The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
332
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sequence length |
780
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structure length |
780
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Chain Sequence |
WAVLWDLLTTVDHKKIGLMYTATAFFAFALAGVFSLLIRTQLAVPNNQFLTGEQYNQILTLHGATMLFFFIIQAGLTGFGNFVVPLMLGARDVALPRVNAFSYWAFLGAIVLALMSYFFPGGAPSVGWTFYYPFSAQSESGVDFYLAAILLLGFSSLLGNANFVATIYNLRAQGMSLWKMPIYVWSVFAASVLNLFSLAGLTAATLLVLLERKIGLSWFNPAVGGDPVLFQQFFWFYSHPTVYVMLLPYLGILAEVASTFARKPLFGYRQMVWAQMGIVVLGTMVWAHHMFTVGESTLFQIAFAFFTALIAVPTGVKLFNIIGTLWGGKLQMKTPLYWVLGFIFNFLLGGITGVMLSMTPLDYQFHDSYFVVAHFHNVLMAGSGFGAFAGLYYWWPKMTGRMYDERLGRLHFWLFLVGYLLTFLPQYALGYLGMPRRYYTYNADIAGWPELNLLSTIGAYILGLGGLVWIYTMWKSLRSGPKAPDNPWGGYTLEWLTASPPKAHNFDVKLPTEFPSERPLYDWKKKGVELKPEDPAHIHLPNSSFWPFYSAATLFAFFVAVAALPVPNVWMWVFLALFAYGLVRWALEDEYSHPVEHHTVTGKSNAWMGMAWFIVSEVGLFAILIAGYLYLRLSGAATPPEERPALWLALLNTFLLVSSSFTVHFAHHDLRRGRFNPFRFGLLVTIILGVLFFLVQSWEFYQFYHHSSWQENLWTAAFFTIVGLHGLHVVIGGFGLILAYLQALRGKITLHNHGTLEAASMYWHLVDAVWLVIVTIFYVW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights Into Electron Transfer in Caa3-Type Cytochrome Oxidases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Electron transport
|
| molecule keywords |
CYTOCHROME C OXIDASE POLYPEPTIDE I+III
|
| total genus |
332
|
| structure length |
780
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| sequence length |
780
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
1.9.3.1: Cytochrome-c oxidase. |
| pdb deposition date | 2011-03-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00115 | COX1 | Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I |
| A | PF00510 | COX3 | Cytochrome c oxidase subunit III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Cytochrome C Oxidase; Chain A | Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OCZ A; 1FFT C; 2EIK A; 3WFE B; 2NLJ C; 2QPD A; 3OR6 C; 3BEH A; 2A79 B; 5IY5 A; 3ASO C; 3LDE A; 3OUF A; 4R7C A; 3UM7 A; 4X8A A; 1M57 A; 2WLH A; 3LNM B; 2Q67 A; 3K04 A; 5B1B C; 4XDK A; 3E86 A; 2WLI A; 4GP8 A; 2ZD9 A; 2DWE C; 2H8P C; 3QJU A; 4G27 B; 4DXW A; 4GP4 A; 5BZB A; 4G70 A; 1R3I C; 3T4D A; 3QJR A; 2A9H A; 3RBZ A; 4G71 A; 4PA3 A; 4LBE C; 2Q69 A; 2WLK A; 3SYO A; 3LUT B; 2WLL B; 1V55 A; 3S8F A; 3ASN A; 4QNH B; 3SYC A; 3OMN A; 3ABM C; 3LDD A; 1QLE A; 2QPE A; 2X6B A; 2DWD C; 4JTC B; 1OCC A; 3AG4 C; 1OCO A; 2IH3 C; 2EIL C; 3STZ C; 2GSM A; 2X6A A; 3R65 A; 4WFE A; 4LP8 A; 4X88 A; 5EC2 C; 3HB3 A; 3X2Q A; 5EK0 A; 4MTG A; 4H33 A; 2OCC A; 1OCR A; 2EIJ A; 3WG7 C; 4P2Z A; 4J9Y B; 3PJS K; 2HG5 C; 3AG3 A; 2AHY A; 2AHZ A; 3ASO A; 3ABL A; 3E89 A; 3EFF K; 3QJT A; 2DYR C; 2WLI B; 3SYQ A; 3T2M A; 4PDL A; 4G7R A; 4MTF A; 2Q6A A; 2DYS A; 4PA6 A; 4PA4 A; 2WLM A; 1V54 A; 4I9W A; 3SPC A; 2ZXW C; 3FB8 C; 4GX2 A; 2JK5 C; 4FA7 A; 4R50 A; 1R3K C; 3ZJZ A; 4PA7 A; 1ZWI C; 4R8C A; 3FB6 C; 3EHB A; 3OR7 C; 4KFM A; 4MS2 A; 3T1C A; 1ORQ C; 4XYD A; 4ZBM A; 2Y69 C; 1G4Y B; 3E8B A; 5EBL C; 3O0R B; 2EIM A; 4H37 A; 4EKW A; 2KB1 A; 5KUK A; 3TET A; 3ABM A; 4MVQ A; 3SPI A; 5B3S C; 3E83 A; 4X89 A; 4JTA B; 1M56 C; 4JTD B; 4MVZ A; 4G7S A; 1OCZ C; 3RVY A; 2EIK C; 3ABK A; 3AG4 A; 3K06 A; 1R3L C; 3AG2 A; 4GP5 A; 4QE9 A; 5IY5 C; 3AG1 A; 4G7Q A; 1J95 A; 3K03 A; 4RAI A; 4HZ3 A; 1M57 C; 2HFE C; 3F5W C; 3AYF A; 5B1A A; 4CBC A; 5EBW C; 3E8H A; 1JVM A; 1LNQ A; 2WLJ A; 1K4C C; 2W0F C; 5KUM A; 3VOU A; 3S3B A; 4RUE A; 2K1E A; 4PDM A; 4TWK A; 4WFG A; 3QJQ A; 1EHK A; 4PA9 A; 2HVJ C; 1R3J C; 4HYO A; 1FFT A; 2HVK C; 3MK7 A; 4WFH A; 3S3D A; 2ATK C; 3IFX A; 3OMA A; 3QJS A; 1V55 C; 3ASN C; 3WFB B; 1XME A; 2ITD C; 4MW8 A; 2Y69 A; 3FB7 C; 1QLE C; 3ZRS A; 5B1B A; 3SYP A; 3RVZ A; 3SPG A; 1OCC C; 2QTO A; 4XDJ A; 1OCO C; 4RO2 A; 4QE7 A; 3JYC A; 2EIN C; 1XL6 A; 2IH1 C; 3F7V C; 2YEV A; 4XDL A; 5B3S A; 1P7B A; 3EH5 A; 3QJV A; 3S3C A; 3SYA A; 2HJF C; 2OCC C; 1S5H C; 1OCR C; 2EIJ C; 4MVO A; 3KG2 A; 3AG3 C; 3GB7 C; 3K0G A; 3ABL C; 2Q68 A; 3BVD A; 3T4Z A; 2P7T C; 4GX0 A; 3EH3 A; 3FYI A; 1XL4 A; 4MVS A; 3F7Y C; 2QKS A; 4FAA A; 4P9O A; 5CBH A; 2DYS C; 3OMI A; 1V54 C; 3E8G A; 2X6C A; 2EIL A; 4OXS A; 4MTO A; 3EH4 A; 4MVR A; 3SPH A; 4J9Z B; 1BL8 A; 3WFC B; 4GX5 A; 4G28 B; 3K0D A; 3WG7 A; 2BOB C; 2EIM C; 4LCU C; 3SJQ C; 4MSW C; 3E8F A; 4PDV A; 4P30 A; 4R6Z A; 2WLN A; 3TCU A; 3WFD B; 3K08 A; 3OM3 A; 1KKD A; 3RW0 A; 2DYR A; 3FYE A; 2ITC C; 5J9P C; 3UKM A; 5CBF A; 3ABK C; 4MW3 A; 2A0L A; 5DJQ A; 4F4L A; 2ZXW A; 3AG2 C; 3SPJ A; 3OGC C; 4MVU A; 2EIN A; 3S8G A; 4PDR A; 3AG1 C; 4MVM A; 1K4D C; 3STL C; 3FB5 C; 3OUS A; 3HPL C; 4GX1 A; 3LDC A; 4G72 A; 3IGA C; 2WLL A; 5EC1 C; 5B1A C; 4BW5 A; 5EBM C; 4WFF A; 2BOC C; 3DTU A; 4N4Y A; 4UUJ C; 4RUF A; 5CBG A; 2R9R B; 3AYG A; 4P9P A; 3X2Q C; 1M56 A; 1AR1 A; 5E1A C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2BE5 F; 3JAS B; 5KAF Z; 4QI0 A; 3EHM A; 1K40 A; 1NTM H; 1SKV A; 5KYW A; 3J06 A; 1OKK D; 2NLJ C; 2QPD A; 1COW G; 3OR6 C; 5JT4 A; 4NTW A; 4B3M O; 1SR2 A; 4GLX A; 4GYT A; 3ASO C; 2ZIM A; 3ZRX A; 1PD1 A; 3TGU H; 2UXC B; 3RYL A; 1EFR G; 4H13 B; 3FAP B; 4DR3 B; 2PI4 A; 2YIB A; 3WG7 B; 2VCC A; 4RDA A; 2L35 A; 2ZE5 A; 4JI0 O; 4LF5 O; 2OEX A; 4O6Y A; 1VB5 A; 1NSG B; 1TWH A; 4G0H A; 3W8I A; 1KKC A; 4PI2 A; 2NPU A; 1VP7 A; 5DS5 A; 3UMI A; 3HKB B; 5JUA A; 1TGO A; 2EJR A; 3IQC A; 5IYZ B; 4AX2 A; 1SQV H; 3PN1 A; 3OM3 B; 4KNW A; 1SA0 B; 1HNW B; 1AI6 A; 4CS9 C; 3K79 A; 3QJU A; 2IXN A; 4O2A B; 1K7D A; 4I44 A; 4CS2 A; 1E85 A; 3ML0 A; 2DGJ A; 4OIQ F; 1NU7 D; 1Y4C A; 1TVK B; 3JD4 A; 1SZX A; 3T4D A; 1L0L H; 1WNS A; 2BSK B; 2L6L A; 4AE4 B; 2EIN B; 2IXP A; 2O9X A; 5LMN O; 1IDS A; 3W7S A; 4YT8 A; 3EZH A; 1T6I A; 5HSW A; 5T3T A; 3RYC B; 3QF7 A; 1BCC H; 1O87 A; 1AR5 A; 1D0Z A; 2JS5 A; 1B06 A; 1CGN A; 3QTC A; 1WAS A; 3DJN B; 3LSS A; 3RWR D; 3CCQ V; 2HZ8 A; 1FJG O; 5KHG A; 3ZTM A; 3J80 N; 2QDO A; 4NXN O; 2PGG A; 5DQZ A; 3S8F A; 3EGD B; 4EBB A; 4LF7 B; 2L6H A; 3ZMS A; 1I94 O; 1H2S B; 4FPP A; 4JI3 O; 1M2V B; 5A6B A; 4BW9 A; 2IJI A; 2QGN A; 3DTU B; 1TWG A; 1H2L A; 2B0H A; 4DV1 O; 2X6B A; 2VQF B; 4UV9 A; 5CA1 B; 4FAP B; 2KG7 A; 3H2U A; 2HR3 A; 3TOM A; 3N2Z B; 2OCH A; 1RKE B; 5IJ0 B; 1DLB A; 3S3X A; 3AG4 C; 5FPO A; 2IH3 C; 5JCO A; 5FNV A; 4IL6 Z; 2QLA A; 3DKA A; 1M56 B; 3T4R A; 3R65 A; 1AR1 B; 2AP3 A; 4X88 A; 5EC2 C; 3PCV A; 4U3J B; 4JI4 B; 5A2Q N; 2WB7 A; 4MND A; 3S84 A; 1HW1 A; 2OJQ A; 1YJN V; 3ZTZ A; 1BQZ A; 2PNO A; 1FKA O; 2GBO A; 1N34 O; 4MTG A; 5IY5 B; 4EBK A; 3GEH A; 1OCR A; 3QVZ A; 2EIJ A; 2FML A; 1IBK B; 4A2N B; 4O4H A; 5H2F Z; 5TIS Z; 2HSB A; 3FXH A; 1ZSP A; 4G7Z F; 3WHN A; 4X66 B; 2UU9 B; 5KYU B; 4BIO A; 3JTL O; 2JD3 A; 1KU9 A; 1PM9 A; 4TV9 B; 2XM0 A; 2ZDI C; 3U3B A; 3JAM N; 2NUP B; 2VS0 A; 4UCR A; 2F1M A; 2A0B A; 2RN9 A; 3UR3 C; 4Z9I A; 2P1A A; 2QM4 A; 3A0R A; 1F23 A; 3CC4 V; 3SYQ A; 5B3I A; 2EX3 A; 1YSC A; 4H44 B; 4PV1 B; 4YHH O; 5LXT A; 4G7R A; 3KL4 A; 4FM1 A; 5L3Q A; 4EWC A; 3RFR A; 1GN3 A; 3NMI A; 2J8W A; 3I4U A; 4FLW A; 1NVP D; 3L34 A; 4CBE A; 3ZS8 C; 2PYL A; 2WLM A; 4EEQ A; 4I9W A; 1XMO B; 2MK3 A; 3FD9 A; 2ZXW C; 5COM A; 3C18 A; 3HNI A; 2LFS A; 2CE4 A; 4GX2 A; 1EKY A; 1YHQ V; 1MZE A; 1CPR A; 4B7E A; 2GAQ A; 1QQC A; 1ZWI C; 4PA7 A; 5GTI Z; 4YJ2 A; 2E76 B; 5T1D B; 3EHB A; 3CRQ A; 1N36 B; 2G3V A; 1FFX A; 5FL7 G; 3T1C A; 5KMG A; 1TR2 A; 3VYW A; 5LYJ B; 3CE2 A; 5LBQ A; 2P90 A; 2Y69 C; 1Q0D A; 2YXH A; 1E86 A; 1N4C A; 1Z2G A; 3E8B A; 3OT7 A; 1VQ5 V; 3L71 H; 4JAS A; 1WN0 A; 3SXM A; 1MSD A; 1KB9 F; 3ASN B; 4DV6 O; 2A68 F; 1XOU A; 1JMW A; 3OMN B; 2EIM A; 4E2L A; 2YXL A; 3A2F A; 4I4T B; 4X1Y A; 3UT5 A; 2A0U A; 1GN4 A; 1WP7 A; 4O6M A; 4C7O A; 3E9V A; 2P61 A; 4JI5 B; 4J7Y A; 4CDY A; 2LGQ A; 2ZM6 O; 3GWO A; 2FTK A; 2KK1 A; 4JI1 B; 2YLD A; 4PEL A; 4MVQ A; 3CYO A; 3SPI A; 4LF4 B; 1VYI A; 4BJ1 A; 1PNK A; 3FAV B; 3NDB B; 1GKF A; 3AK1 A; 5H5N A; 4LF6 B; 4CSA C; 1L1F A; 3K58 A; 3CCJ V; 2GHY A; 4JI8 B; 4DR7 O; 1LUV A; 4LWS B; 3CB2 A; 3CME V; 1OR3 A; 4ZI7 A; 2V7Q G; 4PJJ A; 2NSF A; 4GUN A; 4YY3 O; 1R3L C; 3P30 A; 4QE9 A; 2YIB D; 3AG1 A; 3MHH C; 2EZO A; 3EH1 A; 3NYM A; 3BY6 A; 4CS8 C; 2P4K A; 1Z5W A; 1G1X B; 3JSN A; 2YLI A; 4HZ3 A; 1M57 C; 2IXM A; 2X7R B; 2ZXR A; 3C63 A; 2HFE C; 1MMD A; 3ASO B; 2YKZ A; 3ABL B; 5DEC A; 4IIJ B; 1A7V A; 2WVQ A; 3W4Y A; 1R1B A; 3AYF A; 3ZX6 A; 4KHP B; 2CH7 B; 2QKC A; 4CBC A; 3N2G B; 1IZM A; 3PDM P; 2AWY A; 5E33 A; 2EPN A; 2LD6 A; 1K4C C; 2W0F C; 2HHH B; 4JYA B; 5KHI A; 1ZHZ A; 4IGG A; 2YID A; 3RYF B; 1BZK A; 3S3B A; 2BC5 A; 2HJ3 A; 1MNG A; 1QVF U; 1JAF A; 4EBJ A; 3MX3 A; 2DYS B; 2IOQ A; 4K7B A; 2QR4 A; 3CCR V; 1H9G A; 4O4I A; 3KCX A; 1XIL A; 2J7P A; 4YWQ A; 1URF A; 2E75 B; 4WFG A; 3KYJ A; 2P22 C; 4FFB B; 4GYC B; 1V9P A; 4JI2 B; 5BUO A; 2HVK C; 3HKC B; 2RMK B; 3JSE O; 2ZKO A; 5C8Y A; 4WFH A; 2UXB B; 3S3D A; 2FGY A; 4ZHQ B; 3IFX A; 3A8T A; 4J10 A; 2W9Y A; 3C62 A; 4I7Z B; 4FM0 A; 1V74 B; 5LMU B; 2YQY A; 2DE0 X; 4HBN A; 3TXS A; 4JE9 A; 4YT4 A; 2JGU A; 1CXZ B; 1V55 C; 3MHS C; 5A6B D; 4QPJ A; 1BHA A; 1QPU A; 2WWW A; 1HR0 O; 2BL2 A; 3ZED A; 2Q5Z A; 4L87 A; 3NKE A; 1XME A; 3V5Y A; 2YIC A; 3S9O A; 1XI1 A; 4DV0 O; 1QLE C; 1PCX A; 3FFQ A; 5KHH A; 2M4E A; 4BG0 A; 3QO7 A; 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3B40 A; 3WFC B; 4GX5 A; 4DRX B; 1N33 O; 2XAH A; 2P67 A; 4LCU C; 5BQI A; 3J7A U; 3DM9 B; 1J8M F; 4MSW C; 5LMN B; 4P30 A; 4R6Z A; 2ZDI A; 2Y69 B; 1P7G A; 2RD9 A; 3ZVR A; 1I08 A; 4DRH B; 2P4V A; 3K5M A; 2YL0 A; 3ZRW B; 3WFD B; 2XLO A; 1I4Z A; 2PUS A; 1NJI W; 1BR4 A; 4J41 A; 3K08 A; 5D5Q A; 2ASR A; 1KC8 W; 2ZNI A; 1SRY A; 3RIP A; 1FJG B; 4NXN B; 3FYE A; 5J9P C; 5TJ5 E; 1B04 A; 3MDS A; 4J11 A; 4X1K A; 4BJ5 C; 1I94 B; 2XXA B; 3EG9 B; 4JI3 B; 4OIP F; 4F6R B; 4ZKI A; 5DJQ A; 4PD4 F; 5LP6 B; 1NLX A; 3D3I A; 2UXN A; 4DV1 B; 4K35 A; 2ZXW A; 3EFO B; 4JEA A; 1I5Y A; 2WA4 A; 3GAN A; 1K4D C; 1VQO V; 1QVX A; 3SDL A; 5KHJ A; 3FB5 C; 3GM2 A; 4IAQ A; 2Q00 A; 2LP7 A; 2LCH A; 2QWQ B; 2VB6 A; 4YL1 A; 3EZI A; 3VF0 A; 2GUZ B; 3JCU Q; 3LDC A; 1LR1 A; 2OTJ V; 4IYI A; 4J30 B; 1E1Q G; 2L7A A; 2DMX A; 4LFB O; 4WFF A; 1N34 B; 3APQ A; 4PJN A; 4D4N A; 4OD5 A; 4N21 A; 3B09 A; 1H2K A; 5JCO C; 4JRZ A; 1B3Q A; 4R32 A; 3EHN A; 1JOG A; 2YL1 A; 1BHB A; 2J7P D; 3CCM V; 2LQT A; 2ZE8 A; 1CGM E; 4OIO F; 1HNZ O; 2LP4 A; 4WJ0 A; 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