The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
386
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structure length |
386
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Chain Sequence |
SERVVINISGLRFETQLKTLAQFPETLLGDPKKRMRYFDPLRNEYFFDRNRPSFDAILYYYQSGGRLRRPVNVPLDIFSEEIRFYELGEEAMEMFREDEGYIKEEERPLPENEFQRQVWLLFEYPESSGPARIIAIVSVMVILISIVSFCLETLPIFRDENEDMHGGGVTFHTYSQSTIGYQQSTSFTDPFFIVETLCIIWFSFEFLVRFFACPSKAGFFTNIMNIIDIVAIIPYYVTIFLTESNKSVLQFQNVRRVVQIFRIMRILRIFKLSRHSKGLQILGQTLKASMRELGLLIFFLFIGVILFSSAVYFAEADERDSQFPSIPDAFWWAVVSMTTVGYGDMVPTTIGGKIVGSLCAIAGVLTIALPVPVIVSNFNYFYHRET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a pore-blocking toxin in complex with a eukaryotic voltage-dependent K(+) channel.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein/toxin
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule keywords |
Voltage-gated potassium channel subunit beta-2
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| total genus |
133
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| structure length |
386
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| sequence length |
386
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| chains with identical sequence |
H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00520 | Ion_trans | Ion transport protein |
| B | PF02214 | BTB_2 | BTB/POZ domain |
| B | PF00520 | Ion_trans | Ion transport protein |
| B | PF02214 | BTB_2 | BTB/POZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Voltage-gated potassium channels. Chain C | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Potassium Channel Kv1.1; Chain A | Potassium Channel Kv1.1; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ASO C; 2AHY A; 3RVZ A; 3IGA C; 4BGC A; 2Q68 A; 4ZBM A; 3F7Y C; 3KG2 A; 1LM8 C; 4MTF A; 4RO2 A; 3SYC A; 5BO4 C; 4PA7 A; 4R50 A; 1CS3 A; 4W9F B; 4CXT A; 4W9H B; 2KYH A; 2WLJ A; 2HG5 C; 3SYP A; 1R28 A; 3K04 A; 4TWK A; 4MVR A; 5BZB A; 4AJY C; 2A0L A; 3AG1 C; 1OCO C; 3ABK C; 2BOB C; 3R65 A; 5CBH A; 1R29 A; 3T4D A; 3DRZ A; 3OHU A; 2IHC A; 1ORQ C; 2P1M A; 3OR7 C; 4CBC A; 1KKD A; 2W0F C; 4UYI A; 2YY9 A; 1NEX A; 4PDR A; 3ZNG B; 1XL6 A; 4AWJ B; 3K0D A; 2WLK A; 4JTD B; 1M57 C; 3HQI A; 3L2O A; 3ZTC B; 4QE7 A; 2ASS A; 4MVZ A; 4BKS B; 3I3N A; 5A6R A; 4WFH A; 2P1O A; 1OCZ C; 4UUJ C; 3LDD A; 3ZRC B; 3SJQ C; 1DSX A; 4QE9 A; 2ATK C; 1K4D C; 3OUF A; 3C6P A; 3SPC A; 4UIJ A; 2Q69 A; 3RBZ A; 3E8B A; 4HYO A; 4RUF A; 2QTO A; 2HJF C; 4W9G B; 4CRH A; 3IFX A; 2MA9 C; 1EXB E; 3HVE B; 2ITC C; 4RAI A; 5EBM C; 2X6A A; 4J9Y B; 3X2Q C; 2FNJ C; 2PPI A; 5J9P C; 5EUP A; 2QKS A; 1BUO A; 2R9R B; 3SYA A; 4MVS A; 2AST A; 2ITD C; 3WSO B; 3F5W C; 4OXS A; 1T1D A; 2AHZ A; 3PJS K; 3HVE A; 3K08 A; 4JTC B; 1EOF A; 2YEV A; 3ASN C; 2A9H A; 4MW8 A; 3HU6 A; 4BKT B; 4MS2 A; 2WLI B; 4B9K B; 3SPI A; 1R3I C; 1R3K C; 2IH3 C; 1EOD A; 3LNM B; 3FB8 C; 4HZ3 A; 4N9F 5; 3ZJZ A; 4AP2 A; 2NZ0 B; 2Q6A A; 1ZWI C; 5HYW B; 5EC1 C; 3STZ C; 3OGM A; 4W9J B; 3AG2 C; 2WLI A; 4U2N A; 1OCR C; 3F7V C; 2E31 B; 1ORS C; 1FQV B; 1R2B A; 1M56 C; 4MW3 A; 4PDL A; 2P1Q A; 2OCC C; 4U77 A; 3RW0 A; 5DAF A; 4JGH C; 4EKW A; 4MVQ A; 1J95 A; 1R3J C; 4W9I B; 3BEH A; 4PDV A; 3E86 A; 1QLE C; 5B1B C; 2H8P C; 3T2M A; 4GX5 A; 4J8Z A; 3MKS A; 4G28 B; 1FS2 B; 4CXI A; 3SYO A; 1S1G A; 4KFM A; 2BOC C; 3LUT B; 4PA9 A; 3EFF K; 1V54 C; 4GX1 A; 2A79 B; 4W9E B; 2I2R A; 2OVQ A; 4XDJ A; 4GX2 A; 2HVK C; 4PA3 A; 2VKP A; 3UKM A; 4R8C A; 3SPJ A; 4RUE A; 3E83 A; 1VCB B; 2HVJ C; 1NN7 A; 2HFE C; 5LLI B; 3TCU A; 3T4Z A; 3E8G A; 2WLH A; 1G4Y B; 5E1A C; 4GX0 A; 4W9L B; 3GB7 C; 3ZTD B; 5B1A C; 3LBZ A; 2P7T C; 3E8H A; 3LDC A; 4W9D B; 2ZD9 A; 4BW5 A; 3STL C; 4EOZ A; 5KUK A; 3E4U A; 3OGK A; 4X8A A; 5CBG A; 3ZRF B; 2JK5 C; 2WLM A; 2DYS C; 5DAD A; 3ZKJ B; 3RVY A; 2WLL B; 2EIK C; 3M4T A; 4MTO A; 4WFF A; 4I6J C; 5B3S C; 4PDM A; 5FTA A; 5CBF A; 2Z8H A; 2EIM C; 5BXB A; 5H7G A; 2DYR C; 5KUM A; 2C9W C; 4R6Z A; 3DCG B; 1JVM A; 5BXD A; 3ZRS A; 2WLL A; 2WLN A; 1QDW A; 4PA6 A; 4P9O A; 3T1C A; 2NN2 A; 3C6N A; 5EK0 A; 3OHV A; 1FS1 B; 5IY5 C; 4LP8 A; 3M52 A; 3SYQ A; 3K06 A; 4P2Z A; 3WG7 C; 4CXJ A; 1K4C C; 3ABM C; 3LDE A; 2JZ3 C; 1LDK D; 5EBL C; 3FB7 C; 4F4L A; 1P7B A; 2P1N A; 4H37 A; 2OVP A; 2DWE C; 5H7H A; 3AG3 C; 4MVU A; 1A68 A; 3TET A; 3UM7 A; 4W9K B; 3M5B A; 3K0G A; 4U2M A; 5JH5 B; 1S5H C; 4R7C A; 3B84 A; 4H33 A; 1EOE A; 2EIN C; 4LBE C; 2Y69 C; 4G27 B; 3C6O A; 3FKC A; 4X88 A; 3V7D A; 4APF A; 4PA4 A; 1HV2 A; 1R3L C; 4MVM A; 3OUS A; 4CP3 A; 4MSW C; 3OR6 C; 4J9Z B; 4B9K E; 1OCC C; 4XDL A; 2EIL C; 4I9W A; 4MTG A; 2DWD C; 2VPK A; 4P30 A; 3FB5 C; 2IZV C; 5EBW C; 2Q67 A; 3KVT A; 2NLJ C; 4WFE A; 4W9H H; 3ABL C; 1P22 B; 2IF5 A; 3HPL C; 3VOU A; 1BL8 A; 1XL4 A; 4QNH B; 2X6B A; 2EIJ C; 3ZUN B; 3SPH A; 3M8V A; 4LCU C; 1V55 C; 4P9P A; 3AG4 C; 3GA1 A; 5BXH A; 2IH1 C; 4MVO A; 1LQB B; 3SPG A; 3E8F A; 3FB6 C; 2KB1 A; 2K1E A; 4WFG A; 3OGL A; 2Q81 A; 4WQO C; 4DXW A; 3E89 A; 2E32 B; 5EC2 C; 4B95 B; 5A15 A; 2ZXW C; 5HZG C; 4HXI A; 4X89 A; 3HTM A; 1LNQ A; 1QDV A; 4JTA B; 3BIM A; 4W9C B; 2OVR A; 2P1P A; 5IBK A; 3JYC A; 2X6C A; 4XDK A; 3OGC C; 3K03 A; 4ZOU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IX9 A; 3K9S A; 3ASN B; 3RVZ A; 1GN4 A; 2P90 A; 1ZHZ A; 5FCL A; 1Q8I A; 1Q5O A; 4U7O A; 4JI7 O; 2B0J A; 5ITZ B; 4JI8 B; 1Y76 A; 3S3X A; 3T1H O; 5CA3 A; 2MK3 A; 2RCV A; 1XNR B; 1SF8 A; 4W8K A; 3ZC4 A; 3QVZ A; 4KNV A; 4W9F B; 1VYK A; 1Q0D A; 5A69 A; 4O2B A; 2X0C A; 4DK0 A; 1S05 A; 2KYH A; 4XPY A; 3RYH A; 2HG5 C; 3SYP A; 1R28 A; 4ZOL A; 3U3B A; 3AK2 A; 3W7T A; 5CA1 B; 4AJY C; 5H9C A; 1RSO A; 2A0L A; 3DJU B; 4UDV A; 4LH6 A; 3Q7L A; 4LER A; 3AG1 C; 3EG9 B; 4Q4Z F; 5BQH A; 3POV A; 2IW5 A; 2ADP A; 3LAY A; 1OJH A; 4BJ5 A; 2QE9 A; 4WF9 V; 5KMG A; 3KPH A; 4YXW G; 3B2E E; 3ZHV A; 4EB6 A; 1R29 A; 3OTO O; 4K7B A; 4O6Y A; 4MND A; 1G8M A; 2WA3 A; 3TJ6 A; 4JI5 O; 3FX7 A; 1ORQ C; 2R05 A; 5COG A; 4G78 A; 2GTA A; 1DGS A; 2IXN A; 4I5S A; 2Y39 A; 1M4U A; 3P3P A; 2YY9 A; 1C17 M; 2F43 G; 2GFH A; 1QCE A; 2QWO B; 3AEI A; 1APC A; 4QIW F; 2ZIO A; 1UJW B; 4B3M O; 4AWJ B; 4R32 A; 3W7W A; 4D4X A; 3K0D A; 3CP1 A; 1SS3 A; 3HLZ A; 2WLK A; 2PGG A; 4JTD B; 3RWR D; 1LM3 B; 4OGQ B; 1D5A A; 4ZLC A; 2YL1 A; 2EJR A; 3L2O A; 2IJJ A; 1LI5 A; 3RFR A; 3AOU A; 3UMH A; 3CS5 A; 5L0D A; 3ZRX A; 1RKE B; 1B68 A; 3LDD A; 3JYY A; 4YK5 A; 3ZRC B; 2EIL B; 3DAG A; 3SJQ C; 4LR3 A; 1KQS U; 2LK4 A; 1DSX A; 4DV2 B; 2ATK C; 1O3U A; 2CNW A; 5DM6 V; 5IJ9 A; 1BZ4 A; 2NSG A; 2LQT A; 4YL3 A; 2LGW A; 5L3G A; 2Q9C A; 4E4E A; 2Y3B A; 5H6R A; 1RJ9 A; 2V1D A; 1MNE A; 4UVA A; 1ZL8 B; 1HW2 A; 1XMO O; 5CIV A; 2QSA A; 1SQP H; 3SDL A; 2UXD O; 3LS1 A; 1SQB H; 4PJJ A; 4W9G B; 4CRH A; 4XLN F; 2MHR A; 2MA9 C; 5LHG A; 4FES A; 1EXB E; 1F1M A; 2Q5Z A; 4XPX A; 3FXH A; 4ZGC A; 4JI1 B; 4F6R A; 3S9O A; 4DR4 B; 2V7Q G; 2R7R A; 2EIJ B; 1SQV H; 2YEV B; 4J9Y B; 2DQ0 A; 2HHH O; 5T3W A; 2FNJ C; 2LFR A; 3OAA G; 4J7K A; 5KYU B; 1BUO A; 2JPU A; 2JRI A; 4XPW A; 4U7N A; 4O6M A; 4DR5 B; 1BT8 A; 4MVS A; 1MZE A; 3WSO B; 3F5W C; 3U2L A; 3WHN A; 1PM9 A; 4HE8 D; 2QLA A; 4NB5 A; 5LP6 C; 1Q82 W; 3B8N A; 3TJ5 A; 1GAX A; 5C8Y A; 2A0U A; 2LJ2 A; 2XHB A; 4ULW A; 1VEW A; 4I50 B; 2WLI B; 2IM8 A; 1J8M F; 5LHH A; 3N2K A; 3EHN A; 4B3S B; 1T6I A; 5JJN B; 2IM9 A; 4BWA A; 5L3D A; 1R6K A; 3M1C B; 1IBL O; 4YY3 O; 3NMJ A; 4H54 A; 2ZXW B; 2OEV A; 2R7X A; 1MMM A; 4BJT A; 4NTB A; 5HYW B; 4U5F E; 3NR7 A; 1H7I A; 4K0D A; 4W9J B; 4DV5 O; 2ZM6 O; 3EZI A; 4MTX A; 3AG2 C; 1JFF A; 4I4T A; 1KBH A; 3MX3 A; 4JE9 A; 1OCR C; 1FXK B; 1PCX A; 5FPR A; 1NZ6 A; 1YIT V; 5KAI Z; 5LBQ A; 3TK1 A; 2JIZ G; 4PR9 A; 3EZH A; 1TVK B; 4PHZ A; 1UFB A; 2W45 A; 3SXY A; 1H2N A; 1YJN V; 1AVM A; 1QR8 A; 4PDL A; 2VB6 A; 3VQV A; 3JAK B; 4NYK A; 1B3Q A; 3UGP A; 2DN9 A; 5ITZ A; 5JQG B; 1QZX A; 1AVO B; 1J95 A; 2RJZ A; 2JEX A; 5K1X A; 4PDV A; 3E86 A; 5AC4 A; 5EIB D; 1NU1 H; 3I56 V; 1E2X A; 3B77 A; 3CE2 A; 3MKS A; 1FJG B; 1GMG A; 2RMK B; 2TMV P; 1EQ1 A; 1CEZ A; 3RH3 A; 4JRZ A; 4J30 B; 1K5S A; 2R9I A; 1LPE A; 4K35 A; 4UFZ A; 3JAR B; 3OEO A; 5CA1 A; 4BJ6 A; 1VQM V; 3QO5 A; 2VCC A; 5LGN A; 2Q7H A; 2Q3T A; 3LLK A; 2OVQ A; 3U10 A; 4GX2 A; 1NLX A; 3R2P A; 4C7O A; 2VQF B; 3ZCC A; 3G80 A; 2VKP A; 5CB4 B; 3MFN A; 1K5Q A; 1NSG B; 3LEV A; 4IT5 A; 4CH5 A; 3CWB H; 4JI4 B; 3ZQY A; 3E83 A; 4DR3 B; 4NKG B; 4N21 A; 4D4N A; 2HVJ C; 1KUQ A; 3UO3 A; 3B09 A; 1YHQ V; 2JS5 A; 3QW1 A; 2QUP A; 5FZT A; 4TV8 B; 3T4Z A; 2Q00 A; 3E8G A; 1M2V A; 5JS5 A; 2ETS A; 4PD4 F; 1WB7 A; 1IBK O; 4O4L B; 1DLB A; 5E1A C; 1VQ5 V; 4X1K B; 1NTM H; 2UXN A; 4JYA O; 3CZ6 A; 5IYZ A; 4A2N B; 1ZU5 A; 4LF4 O; 4LF6 O; 1W2W A; 3GB7 C; 3OEH G; 5CI8 A; 3LBZ A; 2E3C A; 4I3M A; 4CDV A; 2YL3 A; 4B08 A; 4O4J A; 3ABL B; 1DOV A; 3T9O A; 5LA6 B; 1N0N A; 4ER9 A; 3E4U A; 2JX0 A; 1VF6 A; 3ZN1 A; 4UVB A; 4RD9 A; 3Q7G A; 1GO3 F; 3F47 A; 5JCO A; 2DYS C; 3SYN A; 1S77 D; 1MZF A; 4QPJ A; 2LGQ A; 4C3D A; 4BIZ A; 5DAD A; 3ABU A; 1Z2G A; 2Y0I A; 4KHP O; 1JMW A; 2ZIN A; 4N23 A; 4G7H F; 2YIB A; 5F5F A; 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