The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
219
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structure length |
219
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Chain Sequence |
MYLRITNIVESSFFTKFIIYLIVLNGITMGLETSKTFMQSFGVYTTLFNQIVITIFTIEIILRIYVHRISFFKDPWSLFDFFVVAISLVPTSSGFEILRVLRVLRLFRLVTAVPQMRKIVSALISVIPGMLSVIALMTLFFYIFAIMATQLFGERFPEWFGTLGESFYTLFQVMTLESWSMGIVRPLMEVYPYAWVFFIPFIFVVTFVMINLVVAIIVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a voltage-gated sodium channel in two potentially inactivated states.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Arcobacter butzleri
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| molecule keywords |
Ion transport protein
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| total genus |
53
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| structure length |
219
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| sequence length |
219
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00520 | Ion_trans | Ion transport protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Voltage-gated potassium channels. Chain C |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2A0L A; 3ABK C; 4X8A A; 3VOU A; 2JK5 C; 1ZWI C; 2KYH A; 4MVU A; 3K06 A; 3SPI A; 3T4Z A; 4HYO A; 4MS2 A; 1R3I C; 5E1A C; 4R6Z A; 2WLI B; 2Q68 A; 4RAI A; 2IH1 C; 4H37 A; 4MW3 A; 1ORS C; 2HVK C; 3ZJZ A; 3LDD A; 2X6B A; 4LP8 A; 3KG2 A; 4I9W A; 4R50 A; 3OUS A; 4KFM A; 2DWE C; 1OCO C; 2AHZ A; 4MVR A; 3UKM A; 1OCR C; 2WLL A; 2WLI A; 3K0G A; 3F7Y C; 2ZXW C; 4GX1 A; 2Y69 C; 2ZD9 A; 4MVM A; 3GB7 C; 4WFF A; 3SPH A; 3UM7 A; 3EFF K; 4HZ3 A; 3RVY A; 5B3S C; 3TET A; 4OXS A; 4QE7 A; 4WFE A; 3SYP A; 4LBE C; 1M57 C; 3ABL C; 1R3K C; 4P30 A; 4P2Z A; 5CBF A; 2BOC C; 2EIN C; 1OCC C; 3SPG A; 4PA6 A; 4G27 B; 4MVO A; 2KB1 A; 4PDR A; 3SYO A; 1S5H C; 3ASO C; 2EIJ C; 3ZRS A; 4H33 A; 1JVM A; 3OR6 C; 4GX2 A; 2X6A A; 2Q6A A; 3OGC C; 3K04 A; 3K03 A; 3OUF A; 2HG5 C; 5BZB A; 4QE9 A; 4PA3 A; 3AG1 C; 2EIL C; 4LCU C; 3T4D A; 2QTO A; 3BEH A; 2WLM A; 3E86 A; 3LUT B; 4DXW A; 3AG3 C; 4G28 B; 4MVZ A; 4MTG A; 3E8G A; 3ABM C; 4XDL A; 1K4C C; 3ASN C; 3SYQ A; 3STL C; 1QLE C; 1V54 C; 2EIM C; 1P7B A; 4TWK A; 1KKD A; 1V55 C; 3PJS K; 4RO2 A; 4WFG A; 3SJQ C; 2DWD C; 4JTD B; 4MTF A; 4PA7 A; 4MVS A; 3E8F A; 1ORQ C; 3FB6 C; 3LDC A; 2OCC C; 3F7V C; 4GX5 A; 3FB8 C; 5CBH A; 4MSW C; 4RUF A; 5CBG A; 4CBC A; 4F4L A; 3SYA A; 2P7T C; 5J9P C; 2A9H A; 2QKS A; 2H8P C; 1J95 A; 2K1E A; 3SPC A; 2BOB C; 3F5W C; 5EK0 A; 2DYR C; 1LNQ A; 4MW8 A; 4WFH A; 2WLH A; 3E8H A; 2A79 B; 2YEV A; 2AHY A; 4XDJ A; 1OCZ C; 4P9P A; 3RVZ A; 3SYC A; 3T2M A; 1G4Y B; 3WG7 C; 4ZBM A; 3LNM B; 4J9Y B; 2HFE C; 3E89 A; 3FB5 C; 4PDV A; 5B1B C; 4JTC B; 4EKW A; 4RUE A; 3E8B A; 4UUJ C; 4BW5 A; 4QNH B; 4PA4 A; 1XL6 A; 2ITD C; 3K08 A; 2HJF C; 3R65 A; 5B1A C; 3FB7 C; 3HPL C; 4X88 A; 1XL4 A; 3T1C A; 4MTO A; 3SPJ A; 2Q69 A; 4R8C A; 2WLL B; 4PDL A; 4JTA B; 3AG2 C; 2NLJ C; 4XDK A; 4PA9 A; 2ITC C; 1K4D C; 5EBW C; 3X2Q C; 3AG4 C; 4X89 A; 3E83 A; 5EBL C; 4R7C A; 1BL8 A; 2W0F C; 4GX0 A; 2Q67 A; 2DYS C; 2WLJ A; 4MVQ A; 3TCU A; 2ATK C; 2WLN A; 3K0D A; 4P9O A; 3IFX A; 5KUM A; 3OR7 C; 3IGA C; 3STZ C; 2IH3 C; 4PDM A; 3RBZ A; 2X6C A; 5EC2 C; 1R3L C; 2EIK C; 2R9R B; 3JYC A; 5KUK A; 2WLK A; 1R3J C; 1M56 C; 3LDE A; 5EC1 C; 4J9Z B; 5EBM C; 5IY5 C; 3RW0 A; 2HVJ C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ABL B; 2BTQ A; 5KHI A; 3SZR A; 2LFR A; 4KUM A; 3VBB A; 3G80 A; 2Q68 A; 1N36 B; 4H37 A; 3L72 H; 5LP6 A; 2VQE O; 5JP7 A; 5LMU O; 1US6 A; 3LDD A; 3C62 A; 2F66 C; 1M1K W; 2P90 A; 2Y0I A; 4KHP B; 5L3F A; 2H7B A; 3LNN A; 1FXK A; 1M4U A; 2Y69 C; 4AL0 A; 3RVY A; 3HB3 B; 4FLZ A; 4LF9 O; 1R3K C; 2XSE A; 4U5H A; 2Q7G A; 2BOC C; 2NSG A; 4PA6 A; 4DR6 B; 5KX5 B; 3NG1 A; 4IIJ B; 2QUP A; 5IYZ B; 4UCS A; 3ZIA G; 3JAS B; 1XMQ O; 1HR0 O; 3DM9 B; 1FPO A; 4FZ1 A; 3G67 A; 5JH7 A; 1P7B A; 2DN9 A; 1V54 B; 3PJS K; 1V55 B; 3NYJ A; 1XI1 A; 1WA8 B; 1DOV A; 1ORQ C; 5B1A B; 3QO5 A; 3ETE A; 5KLV H; 1F7Y A; 3B4S A; 1UFI A; 5JJE B; 2Y4U A; 3N24 A; 2BSK B; 4PJN A; 4CJO A; 5IE9 A; 2K1E A; 2GSM B; 3H1K H; 2BOB C; 3F5W C; 4BR6 A; 3R7C A; 1E86 A; 1L0L H; 1BR4 A; 1K05 A; 4NTX A; 1WB7 A; 2CUG A; 4ZBM A; 1NU7 D; 2VCA A; 2LFF A; 2FYU H; 2XHB A; 3T6G B; 1MMN A; 3FAP B; 4F6R B; 3KYJ A; 4JI5 B; 1WPX A; 5KYY A; 2YIB A; 4PA4 A; 1BR1 A; 3J7A U; 1HWY A; 3L75 H; 1C03 A; 4JEB A; 4O4J A; 1WAT A; 5ITZ B; 4DJ9 A; 2WVN A; 3X2Q C; 4XEF A; 1LUV A; 3VQV A; 3SXZ A; 3OW2 U; 2HEP A; 1ZVZ A; 2LQG A; 3UNG C; 2DYS C; 1GN2 A; 2EJR A; 4X62 B; 3R2P A; 2BTQ B; 1IVS A; 3SXM A; 2X6C A; 2LIG A; 1RSO B; 4DV3 B; 1KU2 A; 2ZXW B; 3CSK A; 3TQO A; 2ADP A; 1A41 A; 3K5M A; 2XAQ A; 1VQ7 V; 3ZG1 A; 2YIC A; 4RQE A; 2EPK X; 3VOU A; 3C63 A; 4OIR F; 3P32 A; 3ETD A; 2W0X A; 2P6V A; 4JV5 O; 1GM5 A; 4C3B A; 5DS4 A; 1FXK B; 4FLW A; 1RJ9 A; 2IH1 C; 3S28 A; 3JCU Z; 1KP2 A; 1G4U S; 1KQS U; 4P6I C; 2QWP B; 2DWE C; 4B7K A; 2QWN B; 1YZB A; 2J0X A; 5BR8 B; 2HSB A; 2CTR A; 3TET A; 1B3Q A; 3RQF A; 5A6J A; 2NR5 A; 1GAX A; 2YEV B; 2L9J A; 3M99 B; 3SP1 A; 2Q00 A; 1O3U A; 2XAH A; 1OW6 A; 3UR3 C; 4OX9 O; 1NU1 H; 2LFS A; 4JUR I; 4GQH A; 4LFB B; 4JKV A; 3QVZ A; 3BRC A; 3OUF A; 3C7J A; 4QE9 A; 3ZED A; 2CCY A; 2QM7 A; 2J7P D; 2XLV A; 2QSA A; 1A32 A; 3AG1 B; 3CRR A; 4JZG A; 4LFA O; 2QE7 G; 5COF A; 4DRI B; 2F4V B; 2HFI A; 3CP1 A; 2YL1 A; 1K34 A; 1MQV A; 1TUB A; 1H9G A; 2HKV A; 3LS0 A; 1GMG A; 2E74 B; 5J2U A; 5IYD O; 3AGU A; 1G5Z A; 3MHS C; 3ETG A; 4ZI7 A; 3KKB A; 1QVG U; 1IUR A; 2UUH A; 2P7T C; 2UXN A; 4OIQ F; 1TWA A; 2H7O A; 5IT9 N; 2GV9 A; 3SPC A; 4K1O A; 2DYR C; 4X64 B; 4WFH A; 4U3J B; 1KC8 W; 4P9P A; 1HY5 A; 2RDC A; 3NYM A; 3JAW A; 4FAP B; 4NTA A; 1NVP D; 4O4J B; 1L8D A; 2HFE C; 3FB5 C; 2EPL X; 4ZLD A; 2X51 A; 4BW5 A; 3QO7 A; 3SYN A; 2EBO A; 4KNW A; 4Q7C A; 2JD3 A; 3A11 A; 4AIL C; 4QDL A; 1QQ3 A; 4HE8 D; 4DO2 A; 1YTF B; 1O87 A; 3KCY A; 4X89 A; 5EBL C; 1Q81 W; 3AG4 B; 1VQK V; 3EHN A; 5KA5 A; 4LF8 O; 1VF6 C; 3DSQ A; 4GKK O; 4BIZ A; 1EFR G; 4CS8 C; 1D5N A; 3BCC H; 5KUK A; 2G38 A; 3O6X A; 3W8I A; 2TMV P; 2B0H A; 5L3D A; 1S3J A; 1YSC A; 4U5B E; 4XPX A; 4YJ3 A; 3TJT A; 4PJJ A; 1F51 A; 4Q4Z F; 1QVX A; 2E3C A; 1ZWI C; 3B8N A; 4UVC A; 1RM1 C; 3MHH C; 1MMD A; 5L0G A; 1K97 A; 3F47 A; 2Q9L A; 1GGQ A; 1ZHZ A; 1H2G A; 3T4R A; 5AG2 A; 4KI2 A; 4I9W A; 2WA4 A; 1YA7 O; 4B08 A; 3PCV A; 1XZQ A; 1ENV A; 3RT3 C; 4DV5 B; 1NBM G; 1K5S A; 3EZH A; 4AK9 A; 2BL2 A; 4JI0 B; 2Q9C A; 3AGT A; 3A0B Z; 4AL1 A; 4YT5 A; 1VQN V; 4P2Z A; 3CB2 A; 3WHN A; 3SPG A; 5EIB C; 4IJJ A; 1HE9 A; 3JZ0 A; 1YF2 A; 3U0C A; 2ZCE A; 5LHG A; 2PF4 E; 2QWR B; 1BDJ B; 2FL4 A; 2IXP A; 3LSS A; 1T6U A; 1Q82 W; 3HKB A; 1TUB B; 4NTW A; 4DR5 B; 2WZG A; 3IJ4 A; 1LS4 A; 2D4U A; 4ULV A; 3PDM P; 3B09 A; 2OTJ V; 5HFL A; 4ZI7 B; 1WPB A; 3M79 A; 4XLN F; 3ABM B; 1N34 B; 4WCE V; 4O2B A; 1GKF A; 2EIM B; 5KHH A; 3RYL A; 3KPH A; 4G7O F; 1OW7 A; 1X59 A; 2JEU A; 4BIO A; 4OPA A; 3FB6 C; 3B71 A; 4CS4 A; 3GOD A; 3ZMZ A; 3CJH A; 4X1Y A; 1XBL A; 3JAW B; 3OMI B; 1T01 A; 2OIG A; 1KYO F; 3L8J A; 3SJC C; 2A9H A; 2CNW D; 2H8P C; 3TOL A; 3MLG A; 4N23 A; 1AJP A; 3RYI B; 3I55 V; 1AJQ A; 1KNY A; 2C03 A; 3OEO A; 1M2V A; 5BY1 A; 3B0U X; 4CC5 A; 2YI9 A; 4TUY B; 1CXZ B; 3A2F A; 5C93 A; 5IY5 B; 2UXB B; 4FLX A; 3ABU A; 1J8M F; 4O4H A; 3HNI A; 4AQY O; 4CX9 A; 3OMN B; 3CCS V; 4JPR A; 3SPJ A; 3DI5 A; 4HAM A; 1XOU A; 4OGQ B; 1ZSP A; 3TK0 A; 3W7T A; 2E87 A; 3EGD A; 4GX0 A; 1MND A; 4DBR A; 4YJ3 B; 2WLN A; 2EPO A; 2LW1 A; 1JPX A; 1Z5W A; 2R7O A; 1PV0 A; 3H65 A; 4UV9 A; 4NB5 A; 4GEH A; 2RJZ A; 5JJJ B; 1JX9 A; 3K3W A; 1E79 G; 2Q73 A; 2EZO A; 1WJZ A; 2WLK A; 1I08 A; 2IU0 A; 4YJ2 A; 2Q5Z A; 3ZWI A; 1SA0 A; 4UCR A; 5FPR A; 1YZA A; 4H54 A; 1E1R G; 2LQT A; 2QA4 V; 4JI6 O; 1EI7 A; 1NFN A; 3JYH A; 1ROP A; 4LF7 B; 4UV8 A; 2PYJ A; 2NN4 A; 1U89 A; 1TA8 A; 4JYC A; 4HYO A; 2Y3G A; 2CGO A; 5E1A C; 5B1N A; 2QM4 A; 2E5L B; 1R73 A; 3ZC4 A; 4BJ6 A; 3T1H B; 4J7J A; 3AQC A; 2ZNI A; 3ZMV A; 2AWC A; 4NCQ A; 3S3X A; 4TQF A; 4AHC A; 1UG7 A; 1CPY A; 1WTY A; 3LNR A; 1THZ A; 4CS2 A; 2PTM A; 4WFF A; 3F7Y C; 1HW1 A; 1DTO A; 3AJM A; 5CIV A; 2JIZ G; 1WAZ A; 3CC7 V; 4LH6 A; 1AB3 A; 5GON B; 1AVM A; 4YHH B; 1OCC C; 2Z3Y A; 2OWO A; 4FLT A; 2FB5 A; 1D1B A; 5D5P A; 4H33 A; 4O2B B; 2Q6A A; 2HHH B; 2DOS A; 3K04 A; 1R6T A; 4JI2 B; 2R25 A; 2LD6 A; 4LCU C; 2WA3 A; 5EHH A; 5F5F A; 5KMG B; 4LF4 B; 3LUT B; 5DS6 A; 3BPZ A; 4X1Y B; 2LSE A; 4UCV A; 2W6I G; 2ZNJ A; 2R03 A; 5L3Q A; 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