1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
5GM0A 3I4IA 2NMNA 2HT8A 2TEPA 4XXPA 1APNA 1Z4YA 1NXD1 2W39A 4YM2A 2A3WA 1UPSA 1WW4A 3OY8A 3TICA 2ZGMA 3FUOA 5T55A 4AVSA 1GKBA 4FPJA 7NN9A 5BYNA 4XILA 2QWGA 3FLPA 1UMZA 3A71A 1V3EA 1N3PA 4MWYA 1W0PA 1MS0A 1S0GA 2B7YA 3LCPA 4D8SA 1V3BA 1W8NA 1CR7A 1CVNA 4YGCA 1H9PA 2CY6A 2AEPA 1V0ZA 2QWFA 3UJQA 4Z8BA 1F9KA 1Z0HA 1XOGA 4GZOA 1UX6A 4KBBA 2DTWA 1GANA 3GALA 2F27A 4MC7A 3INAA 2D6PA 2BF6A 5T5LA 4TZDA 2VXRA 1QNYA 3W59A 1INXA 5HCAA 4YZ1A 1HQLA 3K3AA 2A3YA 2CYFA 3TB0A 1QDOA 2UWCA 1N1YA 5M1ZA 1C1LA 3SLIA 2P3IA 1LHUA 1CPNA 4B7QA 1WBFA 1CONA 4XOGA 1A78A 5HCBA 2PELA 1NMCA 5DUUA 3O9KA 4HZVA 4L8QA 1Z4WA 1W0OA 2OUHA 2HT7A 2R0FA 4YW4A 4AVTA 2VU9A 2P3KA 1V6KA 4QN4A 4YW1A 3TIAA 5EWSA 4GDJA 4QN7A 2GNBA 4Q27A 4M4UA 3T1MA 1MZ5A 2W5OA 2F28A 1G86A 4WEFA 3D12A 3AYCA 3JU4A 1AX0A 1W6NB 4X47A 1MVQA 2ZZJA 4MJUA 3V0BB 1GNZA 4WVWA 1WW7A 2RKCA 4SLIA 4CZSA 2GMEA 4XIKA 1DFQA 1F8EA 3M3EA 1YYNA 3ENRA 5JMCA 1S0CA 1INWA 3V0AA 5GLTA 1RITA 2DTYA 3HN1A 1AVBA 4C1XA 3RMYA 2ZACA 1E8VA 4JRAA 4BM8A 1NSDA 1ONAA 1V6JA 2D43A 2JE7A 3M3OA 2SBAA 1JOJA 1NCDN 2E7TA 4YZ3A 4M3CE 4WA4A 3VKOA 2WT2A 5GZEA 4WEGA 5KXBA 1Z4ZA 1F8DA 2VW2A 1QU0A 4NO4A 3USUA 4Y1YA 2AREA 1OFSA 2W20A 4BLIA 2CWSA 5T5OA 1UN1A 5GLUA 5IK7A 2UWBA 1SO7A 1DQ5A 4XDQA 1Z78A 5JOYA 2EXKA 3T1LA 2VVZA 4X4AA 2D3RA 4MWXA 2KM2A 2QWIA 5HUNA 3AZVA 3AZXA 1WLDA 5GLZA 4HIZA 3T2TA 4XBQA 4XJUA 1RIRA 3Q9OA 2R1DA 2V73A 3WDTA 1MS5A 1S0DA 1B9SA 1GV9A 4P9YA 4Y1ZA 2GN7A 2AUYA 5JOZA 3AFKA 1HDKA 4FOYA 1JW6A 5T54A 3SNMA 3OBTA 2DU0A 3SISA 1Z4VA 3ILRA 3KQRA 1MS9A 1IS4A 3AP7A 2AENA 3WDVA 2DWRA 3AP5A 4LBQA 1L7HA 3T1EA 5E8AA 1GZWB 2RHPA 1VCJA 5EXOA 1DILA 3UL2A 1EURA 3PMEA 5EYXA 4XXAA 1MS4A 4QNPA 1V0EA 4FPLA 2CL2A 3SH3A 1D2SA 3TIBA 4JC1A 2ZGKA 4K1YA 2HU4A 1LU2A 4GJTA 2I2SA 1V6NA 4FP2A 2YROA 1UZYA 4HZYA 5H9QA 1MR5A 4K21A 1SNTA 1IVBA 1IVDA 4AVVA 4UW5A 1QOTA 3NV4A 1TEIA 3VKFC 5HCFA 4Y1XA 4GZWA 2QWAA 4YZ4A 1W6QA 1E8TA 3WNXA 3TI4A 5H9PA 2SILA 3TAYA 2QWBA 4DGRA 2A6XA 2GN3A 4LBQD 2P2KA 3R05A 4F83A 2XZIA 4YW3A 1WLWA 3SH4A 3SH5A 5DZEA 5T5PA 1GSLA 1NCBN 1PZ9A 5JVVA 3WOGA 3WG3A 4DRVA 1LOBA 2YXSA 4Y20B 2F25A 4BOWA 2PHRA 4MZAA 4XTMA 2HTRA 4HZXA 4Y1VA 4XZPA 3K38A 2LTNA 3B69A 1NNBA 3A0KA 1SCSA 3AP4A 1A3KA 4AGVA 4KS3A 5DZGA 3H6JA 1Q8SA 2GMPA 3WV6A 5GZDA 1NSCA 3ATGA 2ARBA 3NWKA 3K39A 4K1HA 5T50A 3AYDA 3WVJA 1VAVA 2QWKA 4B7RA 1LOAA 4GKYA 2AR6A 4CRQA 1FAYA 4FPCA 1JYIA 3ZSKA 4GWNA 2ZGLA 3LSDA 1QOSA 3UJOA 2C5DA 2DU1A 3R4SA 4B7NA 4ATFA 2ZHLA 1KRIA 2EF6A 4Q6KA 4XBNA 4WVVA 1GYKA 4H55A 3OYWA 1W6PA 4C1WA 3N7KA 1WLCA 1F8BA 3CL0A 2B8HA 2P3JA 3H73A 1MWEA 3A4UA 2EIGA 4MWJA 2F26A 3JU9A 4HZZA 4XJ8A 1W6OB 1YRZA 4YGEA 1IS6A 1IS3A 4FZHA 1V2IA 1LCLA 4GZQA 4LBJA 3MPPG 4RL7A 2VWDA 4K3YA 3O0WA 2ES3A 2VSMA 3IKWA 3ZYRA 1WCSA 2QWHA 4FP3A 1JHNA 5DUXA 1L7GA 1X50A 2AYHA 5DXDA 1Q8PA 5HUGA 1V6MA 4LBMA 1A4QA 1NSBA 1V00A 1FATA 3CYEA 1Y7BA 1NMAN 4WA5A 3ZSLA 2GMMA 3SALA 1W20A 1J1TA 3TI5A 2F29A 1KJRA 1NNAA 2NZ9A 4Q26A 4OZXA 4MWWA 2GNMA 1ENSA 1IVGA 1USXA 4FOQA 1UAIA 1LTEA 4GZSA 2R49A 4YFWA 1JXNA 1LECA 2YA7A 1DBNA 3POSA 2WKKA 4I00A 1SLAA 1GBGA 2A6ZA 1B09A 2ZGNA 4UW3A 1I1EA 1INYA 1CN1A 3A72A 4K20A 4XJQA 3AYAA 2D3SA 1G9AA 3U4XA 1INVA 3PVOA 1A14N 5AVAA 4D69A 1R1ZA 1AX2A 3B3QE 3ZSMA 1C57A 1IVCA 2QWDA 4M4VA 1Q8OA 4DPNA 4B7MA 3LSEA 5KXDA 5GJ6A 4MWRA 2ZBJA 1FV3A 1FV2A 1CQ9A 4XMIA 1Z4XA 3ILNA 1SLBA 4GA9A 1VALA 2EAKA 1WBLA 3SILA 3D5OA 5KXCA 3UK9A 2YA6A 1IOAA 4XHBA 1MS1A 3C2UA 4RA0A 5E89A 2VK7A 4Q2FA 4XJRA 1LOFC 2PHWA 2D44A 2D6OX 4ZKTB 1EUTA 3B00A 2UU8A 3V65A 2C9AA 1O4ZA 4ATEA 1U0AA 1WD3A 2W38A 1IVFA 3AP6A 4LBNA 2NP0A 4AWDA 2PHTA 2PHFA 4YW2A 4GZTA 1NCAN 3RRDA 1AXZA 1NLSA 1GLHA 4FOVA 4XJ9A 1S0IA 1JYCA 2PHXA 1F8CA 1NCCN 2NN8A 2A3XA 1BXHA 1ULGA 1PZ7A 1NNCA 2ZMNA 2JJ6A 3N3HA 3H71A 2AEQA 1DQ2A 3OBRA 2YA5A 3POWA 1YXWA 4YGBA 1FX5A 3AXDA 1WUVA 3GVJA 4AGGA 4UF7A 1O4YA 3R4UA 3ZSJA 5IK4A 4WA3A 5T5JA 1WCQA 1GZWA 1HQWA 3FLTA 3V0AB 2F13A 2ZABA 3MW2A 4GXLA 4FOWA 3M1HA 2ZMLA 1DLLA 2EXIA 4XJWA 1Z50A 4PBPA 3IPVB 4JCKA 3DGTA 1XOEA 2F12A 1AX1A 3K37A 3BIWE 1YO8A 2CWMA 3NV3A 4CTEA 2DYCA 3H72A 5JYYA 3N7LA 3HR9A 2GALA 3WG2A 2FMDA 4JF7A 4CPMA 2ZGSA 4BMEA 4BPZA 4DQAA 2YA8A 1A8DA 1GZ9A 2ZGOA 1V3DA 2R1BA 4W65A 2ERFA 2ZGQA 3O9JA 3WUDA 2ZHKA 3GVKA 4Q1PA 3O12A 3B7EA 2BERA 2AGSA 4WZFA 2YDPA 3IMNA 4YG6A 4Y22B 2VW0A 1DQ4A 2F24A 2HTUA 1D0HA 2ZHMA 4UW6A 3N7JA 2W52A 5HUMA 3WHUA 5F9TA 2X9MA 2ZB5A 4Y20A 3L2YA 1LGCA 4XMAA 1G9BA 3INBA 2GDFA 3O0XA 3O5SA 4YM0A 2DURA 2V5YA 3K36A 4MWQA 1G9FA 3IM0A 1SFYA 2F0ZA 1QGLA 4XTPA 1LGNA 4P14A 4MWVA 3CL2A 1ZM1A 4GEZA 1CESA 3OGGA 2WSUA 4J9TA 2D6KA 1LODA 2QWCA 3BOPA 1PZ8A 5GLVA 2SLIA 4WV8A 1FYUA 4PCRA 1A4GA 1N1VA 1AXKA 2SIMA 1S1AA 2XB6C 4GWMA 5IK8A 1N1SA 3AYEA 3W58A 4FPEA 2R0HA 1H30A 3PVEA 3NV2A 4P9XA 4MJVA 4Q8KA 1JN2P 4MWUA 1HKDA 4QN5A 1S0BA 2D6NA 1VAMA 5NN9A 2W08A 2F10A 3WG4A 4MWLA 3TI3A 4X6KA 2G4IA 2OVUA 3ALWA 1LESA 2XZJA 1W6OA 4XHXA 1IKQA 2YMZA 4HANA 3AZWA 3AX4A 3ZXJA 2FHRA 2WNEA 1LHWA 5IK5A 2HT5A 3RSJA 1LOEA 4PF5A 1W8OA 2YDTA 1C4RA 1Q8QA 4R9BA 3WDYA 2CMLA 2VUAA 2JE9A 1AXYA 1LJ7A 2W68A 1IVEA 1WD4A 1Q56A 2UWAA 5JOWA 1INHA 3ZXFA 4NOTA 4M00A 1SLCA 2D6MA 5CBLA 3NV1A 5DZFA 3AZZA 2PHUA 5JLVA 4R9AA 4YW5A 3WDUA 5FREA 2YV8A 3MW4A 3MEPA 4BMBA 5IT6A 3ZXKA 1DQ6A 1KITA 4XIOA 5GZGA 1G7YA 2JD4A 3A0NA 5H9SA 3GNEA 3RMXA 1N1TA 4Y26A 4YM3A 4CPZA 4LBLA 5HX0A 2BATA 4M4NA 2F11A 2DUOA 2JDZA 2C4LA 1SACA 3OJBA 3W09A 1DGLA 3NSSA 3ZXLA 4M3CB 4MX0A 4YGDA 3RG0A 3ALXA 4PQ9A 4X49A 1SLLA 2XG3A 4DRRA 4FVVA 3N35A 2NM1A 2UURA 3POYA 4YZ2A 1QKQA 5JOXA 1BQPA 2ZGTA 3JUUA 1DYKA 4DFSA 4M3MA 1OQ1A 3SITA 3V64A 5F5QA 1LENA 3WLUA 2GNDA 1LGBA 2P34A 2WJSA 4AGRA 1RINA 1UL9A 4Y1UA 4FPHA 1QMJA 3QLQA 3M3QA 2Q5TA 4BBWA 4MZEA 4FQZA 1DQ1A 4LBKA 1DIMA 1LULA 2A6YA 2AH2A 3TI8A 3BEQA 3QCWA 2DVDA 1INFA 3OYWB 3PJQA 1W6PB 5GALA 1F5FA 1LEMA 1W6NA 1MZ6A 2W5NA 1N3OA 4CPLA 1W6MB 5SV8A 1INGA 2WQZC 1JBCA 5DG2A 3V0BA 3APBA 4KS5A 3DUIA 1BJQA 4NC5A 1BKZA 1DYPA 2HTQA 2OW4A 3OY8B 1AZDA 3ZYPA 3BODA 4DS0A 1B9VA 1SCRA 1GICA 4ZXKA 1ULFA 1MS3A 4Q1RA 3AP9A 3TI6A 2ZKNA 1YIFA 1LOGA 3NN9A 1CIWA 2HYKA 1MACA 4XJZA 2EXJA 2VK5A 4TYSA 1AJKA 1LOFA 4XYXA 2A5ZA 3PVNA 5CA6A 4FPOB 1EPWA 4K1KA 3WUCA 5KXEA 4GALA 5GZCA 1LEDA 4YG0A 5GZFA 1DIWA 1SBEA 1L7FA 3AJYA 2Z42A 4ISQA 2R16A 1G9DA 2A7AA 3OPZA 3AJZA 2YY1A 1G9CA 2NYYA 2DVAA 1QDCA 1N47A 1V6IA 1YI7A 2A6VA 1V0FA 2DUQA 1NMBN 3D4KA 1VLNA 2A6WA 2DUPA 1ENRA 3VKNA 4U36A 2HTVA 2E53A 2LALA 1BJIA 3M3CA 4XJAA 1EUUA 1H9WA 4FPYA 5CNAA 1LHNA 2OUJA 1W21A 3IPVA 2ZGPA 2ARXA 1BYHA 2DVFA 3H0OA 1BZWA 4YZ5A 1XQNA 1I3HA 1NN2A 2A71A 1JUIA 2ZHNA 3SANA 4QN3A 4PBOA 4GZPA 1IS5A 2VY0A 3GVLA 1S0EA 4GKXA 2ZMKA 4HL0A 1V6OA 5HUKA 4YM1A 1SLIA 3VUOA 1N3QA 3ZPYA 2BQPA 2HU0A 3FFZA 4HZWA 3MW3A 4B7JA 4Y22A 1SBFA 4FVKA 1ENQA 2DV9A 1SLTA 4NCSA 1IKPA 3FBYA 2NMOA 1V3CA 5DUWA 5IUQA 2VW1A 1AF9A 2VK6A 3O0VA 1S0FA 5LK5A 3B01A 4YLZA 1EUSA 1WW6A 4GDIA 3D6EA 2ZA9A 2ZB6A 3USUB 4NN9A 3AXEA 1WW5A 3FLRA 1ULEA 5B2DA 2D6LX 4BLJA 1LOCA 2WT1A 2E7QA 3RQ0A 6NN9A 1G8WA 1KJLA 1CPMA 4K1JA 2D3PA 1UZZA 5L73A 3WDWA 2VH9A 2XCYA 3ILFA 2VSKA 5JDBA 3CNAA 4CPNA 1QOOA 4H53A 3M2MA 3B9CA 4P9WA 1URXA 1DZQA 3AZYA 4LBOA 1V6LA 2P37A 1KQRA 3ZXEA 4R9CA 2QWJA 1HLCA 1GZCA 4UW4A 5FRAA 3RS6A 4R9DA 1AJOA 3WCSA 2D7FA 1ZA4A 2WLQA 4ITCA 2ZAAA 5CB7A 1Q8VA 3D11A 3WZ1A 2A70A 1LU1A 4K1ZA 2E51A 3HMYA 1FNZA 4LBQB 4FPKA 2EALA 3IN9A 3BTAA 1USRA 5B2CA 1DQ0A 3FUQA 1CJPA 4M3CF 1MS8A 2ZGUA 4BQ1A 4KS2A 1S0JA 4Q8LA 2HTWA 5EYYA 1LHVA 4H52A 4K1IA 4M01A 1ULDA 2H0BA 4FJ6A 5T52A 2ZGRA 1LHOA 3VV1A 4XBLA 1DHKB 4GB1A 3ASIA 4CPYA 2BZDA 5H9RA 4YFZA 3KM5A 1KDKA 2YZ4A 1C1FA 2YA4A 2DVBA 3AK0A 1VIWB 1GNHA 2EXHA 1W1XA 2CTVA 4FPFA 4FPGA 1OKQA 3CKZA 4M3CA 5GLWA 1W6QB 4KS1A 4I30A 1E8UA 2WT0A 2CNAA 4QN6A 4CPOA 4U2AA 5DG1A 4YG3A 3ZVXA 3VKLA 2C4AA 4MYEA 1QNWA 3N36A 2E6VA 1ULCA 1B9TA 2XZKA 3VKMA 3I8TA 5CAZA 4ASMB 4Y24A 1KDMA 1FNYA 2JKBA 4KS4A 4FQ4A 3WHTA 3WCRA 1F31A 2WSVA 2A75A 4ISRA 1SBDA 4GZXA 1UKGA 3N7MA 2QWEA 4IQPA 2ENRA 1MVEA 5E88A 4XE9A 2DVGA 3WDXA 2JECA 5DUVA 1VCUA 4AYUA 1QF3A 3WG1A 2HTYA 2GNTA 1W6MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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