1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
1VLNA 4XXPA 4DRVA 1WD3A 3NV1A 1A4GA 1EUTA 1ULGA 5B2DA 2JE7A 3D6EA 4AYUA 3AP4A 3POSA 1MR5A 2NP0A 1DQ1A 1GLHA 1XQNA 4J9TA 2VVZA 2A3WA 1DYKA 4XZPA 4FOVA 5GZEA 1H9WA 4MWWA 3ILRA 3IPVB 3USUA 4BBWA 3OPZA 2ZZJA 3R4SA 4GZSA 1S0IA 3H73A 4AVVA 1JUIA 2NMOA 4FPGA 5EYYA 5CBLA 3M2MA 1NNAA 4FOYA 2E7QA 1SBEA 3JU9A 5BYNA 1WBLA 4KS2A 3M3OA 2QWEA 1N1YA 3A0KA 4MWXA 3ZXFA 3IPVA 1CVNA 1IVBA 1Q8QA 1V2IA 1LODA 1NSDA 4F83A 4MWVA 2FHRA 3WDUA 1IVDA 2QWAA 2VXRA 5CAZA 3INBA 2A6XA 2CWSA 2E6VA 4P9WA 1VCUA 3CKZA 3B00A 1NN2A 2B7YA 4Y26A 1BYHA 3NV3A 2RKCA 1NMBN 1ULEA 4NCSA 2OW4A 1L7FA 1NCDN 1Q8SA 2AENA 2BZDA 4FJ6A 3V0BB 1FNZA 4YZ4A 1BJIA 1V0EA 2ZACA 1ULCA 2EALA 3ALWA 3FBYA 2C9AA 4XE9A 2PHTA 1VALA 2ZABA 2YXSA 1ONAA 1J1TA 1INWA 2XG3A 2WKKA 3OY8B 3ZXJA 3WG1A 1W6MB 2ZBJA 6NN9A 1AF9A 1AX0A 1IVGA 3TIAA 2WJSA 3V0BA 2HT5A 2HU4A 1DFQA 1NSBA 2WT2A 4GEZA 3UL2A 5F5QA 3AJZA 1KJLA 3C2UA 2XZKA 1SLBA 4MC7A 3OY8A 4P14A 4YM1A 1W6MA 1F8BA 3UJOA 5DUVA 4YFZA 4M3CE 1DQ2A 1CPNA 2DUOA 4K1JA 1F8DA 3NV4A 2ZMNA 4LBKA 1LOFA 4Y24A 1QOTA 1NMCA 4KS5A 1WLWA 3NV2A 3N3HA 1WBFA 4R9AA 4HZXA 2R0HA 4PBOA 4KS4A 3UJQA 4MWRA 1LOEA 1MWEA 1W6PB 1BKZA 4CPMA 4M00A 2ZHMA 1GSLA 4QN5A 3WDWA 5HUKA 2HTYA 4XTMA 4WVVA 1SLAA 3AZXA 1RIRA 4MWJA 1GNZA 3K39A 1E8VA 1UAIA 3VKMA 4BMEA 4D8SA 1LCLA 1AX1A 3OBRA 4MWQA 1B09A 4MWLA 1Z4ZA 2GMPA 4BLIA 5GLUA 1W6PA 1S0CA 1G7YA 4XJQA 2HT7A 1C1FA 1V00A 1KJRA 2ZGKA 2EF6A 3FLRA 2HT8A 5M1ZA 5JOXA 1NLSA 4GDIA 3A72A 4YZ5A 3TI5A 2C5DA 3SALA 1LHVA 4P9YA 1CJPA 3AZYA 4AWDA 2DTYA 4DGRA 2QWFA 2CY6A 2ZGSA 3K37A 1LGNA 4XHBA 1NMAN 4FOWA 1SBDA 1VAMA 2ARXA 4FPKA 1V6MA 2AR6A 5JOYA 1A4QA 2YDPA 2QWGA 3WG3A 3GVJA 2Z42A 1F31A 1ENQA 3L2YA 3GVLA 4DRRA 2F26A 1G9BA 5E8AA 4YGDA 2QWBA 4Q2FA 4YZ1A 1G86A 4WEGA 2DURA 3HN1A 1B9TA 2R49A 1JOJA 3AXEA 3H71A 4WZFA 5EWSA 3O9KA 1DQ4A 2P3IA 3HR9A 4B7JA 2D6LX 3RMYA 1JBCA 1D0HA 3MW4A 2XB6C 4H53A 3AX4A 4LBQD 1E8UA 2JJ6A 1JYCA 5FRAA 3RS6A 1A3KA 2ZAAA 3AYEA 2ZGOA 1UZYA 2D6NA 4WV8A 4Y20B 5T5OA 1GZCA 1YI7A 1EURA 3AP5A 1QOSA 2VSKA 3ZSLA 2HTRA 1E8TA 3GVKA 2QWKA 1HKDA 2YA5A 2ZA9A 1V6IA 4FPLA 1V6NA 2PHWA 2JECA 4LBOA 2EXHA 2HTVA 1MVEA 4UF7A 2ZGTA 5KXDA 2VU9A 4JCKA 4Y20A 1DBNA 1CONA 1RINA 3AZWA 2NMNA 4NN9A 1KRIA 5JMCA 2CMLA 3CL0A 4FPJA 1UPSA 1TEIA 1Z0HA 4P9XA 3IKWA 2W68A 4CPYA 4XMIA 1IKPA 1WW7A 5H9SA 1INXA 5DG2A 3RMXA 5E88A 3D11A 3RRDA 1FX5A 1DLLA 1DZQA 3BODA 2V5YA 3R4UA 2UWBA 2ES3A 1V6LA 1OFSA 1HLCA 3SH4A 3N7KA 4K1IA 3TI8A 1MS0A 2EXJA 4UW5A 3ZSKA 3ZPYA 4PCRA 1A14N 1OKQA 1MZ6A 1FATA 1GV9A 4LBJA 2XZIA 4L8QA 3AZVA 4XJ8A 4YGCA 3K3AA 4Y1YA 4Z8BA 1LU2A 3O0XA 4AVSA 1S0JA 4QN6A 2CYFA 3KM5A 1NCAN 3AP7A 1ZM1A 2NM1A 4I00A 2ZB5A 3INAA 1Q8PA 4K1ZA 2VK5A 2X9MA 1SLCA 2C4AA 2JDZA 1X50A 2EXIA 1CPMA 1V3DA 4AGGA 5JDBA 3V0AB 1LHUA 2P34A 2JKBA 1LJ7A 3ZXLA 1IVEA 1G9DA 1NNBA 4YW5A 2AH2A 2WT1A 2YZ4A 3WDVA 1INYA 1SCRA 2ZGPA 3ASIA 4M4VA 2W39A 5DUXA 4Q8LA 5JOZA 2ERFA 1IVCA 4MWYA 5H9RA 1KITA 4QN7A 3N35A 4LBNA 2OUJA 4YW4A 2VWDA 1QNWA 3V0AA 4FQ4A 3PVNA 1CR7A 1LEDA 3VKLA 2YMZA 4AGRA 1V3CA 1D2SA 1F8CA 4B7NA 2LALA 2GN3A 5H9PA 3W09A 1BJQA 2ZKNA 1UN1A 4BQ1A 2DYCA 5DUWA 2JE9A 2W08A 2P37A 4Q6KA 5HCFA 1O4YA 2UWCA 1Z4VA 1IKQA 2A5ZA 2AGSA 3SISA 1N47A 1Z78A 3LCPA 2D44A 1DHKB 4FOQA 5KXEA 4ITCA 3MEPA 3WOGA 1L7HA 5DZFA 4X4AA 3ILNA 4B7MA 1V0ZA 3BEQA 4FPHA 3N7MA 1QDOA 4Q8KA 3WG4A 3WUCA 4FP2A 5DG1A 1H9PA 3MW2A 2W5OA 2A75A 4YGEA 2F13A 5DXDA 2GNDA 4M4UA 4Y1UA 3VKOA 4AVTA 2YA6A 2I2SA 4M3CF 3N7LA 2DV9A 2ZHKA 1QOOA 1RITA 3WCSA 2GMEA 1N1SA 1S0FA 3VKFC 1WUVA 1BQPA 4ATFA 2D3PA 3LSDA 5H9QA 4H52A 3DGTA 4XJ9A 4ISRA 4Q27A 5SV8A 4X6KA 3FFZA 1MS1A 2DUQA 3O0WA 4AGVA 2YA8A 4LBMA 1SNTA 1B9VA 2SLIA 1XOEA 4MJUA 2LTNA 3A0NA 4M3MA 2ZHNA 4K21A 4GZPA 3Q9OA 5GALA 1V3BA 2VK6A 5CB7A 2DVGA 4GZTA 2EAKA 1SLLA 3MPPG 3OBTA 2R0FA 4MX0A 2YA4A 4WA5A 2R1DA 1BXHA 1LESA 3AP6A 4RL7A 1Z4XA 1AX2A 4C1WA 1KDKA 5HUMA 1MS8A 2DUPA 1LHWA 4YG0A 1CESA 2GMMA 4FPYA 5T5JA 4XJRA 3ATGA 2QWIA 1VAVA 4GZOA 5GLZA 1W6OB 1AJOA 1G8WA 5GLVA 4Y1XA 3VKNA 2H0BA 1G9FA 4FPCA 2DTWA 4FPFA 2DU0A 1SCSA 4DQAA 4YW1A 3U4XA 2EXKA 4UW6A 2A6YA 1ZA4A 1W6OA 3AXDA 4R9CA 1F5FA 4FZHA 1C4RA 4QN3A 5F9TA 1Q8VA 3CYEA 1MS3A 1CIWA 2UU8A 5GZGA 4YW3A 3N36A 3WLUA 1IVFA 3WDXA 2DVFA 2C4LA 1WW4A 2GDFA 1L7GA 2WSUA 4HIZA 1SBFA 4XIOA 3WDTA 1V6JA 1N1TA 3M1HA 5JLVA 4FPEA 1Q56A 1NCBN 5GZDA 1BZWA 2D3SA 2VW0A 5KXCA 5T5LA 2BF6A 3IM0A 2AEQA 5DZEA 2AYHA 2WSVA 3K36A 1QDCA 1WW5A 3IMNA 4HZYA 2FMDA 4YG6A 3W59A 2ARBA 1S1AA 2PHXA 3I8TA 4DFSA 2NYYA 3POWA 4TYSA 2W38A 1WCQA 2D43A 3ZYRA 2DVDA 3PVEA 5E89A 4CTEA 4K20A 3MW3A 4K1YA 1AJKA 1LOCA 4YG3A 1YYNA 2ZMLA 4XYXA 3ALXA 1WCSA 2WT0A 4XIKA 1AXZA 3QCWA 2CL2A 4U2AA 4B7QA 2F28A 2HTQA 1W21A 2F25A 1WLCA 3AYAA 1IOAA 3JUUA 2G4IA 4FPOB 4GWMA 3VUOA 2W52A 3NWKA 4XMAA 2R1BA 1UMZA 1EUUA 4WA3A 1QMJA 1DILA 1VIWB 4GJTA 1DGLA 4D69A 5DUUA 1LOBA 1C1LA 5NN9A 4K1HA 3OJBA 1ULDA 4MYEA 5HCBA 3TICA 2D7FA 2DU1A 3AYDA 3T1MA 1LEMA 4C1XA 3PJQA 4DPNA 2VK7A 4HZVA 1FNYA 3N7JA 4Q1RA 4YZ3A 1IS3A 1YXWA 4CPOA 4PBPA 3H0OA 2A70A 5B2CA 3NSSA 1JN2P 1F9KA 1MS5A 1NCCN 2F27A 3WVJA 1W0OA 2RHPA 2A7AA 1SLIA 5JVVA 5LK5A 5GM0A 1QKQA 4PF5A 1W6QB 1INVA 4Y22B 3R05A 1GZWB 5CNAA 2UWAA 4FP3A 1FYUA 3T1EA 1HQWA 4GZQA 3TB0A 3AYCA 1MZ5A 3PMEA 3SANA 2VY0A 4YM2A 5DZGA 4XJWA 2D6KA 1NXD1 1V0FA 1FV2A 4YFWA 2A3XA 4U36A 3T2TA 3TAYA 1W6QA 5IK7A 4HANA 4Y22A 4GA9A 1LOAA 1GZWA 3M3EA 2QWDA 3QLQA 3RSJA 4KS3A 1KQRA 2R16A 2QWJA 2D6OX 1N1VA 4Y1ZA 4KBBA 4GDJA 3BOPA 5HCAA 1GICA 2A71A 3TIBA 3ZXKA 2P3JA 1Z4WA 4MJVA 1GKBA 3ILFA 1PZ9A 5T5PA 3WHTA 2QWCA 5FREA 1V6OA 4ZKTB 1KDMA 2E51A 1UZZA 5IK8A 1I3HA 1ENRA 3FLTA 4Y1VA 2NN8A 2ZGUA 1W8OA 3SNMA 2PHRA 3CL2A 3ZXEA 3B3QE 4CRQA 4R9BA 1SLTA 3AJYA 4FVVA 1DYPA 1W0PA 1GBGA 1HQLA 5T52A 2DVBA 2CWMA 3CNAA 2BQPA 2F12A 4XBNA 4ATEA 4NO4A 2SIMA 1SO7A 3D12A 1C57A 4CZSA 2GNMA 1GYKA 2YROA 1S0BA 4HZZA 3O5SA 2D6PA 2BATA 3M3QA 2ZGLA 4GZWA 4MZAA 1LECA 1A8DA 4FQZA 1FV3A 2QWHA 4ASMB 1PZ8A 4XTPA 1PZ7A 2OUHA 2DWRA 1USXA 3H6JA 1G9CA 1FAYA 2ZMKA 5GJ6A 2YDTA 4LBQB 2UURA 2Q5TA 5EYXA 5T50A 3OGGA 2BERA 1IS6A 1DQ6A 1DIMA 2WLQA 1LHNA 3FUOA 3AZZA 4XILA 2F11A 4BPZA 4XXAA 1AVBA 4YM3A 3K38A 1EUSA 1LU1A 3WV6A 2F10A 5KXBA 4K1KA 2VSMA 2AEPA 4LBQA 4GKYA 4BMBA 5GZFA 4XBQA 3O0VA 3AK0A 1S0EA 1LGCA 1AXKA 1N3PA 4QNPA 2TEPA 4GALA 2ZGRA 3ENRA 3FLPA 4XBLA 2GNBA 2F0ZA 2XCYA 2EIGA 5IT6A 1B9SA 3V65A 1H30A 1W1XA 2NZ9A 4MZEA 3FUQA 1JXNA 1INFA 1LOFC 1Z50A 3RG0A 4PQ9A 2PHFA 1LHOA 1NNCA 4BM8A 1DIWA 1ULFA 2JD4A 1F8EA 1LTEA 4XJUA 4CPLA 1G9AA 2A6WA 3T1LA 5AVAA 4WA4A 4KS1A 4X47A 1OQ1A 2VW1A 1JHNA 1JW6A 3A71A 2E53A 1I1EA 2HTWA 4B7RA 3TI6A 3DUIA 4HZWA 1ENSA 1QGLA 1IS5A 2P3KA 3AP9A 2CNAA 4M3CB 4NC5A 4GWNA 4TZDA 3WG2A 1INGA 5IK4A 2SBAA 4RA0A 1LGBA 3I4IA 1YIFA 4M01A 5T55A 2VW2A 1Q8OA 3B01A 2CTVA 2W5NA 5IUQA 1Z4YA 1CN1A 3RQ0A 2HYKA 2PHUA 3JU4A 7NN9A 1INHA 4M3CA 2AREA 1MACA 3B69A 3PVOA 2XZJA 3D5OA 1HDKA 4YW2A 4M4NA 3POYA 1VCJA 5L73A 5CA6A 4JC1A 2ZGQA 2PELA 2WQZC 4ZXKA 1IS4A 2HTUA 4ISQA 5EXOA 4XOGA 4YLZA 1USRA 5JYYA 4W65A 5T54A 4DS0A 4WEFA 3H72A 3WDYA 3WZ1A 1QNYA 4GZXA 2D6MA 1NSCA 4YM0A 4FVKA 5JOWA 4K3YA 4X49A 2B8HA 1GZ9A 4BOWA 2V73A 4UW4A 3WCRA 4OZXA 2KM2A 2HU0A 2P2KA 1URXA 3IN9A 2AUYA 1UL9A 3ZYPA 1LENA 1MS9A 2ZHLA 1JYIA 3W58A 3VV1A 3M3CA 4MWUA 3TI4A 2ZB6A 3B7EA 4H55A 1UX6A 1EPWA 4GXLA 1GNHA 1MS4A 2F29A 1LOGA 1S0GA 4JRAA 5HX0A 3ZVXA 1SACA 3B9CA 5GLWA 3D4KA 4XDQA 4XJAA 2E7TA 1W6NB 4BLJA 3WUDA 4Q1PA 1U0AA 1GANA 1XOGA 2GN7A 1V6KA 4QN4A 4YZ2A 3ZSJA 3TI3A 1AZDA 4GB1A 4SLIA 4CPNA 3NN9A 3BIWE 1DQ5A 2ZGNA 5GLTA 1W20A 1N3OA 1WD4A 1LULA 4GKXA 3AFKA 4WVWA 3ZSMA 5HUGA 1WW6A 1DQ0A 2VUAA 2GNTA 1N3QA 1O4ZA 3WHUA 1W6NA 1CQ9A 3SLIA 3KQRA 1W8NA 4LBLA 2OVUA 3APBA 3O12A 1APNA 2F24A 1MVQA 2A6VA 2VH9A 4IQPA 3O9JA 2A3YA 4HL0A 2A6ZA 2YV8A 3OYWB 2ENRA 4JF7A 1A78A 3A4UA 1QF3A 1S0DA 1YRZA 2DVAA 3SH5A 4NOTA 4R9DA 4I30A 3GALA 2YY1A 5IK5A 2SILA 5HUNA 3SITA 4XJZA 2D3RA 3HMYA 4YGBA 3GNEA 1SFYA 1Y7BA 2YA7A 1V3EA 4CPZA 3SH3A 3OYWA 1AXYA 2GALA 2ZGMA 5GZCA 4XHXA 2WNEA 1R1ZA 1QU0A 1YO8A 3WNXA 3LSEA 3BTAA 3V64A 4UW3A 3UK9A 3USUB 4Q26A 2W20A 1WLDA 3SILA 1UKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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