1MR5A

Orthorhombic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
630
structure length
621
Chain Sequence
GSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 175
structure length 621
sequence length 630
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mr5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mr5A01
4YG0A 4MZAA 4ZXKA 1F8BA 5EXOA 3A4UA 1FX5A 1MS4A 1ENRA 4B7MA 1G9FA 4YGDA 1V6NA 4MWWA 2ZB6A 2JDZA 1V3BA 1GKBA 4ZKTB 5EYYA 1MACA 3N7JA 5HCBA 4C1XA 3AP6A 1DIWA 2DVAA 3ILFA 4XHXA 2Q5TA 1OQ1A 1MS8A 2PELA 4M4NA 1LCLA 1UKGA 1APNA 1MZ6A 4NO4A 1E8VA 5KXEA 3WDVA 4CPLA 1ULFA 4LBKA 4FP2A 2YA7A 4TYSA 2RHPA 5GM0A 4MC7A 1BQPA 1CESA 1VAMA 4DQAA 1DQ6A 3V0BB 4AYUA 2DTYA 4M4UA 2QWCA 3SALA 2QWIA 5GZGA 4JC1A 1SNTA 2ZHLA 3R4UA 4AGVA 2A6XA 4GZOA 1BZWA 2NN8A 4UW4A 3CNAA 4Y26A 3IN9A 2NMNA 1USXA 1S0IA 1V6LA 1JN2P 3H73A 4B7QA 2ZGOA 5T54A 2BERA 5DUXA 1NCBN 4K1HA 1V3CA 4GEZA 2F13A 1G8WA 2RKCA 1MR5A 5DZFA 1QU0A 3V65A 4M3CA 4XTPA 1LHNA 4UW5A 1DHKB 1DYPA 1F5FA 4I00A 1GSLA 1E8TA 3RS6A 4RA0A 4LBOA 1H9WA 2ZGNA 4WA4A 1WCQA 2NM1A 1Z4YA 1NSCA 3WV6A 1INFA 4FJ6A 1YI7A 2QWDA 5FRAA 3IPVB 5H9PA 4YZ5A 1W20A 4CRQA 7NN9A 2XZIA 4B7NA 1ULCA 1Z50A 1G7YA 2D6PA 3WCSA 3CL0A 1KQRA 3ZVXA 2F0ZA 1NMCA 4GDIA 2UWCA 2ZB5A 1V6KA 4FZHA 3M3QA 3WDUA 5DUVA 3AX4A 1NNBA 2G4IA 3AZZA 4UW3A 3VKLA 4X6KA 1FNYA 2DU1A 4GZQA 4YM1A 5GLZA 4XIOA 2GNTA 3NV2A 4JRAA 2JE7A 5JLVA 2CNAA 1MVQA 4HZZA 1A4GA 2R16A 3IMNA 2R1BA 3O9KA 4LBQD 3UJOA 3USUA 2CTVA 1SBFA 2W39A 2C5DA 1AX1A 5GLVA 4CPNA 1WLDA 1Z4XA 3VKOA 3LSDA 3VKFC 1H9PA 3B00A 4SLIA 4XBQA 2GALA 4QN4A 1DGLA 3AYAA 4MYEA 1Z78A 2ZGMA 1QOTA 3WG1A 4JF7A 4FOVA 1BJQA 1SLAA 4YZ4A 1QKQA 5NN9A 1GNHA 1LJ7A 3QCWA 5CB7A 2ZGKA 5IK7A 2DVGA 1LGNA 2A70A 3OBTA 3AXEA 4BQ1A 1UZYA 1INWA 4GKYA 1IVCA 2HTYA 1W6QB 4CPMA 2OUHA 1MVEA 4I30A 5DG2A 3UJQA 1Z4WA 1H30A 2E6VA 3SNMA 2NYYA 3O9JA 1L7GA 3HN1A 4PF5A 1CN1A 1G9CA 4LBJA 3AK0A 4X47A 3TI6A 2UU8A 3WOGA 5IUQA 4HZYA 3MPPG 4Q1RA 4K1ZA 1W6NB 1LESA 2WT1A 2EXJA 4XBLA 1HKDA 1SLLA 4PBPA 4FQZA 2D6KA 5JMCA 2ZGTA 3B9CA 2BZDA 5JOZA 3APBA 5H9QA 3OYWA 2HTWA 3D6EA 2EXIA 5HCFA 3V0AB 3A71A 1F8CA 4Q2FA 4P14A 4X49A 1DQ1A 3AP9A 4CZSA 4GWMA 2R0FA 1MS9A 1W6OB 1QDCA 3H71A 4MWUA 4XHBA 2WJSA 3OGGA 2GMEA 3WDWA 1AXYA 2HU0A 3INAA 2HYKA 3Q9OA 3OJBA 4YFWA 1SFYA 1GZWB 4OZXA 1A14N 2HT5A 2AEQA 1Q8VA 1V0FA 1JYCA 3MW4A 1HDKA 2A3XA 1V00A 4GXLA 1V3DA 1RINA 1F9KA 2A5ZA 1CIWA 5GZCA 1TEIA 5E89A 3OPZA 4WVVA 1WW5A 3ILNA 4YZ3A 5HCAA 1UX6A 1W8NA 1JYIA 1DYKA 1LOEA 2NZ9A 4MZEA 4AWDA 4K1IA 4YW2A 4FPJA 3ENRA 3RMXA 3IKWA 2ZMNA 4MWXA 4FPLA 2AUYA 3L2YA 5DUUA 2CMLA 3IPVA 1LOGA 2XG3A 1S1AA 1LOAA 2XB6C 2ARBA 1S0GA 1UN1A 4YW3A 2DYCA 1VCUA 1NLSA 4DRRA 4FPOB 1IOAA 1LENA 2E7QA 2SLIA 4R9AA 2VXRA 1GV9A 1QOOA 4MX0A 5JOWA 3MEPA 3WZ1A 1FV2A 2YDPA 2P3JA 2ES3A 4GA9A 3VUOA 2VSMA 4KS4A 3WUCA 4P9YA 1JOJA 1VALA 4FPGA 4FPYA 3POSA 2VK5A 4GWNA 1JBCA 5M1ZA 4D8SA 1LTEA 1W1XA 4QN5A 1FATA 1ULEA 5CBLA 3OY8B 4XE9A 3AP4A 1INVA 5E8AA 1SCSA 3K36A 4ATEA 2B7YA 1Q8OA 1LGCA 4K1YA 3A0NA 1V0EA 3KQRA 2JKBA 3H72A 3I8TA 2ZGRA 3JUUA 3TICA 3N7LA 2E7TA 4Y1VA 3NSSA 1ENSA 1EUUA 4GJTA 3BTAA 4W65A 1EURA 1S0CA 1MS5A 1SBEA 4XXPA 4GZXA 4FOWA 4XMAA 1V3EA 1W6QA 1LU1A 1V6MA 1PZ8A 2D6OX 1DIMA 4H52A 1WCSA 3AFKA 1IVFA 5GLTA 1YO8A 1KRIA 4FPKA 2VK6A 2YA4A 1WW6A 3AJYA 3O12A 4BLJA 2JECA 1N3PA 2F10A 1D2SA 1IVDA 4BLIA 1LEMA 4XXAA 3TIAA 2AH2A 2H0BA 3V0AA 4Q1PA 1N1TA 1JXNA 2QWEA 2HTVA 3VKMA 4FOYA 1R1ZA 1J1TA 4XJAA 1VAVA 1DBNA 1GNZA 5GJ6A 4RL7A 1O4YA 4K1JA 4WA3A 2GNBA 2C9AA 2QWGA 3ZXKA 1VIWB 3TI5A 1Z4ZA 3WNXA 1DLLA 2HTUA 1W6MB 4NOTA 3SH3A 1Q8QA 2AR6A 2UWBA 3M3EA 1SLIA 5T5OA 1GZWA 1DQ4A 1Q8SA 2YZ4A 1CPMA 2R0HA 2XZKA 2UURA 2GN3A 1NCAN 3D4KA 4GZSA 3C2UA 2C4LA 1YXWA 4X4AA 2ZMLA 3SH4A 1W6PB 5IK8A 1G9BA 4XJWA 3SILA 3BIWE 2YDTA 4LBQB 5HUMA 4XJ9A 3NWKA 4K3YA 4YM0A 4YLZA 3ZXJA 1C4RA 2TEPA 3K38A 1LHWA 2P37A 4NC5A 4Q6KA 3TI3A 1C57A 5DG1A 4MWYA 4HANA 2F28A 3M1HA 4YM2A 2E53A 3A72A 2D3PA 2ZGPA 1WBLA 2WNEA 5T5LA 2LTNA 3PVEA 4M3CE 3TI8A 1MS3A 2A3YA 3WLUA 4XJZA 3KM5A 2ZGLA 3FLRA 1C1LA 1X50A 2DUQA 1HQLA 4D69A 4YW5A 1Q8PA 1BXHA 5FREA 5KXDA 4L8QA 3AJZA 3I4IA 3BOPA 3JU4A 3OY8A 1AX2A 5DZEA 2GNDA 1GANA 2VW2A 3JU9A 1YRZA 4P9WA 1N3OA 1AXKA 4KBBA 3DUIA 3D12A 3VV1A 4XJRA 4Y22B 2VUAA 4XDQA 1UZZA 1CVNA 1SLTA 4Y20B 1QF3A 3TB0A 3N3HA 4QN3A 1S0JA 2DVDA 4XJ8A 4PQ9A 2WT2A 3H6JA 2AGSA 2ZKNA 4XILA 5H9SA 4HIZA 4WV8A 1QNYA 3ZXFA 3OBRA 4M00A 2A6ZA 3FLTA 2YY1A 4GDJA 1V6OA 4YZ1A 1W21A 3SANA 2VU9A 3U4XA 4QNPA 4LBNA 1IVGA 4HZXA 2KM2A 3UL2A 3H0OA 4Y1UA 3WHTA 3IM0A 4YG6A 1DQ0A 2PHFA 4PBOA 3AYDA 1A4QA 4NN9A 2VW1A 2EAKA 2AENA 3V0BA 3PJQA 3WVJA 5CAZA 1DZQA 4YM3A 5KXBA 1KDMA 4FQ4A 1NSBA 4MWQA 4H53A 4M4VA 2F25A 3WHUA 5SV8A 4CTEA 4M3CB 2CWSA 2SIMA 5AVAA 1S0DA 4DS0A 2P3KA 1B9TA 2CYFA 4GALA 2VWDA 1L7FA 4GB1A 3ZXLA 1DFQA 4MWJA 1SCRA 1OFSA 3WDTA 5BYNA 1VCJA 4XYXA 3FLPA 1S0EA 3BEQA 1AJOA 4XJQA 4HZVA 3B01A 2P3IA 3NN9A 4F83A 4TZDA 1W6MA 2GNMA 3SISA 4GZPA 4AGRA 4GKXA 1IS3A 1HQWA 3T2TA 3SITA 1QMJA 1NSDA 1F8DA 3N7KA 1G9AA 3ZSMA 4J9TA 2DVBA 1XOGA 3PVNA 2ZHMA 2YXSA 5DUWA 3LSEA 2QWKA 1USRA 3T1EA 4YFZA 1KITA 2VK7A 3RSJA 2ZA9A 2PHWA 1N47A 1JW6A 2A6YA 4AVTA 1W6PA 4CPYA 2JE9A 4LBQA 5IK4A 2FHRA 1MWEA 1HLCA 3USUB 4QN6A 1G9DA 1DQ2A 1V2IA 4JCKA 2W38A 5F5QA 3B3QE 3ZYPA 1WD4A 1IVEA 4WEGA 4AVSA 1LODA 3K3AA 1B09A 3AP7A 4Y24A 3PMEA 4NCSA 3M2MA 1URXA 2V5YA 2DVFA 1N1VA 2W68A 4MWVA 2NMOA 1ZM1A 4K21A 5KXCA 2W08A 3CYEA 3AYEA 4YG3A 4HZWA 4XIKA 1KJRA 1WD3A 1A78A 1FV3A 3BODA 1I3HA 4C1WA 4FVKA 4AVVA 2QWBA 3W59A 4K20A 2DU0A 2AYHA 3M3OA 2XCYA 1IS6A 1UPSA 1MZ5A 2C4AA 1MS0A 2ZHKA 1O4ZA 4KS1A 2VVZA 5E88A 2GMPA 4CPZA 3GVJA 4BM8A 2A6WA 2XZJA 2PHTA 4DPNA 1UL9A 4K1KA 1QNWA 3RG0A 4CPOA 3D11A 1ZA4A 4Y1XA 4HL0A 3NV4A 4P9XA 3NV1A 1NNAA 1C1FA 4QN7A 1EPWA 3A0KA 4YGCA 4Y22A 3K37A 2D3RA 2ZHNA 4YGEA 4LBLA 4Y20A 4MJUA 3GVKA 2EXKA 2B8HA 1IVBA 4ISQA 1W0PA 3OYWB 3CKZA 1W6NA 2A71A 1U0AA 3FBYA 4MWLA 3CL2A 4M3CF 1FNZA 4Q8LA 1G86A 3AZXA 1BJIA 5GZEA 1UMZA 2F27A 4YZ2A 1JUIA 1IS5A 2D6NA 3RQ0A 2YROA 2SBAA 1GZ9A 1LULA 4ASMB 1QGLA 2CL2A 3K39A 2OW4A 2R1DA 1UAIA 1B9SA 4DRVA 1W6OA 1JHNA 4XOGA 5EWSA 3ZPYA 3ASIA 3WG4A 2YA5A 4Y1YA 1WW7A 4BPZA 2GMMA 3R05A 4ITCA 1F8EA 4UF7A 2NP0A 5LK5A 1PZ7A 2WSVA 2QWJA 4B7JA 2DV9A 1CQ9A 3O0WA 3UK9A 1RITA 2VW0A 1CJPA 4M01A 3QLQA 4M3MA 2VH9A 1WLWA 2ZBJA 3WCRA 3WG2A 1V0ZA 1AF9A 2GDFA 4R9DA 2ZZJA 4IQPA 1E8UA 2OVUA 3ZSLA 2I2SA 1N1SA 3R4SA 2WQZC 4XJUA 2A3WA 2BQPA 2F12A 5JOXA 3VKNA 4FPHA 1PZ9A 1AVBA 5GLWA 5T52A 3AP5A 1QOSA 3W09A 1SLBA 4GZWA 2HT7A 4Q26A 2E51A 5GALA 2EF6A 4MJVA 1EUTA 2QWAA 2JJ6A 3MW3A 2F26A 1SO7A 4DGRA 5JYYA 4U36A 1DILA 2W5NA 1A3KA 5T50A 4Q8KA 2UWAA 3INBA 1EUSA 3WUDA 5HX0A 3WDXA 1Q56A 2D43A 1LEDA 4FP3A 2PHXA 5T55A 4XZPA 3RRDA 1SLCA 3POWA 5T5JA 3TAYA 2ZGSA 2CWMA 1ULGA 4ISRA 1BKZA 2A6VA 2A7AA 2P2KA 2VY0A 2VSKA 4Q27A 1WW4A 2D44A 4Y1ZA 1XOEA 2EIGA 3ALWA 2A75A 5IT6A 4AGGA 2WSUA 5GZFA 1WBFA 3HMYA 3AZYA 1LU2A 2W52A 2V73A 1LOCA 2SILA 2HU4A 3LCPA 2DUOA 1IS4A 2HTQA 4B7RA 3AZVA 4YW4A 2HTRA 3FUQA 1ENQA 3B7EA 1AJKA 3ZSJA 2WLQA 3HR9A 4GZTA 5HUKA 4U2AA 1RIRA 3ZSKA 1LHOA 1GZCA 2D7FA 1N1YA 1Z0HA 1FYUA 1GBGA 5EYXA 1ONAA 3FFZA 1KJLA 1NXD1 2YA6A 4FPCA 2LALA 3ALXA 1BYHA 1SACA 5B2CA 1NCCN 2OUJA 5JDBA 1AXZA 1A8DA 3GVLA 4FVVA 2ZGQA 3SH5A 4WZFA 2EXHA 3B69A 3NV3A 1INYA 3TI4A 3ZYRA 2DWRA 2CY6A 1D0HA 5DXDA 3O5SA 1KDKA 4Z8BA 2GN7A 1S0BA 2ARXA 1W8OA 4FPFA 5T5PA 3GNEA 4BBWA 3ILRA 5CA6A 2F29A 2YA8A 3N36A 2QWHA 4ATFA 3GALA 1IKPA 2JD4A 3M3CA 1F31A 5F9TA 3V64A 1NCDN 4BMBA 3D5OA 6NN9A 2WKKA 3FUOA 3AZWA 5B2DA 3TIBA 4WA5A 1LECA 1V6JA 2BF6A 5JOYA 2DUPA 1L7HA 1IKQA 1LGBA 2ZACA 1NN2A 5IK5A 3N35A 3WDYA 1LHVA 4XMIA 3AXDA 4BMEA 2AREA 1GLHA 4UW6A 4FPEA 1AZDA 1AX0A 3RMYA 1NMAN 5GZDA 1OKQA 3AYCA 1VLNA 2D3SA 4DFSA 4FOQA 4H55A 5HUNA 2ZMKA 4WVWA 1V6IA 1Y7BA 2Z42A 2F11A 4YGBA 2D6MA 1B9VA 2PHRA 4YW1A 1CONA 5GLUA 2QWFA 1INHA 2W20A 2W5OA 4XBNA 2HT8A 1W0OA 1LOBA 5CNAA 4KS2A 2ENRA 3POYA 4R9BA 2BATA 5H9RA 1INGA 5HUGA 2D6LX 2P34A 1GYKA 1QDOA 4PCRA 1INXA 2FMDA 1CR7A 1LHUA 4XTMA 3SLIA 1NMBN 2YV8A 1GICA 4MWRA 1SBDA 3DGTA 1WUVA 1I1EA 1XQNA 3WG3A 1FAYA 4WEFA 1DQ5A 2ERFA 1LOFA 3MW2A 4KS5A 3ATGA 3N7MA 3O0VA 1NNCA 2F24A 1S0FA 2ZAAA 2ZABA 1LOFC 2AEPA 5L73A 2EALA 2X9MA 4KS3A 3O0XA 3ZXEA 3T1LA 4BOWA 1N3QA 1MS1A 1Z4VA 1YIFA 2DTWA 2ZGUA 4R9CA 5DZGA 3T1MA 3PVOA 2YMZA 1YYNA 2R49A 4LBMA 1CPNA 2PHUA 5JVVA 1ULDA 3W58A 2DURA 1WLCA 2WT0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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