1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
5IK8A 3OY8B 1FNYA 2WT2A 5DZEA 2VSMA 2VSKA 3M3QA 2SLIA 1W8OA 2YA4A 1SCSA 4BM8A 1G9BA 2CNAA 3R4SA 2R49A 3NWKA 1ULEA 3SNMA 2F12A 1DYPA 2JE9A 1VLNA 3OYWA 1DIWA 4Q1RA 1B9SA 2DTWA 5GM0A 1IVFA 2WNEA 1CVNA 5HUMA 4QN7A 1QNYA 4KS3A 4XMAA 3AYCA 4Y1XA 4P9WA 1LULA 4WEFA 3TI6A 1AZDA 2R0FA 1QOSA 1YXWA 1SBEA 1S0IA 2P34A 2UWBA 1DQ6A 1G9FA 4DS0A 1L7FA 1Q8OA 2DU0A 3AP6A 1ONAA 3FBYA 1F31A 5SV8A 3IMNA 1NSCA 1OKQA 1KRIA 2HT8A 1CONA 3O0XA 2F25A 1EURA 1USXA 2QWCA 2JE7A 3AZWA 2VW1A 1F9KA 1ULGA 1IS6A 3FUQA 2JDZA 5DUXA 2YZ4A 1DLLA 4DRRA 2PHXA 1R1ZA 4U2AA 6NN9A 3M2MA 1FV2A 3DUIA 2ZGRA 5T54A 3SISA 1PZ7A 1TEIA 4FPHA 3O5SA 5CBLA 2OW4A 1QF3A 2DURA 4YG6A 2D6MA 2EALA 2VW2A 2W38A 1A4QA 3UJOA 3V0AA 4GA9A 2C4LA 2JJ6A 1DQ4A 5H9RA 4FQZA 1YO8A 3CKZA 5E8AA 1LCLA 2PHFA 3M1HA 1LESA 2GNBA 5HCAA 2PHRA 1MWEA 4B7RA 2UWAA 4JRAA 1WD4A 1F8DA 2ZHKA 3INBA 4M00A 1UZYA 3CL0A 4WVVA 1A3KA 4GZXA 4XOGA 2BQPA 1CESA 2YA6A 4B7NA 4Z8BA 4D8SA 1WW7A 2BATA 2CWMA 1GANA 2DVDA 1NSBA 5IT6A 3BODA 2ZGMA 2VWDA 4GZQA 1JXNA 1NCBN 4LBMA 1N1TA 4RA0A 2GMPA 2VUAA 1Z4XA 1CQ9A 3N7MA 1AJOA 2A70A 3FLPA 3AXEA 3SH3A 1IS5A 4YG3A 2XZJA 1V00A 4Y1VA 7NN9A 1ENSA 1J1TA 4XTMA 3AP5A 2CYFA 4I30A 1QNWA 1QDOA 1L7GA 1INGA 2F10A 3WDUA 5DUWA 1W6MB 3A0KA 4ITCA 4HIZA 4MWRA 2YROA 3WUDA 4K1HA 2ZB5A 3DGTA 3VKLA 1A14N 5JOXA 4FPGA 4MWVA 1V3EA 5EWSA 2HTQA 3RMXA 3WNXA 1NN2A 1INWA 4K3YA 1DIMA 5M1ZA 1GZWB 4JCKA 1RITA 2NYYA 2B8HA 1Z4ZA 3M3OA 1UL9A 2PHTA 2DV9A 4GZTA 5DXDA 5GALA 4FVVA 3O12A 1JUIA 4K1ZA 4XJ9A 1W6QB 3VV1A 2W08A 3IM0A 1PZ9A 3IPVB 4K20A 3A4UA 5B2DA 4X6KA 3L2YA 1SLIA 2QWBA 2F11A 1BJQA 4JC1A 5DG2A 3UL2A 4MWXA 2ZBJA 1LGNA 3IN9A 4MWJA 1N3OA 3JU4A 5EYYA 3H71A 2OUHA 1HQLA 4AWDA 4BMBA 2QWIA 3WDTA 5BYNA 1V6MA 2HTWA 1PZ8A 1I3HA 4B7QA 1Q56A 2ERFA 1ZM1A 4BPZA 1V6KA 2D44A 3MW3A 4UW4A 5HUGA 2HTVA 2GNMA 1C1FA 1AX1A 2EXJA 5B2CA 3W09A 3WDYA 5HUKA 1LJ7A 4TYSA 4HANA 1MS4A 1S0GA 3TIAA 2OVUA 1LHVA 4Q8LA 3A0NA 5DUUA 2BERA 1WLDA 4D69A 3USUB 4QN4A 3QLQA 1GNHA 2A6XA 1Q8PA 4DFSA 3NV1A 1FATA 1IVGA 2W20A 4ISRA 1N47A 3AJZA 1SLBA 2ZGTA 2Z42A 4Q2FA 4YLZA 1HQWA 2ZGNA 2SBAA 4FZHA 2A6YA 1ULCA 2ZABA 4GALA 3ZSKA 2A75A 2X9MA 3WUCA 4QNPA 1MZ6A 3ILNA 4UW6A 1N1SA 3TI3A 4M3CB 3B00A 2D7FA 1W0PA 4YFZA 2AYHA 1ZA4A 3N3HA 2P3KA 1W6NA 2A6WA 2WLQA 2WSUA 5DZGA 1YYNA 4P9YA 1KITA 1LGCA 4BOWA 4RL7A 1CIWA 1X50A 4Q1PA 2HT7A 1WW6A 1HLCA 3K3AA 1USRA 2A3WA 3W59A 1S0BA 3CYEA 1XOGA 3ZXJA 1NCDN 2VK5A 1LOEA 1MS9A 1G9CA 3N7JA 4YZ5A 4L8QA 4YZ1A 1O4ZA 5HCBA 4GDIA 2CMLA 1GNZA 3NV2A 1GLHA 1LODA 2EAKA 3JU9A 2WT1A 1G9AA 4MJUA 1BYHA 5AVAA 2ZGSA 1MVQA 3ZVXA 4Y20B 1LU2A 2GMEA 2F24A 2VW0A 2D6KA 2WSVA 3TI4A 4CPNA 1V0FA 2VU9A 1WBFA 3WCRA 1YIFA 4U36A 2EXKA 3NV4A 3RMYA 1W6PA 1URXA 2RKCA 2D3SA 1JYIA 3SLIA 5T5JA 3SILA 1VIWB 3AZZA 1E8VA 3R4UA 3M3CA 4AGVA 2CL2A 1LU1A 3HR9A 3AFKA 3WHTA 2F13A 5E89A 4Q27A 1IS3A 2DWRA 4NCSA 4LBNA 3WDWA 1W6MA 3CNAA 1HDKA 4F83A 2G4IA 2WT0A 1LENA 4OZXA 2GN7A 4P14A 2D6OX 4XIKA 2QWKA 1MR5A 2VK6A 1BXHA 4YGCA 1KJLA 4XJWA 4FQ4A 2ZGUA 4XJZA 3K36A 4CRQA 1GZWA 4GKXA 2H0BA 1QKQA 3WG4A 1S1AA 4M4UA 4MWWA 5IUQA 1AXKA 1NLSA 4GEZA 1C57A 1A8DA 1QMJA 4QN3A 1QGLA 1VALA 3T2TA 3HN1A 3RS6A 1C4RA 4ASMB 4AVTA 1GKBA 5GZFA 2KM2A 2ZHNA 2NP0A 1MS8A 3D6EA 1LOCA 1INHA 1SBFA 1W6QA 1F8CA 3MW4A 3IPVA 1SLLA 4LBQD 2QWJA 1SNTA 5T5LA 2E51A 4B7JA 2EXHA 3PVEA 5T5PA 4ATEA 2HTUA 1UAIA 3T1LA 4DRVA 1EUTA 2ZKNA 2A7AA 5H9PA 1F8EA 1IKPA 4M3CF 3N35A 4NOTA 2Q5TA 4CPYA 4M3MA 4HZWA 5GZEA 1DHKB 3AZYA 2E53A 4BBWA 3NN9A 1V6OA 3RG0A 2CWSA 1UZZA 4CTEA 3V0BB 4PCRA 2CTVA 2A71A 4MC7A 3TB0A 2F27A 1F8BA 1WUVA 3N7LA 2ZGQA 3VKFC 4BMEA 1Q8SA 1Z50A 3KQRA 2F0ZA 4X4AA 4SLIA 1XOEA 3VUOA 1AVBA 3VKMA 3ZYRA 2YDPA 4FPOB 4GKYA 1A78A 3OGGA 1MACA 4XHXA 2F26A 3POSA 3USUA 3UK9A 4IQPA 1Z78A 2AH2A 4KS4A 4K1JA 3D4KA 2D6NA 4GZPA 3POWA 2DUPA 1NMBN 2YV8A 5JOZA 3I4IA 1LOBA 4FPFA 3IKWA 5H9QA 5LK5A 3N7KA 4AVVA 4MWQA 4QN5A 1ULDA 1SLCA 1E8TA 1IVCA 3O0WA 4M3CA 3C2UA 4MWUA 4UW3A 4X47A 2C5DA 3ALXA 1VAMA 4R9CA 3RQ0A 4YZ2A 3B9CA 1V0ZA 1BJIA 5IK5A 3UJQA 1WBLA 3Q9OA 5GLTA 2QWFA 5E88A 4FPJA 1G7YA 4UF7A 2ZGLA 4CPZA 3K38A 2A3XA 1DQ0A 1S0EA 1VCUA 3D12A 1NMCA 4WZFA 3RSJA 4YM1A 1H9WA 4XZPA 1GBGA 1UX6A 3I8TA 2ZHLA 1DZQA 2B7YA 2NN8A 5DUVA 3QCWA 3AYEA 1WCSA 2LALA 4LBQB 1SFYA 3AZXA 3AP9A 5JOWA 4KS1A 2DVFA 4JF7A 4FPCA 4UW5A 2XZIA 2YA8A 3OY8A 2VVZA 1DQ1A 4Y20A 1IVBA 1JYCA 2DTYA 4TZDA 4ISQA 1MS0A 1APNA 1LEDA 4PBOA 3APBA 4H53A 2AUYA 2ZMKA 1CPMA 1I1EA 2F29A 5DG1A 2E6VA 3V0AB 1Q8VA 3OBTA 5F5QA 3NSSA 1BKZA 5JVVA 1WLCA 1LHWA 2W52A 3W58A 5FREA 1ULFA 4PBPA 5HCFA 4LBOA 2XB6C 2D6LX 1U0AA 2QWHA 2PHUA 3TICA 1KQRA 4YM2A 2W5OA 2AREA 3WDXA 5IK7A 2JD4A 1N1YA 4GWNA 4GWMA 3VKOA 1JBCA 4FOYA 3B01A 4GJTA 2A3YA 3WG3A 2ARXA 1CR7A 3WV6A 4XJRA 5CA6A 4MJVA 3KM5A 4WA4A 1XQNA 2NZ9A 1UKGA 3CL2A 2EIGA 5GZCA 5EXOA 5KXCA 3N36A 4H52A 4DGRA 4WA3A 3B3QE 2ZGPA 1LECA 4XIOA 1SACA 1N1VA 4X49A 3ZXKA 3WVJA 4YFWA 3ILRA 3BEQA 4XJAA 1ENRA 4DPNA 1JOJA 4MX0A 2DVGA 4GXLA 2VY0A 4YW5A 1JHNA 1NNBA 2LTNA 1V6NA 4PF5A 3JUUA 4WA5A 5T52A 2UWCA 3INAA 2TEPA 1FAYA 3FFZA 4Y22B 3WLUA 3ILFA 4YW1A 3V65A 1VCJA 3MPPG 2D3RA 1W8NA 4YG0A 1CPNA 1KDKA 4YZ3A 1UN1A 2W39A 1EPWA 3TAYA 4XBNA 2BF6A 1DILA 3ZSJA 4XHBA 3T1MA 3TI8A 3PVOA 2BZDA 3MEPA 3V0BA 1ENQA 2ZA9A 1SCRA 2YA7A 3D11A 5T50A 3B7EA 3T1EA 4FP2A 5GLWA 3AJYA 1INFA 3LSEA 1RIRA 3HMYA 4FPLA 5JMCA 1GV9A 4XE9A 4AVSA 3H73A 4YM0A 4MWYA 3AK0A 1JW6A 3H0OA 1YI7A 2ZHMA 3ZSLA 4MYEA 4CPLA 3GVJA 3OBRA 4H55A 2E7QA 1FYUA 4K1KA 2YA5A 1V6LA 3D5OA 3V64A 1L7HA 1Z4VA 3WCSA 1DGLA 4M4NA 5GLVA 3FLRA 4B7MA 2GALA 1W0OA 3PVNA 4AGGA 2HU0A 2WQZC 3VKNA 2GNDA 4K1IA 3FLTA 5JOYA 3AZVA 5L73A 2F28A 2D43A 1O4YA 3WZ1A 4DQAA 1F5FA 1IKQA 3GALA 2C4AA 4BLIA 4W65A 2R16A 2SILA 4Y26A 2SIMA 2XG3A 2HT5A 2R1BA 2AGSA 1E8UA 4Q26A 3WG1A 1AF9A 1DQ5A 5HX0A 2A6ZA 1D2SA 2AEPA 1FX5A 4GZSA 2A6VA 4XJUA 1SO7A 2ZGOA 1V3DA 4HZYA 1SLTA 5JLVA 4WEGA 3AYDA 1AXYA 2DYCA 2EF6A 3TI5A 2ZGKA 1N3PA 4FOWA 3AX4A 3SITA 1FNZA 1INYA 2YDTA 4FJ6A 3PMEA 2AEQA 3GVLA 5NN9A 4LBQA 4BLJA 2HU4A 4KBBA 4YGDA 4MWLA 2P3IA 3AP4A 3WG2A 1W20A 1INXA 4FOQA 5T55A 5KXDA 1V3CA 3WHUA 3R05A 4XJ8A 2P3JA 4XXAA 3WDVA 1OFSA 2XCYA 1LGBA 2E7TA 2GN3A 1W6NB 3POYA 1Z4WA 4M3CE 4LBKA 3AP7A 1NNAA 3U4XA 1NXD1 4XJQA 1LOGA 4FP3A 1LOAA 4R9BA 4NN9A 1G9DA 4LBLA 1IS4A 4ZKTB 1LTEA 3FUOA 3PJQA 2UURA 2DUOA 3BIWE 1B9TA 2NMNA 1W6OB 2VXRA 2ZAAA 5HUNA 2QWAA 3ZPYA 1S0JA 4R9DA 1QOTA 5GJ6A 2JECA 4YGBA 2R0HA 1EUSA 1KDMA 3B69A 4FPKA 2DU1A 1NCAN 1LEMA 2YXSA 3AYAA 1OQ1A 4Y1YA 1AX0A 4PQ9A 3O9KA 5GZDA 2FHRA 1Y7BA 4GDJA 3H6JA 1NCCN 3ENRA 2QWGA 3OYWB 1W6PB 1WW4A 4Y1UA 4FPEA 2ZB6A 2P2KA 2D6PA 5KXBA 4HZXA 1W1XA 4MZAA 4HL0A 1DBNA 4FVKA 1LOFC 4KS5A 1IOAA 1LOFA 3ZSMA 1LHUA 4Y22A 1MS5A 2AENA 2ENRA 4YM3A 1MS1A 5FRAA 2GNTA 2YY1A 2ZMNA 1NNCA 3AXDA 2DVBA 1UPSA 2HTRA 2XZKA 2ES3A 3WOGA 1IVDA 5KXEA 1HKDA 3RRDA 2DUQA 3GNEA 5EYXA 2GDFA 3OPZA 2GMMA 1UMZA 2NM1A 2YMZA 1BZWA 4AYUA 2OUJA 2CY6A 1QOOA 2W68A 1DFQA 3O0VA 3SH5A 3ALWA 3GVKA 1FV3A 4R9AA 3MW2A 4YGEA 2DVAA 1Q8QA 1N3QA 1QU0A 1CN1A 4Q8KA 4Y1ZA 4BQ1A 3TIBA 1GICA 4XDQA 4ATFA 2D3PA 1V6IA 4NO4A 2QWDA 2JKBA 2ZACA 3A71A 1AJKA 1GSLA 1NMAN 1VAVA 4M01A 4QN6A 1BQPA 1WD3A 1V6JA 2VK7A 4NC5A 3ATGA 1S0CA 4ZXKA 4K21A 1CJPA 1AX2A 4CPOA 4HZZA 1KJRA 2HTYA 1LHOA 5T5OA 4MZEA 4XYXA 1MVEA 3O9JA 1G86A 2WJSA 5JDBA 4HZVA 1V3BA 1SLAA 1DQ2A 3M3EA 4K1YA 1LHNA 2I2SA 3BTAA 4GB1A 5CB7A 3K37A 5CAZA 2AR6A 5JYYA 4GZWA 3ZYPA 1S0FA 4M4VA 1WCQA 4CZSA 1INVA 1V2IA 1QDCA 4I00A 2PHWA 3SH4A 3SANA 1D0HA 2A5ZA 4YW4A 5DZFA 2ARBA 3LSDA 5GLUA 3BOPA 3ZXFA 2RHPA 4KS2A 4YZ4A 4XMIA 2PELA 1B09A 1EUUA 4AGRA 2C9AA 2WKKA 4Q6KA 3H72A 4WV8A 4C1XA 4LBJA 2W5NA 1H9PA 3OJBA 5CNAA 4WVWA 1MZ5A 4XXPA 1Z0HA 2ZMLA 1GYKA 2V73A 5GZGA 1NSDA 3K39A 4YW2A 5F9TA 2ZZJA 1IVEA 5H9SA 2VH9A 5GLZA 1Z4YA 4YW3A 1WLWA 1G8WA 2UU8A 2R1DA 1DYKA 1C1LA 3NV3A 3ZXLA 1GZCA 3ASIA 4XBQA 1V0EA 2QWEA 1JN2P 4C1WA 2FMDA 3SALA 1H30A 4CPMA 3A72A 4GZOA 2HYKA 1AXZA 2EXIA 1W21A 4J9TA 4XBLA 1W6OA 1S0DA 3LCPA 1A4GA 1YRZA 1SBDA 4XILA 1B9VA 2P37A 4Y24A 2V5YA 2NMOA 4FPYA 1GZ9A 4P9XA 1WW5A 3ZXEA 4FOVA 4XTPA 1MS3A 5IK4A 1RINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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