1MS3A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 188
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms3A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms3A01
5HCBA 2A5ZA 2ZGRA 3TAYA 2SIMA 1Z4YA 4XMAA 4BBWA 3WV6A 1HQLA 3GALA 5T5OA 3V0BA 1S0BA 4UW4A 1EUSA 1B9SA 2NYYA 2XZKA 3O5SA 1DYKA 3TI3A 2WSUA 3OYWB 4NO4A 1N1YA 4YG3A 3AXEA 1W21A 1WCQA 5L73A 3MPPG 3SILA 2CWSA 1W6MA 2AEPA 2VW1A 1UMZA 1XOGA 4DS0A 5HUGA 4DQAA 2A6XA 1N1SA 3WNXA 4XE9A 4XBQA 3FUOA 4FP3A 5IK7A 2BERA 1APNA 1SLAA 5DUUA 2V73A 1NLSA 4GDJA 2DWRA 1AJKA 4GKXA 1V00A 3RSJA 5CBLA 5H9PA 3ASIA 1L7HA 4GZTA 4MJUA 2GDFA 2HTYA 4Y20A 1PZ7A 2E7TA 1Q8SA 4L8QA 1CR7A 1W6PB 5DXDA 1UPSA 5KXEA 2DYCA 1V2IA 4K21A 1UZYA 2OVUA 3FFZA 3TI6A 2JE7A 4YW3A 3T1MA 1ULCA 1LOFC 3K37A 1GNHA 3RQ0A 1SLIA 3N35A 3VUOA 4KBBA 2D7FA 1DQ6A 3SALA 3WLUA 4FVKA 5HCAA 1GICA 4P9WA 3BIWE 3K36A 1SACA 1MS1A 4YZ5A 2YDTA 5JVVA 4P14A 3CL0A 2ZGTA 5DUWA 2HTUA 3IM0A 4WEGA 1IKQA 4Y1YA 1CESA 3PVOA 4Q1PA 1MS9A 3ZXFA 2GMPA 1YYNA 1AXYA 1V0EA 4M4VA 2EXJA 4YGBA 1ENSA 1SLBA 3H73A 3RS6A 4IQPA 1NSCA 3PVNA 2D44A 5GZDA 3QLQA 2OW4A 4Y26A 2WT2A 1S0GA 1SFYA 5KXCA 4Q6KA 2YZ4A 1OQ1A 3D11A 1D0HA 4CPLA 4YM0A 4ISRA 2ZBJA 1W8NA 3CNAA 1Q8QA 4M3CB 1JHNA 2A7AA 2F29A 1Q8OA 2R1BA 3AJYA 4ISQA 1V3BA 2BATA 4SLIA 4BLIA 1LGNA 5E88A 2A3WA 2CMLA 1AX1A 1FAYA 4XTPA 4MWYA 1USRA 4MC7A 3IN9A 4PCRA 1LESA 1V3EA 1SBEA 3VKMA 2DVBA 1G9FA 1ULGA 5JOXA 1SBFA 1YRZA 2AR6A 1MWEA 1A3KA 5DUXA 1DQ2A 4CPYA 3BEQA 2CYFA 2GN3A 1INWA 2NZ9A 2LTNA 5T52A 1QMJA 3AX4A 1O4YA 4WV8A 1WW6A 1Q56A 3DGTA 4XJAA 2ENRA 1NNCA 4XJQA 1KJRA 3NWKA 5IUQA 4XIOA 2GMEA 3N7JA 1CQ9A 1L7FA 2JE9A 2QWAA 1W6QB 3AZVA 5JOZA 1SO7A 4FPEA 4H52A 4XHBA 4LBJA 4BMEA 4YGEA 1V0ZA 1V6OA 2DUPA 4XIKA 3ALXA 2JD4A 2PHRA 1LOGA 1MVQA 2VK5A 3OY8A 4I30A 5FREA 2YMZA 4NN9A 3WOGA 2CWMA 2A3YA 4Q8KA 2P3JA 4QN5A 3D6EA 2P2KA 1J1TA 4DPNA 2GALA 4DGRA 4XOGA 1DGLA 1MS8A 3WDWA 4XBNA 2W52A 3H71A 4BLJA 2NP0A 4GXLA 3AZYA 2F12A 2ZHMA 4MZEA 5SV8A 4BQ1A 1LULA 1A14N 2VUAA 1EPWA 5E8AA 3TIAA 3NSSA 4M3MA 3JUUA 1FYUA 1Y7BA 1ZA4A 4LBQD 3RMYA 3WHTA 5KXBA 1QKQA 3ZSJA 1UL9A 3NV4A 2D6NA 4NOTA 2R1DA 1LOAA 2PHFA 4JCKA 3ZXKA 2X9MA 3POYA 5JMCA 4M00A 4FPFA 1LJ7A 4K1JA 1WW5A 1W0OA 3AZWA 4XILA 4B7NA 5T5PA 5T55A 4GEZA 4MWWA 3M1HA 4K1HA 4XJRA 4HZZA 2ZA9A 2D3RA 2JDZA 3N36A 3W58A 4MYEA 1BZWA 3W59A 2CTVA 3I4IA 1HQWA 1LOBA 3VKNA 3FLTA 2OUJA 2VK7A 3OGGA 3JU9A 2FMDA 2QWDA 3C2UA 1CPMA 3K39A 5DUVA 3VV1A 1XQNA 3WCSA 3WVJA 2DU0A 1IS3A 1GZCA 2PHTA 2SLIA 2ZGQA 3NV2A 2DVDA 1AXZA 1KJLA 1KDMA 5HUNA 3LSDA 3O12A 5IK4A 3AP4A 3SLIA 1A8DA 1JXNA 3KM5A 3L2YA 4F83A 1DQ1A 4MX0A 1WW7A 1V6KA 4GZXA 3R4SA 3ZXLA 2YROA 1EUTA 3HN1A 1LECA 4KS2A 2WQZC 4MWJA 2GNTA 1C1FA 2NM1A 2D6PA 1INVA 1Z78A 1MZ6A 2BF6A 2QWFA 2P37A 1VCJA 3AP9A 2P3KA 3USUA 1YXWA 3Q9OA 1GKBA 4GZOA 1O4ZA 1DLLA 4XBLA 3GVLA 1AJOA 1INHA 4MJVA 1DIMA 2D6LX 5T54A 4CZSA 2F26A 1F9KA 1A4QA 2SILA 3IPVB 2UWAA 2P34A 3JU4A 1LGBA 5GZFA 1CIWA 4PBOA 3POSA 1H30A 2XZIA 2WNEA 2F10A 3LSEA 2ZMKA 2JKBA 1Z4WA 4YW2A 3PVEA 1INGA 3GVJA 1V3DA 4FVVA 2W38A 1AZDA 3MW3A 4WVWA 3OPZA 1G8WA 1KRIA 1H9WA 2XG3A 3AYEA 3INBA 3A0KA 1C4RA 3R4UA 2QWCA 3UJOA 2AUYA 2F11A 1S0JA 1GV9A 3N7KA 2UWBA 4UW3A 4XJUA 3CL2A 5HCFA 1MZ5A 1UKGA 1RINA 3T1EA 1TEIA 1FX5A 2ZKNA 2HTRA 1W6NB 3IMNA 4RL7A 1E8TA 3V0AB 1AX0A 1V3CA 4HIZA 3HMYA 2WT1A 4U36A 3V64A 3WDUA 1LHOA 1URXA 1Z0HA 3WDTA 4Q2FA 3RRDA 4GJTA 1A78A 1EUUA 2FHRA 2A70A 1JBCA 3FUQA 2ZZJA 5GZEA 3WUDA 1BYHA 1B9VA 5T50A 2E53A 3NV1A 3SH4A 4YGCA 4ATFA 3U4XA 3ZXJA 2QWKA 1LODA 5GLWA 3O0VA 1E8VA 1D2SA 1GZWA 4HZYA 2OUHA 3W09A 4BPZA 3UL2A 4YLZA 4ZXKA 3SITA 1V6JA 4RA0A 1G86A 3D5OA 5CNAA 5GLVA 4FZHA 2D6KA 1W6OB 1Z50A 1LENA 1LU2A 4HZWA 1IVGA 3H0OA 5KXDA 2ARXA 1USXA 1C1LA 1V6NA 3AYDA 1IVFA 1QOOA 4ASMB 4C1WA 4FQZA 4H55A 1LEMA 3M3QA 1ULEA 2C9AA 4AGGA 1F8BA 2ZGOA 1N1TA 1G9AA 1LCLA 1QDOA 4GWMA 4UW5A 4HZXA 4GDIA 1U0AA 4LBQB 1IVEA 2W68A 4HANA 3AK0A 3WUCA 2YA8A 2DV9A 1Z4XA 4YG6A 1LHVA 3WZ1A 5JDBA 1QNYA 1Z4ZA 4QN4A 1BJQA 4XJ9A 2RKCA 4TYSA 3V0BB 2E6VA 4LBOA 3SNMA 3AP5A 2CY6A 1WD4A 2D43A 4K1KA 4WVVA 2QWGA 5GLTA 3WHUA 5GJ6A 4JC1A 5GZGA 2PELA 2AREA 2HYKA 2UU8A 1CONA 1NXD1 3AJZA 3OJBA 1W6MB 1WD3A 2D3PA 1S0DA 1NCDN 3AP6A 2DVAA 4YFZA 2DUOA 4KS1A 1X50A 3I8TA 2HT7A 1B09A 1NCBN 4DRVA 3POWA 5LK5A 1W1XA 1SCSA 3B01A 2ZGLA 2F27A 2EXKA 4CPZA 1RIRA 1ULFA 3WDXA 1NN2A 3QCWA 2VSKA 2AEQA 3ILNA 1SBDA 4Y20B 2DVGA 4M3CF 3TI4A 4XYXA 5E89A 3ILFA 3B7EA 5JOYA 2VWDA 1ULDA 4YZ2A 5B2CA 2C5DA 1V0FA 1V6IA 4ITCA 2B8HA 1FV3A 1G9BA 4Y1ZA 1QF3A 1OKQA 4FOYA 1WLDA 1FATA 2B7YA 4FPOB 4Y22A 4CPNA 3APBA 2WSVA 5T5LA 1SLLA 5H9QA 5DG2A 3BTAA 4FPJA 4K1IA 4YGDA 4QN6A 5JYYA 3K3AA 4UW6A 4Z8BA 5IT6A 3M3OA 1IVBA 3UJQA 2D3SA 5GZCA 4GZQA 4P9XA 2TEPA 4CPOA 2C4AA 4AVVA 3AFKA 1WBLA 1B9TA 3OYWA 4CRQA 2YV8A 1YO8A 4GKYA 2HT5A 4FOQA 3MW4A 1H9PA 3A72A 4J9TA 1MACA 1G7YA 3IKWA 4D69A 2QWIA 2HTVA 3WCRA 1V6MA 1QDCA 2EF6A 2QWBA 3T2TA 3O9KA 2A3XA 1FV2A 3HR9A 4MWRA 4GA9A 3FLPA 1WUVA 7NN9A 3MEPA 2DVFA 4KS5A 1LEDA 3M3CA 1W6PA 4ATEA 1OFSA 3SANA 2EXHA 5EYXA 1BKZA 3WG3A 2F0ZA 2H0BA 1FNYA 2ZGUA 1DBNA 1ONAA 3AZZA 3B9CA 1JOJA 1KITA 2PHUA 5CA6A 1AXKA 1CJPA 2EAKA 2ZHNA 2C4LA 4DRRA 1IVCA 2HT8A 5IK5A 3D12A 1GANA 4DFSA 4WA4A 4P9YA 4GB1A 3AYAA 1DQ0A 3UK9A 2WT0A 1LGCA 1NMCA 1MS3A 4Q26A 4FPYA 2R0FA 1IOAA 1MS4A 4LBKA 4GZSA 5GALA 5BYNA 3CYEA 5GM0A 2AGSA 3ZSLA 5HX0A 4MWQA 1MS5A 5JOWA 2WLQA 4Y1UA 3A0NA 1INFA 4GWNA 4AGVA 2BQPA 1WW4A 4K1YA 4YZ4A 4FPGA 1JN2P 2YA6A 1NCCN 4AGRA 4HL0A 4PBPA 1HLCA 5CAZA 4XJZA 3A71A 5GLZA 3OY8B 1UAIA 3ALWA 2CL2A 5EWSA 5FRAA 2W08A 3AXDA 4FOWA 4YM1A 5IK8A 3AZXA 1NMAN 4XXAA 2EALA 4MWVA 4M3CA 4XMIA 1UN1A 4CTEA 6NN9A 2AYHA 2NMNA 5DG1A 4B7QA 2W5OA 1AF9A 4PQ9A 2LALA 5CB7A 3WDVA 4LBLA 1GYKA 3OBRA 3ZVXA 4OZXA 2W20A 1AVBA 2VXRA 2A75A 1LU1A 4QN7A 1W0PA 4KS4A 1VLNA 5NN9A 2YA4A 1INXA 4AWDA 2HU0A 2XCYA 2ERFA 3OBTA 4R9DA 2F25A 1LTEA 1PZ8A 1MVEA 4MZAA 1YI7A 1LOEA 2YXSA 2HTWA 4FPKA 2QWJA 1LOCA 5HUKA 1QOTA 2GN7A 1S0EA 4GZPA 3ILRA 2ZAAA 4X4AA 2ZGSA 1W6QA 2ZHKA 5HUMA 1Q8VA 3T1LA 3SISA 2WKKA 2QWHA 2HTQA 5DZFA 3INAA 3TI5A 1IS5A 1XOEA 1F8CA 1S0IA 1S1AA 1LHUA 3LCPA 1GNZA 2ZGNA 1C57A 4AVSA 4R9AA 2F13A 3NN9A 1GSLA 2AENA 2E7QA 5H9SA 1UZZA 2A71A 4Y1VA 4X49A 1NSDA 1ZM1A 2ZHLA 4BOWA 5EXOA 1N47A 4FOVA 4YW1A 1JYCA 3WG4A 3DUIA 4QNPA 1VAVA 1KDKA 3VKLA 3SH5A 3VKFC 3D4KA 1F31A 4LBMA 2ZACA 3ENRA 1VIWB 3USUB 4B7JA 3GVKA 1VAMA 4YFWA 3H72A 1W20A 3TI8A 1G9DA 1AX2A 3K38A 2JECA 2DTWA 3V65A 3ZYRA 3ZXEA 2YA7A 3ZSKA 1DFQA 2JJ6A 3M3EA 1WCSA 4FP2A 2EIGA 4H53A 3N3HA 4Q1RA 1IS6A 4ZKTB 1DYPA 4Q8LA 4XJWA 2YDPA 2DTYA 1N3OA 1HDKA 3SH3A 1F8EA 1QU0A 4XJ8A 4W65A 2GNBA 2KM2A 4XZPA 3M2MA 1SLCA 2G4IA 3CKZA 4B7RA 4WEFA 2WJSA 1UX6A 4JF7A 2F28A 3WDYA 2R49A 4FJ6A 4AYUA 4TZDA 4X47A 3WG2A 3N7MA 3ATGA 3O0WA 1QOSA 5GLUA 2ARBA 1MR5A 4D8SA 4M4UA 1VCUA 2ZGPA 3NV3A 4XXPA 1F8DA 2GNMA 2ZMNA 4LBNA 4UF7A 1LHWA 2VW2A 2A6YA 2XB6C 4QN3A 4NCSA 2A6VA 5F5QA 4XTMA 4YZ1A 2YA5A 3AYCA 4Q27A 2P3IA 2ZB5A 4YW5A 1A4GA 3O9JA 4R9BA 4GALA 1DHKB 1IS4A 4HZVA 2D6MA 1VALA 3PJQA 4YG0A 4KS3A 1GZ9A 2GMMA 1W8OA 1DILA 1JYIA 1GZWB 1S0CA 3R05A 4YW4A 4YM3A 1WLCA 4I00A 2ZB6A 2Q5TA 2PHWA 4M4NA 2ZABA 1L7GA 4WA3A 2VW0A 3FBYA 4CPMA 2VSMA 2A6WA 1BQPA 3RG0A 1V6LA 4AVTA 2D6OX 4YZ3A 3IPVA 1F5FA 4BMBA 4MWLA 1BJIA 5DZGA 4FPLA 3FLRA 1WBFA 1LOFA 4M01A 4JRAA 1JW6A 5T5JA 2VY0A 1LHNA 2A6ZA 2UWCA 2DUQA 3TIBA 1SLTA 2CNAA 4GZWA 5JLVA 1ENQA 3O0XA 1I3HA 2QWEA 3KQRA 4K3YA 1QGLA 1EURA 3RMXA 3GNEA 3WG1A 4X6KA 1DIWA 1BXHA 4WA5A 2VK6A 1IKPA 2NMOA 4NC5A 3B00A 3AP7A 4C1XA 4WZFA 1YIFA 1NNAA 5B2DA 1KQRA 2EXIA 4U2AA 1DQ4A 2ZMLA 4MWXA 1GBGA 3ZPYA 2NN8A 2YY1A 4Y24A 1GLHA 1W6NA 2PHXA 1CVNA 3V0AA 5DZEA 1S0FA 4Y1XA 5EYYA 1WLWA 2XZJA 2VH9A 3TB0A 2VVZA 2RHPA 2AH2A 1NNBA 2F24A 2W5NA 3B69A 3TICA 2ZGKA 2E51A 1DQ5A 4XHXA 2R16A 2GNDA 4K20A 3A4UA 1NMBN 2UURA 2VU9A 4R9CA 1MS0A 1NCAN 4XDQA 4B7MA 2W39A 1PZ9A 2DU1A 1INYA 1HKDA 2V5YA 1IVDA 3H6JA 4YM2A 1G9CA 3ZSMA 4BM8A 4PF5A 1W6OA 1ENRA 1CN1A 2R0HA 2Z42A 3MW2A 4MWUA 1I1EA 2ZGMA 1E8UA 4FPCA 2ES3A 4FPHA 2I2SA 1RITA 1SNTA 1Z4VA 5AVAA 5M1ZA 3BOPA 1N3QA 1JUIA 3VKOA 3BODA 4FQ4A 1DZQA 2HU4A 1N3PA 1N1VA 5F9TA 4Y22B 4M3CE 1FNZA 5H9RA 2SBAA 3N7LA 1NSBA 1QNWA 3ZYPA 4LBQA 4K1ZA 2DURA 1SCRA 1Q8PA 3B3QE 1R1ZA 3PMEA 2BZDA 1CPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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