1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
100200300400500600020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
4GWNA 5GLTA 1PZ9A 1BJIA 5CB7A 4MWVA 3VUOA 3TIBA 4CPOA 2NN8A 1QOTA 5DZEA 1QDOA 3K37A 2DVGA 1Z50A 3ZXLA 2NMNA 3ZXJA 2F0ZA 1V3BA 1C57A 4Y20B 2VU9A 1KJRA 3KQRA 4GZXA 1UL9A 4YZ5A 1G9BA 1VAMA 4QN4A 3V64A 3AXDA 1Z4ZA 3IN9A 2D7FA 3T1EA 2NM1A 1IS6A 4AVTA 3I4IA 3ZXEA 3O0XA 2C4LA 1YYNA 3N7KA 4K20A 2ZMKA 5EWSA 1CPNA 3DGTA 1Z4WA 1ULFA 3VKNA 3SILA 2WKKA 4YW3A 3VKLA 3ZSMA 1NCBN 3IM0A 2HTQA 4RA0A 2EXHA 4J9TA 2ZMLA 1RIRA 3H73A 3WOGA 2NZ9A 2GALA 4YM2A 2BZDA 1CR7A 3PVOA 2VK6A 4ATFA 4BM8A 5JOZA 1MACA 2ZGRA 3INBA 4BLIA 4K1ZA 3APBA 1FV3A 1LEDA 2RHPA 3FLRA 1B9SA 5IT6A 4H55A 4KS5A 1G9FA 4M3CE 3I8TA 1W8OA 1A4GA 4ATEA 2PHWA 2D3SA 1KITA 4M01A 2ZHNA 2QWHA 2WQZC 3PVNA 1EUUA 1LU2A 3M2MA 4FP3A 2RKCA 1NMBN 2FMDA 3GVKA 2LTNA 1DILA 2E6VA 2JE7A 4LBMA 2CWSA 4LBQD 3AZZA 4WEFA 2AR6A 4XMAA 2WT2A 4K1HA 1UZZA 1NCCN 4R9AA 1ENSA 1QKQA 3U4XA 4HZZA 4JCKA 2W68A 2A6YA 4YM0A 1E8VA 2ZHLA 5JOXA 4XILA 1QOOA 5JDBA 4AGGA 2D6KA 1ULCA 3D5OA 1CJPA 4Q1PA 5JOYA 3A71A 4HZXA 4GKXA 4GKYA 4MWJA 2Z42A 2QWEA 3W09A 3B9CA 1KDMA 3AZWA 2YZ4A 2OW4A 1E8TA 5HUNA 1LULA 3WG4A 1Z78A 3B69A 1ULEA 5JOWA 3CL0A 3M3EA 2A5ZA 3TB0A 2YV8A 1MS9A 4C1XA 1GANA 1DYKA 2P3JA 2C9AA 2WSUA 4GXLA 3N35A 5KXDA 4GJTA 4WA4A 4AYUA 1WLDA 1V6KA 5BYNA 2PHFA 4FOYA 3OBRA 1FNZA 2FHRA 2H0BA 1GZWA 2QWGA 1X50A 4XJQA 4XZPA 2NYYA 4Y26A 2E51A 2Q5TA 1URXA 1DBNA 2EAKA 2EXJA 2ZGSA 3POYA 3NV3A 4ASMB 1MS4A 2W08A 2EIGA 2HYKA 1JW6A 3PMEA 5GLUA 1Q8PA 1GZCA 2P34A 3AYCA 5IK7A 1JYIA 1DHKB 3TICA 3OJBA 5F9TA 1CESA 1SLTA 4MWRA 4XJRA 1WD3A 2P2KA 1SNTA 3B3QE 4YW4A 2ZAAA 3RQ0A 1MZ6A 2VY0A 3LCPA 4BBWA 2YA7A 4HZWA 3WDTA 5H9PA 4FP2A 2V73A 1YO8A 1LESA 4XIOA 1NNBA 5T5OA 1NMAN 2G4IA 1HQWA 1DIMA 4F83A 1LOBA 4ISRA 1NN2A 1WW5A 5DZGA 2YXSA 3NN9A 4QN5A 4M4VA 2A6XA 1AX0A 2YA5A 4DGRA 2SILA 1DGLA 3N36A 1ULGA 3WHUA 4P14A 2R0HA 3TI3A 4QN7A 1XOGA 1H9WA 5T52A 2D6NA 3WG3A 4WA5A 2E7QA 1MS1A 2D6OX 5E89A 3D6EA 2ENRA 2YA8A 3ASIA 1LGNA 3PVEA 2VW2A 2WLQA 1JHNA 3W59A 1GZWB 3T1LA 3O9KA 4LBOA 2DU1A 1QNWA 1CQ9A 1UN1A 3M1HA 2YMZA 3IMNA 1MVEA 1LODA 2QWCA 3H0OA 1SBFA 1SLAA 2SLIA 2AEQA 4XYXA 4Z8BA 4ITCA 1XOEA 1CVNA 5EYXA 5SV8A 3AP4A 3NV1A 1NSDA 3IPVA 5CNAA 1G9AA 3AYEA 3RS6A 4PBOA 1INHA 4Q6KA 2ZGKA 4FVVA 4BQ1A 5GLWA 2ZB5A 4D69A 2C5DA 1BYHA 2VK7A 3IKWA 2WT0A 1V2IA 7NN9A 3L2YA 1MWEA 5E8AA 1IKPA 5E88A 4R9CA 5KXBA 1DQ4A 1D2SA 2AUYA 4AGRA 3MW3A 5HUKA 4GWMA 1ENRA 1GSLA 4CRQA 1DYPA 1LOGA 3V0BA 3WCRA 1Q8OA 4TZDA 1A78A 1NLSA 2HT5A 1F8BA 1V3DA 4YW1A 1CONA 3AYAA 2VUAA 2BATA 1LOFC 3AK0A 5DG2A 4MWQA 3AFKA 3SLIA 1LGBA 5FREA 4M4UA 1GNHA 2X9MA 4M3CA 4MYEA 3R05A 3A4UA 4WVWA 4KS2A 1WLCA 5AVAA 1V0EA 1APNA 1S0BA 2DWRA 5DUVA 3WLUA 3ZYRA 3N3HA 2PELA 4XXPA 5GZGA 3AJZA 3FUOA 1USRA 4XMIA 4B7JA 3IPVB 1N3PA 1MZ5A 4WV8A 2R49A 2CTVA 3AYDA 1QF3A 2YDPA 4CPYA 4YFWA 1NNAA 4BOWA 4Y24A 3CNAA 1QDCA 1A4QA 4DS0A 2BERA 2HTYA 1F8DA 2GMMA 4FPKA 3BIWE 1DLLA 5T5LA 2CNAA 1IVFA 1VLNA 4ISQA 5T5JA 6NN9A 2AEPA 5CBLA 1N1SA 1O4YA 4HANA 3V0BB 5GJ6A 2QWDA 1D0HA 1F8CA 4B7MA 4SLIA 2PHXA 4UW5A 4MC7A 3AX4A 1SCSA 1AJKA 2ZGOA 4FPYA 4FPEA 4LBLA 2A3XA 2I2SA 1LEMA 4FPHA 1KDKA 3WCSA 2WSVA 4M3CB 4YZ1A 2WJSA 1RINA 4YW2A 5DUWA 4K1IA 1QGLA 1LCLA 2VWDA 3CKZA 4JF7A 2AH2A 1ULDA 4C1WA 2ZKNA 4AWDA 3K39A 3RMXA 1ONAA 2AENA 1CIWA 2CL2A 4NO4A 5EYYA 1L7HA 5DUUA 3WDXA 5JYYA 2P37A 2HT7A 3WV6A 1KQRA 2YA6A 2YROA 3ZSJA 3POSA 1SCRA 3ZVXA 4Q26A 4QN3A 1Q8SA 1XQNA 1IS4A 1INXA 4BMBA 4GB1A 2ARXA 2UWBA 3AJYA 3ILFA 3N7MA 4R9DA 3TAYA 1Q8VA 3DUIA 4MWWA 1G9CA 1QOSA 4B7QA 5M1ZA 4KS4A 1CPMA 1VAVA 3H6JA 1NCDN 2ZA9A 1WBFA 2DURA 5KXEA 3LSEA 3ZPYA 5HCBA 1C1FA 2ZGPA 4CZSA 1BZWA 4YFZA 3AXEA 2F26A 2GNBA 2W5NA 2UURA 2SBAA 5JMCA 1EUSA 2YDTA 1A8DA 1OQ1A 4XIKA 4Y1UA 3ZSLA 4D8SA 1HKDA 3Q9OA 2W5OA 4KS3A 1LHOA 1AX1A 1JN2P 1F31A 3MPPG 1ZA4A 3TI4A 4XJZA 4XBLA 3WHTA 2GN3A 2ZGTA 1UMZA 2ZGNA 4FJ6A 2ZGUA 4YGCA 4GZTA 1GKBA 3B01A 2DVFA 2W39A 1V0ZA 3A0NA 3VKMA 1AXZA 4WVVA 1INFA 3MW4A 1SO7A 1JXNA 2D44A 1LHVA 1LHWA 4UW6A 1HDKA 1JBCA 4YG3A 4PCRA 1NNCA 1GZ9A 1JUIA 5T54A 5NN9A 1BKZA 4P9YA 3BEQA 1LENA 4IQPA 2XZIA 4MZAA 2A75A 3WNXA 1INWA 4FPFA 3RSJA 4MWUA 1MVQA 3GALA 1KJLA 1BXHA 1VALA 1N3OA 4Q1RA 5GZEA 2P3KA 4GA9A 2ZACA 1W8NA 4K21A 2F12A 4XDQA 3R4UA 1C1LA 4OZXA 2D3RA 2DTWA 3HR9A 4GZPA 1SLBA 1AJOA 5DZFA 4HIZA 3ILNA 1V6NA 4CPLA 2VXRA 5HCAA 3MEPA 1F8EA 2AYHA 3ALWA 1SBEA 2ZGLA 3K3AA 1I1EA 1F9KA 3AP6A 1V6LA 4HZVA 4XJ9A 2C4AA 1SACA 1W6NA 1SLLA 2DTYA 3HMYA 4H53A 5IK5A 3CYEA 3LSDA 1UAIA 5T55A 3WVJA 5CAZA 2A71A 1UZYA 2EF6A 2UWCA 2BQPA 3GVJA 4BLJA 1INGA 4CTEA 1S0IA 1LOFA 4PF5A 1MS0A 1GICA 3POWA 4YM1A 2AGSA 2R1BA 2NP0A 4PBPA 1MS3A 5CA6A 1HQLA 3TIAA 2HU4A 3AZXA 4U2AA 2D6PA 1AX2A 4M00A 4Y1ZA 1U0AA 1WW4A 5LK5A 4FZHA 1AF9A 1CN1A 2F28A 1INVA 1LTEA 1TEIA 1V6OA 3WG2A 2HTVA 1H30A 1IKQA 2ES3A 5H9SA 1YXWA 1PZ7A 5IK8A 2ZBJA 4AVVA 1N47A 2CWMA 2GMEA 1PZ8A 4Y1VA 2GN7A 1YRZA 2F29A 1MS5A 1USXA 2XCYA 2F25A 2GNDA 3SITA 2DUPA 1Z4VA 5HUGA 1J1TA 4DRVA 1VIWB 4NOTA 4AGVA 4Y22A 1Z4YA 2JJ6A 4K1YA 4XTPA 4Y20A 2VSKA 4ZXKA 1S0GA 3ENRA 1W6NB 5GLVA 3JU4A 4FOQA 4YGDA 4GZOA 1JYCA 1V6MA 2E53A 5FRAA 3SNMA 4QNPA 3O9JA 4FPJA 4Q27A 5DG1A 1W6OA 4YM3A 4HZYA 3FLPA 2HU0A 3GVLA 1W0PA 4MWXA 2KM2A 1G9DA 1UKGA 1N1YA 4M3MA 2R0FA 3M3OA 1FNYA 3AP9A 3JUUA 1LHNA 3AP7A 1B9VA 4UF7A 3ZYPA 4GDIA 3WDYA 5GZFA 4YG6A 1V00A 1Z4XA 4LBNA 1SLIA 4XXAA 1W6MA 4XOGA 1DQ5A 4YGBA 4M4NA 1IOAA 3VKOA 2A70A 2DYCA 4L8QA 3B7EA 3JU9A 1O4ZA 4GZWA 2NMOA 2JDZA 1N1VA 2D3PA 1G8WA 5JLVA 1AXYA 3WDUA 4YGEA 3PJQA 5IUQA 2A7AA 4TYSA 1DZQA 1NSBA 3R4SA 5GALA 4P9WA 2VH9A 1W21A 5JVVA 3D12A 2CYFA 5L73A 1ZM1A 2XB6C 1MS8A 1V6IA 2ZABA 3D4KA 3WDVA 2HTRA 3MW2A 3K36A 4Y22B 4XE9A 4P9XA 1G7YA 3ATGA 2TEPA 2B8HA 1VCUA 3NWKA 4NCSA 3M3CA 1BJQA 4W65A 4Q2FA 1AXKA 1GYKA 4WZFA 4XHXA 2D43A 4MWYA 3WUCA 2F27A 1W6OB 4XHBA 3SH5A 1H9PA 1B09A 4YG0A 3WZ1A 3C2UA 2JD4A 2VVZA 4DQAA 3WG1A 1SFYA 2PHRA 5H9RA 2GNTA 1W20A 4MJUA 2JKBA 3N7JA 3W58A 4MZEA 2P3IA 4GALA 2CMLA 4I00A 4MX0A 1IVBA 1W6MB 4XJWA 2W38A 1G86A 1S0FA 1Y7BA 4XTMA 4B7RA 2VSMA 2LALA 1KRIA 2ERFA 3SISA 2F13A 1Q8QA 5HCFA 3BODA 2PHUA 1LOCA 2ARBA 2AREA 1FYUA 1QNYA 2XG3A 3ILRA 4Y1YA 2QWIA 1YIFA 4X49A 1JOJA 3ZXFA 1FATA 3HN1A 1LJ7A 3SH4A 2WNEA 4UW4A 2E7TA 2A3WA 1LOAA 2GNMA 4GEZA 4FVKA 3SH3A 3H72A 3BTAA 1IVEA 1L7GA 4FPGA 4DPNA 4M3CF 3FLTA 1ENQA 4FPCA 1NCAN 3KM5A 3T2TA 4BMEA 3OBTA 2WT1A 5GM0A 1GNZA 5GZDA 4GZSA 2YY1A 3O0VA 3WDWA 4YW5A 4WA3A 1N3QA 1W6QA 4FQ4A 3UJOA 4LBKA 1EURA 1Z0HA 1N1TA 1WLWA 1LECA 1IVDA 2HT8A 2A6WA 2D6LX 3INAA 1E8UA 3GNEA 4NN9A 1SBDA 2ZHKA 2A6ZA 2A3YA 4K1JA 2BF6A 3OY8A 1IS3A 4PQ9A 3ALXA 1AZDA 1HLCA 2OUJA 3O0WA 1F5FA 3OGGA 4MWLA 2D6MA 4UW3A 2QWBA 3RMYA 2ZGMA 1V3EA 1S0CA 5F5QA 2R16A 4Q8LA 5EXOA 4LBQA 1EUTA 1V0FA 1MR5A 2DUQA 3TI8A 3H71A 3SANA 2SIMA 3UL2A 3O12A 3QLQA 3N7LA 3VKFC 1OFSA 3AP5A 3OYWA 1YI7A 5IK4A 3T1MA 4GDJA 5GZCA 1DQ1A 4YZ3A 3SALA 1VCJA 4DRRA 1INYA 3NSSA 3TI6A 1I3HA 2ZMNA 1WCQA 2ZZJA 2ZB6A 3FUQA 1IVCA 1FAYA 4CPZA 1V6JA 1W6QB 4K1KA 2CY6A 4KBBA 2VW1A 1BQPA 4H52A 2DUOA 4HL0A 1W1XA 4MJVA 1Q56A 3ZSKA 4XBQA 4Y1XA 4WEGA 3O5SA 3M3QA 1GV9A 3USUA 1DIWA 3UJQA 1S0DA 5H9QA 4YZ4A 2EALA 3OY8B 1WW6A 1A14N 3WUDA 5B2CA 1GLHA 3V0AA 1LU1A 1DFQA 2DU0A 1SLCA 4FOVA 4X4AA 1IS5A 2PHTA 4YZ2A 1B9TA 1WCSA 5GLZA 4NC5A 5T50A 1WD4A 4XJUA 4RL7A 4R9BA 4BPZA 2JE9A 4KS1A 3AZYA 1RITA 4X47A 4FPLA 2XZKA 4AVSA 2R1DA 2QWAA 1NXD1 2OUHA 2QWJA 2DV9A 2VK5A 4LBQB 4QN6A 5DXDA 1DQ0A 4LBJA 2QWKA 2DVBA 1S1AA 3RG0A 3FFZA 1S0JA 4FQZA 2YA4A 1NMCA 1W6PA 4FPOB 4JRAA 4K3YA 1UPSA 4XJ8A 1IVGA 3QCWA 3OYWB 1R1ZA 2F10A 1LOEA 1DQ6A 1LGCA 1QMJA 2W52A 1OKQA 3NV2A 4B7NA 1C4RA 1DQ2A 4X6KA 3CL2A 2ZGQA 1WW7A 3B00A 2UU8A 1W0OA 3VV1A 4FOWA 1AVBA 4XJAA 3ZXKA 4XBNA 4Q8KA 2DVDA 5HX0A 3NV4A 2EXKA 3RRDA 3USUB 1GBGA 4I30A 2A6VA 1V3CA 3V0AB 5KXCA 2F11A 2HTUA 3FBYA 1WBLA 3OPZA 3AZVA 1WUVA 4GZQA 2JECA 4U36A 4CPNA 3TI5A 2W20A 3UK9A 2UWAA 1EPWA 5T5PA 2QWFA 2GMPA 3A0KA 1LHUA 4YLZA 1QU0A 4DFSA 2V5YA 1FV2A 3BOPA 1S0EA 3A72A 2ZHMA 5HUMA 1L7FA 3V65A 4CPMA 3K38A 5DUXA 1W6PB 2DVAA 3D11A 1UX6A 4JC1A 4ZKTB 2F24A 2XZJA 5B2DA 1NSCA 2EXIA 1FX5A 2VW0A 1A3KA 2HTWA 2OVUA 2B7YA 2GDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWNA 1BBT2 4LKEA 5FYSA 3NL1A 1CAVA 5GLTA 4I2OA 4HVQA 2K2SA 3GZTB 3HNMA 4XFGA 1PZ9A 2WWSA 2WQ4A 4RGAA 4XF3A 5CB7A 2VQUA 1BJIA 4MWVA 3TEWA 3VUOA 4ASLA 5HV4A 4PJYA 4LIUA 4Z82A 3TIBA 4CPOA 1NE6A 2NN8A 1QOTA 4XFAA 1US2A 3OBZA 1VMJA 5DZEA 1QDOA 4QX7A 3K37A 1AYM1 1UY1A 2DVGA 5JI9A 4L7DA 5FBZA 5GTQA 4URAA 5CFCB 1Z50A 2VNOA 4BCUA 3ZXLA 1U6DX 4B8EA 3TN93 2IARA 1C8NA 5BNNA 2NMNA 2ADDA 1RUC3 4TWTA 3ZXJA 2F0ZA 1V3BA 2VE1A 5IWFA 5A3NA 1C57A 1YQ2A 4Y20B 2VU9A 4XUPA 1RJ7A 1VRH1 1KJRA 3KQRA 3ME2A 4LQRA 4CU6A 4OI2A 1E5SA 4A6OA 4GZXA 1W3VA 2O14A 2WFPA 3MV11 4NHYA 1UL9A 1CAWA 1CD3G 4YZ5A 3WQBA 2CGPA 4DXRA 2XJRA 4CPBD 1G9BA 1VAMA 4QN4A 3V64A 3AXDA 2E33A 2I07B 3NNGA 2DDUA 4WM8C 3WF0A 3RZGA 3IN9A 3JD72 3ZYIB 1RUD1 3QH7A 1Z4ZA 2FLUX 5LBCA 2D7FA 3T1EA 4A0PA 1ST8A 2DBIA 2NM1A 1UYZA 1IS6A 4P9GA 3SXWA 4AVTA 1RUG3 4J6GA 1ALYA 2ZZKA 5FWWA 3I4IA 3ZXEA 3IDEA 2VOTA 3O0XA 2B9VA 1RUI1 2JDKA 5BNOA 1L7QA 2C4LA 3VDDA 2RJ2A 4HETA 2BPA2 4OZOA 1KFUL 1YQ6A 5FP4A 1YYNA 3AKTA 3N7KA 5LEJA 3ADEA 4K20A 5FY8A 2ZMKA 4CUGA 5JXIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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