1MS1A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
632
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPACGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 185
structure length 622
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms1A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms1A01
1V3EA 1O4ZA 5JMCA 1VIWB 3RMYA 4QN6A 1VAVA 4AGRA 1G9CA 1WLCA 1YYNA 2ARBA 3Q9OA 2FHRA 4HZWA 5JVVA 2C9AA 1H9PA 1GSLA 4LBQB 1LOFC 1DQ5A 1VCUA 4TZDA 5H9SA 2E51A 1MVEA 3K36A 5T55A 1NSBA 1YI7A 5HCBA 1L7GA 1A78A 1HLCA 4PQ9A 1Z0HA 4JCKA 2ZGNA 4RL7A 2A6XA 1WW7A 4ZKTB 1LU1A 1S0EA 4LBLA 4R9AA 2PHUA 3FLPA 5GZGA 2ZGMA 1F5FA 2GNMA 1JBCA 1Y7BA 1GKBA 3ZSMA 1MR5A 3R05A 4YFZA 5DZEA 4XILA 2F13A 1IS6A 4XTPA 3AP6A 1W6QA 4YG6A 1DYKA 3JUUA 2A6YA 2UURA 3ZSJA 2D3RA 2VSKA 1LHUA 4ATEA 2D6PA 1HDKA 4Y20A 3LSEA 5EXOA 5DUWA 2FMDA 1AJOA 1NNBA 4FVVA 1DQ2A 1Q8SA 2ZACA 4Q6KA 1BKZA 3FBYA 4IQPA 1DIWA 1G86A 5KXCA 3WDWA 3NV3A 3NV4A 4ISRA 3IN9A 2EXHA 2DYCA 3GVLA 2WT0A 3H0OA 4Q8LA 4AVSA 3TI4A 4XMAA 2F26A 2R1BA 3D11A 4Y1VA 1WLWA 5CA6A 1CJPA 4K1KA 4FOWA 1FX5A 2JDZA 4K1HA 3ZYRA 1KJLA 4XXPA 2VK5A 2WNEA 5IT6A 5F9TA 1Q8VA 3IKWA 1NNCA 2NZ9A 2DURA 4WVWA 3AZZA 4XXAA 5GALA 5GLTA 1XOEA 2JKBA 1AXYA 1E8VA 2DU0A 2HTYA 5GLUA 1CONA 2XZKA 4HIZA 3POYA 3AFKA 4MWLA 4M3CE 1FAYA 1H9WA 1INFA 4UW6A 4P9XA 2NM1A 1QOTA 3RRDA 2A7AA 3T2TA 3AYEA 1RITA 3SILA 4FPKA 3V65A 3H73A 3MW3A 2ARXA 1GZWB 2D6NA 3PVOA 3HN1A 4GDJA 1BQPA 1Q8OA 3VKLA 2W08A 1KITA 3ILRA 2CL2A 1ENQA 5GZEA 2GMMA 1WW6A 2W68A 4GA9A 1QOOA 1AJKA 5EYYA 2G4IA 4BPZA 1DQ4A 4XJAA 2JE9A 1JUIA 1SLAA 3M2MA 4GJTA 4SLIA 2A6ZA 2GDFA 1LOFA 2RHPA 2ZGRA 3WVJA 3WLUA 5DUUA 4K1JA 4YZ3A 4GEZA 2ZB5A 4HZYA 1BXHA 2LALA 3RQ0A 3BTAA 2ZMNA 5H9PA 4JF7A 1MACA 5IK7A 4Y1YA 4K1ZA 1WCQA 1S0FA 5GM0A 2ENRA 5DG1A 3N7LA 2NN8A 3IM0A 2AREA 5HX0A 5E89A 3WDUA 4DGRA 2QWJA 2ZHNA 5EWSA 1IOAA 1VLNA 4GWNA 2PHWA 4BM8A 3V64A 1MS5A 1UN1A 2VY0A 3TI3A 3WOGA 4GZWA 2A70A 1G9BA 2F28A 2XCYA 4FPYA 1W8NA 1W6PB 3WNXA 4BLJA 1IVCA 1NSCA 2PHTA 1W6NB 1INXA 1IVEA 1QKQA 3AJZA 4CPOA 1QNYA 1V6JA 2OVUA 1YRZA 4FPEA 4DPNA 1EUSA 3M3EA 4YW5A 5T5LA 4ISQA 2ZGPA 2NYYA 5IK8A 1LU2A 3ZVXA 4NO4A 4PCRA 3K39A 3WUDA 2DV9A 3PVNA 2A3WA 5JLVA 5F5QA 3ZYPA 2C5DA 1FNYA 1GZWA 3M1HA 1LODA 3M3OA 3POSA 1A4QA 1HQWA 4GALA 4CTEA 3AZYA 3OGGA 5KXBA 3QLQA 4KS3A 4X6KA 3OY8A 4LBKA 2D44A 3AYDA 1I1EA 2P3IA 3OJBA 4Q1RA 1MWEA 1NMCA 1QDCA 4LBOA 2R1DA 2GALA 1W6QB 4HL0A 3UK9A 1GNZA 3QCWA 2ZGTA 4FPCA 5NN9A 1S0CA 1LJ7A 2VK7A 4CPLA 2BQPA 3AYCA 3BOPA 4CPMA 2ZHLA 4P14A 1E8UA 1ULEA 5HUKA 1G9FA 4NC5A 4YM3A 1YXWA 4WVVA 2DVGA 3BODA 1C57A 5GLWA 3O9KA 2R49A 1LHNA 5DG2A 4B7MA 1KQRA 2QWHA 3V0BA 4LBJA 2VH9A 4XBQA 4FOYA 4GZTA 2WKKA 4X4AA 2EXKA 4Q27A 3RSJA 1LOGA 1AX0A 2ES3A 3ZXFA 5JOZA 2GN3A 1W6PA 3CL0A 2UWCA 3ZXJA 4UW5A 2F27A 4MYEA 1W6NA 3WG2A 5M1ZA 4M4NA 4R9DA 4FZHA 2QWCA 2D6LX 1LGNA 2QWDA 1DILA 1G8WA 5T50A 2R0FA 4M4VA 1NCAN 2WQZC 4YG3A 2WT2A 5GJ6A 4HZZA 2Z42A 1QOSA 3W58A 2CWMA 2AENA 3N7KA 1HKDA 1B9SA 1YIFA 1DQ1A 1NMBN 1N47A 4ASMB 1Z4YA 4WA5A 3D12A 1H30A 3FFZA 3NWKA 5B2DA 2QWAA 2D6KA 2A6WA 2D3SA 1NN2A 4K20A 4YZ2A 2D3PA 2ZZJA 1GYKA 4GZOA 1DLLA 3OYWB 1XQNA 4XZPA 2JJ6A 1JW6A 1MS1A 4MJUA 4UF7A 4K1IA 1KDKA 4MWWA 4FQZA 3VUOA 2YXSA 1SBFA 3O5SA 4YZ1A 4Q26A 2CMLA 4Y22A 4MWRA 2HTWA 3CKZA 3HMYA 4CPNA 4XOGA 1NCBN 2HU0A 2P34A 3M3QA 3K3AA 4B7RA 1IVBA 5B2CA 3ZXKA 1YO8A 3DUIA 3VKNA 3WDVA 4GZSA 4BBWA 4UW4A 1LGCA 4ATFA 4MJVA 4M01A 2YV8A 1S0DA 4DQAA 1N1YA 5JOYA 1F9KA 2A3YA 4B7QA 2DU1A 4YGCA 1FV3A 2C4LA 4XIKA 1EURA 1DGLA 5GZDA 2W5OA 4XMIA 3MW4A 3RG0A 1NXD1 5IUQA 4MX0A 3O12A 3WDTA 1LEDA 1KDMA 1GZCA 1JOJA 2WT1A 1MVQA 3BEQA 1FYUA 2ZHMA 3LCPA 5JOXA 4ITCA 4W65A 2SLIA 2TEPA 2W39A 1F8EA 4YW1A 3SH3A 5DZFA 4B7JA 1F31A 4ZXKA 3VV1A 1Z4VA 1ULCA 5AVAA 2DUOA 3H72A 1N3QA 2P37A 1ZA4A 3K38A 3DGTA 4R9BA 3ENRA 2JE7A 1INHA 2GMPA 3AZXA 4MWVA 3ZXLA 2HU4A 4MWUA 1ULGA 1OKQA 1N1VA 1LHOA 1V6LA 4PBOA 2GN7A 2CTVA 1AX2A 2ZGUA 3MEPA 2YY1A 4U2AA 2D6MA 4YZ4A 5KXEA 2Q5TA 4KBBA 1S0IA 2HTUA 4DS0A 1LESA 4NOTA 2GNTA 2QWKA 1W6OB 3ATGA 3W09A 2ERFA 4FQ4A 3ALWA 1CR7A 2DVAA 5H9QA 3IPVB 1DHKB 2YDPA 2DTYA 2AR6A 3OYWA 1JYCA 2V73A 3WCRA 2GNBA 4Y1XA 1V3CA 5JYYA 1RINA 1VALA 3VKMA 5HCFA 4X49A 1CPMA 1MS3A 3A0NA 4M00A 2HT7A 2V5YA 5DXDA 4Y26A 3OY8B 5CNAA 2CYFA 2VXRA 1C1LA 1KRIA 3A71A 3N36A 5GLVA 3OBRA 2F29A 4YFWA 1V6KA 1E8TA 1QGLA 4YM0A 4BMEA 1SACA 3AK0A 4YM1A 4QNPA 2OUJA 1ULDA 1CN1A 3T1MA 4M4UA 1AF9A 4Z8BA 2F25A 1AVBA 2F10A 4YW3A 4MZAA 1A8DA 1LCLA 1DQ6A 1MS9A 1JYIA 1Q8PA 1WBFA 5E8AA 2ZGLA 4AYUA 2VU9A 3NV2A 3IMNA 4YGDA 4GZQA 4MWYA 3R4UA 5FRAA 2E7QA 3T1EA 1G7YA 1INWA 3O9JA 2HTVA 3SLIA 1MS4A 2UWAA 3V0BB 3ZSKA 2I2SA 4YLZA 3GVKA 3TI8A 2PHRA 2GNDA 4CPYA 4Q8KA 1QNWA 2BF6A 1C1FA 1U0AA 1C4RA 4WEGA 4I00A 4KS4A 2EXIA 3GALA 4BQ1A 1SLCA 3USUA 1TEIA 2PELA 3ZSLA 2YROA 1LHWA 5HCAA 2QWEA 1N1TA 4GZXA 5KXDA 1LULA 5CB7A 4YZ5A 3WCSA 2EIGA 3O0VA 1CIWA 2VVZA 1IVGA 2DUQA 4NN9A 4GWMA 4D8SA 2ZGSA 3FUQA 2D6OX 2PHXA 3NN9A 5DUXA 1LGBA 1W6OA 3SANA 4D69A 3ILNA 1WD3A 3AYAA 1SLBA 4C1WA 3IPVA 3TI6A 4GZPA 1SFYA 1LTEA 1SBEA 2YZ4A 1LECA 3D6EA 3A4UA 4H55A 1SLIA 1Z4WA 3AP4A 2KM2A 4GDIA 1W0OA 1PZ7A 2ZKNA 1CESA 1UKGA 3O0WA 4FVKA 3U4XA 1S1AA 1WUVA 4FPOB 4Y22B 1F8CA 2CWSA 2WSUA 2BATA 1WW5A 3INBA 4J9TA 3INAA 4I30A 1FV2A 2DUPA 1N3PA 2X9MA 1PZ9A 1VAMA 1ENSA 4LBQD 2CY6A 4XJ9A 2VW0A 2XZJA 2YA5A 2R16A 1QMJA 1W8OA 2HT5A 3V0AB 3R4SA 2VK6A 2F12A 5IK4A 3BIWE 4AGGA 1CVNA 1MZ6A 3RS6A 2YA8A 3AP5A 1B9VA 2JECA 3SITA 3AJYA 1AX1A 4HANA 4F83A 1AZDA 1OQ1A 3FLTA 1N1SA 1UL9A 1Z4ZA 5E88A 1R1ZA 4XJUA 3WV6A 3B00A 1W20A 3UJQA 1FNZA 2P3JA 4XHBA 5HUMA 2SBAA 1IKPA 1NCCN 2F0ZA 4DRRA 2D43A 3SH4A 5GLZA 3AZVA 4YG0A 5HUGA 4P9YA 1ENRA 1UPSA 4MWJA 1V6NA 3SNMA 3TAYA 1L7HA 1IS4A 3WDXA 2HT8A 3N35A 4K3YA 4YGEA 1LOAA 1WLDA 1X50A 1MS0A 3A72A 4DRVA 4XYXA 1GBGA 2P2KA 4FOVA 4WA4A 2BZDA 1ONAA 1NSDA 1RIRA 4K21A 4GXLA 4XJQA 2W38A 5EYXA 1USXA 3MPPG 4M3MA 1V6OA 1B9TA 2NP0A 4Y1ZA 4GKXA 3ILFA 4FPHA 4Y1UA 2WLQA 1A14N 2P3KA 4QN4A 3B7EA 3B69A 1FATA 3B01A 3C2UA 1B09A 1XOGA 3AP9A 1V6MA 2D7FA 5FREA 4BMBA 2VWDA 2QWFA 2AEPA 1Z78A 2EAKA 2NMNA 3CL2A 3WG3A 3T1LA 4AVVA 2AEQA 3UJOA 1INYA 3WG4A 2PHFA 1DQ0A 4XJZA 2EXJA 2XG3A 4YGBA 4K1YA 3V0AA 1D2SA 2YMZA 3B3QE 3PJQA 4B7NA 4PBPA 5LK5A 1V0EA 1A4GA 1LEMA 2ZMLA 1OFSA 2ZGOA 2YA7A 4Q2FA 2LTNA 2R0HA 1SLLA 1O4YA 1UMZA 1WW4A 2HYKA 4CZSA 1WD4A 4XIOA 5IK5A 2HTQA 3WDYA 2QWGA 3PVEA 4L8QA 2VSMA 3MW2A 3A0KA 2QWIA 1W21A 4YM2A 2E7TA 5H9RA 4JC1A 2VW2A 4MWQA 3AX4A 4FP2A 2F11A 1MZ5A 2ZB6A 3USUB 2HTRA 4H53A 4NCSA 5JDBA 2W5NA 1LOBA 3O0XA 1SLTA 4QN3A 2SILA 4UW3A 3SALA 2A6VA 1INVA 1SNTA 1IVDA 1V0FA 1F8DA 2ZAAA 3POWA 4XHXA 2AGSA 4LBQA 3AP7A 2NMOA 2A75A 1AXKA 1SO7A 1UAIA 2VUAA 1W6MB 4KS5A 1NLSA 3LSDA 5DUVA 5JOWA 3ASIA 1UZYA 4H52A 3OPZA 1ZM1A 1Q56A 4AWDA 1W1XA 1APNA 2W52A 2RKCA 4QN5A 4AVTA 2ZBJA 4BOWA 1S0GA 2E6VA 1QF3A 3JU4A 4MC7A 1V2IA 4Y24A 1INGA 4GB1A 2ZHKA 4MZEA 1IS5A 3RMXA 4WEFA 4XJ8A 3PMEA 4WZFA 2WJSA 2JD4A 1NNAA 1Z4XA 1URXA 1V3BA 3I4IA 3WG1A 1L7FA 1SBDA 4XBNA 4GKYA 3APBA 3D5OA 1UX6A 1W0PA 2ZGQA 4YW4A 2SIMA 3N7MA 3N7JA 2C4AA 1GNHA 1LHVA 4M3CB 5GZCA 4LBMA 1LENA 3WHTA 2DVBA 2DWRA 4LBNA 4FJ6A 2AH2A 1NCDN 1GICA 2GMEA 4FPGA 3H71A 4FPLA 4KS1A 1CQ9A 2EF6A 4FP3A 1Z50A 1A3KA 1S0JA 1EUUA 4WV8A 3VKFC 4XDQA 3FUOA 4XE9A 2E53A 3W59A 4XTMA 4CRQA 1IS3A 4RA0A 1V00A 3SISA 3TB0A 1DIMA 1N3OA 3WZ1A 5T52A 2UWBA 1ULFA 1F8BA 3SH5A 1G9DA 4X47A 3FLRA 4PF5A 3GVJA 2W20A 3TICA 4YW2A 2ZA9A 3AXDA 2BERA 2F24A 2YA4A 4AGVA 4U36A 2XB6C 2DTWA 3JU9A 2ZGKA 2DVDA 3OBTA 1IKQA 1GLHA 2DVFA 5GZFA 3AXEA 4XJWA 1GV9A 3TIBA 2OW4A 2B8HA 7NN9A 4DFSA 1DFQA 5DZGA 1SCRA 1W6MA 1V3DA 3H6JA 2ZABA 2ZMKA 1GANA 1SCSA 1DZQA 5T5PA 1KJRA 4HZXA 1HQLA 1LOCA 1WBLA 1USRA 4FPFA 1CPNA 1JXNA 5CBLA 3K37A 2XZIA 1NMAN 1J1TA 5HUNA 2AYHA 3ZXEA 4QN7A 1IVFA 5SV8A 2A71A 5T5OA 2VW1A 1MS8A 3TI5A 1EUTA 2AUYA 3UL2A 1S0BA 3KM5A 1WCSA 2A5ZA 1D0HA 3NV1A 2UU8A 4OZXA 3WUCA 4XJRA 4XBLA 1QU0A 1GZ9A 1V0ZA 3WHUA 3KQRA 1Q8QA 1AXZA 1EPWA 3AZWA 4MWXA 4M3CF 4HZVA 4R9CA 3CNAA 2EALA 4WA3A 5L73A 5T54A 4BLIA 3ALXA 3L2YA 4M3CA 1DBNA 1JHNA 5T5JA 3ZPYA 1V6IA 1I3HA 1G9AA 4TYSA 3VKOA 3B9CA 4CPZA 4Y20B 4FPJA 4FOQA 3M3CA 4KS2A 2A3XA 2OUHA 2CNAA 1PZ8A 3NSSA 2YDTA 1QDOA 3D4KA 3CYEA 2B7YA 1BJQA 2H0BA 2YA6A 3N3HA 1LOEA 4JRAA 3HR9A 4P9WA 1BZWA 1VCJA 1DYPA 4C1XA 3I8TA 6NN9A 1BYHA 4Q1PA 3TIAA 2QWBA 1BJIA 1JN2P 5BYNA 1UZZA 3GNEA 5CAZA 2WSVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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