The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
415
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structure length |
407
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Chain Sequence |
YLSIAFPENTKLDWKPVTKNTRYCPPGLQEESFLSSTPIGATPSKSDGFLCHAAKWVTTCDFRWYGPKYITHSIHNIKPTRSDCDTALASYKSGTLVSLGFPPESCGYASVTDSEFLVIMITPHHVGVDDYRGHWVDPLFVGGECDQSYCDTIHNSSVWIPADQTKKNICGQSFTPLTVTVAYDKTKEIAAGGIVFKSKYHSHMEGARTCRLSYCGRNGIKFPNGEWVSLDVKTRIQEKHLLPLFKECPAGTEVRSTLQSDGAQVLTSEIQRILDYSLCQNTWDKVERKEPLSPLDLSYLASKSPGKGLAYTVINGTLSFAHTRYVRMWIDGPVLKEPKGKRESPSGISSDIWTQWFKYGDMEIGPNGLLKTAGGYKFPWHLIGMGIVDNELHELSEANPLDHPQLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Chandipura virus
|
| publication title |
Structure of the Low Ph Conformation of Chandipura Virus G Reveals Important Features in the Evolution of the Vesiculovirus Glycoprotein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GLYCOPROTEIN G
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| total genus |
85
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| structure length |
407
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| sequence length |
415
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | PH-domain like | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5I2S A; 5I2M A; 4D6W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KRT A; 3OW2 A; 4F7U G; 1ABO A; 1UFF A; 3G6E T; 2EIF A; 1X69 A; 4WVF B; 3I56 T; 4OGC A; 3QIJ A; 3G9W A; 5LJ3 f; 1WQW A; 2NUP B; 4XTW A; 3BIN A; 1D1A A; 4C92 E; 3PEG A; 3PTA A; 1M27 C; 4J9C A; 2A28 A; 5CR2 A; 2Z0Q A; 4II1 A; 3QHS A; 4Z8A A; 2R58 A; 1XOD A; 3NTH A; 4M77 A; 2KEA A; 3ULB A; 5GAM j; 1UEB A; 4EKU A; 2XHC A; 3V8K A; 1TXQ A; 5A0D A; 5D7U A; 1PHT A; 1Q81 C; 1ZYI A; 5JP4 A; 1RAD B; 3CCM A; 1V1C A; 1M1G A; 1OEB A; 4PNK A; 4LN2 A; 4C92 B; 1NBE B; 2E64 A; 4QJ4 B; 4WF2 A; 2ZGW A; 4A63 B; 1D3B A; 2KRM A; 2OI3 A; 2W0Z A; 2DLW A; 1DJ7 B; 2KCJ A; 2LDM A; 2LRQ A; 4LD9 K; 1MIZ B; 1V88 A; 3N5B B; 3G6E A; 1VA7 A; 2QQB A; 1KJW A; 2J06 A; 4BI3 A; 4XQ3 A; 3KUF A; 5GAO r; 1RI9 A; 3E2U A; 2O88 A; 2HEQ A; 1JQQ A; 2RLO A; 1IHW A; 1KC8 C; 4M75 D; 3OS5 A; 3I9Q A; 1MGQ A; 2RQT A; 2EQK A; 3M1I B; 2R5A A; 1NLO C; 2DVJ A; 2Y8G A; 1U3O A; 4A6F A; 2DER A; 3OBW A; 4LUE A; 3ULC A; 4KHA A; 2JTF A; 2DFU A; 2M14 A; 2M02 A; 2EMT A; 1C6V X; 4QT7 A; 3QWM A; 1LVK A; 2EKO A; 2O4X A; 3L2Z A; 2RK1 A; 1UPR A; 1VQL Q; 2XID A; 3SWN B; 1UHF A; 4BY6 C; 2VSZ A; 3MKD A; 4PL6 A; 5D6X A; 3VS0 A; 1RAI B; 2KQW A; 4D8D A; 3SEM A; 2LX7 A; 2DRM A; 2EQI A; 1D0Y A; 1KIK A; 2EYY A; 3OS0 A; 1OI1 A; 2IVW A; 2YRV A; 2J0K A; 1RAA B; 1NPR A; 1FWZ A; 3LW5 E; 1E6G A; 3G4S A; 3QG1 A; 4GN1 A; 5DHA B; 3KFV A; 2ROL A; 4C0D B; 5HE1 A; 2CH4 A; 5KCV A; 2JM9 A; 4EDU A; 2YUN A; 5GAN h; 4M75 F; 3M0Q A; 2RA2 A; 4ZN3 A; 3BE3 A; 4DBB A; 4FYX B; 3JCM Q; 2DX1 A; 1YJW A; 4PJJ A; 1U5G A; 3MEV A; 1Q82 U; 1FAO A; 1H4R A; 1PLS A; 1Y7X A; 3RKX A; 1Q95 G; 3NTK A; 5KYU A; 4Z89 A; 1X75 C; 5DI9 B; 1WPY A; 2MMP A; 3MP1 A; 5GAN 7; 2UZS A; 1QWF A; 1VQK Q; 1VQ6 Q; 2I5F A; 1QW1 A; 2K2J A; 4RTW A; 1OMW A; 1G3S A; 2DL8 A; 2EYW A; 1MPH A; 2LCL A; 4OF1 A; 4HHV A; 4C5H A; 2DD5 A; 4GXB A; 3I5S A; 2OTL A; 5GAO n; 4DA4 A; 2QGF B; 2K5F A; 2CSI A; 5CKE A; 2GQV A; 4L6V 5; 3EG9 A; 2DHJ A; 4M7A F; 2RNA A; 1KD1 R; 4EMO A; 3UPU A; 2A08 A; 3CCJ T; 1M7E A; 1VIE A; 5J3Q A; 2QQS A; 2MCN A; 2RJE A; 5GMK i; 3I55 T; 4OMQ A; 2KY9 A; 2AZS A; 4KH1 B; 4JJC A; 3MPX A; 4HB2 B; 4HAW B; 1U2B A; 2NWM A; 4LDW A; 3TU4 K; 2JMA A; 4HSI A; 2N0Y A; 2XMF A; 3CIK A; 1KC8 U; 1MV0 B; 1X6G A; 3CCV A; 1YJN A; 4IFS A; 1G3W A; 3M59 A; 3CCU T; 1H10 A; 1JJ2 P; 1UUE A; 5KYW B; 3M0R A; 1W4S A; 2LZ6 B; 3UDC A; 2COA A; 2OTJ T; 3VS3 A; 4LNP A; 1C0M A; 1PNJ A; 4BY6 B; 4PJO C; 2D0Q B; 2QTX A; 4FW2 A; 2KMT A; 3I56 Q; 3RER A; 4J9H A; 3CEY A; 2LT4 A; 1NM7 A; 2Q13 A; 5I22 A; 1MK7 B; 3LX7 A; 2CY5 A; 3DLL A; 5CK9 A; 4C8Q C; 1VQ9 A; 2DNU A; 2G6F X; 4ZGD B; 1K9M C; 3VRZ A; 2COD A; 2HQX A; 4A54 A; 4E7K A; 3NGP A; 3T06 A; 3OYB A; 2Z0O A; 3ML4 A; 1Y71 A; 2LQN A; 1N27 A; 3UZT A; 2CZ1 B; 4Z02 A; 3M5A A; 1GBQ A; 2K2M A; 1RRP B; 2PNI A; 3PVU A; 2RQV A; 3NPF A; 4F04 B; 1F1B B; 5C0M A; 4F14 A; 4BE0 A; 3M55 A; 1SG5 A; 4AT1 B; 1M30 A; 1QP3 A; 2X4Y A; 2DA0 A; 1M1F A; 3VU3 C; 4K2O A; 2KAF A; 2EYZ A; 2L1C A; 2J0J A; 2D4Q A; 3EG1 A; 1OQK A; 4M75 E; 4M7D F; 2MIO A; 4IUQ A; 1LPL A; 2M9U A; 1MNE A; 2DXC A; 2YUO A; 3PNW C; 3THK A; 2KNB B; 2A7Y A; 1M90 R; 2RD1 A; 2CDT A; 1XKE A; 3KRX A; 3V5W A; 3MPU B; 2FHD A; 4M78 D; 3BJI A; 5DIF B; 1PKT A; 1V29 B; 3NMZ C; 2KRS A; 4Y91 A; 2EJG A; 2X9H A; 2F2W A; 4XAX B; 4KVG B; 3TEE A; 4E47 A; 1U5E A; 1M1K U; 3OA6 A; 2D9Y A; 2O2O A; 2DTI A; 2QQR A; 4GLM A; 2M0Y A; 4KH0 B; 1J0W A; 3MDB C; 3D8F A; 2GF7 A; 3DB3 A; 3GNG A; 1VQ5 T; 2COZ A; 4C8Q E; 5LJ3 h; 4M7A E; 1M2V A; 4J8O A; 1B34 B; 4KHB A; 3CCQ T; 2AL6 A; 4PJO B; 1AEY A; 1Y0M A; 3ZFJ A; 1W1G A; 3M54 A; 4B9X A; 1FYN A; 1WX6 A; 3GBQ A; 4EMK C; 2RB6 A; 4C8Q B; 2K79 A; 5L81 A; 1AQC A; 3TFM A; 2XU8 A; 2P0D A; 1IB8 A; 3GYO A; 1JU5 C; 3HKS A; 4M77 G; 2I0N A; 1YFN A; 1XD4 A; 1ISN A; 1VUB A; 5LG4 B; 3H0H A; 2Z59 A; 4LE9 A; 5CKD A; 4M78 F; 1I07 A; 1I8F A; 1MHN A; 1Z9Z A; 2FL7 A; 2KUQ A; 4IUP A; 4NL2 A; 4RG8 A; 3RKY A; 1WLP B; 3WXM B; 3MEU A; 3OYY A; 4DEX A; 2DAQ A; 1BI3 A; 4FCY A; 2A36 A; 2RI2 A; 3QWY A; 3L2Q A; 4L6E A; 1K9M U; 5DLQ E; 1QKX A; 1VQ5 A; 4XWX A; 4M78 A; 2YDL A; 1NPP A; 4JPB W; 2OTX A; 2FG0 A; 1V76 A; 3OY9 A; 1M1K R; 3FDR A; 1M8V A; 2KBT A; 1YWO A; 4AFQ C; 1TWB A; 2X51 A; 2HKQ B; 5GAO m; 2RSG A; 3REA B; 2LCS A; 3FEO A; 3CCJ Q; 5LJ3 j; 1K76 A; 2V8J A; 2RI3 A; 4C92 D; 2RJD A; 4RTV A; 3I55 Q; 2NZ8 B; 4ESR A; 3JCM P; 4JJB A; 2DIQ A; 2ZAE A; 5J3Y A; 2YT1 A; 1OPL A; 1DBH A; 5CKH A; 2LT1 A; 1PM3 A; 1Y5O A; 2E1H A; 1AWJ A; 4C0G A; 4AG2 C; 4RTZ A; 2MYS A; 3C94 A; 2D9V A; 4EPC A; 2HQH A; 1I2H A; 1U1S A; 1X1F A; 3CCU Q; 2ROV A; 2P4R A; 4V2S A; 1KFZ A; 4HT8 A; 2W2X C; 2OTJ Q; 2GNC A; 4JS5 A; 1W2B P; 5J3T A; 4A6K A; 3U7D A; 1YIJ T; 1RAC B; 5I21 A; 5FRO A; 2CP2 A; 3A8M B; 4J6X A; 2OX7 A; 1JBM A; 1OV3 A; 2HSE B; 3HL8 A; 4X9C A; 5GAO q; 4M7D E; 3QJY A; 1MI1 A; 2K8E A; 3UA6 A; 1K8A R; 3HIE A; 1T77 A; 2EJ8 A; 3P7Z A; 4OMN A; 1T3L A; 1YCS B; 2CP3 A; 3OW2 P; 1BTK A; 4OMF B; 4HT9 A; 3PIO A; 1TS9 A; 4WSF A; 5LL6 S; 4DOW A; 2VKI A; 1GCQ A; 4FSX A; 1HJD A; 1DDW A; 4OB2 B; 3M0T A; 2X4W A; 3EAE A; 4F7U B; 2E65 A; 1WJR A; 2YRY A; 1CKB A; 3OS2 A; 1ZC3 B; 4C92 F; 1PRL C; 1VYU A; 1VQP T; 1YJ9 T; 3HK0 A; 2D8H A; 4PKC C; 3EFS A; 3GOX A; 3A98 B; 2EGA A; 1WI7 A; 4CC2 A; 3L1A A; 4HKE A; 1Q7Y R; 9ATC B; 2QAS A; 1YI2 T; 1IGQ A; 1U1T A; 1E5W A; 2J6K A; 4EMK B; 4C92 A; 4YON A; 3CCR Q; 1BBZ A; 1IO6 A; 1YIJ A; 1TH7 A; 1LOJ A; 3OYI A; 3CD6 T; 2WSC E; 3ER0 A; 4J6Y A; 1QP2 A; 3CC2 T; 2JXB A; 1M2O A; 1NJI U; 2EQJ A; 3BY7 A; 2B86 A; 4L5G A; 4ZGE B; 1M5Q 1; 3X26 B; 2RN8 A; 1UNQ A; 1KSW A; 2GJY A; 1KQ2 A; 2K4Y A; 4RCB A; 1G8X A; 5M9O A; 3JCM g; 3JB9 H; 2L0A A; 4K11 A; 1Y96 A; 2XDD A; 3DXC A; 2YRC A; 2X4J A; 1K5D B; 4NSW A; 1P6S A; 1ABQ A; 3U8Z A; 3G71 T; 4C5E A; 1YP5 A; 1KK7 A; 2JUF A; 3A8Q A; 1OOT A; 3TVT A; 5DY9 A; 2AEH A; 1R8O B; 3HRU A; 3OS1 A; 3D8E A; 4DEY A; 1PSF A; 1QCF A; 1R77 A; 2O01 E; 3QPH A; 2DN6 A; 2DL3 A; 2LYD A; 2FYK A; 1PKS A; 4A4F A; 5HE0 A; 1WHJ A; 2FPD A; 2YHT A; 3EG0 A; 2COF A; 1VQ5 Q; 3TCJ A; 1GG3 A; 1RAH B; 3C4S A; 3BDU A; 2Y7B A; 1K5G B; 1R0C B; 2Z0P A; 3QYH B; 4ZGJ B; 5JHG A; 3CME T; 3CCQ Q; 2DTO A; 1W70 A; 4K81 A; 3A1P A; 1KZ7 A; 2K3X A; 4ZTF A; 1ZBX A; 4RCC A; 3PG7 A; 3SWN C; 4OMP A; 3EFO B; 1NG2 A; 4HAU B; 3PE0 A; 1UPQ A; 1LW3 A; 3JCM W; 4A4K A; 1TSF A; 2HNI A; 5I2M A; 2C0I A; 2VGM A; 2YLB A; 2CKK A; 4OML A; 2WSF E; 4RKU E; 1U5F A; 4IIM A; 1VQ6 A; 2IPO B; 2M1H A; 3JCM c; 1WIE A; 2CUD A; 2Z4D A; 2EQU A; 5IXB A; 3VS6 A; 3ZEH A; 1QQJ A; 5FU6 B; 4C0D C; 1AWX A; 5IH2 A; 1Y07 A; 1YBY A; 3QSU A; 1ZSG A; 3V7C A; 2K6D A; 2P0K A; 1B07 A; 4XK8 E; 1U27 A; 4NOY A; 1KD1 C; 2RHZ A; 5GMK m; 2L2P A; 2DYI A; 2FJL A; 4C0Z A; 3A58 A; 4L59 A; 4FL6 A; 3RUX A; 1K73 R; 2D9T A; 2DE0 X; 1FB8 A; 2VC8 A; 4HAV B; 2L8D A; 1EFN A; 2COC A; 2M16 A; 2E2X A; 3OYH A; 1KHI A; 5KCO A; 4BDY A; 4FM4 B; 3SV1 A; 3O8V A; 5CO7 A; 3I5R A; 2XDB A; 2D11 A; 3OQ5 A; 1V89 A; 4PJN A; 4HAY B; 1M3B A; 1BYM A; 3AT1 B; 2DD4 A; 4RTX A; 4ZRI A; 2W10 A; 2HTH B; 1V61 A; 2COW A; 4OGE A; 2MKR A; 1MIX A; 2VXE A; 3MET A; 2EGC A; 1H92 A; 1YIJ Q; 2XI9 A; 3JSC A; 3OYG A; 5KYW A; 1WJQ A; 1VYT A; 1MAI A; 1WJM A; 2DBK A; 1V5M A; 2EGE A; 2HD0 A; 2FRY A; 5J26 A; 3RBB B; 2GBQ A; 3I56 A; 5C5B A; 2ENM A; 2E3I A; 3ODW A; 1N8R R; 1NLP C; 1HYO A; 1EAZ A; 2QYZ A; 3CBP A; 4WJ7 A; 3EHR A; 3Q1J A; 5D3X A; 1EZZ B; 5EG2 A; 2DRK A; 3FJ5 A; 4RMO A; 1XOV A; 2FZC B; 3JV3 A; 3OYC A; 1U8R A; 4WCI A; 3TW1 A; 5CLL B; 1VQP Q; 1YJ9 Q; 4N4G A; 4XTX A; 4QQD A; 1AZE A; 1TTH B; 1TUD A; 3TRE A; 2D0N A; 3CMA T; 4B6M A; 1YWP A; 4HB0 B; 5CKB A; 1ZQ1 A; 1TUG B; 4M77 C; 1YI2 Q; 1SHF A; 3LYI A; 3FLG A; 1T0J A; 2L89 A; 5L8R E; 4CHJ A; 5GAO p; 4NS5 A; 3RMQ A; 4LXC A; 4KGV B; 3JCM e; 2ZZD A; 3H41 A; 3EH2 A; 2XD0 A; 3CD6 Q; 5D6Y A; 3D7S B; 4E7Z A; 2E10 A; 5IT9 E; 1LNX A; 3CPW P; 3CC2 Q; 4PJO D; 4GZU A; 4PNO A; 3EHQ A; 4IUR A; 2LNH B; 1J3T A; 3V7S A; 5KYY A; 3M4G A; 2BZY A; 2EYX A; 3H0F A; 4M78 G; 5J39 A; 4C8Q D; 1MMD A; 4HXJ A; 1UNR A; 4FT4 A; 4X1V A; 3VS5 A; 2DET A; 4M7A D; 4PLI A; 4EMG A; 2MK5 A; 3NWF A; 2CH4 W; 1OUL A; 1Q67 A; 2R0D A; 3M0P A; 2J6F A; 2BTT A; 4EIK A; 5LJ5 g; 3G71 Q; 1ZUK A; 4KAX B; 4ZRK A; 1FOE A; 1I4K 1; 1ZA1 B; 2KIE A; 2X3X D; 1WDX A; 5HE2 A; 3NHN A; 1M8M A; 3H9N A; 2P0H A; 4HDO A; 3ZDT A; 3QDF A; 4BUG A; 4X9D A; 3HSA A; 3EGX B; 4M75 A; 1H3Z A; 4D8K A; 5A0L A; 2D9W A; 1KQS S; 4GBQ A; 1ZC4 B; 1BCM A; 3INZ A; 1Q86 C; 1B55 A; 1GC7 A; 1B7T A; 3J80 E; 2M51 A; 4KT0 E; 2CT3 A; 3QZ5 B; 4DBR A; 5GMK e; 3NWA A; 2PU9 B; 4KGZ B; 5GAN j; 2FJU B; 4PJO F; 3PVL A; 3AHU A; 2YF0 A; 1BU1 A; 2DIG A; 3CCE T; 3V8L A; 2PUK B; 1DDV A; 3CME Q; 1YN8 A; 3RNJ A; 2EQM A; 4AFU C; 5HKC A; 4P7I A; 4EJN A; 2BUD A; 4C8Q F; 3OSV A; 1G3Y A; 2SRC A; 1Q81 U; 3RCP A; 2LMJ A; 3SNH A; 3S3N A; 1OQN A; 2K3Y A; 1QVF P; 2LVM A; 1H8K A; 3OYN A; 5CLQ B; 2JTE A; 1X1G A; 1WJS A; 5LOP B; 2C0T A; 1TOV A; 4C8Q A; 5DHF B; 3QXE B; 3VUZ A; 1Q82 R; 2BE7 D; 4M7A A; 2H3E B; 1BI2 A; 4JRI A; 1W1D A; 5CVI A; 4MT7 A; 3MP6 A; 3JCM b; 1BB9 A; 4ZN1 A; 1NE8 A; 2O9S A; 3VS1 A; 2G35 A; 2QXF A; 1D1C A; 1RL2 A; 2MAM A; 2YUQ A; 4O6J A; 2J7I A; 5FRN A; 3JB9 F; 4MDX A; 2QGG A; 4J9G A; 2PVG B; 2EC1 A; 2LJ3 A; 1YNZ A; 4M77 B; 5GAM g; 2DHI A; 3CCE A; 2N23 A; 3WVE B; 4B6H A; 1RLP C; 4TVR A; 5EC7 A; 2L3P A; 2KR0 A; 3A8L B; 2D2Q A; 4M7D D; 5HK3 A; 1X86 A; 4CHM A; 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