The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
261
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structure length |
261
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Chain Sequence |
MTHQTHAYHMVNPSPWPLTGALSALLMTSGLTMWFHFNSMTLLMIGLTTNMLTMYQWWRDVIRESTFQGHHTPAVQKGLRYGMILFIISEVLFFTGFFWAFYHSSLAPTPELGGCWPPTGIHPLNPLEVPLLNTSVLLASGVSITWAHHSLMEGDRKHMLQALFITITLGVYFTLLQASEYYEAPFTISDGVYGSTFFVATGFHGLHVIIGSTFLIVCFFRQLKFHFTSNHHFGFEAGAWYWHFVDVVWLFLYVSIYWWGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Redox-coupled crystal structural changes in bovine heart cytochrome c oxidase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE
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| total genus |
113
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| structure length |
261
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| sequence length |
261
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| chains with identical sequence |
P
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-05-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF00510 | COX3 | Cytochrome c oxidase subunit III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PA3 A; 2EIK C; 4RAI A; 3STZ C; 3OUF A; 3VOU A; 3IFX A; 2X6A A; 4JTA B; 4WFH A; 3F7V C; 4J9Z B; 4X88 A; 3ABM C; 3ZJZ A; 2QKS A; 2ITC C; 5CBF A; 2BOB C; 1M57 C; 2P7T C; 3FB6 C; 4GX2 A; 3K0G A; 5EK0 A; 2QTO A; 1ORQ C; 2ZD9 A; 2NLJ C; 1OCO C; 1V54 C; 3ABK C; 4LBE C; 3LDD A; 3TCU A; 4XDJ A; 1V55 C; 2A9H A; 4RUE A; 3E8H A; 2ITD C; 3RW0 A; 2H8P C; 2DYS C; 2IH1 C; 3OR6 C; 4H33 A; 4WFG A; 3TET A; 4R8C A; 5CBG A; 4MVU A; 1XL6 A; 2HVK C; 2DWE C; 3FB8 C; 4MS2 A; 4P9P A; 1OCR C; 3K0D A; 3STL C; 3SYC A; 4F4L A; 1JVM A; 4I9W A; 3SYO A; 4MVZ A; 2Q6A A; 2ZXW C; 4J9Y B; 3RBZ A; 3E8F A; 4JTC B; 2WLK A; 3LDC A; 4WFF A; 2BOC C; 4ZBM A; 3K08 A; 3T4D A; 1QLE C; 3LDE A; 4P30 A; 4PDV A; 3SJQ C; 5B1B C; 2WLJ A; 4QE7 A; 4OXS A; 4P9O A; 3AG1 C; 4DXW A; 3EFF K; 1R3L C; 1J95 A; 3F5W C; 1S5H C; 2IH3 C; 4MTO A; 2KB1 A; 3E86 A; 2X6C A; 3SYP A; 4GX5 A; 3FB7 C; 2DWD C; 2AHY A; 2EIM C; 2HFE C; 3SPI A; 4QNH B; 5B3S C; 3AG3 C; 1ZWI C; 1BL8 A; 2WLN A; 1OCZ C; 2ATK C; 4HZ3 A; 2JK5 C; 5B1A C; 4MVR A; 5E1A C; 3ASN C; 3OGC C; 3JYC A; 3E8B A; 3HPL C; 5EBM C; 5EBW C; 5KUM A; 4P2Z A; 3RVZ A; 3ZRS A; 3IGA C; 2DYR C; 2X6B A; 4PA9 A; 4X89 A; 4JTD B; 1K4C C; 1LNQ A; 2A79 B; 3KG2 A; 2Q69 A; 3LNM B; 3X2Q C; 3LUT B; 5BZB A; 1R3K C; 3ASO C; 4XDL A; 3UM7 A; 2WLI B; 5EC2 C; 4MVS A; 2EIN C; 4MW3 A; 3E83 A; 3ABL C; 4PA6 A; 3AG2 C; 4TWK A; 2A0L A; 2K1E A; 4QE9 A; 4RO2 A; 3RVY A; 3BEH A; 1XL4 A; 4H37 A; 4LP8 A; 4KFM A; 4PDM A; 2EIJ C; 3K04 A; 1G4Y B; 3K06 A; 3SPC A; 4LCU C; 4PA4 A; 4CBC A; 5J9P C; 4HYO A; 4GX0 A; 1P7B A; 3SPG A; 2WLM A; 3SYQ A; 2Q68 A; 2WLI A; 4G28 B; 4X8A A; 4MTG A; 3SYA A; 1KKD A; 3UKM A; 2Y69 C; 4RUF A; 2YEV A; 1R3I C; 4MTF A; 2WLL B; 3F7Y C; 3AG4 C; 3PJS K; 2HJF C; 3K03 A; 1OCC C; 2OCC C; 4WFE A; 4R50 A; 4PDR A; 4MVM A; 3OUS A; 1FFT C; 4MW8 A; 3T1C A; 2W0F C; 3R65 A; 1R3J C; 4XDK A; 5EBL C; 4UUJ C; 1K4D C; 5CBH A; 5IY5 C; 2WLL A; 4MVQ A; 4MVO A; 3SPJ A; 2HVJ C; 4BW5 A; 2R9R B; 3E89 A; 3OR7 C; 2HG5 C; 4G27 B; 4MSW C; 3GB7 C; 4R6Z A; 5EC1 C; 5KUK A; 4PDL A; 3SPH A; 4PA7 A; 2WLH A; 1M56 C; 2Q67 A; 3E8G A; 3FB5 C; 4EKW A; 3WG7 C; 3T2M A; 4GX1 A; 2AHZ A; 3T4Z A; 4R7C A; 2EIL C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I5D A; 3BA8 A; 2N05 A; 4RAI A; 3L75 H; 3KCY A; 1YJG A; 1Z23 A; 4RQF A; 4JKV A; 4J9Z B; 1NZ6 A; 4D7S A; 3BHP A; 5TIS Z; 3FOO A; 2WWW A; 2QKS A; 4GEH A; 1P84 F; 3H01 A; 4DV7 B; 5D5Q A; 4X65 B; 2NLJ C; 4YJ2 B; 1PCX A; 2QM8 A; 1T9K A; 1VOM A; 4G2K A; 1X59 A; 1Y4C A; 3FKS G; 1QVX A; 3RW0 A; 1FR0 A; 4DV0 B; 2QWN B; 1LS1 A; 2F4V B; 1QVG U; 1G8M A; 2P4K A; 1M57 B; 3K0D A; 3GAN A; 2R7S A; 4YJ2 A; 3GWK C; 3RBZ A; 1MAB G; 4FWV A; 1M9N A; 1GN6 A; 4LF4 O; 4H13 B; 2ZDI C; 2HJM A; 1GM5 A; 3KZI Z; 1W0K G; 1M5I A; 5B1B C; 2WLJ A; 5KMG B; 4QE7 A; 4Z2W A; 3RH3 A; 5KYN A; 3KMI A; 1IBM B; 3V7O A; 3ETQ A; 2JEU A; 4U5G A; 4MTO A; 4YT8 A; 4LF6 B; 1PL0 A; 4W4L A; 2BTO A; 5BQI A; 2M64 A; 2B1G A; 1H2S B; 1RKE B; 2Q5Z A; 2I8B A; 2JK5 C; 3A2F A; 2RCV A; 4UVC A; 5KMG A; 1NSG B; 4NB5 A; 1FJG B; 2ZE5 A; 1TWG A; 1YZA A; 4AIL C; 3JSL A; 3P3P A; 3J80 N; 3QW1 A; 2YID A; 1BE3 H; 3UO2 A; 2WLI B; 1BR2 A; 4JZG A; 1RKE A; 2AWY A; 3S0X A; 2Y4U A; 4O4L B; 4AE4 B; 3TUL A; 2DW4 A; 3AG2 C; 5LGT A; 1JA8 A; 2K1E A; 4UXN A; 4EB6 B; 4YL3 A; 4JI2 O; 4UCT A; 4FZ1 A; 4CSA A; 4EWC A; 2R25 A; 4CC6 A; 2JJ1 G; 3B8M A; 3CXC U; 3T6B A; 2L35 A; 5IJ0 B; 2WLI A; 4MND A; 2ZE6 A; 2NUP B; 1Z6A A; 4O4L A; 1OW7 A; 4AE4 A; 1ORS C; 4B3M O; 2LQT A; 4J41 A; 3HNI A; 4DR5 B; 4EB6 A; 1PNL A; 4PJ0 Z; 3CEX A; 3U0C A; 4X66 B; 1AVO B; 1K9M W; 4RDA A; 4CS8 C; 1O5H A; 4FFK A; 2VCB A; 1HE9 A; 1VQ8 V; 1THZ A; 1AI6 A; 5IJ0 A; 1MMA A; 1F4N A; 4MW8 A; 2NUP A; 4E17 A; 1P7G A; 1YVW A; 2H7V C; 3EQL F; 1A7V A; 2OCC B; 1PD0 A; 3W7T A; 3O39 A; 1AJN A; 1QPU A; 2ZT9 B; 2Q67 A; 3NYM A; 2KW3 C; 3JCU Z; 2WL8 A; 3CC2 V; 2VCA A; 2HFI A; 3VQY A; 4JAS A; 3Q6N A; 4WFH A; 3CB2 A; 4U5F E; 2Y0I A; 1SZI A; 3ITF A; 4DRI B; 1ZHW A; 5T3W A; 4H4K C; 1H2M A; 4Z9H A; 3CJH B; 1KMI Z; 3ZS8 C; 1LVK A; 3TCU A; 3VAY A; 3I56 V; 2N04 A; 1WAT A; 3EPV A; 3SZR A; 4EBK A; 2QTV A; 1XEQ A; 4G7H F; 1IUR A; 3HNK A; 5CBG A; 2AZ2 A; 5JCO A; 4IJJ A; 3H1J H; 2TMV P; 4P9P A; 2A0B A; 1RPO A; 3CS5 A; 1RP3 B; 1UFI A; 1IDS A; 3CJH A; 3S3W A; 4OIQ F; 3V5Z A; 4N4W A; 3N2K B; 2ZM6 O; 5FPR A; 2ADP A; 4P30 A; 2MWQ A; 3CPW U; 5L0D A; 1YA7 O; 2ADQ B; 5JP7 A; 3MFN A; 4Q7C A; 4DXW A; 2F95 B; 2WPD G; 3OTO B; 4O6M A; 1ST6 A; 2J9W A; 3E86 A; 3QO5 A; 3FB7 C; 2EIM C; 2W6J G; 3K7D A; 4X20 B; 3N2K A; 3NMK A; 1U0B B; 4HZ3 A; 2A68 F; 1HMO A; 4JI3 O; 5COG A; 4D4N A; 2UUA B; 3CAX A; 1VEW A; 1WA8 B; 1W59 A; 1NU9 C; 3E8B A; 4FPP A; 2YXY A; 5EYP B; 3ZRS A; 2R7R A; 3LAY A; 4D4X A; 5KA6 A; 3ZTZ A; 4DV2 O; 5A6B D; 1L1F A; 3QNE A; 1F1M A; 1CPQ A; 5GPG B; 1NTM H; 1SQV H; 4CIP A; 1CGN A; 4LDK A; 4DW1 A; 1N36 B; 3MYI A; 4X64 O; 4DR4 B; 5D91 A; 4AI8 A; 1L3P A; 4U5H A; 2PUS A; 4KFM A; 3GM3 A; 2HMQ A; 1T5E A; 5KA5 A; 1PPJ H; 4LCU C; 2HS5 A; 1QCE A; 4K0D A; 3WHN A; 3ASO B; 3P32 A; 1MMM A; 2J9B A; 3ZMT A; 3K9S A; 2IXN A; 4CIH A; 2WLL B; 2H7O A; 1H38 A; 2CTW A; 2XRH A; 3ZED A; 2RN9 A; 4BEM J; 1OZ0 A; 5BQG A; 3SEO A; 1GO3 F; 2OJQ A; 4N6C A; 1Q0M A; 2W0F C; 3VRC A; 5GTH Z; 1XHZ A; 3A8T A; 4QJF B; 1UPG A; 2WLL A; 2CW0 F; 3D8C A; 5L3V A; 1DOW A; 3O10 A; 1UG7 A; 4PA3 A; 1YAR O; 1D1C A; 3IQT A; 1ORJ A; 3OUF A; 1YF2 A; 3PHF 2; 2ZIM A; 2MHR A; 3S27 A; 1AEP A; 4W8P A; 1HR0 B; 3B40 A; 5DQZ A; 3E22 B; 2OIG A; 1RFY A; 1LE2 A; 2IXO A; 3K59 A; 5L3F A; 2FML A; 1Y76 B; 3FD9 A; 2YZS A; 5KHI A; 1Z2G A; 3ZHT A; 2H94 A; 3FX7 A; 4R8C A; 2R7X A; 2MK3 A; 5A6K A; 2IU0 A; 3ZBH A; 1SF9 A; 3E22 A; 5KYU B; 2R7V A; 1Y76 A; 3SDL A; 4WFF A; 2RSE B; 2ODM A; 3NMJ A; 3N27 A; 3NYL A; 2AGA A; 3DTU B; 4FLX A; 4NKG B; 3THO A; 2HUJ A; 1RMV A; 2ZDI A; 3SJQ C; 4O4I B; 3JD2 A; 4OXS A; 1GN4 A; 1LI7 A; 5KYU A; 1WJZ A; 3EG9 B; 1E1R G; 3F46 A; 1NQT A; 2OJE D; 3M4B A; 1AJP A; 2HFE C; 3VQX A; 2BTQ B; 5B3S C; 1TWC A; 3JRM O; 3CSX A; 3K5N A; 4JRZ A; 3NG1 A; 3CCV V; 1QLE B; 1JJO A; 2QKA A; 3DGE A; 1NLX A; 3JYC A; 1WN0 A; 4O4I A; 2Q73 A; 2HKV A; 3L1M A; 3CX5 F; 1OJH A; 4JAU A; 3W7S A; 3EG9 A; 4BR6 A; 2ETS A; 3W8H A; 3TQO A; 2Q00 A; 1H9T A; 1X4T A; 2BTQ A; 4UV8 A; 4GYC B; 3MX3 A; 3NRH A; 2ZCE A; 3ZIA G; 1DGS A; 2IJH A; 4QDL A; 4GYT A; 1VQL V; 2J8W A; 3SGI A; 2YXL A; 4DV4 O; 4HEA J; 4I44 A; 4KC9 A; 1NS1 A; 1T6I A; 4N23 A; 2A6H F; 3C62 A; 4PDM A; 5LP6 C; 5A69 A; 1BDJ B; 1NH2 D; 1S7Z A; 3SYQ A; 4JI6 O; 1K04 A; 4K7B A; 5C93 A; 2C2A A; 4G78 A; 3ZMZ A; 1TGO A; 4W8K A; 1Q90 D; 3ABL B; 4U3J B; 1I94 B; 4TOI A; 4NXN O; 2DQ3 A; 1OCC C; 3CRR A; 1SF8 A; 1M90 W; 1JCH A; 4YY3 O; 2YLD A; 1AP6 A; 4BJT A; 3G50 A; 4JYC A; 2FB5 A; 2YUA A; 4BIZ A; 2B0J A; 3R65 A; 2QM4 A; 4XDK A; 4NCQ A; 1B6Q A; 2WA4 A; 2ICW G; 3JCZ A; 3CQZ A; 5EIB D; 4U3J A; 2Q4F A; 3JCU Q; 3OR7 C; 4TV9 B; 4TUY B; 4FLV A; 2CNW D; 2LK4 A; 4JEB A; 3C8Z A; 2V4D A; 4FM2 A; 4CS4 A; 3AGT A; 2EIL C; 4DV1 B; 2B9Z A; 3CME V; 2CUG A; 5L3E A; 5IDJ A; 1OHH G; 1FFX B; 2QNL A; 3AOU A; 1AJQ A; 4TV9 A; 4TUY A; 4O7G A; 3RYL A; 5L0G A; 1WTY A; 3RYH B; 4QPJ A; 1RM1 C; 1YA9 A; 3OGI B; 1OCO C; 2OEX A; 4D7T A; 3K1I A; 3B2E E; 3ABK C; 1PL4 A; 4LF5 O; 4DW0 A; 1FFT B; 2YL1 A; 4H33 A; 3TET A; 2O9X A; 3BAA A; 1KU2 A; 1FFX A; 2KC3 A; 3ABM B; 2DI3 A; 3DE8 A; 3ECS A; 5JLI A; 4I5S A; 3FAP B; 1D5N A; 1HP8 A; 3W7U A; 1BMF G; 1QNM A; 3U3F A; 4XEF A; 3APQ A; 2R7U A; 1N1C A; 1OKK D; 3ZMV A; 1FD9 A; 3FFQ A; 5BUO A; 3M99 B; 1Q82 W; 1AB3 A; 1PM9 A; 2VQF B; 4DR3 O; 1QLN A; 3KH2 A; 3SYP A; 1F51 A; 4J11 A; 1SKV A; 4I1M A; 2D5R B; 1GM7 A; 2YIB A; 5L3C A; 1SQF A; 3EHB B; 1S05 A; 1XNQ O; 2UXD B; 4P9T A; 4ULW A; 3JD1 A; 5EBW C; 3EH1 A; 4OIP F; 4JZ2 A; 4IIJ B; 3X2Q C; 2M4E A; 3WFV A; 3FAV B; 1TR2 A; 5LMN B; 2BL2 A; 1OCZ B; 5LMU B; 5B1A B; 4OIO F; 1N4C A; 1SC5 B; 3MDS A; 1CXZ B; 3RVY A; 3BEH A; 1NVP B; 4DR6 O; 1XMO B; 3QTC A; 5LBQ A; 1D2D A; 2XHB A; 1K73 W; 2OIE A; 4IIJ A; 1U89 A; 2E87 A; 2XLE A; 2ZKO A; 1APC A; 3FAV A; 2OWO A; 3CXH F; 2UXB O; 5A2Q N; 4NXM B; 3GWL A; 3UT5 B; 4YL1 A; 1S5L Z; 2EIN B; 1YSC A; 3U11 A; 3M15 A; 3V5X A; 2VWJ A; 3K1H A; 5L3G A; 4R50 A; 3DM5 A; 2EIJ B; 1KUQ A; 4OIR F; 1I5N A; 1NBM G; 1B68 A; 2G3V A; 1B06 A; 2PX0 A; 1GKF A; 4OX9 O; 3C3T A; 1FXK C; 3UT5 A; 2XM4 A; 2EZP A; 3EVK A; 4JW1 A; 2HVJ C; 3ZCC A; 1OW6 A; 1AR5 A; 2R9R B; 3NDB B; 3T1Y O; 3TK1 A; 1CPR A; 2WLH A; 1J5E B; 2HP8 A; 3HNL A; 3UR3 C; 4JC7 A; 4K0K O; 1MMN A; 3JYH A; 2EJ7 A; 4UV9 A; 5H2F Z; 4GKJ B; 1LIH A; 2M7W A; 2VQE O; 4XQ1 A; 2CTR A; 4JI8 O; 1NFO A; 1IZ3 A; 1QU7 A; 2D2C B; 3R2P A; 2BSK B; 4C7U A; 2KJG A; 4KHP B; 4ZIB A; 4JF3 A; 4U5D E; 3WG7 B; 3NYJ A; 1KYO F; 1HW7 A; 2A9H A; 2DYS C; 2QY9 A; 4CH6 A; 3ICX A; 2UXC O; 2P06 A; 3CZ6 A; 1HNX O; 3TK0 A; 2JD3 A; 3UGO A; 3SJC C; 2BSK A; 4LFB O; 4LFC O; 2LP7 A; 1GAX A; 4PI0 A; 2EPN A; 1KD1 W; 4GKK O; 4JTC B; 1FFH A; 2PY5 A; 4CBE A; 2XND G; 1HNZ O; 3OD4 A; 1NTZ H; 3K08 A; 4B3T O; 1W2B U; 4C3D A; 1KB9 F; 4RD9 A; 2YLG A; 3SJA C; 3AG1 C; 1XMQ O; 2Q0A A; 1L0L H; 1VMG A; 4JI3 B; 3HKB B; 4GX5 A; 4FLW A; 2XLD A; 3DAG A; 1PD3 A; 1A32 A; 2D3O W; 2EPK X; 4LF8 O; 4O2B B; 1LM3 B; 2DGJ A; 4K8Z A; 4DV2 B; 1L8D A; 2EJR A; 2YS8 A; 1US6 A; 3ZQV A; 2Z5U A; 1AIL A; 2ASR A; 2A06 H; 4DBR A; 2MW2 B; 4BAY A; 4G0H A; 3J06 A; 3HKB A; 3KL4 A; 4HFK B; 3TD7 A; 1Q86 W; 1SMY F; 1WN7 A; 4F6R B; 2XL6 A; 4YHH B; 2P61 A; 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