; 1K34 A; 3ASN C; 4IRC A; 8ICO A; 2W03 A; 4PHP A; 3AG2 C; 1K5Q A; 2P6R A; 5KFV A; 1XI1 A; 4OX9 B; 2P6J A; 5ALL A; 5B1N A; 5AKZ A; 1D5A A; 1NK6 A; 4Y2Q A; 1N34 O; 1JRP A; 2LW1 A; 4IIJ A; 1M90 W; 3K4G A; 1HW7 A; 1JVM A; 5J0P A; 1MZE A; 5L3G A; 1BPY A; 1N4C A; 2QKA A; 5KFX A; 4CH4 A; 1ORQ C; 1Q82 W; 8ICP A; 4YD1 A; 4UB6 U; 4C80 A; 2J6S A; 1ZQX A; 3GQC A; 4M9N A; 5FNV B; 2OM6 A; 4LF8 O; 3JAR B; 1KB9 F; 3ABT A; 2KJ8 A; 3F5A A; 3F7Y C; 2E5L B; 3QU9 A; 4M6W B; 2HHU A; 5IJ0 B; 2Y69 B; 2WA4 A; 2QM7 A; 2WF8 A; 1ZRN A; 2DWQ A; 4DQP A; 8ICW A; 2EBO A; 3TXS A; 3WU2 Z; 1SWV A; 4YFK A; 3GIL A; 4FLY A; 2QTO A; 1SV4 A; 2VQF O; 1EN4 A; 4DR2 B; 4KLU A; 4G3I A; 3H4D A; 1J97 A; 4RQ5 A; 3T1H B; 1IXB A; 2EH9 A; 4QE7 A; 4DV2 O; 1XNQ B; 4EEK A; 2N05 A; 1ZQJ A; 1NKB A; 1GRJ A; 3JAS A; 3KZI U; 1Z3E B; 3D8C A; 2DYS C; 4HZ3 A; 4D7T A; 4BX9 C; 4QZG A; 2RQ6 A; 1NI3 A; 2UUB B; 4DFP A; 3OEH G; 4WFH A; 5KNI A; 4DQS A; 2W55 A; 3L3F X; 4G9B A; 1ED1 A; 4PDV A; 3ZHQ A; 2PFN A; 3SPJ A; 5BOL A; 1ZQZ A; 5AI4 A; 5AM4 A; 4DYL A; 1L8O A; 2CRX A; 1QHT A; 4P9O A; 2EUL A; 5IY5 C; 1Q7Y W; 4M9H A; 1AP6 A; 2BSK A; 4I2C A; 2EIK C; 2VS0 A; 2DWE C; 3AG4 B; 4TWK A; 1T7P A; 1MOF A; 1G6U A; 1N62 A; 1KUQ A; 4YR3 A; 4UFZ A; 4DSJ A; 2Q0A A; 2OTJ V; 2QWR B; 1K1S A; 2QLT A; 1VQ9 V; 2A0L A; 2FML A; 1ZOL A; 2EIM B; 1H2L A; 3PY8 A; 1JX9 A; 1ZQP A; 3DXR B; 2LYH A; 5EYP B; 1X6J A; 2QGN A; 3WKE A; 3SYC A; 4F3O A; 1SXD A; 2B0C A; 4G27 B; 2HW3 A; 2A79 B; 2GBO A; 4JB3 A; 2AU0 A; 5LHH A; 2Q7H A; 5KT3 A; 1MA1 A; 3ABU A; 4X1I A; 5DGB A; 1QH9 A; 2ZXW B; 1J5E B; 2KSD A; 2QB1 A; 5DQI A; 1ZQW A; 7ICJ A; 1ZET A; 1GKF A; 3BAA A; 1THZ A; 2PGG A; 1TUB B; 4DR4 O; 4DLG A; 4M2Y A; 1ZQE A; 3UXO A; 1BHA A; 4KLI A; 1ZAU A; 3IC7 A; 3SYA A; 5LOV B; 3QTC A; 3WK9 A; 2YB1 A; 2PFP A; 5L9X A; 2UXD B; 3F7V C; 2RHF A; 3TJT A; 3HKC A; 3JD2 A; 4KLT A; 4ELV A; 1J2M A; 1NH2 D; 3KHH A; 1P49 A; 4EBE A; 1G4Y B; 1NTK H; 2KVS A; 4IYH A; 3W7X A; 1Y4M A; 3J80 N; 1BSM A; 1SQV H; 2C22 A; 1L7N A; 1ZQD A; 4X62 O; 4US9 A; 2P6U A; 2NO4 A; 1QCK A; 3WB0 A; 4YJ3 B; 4ED7 A; 1Z00 A; 5JTI A; 1ZL8 A; 5ALQ A; 4FM2 A; 3CRQ A; 5KAF Z; 3PO4 A; 1S0M A; 3LDD A; 2YXH A; 4GX0 A; 1Q81 W; 2E3T A; 3RJF A; 1L7M A; 1PL4 A; 5DLF A; 4JYA B; 1D9D A; 2HOF A; 2P66 A; 4MVZ A; 2PF4 E; 3SAH A; 4UAZ A; 5CB1 A; 1ROP A; 1U9L A; 4FLU A; 3RRH A; 3RVY A; 3HIL A; 3C2M A; 5LYJ A; 2ZNJ A; 3PMN A; 5EE9 A; 4OJ5 A; 2XGQ A; 1WP7 A; 4JAU A; 4RT3 A; 3FC4 A; 1Y67 A; 2P67 A; 4I2G A; 1JMS A; 2DYR C; 1YIT V; 3ASO B; 3WB2 A; 2ZJ8 A; 1L0L H; 2C2A A; 2F1M A; 1QLE C; 4TOI A; 2IOH A; 2O6K A; 3MGH A; 1FYJ A; 5CA3 A; 4NTW A; 4RQ4 A; 2LKY A; 4QWE A; 1EZJ A; 3ZD8 A; 1XHZ A; 1AJP A; 2KV2 A; 1SA0 B; 9ICA A; 2Y9U A; 2WHE A; 2PTM A; 3B2E E; 2Z7J A; 3BQT A; 3SEN A; 4Y2U A; 2XY5 A; 3WG7 B; 8ICR A; 4DW1 A; 1HIW A; 1Z4N A; 2RDJ A; 2XY6 A; 2FLN A; 3QO8 A; 1F7Y A; 1IXM A; 3RJE A; 4ICA A; 4EX7 A; 1HNW B; 2BR0 A; 2GOL A; 2KOB A; 3KD3 A; 5AIA A; 2RJZ A; 3O65 A; 4IHJ B; 1Q8K A; 3KCY A; 4MVR A; 4O4I B; 5KFZ A; 2ZM6 B; 4LF7 B; 2F4V O; 1TVK A; 3TCU A; 4KXR A; 1URJ A; 3BHP A; 3IG8 A; 3SR2 C; 2J6T A; 3AK2 A; 1ZD5 A; 2C2E A; 3RRG A; 4I4T A; 3JPP A; 5GW7 A; 5KHH A; 2P90 A; 2X7R B; 5KX5 A; 5ALM A; 5ALK A; 2CGN A; 4FLX A; 3NGD A; 1U47 A; 1N0J A; 3K0G A; 5DN6 G; 4RQN A; 4ZIB A; 4O4L A; 1XSN A; 2Q6A A; 2MA1 A; 3JPO A; 4DFK A; 3SJB C; 4JTA B; 4B3T B; 4JTC B; 4UAW A; 4JI7 B; 3H01 A; 4UB6 Z; 2Y69 C; 4P0P A; 3SD7 A; 3EUB 2; 4J9S A; 2MUT A; 1OCR B; 5AK6 A; 2JEG A; 3TQ1 A; 4ED3 A; 1ZQK A; 3H8W A; 3H8M A; 4ASU G; 5LHI A; 1ZQY A; 3ZDD A; 4KL1 A; 5JCO A; 2YI8 A; 4JI4 O; 4RQ7 A; 3SPC A; 2AJQ A; 4O4L B; 4U3J A; 1VQP V; 1IBK B; 2G5H B; 3A8T A; 2W9A A; 2XAG A; 1S0N A; 3UMC A; 4QZ8 A; 5JJN B; 1ZQG A; 5LMU O; 4K0K B; 4WJ3 B; 2FLL A; 2Y1I A; 4GXJ A; 3FKS G; 4C4T A; 1YZ6 A; 2AZ0 A; 4YXM A; 4UB8 U; 3RH4 A; 5DBA A; 2ISO A; 1BT8 A; 3PW0 A; 5FL7 G; 3P3P A; 1I0H A; 2BDP A; 2EAP A; 2MUT B; 4P0Q B; 1BGY H; 4JWN A; 3L9D A; 3I28 A; 4CF4 A; 2A1J B; 3RYH B; 4C4S A; 5F9N A; 4M9L A; 1Q3U A; 2JH7 A; 4LF4 O; 4F5N A; 3H7I A; 4LFC O; 5ALR A; 4NL9 C; 2QE7 G; 3FM9 A; 2EIJ B; 3K03 A; 1S0O A; 4O3R A; 4KX5 A; 4Z1M G; 3GV5 B; 4KLM A; 3CP8 A; 2LGQ A; 1ZQN A; 1MA7 A; 2XOK G; 3NTU A; 4AHC A; 4TT3 G; 1ZQV A; 3NVW A; 4Z6E A; 2EX3 A; 3HT3 A; 1VQ4 V; 9ICX A; 5KFJ A; 1QNM A; 1EN6 A; 4IC9 A; 1Q6U A; 2QB0 A; 4ZH4 A; 2ES6 A; 1TFR A; 2V7Q G; 4KTQ A; 4DSK A; 8ICG A; 2QM4 A; 3JPQ A; 4TUS A; 3JD3 A; 4RQ3 A; 2UVR A; 3VQV A; 5B1B B; 1GAX A; 5EIB D; 4TUY A; 3ICX A; 3QU7 A; 3PZP A; 4F2R A; 3LDA A; 3SEI A; 3CP1 A; 5AI8 A; 2HBK A; 4MVQ A; 1BPE A; 2E74 B; 2ZUD A; 3HKE A; 1VQM V; 3QX7 A; 1XMO O; 1KKD A; 5BY1 A; 2E8O A; 1SQG A; 3BQ2 A; 4RQ8 A; 1DGS A; 4QZI A; 1NKE A; 1NR1 A; 3MFH A; 3BCC H; 1Y74 B; 1HR0 O; 4B3M O; 2WAM A; 3QE9 Y; 4RPZ A; 2IA6 A; 3MHH C; 5GTI U; 4R50 A; 1O08 A; 1MG1 A; 3TFR A; 1QBZ A; 8ICC A; 2QTS A; 4PL1 A; 2G09 A; 4O9M A; 4I2H A; 4X1K B; 3M7M X; 1ZJN A; 1HNZ B; 5CB4 A; 5KAI U; 1R73 A; 3Q8L A; 4F4Z A; 2H3V A; 5KTQ A; 2BDU A; 4FM0 A; 2HHH O; 2HEP A; 4KHP O; 1MSD A; 1OCZ B; 3LK9 A; 2EJ7 A; 4J80 A; 1FJG B; 4PA4 A; 4DUY O; 4ECU A; 3TK1 A; 3BDP A; 1GM9 A; 1S5L U; 4I29 A; 2F93 B; 3HKE B; 3SYO A; 2UUC O; 2QEX V; 4JI5 O; 3KHG A; 1XO0 A; 1QU7 A; 1IBL B; 4TQR A; 4QW8 A; 2W43 A; 2W3S A; 3KTQ A; 5EC2 C; 3DV9 A; 4FVM A; 2WLK A; 4DV4 B; 3B40 A; 5FP0 A; 2UXC O; 3WK6 A; 3ORY A; 3U26 A; 2W6I G; 2E76 B; 2DW4 A; 4Q20 A; 5CR0 A; 4EYH B; 1YEW A; 3CC2 V; 1KL9 A; 4DFJ A; 5LHG A; 1NH2 B; 3M9O B; 2KHV A; 2K4E A; 4Q43 A; 4I2D A; 3IFX A; 4UB2 A; 5AM2 A; 4KP4 A; 1NJX A; 3OT7 A; 3ASO C; 5AM1 A; 3BEH A; 4DQI A; 4ECX A; 4PH5 A; 4AIL C; 4DV7 B; 4PV1 B; 4DR7 O; 2KSO B; 3CJH A; 2ZJ5 A; 1N33 B; 2KG5 A; 3B8N A; 4RNM A; 2GH1 A; 2NR5 A; 2RRD A; 4RO2 A; 2KD1 A; 2BCR A; 4CCH A; 1SF9 A; 2RCV A; 4ZBM A; 3WG7 C; 1JA8 A; 4C8K A; 3BPZ A; 5DQG A; 2CGO A; 4NXZ A; 2IBK A; 4I2A A; 4NLC A; 2GDS A; 1TVA A; 1SKR A; 1F0M A; 2E1F A; 1N32 B; 1JJO A; 2W8K A; 2RMK B; 4JI1 B; 2XIC A; 3OTO B; 2ZJA A; 4YHH B; 3H0M B; 2VWJ A; 4YY3 O; 1M1K W; 1LV5 A; 5FPR A; 2FMP A; 3MR3 A; 3K9S A; 1HNX O; 4AP9 A; 4M9J A; 3A0H Z; 3V6H A; 1LB2 B; 8ICL A; 2VA3 A; 3OPX A; 2EZX A; 4ECR A; 1S5J A; 4ECW A; 2KZM A; 4JI8 B; 2XO7 A; 3JAL B; 4FM1 A; 4FJC C; 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4NLZ A; 2P35 A; 2HJF C; 5DEC A; 1B06 A; 3MD0 A; 5CA1 B; 3OD4 A; 3BS5 B; 3E89 A; 3D3Q A; 1L3S A; 4NR1 A; 5B1B C; 5DB7 A; 1ZSP A; 3S3X A; 4JZ2 A; 4ZI7 A; 3D36 C; 2XY7 A; 3QUQ A; 3UPQ A; 2ZG6 A; 1TV9 A; 5LMN B; 4X1Y A; 2CE4 A; 1X9M A; 1V38 A; 1NK0 A; 5AG2 A; 1BPB A; 3UCS C; 1Q90 D; 4K4G A; 3I55 V; 5E79 U; 2AHY A; 3JAK B; 2KE7 A; 3SR6 A; 1KDH A; 2EJR A; 4Y2R A; 2G5I B; 3WK4 A; 5BMV A; 4YN4 A; 4DS4 A; 1S10 A; 4DL6 A; 2FKX A; 1L3U A; 3G6B A; 5B1A B; 2ESE A; 4WFE A; 5AKX A; 4JGS A; 5LXT B; 5J2H A; 4KLH A; 4PA9 A; 3MGI A; 3CCS V; 2AW9 A; 4F4L A; 1K8A W; 1SZH A; 1A0P A; 1XMQ B; 4CE6 A; 1Z19 A; 1U45 A; 3KCX A; 2ODM A; 3ABL B; 1Q46 A; 1ZQA A; 5DBC A; 5GTH U; 2FDR A; 4X1Y B; 2BTO A; 2P4V A; 1JAL A; 3QEA Z; 2YC0 A; 3MHS C; 5KAI Z; 3CB2 A; 4DRX B; 8ICX A; 2BOC C; 5F2V O; 1VJ5 A; 5KFH A; 1QQC A; 1JIH A; 1NVP B; 1BZK A; 1F51 A; 3OEE G; 4B3S O; 4NXN O; 1N63 A; 2WB1 C; 2A19 A; 3IC9 A; 1M56 B; 1S5L Z; 4LH7 A; 4X64 O; 5J8Y A; 2QWN B; 5KLV H; 2EIL C; 4PZN A; 3ZCC A; 3AG7 A; 4C7Y A; 4X65 B; 4UCO A; 3ETD A; 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