The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
415
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structure length |
407
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Chain Sequence |
YLSIAFPENTKLDWKPVTKNTRYCPPGLQEESFLSSTPIGATPSKSDGFLCHAAKWVTTCDFRWYGPKYITHSIHNIKPTRSDCDTALASYKSGTLVSLGFPPESCGYASVTDSEFLVIMITPHHVGVDDYRGHWVDPLFVGGECDQSYCDTIHNSSVWIPADQTKKNICGQSFTPLTVTVAYDKTKEIAAGGIVFKSKYHSHMEGARTCRLSYCGRNGIKFPNGEWVSLDVKTRIQEKHLLPLFKECPAGTEVRSTLQSDGAQVLTSEIQRILDYSLCQNTWDKVERKEPLSPLDLSYLASKSPGKGLAYTVINGTLSFAHTRYVRMWIDGPVLKEPKGKRESPSGISSDIWTQWFKYGDMEIGPNGLLKTAGGYKFPWHLIGMGIVDNELHELSEANPLDHPQLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Low Ph Conformation of Chandipura Virus G Reveals Important Features in the Evolution of the Vesiculovirus Glycoprotein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Chandipura virus
|
| molecule keywords |
GLYCOPROTEIN G
|
| total genus |
85
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| structure length |
407
|
| sequence length |
415
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-11-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | PH-domain like | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D6W A; 5I2S A; 5I2M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JRZ A; 3H41 A; 1YHQ T; 4OVA A; 1FB8 A; 1WHG A; 2DLP A; 3G1J A; 2DX5 A; 1V76 A; 1VQK A; 4M77 D; 2LJ3 A; 2X35 A; 3THK A; 2EGC A; 3OA6 A; 3MEV A; 1G5V A; 5I2S A; 2GCL A; 3JSC A; 2FHD A; 1LCK A; 5GAO p; 2W2X C; 2XID A; 1VQM T; 1UNQ A; 1YIT A; 5J3Q A; 1PKS A; 2EYW A; 2ELB A; 1M27 C; 4QT7 A; 1Q67 A; 1QVP A; 1W6X A; 1WJR A; 2Z13 A; 4HAY B; 2FL7 A; 1H10 A; 2GCJ A; 2NUT A; 2BKD N; 3OYM A; 3LWH A; 1TG0 A; 4RG2 A; 4OGC A; 4RTX A; 2N23 A; 3RES A; 1KK7 A; 3OYB A; 2DVJ A; 4MZM A; 3V8L A; 5CLQ B; 3CBM A; 1YI2 A; 1WA7 A; 3M0R A; 4WCI A; 3L2V A; 8AT1 B; 4MZT A; 1V88 A; 3AHU A; 2R57 A; 1FOE A; 3OY9 A; 5C6S A; 2KRS A; 2YUP A; 4C8Q B; 4C92 E; 1Y07 A; 2RI3 A; 3TRE A; 1YJW T; 3KUF A; 2E4H A; 3BY7 A; 5DLQ E; 3V7S A; 3TEE A; 2EPD A; 1N9S A; 3CCQ A; 2DYB A; 2IPO B; 4HAU B; 2P4T A; 4ZRK A; 3JCM J; 1QQG A; 3CC4 A; 4C92 C; 3A8Q A; 2Q13 A; 1KC8 C; 1RL2 A; 1Y7X A; 1BCM A; 1PWT A; 2ROL A; 5DHA B; 1U1S A; 4RTY A; 4ME7 A; 2D9W A; 5A0D A; 4KUI A; 2V76 A; 3GYO A; 4RTT A; 2KDS A; 1OZ3 A; 1RAG B; 5IH2 A; 5DM7 R; 4KHB A; 4A6F A; 3N7C A; 3CPW P; 1I0C A; 2LNH B; 4BDZ A; 2EQJ A; 2PQW A; 2R5A A; 5HE1 A; 3U8Z A; 2YT0 A; 1VQ6 Q; 3ME9 A; 1X11 A; 3EGX B; 3MEA A; 1NEB A; 2ROT A; 4E7S A; 1T0H A; 1U1T A; 2OTX A; 3P8B B; 4C8Q G; 2VVK A; 3A1P A; 1D0Z A; 1XTD A; 3PP2 A; 3G71 Q; 4OB1 B; 1YWP A; 1XOV A; 2GCX A; 2EJ8 A; 1VUB A; 4M7A C; 1I81 A; 3BE3 A; 3A8P A; 2FVU A; 3MEU A; 4L1R A; 4J6Y A; 3CBP A; 2YRD A; 2UZR A; 1XKE A; 2EVR A; 1M3B A; 2YRC A; 1R77 A; 2JVV A; 3CCR Q; 4AFQ C; 1PD1 A; 1K8A U; 2YRV A; 4TKN A; 1M7R A; 2CZ1 B; 1KQ1 A; 2CP5 A; 5A0L A; 7AT1 B; 2DL4 A; 1KQS A; 2RPN A; 4XTU A; 1CKB A; 1EVH A; 2WSF E; 3PTA A; 3G6E A; 1M1K U; 2RHZ A; 1UJ0 A; 3LX7 A; 1TS9 A; 5D27 A; 2SEM A; 4CSQ A; 1ZHI A; 3CCL Q; 2YS1 A; 4XQ3 A; 1NLP C; 5KH6 A; 3L2Q A; 1EFN A; 2LX9 A; 3FRN A; 1KC8 R; 2LKO A; 2CP6 A; 3MP8 A; 2DRM A; 4M78 B; 4ZN1 A; 3FIF A; 1K9A A; 1X27 A; 2RSG A; 1BTN A; 4A5K A; 3OYK A; 2RJC A; 3EG3 A; 1H4R A; 4MDX A; 2RVB B; 1QCN A; 2QQS A; 1HSQ A; 2FZC B; 3QG1 A; 4R0K A; 2EJ9 A; 4FCY A; 1QVF P; 2D6F A; 3TO1 A; 5GAN 6; 1VQ6 T; 4BY6 B; 1ZX6 A; 3I55 A; 1QCF A; 3EGX A; 2CSI A; 4M7D D; 4J5Y A; 1EIF A; 2E6Z A; 1UHF A; 1XQH A; 1SHG A; 1KG1 A; 4RG8 A; 5DH9 B; 3H9N A; 2JXB A; 1FHW A; 5C16 A; 2V26 A; 5CQY A; 3OMC A; 4FIB A; 1I07 A; 3QJY A; 3M0T A; 4ATO A; 4JDS A; 3CCR T; 2P0H A; 4XTZ A; 3QSU A; 2ZCF B; 3OYL A; 3QZ9 B; 3VJP A; 3NWA A; 3C0C A; 3QO3 A; 2YSZ A; 1H3H A; 3AU5 A; 2YF0 A; 1MMD A; 2E5Q A; 1V5U A; 2KNB B; 4E7I A; 2QTV A; 3NFC A; 3MHX A; 3X25 B; 2DIG A; 3JCM c; 5LJ3 j; 1X2Q A; 1AWJ A; 1DYN A; 4XU2 A; 2BCJ A; 5GAN 7; 3CCL T; 1I8F A; 5ECA A; 5D6X A; 4LDX A; 1XJW B; 2DL8 A; 1NTV A; 1VQ7 A; 1JJ2 S; 1QP3 A; 3PZD A; 1OU8 A; 3DXD A; 1GBR A; 2LMJ A; 3M5A A; 4FU6 A; 1ABO A; 3V7R A; 4KHA A; 2F2X A; 1X75 C; 1FGZ A; 2AKL A; 2CYZ B; 3PMI A; 2O2O A; 1ZBJ A; 2YHT A; 1OPL A; 1LPL A; 4ZGJ B; 3BDL A; 2DZC A; 5JHH A; 2EGA A; 2H3J A; 3UDC A; 2O9S A; 1S72 A; 3RIR A; 2FPD A; 3GYP A; 1MI1 A; 4FM4 B; 1JU5 C; 3FJP A; 1IRX A; 3JB9 I; 1T3L A; 1PC0 A; 4LDV A; 3C12 A; 4C5H A; 1WG7 A; 3CCS A; 1QVF A; 3ASK A; 1SHF A; 1WHK A; 1KZ7 A; 2CS7 A; 2FZG B; 4A4G A; 4B9W A; 1RAE B; 1RAH B; 4HVW A; 3NGP A; 1WZO A; 3PVW A; 5CAI A; 3RNJ A; 4PJO F; 1MMN A; 2DKQ A; 1AWE A; 4LDY A; 3E9G A; 3RMQ A; 1WXB A; 3RER A; 1UG1 A; 2RJE A; 2DO3 A; 5FI0 A; 2KAF A; 4ELY C; 1YIJ A; 5FRM A; 2JS0 A; 3KBG A; 2VKN A; 2DYI A; 4NS5 A; 5IRS A; 3UZT A; 4IUP A; 2WSC E; 2LVM A; 4HCC A; 2CRE A; 4XTV A; 3G4S Q; 2Y8F A; 2PUK B; 2H7E A; 5IHK A; 4A4K A; 2HDA A; 2IFS A; 3KSY A; 3TCA A; 2UVM A; 2NUP B; 3I9Q A; 1ARK A; 2N0Y A; 2H3E B; 2DEU A; 1QVG S; 3ULB A; 2EC1 A; 4X9D A; 3SFM A; 2D0N A; 4HAW B; 2MWN B; 1VQN A; 2DMO A; 2LOZ A; 2IVW A; 1N27 A; 4PLI A; 2RUK B; 4KAX B; 2O01 E; 4FW1 A; 4DXA B; 3CMA T; 3JB9 F; 4JRI A; 3HRU A; 1FMK A; 5DLO A; 3FEO A; 1MAI A; 1HK9 A; 1VQL Q; 4OMM A; 5HE2 A; 3ZVR A; 3MEW A; 2OX7 A; 3M59 A; 2KGX B; 4LD6 A; 4C8Q E; 2E5K A; 5I22 A; 2HBP A; 2R0D A; 2AZV A; 1FMV A; 1YNZ A; 2QA4 Q; 2X4Y A; 4FSS A; 3PNW C; 1U5G A; 1TXQ A; 2E2X A; 2OQB A; 2QGF B; 2RQR A; 1K8A C; 4M77 F; 4MDW A; 4NL3 A; 1A0N B; 4BDY A; 1YHQ A; 3S3M A; 3CCU Q; 2OTL T; 1LVK A; 1AZE A; 1SG5 A; 1UEC A; 3A5Z B; 2JN0 A; 3LGF A; 2YLB A; 2KR3 A; 5LJ3 h; 1ABQ A; 4PJO B; 3M54 A; 4LNP A; 2AIR B; 2L3Q A; 1YP5 A; 1UGV A; 5LJ3 f; 1EF1 A; 3QBY A; 4F16 A; 2MFQ A; 2CP0 A; 1P6S A; 2MK5 A; 3G4S T; 4F7U F; 2CP3 A; 1D3B A; 3SDZ A; 1K5G B; 5EC7 A; 3OBW A; 2HZY A; 5CCA A; 3SWN B; 5IXB A; 3GF5 A; 1E7O A; 3RKY A; 1ZSZ B; 4EJN A; 1BIB A; 2V8K A; 3D7S B; 4RKU E; 2K00 A; 2L8D A; 1UGQ B; 4DOW A; 1UTI A; 2QTX A; 2LP5 A; 2PZ1 A; 4IUT A; 3VS2 A; 4RTZ A; 4Y28 E; 2RQV A; 2ZPB B; 4H8S A; 2RM4 A; 3AT1 B; 4P7I A; 2E6N A; 3LLR A; 3JCM b; 3NSU A; 5KQ1 A; 2D4Q A; 1B7T A; 3PFS A; 2LYD A; 5CVI A; 1ISN A; 4N0A A; 4PNK A; 3CCV Q; 2QA4 T; 3HFN A; 3QXE B; 4PJO G; 2MIO A; 2VGN A; 3D8D A; 2KY9 A; 5FLX E; 1YJW A; 2LT4 A; 4DBR A; 1NYG A; 1RRP B; 3A8M B; 1E6H A; 1VYT A; 2HSE B; 4B6H A; 4MT7 A; 2K2U A; 3CCU T; 2QKM A; 2GFU A; 1K8A R; 3I56 T; 1U29 A; 2W2X D; 2HAX A; 4PJJ A; 2FZK B; 4EMG A; 2UZS A; 5IHN A; 3RKW A; 4Z02 A; 4PJO A; 2M02 A; 1K9M C; 4M77 B; 1AWW A; 4DBF A; 4F7U P; 1OZ2 A; 2Z4D A; 4GMX B; 3GLX A; 3ZBD A; 4MMK A; 4WTO B; 1OUL A; 4L6V 5; 4OB3 B; 1VQ9 Q; 2MAM A; 1F1B B; 5GAO r; 2F5K A; 2QEX T; 3H0I A; 3SWN A; 1M2O A; 3DLM A; 3ULR B; 4D0N B; 1X6B A; 2K2V A; 5HE3 A; 5LOP B; 4BY6 C; 5J26 A; 5KYY B; 3JB9 G; 4F7U B; 4DOV A; 2CDT A; 1D0X A; 5FU6 B; 1QCO A; 1OQK A; 3EFS A; 4PFP A; 4ORZ A; 2GUM A; 3REB B; 1ZSG A; 3QYG B; 3EG9 B; 3NHN A; 3H8Z A; 2D9Z A; 4KH0 B; 2M51 A; 1Q86 C; 2JM9 A; 4M77 G; 3FB9 A; 2GNC A; 3ULC A; 2YUN A; 1VQ8 Q; 2RMO A; 2NWM A; 3GIB A; 4AFU C; 1KHC A; 3OYF A; 1ZC4 B; 2PVD B; 1G83 A; 5A2Q E; 1VQM Q; 3D8E A; 4C5E A; 3PVU A; 3PIO A; 1RAC B; 2KK4 A; 3RBB B; 2O4X B; 2P0F A; 2QAZ A; 1BAK A; 2YS3 A; 2W0Z A; 2X4J A; 4F7U G; 3RR6 A; 1RAB B; 3P6A A; 4HXJ A; 3S3O A; 1K9M R; 4AFZ C; 5LJ3 e; 2K57 A; 2R2Y A; 2YS5 A; 1IRS A; 2F5T X; 3FJ5 A; 3IQL A; 3M55 A; 1UEB A; 3U12 A; 2Z0W A; 1G3T A; 1MK7 B; 4ZGD B; 1TXD A; 3GNG A; 4RTU A; 5LL6 S; 1VQ6 A; 2COC A; 1J3T A; 1B34 B; 2OJ2 A; 2ELA A; 1K5D B; 1AD5 A; 4M7A D; 2HBW A; 2P0D A; 1X6G A; 5KYY A; 2OTJ Q; 4WF2 A; 2HKN A; 1EZZ B; 5GMK m; 4K2P A; 3FDR A; 1V89 A; 4GXB A; 2J7I A; 4GLK A; 2ABL A; 2D8J A; 4QVD A; 1DJ7 B; 5KYW B; 3FVC A; 4D6W A; 1MK9 B; 5GMK i; 3M53 A; 3TFM A; 3OW2 S; 4K11 A; 3JB9 J; 3CCR A; 1RI9 A; 3H0H A; 5DIF B; 2C0O A; 2MF2 A; 5IXF A; 1PRM C; 2I0N A; 2R58 A; 2XI9 A; 1M8M A; 1JJ2 P; 2K3X A; 3TVV A; 3TSZ A; 4ESR A; 4ZTJ A; 2YT2 A; 3CME Q; 4J9G A; 1Q86 R; 2ESW A; 1VQ8 T; 2I2L A; 2JTE A; 1K0X A; 4FSX A; 1Z87 A; 3KRX A; 2PNI A; 2VGM A; 1QWF A; 2XD0 A; 3VRY A; 3CCL A; 3OYH A; 3REA B; 4BE0 A; 4ELZ C; 2VXF A; 2KE9 A; 3M1I B; 2K5L A; 5C5B B; 1CSK A; 3LYI A; 3WA0 A; 4OSN A; 3M4Y A; 4RUG A; 4HSI A; 2LJ1 A; 1SGH A; 2DF6 A; 3HFO A; 5CIU A; 4DIX A; 2VKI A; 2NLU A; 2COY A; 1MNE A; 2YLC A; 2F2W A; 1TJ6 A; 1B34 A; 4KGV B; 4OT1 A; 1T77 A; 4J9F A; 2DET A; 4QVZ A; 1OI1 A; 1N6A A; 2OTJ T; 2RRF A; 1JBM A; 1VOM A; 3SHW A; 4EMO A; 4BE1 A; 3EGD B; 2COW A; 1YFN A; 2ZPG B; 3VRZ A; 2PUO B; 1V29 B; 1M2V B; 5KYW A; 4V2S A; 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2DJZ A; 2EKO A; 2LTO A; 4J9B A; 1M90 C; 1JEG A; 3O8V A; 4NY0 A; 4NL2 A; 1WXU A; 4O5V A; 3JCM Q; 1D09 B; 2V8J A; 1M5Q 1; 3G4S A; 3I5R A; 2MPX C; 1IZ6 A; 4RCC A; 4KHO A; 1M1G A; 1O75 A; 2HQE A; 5HY6 A; 1EGX A; 1C1A A; 5GAO l; 3GBQ A; 3OS0 A; 2LQK A; 2L2P A; 1WQ7 A; 4F7U E; 2EYX A; 3G7Z A; 3CC7 T; 2FPF A; 2D9Y A; 3L2U A; 1UNP A; 1KI1 B; 3CPW A; 2RH2 A; 5M4Y B; 4J7F A; 2IG0 A; 2I5F A; 6AT1 B; 1W4S A; 2RNR B; 5KE3 A; 1BYM A; 2ADZ A; 5IN1 A; 2DTH A; 1BI3 A; 3X20 B; 1VQL A; 1BB9 A; 4WSF A; 2Y4Y A; 3ODO A; 1GL5 A; 3VS0 A; 2DYN A; 2DAQ A; 2D1X A; 3QKJ A; 4QKU A; 4IKF A; 3CCJ T; 3EH2 A; 2DTI A; 3PVQ A; 1M30 A; 2L3S A; 2RO0 A; 5GAM j; 4M78 G; 1RLQ C; 2L89 A; 2QA4 A; 3BFM A; 1OYX A; 2DA0 A; 1VQ4 Q; 4JLI A; 2VAS A; 4HCZ A; 4D8D A; 5HK3 A; 2FEI A; 1IXD A; 1G2B A; 2PU9 B; 4M75 F; 5CKF A; 4IOY X; 2J0J A; 1GFC A; 1WXT A; 2DXU A; 4BBK A; 2L3P A; 4J8O A; 3CCU A; 1K9M U; 4HT9 A; 2KMT A; 2M0O A; 3A8O B; 4KRT A; 4J9D A; 4VUB A; 2E10 A; 4M78 A; 2F2V A; 1VIF A; 5GAN 4; 1WIE A; 1M90 R; 5L8R E; 2BTT A; 4AG1 C; 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