1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
100200300400500600020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
2HTRA 2FMDA 3OPZA 4WV8A 3BEQA 1HLCA 4NC5A 1NSDA 2R1DA 3VKOA 1UL9A 1EUTA 2UU8A 1BQPA 4Y24A 2WSVA 2LTNA 2DVDA 2VSKA 1MZ6A 3B00A 1CJPA 4Y22B 5BYNA 2F27A 3TI6A 1F5FA 3K36A 3CKZA 3TI4A 2A7AA 4CZSA 2A6YA 5KXBA 1W6MA 1CN1A 2DYCA 4GJTA 2OUHA 1FV2A 3D6EA 1AXKA 1S0FA 4XTMA 4XTPA 1S0DA 1W6PA 1SLAA 1INHA 5DZGA 1ULFA 3FBYA 1LEMA 3RMYA 3V0AA 1C1LA 2D44A 2VVZA 1XOEA 4P9YA 1IS6A 2HU0A 1V6KA 2F24A 1KDMA 1HDKA 2VW1A 1INFA 3IPVB 2R0FA 4SLIA 2WSUA 1IVFA 2A3YA 2P3JA 4XXPA 4K1KA 1LODA 4GA9A 1HQWA 3A72A 2GNDA 4JF7A 4YGDA 3OJBA 1W6QA 4XJUA 2AGSA 2ZHNA 4YM3A 1IVDA 1QOSA 3T1MA 5JOYA 2VK6A 4Q8KA 1VIWB 3R4UA 2GNMA 1VCUA 1G9BA 4MWJA 2PELA 2ENRA 1AX1A 1NLSA 2R49A 1QOTA 2GNTA 1WW5A 4Y1XA 2XCYA 1MR5A 1V6OA 1B09A 2ZHMA 1Z4ZA 3VKFC 2WT1A 4LBJA 5L73A 1Q56A 4YM0A 2DVBA 2YA6A 4AVSA 1N3OA 1MACA 4M3CE 4PCRA 2QWBA 3ZSLA 3VUOA 1ENRA 4NOTA 1ZM1A 5GLTA 3MW3A 4Y20B 1GZWB 2P34A 2DU0A 2AEQA 2HTQA 4MWLA 1GV9A 4XMIA 1LCLA 1MS0A 2GNBA 2JJ6A 2YV8A 2EALA 4J9TA 3L2YA 4YLZA 1AF9A 4LBLA 1L7HA 2C5DA 4MC7A 1GBGA 2I2SA 5CB7A 1D0HA 4YZ1A 1E8TA 1G9FA 2C9AA 4C1XA 2C4AA 3N36A 3A0KA 3D4KA 2B8HA 2ZA9A 4RA0A 3FFZA 3QLQA 3SH5A 4BMEA 4UF7A 5JMCA 1UAIA 2SLIA 5T50A 3OBTA 2QWKA 3HMYA 4H53A 1ULEA 3TI5A 1F9KA 4GXLA 3D5OA 3KM5A 3VKLA 2ZAAA 4FQZA 2BZDA 2HU4A 3ZSJA 1DQ4A 2B7YA 2YXSA 1LJ7A 4XJAA 4Q1RA 1MZ5A 2W08A 4AYUA 4XOGA 2PHUA 3BIWE 5EYYA 1N1VA 4YFWA 5DUUA 5AVAA 2A5ZA 3NV1A 4Q27A 2ZKNA 1AX2A 1V6NA 1CR7A 1E8VA 2HTVA 2VK7A 3WDWA 4YG3A 1GICA 3SH4A 5JYYA 1S0EA 1NCAN 3LSEA 1DFQA 1PZ7A 3I4IA 4KS3A 4X49A 2RKCA 2ZGRA 4W65A 1VAMA 2QWJA 3RSJA 1NMAN 4FJ6A 3JUUA 3IM0A 3WDXA 2GN7A 4WEFA 4ATFA 1FAYA 4QN5A 3PMEA 3WDTA 5B2DA 4WVVA 3CL2A 2AENA 1LGBA 1QDOA 2ZABA 3M3QA 1R1ZA 1V6MA 4LBOA 2QWGA 4XE9A 3WVJA 3PVEA 4AVTA 4R9AA 2SBAA 1DILA 1IVGA 1N3QA 1DIWA 3ZYRA 5GJ6A 3CYEA 1MS8A 3V0BB 3AZXA 4KS2A 4LBQA 2ZGUA 3AFKA 4AGRA 4XYXA 4GZTA 5KXEA 2DVAA 4YW4A 5HUKA 5IK4A 3PJQA 4R9BA 1AZDA 3AYCA 1NMBN 3AZVA 3WCRA 5CA6A 1W6NB 3INBA 1LU2A 4PBOA 5KXCA 2F10A 4Y1ZA 2DUQA 2NM1A 1EUSA 4TZDA 2NYYA 4ZXKA 4ATEA 4XJWA 4YM2A 4GEZA 2UWBA 4FPHA 2WQZC 4FPKA 4K1JA 4WA5A 2A75A 4Q8LA 3B7EA 1GKBA 2ZACA 4HL0A 4ITCA 4YGBA 4M3CA 4K3YA 1V6IA 2WKKA 3RRDA 2VU9A 2P37A 2E7TA 3T1LA 4XBQA 1ENSA 2YA7A 3AXDA 3H0OA 2F12A 4HZYA 2NP0A 2QWAA 1DQ1A 3H73A 2EF6A 4MWQA 2OW4A 1IKPA 1QNWA 1BZWA 3WZ1A 2OVUA 3POWA 1Q8PA 5GM0A 5HUMA 1LULA 1ULCA 3ZVXA 2YMZA 2AR6A 4UW5A 1RINA 1VCJA 2D6KA 1INGA 3AJYA 4CRQA 1KJLA 4MWXA 4YG0A 5CNAA 4FPEA 3OY8B 1YO8A 4M3CF 1V0FA 4B7QA 5F9TA 1W6OB 3SILA 1GNHA 4X47A 1LOFA 5H9QA 5GLWA 2VH9A 2A6VA 4MWYA 2JKBA 4Y22A 2HTWA 3VKMA 1G9CA 2A71A 1INWA 2GMEA 3JU9A 5HX0A 5T5OA 2F25A 1LECA 1AXYA 1AVBA 3N7JA 1WW4A 4ASMB 1WD3A 1GNZA 1DHKB 1NMCA 4XZPA 1CPNA 4MWRA 3ILRA 2HTYA 3B01A 2ZGQA 1FATA 3SLIA 4KBBA 3W58A 1QDCA 1W20A 3IPVA 1B9TA 2DTWA 3AXEA 4MZEA 2D43A 4YZ4A 2DV9A 4XHXA 1MVEA 4FPFA 1WLWA 1JBCA 1V3BA 3TIAA 1RITA 3GVJA 4ISQA 4BM8A 4BMBA 5E89A 2A70A 3AP4A 3AZYA 4XJQA 1GZ9A 1JUIA 4DRVA 2CL2A 3AP5A 1Q8OA 6NN9A 3WG2A 3TICA 1N47A 4XJ8A 2ERFA 4XJ9A 5IK8A 1F8CA 1WCSA 1SACA 5JDBA 3WDVA 2AYHA 4C1WA 1G7YA 5GZCA 4L8QA 5H9SA 3OYWB 1N3PA 1O4ZA 2YY1A 4KS5A 2WT0A 2VW2A 1SCRA 1WW7A 1ULDA 2CMLA 2QWIA 4R9CA 4Y20A 1X50A 4GDJA 1GZWA 2R1BA 1SLIA 1USXA 1S0GA 2YDPA 3WUCA 3VV1A 2EAKA 5JOWA 1Z4WA 4GB1A 4BPZA 2CWSA 1JN2P 2UWCA 1V3CA 1QKQA 2W5NA 4FOWA 5JOXA 1N1TA 2NMOA 2YZ4A 4QNPA 2JECA 4M01A 4JRAA 3V65A 2VWDA 1OQ1A 1INYA 3AP7A 2W20A 4M4UA 2HT8A 1MS5A 5HUNA 4X4AA 1F8BA 3PVOA 1KRIA 4FP2A 3BODA 7NN9A 4WA4A 2D6NA 4WA3A 4XJZA 1SFYA 1SCSA 4KS1A 3AJZA 1DQ6A 3N7MA 2GN3A 1SLLA 1G9AA 1ZA4A 1WUVA 4H52A 1QMJA 2GDFA 4D8SA 1LOEA 1WCQA 2ZZJA 4Q26A 4MYEA 2LALA 1FV3A 1JXNA 2A6ZA 4U36A 3V64A 2YA8A 3FLTA 4ISRA 4YG6A 3A0NA 2NMNA 1SLCA 4MZAA 3H72A 3BTAA 2F29A 5IK7A 2V73A 1INXA 1C1FA 1WBFA 1NCCN 3N7LA 1LESA 4Q1PA 4GZQA 1W8NA 4CPOA 1IKQA 2ARXA 2A6XA 5GZEA 1UZZA 5GZFA 1GZCA 2ZBJA 1NSCA 2DU1A 1FX5A 2SIMA 5IK5A 3V0BA 4CPLA 4XIKA 2ZB6A 3N7KA 1MWEA 3IKWA 3SANA 2PHTA 1IS3A 1OFSA 2ES3A 1V3EA 1KITA 3N35A 2EXJA 2ZMLA 3POSA 2D3SA 2XZJA 3RMXA 5HCFA 2DTYA 2D6OX 5DUXA 3M2MA 5T5LA 4BBWA 4FPCA 3DUIA 3B69A 3LCPA 4GZPA 1Z78A 2A3XA 4JC1A 3W59A 1W6NA 4B7MA 1DLLA 1Q8SA 4Z8BA 1SBEA 5IT6A 3AZWA 1G8WA 3AYDA 1S0JA 1LU1A 2D6LX 3O9JA 4P9WA 4U2AA 4HANA 2F13A 4LBQD 2GMPA 3WNXA 3ZXLA 2VXRA 4MX0A 1DGLA 4YZ2A 2P2KA 3TIBA 1LGNA 4AWDA 4FOYA 5NN9A 1ENQA 2WT2A 4AGVA 1W21A 5E8AA 3UJQA 4PQ9A 1MVQA 1FNYA 2QWDA 4M4NA 1ONAA 1YRZA 4CPMA 3NSSA 3GNEA 1DQ0A 3DGTA 2F28A 1DQ2A 2R0HA 1F8DA 1SO7A 3R4SA 4XHBA 3WG3A 3M1HA 4HZWA 1TEIA 4YZ5A 2GALA 5H9RA 4JCKA 4YM1A 3WHTA 1AXZA 3WOGA 4WEGA 1KJRA 4GZOA 5GLUA 3K37A 2H0BA 1S0CA 1Z4XA 1IOAA 2F11A 4WVWA 3A4UA 2VSMA 2VY0A 2WNEA 1F8EA 4I00A 3OY8A 1W6OA 3WV6A 2DVFA 4X6KA 3D12A 1UZYA 2HT5A 1Q8VA 1PZ9A 3WUDA 2JE7A 3Q9OA 4P9XA 3ZXJA 5T5PA 4NCSA 2PHRA 1V0EA 3QCWA 3OBRA 3POYA 1IS4A 5DZFA 5DG2A 4MJUA 4YGCA 4BLJA 3WDUA 4Y1VA 3ZSKA 1YYNA 1AX0A 2DUOA 3FLRA 3H6JA 3BOPA 5GALA 1S0IA 2D7FA 2HYKA 3AP9A 1NSBA 1Y7BA 3RG0A 4DGRA 3PVNA 3SALA 1NNAA 3B9CA 1GSLA 1D2SA 1DYPA 1I3HA 2YA4A 3CL0A 4MWWA 4K21A 5FRAA 2WJSA 1LOGA 5CBLA 2AEPA 4LBKA 3AP6A 5DZEA 4BLIA 1NN2A 1O4YA 1A14N 4FVKA 5JVVA 1CQ9A 5M1ZA 5T5JA 4H55A 1BYHA 1QGLA 2CY6A 2QWFA 4K1IA 4DS0A 1MS9A 4GZWA 1NCDN 4K1HA 4CPNA 5CAZA 2ZGNA 2D6MA 3MW4A 5T54A 3INAA 4K20A 2D6PA 3OYWA 1UMZA 3ZXEA 4TYSA 1KQRA 4GWMA 1APNA 1WW6A 4AVVA 2NN8A 2ZGPA 1NCBN 4HZZA 1WD4A 1NNBA 2PHXA 1SNTA 2EIGA 1ULGA 4BOWA 4B7JA 2C4LA 2JD4A 1YI7A 1KDKA 2PHFA 3IMNA 4XJRA 1MS3A 1VAVA 1PZ8A 3KQRA 3O0WA 4PBPA 3GVLA 4FPLA 1C57A 3ENRA 3WHUA 4GKYA 3O12A 2Z42A 2UWAA 2E6VA 1QNYA 2VW0A 3O9KA 4XILA 4DFSA 2VUAA 1LHVA 2ARBA 4ZKTB 3M3EA 1LEDA 4M4VA 1F31A 4YW5A 2XG3A 2E7QA 5DUWA 1A8DA 2BF6A 4P14A 4XDQA 4XIOA 4XBLA 3USUB 1IVBA 1XOGA 4UW6A 2DWRA 1UX6A 2AUYA 1SLTA 1DZQA 1S0BA 4FPGA 1USRA 2VK5A 3ZPYA 1EURA 2BQPA 4XMAA 4GZXA 1V00A 2ZHLA 4Y26A 2JDZA 3D11A 2ZGTA 1LENA 1BKZA 2P3KA 4LBMA 5H9PA 2XZIA 5IUQA 4XXAA 3AYEA 4I30A 3ILNA 4IQPA 3WCSA 2YDTA 3WG1A 2AREA 1Z4VA 5DUVA 3RS6A 1YIFA 1URXA 1A3KA 4QN7A 1W0PA 2TEPA 2DURA 3FUQA 3MPPG 4NO4A 1YXWA 3TAYA 2ZGSA 4CPZA 1GLHA 3T2TA 1MS1A 3FLPA 1G9DA 2EXKA 1L7GA 4BQ1A 3T1EA 2CNAA 3B3QE 3UL2A 2F26A 1CPMA 1W6MB 2RHPA 1HQLA 2R16A 2F0ZA 3CNAA 1WLCA 2D3PA 1JW6A 1SBFA 1V6JA 1WLDA 2W38A 1Z0HA 1W6PB 3M3CA 5HCAA 2CYFA 1EPWA 1RIRA 1BJIA 3V0AB 2W5OA 4B7NA 3JU4A 2BERA 1G86A 4PF5A 4DQAA 3VKNA 1JYCA 3IN9A 5EYXA 1GYKA 2X9MA 3ALWA 4QN4A 3ATGA 2A3WA 2ZHKA 4CTEA 4QN3A 1CESA 2EXIA 1C4RA 1CONA 3SNMA 4MWUA 1J1TA 1W6QB 3HR9A 4YZ3A 2HT7A 4FPOB 1L7FA 1FYUA 3ASIA 5FREA 4MJVA 1UKGA 3ZXKA 5T55A 4NN9A 3R05A 2DUPA 1SBDA 3O0XA 3WG4A 1B9SA 2FHRA 4FVVA 2Q5TA 4K1YA 1LOBA 4YW2A 1V6LA 4XBNA 2W52A 3AX4A 1JOJA 2PHWA 4GALA 3FUOA 4UW4A 1H9PA 2BATA 1A4QA 4OZXA 4Q6KA 4HIZA 2W68A 4HZVA 5DG1A 5GZDA 4YW1A 3NV3A 3LSDA 3OGGA 1NNCA 3ZXFA 3UJOA 1W8OA 3N3HA 3WDYA 2WLQA 1NXD1 4D69A 3MEPA 2G4IA 1IVCA 4LBNA 2ZB5A 1U0AA 1INVA 3NN9A 3TB0A 2A6WA 3UK9A 2YROA 4QN6A 1H30A 3C2UA 4FPYA 3ALXA 4AGGA 2W39A 1GANA 2QWHA 5HUGA 4GKXA 5GZGA 3AZZA 1OKQA 1LOAA 2XB6C 5JLVA 1N1YA 1Z4YA 2QWCA 1LHUA 3U4XA 1UN1A 2CWMA 4FOQA 4DPNA 2ZGLA 4WZFA 3ILFA 2ZGMA 1LHNA 1H9WA 4Y1UA 1V3DA 1BJQA 1B9VA 4MWVA 1Q8QA 3O5SA 3A71A 3AYAA 5T52A 2ZGOA 3O0VA 5E88A 4M00A 3WLUA 4FPJA 3SITA 4GDIA 5GLZA 2P3IA 1LHWA 4B7RA 2SILA 3NWKA 3K39A 1QU0A 2HTUA 5HCBA 3GVKA 1EUUA 3K38A 3M3OA 3NV2A 2UURA 1V2IA 2XZKA 3MW2A 3HN1A 5B2CA 1I1EA 3APBA 5SV8A 4GZSA 4FQ4A 2ZMKA 1LOFC 4YFZA 1HKDA 2CTVA 4RL7A 4LBQB 5JOZA 5KXDA 3GALA 1W0OA 1DQ5A 3AK0A 1A4GA 1BXHA 1CVNA 2JE9A 2E51A 5DXDA 1MS4A 1IS5A 3ZYPA 1Z50A 2GMMA 2OUJA 4Q2FA 3H71A 2V5YA 2QWEA 1N1SA 4Y1YA 1S1AA 1W1XA 1XQNA 1V0ZA 4KS4A 3I8TA 1VALA 2YA5A 2AH2A 4YW3A 3NV4A 1SLBA 4K1ZA 1DIMA 3W09A 2E53A 1JYIA 3TI8A 3ZSMA 1E8UA 1JHNA 1LHOA 1AJOA 1CIWA 4FOVA 5F5QA 3USUA 4UW3A 4YGEA 4M3CB 1AJKA 2D3RA 1LTEA 2KM2A 4FZHA 2NZ9A 1FNZA 1WBLA 4M3MA 3K3AA 5LK5A 4CPYA 1LGCA 1QF3A 1UPSA 3RQ0A 1DYKA 2EXHA 5EWSA 5GLVA 1QOOA 4FP3A 3TI3A 4HZXA 1LOCA 1DBNA 1A78A 4R9DA 1VLNA 5EXOA 4GWNA 1IVEA 2ZGKA 2ZMNA 4DRRA 3SISA 4F83A 3SH3A 2DVGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CFCC 4RGAA 1R1A3 2FMDA 3OPZA 2WBKA 2YPDA 3PNAA 4WV8A 4YVWC 3WF1A 4IESA 2HTRA 5FMOL 2FP9A 2BRTA 4CDUB 3BEQA 4RQPA 1XJAA 4DY3A 1HLCA 3BCWA 4NC5A 1NSDA 1PMJX 1XB9A 4CUAA 2R1DA 3VKOA 5FZJA 4M4RA 1H2LA 1UL9A 5JCTA 3GBFA 1EUTA 4XURA 2UU8A 2J1EA 2H6CA 1WCUA 1RJ8A 4QXKA 1BQPA 4Y24A 3IIAA 2WSVA 5FXVA 2LTNA 1E5SA 2WNVA 2DVDA 4G3YC 5F3CA 2BYVE 2IXHA 1F35A 2HWB3 1UXZA 1W9TA 2B5HA 3RZZA 2VSKA 1MZ6A 3I2GA 3B00A 1CJPA 4Y22B 1OF3A 5A7WB 5BYNA 1W06A 4CPBD 3RYRA 3RPQA 5FXZA 3H9AA 2F27A 1VE0A 3VDDB 3MPBA 4NIGA 1XNAA 2QZ2A 3LGRA 3TI6A 1F5FA 3K36A 4KWLA 1QJY3 3DYPA 4DG6A 3V1SA 3AKQA 3CKZA 3TI4A 2A7AA 5DAXA 4CZSA 2A6YA 4O61A 4XAEA 5KXBA 1W6MA 1CN1A 1UY2A 2DYCA 3MIEA 4GJTA 2R072 4NIDA 1PX4A 2OUHA 4LA3A 3JBG2 5ANNA 5ABJA 1FV2A 4CXYA 4TWTA 3D6EA 5CFDB 3CU7A 3H8OA 1AXKA 1X7NA 2QQKA 5JXIA 1Y43B 1VBB1 5FWWA 2QE8A 3FC0A 4EE2A 4QPGC 2V5DA 2RS11 1HX6A 4GWJA 4BWOA 1S0FA 4JGYB 4XTMA 1MEC2 2QZ3A 3E6BA 4XTPA 3MLKA 1S0DA 4QT6A 1W6PA 5IVVA 1SLAA 4L97A 4GULA 3SQOA 1INHA 1BBT2 1F15A 5DZGA 3VBUB 3OGSA 5C3RA 1RXGA 5FZKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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