The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
95
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sequence length |
413
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structure length |
413
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Chain Sequence |
KFTIVFPHNQKGNWKNVPSNYHYCPSSSDLNWHNDLIGTALQVKMPKSHKAIQADGWMCHASKWVTTCDFRWYGPKYITHSIRSFTPSVEQCKESIEQTKQGTWLNPGFPPQSCGYATVTDAEAVIVQVTPHHVLVDEYTGEWVDSQFINGKCSNYICPTVHNSTTWHSDYKVKGLCDSNLISMDITFFSEDGELSSLGKEGTGFRSNYFAYETGGKACKMQYCKHWGVRLPSGVWFEMADKDLFAAARFPECPEGSSISAPSQTSVDVSLIQDVERILDYSLCQETWSKIRAGLPISPVDLSYLAPKNPGTGPAFTIINGTLKYFETRYIRVDIAAPILSRMVGMISGTTTERELWDDWAPYEDVEIGPNGVLRTSSGYKFPLYMIGHGMLDSDLHLSSKAQVFEHPHIQDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of the prefusion form of the vesicular stomatitis virus glycoprotein G.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Viral protein
|
molecule keywords |
Glycoprotein G
|
total genus |
95
|
structure length |
413
|
sequence length |
413
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2016-02-09 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | PH-domain like | PH-domain like | ||
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5I2M A; 5I2S A; 4D6W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K1Z A; 2JJ9 A; 2RH2 A; 4J9H A; 1XCG A; 3G71 A; 3EH1 A; 2JZ2 A; 1N3H A; 3QII A; 4GMX B; 1RL2 A; 2IVW A; 2RSG A; 4C0D B; 1VQ8 A; 2NMB A; 3MDB C; 2EC1 A; 3X20 B; 2HBP A; 5J3Q A; 1W1H A; 3HKS A; 1VYU A; 2I5F A; 2DNU A; 3JB9 G; 1LCK A; 4Z2N A; 1V89 A; 4J6Y A; 2LP5 A; 3JCM e; 2ZPG B; 2D6F A; 3I56 A; 1PM3 A; 1NYG A; 3OW2 A; 1LOJ A; 4PJM A; 1Y71 A; 1VQ5 A; 3RNJ A; 1DDV A; 3VKI A; 1JXM A; 3RKX A; 5CQY A; 3S6W A; 4C8Q F; 2KQW A; 3P7Z A; 4OMM A; 4E2F B; 5DHA B; 3I5R A; 3OYL A; 5GAN g; 3P6A A; 3U23 A; 2YRV A; 1E6H A; 3M58 A; 4OB3 B; 4L6E A; 5GMK j; 3EFR A; 3GYP A; 2D2Q A; 1YP5 A; 2GCX A; 3EH2 A; 3LWH A; 4KRT A; 3QXE B; 3EG9 A; 1K73 U; 1BKB A; 4M78 B; 2GCL A; 1V1C A; 3VUB A; 2AZV A; 1NEB A; 2M51 A; 1LNX A; 1YWP A; 1NZ9 A; 3OYJ A; 2CSQ A; 3HW2 B; 1YHQ Q; 1M4Z A; 2EYX A; 2DN6 A; 4M78 D; 4AFQ C; 2JOY A; 1MPH A; 3QJY A; 3UWN A; 1NI2 A; 3ULB A; 1AEY A; 3SUZ A; 4M77 B; 1U06 A; 2CT3 A; 3CCU Q; 1YJW A; 3E9G A; 1RRP B; 2EIF A; 1FHO A; 4DX8 A; 3JCM J; 4X34 A; 1BU1 A; 2DIL A; 4M7D C; 1PHT A; 4M77 D; 2D9Y A; 3O5Z A; 1ZUK A; 1V29 B; 4ZTF A; 2D9T A; 1VQM Q; 2COC A; 1G83 A; 3JCM c; 5C79 A; 2MF2 A; 1NYF A; 1EVH A; 1RAH B; 3CCS Q; 4PJJ A; 1P6S A; 5J39 A; 2EJF A; 2RQT A; 3CCE A; 2M16 A; 2CKK A; 1WJQ A; 3G7Z A; 3X24 B; 2PVO B; 4NY0 A; 4MY6 A; 4PJO C; 4HA8 A; 1BTN A; 4YTL A; 4HB0 B; 2KBT A; 2A28 A; 1VIF A; 1GC6 A; 3L42 A; 2P0Q A; 2QA4 T; 5FRM A; 1AWE A; 1Q81 U; 3L2R A; 1MGQ A; 1KSW A; 2X51 A; 4EMK C; 1PSE A; 1ABQ A; 4C5I A; 3MKD A; 4RTY A; 3F5R A; 4BE1 A; 1LW3 A; 2ADZ A; 2COA A; 2QK0 A; 3VV0 A; 3VUZ A; 2CS7 A; 3LLR A; 3I9Q A; 5GAN e; 1NG2 A; 1SRM A; 4QQG A; 3CCM Q; 3HFO A; 2CYZ B; 1MV0 B; 2P4T A; 4FT2 A; 2EAY A; 3I55 Q; 3JB9 H; 1MK7 B; 3CEY A; 3VS7 A; 3IQL A; 3CC2 T; 1M3B A; 2LRQ A; 5I11 A; 4ZGD B; 4A6F A; 2DA0 A; 2ESW A; 4CC4 B; 2E6Z A; 3CC4 Q; 1IXD A; 4IIM A; 4DBF A; 1AWJ A; 4J6X A; 1OQK A; 3E9F A; 1OUL A; 1Y57 A; 2AZS A; 5GAN 2; 4HSI A; 2LT4 A; 3A8L B; 2EQM A; 3M57 A; 3RDV A; 3M9Q A; 1O75 A; 2KDS A; 4M78 A; 3BE3 A; 4PQ0 A; 2HQX A; 2K9G A; 1BIB A; 5J3Y A; 3JCM V; 2JMC A; 4M7A B; 4BI8 B; 4HT9 A; 4ORZ A; 3ASK A; 3PTA A; 1VYV A; 2RO0 A; 2C0I A; 4M77 A; 3DXD A; 1UE9 A; 5LJ5 g; 1U1T A; 1KQS A; 2RN8 A; 4M7A D; 2EFI A; 2YHT A; 3BDU A; 4J9D A; 5EFX A; 4XU3 A; 2P0K A; 3EFS A; 4P5N A; 2M0O A; 2VSZ A; 3TCA A; 1ISN A; 3H0I A; 5GMK m; 1GRI A; 3QBY A; 1N27 A; 2LMJ A; 4PL6 A; 4JRI A; 4JJD A; 2RQV A; 4J83 A; 1JB0 E; 5GAO q; 3OS2 A; 4HAW B; 2V26 A; 2Y90 A; 1X27 A; 3QIJ A; 2KXD A; 2DEU A; 2YF0 A; 5GAN 4; 3CPF A; 3SEM A; 4OGE A; 2KRM A; 1Z9Q A; 3UA7 A; 2XD0 A; 3A8O B; 3O96 A; 3OMC A; 2KVQ G; 1ACM B; 4AG2 C; 2KI7 A; 1BB9 A; 5KYW A; 1PMS A; 2CP2 A; 3FIF A; 3LWI A; 1YJ9 A; 4EIK A; 1QP3 A; 3L2U A; 3E19 A; 1WJM A; 1WNL A; 2UVM A; 2YDL A; 1W2B P; 1TUC A; 1X69 A; 3FEH A; 2DRK A; 2R0D A; 3GBQ A; 1WFW A; 3L2Z A; 1WGS A; 2O01 E; 1V5M A; 4JLI A; 3TSW A; 4HVW A; 4MZM A; 2QI2 A; 3NWD A; 4MMK A; 3RER A; 4Z89 A; 4HCC A; 1W70 A; 2E6N A; 2A08 A; 1GCQ C; 4DOV A; 2P4R A; 3RCP A; 4F7U P; 3CD6 A; 4GBQ A; 3G4S Q; 3A8M B; 3CC7 A; 3H0H A; 4E7S A; 3BY7 A; 1M3C A; 4K11 A; 5J26 A; 2V8I A; 4XK8 E; 1MV3 A; 4FSS A; 2COW A; 4J8O A; 4M7D A; 1M2O A; 2VWF A; 1LVK A; 2MPX C; 4RKU E; 4BAC A; 1D09 B; 1RJ2 A; 1K8A R; 3QJ6 A; 4A4K A; 1G3T A; 4KBM B; 4FT4 A; 1M7R A; 5LJ5 e; 2EYW A; 3VOQ A; 5CVI A; 3M0T A; 2AEH A; 1Y07 A; 4C92 C; 2DXU A; 4ZNX A; 4QKU A; 2K57 A; 5KE3 A; 2DAQ A; 4PJO A; 1Q95 G; 3NPF A; 4PLL A; 1VOM A; 3A58 A; 4A6H A; 3SNH A; 1MMD A; 1NPR A; 2YRY A; 5HK3 A; 2RGN B; 1LPL A; 1U1S A; 4DA4 A; 4EMK A; 1QVG S; 2RNR B; 5IT9 E; 2VKI A; 5CIU A; 1OZ2 A; 1UJY A; 2HSP A; 2XHC A; 3JB9 J; 4JS5 A; 1Y5O A; 1I8F A; 1IGU A; 2QQB A; 4M75 G; 5I2M A; 3D8F A; 4E7L A; 1QQG A; 3X23 A; 2Z14 A; 2DFU A; 3OYN A; 2V8K A; 3TCJ A; 4KAX B; 1M2V B; 1NEG A; 4DIX A; 3OW2 S; 1UGR B; 3NTK A; 4M75 E; 1S72 T; 1VQ6 Q; 4KUI A; 1VQ4 T; 2BKD N; 2CRE A; 5FLX E; 1VQ9 T; 1SKU B; 1W1D A; 4A4H A; 3OYA A; 1X05 A; 3NTH A; 1U5E A; 4MZT A; 4XTV A; 2YVC A; 1VQP T; 4GNK B; 3OYK A; 3G9W A; 1I2H A; 3NSU A; 4M78 F; 4ZRK A; 5DM7 R; 2EJG A; 2H3E B; 1UGS B; 4C8Q B; 3V5W A; 2LOX A; 2W2X C; 4CHM A; 2M38 A; 5C16 A; 1HSQ A; 1ZUY A; 2ENM A; 1K8A C; 3OY9 A; 3OYF A; 1UEF A; 4OT1 A; 2X9H A; 2ZKM X; 1K9A A; 4C8Q D; 2JMA A; 4M77 F; 3A98 B; 3MEW A; 4OMF B; 4XAX B; 2ATC B; 4B6H A; 4ZRI A; 1WLP B; 2EJ9 A; 3PE0 A; 4EPC A; 1IO6 A; 4GY5 A; 1BI3 A; 2W2W A; 3FSS A; 3E2U A; 1UEC A; 2E1H A; 2CZ6 B; 2QYZ A; 1RAI B; 3A8Q A; 2E64 A; 3N7C A; 2I1K A; 2K3B A; 1YJN T; 1MAI A; 2JP2 A; 3UA6 A; 3RKY A; 3DXC A; 3GP8 A; 1Q7Y U; 3AU5 A; 2COF A; 1D0Z A; 2L0A A; 4LD6 A; 2L3R A; 1AZE A; 1Q86 U; 2ELB A; 2EWN A; 3OQ5 A; 2KCJ A; 1KC8 U; 1SSF A; 5LL6 S; 2MMP A; 5M9O A; 4K17 A; 5CKF A; 3OS1 A; 2XK0 A; 3G6E T; 4HAZ B; 1VQL Q; 1XR0 B; 3P8B B; 4HDQ A; 3MPX A; 4DEX A; 2KE9 A; 1BYM A; 3CBO A; 2QTX A; 5C6R A; 1FB8 A; 1OYX A; 1ZVR A; 2NUT A; 2MWN B; 1NBE B; 2SEM A; 2RJF A; 2KXC A; 5AT1 B; 1GCQ A; 2LQ8 A; 4HXJ A; 2ROV A; 1PNJ A; 4KHB B; 1N5Z A; 2DJQ A; 3C94 A; 1TUG B; 5GAO l; 2F69 A; 2X4X A; 2CP0 A; 3VS4 A; 1M2V A; 1I5O B; 1B34 A; 5GAM f; 4DBQ A; 3PEG A; 3VS6 A; 2EGC A; 2FB7 A; 4HCK A; 4QVD A; 2XDD A; 2KRS A; 2ZCF B; 3PMT A; 3ZEH A; 3HIE A; 4RTX A; 1QVF S; 3QSU A; 3F70 A; 1WHH A; 4FSX A; 3JCM h; 4K2P A; 1UEB A; 1E5W A; 5CKD A; 4M7D F; 3TRE A; 3R6N A; 1PKT A; 2BE7 D; 5LJ3 f; 4KVG B; 2DX5 A; 5GAN d; 4JZ4 A; 3QDF A; 1YIJ T; 2K49 A; 4C92 A; 1BI0 A; 1QKW A; 3M0S A; 1S72 A; 5GMK i; 1VQ7 T; 1Y19 B; 1VQ4 A; 5C5B B; 4JJN K; 4KHA A; 1VQ9 A; 1RAD B; 2FPF A; 5GAM j; 4OMN A; 2X3X D; 4X9C A; 2QTV A; 1JO8 A; 4PJO F; 3A98 A; 1KFZ A; 1G3Y A; 2RJD A; 2YLC A; 1WGQ A; 1HJD A; 2RLO A; 3ZFJ A; 2FJL A; 4FU6 A; 3G71 T; 2COY A; 2KIE A; 4F7U G; 1BBZ A; 4HCB A; 1X75 C; 5LJ3 j; 3PP2 A; 2KK4 A; 2D9Z A; 2LX9 A; 3FEO A; 4IUT A; 1VQ8 T; 3FC3 A; 1NPP A; 1PLS A; 3PVW A; 4F7G A; 1KQ1 A; 2MAM A; 4ZRJ A; 4IFS A; 1AZG B; 4F7U E; 1SHF A; 2E12 A; 2HMA A; 1D0Y A; 1TWB A; 1XTD A; 3ODO A; 3HL8 A; 8ATC B; 2DYN A; 2DET A; 1BK2 A; 2RI3 A; 3NWA A; 1M1K U; 1MMA A; 2FVU A; 1U8R A; 1V88 A; 2PUK B; 4LDV A; 3OS5 A; 1YJN A; 4X9D A; 3BFM A; 3VYG A; 5L23 A; 3SD4 A; 1X01 A; 2H7D A; 2HZY A; 2QEX A; 3CCV Q; 4MML A; 1AHJ B; 2KUQ A; 2HSE B; 5DIF B; 4JRP A; 4C0F A; 4EMH A; 2LKO A; 2FEI A; 3L2Q A; 2DTC A; 3G6E A; 2QA4 Q; 2IG0 A; 1FHX A; 1WHK A; 4J6W A; 1DBH A; 3FLG A; 3JCM g; 3L2W A; 2JM9 A; 3MP1 A; 5GAN 3; 3M0P A; 5FWB A; 3RMS A; 2GNC A; 2X4Y A; 4HDO A; 1X11 A; 3EGX A; 2M02 A; 2JS0 A; 1AVZ C; 3EG0 A; 2VRW B; 1M8V A; 5CO7 A; 4HAY B; 2DVJ A; 2BZY A; 1LJO A; 2DHJ A; 1JEG A; 5A0D A; 1Y0M A; 3V8L A; 1KD1 U; 3HSB A; 4PNK A; 2A0F B; 2K4Y A; 2Q13 A; 1TG0 A; 2IPO B; 2CY5 A; 4A54 A; 5GAN h; 4DX9 0; 4BY6 B; 2YRC A; 3PVQ A; 4J9C A; 1M30 A; 4OML A; 1TXD A; 3CC2 Q; 2CRF A; 1R8O B; 2OTJ T; 5C5B A; 2D0N A; 1WI7 A; 2GQI A; 1YI2 T; 1Q81 C; 1Z9Z A; 2KT1 A; 2AHJ B; 3PNW C; 5GAN 8; 4FL6 A; 5FI1 A; 2LCC A; 2LG1 A; 1YIJ A; 1UPQ A; 3CXB B; 1DJ7 B; 1FYN A; 1ZBX A; 1VQ7 A; 1V5U A; 5FWC A; 2K00 A; 1EGX A; 2P0H A; 2KGX B; 1H92 A; 3EHQ A; 1I4K 1; 4EDU A; 3M0U A; 5LJ5 d; 2PUO B; 3CMA Q; 4YON A; 4XU1 A; 2DZ9 A; 2ECZ A; 3KRW A; 1QMC A; 1MMN A; 2EQU A; 1K76 A; 2HDA A; 2RK2 A; 2QQA A; 2YUN A; 2RB6 A; 4F14 A; 5GAN 5; 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4DOW A; 3JB9 F; 5LJ5 h; 1EZZ B; 3RUX A; 1UJ0 A; 3V8J A; 3RES A; 2G35 A; 4E7J A; 1YJ9 T; 2L3S A; 2R2Y A; 5I21 A; 1KJW A; 2LUL A; 3CCL A; 1V5P A; 4D8K A; 3RIR A; 3QWX X; 5KYW B; 2DER A; 1QCN A; 5CCA A; 3OYG A; 2LOZ A; 2K2M A; 1CKB A; 1WIE A; 2E5Q A; 2DD5 A; 3SWN C; 4A4G A; 2I5C A; 3CD6 T; 4AMC A; 4FYX B; 1OX9 A; 3CC7 T; 1T3L A; 2Y4X A; 2R09 A; 1OZ3 A; 1WZO A; 1M27 C; 1FOE A; 3U7D A; 1SEM A; 2DXT A; 2QKL A; 2FPE A; 3ML4 A; 2BZX A; 4AG1 C; 4QVZ A; 2QKM A; 3M54 A; 1T77 A; 2K7A A; 1GL5 A; 3KFV A; 3R6O A; 1FMV A; 5JLJ B; 1QVF A; 4EMO A; 5AYF A; 1NJI U; 4OF1 A; 2XDB A; 5LOP B; 2RNA A; 1WX6 A; 9ATC B; 1Q86 R; 1VQP Q; 2YWW A; 3OYH A; 1OV3 A; 1R0B G; 3HPW A; 4M7D B; 3U8Z A; 1ZYI A; 1BI2 A; 4Z2M B; 1G5V A; 4FW2 A; 5IXF A; 1AQC A; 2J05 A; 3EHR A; 3VS3 A; 1AWO A; 1JJ2 S; 1D3B A; 3CCJ Q; 1FHW A; 4M7D D; 2QDY B; 1ZC4 B; 5L8R E; 1N9S A; 4B9W A; 2CZ7 B; 2OTL A; 3QYH B; 2GGR A; 2HD0 A; 2QG9 B; 5HE0 A; 4PJO B; 3NGP A; 3JCM P; 1K5D B; 1BI1 A; 2Z4D A; 2HEQ A; 1PWT A; 2LQW A; 3TEE A; 2XID A; 1I1J A; 1IRS A; 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