The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
329
|
sequence length |
907
|
structure length |
906
|
Chain Sequence |
MIQKVITVNGIEQNLFVDAEALLSDVLRQQLGLTGVKVGCEQGQCGACSVILDGKVVRACVTKMKRVADGAQITTIEGVGQPENLHPLQKAWVLHGGAQCGFCSPGFIVSAKGLLDTNADPSREDVRDWFQKHRNACRCTGYKPLVDAVMDAAAVINGKKPETDLEFKMPADGRIWGSKYPRPTAVAKVTGTLDYGADLGLKMPAGTLHLAMVQAKVSHANIKGIDTSEALTMPGVHSVITHKDVKGKNRITGLITFPTNKGDGWDRPILDEKVFQYGDCIALVCADSEANARAAAEKVKVDLEELPAYMSGPAAAAEDAIEIHPGTPNVYFEQPIVKGEDTGPIFASADVTVEGDFYVGRQPHMPIEPDVAFAYMGDDGKCYIHSKSIGVHLHLYMIAPGVGLEPDQLVLVANPMGGTFGYKFSPTSEALVAVAAMATGRPVHLRYNYQQQQQYTGKRSPWEMNVKFAAKKDGTLLAMESDWLVDHGPYSEFGDLLTLRGAQFIGAGYNIPNIRGLGRTVATNHVWGSAFRGYGAPQSMFASECLMDMLAEKLGMDPLELRYKNAYRPGDTNPTGQEPEVFSLPDMIDQLRPKYQAALEKAQKESTATHKKGVGISIGVYGSGLDGPDASEAWAELNADGTITVHTAWEDHGQGADIGCVGTAHEALRPMGVAPEKIKFTWPNTATTPNSGPSGGSRQQVMTGNAIRVACENLLKACEKPGGGYYTYDELKAADKPTKITGNWTASGATHCDAVTGLGKPFVVYMYGVFMAEVTVDVATGQTTVDGMTLMADLGSLCNQLATDGQIYGGLAQGIGLALSEDFEDIKKHATLVGAGFPFIKQIPDKLDIVYVNHPRPDGPFGASGVGELPLTSPHAAIINAIKSATGVRIYRLPAYPEKVLEALKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Kinetic and Structural Studies of Aldehyde Oxidoreductase from Desulfovibrio Gigas Reveal a Dithiolene-Based Chemistry for Enzyme Activation and Inhibition by H2O2.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
|
molecule keywords |
ALDEHYDE OXIDOREDUCTASE
|
total genus |
329
|
structure length |
906
|
sequence length |
907
|
ec nomenclature |
ec
1.2.99.7: Aldehyde dehydrogenase (FAD-independent). |
pdb deposition date | 2013-09-27 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
A | PF01315 | Ald_Xan_dh_C | Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain |
A | PF01799 | Fer2_2 | [2Fe-2S] binding domain |
A | PF02738 | Ald_Xan_dh_C2 | Molybdopterin-binding domain of aldehyde dehydrogenase |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | [2Fe-2S]-binding domain | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 | Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FFU B; 5H8Y E; 1KFY B; 5G5G A; 2QJL A; 3AEB B; 4ITK A; 3EUB 4; 1UWM A; 1RM6 A; 4YSX B; 1J7B A; 1V97 A; 3VR8 B; 3AE4 B; 1KRH A; 1FRR A; 3NVY A; 1L6V A; 1FM0 D; 2WDV B; 3SR6 A; 2W55 A; 1SB3 C; 4A9A A; 1E7P B; 1XLN A; 1FXI A; 1I7H A; 1QOB A; 5GXG B; 3NVV C; 1FFU A; 3ETR C; 1L0V B; 4JWS C; 1QOF A; 5EE1 A; 3SFE B; 2K5P A; 4YTP B; 2FBW B; 1JRP B; 2EKI A; 3NS1 A; 1OQQ A; 2W54 B; 1TYG B; 2MJD A; 2G1E A; 4C80 A; 1VLB A; 3FC4 A; 2WQY B; 1V8C A; 3NVV A; 2DBY A; 1N60 B; 1NEN B; 3NVW A; 3BII D; 3ABV B; 1FMA D; 1L6U A; 3RPF C; 2OHF A; 4USA A; 3DWM A; 2WDR B; 3FAH A; 1KF6 B; 1DOI A; 2MJE A; 1JRP A; 1QF6 A; 1N5W B; 2W54 A; 2QIE B; 1PUT A; 1TJE A; 1GPX A; 1JWA D; 1OFF A; 4ZOH C; 1E9M A; 2ACZ B; 3WCQ A; 5MPO A; 4YXD B; 1ZOY B; 4N58 A; 1AYF A; 3CIR B; 1CZP A; 1VJK A; 2BT6 A; 2WU2 B; 1FIQ A; 3P63 A; 3P4R B; 2LEK A; 5H92 C; 3B9J C; 3P4Q B; 3NRZ C; 1T3Q A; 4WWM A; 3EUB 2; 2PVO D; 1DOY A; 1ZP0 B; 1N62 B; 4N59 A; 3AE7 B; 3CWI A; 1FFV B; 3AE2 B; 1WXQ A; 4JWU C; 1CJE A; 3AEA B; 1N5W A; 2AX5 A; 1WGK A; 2CJO A; 1SF0 A; 1L5P A; 2K22 A; 5AUK A; 1RYJ A; 1JWB D; 1PFD A; 1R7S A; 3AEG B; 5G5H A; 2HTM E; 3HRD B; 2Y5C A; 3AM9 A; 1QT9 A; 4US8 A; 4YSZ B; 3W9C B; 2B76 B; 4YTN B; 1XLQ A; 3HUI A; 1JAL A; 2WLB A; 4JX1 C; 1EWY C; 3L4P A; 1GAQ B; 3PO0 A; 3SFD B; 1SB3 A; 1YJJ A; 2PIA A; 1A70 A; 1N62 A; 1FFV A; 1N61 B; 1NYQ A; 3AEC B; 1DOX A; 3AMZ A; 3ETR A; 2N0S B; 3NVZ C; 2WU5 B; 2H88 B; 4YT0 B; 1AWD A; 3B2F A; 3DWG C; 2CU3 A; 1WWT A; 1RFK A; 1JRO B; 2W3R B; 1B9R A; 1NVI D; 1NEK B; 3HRD A; 1NI3 A; 3AH7 A; 1PDX A; 1N63 B; 3P1M A; 3VRA B; 3AEE B; 3AE5 B; 4C7Y A; 2CJN A; 3LB8 C; 2WP9 B; 3HRD D; 5C3J B; 1RM6 C; 1OQR A; 4ZHP A; 4LTU A; 2JX5 A; 5C2T B; 1FRD A; 3B2G A; 1QOA A; 3AE1 B; 3P4P B; 2WS3 B; 1YQ3 B; 1WYG A; 3NVY C; 1N60 A; 2M19 A; 1TKG A; 1N61 A; 1E0Z A; 3HVZ A; 1IUE A; 3SR6 C; 3VR9 B; 1J7A A; 3VRB B; 3P4S B; 5EE9 A; 1JRO A; 2W3R A; 2W3S B; 4N6E B; 1TKY A; 2KAJ A; 1SIJ A; 2KMM A; 5AUI A; 1N63 A; 3LXF A; 4ZOH A; 3AEF B; 2E3T A; 2JQR B; 1FXA A; 1XLO A; 2PVG C; 2DWQ A; 3NS1 C; 2L83 A; 4ZHO A; 1ZXI B; 2MH7 A; 2PKO A; 5EE0 A; 3AV8 A; 3B9J A; 4KX6 B; 3NRZ A; 1WRI A; 1DGJ A; 4US9 A; 1JQ4 A; 4WQM A; 3NVW C; 4YTM B; 1TKE A; 1E6E B; 1XO3 A; 1QLB B; 1RWS A; 2W3S A; 3W5U B; 4YSY B; 1J7C A; 3AN1 A; 1E10 A; 2L52 A; 1N5X A; 2BS3 B; 3AE8 B; 1VDV A; 3AE3 B; 1QOG A; 3AE9 B; 1ZUD 2; 1F0Z A; 5EE3 A; 3KWL A; 2K9X A; 2M56 B; 2Q5W D; 3ZYY X; 1JW9 D; 2MJ3 A; 4IDI A; 1ROE A; 1ZXI A; 4HRS A; 2WDQ B; 3AE6 B; 1YQ4 B; 4C7Z A; 3W5V B; 3AED B; 1YJI A; 2BS2 B; 4HRO A; 1FIQ C; 1FO4 A; 3NVZ A; 3AB5 A; 4P6V F; 2W55 B; 2BS4 B; 1XLP A; 2H89 B; 1NYR A; 4FXC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1T6B X; 2CPR A; 4WWN A; 5JVH J; 1FFU B; 2G9H D; 3N97 B; 3MDC A; 1UZX B; 5DDY A; 5BMH A; 2K8C B; 5HR7 A; 2HJ8 A; 3NHE B; 4HLE A; 3WKA A; 2H3V A; 3IHQ B; 2ATL A; 4NAW A; 1PGX A; 1JJ2 H; 4HPM B; 3Q8K A; 2RDB C; 4I9A A; 2LUE A; 2O6V B; 4C8M A; 2MX2 A; 3AEB B; 4RNA A; 2WXM A; 4CCH A; 1T4G A; 1COO A; 4RQ7 A; 4M9G A; 2KT7 A; 4IC9 A; 1FNU A; 3GIJ A; 2TSS A; 2JXJ A; 3FYH A; 4UB8 U; 5E6O A; 5CB1 A; 2FI1 A; 1UWM A; 4YSX B; 4MEX A; 4F3O A; 4HCP B; 4I6P A; 1S0V A; 5KFX A; 4RM8 A; 1V97 A; 2W7P A; 5BMG A; 2KVR A; 5FR6 A; 2LFI A; 2KDI A; 1WIA A; 1MHX A; 3P2B A; 5GAG N; 2LGX A; 4ACO A; 2GI9 A; 1KRH A; 3V7K A; 3HVD A; 4GDK B; 4KN4 A; 2G4S A; 2ZTD A; 3S2A A; 2J7Q B; 3PR5 B; 4ELV A; 4C4R A; 4F50 A; 4UBB A; 4BKS D; 1R4M B; 3RFA A; 3A9K A; 5KG6 A; 3PMN A; 4GXB A; 1VQP H; 2UVU A; 4O5E A; 3E56 A; 3ML8 A; 5EWF A; 5BO4 B; 2ZNV C; 4A9A A; 8ICA A; 3KUC B; 3LDA A; 1MN8 A; 4QWB A; 4KLD A; 4NLG A; 4A3P A; 8ICZ A; 4IR1 A; 1ZQV A; 1UF0 A; 4GA6 A; 1I7H A; 5EDS A; 3DBR I; 5GAH N; 2EZY A; 2R8H A; 2AGQ A; 1EF1 A; 2Q5W E; 5D2M B; 4YR0 A; 4K81 A; 1H4R A; 1I4Q A; 3AU5 A; 4JMU A; 4F71 A; 3C2O A; 8ICI A; 4FN2 A; 3ZLZ A; 5LXH A; 1X1O A; 2BQR A; 2KIV A; 5DPR A; 1WWV A; 5KFZ A; 3Q8A A; 4DHJ B; 2LZ6 A; 3GE3 C; 1LKY A; 3BWU D; 9ICE A; 4K1R B; 5KNI A; 4B9L A; 2DYO A; 2FCN A; 4LHM A; 3MGI A; 8ICL A; 2ZUD A; 2FBW B; 4H2A A; 1JRP B; 2WXJ A; 4A3O A; 5KL1 B; 2VA3 A; 2EKI A; 3NS1 A; 1E8Y A; 1OQQ A; 4R63 A; 3L08 A; 1L4D B; 5CP2 A; 4Y2R A; 1S5L U; 2M8S A; 2BTE A; 4RM9 A; 2YX8 A; 2F8L A; 1NKB A; 2KDB A; 4LK0 M; 2KTR A; 3NJT A; 5KHO A; 4XRH A; 1YJ9 H; 2DZK A; 5KAI U; 2G1E A; 3UMB A; 1WZ3 A; 2BVC A; 3FC4 A; 4YCX A; 1SE9 A; 2WXH A; 3EGR A; 1OXJ A; 3PV8 A; 1V8C A; 2KWD A; 5CTR C; 5GTH U; 2LGI A; 2KEY A; 4WJQ A; 5DM7 J; 5KG0 A; 2GO7 A; 3O0F A; 1NK9 A; 3EYZ A; 2AL6 A; 3NVV A; 2NBU A; 1YD8 U; 5J0R A; 1WJ4 A; 2NO4 A; 2N9K A; 4LJX A; 5DGB A; 9ICC A; 1CMX B; 2JV3 A; 1IBX A; 1GC6 A; 3PR4 A; 2BPF A; 2J0K A; 2BWF A; 1SJE D; 2E8M A; 4P1B C; 1FMA D; 1V49 A; 4QWD A; 3H0L B; 2N9L A; 1L7Y A; 2JWZ A; 3G6Y A; 4E3C A; 2KSO A; 1MQ3 A; 1KLU D; 1KD1 J; 4USA A; 1ZOL A; 3W1Y A; 3DHH C; 1Z00 B; 3T5K A; 2RGF A; 3ZO5 B; 1ZQX A; 1KF6 B; 4HDO A; 1SGH A; 4E74 A; 4RGO S; 3H0M B; 1JXL A; 1VCB A; 1P7D A; 2L1A A; 3H7I A; 3ECI A; 1MJD A; 1S3S G; 1ZQT A; 1SZH A; 2VH1 A; 3M62 B; 1WE6 A; 5KG5 A; 2YMP A; 3TAC B; 2I1O A; 4WJO A; 3GS2 A; 1VQL H; 5AK6 A; 3TEZ A; 4P4O A; 3RB0 A; 4I2C A; 4PHP A; 9ICJ A; 1XF5 L; 1L2N A; 1T94 A; 3JPT A; 3C5F A; 4ZOH C; 3MJ5 A; 3ZD8 A; 3RNG C; 3WK6 A; 3N32 A; 1TS2 A; 3GV5 B; 2VZK D; 3WCQ A; 4DSF A; 4OZB A; 1A76 A; 3SAH A; 4QZI A; 2E5S A; 3RJK A; 4RQN A; 3CNH A; 3SV4 A; 4OZA A; 4CF5 A; 2XID A; 3IT6 B; 1ISN A; 2XK5 A; 3DQV A; 3Q3J A; 3CCJ H; 1AYF A; 4KGR A; 4EYH B; 3ETL A; 4KMU A; 5J2B A; 4IRC A; 2K25 A; 1VJK A; 1ZKH A; 4C4S A; 2HDE A; 4CF4 A; 3QUB A; 4ECX A; 3P4R B; 3J81 j; 1FCC C; 2LGS A; 3P4Q B; 4KX3 A; 2B7Q A; 3TAP A; 1C79 A; 1FNW A; 2JHD A; 3E9S A; 1T3Q A; 1YTE A; 2JU6 X; 4PK1 A; 1L3T A; 2QB1 A; 4R64 A; 2PVO D; 3BZK A; 4RGT A; 7ICP A; 4RQ4 A; 2LRU A; 4I6N B; 4IRK A; 2FMQ A; 5HMM A; 3RJG A; 1I4H A; 2W8L A; 4J9L A; 2CXY A; 2V4L A; 3PZD A; 1VQ6 H; 1N62 B; 4N59 A; 4BX9 C; 3AE2 B; 4F7Z A; 4WFA J; 1JWS D; 2GLS A; 2DQN B; 2W9C B; 3T3F A; 4JWU C; 4LNI A; 4AP8 A; 3H8S A; 2ZIW A; 4MFA A; 2MWS B; 1CJE A; 4EEL A; 5IIL A; 2K8B A; 2HDO A; 2R18 A; 3Q14 C; 4CRX A; 3QE9 Y; 3A9J B; 3A1Q A; 4QJF B; 2A19 A; 2CJO A; 4RPY A; 5IIK A; 3RFZ B; 2K22 A; 3HJE A; 2PI5 A; 2D3B A; 2OJR A; 1WCN A; 3K9O B; 1PFD A; 4P0P A; 4BDP A; 4M00 A; 5CEH A; 7ICH A; 3WKE A; 3THV A; 5AIC A; 3HRD B; 4DQR A; 5L1M A; 1MA7 A; 2J0J A; 2N4F A; 5MLC O; 3RTV A; 1RDF A; 4IQU A; 2LM1 A; 1QT9 A; 2RMM A; 5DGA A; 4US8 A; 1EUV B; 2R2O A; 4GDL A; 3C1Z A; 4IM0 A; 2B76 B; 1GG3 A; 3HT3 A; 1XLQ A; 4M01 A; 1X42 A; 3ZJV A; 3GZF A; 2R61 A; 4O3R A; 5J0Y A; 2GLE A; 2O6V D; 2BDP A; 1N56 A; 3KW5 B; 2RLT A; 4P1C C; 2GMI C; 1NVJ A; 3WK8 A; 2AGP A; 1GAQ B; 4PS7 A; 5EY3 A; 2RP5 A; 4EZJ A; 1XCT L; 1SB3 A; 2DL0 A; 1YJJ A; 1HEZ E; 5DDM A; 4NY8 A; 4B9K A; 2K4H A; 4DL4 A; 2KYW A; 3JSV B; 4MGZ E; 2HBM A; 1WCL A; 5AHX A; 3V7L A; 3BDP A; 1M94 A; 3ISC A; 3PSE B; 2EMS A; 2OXO A; 5CHG A; 1LQB A; 2HW3 A; 1FFV A; 1C20 A; 3C2R A; 2HHU A; 3IHP C; 3PW4 A; 4L2Y A; 3I56 H; 1BPY A; 7ICT A; 4UB1 A; 3ETR A; 2R2Q A; 1MVK A; 2ZTE A; 3T5H A; 2DPJ A; 1T0Q C; 1GUA B; 4YT0 B; 2ZEQ A; 3B2F A; 5ALR A; 3DWG C; 1K5O A; 3JW0 X; 1AQ6 A; 2PLP A; 3EZ5 A; 1BUI C; 4I29 A; 2ISO A; 4N9F 4; 5AKG A; 3UXP A; 4O3S A; 3KTQ A; 2PFO A; 5DM6 J; 4J9O A; 1RQN A; 1YIW A; 2OED A; 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3ZJU A; 3MGV A; 3ZRC A; 5KFY A; 2IO1 B; 4F5P A; 4FS1 A; 2BQQ A; 1T7P A; 1ZGU B; 2JYE A; 3AU4 A; 2KFN A; 3UIP B; 4B0M A; 2OEH A; 2L0T A; 3R2I A; 1S72 H; 3BYY B; 2PVG C; 1S8O A; 3BVM A; 2KK0 A; 5ALU A; 5AKY A; 1NNL A; 1BPE A; 3NS1 C; 3MFI A; 4IM3 A; 3NOB A; 4NQK E; 2L0F A; 1WJU A; 4IWQ A; 3GIM A; 5KFC A; 2V4I B; 2LMR A; 4RF1 A; 1R4N I; 2C7M B; 1SE3 A; 3X0W A; 1QPO A; 1BML C; 2W9B A; 2IO2 B; 4UAR A; 1ZE3 D; 2PKO A; 3AV8 A; 4DS5 A; 5T14 A; 1MHH E; 2L76 A; 3CMM B; 2JY6 A; 3IAM 1; 4EKU A; 5LNK 1; 2KZR A; 3NRZ A; 5J2J A; 1K50 A; 2C5L C; 1DGJ A; 2MUT A; 4US9 A; 4JK1 A; 1K8A J; 3M8S A; 1D4B A; 2XCA A; 2BWE S; 3RNF C; 2NR2 A; 2SAK A; 4F4Y A; 2IOF K; 1VZ8 A; 3G6V A; 4YTM B; 1XXG A; 3TJP A; 4WUR A; 3AEV A; 4LVS A; 4HXD A; 1ZQB A; 4Q8F A; 3N3K B; 2EZZ A; 5AI4 A; 2ZIU B; 3ONN A; 1B43 A; 3UQA A; 3RJJ A; 2UYZ B; 8ICO A; 4CHK A; 1QPN A; 7ICS A; 1ZQD A; 4UAT A; 2KAC A; 1SWW A; 7ICQ A; 2D07 B; 2DF4 B; 1L3U A; 1N5X A; 3TUO A; 2EAP A; 4F91 B; 3Q3F A; 5E79 U; 4C8N A; 5HNK A; 1X1M A; 1D8L A; 4GA5 A; 4BWJ A; 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