The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
240
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structure length |
240
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Chain Sequence |
ASSSLYRESGIISARQLALLQRMLPRLRLEQLFRCEWLQQRLARGLALGREEVRQILLCAAQDDDGWCAELGDRVNLAVPQSMIDWVLLPVYGWWESLLDQAIPGWRLSLVELETQSRQLRIKSEFWSRVAELEPEQAREELARVAKCQARTQEQVAELAGKLETASALAKSAWPNWQRGMATLLASGGLAGFEPIPEVLECLWQPLCRLDDDVGAADAVQAWLHERNLCQAQDHFYWQS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural evidence suggests that antiactivator ExsD from Pseudomonas aeruginosa is a DNA binding protein
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Unknown function
|
source organism |
Pseudomonas aeruginosa ucbpp-pa14
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molecule keywords |
Uncharacterized protein
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total genus |
85
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structure length |
240
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sequence length |
240
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chains with identical sequence |
B, C
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-11-25 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF16806 | ExsD | Antiactivator protein ExsD |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O9O A; 3OGI B; 3GWK C; 3TXQ A; 4ABM A; 3FAV B; 3G80 A; 4I0X B; 3FAV A; 4I0X A; 4LWS B; 2DE0 X; 4LWS A; 4GZR B; 1WA8 B; 1WA8 A; 3GVM A; 2VS0 A; 2AZ0 A; 2AZ2 A; 3Q4H B; 3ZBH A; 3Q4H A; 2VRZ A; 2KG7 B; 2KG7 A; 3HR0 A; 3TXS A; 2B9Z A; 3FD9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GO3 F; 1O7D B; 2XND G; 1WPB A; 2YIA A; 2KNV A; 4NXN B; 3AFH A; 2V1U A; 2DI0 A; 1OHH G; 3KOY E; 3ZRW B; 5IDJ A; 2XAJ A; 3E8G A; 2ERC A; 1ZSP A; 5CBF A; 2RNB A; 1JFF A; 2ADP A; 4KIK A; 3IG5 A; 1PM9 A; 5BR8 B; 2AZ2 A; 4GHL A; 1FPO A; 3RWR D; 1V34 A; 3ZHV A; 2Y4T A; 3WB0 A; 1QR9 A; 3AL0 C; 4DR1 M; 4DCN C; 1B04 A; 3RYH B; 4DUZ B; 3FD9 A; 4HAM A; 3L25 A; 3OEH G; 3K9P A; 3X2Q B; 1IBM M; 5L8R F; 3ETD A; 3BY6 A; 4IYI A; 2LXY A; 3R8F A; 2LNH C; 1T43 A; 3GQ5 A; 1LTM A; 4UCS A; 1TQT A; 5LMN M; 2D3O W; 5GTH Z; 3KZI Z; 4JI3 M; 1ZUQ A; 3RYF B; 5B3S C; 3UJN A; 4DBG B; 4FFB A; 3GPP A; 5LGU A; 4F4L A; 4DR3 B; 4JI0 M; 2UXB B; 1PJI A; 1VF5 B; 2ZE7 A; 3CXH F; 3FYC A; 4EZO A; 2L2D A; 5ITQ A; 1NVP B; 2Z3X A; 1NO1 A; 1IY0 A; 3U6Q A; 2F4V B; 4I4T B; 5IJ0 A; 3GPX A; 2OT5 A; 4DYL A; 4CBC A; 4DV1 B; 4MGH A; 4D82 A; 3U10 A; 2CV0 A; 4JN6 A; 1L1T A; 3QYE A; 3GO8 A; 3GLI E; 3EJR A; 4IIW A; 2LHG A; 1HNX O; 4LFA O; 1YF2 A; 4OU7 A; 5JQG B; 4YHH O; 2UU9 O; 4TV9 A; 5JCO C; 1B3Q A; 2JEX A; 3QO5 A; 4BNE A; 4Z8X A; 4LF6 B; 3G9G A; 1Y67 A; 3FB5 C; 1UPX A; 2EJS A; 3S3W A; 3TXQ A; 1Q81 W; 4DV6 O; 3CYO A; 4DV2 B; 4DR7 B; 3J80 N; 4WUR A; 1JVM A; 1NH2 B; 2XUM A; 3H4M A; 4AQY B; 3K5N A; 3U60 A; 1XNQ M; 4CH4 A; 4GIT A; 5KPZ A; 3JR4 A; 5H2F Z; 4NXM B; 3ML0 A; 1TH3 A; 3RYF A; 3RE8 A; 4OX9 M; 3ASO B; 2QXL A; 4JI1 M; 2K1E A; 3AG3 C; 5H6R A; 5IY5 B; 3ZHT A; 3OW2 U; 3C9P A; 4LF5 B; 1EM1 A; 2QTS A; 3T47 A; 1IY1 A; 4RF1 A; 4X1K A; 2E3C A; 1RPR A; 3K57 A; 4F6R B; 4KXR A; 3P30 A; 3CZN A; 3T1C A; 5ITY A; 3DOA A; 2XZU A; 3L75 H; 4BW5 A; 1OAO A; 5EXX A; 3THO A; 2W0X A; 4DXW A; 1VQP V; 2FIC A; 3A8T A; 5AG2 A; 5IYD O; 1AJQ A; 1JMK C; 3ETQ A; 4CC5 A; 2Y48 A; 1ZLZ A; 1SQV H; 4EFB A; 2DWL A; 1OCR B; 1FXH A; 1G8M A; 1MSW D; 1CP9 A; 4PCZ A; 3IC7 A; 4JWI A; 3B52 X; 4EZS A; 2LVQ D; 5LHH A; 2LH0 A; 1MSD A; 3BVO A; 4GX1 A; 5LXT A; 4NTY A; 3OMI B; 2L7I A; 4LJ7 A; 2EKK A; 2X3X A; 1XHX A; 2QHO B; 1R5E A; 3GLI B; 2VF7 A; 3FAV B; 4FJC C; 1N33 B; 2GUZ A; 1ZWW A; 3PXG A; 1VQ6 V; 3T1H B; 5FNV A; 1K97 A; 2ZAM A; 3AK3 A; 4CGY B; 1T3T A; 2UXX A; 4LF4 M; 4E2L A; 1FXV A; 1XOU A; 1LQ7 A; 1SXJ D; 3UKM A; 1WR1 B; 2FYU H; 4MVM A; 4N23 A; 2KHH A; 1FS0 G; 3J2P B; 3L2A A; 2AHY A; 4OPH A; 4LF9 M; 2DAM A; 3OWG A; 3GWO A; 4CH3 A; 4NXN M; 5GON A; 4IYH A; 3TE6 A; 4PEL A; 3T4D A; 1G4A E; 1PM5 A; 4AZ7 A; 2BE3 A; 1R3L C; 3A98 A; 3QNJ A; 1VQ1 A; 4G4O A; 1AI7 A; 2DVW B; 3B7N A; 4FM1 A; 5BR8 M; 1UPG A; 4PDM A; 2YI9 A; 4CS3 A; 5BR8 O; 2FE8 A; 2Z4S A; 3E8H A; 3OR7 C; 4UV8 A; 5EBW C; 1GAB A; 1ORY B; 5EXS A; 3RGB A; 3TET A; 1S0V A; 1K3E A; 2MR9 A; 2GF4 A; 1DLB A; 2QKS A; 4GUN A; 5LGT A; 4DUZ M; 3OD4 A; 2UUC B; 3F92 A; 1QNM A; 2R4E A; 4IM0 A; 2Q68 A; 1WGN A; 2KG7 A; 4IHJ A; 2ZXQ A; 4X88 A; 2WZJ A; 1VQN V; 1F4N A; 5JVD B; 1PL4 A; 1I94 M; 1RP3 B; 3SYC A; 2ODM A; 1NQT A; 3ZRV A; 4CC6 A; 2UUB M; 1TH2 A; 3L26 A; 1DGS A; 1YSY A; 5FL7 G; 4XBO A; 1QVF U; 1RSO B; 3E9S A; 3UK6 A; 1MZF A; 2D2C B; 3CAZ A; 1TH4 A; 1KU9 A; 1DGH B; 4IBI A; 1PNK A; 4H6H A; 4DR3 O; 2UXB O; 3K2L A; 3ZMV A; 3CP1 A; 3D2F A; 3F7Y C; 4NPH A; 4WCE V; 2Z8Y M; 1PJJ A; 1YSC A; 4HNA B; 5LYJ A; 5C8Y B; 4DR2 O; 4E3C A; 1H2N A; 1VF6 C; 3MJ5 A; 4IWP A; 3T4A G; 2F4V O; 4UFZ A; 2QTO A; 4U3J B; 4BW9 A; 5CBG A; 3O9O A; 5LP6 C; 2E5L B; 4ABM A; 1PPJ H; 4DV1 O; 1PNL A; 1TUE B; 3ZJZ A; 4GEW A; 4LFC B; 3T4Z A; 1XHB A; 4EIW A; 4CHT B; 1S72 V; 2WLN A; 1IBL M; 3TGU H; 4TOI A; 4R50 A; 4QE9 A; 2JUJ A; 4MTF A; 7CAT A; 1PL0 A; 4EEQ A; 5EBL C; 2LBC A; 2WLK A; 4MM3 B; 5EZY A; 3QA8 A; 3VFD A; 1GJS A; 2W0F C; 4LF8 O; 4EZT A; 2P4V A; 2X4A A; 5EJC A; 1SQF A; 4LF6 O; 1KYI A; 3UO3 A; 4WPE A; 5IT9 N; 2JDI G; 1YJ9 V; 4DV2 O; 4DR7 O; 1NSF A; 4PD4 F; 4AQY M; 2N3K A; 4LJA A; 3JSL A; 1YTF B; 4NXM M; 4ZI7 B; 4LWS A; 3D51 A; 4JF3 A; 3Q0K A; 2CE4 A; 1H2S B; 1V33 A; 2QNJ A; 3MAQ A; 1IXS B; 3K5M A; 2DQ0 A; 4I9Q A; 1OIP A; 2JS5 A; 2FOI C; 4Z2W A; 3K9A A; 4LF5 O; 3N2G A; 1TVK A; 4DV3 M; 3AOE C; 3ZCC A; 1I4T A; 3SAS A; 1OJL A; 3KOW E; 2Q69 A; 4FZP A; 2FH0 A; 2ZQM A; 1LR1 A; 5J2U A; 1G1X B; 4ZOL A; 1G71 A; 1Q5O A; 4HLQ A; 1KKC A; 1HP8 A; 3RV1 A; 1SU8 A; 2W6I G; 1G59 A; 4YJ2 B; 1DTO A; 3OMN B; 3QG5 A; 3PN1 A; 2G5G X; 4PA7 A; 2XEP A; 2YLA A; 5EYP A; 5L3G A; 1OCR C; 3P3P A; 4MVS A; 2ATK C; 3SYA A; 1IFY A; 1PP9 H; 2JWS A; 4GT1 A; 1HQY E; 1P84 F; 3SMP A; 2Y4U A; 2FTK A; 2QCU A; 1D2D A; 2ZE5 A; 5DED A; 3WB2 A; 1N33 O; 2H1R A; 4EKW A; 1Y74 A; 2QWO B; 1E9V A; 5BMV B; 3T1H O; 1SQQ H; 1AJP A; 1IN4 A; 1FXK A; 3M7G A; 2JJ1 G; 1XNR O; 1QUS A; 5CA3 A; 1YIT V; 1QZM A; 4S12 A; 3W67 A; 3VKH A; 2KHO A; 2AW9 A; 1EZJ A; 4B9Q A; 4K0K B; 4J80 A; 4FWD A; 3Q8G A; 3KP1 E; 1SU7 A; 4WF9 V; 4X1I A; 3OUS A; 4BBA A; 4JI6 B; 3LCV B; 3ABM B; 4B7E A; 3A42 A; 5E6J A; 2XSZ D; 2W82 A; 1XWI A; 2XAQ A; 2MH8 A; 5E1A C; 1MZE A; 3KS4 A; 4B7H A; 4IGG A; 4JTC B; 3MDS A; 3KG2 A; 3FKE A; 1R7R A; 1HDJ A; 1JOY A; 4R6Z A; 2QP9 X; 3AG1 B; 4UDX X; 4K8X A; 2Q67 A; 2UUC O; 2EUL A; 4PDI A; 4JYA M; 1OV9 A; 5GTI Z; 2KRK A; 3THG A; 2ZXW B; 5FPR A; 4JI2 B; 2P6J A; 1SXJ E; 4PA9 A; 2YL6 A; 3APO A; 3E8F A; 1Q8I A; 4Z6Y A; 4ZHQ B; 3QNI A; 5L3E A; 4JI7 O; 2UXD B; 2P5O A; 1N34 M; 4TUY B; 1AP6 A; 1LV7 A; 3KCX A; 5KHG A; 1KBH A; 3QF7 A; 1YE9 A; 1ZAE A; 2JA2 A; 3K0G A; 2ZAO A; 5C93 A; 1WA8 B; 2JNS A; 4LCB A; 1IX9 A; 1KYO F; 1L2C A; 2C2A A; 4PDR A; 4DV5 O; 1HWY A; 3G71 V; 3HHX A; 2QKW A; 1EIJ A; 1IN8 A; 4MVU A; 2RMK B; 5FTM A; 4O4I B; 2ZTD A; 3LQR A; 5CA1 A; 2JK5 C; 1XRE A; 2E5L O; 4QPJ A; 1ROP A; 3QWE A; 4LFC M; 4G6Z A; 1Q6I A; 1LNQ A; 3SJC C; 2QKC A; 3D8C A; 3DXR A; 2P22 C; 3JAK B; 4GZR B; 3B7Q A; 3HKE A; 3VQX A; 2K6B A; 2ZBK B; 1X37 A; 1SQG A; 3ABL C; 1L1F A; 5KX5 B; 2NLJ C; 2ZTC A; 4DR5 O; 1PGY A; 1XBL A; 2LVO C; 3Q4H B; 1S5J A; 4REZ A; 1P3Q Q; 2JY8 A; 3HKB A; 4UVB A; 3ZHU A; 3AJI B; 1GAX A; 1G3I A; 2BNK A; 2BOC C; 2OOB A; 2RGH A; 4FCW A; 2HG5 C; 1D0K A; 2L4E A; 1WP8 A; 3ASN C; 1Q6H A; 1TA8 A; 3JD3 A; 3RW0 A; 2Q12 A; 1CXZ B; 2JY7 A; 1G41 A; 3CF0 A; 3WHK A; 4I4L A; 5LHG A; 2LGQ A; 1IY2 A; 2CFO A; 5L3B A; 4WFB V; 2VQE B; 1E1Q G; 2O0I 1; 2BTQ B; 5DM6 V; 2N74 A; 5JWP A; 4EZN A; 2A7W A; 2DKL A; 1EBO A; 4MVO A; 1D2N A; 3U5Z B; 1R5L A; 1E1R G; 2DZL A; 1YIJ V; 1L0L H; 2EUC A; 2ALW A; 3JAS A; 2MRO B; 4FZ0 A; 3P32 A; 3D3Q A; 2WA4 A; 2OTL V; 3ACO A; 4I5S A; 2N35 A; 3B40 A; 3LCU A; 1V54 C; 2ETN A; 4QOZ C; 1G6U A; 3BVV A; 2DYR C; 2LTU A; 2YEV B; 4B3R M; 4J7Z A; 4KL1 A; 1JQJ C; 2EJ7 A; 4LNU A; 2YXL A; 4AI8 A; 5JH7 B; 1WJ7 A; 2A9H A; 4M9X A; 2EZO A; 4IIJ B; 2F93 B; 1GM9 A; 4JL9 A; 3FRI A; 2VDB B; 1THZ A; 3K0D A; 5B3S B; 1QQW A; 5EP4 A; 4UV9 A; 3I55 V; 5FTK A; 5C18 A; 3D36 A; 5KQD A; 2L4F A; 4KHP M; 3ILK A; 2QSA A; 1OJH A; 1YVW A; 2WA3 A; 3OAA G; 3SYO A; 3SJB C; 1IBK B; 2BCC H; 1YDX A; 4JI5 M; 3I01 M; 4F2L A; 5B5E Z; 2QBY A; 3CJH B; 3ZRW A; 1M1K W; 1GRJ A; 4K0K O; 1R1B A; 1DKX A; 4AVM A; 2R70 A; 5JI2 E; 4IJF A; 2KNZ A; 3T2M A; 2EX3 B; 5TIS Z; 2H94 A; 4FVM A; 2G8L A; 1TQU A; 3ABM C; 4XDK A; 4JI6 O; 3ZH9 B; 5H6Q A; 3HAH A; 4PO2 A; 1ENV A; 4OXS A; 3C3E A; 2K47 A; 4B3S M; 3GLH E; 4CZZ A; 5IWA O; 3CXC U; 1DV0 A; 2YL5 A; 3PJS K; 4PT5 A; 2HVK C; 1NVM A; 2YSU B; 3RYH A; 2EO2 A; 1BS3 A; 3W7W A; 4O4H B; 3SOG A; 3U61 A; 4DV4 B; 2M6Y A; 1R34 A; 5KMG A; 1F23 A; 4JYB A; 2L6O A; 3V76 A; 1N36 B; 4B3T O; 2D4C A; 1Q39 A; 1FFX B; 5IZ7 D; 4JI2 M; 1NS1 A; 3BA9 A; 4WFE A; 1PJS A; 4L78 A; 2ND1 A; 2YIV X; 4LFB B; 3OM3 B; 2Q4P A; 5KHH A; 4X64 B; 3CD6 V; 1IQP A; 3HJ8 A; 1K92 A; 3ZQJ A; 2UXD O; 2F7Q A; 3GRV A; 2HCB A; 3LVT A; 3FYD A; 3AG3 B; 4UVC A; 2B9Z A; 4FLU A; 1TTE A; 1BMF G; 3C7N A; 4BWA A; 1SZT A; 3EJT A; 2MK3 A; 3VOU A; 2OBL A; 4HYB A; 4FIP C; 2Z5U A; 3IFX A; 2O57 A; 1K9M W; 2BJV A; 2GSM B; 4BIU A; 2HHH O; 1F4I A; 2ZIM A; 4B3M B; 1K73 W; 1EFR G; 3U6D A; 2JIZ G; 2ND0 A; 3J81 N; 3SPI A; 2YXY A; 2Y21 A; 1ARO P; 2F66 C; 4GYC B; 3L9D A; 1D5A A; 1RPO A; 1UFI A; 4O2A B; 4LZJ A; 3FUX A; 4YY3 M; 2CK3 G; 3KKY A; 2O01 F; 3U6P A; 2WLL B; 4RNA A; 1WGL A; 1S5H C; 2LVA A; 2QEX V; 2DOS A; 4O4L B; 3B77 A; 3UIT A; 3BAB A; 1R4G A; 1AR5 A; 4RUE A; 3GLH B; 3OTO B; 4HR1 B; 4JAA A; 4P9O A; 3A45 A; 1H2K A; 4CH5 A; 2OYQ A; 1YJN V; 2OBM A; 5KBP A; 4MGK E; 2P06 A; 2X3V A; 3TL4 X; 4AKH A; 1MX0 A; 2XGN A; 3BA8 A; 3ABH A; 1GM7 A; 4NYK A; 2IJJ A; 3RGP A; 4F6R A; 1SXJ C; 4M9Z A; 2GAF D; 2VQE O; 1RM1 C; 4NL4 H; 1VQ5 V; 2XT9 A; 3T1Y B; 1PJT A; 5IYB O; 1XXH A; 1FD9 A; 2VQF B; 2Q7G A; 3O65 A; 3ETE A; 4JWE A; 1TQV A; 4QHS A; 4L8J A; 3U0Z A; 4IJE A; 2QWN B; 1EN6 A; 3VEB A; 1AIP C; 2C9C A; 4CJ6 A; 3K03 A; 3S3X A; 4F6E A; 5BY1 A; 3IGA C; 4FM2 A; 1JR3 A; 2Q2E B; 5EK0 A; 5FSW A; 4JYY A; 5C5B B; 2A79 B; 1OFH A; 3CKD A; 5EXP A; 4JNF A; 3AK1 A; 3FAV A; 2EJR A; 3BAA A; 3F7V C; 1XMO B; 4E81 A; 3BOS A; 1PKX A; 1QCE A; 2WLI A; 1K4C C; 4X62 B; 3AOG A; 1SC5 B; 3SHF A; 2WPD G; 2PI5 A; 1ZMU A; 3TCU A; 3I5D A; 3UM7 A; 1Z5V A; 2WSS G; 1OCC C; 3B9P A; 3ZBH A; 1OKS A; 1AJN A; 1OIZ A; 1M56 C; 3ZMZ A; 4G27 B; 3CCU V; 3E89 A; 4ASU G; 4DR2 B; 2LFS A; 1YXB A; 3A0B Z; 1IBK O; 2K9P A; 2CWB A; 2YXH A; 3CCS V; 1KUQ A; 2R4J A; 3SDL A; 1SA0 B; 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