1KITA

Vibrio cholerae neuraminidase
Total Genus 176

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
757
structure length
757
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLTLSQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Vibrio cholerae
publication title Crystal structure of Vibrio cholerae neuraminidase reveals dual lectin-like domains in addition to the catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE
total genus 176
structure length 757
sequence length 757
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 1996-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1kitA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1kitA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1kitA02
3TI6A 3IN9A 1V3BA 1MS3A 2E53A 1IKPA 1F8EA 2A3WA 3RS6A 3R4UA 4Y22B 1DQ0A 1SLCA 2NYYA 2DUPA 4MJUA 3WNXA 2OUJA 4YW1A 4F83A 1MS1A 1UL9A 1DLLA 2CL2A 1WCQA 2YA8A 1LHNA 4CPLA 2R1BA 1NXD1 1MS5A 1YO8A 4K1KA 4CPOA 4ZXKA 1KITA 1GKBA 5T50A 4P9WA 3MPPG 4L8QA 2ARBA 2VSKA 1LCLA 3LSDA 1H30A 5JYYA 1LHVA 2ZMKA 1FX5A 5GLZA 2ZKNA 3VKLA 1NN2A 3AZYA 1S0FA 1YYNA 3Q9OA 4MC7A 1AVBA 5GZEA 1CR7A 1NSBA 4AVTA 1EUSA 3T1LA 4D8SA 1G9BA 4Y20B 3USUB 2NMNA 4YZ2A 2GN3A 1A4QA 2YZ4A 4BMEA 2F13A 1WLDA 5GZCA 4QN4A 4XTMA 4HZZA 1RITA 4Q8LA 1LEDA 4MWUA 2W39A 3ZYPA 2ZHMA 4WVWA 2DTYA 3DGTA 4AGGA 3D12A 3RRDA 2WJSA 5L73A 1INHA 5T5JA 3ZYRA 1QOSA 4BLJA 4FOVA 5JOXA 3TI4A 1QKQA 3RSJA 2VH9A 3ZSKA 1CQ9A 2NP0A 3MW4A 2R0HA 3AP5A 3NWKA 1B9VA 4HZWA 4MWYA 1S0DA 1S0GA 1FV2A 1WW4A 1XQNA 1DZQA 4FOWA 2ZGUA 1QOTA 5BYNA 5M1ZA 2B7YA 1V6IA 2PHUA 4DS0A 3M3OA 5GJ6A 1INVA 3NV1A 5DG2A 4GDIA 2HU4A 1AJOA 2WT0A 4Q8KA 4WVVA 3OBRA 1LULA 1GBGA 1A4GA 2EAKA 3BOPA 2F27A 1KJLA 3H0OA 3U4XA 5JVVA 5T5LA 4UW4A 1SLIA 5CB7A 2WKKA 3T1MA 4I30A 3T2TA 2VW0A 2P34A 5E89A 1NSDA 4PQ9A 1V6LA 1MVQA 4BMBA 2VVZA 1NMAN 1V6JA 1WD4A 1V3DA 4LBQA 2D6NA 1N1YA 1MS4A 2X9MA 2FHRA 2W38A 2CYFA 4HZYA 4AVVA 4XJAA 3FUQA 1W6QB 3GVLA 1AX0A 4HZXA 3WOGA 3OGGA 4OZXA 1F8BA 3A72A 4LBJA 4GZWA 1UX6A 2GNDA 3D4KA 4R9AA 3WDVA 5H9PA 3V65A 2A6XA 4XJZA 2QWGA 1BYHA 4LBQD 4JCKA 4TYSA 5HX0A 3WDXA 1PZ7A 3JU4A 5DZFA 1VIWB 2PHTA 3SH3A 4KS3A 1KJRA 1LOEA 4Y1UA 1NMCA 4HL0A 5F9TA 4AVSA 1JYCA 1OFSA 2DURA 1G7YA 1ULDA 3B00A 2YA6A 5H9QA 1IVGA 3WG3A 1AXYA 1S0EA 4XJWA 1IVEA 4YGBA 4DRRA 3D11A 3T1EA 3WV6A 1RINA 2E7TA 2P3JA 3AYAA 3ZPYA 1HDKA 4Q6KA 1RIRA 2DVAA 1TEIA 3SILA 5B2CA 4GZPA 1DGLA 4H53A 2EALA 1CPMA 3O12A 4GWMA 1ONAA 4BM8A 5GLWA 3GVKA 1WBFA 1ENSA 2P37A 4YZ3A 1F8DA 5CNAA 2DUQA 3B3QE 1CONA 3OJBA 5DUUA 4YW2A 5DXDA 1DIMA 2D6KA 1UAIA 2VU9A 2UU8A 4UW3A 5JOWA 4YFZA 5HUMA 1O4ZA 1JUIA 3VV1A 4XZPA 1URXA 1ULGA 2ZGQA 5JOZA 1IS4A 3MEPA 2Q5TA 4MWVA 1IVDA 4GALA 1HKDA 5AVAA 3ASIA 2H0BA 4XJUA 2DVGA 1CESA 2ARXA 2EIGA 1L7FA 2YY1A 4XTPA 3ZXJA 2D3PA 4Q27A 4X4AA 1INYA 4FVVA 2PHXA 5FREA 1S0JA 3WDWA 3AJZA 5B2DA 3NSSA 3N36A 1O4YA 3NN9A 4XYXA 5GLUA 2ENRA 1GICA 1FATA 3CYEA 1SBDA 4SLIA 1LGNA 2CTVA 1W21A 2WT2A 4AGVA 1EUTA 4LBMA 2B8HA 2JE7A 4XMAA 1GSLA 1NLSA 4FPCA 1F5FA 2GMMA 2LALA 4B7MA 3I8TA 3OPZA 4YZ1A 2HT8A 1USXA 2DV9A 3WG4A 1CJPA 4Y26A 2ZGOA 2HTVA 3UL2A 3GVJA 1EURA 1LOCA 5JOYA 2ZGPA 2UWCA 4GJTA 2F29A 1DYKA 1Q8QA 2GALA 1BQPA 4GZOA 4NOTA 4JRAA 4BQ1A 2F10A 5F5QA 5IK7A 4YW4A 1Q8OA 1B9TA 4CPZA 3R4SA 1NSCA 1SBEA 1Z4YA 1QNYA 1PZ9A 4MWLA 4MX0A 2AGSA 5IK5A 2GDFA 1R1ZA 3ZXKA 4WV8A 5JDBA 4B7JA 4X6KA 3H73A 1PZ8A 1NMBN 3AK0A 2QWDA 3D5OA 1V6NA 2CWMA 1Q8PA 4LBNA 1KQRA 4M4NA 3AZZA 1MS9A 5GLVA 3AP4A 4ISRA 1LHOA 2WNEA 2R0FA 4GXLA 2ZGTA 1QU0A 1S1AA 2BF6A 4WA5A 1WW5A 4FQZA 1W6MB 1IOAA 1F9KA 2ZGRA 3WUCA 4KS5A 3D6EA 2F26A 3JUUA 4BLIA 1G9CA 4B7NA 4GA9A 4MZEA 1AX1A 3B69A 4J9TA 3JU9A 1WLWA 2JE9A 5T5OA 1SBFA 1SCSA 2VSMA 3RMXA 5JMCA 1BKZA 3AJYA 5IUQA 3IPVB 4W65A 2AEQA 2D6MA 2ZHKA 5HUKA 4R9CA 2DU0A 1UPSA 1GNZA 5DG1A 2DVFA 3SANA 2A7AA 2OUHA 1V0EA 1LESA 1W6NB 3TB0A 1LU1A 4K1IA 1MZ5A 4PBPA 5DUVA 3POWA 1B09A 3AFKA 4ATEA 5EYXA 5GALA 3K3AA 4DRVA 3ZXEA 3AZVA 1WUVA 1WD3A 4FOYA 3N7MA 1W6QA 3I4IA 1WW7A 4PBOA 5CAZA 1DFQA 5GZDA 1UKGA 2NN8A 1GLHA 2QWKA 3IMNA 3DUIA 4Q1PA 3M1HA 2EXJA 2W20A 3TI8A 4MZAA 3PVEA 4M3CF 3PMEA 3N3HA 1Z0HA 2A75A 4YM1A 1W8OA 2W5OA 3HR9A 3M3QA 1E8VA 3NV3A 5DZEA 3VKMA 1S0BA 3IM0A 1C57A 1GNHA 1SFYA 1NCCN 2NMOA 4BPZA 1Z50A 2RKCA 1LENA 2ZAAA 4FPYA 5EXOA 4CPYA 2BATA 1APNA 3AP7A 2D3SA 3AP9A 3LSEA 3SNMA 1KDKA 1VAMA 2AUYA 2SBAA 1W6PA 2YROA 2P3KA 1MVEA 1SNTA 2YDPA 4FPFA 4FPGA 5GLTA 4CTEA 3ZSLA 4U36A 2ZGKA 1AJKA 4Y1XA 1EUUA 3FLRA 2GMEA 4ASMB 2F11A 1L7GA 3INBA 4KBBA 4NO4A 3AP6A 4XXPA 3VKFC 1QOOA 3WVJA 4WA4A 4AWDA 4Q2FA 2FMDA 3K36A 1F8CA 1S0IA 4FPJA 1U0AA 1YXWA 4YZ5A 1CN1A 3O9KA 4FVKA 4ZKTB 4UF7A 7NN9A 2EXHA 5GZFA 2GNMA 1Z4WA 1LHUA 1DQ2A 3W58A 4FZHA 1AXKA 4UW5A 3SH4A 1HLCA 1LOGA 5CBLA 4M4UA 4H52A 2ZBJA 4BOWA 1WBLA 4XOGA 1DHKB 2C5DA 2VWDA 1XOEA 2ZB5A 2JD4A 3SLIA 4JC1A 2VXRA 3OBTA 4NC5A 1UZZA 4K20A 2AR6A 1MZ6A 1NCBN 1MACA 2CWSA 5IK4A 2KM2A 1A8DA 1ZM1A 1GV9A 3RG0A 2XB6C 4B7QA 2R16A 4MWRA 3AZXA 4Z8BA 2D6PA 3ZSJA 4R9DA 5SV8A 2A71A 4FPKA 3NV4A 1NNCA 1FNZA 2JDZA 2ZHNA 1A78A 4D69A 3PJQA 4PF5A 3TIAA 1W6PB 1W6OA 1C1FA 4XE9A 5T54A 1WW6A 4GB1A 1V00A 1Z78A 3AXEA 3WLUA 5LK5A 1V2IA 4XMIA 4LBKA 2XZJA 4GWNA 4XHBA 3APBA 2YMZA 3K39A 2SIMA 1W0PA 2DVBA 3WCRA 2XG3A 2YA4A 2HT5A 1SO7A 4MWQA 3WDTA 4JF7A 5HUNA 3O0VA 3OYWA 2ZA9A 1ULFA 4NCSA 2VY0A 3N7JA 1GZ9A 1QNWA 2YA5A 4YW3A 2GMPA 4XDQA 2QWEA 1ULEA 1V3EA 3KQRA 2I2SA 2AYHA 4RA0A 2VW2A 4CZSA 2A6YA 4QNPA 1A3KA 3ILNA 1H9PA 4KS1A 3N35A 4Y1ZA 1W6MA 1LGCA 5HUGA 5HCBA 4WEGA 1ENQA 4AGRA 1JYIA 2CY6A 1INFA 1I3HA 2EXKA 1SLAA 2VK6A 5KXBA 1W1XA 1V3CA 3QCWA 2EXIA 2XZIA 3O0WA 3L2YA 4Y1YA 1VALA 2ZGNA 4GKXA 2F0ZA 1MS8A 3TAYA 1Z4VA 4XJRA 1LOFC 3W59A 2CNAA 3A4UA 1BZWA 3IPVA 1EPWA 4FPOB 4YM2A 3O9JA 2OW4A 1N47A 1X50A 2W52A 4XHXA 4P9YA 4YGDA 2E6VA 3BEQA 4X49A 2QWFA 1FV3A 3CL0A 1SCRA 4HIZA 1C4RA 3V0AA 1SLBA 1W0OA 2QWIA 1W6OB 1W6NA 4XBLA 3WCSA 1CIWA 3FFZA 1N1VA 4YGCA 2ZMLA 5T5PA 1Q56A 2PELA 1AZDA 2QWJA 2JECA 2ZACA 3ZXFA 3AXDA 4U2AA 2NZ9A 1HQWA 5HCAA 1G8WA 3AZWA 2WT1A 3C2UA 2W68A 2QWCA 2P2KA 3OYWB 2BERA 1B9SA 2JKBA 5EYYA 1LGBA 4LBLA 2ERFA 1ENRA 3BTAA 2A3YA 2V5YA 4XJ9A 2F25A 1AF9A 1UN1A 4PCRA 3ZSMA 3FUOA 5JLVA 1OKQA 1DILA 3BODA 1INWA 3GNEA 3SALA 1IS3A 3K37A 2BZDA 1VLNA 2VK5A 3TICA 2ZB6A 1Q8VA 1V0FA 2LTNA 2YDTA 4K1YA 2QWHA 1XOGA 2SLIA 4DGRA 1IS6A 3ALWA 2E51A 2YV8A 3N7KA 1F31A 3PVOA 1SACA 3VKNA 4CRQA 2C4LA 2HTQA 2A6ZA 1GYKA 3NV2A 3WHTA 1Z4ZA 1LU2A 3V0BA 3HN1A 2HTRA 3ALXA 1LODA 1CPNA 1LHWA 4GEZA 3N7LA 1OQ1A 4FPHA 1VCJA 2CMLA 1G9DA 2ES3A 4C1WA 1LECA 2QWBA 1JN2P 2ZGMA 2YA7A 3OY8B 1QDOA 4H55A 2W5NA 4Q1RA 3V0AB 2D6OX 2A6VA 4YG6A 4QN5A 5GM0A 4M3CE 4WZFA 3SH5A 2E7QA 1LJ7A 4P14A 5KXEA 3CKZA 1V6MA 1D0HA 3ILRA 2A70A 2D7FA 3O5SA 4MWJA 2HT7A 4GZSA 2AH2A 2PHRA 4YW5A 4XIOA 2AREA 1S0CA 2TEPA 1USRA 2DU1A 5E8AA 3VUOA 3WHUA 1JHNA 4M3CB 2DVDA 4I00A 4YM0A 3W09A 3AYEA 3QLQA 4XJ8A 3M2MA 1ZA4A 4M4VA 3B01A 1QDCA 4QN3A 3BIWE 4K1ZA 2P3IA 4FOQA 4YM3A 1IVFA 3HMYA 4WA3A 1NNAA 4YLZA 4K1HA 5HCFA 1YI7A 1VAVA 2UWAA 1QMJA 4XBNA 1CVNA 2DTWA 2BQPA 1H9WA 3V0BB 1N3QA 1SLLA 4QN7A 3R05A 2ZMNA 2SILA 3TI3A 2DUOA 1BXHA 4K21A 1A14N 4XIKA 1GZCA 2GN7A 5E88A 2PHWA 4MYEA 4NN9A 1AX2A 1HQLA 2HU0A 1Y7BA 2C9AA 4IQPA 4ISQA 5DUXA 2F24A 1NCAN 4Y1VA 3IKWA 2ZGSA 3VKOA 1QGLA 4FP2A 2ZABA 4XJQA 4GZTA 1WCSA 2D6LX 1LOBA 3WDUA 1GANA 1DQ4A 1Z4XA 1JOJA 2G4IA 1AXZA 3A71A 2GNBA 3UJQA 1N3PA 5T52A 2XZKA 3CNAA 2DYCA 1LOAA 2ZHLA 1LEMA 2QWAA 4MWXA 2D43A 1V0ZA 1N1TA 1BJIA 1GZWA 1FYUA 1JW6A 4HZVA 4GDJA 3K38A 5NN9A 3WG2A 4YG0A 4FQ4A 4LBOA 4DQAA 2WSUA 1KDMA 2XCYA 2ZGLA 1UMZA 4XILA 1DYPA 6NN9A 3AYCA 1FAYA 1IVCA 2HYKA 1J1TA 3RMYA 3B9CA 4QN6A 3A0KA 1E8UA 1W20A 2VK7A 2W08A 2WQZC 2EF6A 1N3OA 1I1EA 3LCPA 4R9BA 1DBNA 3B7EA 4ITCA 4BBWA 2C4AA 3ILFA 4CPMA 1YRZA 2AEPA 4CPNA 3H72A 3ATGA 2GNTA 2V73A 4MWWA 3ZVXA 5DUWA 1MS0A 2HTYA 2F28A 3POSA 4WEFA 2HTUA 1ULCA 1DIWA 1WLCA 2F12A 3ENRA 1IS5A 3TI5A 4XBQA 1G86A 4DPNA 1IVBA 1JXNA 4C1XA 4GKYA 1Q8SA 3A0NA 1MR5A 2D3RA 4LBQB 3ZXLA 3POYA 3FBYA 3FLPA 4M01A 1V6KA 5IK8A 1JBCA 4FPLA 1VCUA 3WG1A 2HTWA 4P9XA 1DQ5A 4FJ6A 5KXCA 4Y22A 4KS4A 3INAA 4AYUA 4Y24A 3SITA 4XXAA 1IKQA 1NNBA 1E8TA 4YG3A 3GALA 5DZGA 2NM1A 1GZWB 2YXSA 3WDYA 3PVNA 5EWSA 5KXDA 4GZQA 2JJ6A 4Q26A 1KRIA 3SISA 4M3MA 5H9RA 1FNYA 3O0XA 4TZDA 4MJVA 1C1LA 3OY8A 5T55A 2OVUA 5FRAA 3TIBA 3CL2A 5H9SA 2A3XA 4RL7A 3WUDA 3WZ1A 3MW3A 4YFWA 1N1SA 1NCDN 4X47A 1LTEA 1DQ1A 2WLQA 3KM5A 1INGA 3FLTA 2A5ZA 4UW6A 4GZXA 4Y20A 3USUA 4K3YA 3AYDA 2A6WA 3H71A 2AENA 3RQ0A 4YGEA 2D44A 3MW2A 4YZ4A 1V6OA 1G9AA 2RHPA 3M3CA 1YIFA 4K1JA 5CA6A 5GZGA 4KS2A 1L7HA 4FP3A 2UURA 4B7RA 1QF3A 1SLTA 3H6JA 2R49A 4HANA 2WSVA 2PHFA 1DQ6A 4M3CA 2DWRA 4M00A 1MWEA 5IT6A 1BJQA 1LOFA 1UZYA 4FPEA 3V64A 1D2SA 4ATFA 2ZZJA 1G9FA 2Z42A 3M3EA 3UJOA 3UK9A 2UWBA 2R1DA 3AX4A 1INXA 1W8NA 2VW1A 4DFSA 2VUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DG1A 1E5HA 5DAPA 1VBA1 2J1VA 1BEV3 2RDNA 3TI6A 3IN9A 2CDPA 2RS11 1UU4A 3HEIA 1V3BA 1EAH3 1S2BA 1MS3A 5FZBA 1OOPB 4CDXB 2VVDA 2E53A 4P00B 1VBB3 4MGYE 2QJVA 4KU8A 4QDSA 5JI7A 3MIFA 1IKPA 1CX1A 1F8EA 2A3WA 3AMHA 1W8FA 3ZYBA 3NQHA 1UWWA 3ZFFA 2WNVA 4OMDA 4Z2AA 4AQ6A 5A6ZA 3RS6A 3R4UA 2VZSA 1OF3A 4H7MA 3WF3A 5BNPB 4Y22B 5CISA 3TEZA 1K3IA 1DQ0A 1SLCA 1YIPA 2WS91 2NYYA 5I0TA 2DUPA 4MJUA 3WNMA 3WNXA 1ZI0A 2OUJA 1OHFA 3ZLIA 4IL7A 4CCLA 1TNFA 4YW1A 4URAA 2O8OA 2VZQA 4F83A 2JIGA 1VB4A 4QPWA 4CP0A 1CGPA 1WMXA 5FOJB 1MS1A 1UL9A 2BW8A 4QM8A 2NQYA 2XHNA 3J9SA 4EZ4A 1DLLA 2CL2A 5DDJ3 1TG7A 2W0XA 4NHLA 3JBG3 2ORZA 1DG6A 3M7AA 1WCQA 2J7MA 4QX7A 3BALA 4D8MA 2YA8A 3BYCA 4GN7A 5FP9A 4WM8B 3VHNA 1GP6A 1LHNA 1SFNA 4CPLA 2R1BA 1K42A 5FYZA 1RGSA 4JGZC 2JB4A 2Q1MA 5FWEA 3WP6A 1NXD1 1W8UA 2QUOA 4FAGA 2QE3A 1MS5A 4AFMA 3AMNA 3JZVA 3WD5A 1YO8A 4AL9A 3AKTA 3S57A 2W8BA 1OBNA 4K1KA 4ZXKA 3BIEA 4CPOA 4A0PA 1KITA 1GKBA 5T50A 1H2MA 4K40A 1RUH3 3IB3A 2FQPA 4P9WA 3MPPG 4OCTA 4IV1B 5LRSA 1NX9A 4L8QA 1Q5OA 1RHI2 2JB8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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