1MS4A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 179
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms4A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms4A01
3AX4A 1C4RA 1OFSA 4CPMA 2ZABA 2ZGNA 2F28A 3RMYA 1G8WA 1LULA 5BYNA 3CKZA 3PJQA 2QWBA 3HR9A 1MS5A 4Q1RA 1KRIA 1JXNA 3B7EA 3MEPA 4C1WA 1NLSA 4XILA 1MS1A 4P14A 3ZXJA 4GZPA 1G9FA 1INWA 2NYYA 3WNXA 2WNEA 1MZ6A 4ZXKA 3Q9OA 5M1ZA 1N1SA 1NCDN 2ZMLA 1H9PA 2YDTA 1WLWA 1V6KA 4GXLA 3CYEA 1LOBA 1UAIA 1VALA 2FMDA 1VCUA 3GNEA 1URXA 2VW2A 2NM1A 1CJPA 3ALXA 2HU0A 2JE9A 1LCLA 4XOGA 5EWSA 1KITA 1SLBA 4M01A 3WDUA 5JOZA 4FP3A 2F13A 5DZEA 4ISQA 1SLTA 1FV3A 4TYSA 3SNMA 1GV9A 5GZCA 1INHA 2A6ZA 1LHWA 5DXDA 2OUJA 3GVKA 2WJSA 1MVEA 4B7MA 1APNA 1S0CA 1PZ7A 1V3CA 3WDYA 4BLJA 3AZVA 1WCSA 5KXDA 4M4NA 3ALWA 5GJ6A 1WLCA 4NO4A 2F0ZA 4FPGA 1N3PA 4UF7A 1AVBA 1QOTA 2ZGQA 1W6QB 1INYA 1CONA 2XZKA 1SBEA 3LSDA 1USXA 2E6VA 4GALA 3R05A 1INGA 1LJ7A 4XZPA 5HX0A 2F26A 4H52A 2GMPA 4UW6A 3WV6A 4M3CF 4BBWA 4QN4A 5JDBA 4IQPA 2DU0A 4Q6KA 4GZWA 2W68A 4UW4A 3B00A 3NSSA 4YGEA 1D2SA 3ZSKA 1MS8A 2C9AA 1G9AA 2DU1A 3M3OA 1EPWA 3AYCA 4FPOB 1N47A 2ZMNA 1UMZA 3TICA 2LTNA 3BEQA 1V6IA 5EYYA 3PVNA 4XJUA 1SACA 1N3OA 2QWIA 2W20A 3UJQA 3H73A 4B7JA 1LGBA 2SILA 2QWCA 4MJUA 4FVVA 1AJOA 2A6VA 3AP7A 4XJ9A 1A8DA 1DGLA 1O4ZA 5SV8A 4MWRA 2UU8A 2QWHA 4Y20A 2ZKNA 3M3CA 1EURA 5JYYA 4KBBA 3PMEA 4GZXA 2YMZA 4MZAA 4XJWA 3VKLA 4ATEA 4XMIA 3RQ0A 3INAA 2HT8A 4HZZA 3DUIA 2XCYA 1MZ5A 4YFZA 1AXZA 1SLAA 2YA5A 1CPNA 2BZDA 1S0BA 1A78A 1HLCA 4K1IA 5KXBA 2R16A 1SLIA 1CIWA 3QLQA 1H30A 4MZEA 4Q27A 4GDJA 1KJLA 3VV1A 4LBOA 1NSCA 1Q56A 3AFKA 4YG6A 4Q8LA 1ULGA 2ZACA 2DVGA 4X6KA 1LODA 3IM0A 1HDKA 1W6NA 2B7YA 2NMNA 1Q8VA 3POYA 3O0XA 1FAYA 1W6OB 1S0JA 2EXHA 2AGSA 4BLIA 4FPLA 1N1VA 1U0AA 4PQ9A 4LBLA 4CRQA 2RHPA 3OJBA 2YDPA 3TI4A 1ULCA 3WVJA 2KM2A 4Q1PA 2Z42A 4KS4A 3LCPA 2AH2A 1LOFC 2GN7A 5T5OA 2NN8A 2QWJA 2HTUA 1LOAA 4HANA 4QN7A 3WUDA 2GNDA 3WDWA 2BATA 1Z0HA 1JOJA 3OBTA 1WW4A 3PVEA 4Q26A 4OZXA 1QDCA 3ZSMA 1YI7A 4K1JA 4KS3A 1F31A 3VKNA 3CL0A 1GSLA 2F29A 4YZ3A 1A4QA 1B9VA 1ULFA 2X9MA 4GKYA 1F8CA 1CPMA 2JD4A 1JUIA 4XJ8A 1LOEA 1NCBN 1XOGA 3TIBA 1JN2P 1Z78A 2PELA 3UL2A 2EALA 4P9WA 3RMXA 2D6KA 4DRVA 5DZFA 4GB1A 1C57A 1SLLA 5GZGA 3N36A 2W38A 1DBNA 3WDXA 5DUWA 1DYPA 3SALA 1WD3A 1YYNA 4K1HA 5F9TA 4FPCA 1GNZA 1UZYA 4XBNA 4YM2A 4QN6A 4BOWA 2D6OX 3M3QA 1ONAA 3SLIA 1LU2A 4WEGA 4YW5A 4FPYA 2C5DA 1SLCA 3N3HA 5GLWA 5JOXA 4LBJA 1IOAA 3VKMA 1LHUA 1LEMA 1RINA 1W0OA 2A5ZA 3ZXLA 4Q2FA 3O0VA 4DRRA 4JF7A 4GZTA 5IK8A 2HTVA 3K37A 3GVJA 2DV9A 4K1ZA 4FVKA 2YZ4A 3SH4A 1TEIA 1XQNA 3AJZA 5AVAA 1IVBA 2VUAA 4R9BA 4WV8A 4MWJA 5B2DA 1GZWA 4PF5A 5JOWA 1GZ9A 4U36A 2ZZJA 2VK5A 2VSMA 2ZGMA 1L7FA 4XDQA 1VAVA 1V3BA 5HUKA 1GLHA 1QDOA 2A3WA 3AK0A 2JKBA 1G9CA 4YW1A 4BMBA 4Y26A 1JYCA 2R1BA 1N1TA 4Y1YA 3O9KA 3HN1A 2JECA 3TIAA 1GYKA 3SH5A 2GMEA 2YY1A 4FOVA 4MYEA 3ENRA 5B2CA 3ZXEA 3O12A 1UN1A 1NSDA 3MW2A 3B69A 2OUHA 3A71A 5JOYA 3FLRA 1IS4A 3NV4A 1DILA 2NMOA 2RKCA 4GZSA 2ZHLA 1ULEA 1GICA 3AYDA 3OYWB 2VU9A 2ZHKA 2A70A 5T54A 1JHNA 2WT0A 4XBLA 4WVWA 3W09A 1S1AA 5NN9A 1N3QA 1WLDA 2B8HA 3AZXA 2P3IA 3OGGA 3APBA 3UJOA 1W8NA 3GVLA 4FQZA 1SBDA 5GLZA 3T1EA 2E7TA 4YM3A 1LGCA 4M3MA 2A6YA 1G86A 1MS4A 3A72A 3KQRA 1HKDA 3D5OA 1AX2A 5T5PA 1MWEA 3K39A 1G7YA 1PZ8A 3L2YA 5KXEA 2GDFA 3V0BA 2DTYA 3ZXFA 2F27A 3V0BB 4GZOA 2AENA 2W39A 3U4XA 4LBQD 2DTWA 1CN1A 3BOPA 5E89A 1O4YA 2D3PA 3W58A 3VKFC 1YIFA 5DUVA 2PHFA 4WEFA 4NN9A 1Q8QA 3NV2A 1W6QA 5EXOA 3N7JA 4MWLA 5HCAA 1W0PA 1S0EA 4FPEA 1VCJA 1DQ4A 1Q8OA 4J9TA 3ZPYA 3K38A 4Y1ZA 1NMAN 3NWKA 2ARBA 4MX0A 4FOWA 1IVGA 5H9QA 3FFZA 1B09A 5GZDA 1V6LA 5CBLA 5GZFA 1DHKB 2XG3A 1X50A 3POWA 4JRAA 1KDMA 5KXCA 2ES3A 3C2UA 2C4AA 1B9SA 3BIWE 4K3YA 4PBOA 4PBPA 1JYIA 4YGCA 1WUVA 4W65A 1V6JA 4WVVA 4M3CE 3A0KA 4D8SA 3OPZA 2ZHMA 3HMYA 4M00A 4K1KA 4MWQA 2ZBJA 1Z4YA 4XJRA 3WDTA 2TEPA 1FATA 3WG4A 4H55A 2LALA 3WG1A 3O5SA 2ARXA 4CPNA 2HTRA 3AP6A 1IS5A 3V65A 4CTEA 2V5YA 2VVZA 1EUUA 1CVNA 2WLQA 2E7QA 4AGVA 1UKGA 4ISRA 3FBYA 4YW4A 1Z4WA 4XJAA 4MJVA 1JBCA 5DG2A 2YXSA 1SCSA 2ZGTA 3USUB 1LOFA 1V6OA 1MS9A 4AVSA 4BPZA 2EXJA 2VW0A 3KM5A 1BXHA 1AJKA 2WT1A 2AR6A 2HT7A 3ZYRA 2YA6A 2P34A 3H71A 4QNPA 3T2TA 2PHWA 4M3CA 3TI6A 1AX0A 1NN2A 4MWYA 2P2KA 4M3CB 4DQAA 3AJYA 4NCSA 3WLUA 1W6OA 1GZCA 4YGBA 1WBFA 2PHUA 3N7KA 3FUOA 1CR7A 1BKZA 1H9WA 4DPNA 5E8AA 1V0ZA 1EUSA 1KQRA 1LHNA 1YRZA 3ZSLA 4HZVA 5JVVA 4YW3A 3B3QE 1LU1A 1F9KA 4AVTA 4AGRA 1FV2A 1IVDA 1E8VA 2OVUA 2YA8A 4WA4A 1WD4A 3O9JA 4LBNA 3VKOA 5CAZA 1AZDA 1LTEA 1VAMA 3WG2A 2VY0A 1SFYA 2W5OA 1DQ5A 4GA9A 4QN3A 2XZIA 2YV8A 1CQ9A 4XIOA 5GM0A 4B7RA 1LENA 3K3AA 2ENRA 1E8UA 4XE9A 3WG3A 3O0WA 1ENQA 4ASMB 5FRAA 4YM0A 4NC5A 1W8OA 2YA4A 1DIWA 2QWDA 4AVVA 2CWMA 1A14N 2ZGSA 4MWUA 2JJ6A 1GNHA 4AGGA 1Z4ZA 4XXAA 3WCSA 4JC1A 5E88A 1FNYA 2WSVA 1V0EA 4HZXA 3H6JA 4YLZA 5HUMA 4QN5A 1YO8A 2W5NA 2F11A 4HIZA 1CESA 2GN3A 2H0BA 1OKQA 3T1LA 4BM8A 1DQ2A 1LHOA 3TB0A 2VK6A 1C1LA 2HU4A 2GNMA 2UWAA 4YG0A 3DGTA 3A0NA 4X4AA 4P9YA 1Q8SA 4HZYA 4Y1VA 2R0FA 4XIKA 3IPVA 4SLIA 2QWEA 3N35A 1QGLA 1S0GA 2ZB5A 5JLVA 3IPVB 5IK4A 4XXPA 2DUPA 2I2SA 2ZGKA 2DURA 1V6MA 5HCFA 4GWMA 1I3HA 5JMCA 3JU9A 2NZ9A 3ATGA 1BYHA 1S0IA 2A3YA 4ZKTB 1UZZA 4YZ5A 2R1DA 5EYXA 3M2MA 1LOCA 4YM1A 1RIRA 2F12A 2SBAA 5DUUA 1BJQA 5IK5A 2D6LX 2UURA 5T5JA 2CL2A 5LK5A 4U2AA 3OY8A 1LESA 1WCQA 4JCKA 1KJRA 1L7GA 3OY8B 1ENSA 3WUCA 5HUGA 2E51A 4DS0A 2E53A 2DVBA 3ILRA 4R9DA 5CA6A 4Z8BA 2AUYA 4FPKA 5GLUA 5DG1A 4GDIA 4MWVA 4L8QA 3GALA 4Y22B 4FPJA 1SCRA 3NV3A 1LOGA 1F8BA 5FREA 5IT6A 1MACA 3FLPA 2A6XA 1VIWB 1NCCN 3TI8A 4BMEA 4ATFA 1W6MB 3AYEA 2VH9A 3IKWA 1BQPA 3AP5A 4BQ1A 3OYWA 2P3JA 1AXKA 2CY6A 3AXEA 3TI5A 2W08A 3H0OA 3ILNA 2VK7A 2GALA 3SANA 1W20A 1QU0A 2A71A 3I8TA 2D6PA 1QOSA 1F8DA 5IK7A 2V73A 1DIMA 1VLNA 4XMAA 4MWWA 1SBFA 2AREA 2AEQA 4XHBA 2PHTA 2ZGPA 2Q5TA 1D0HA 5T5LA 4P9XA 4XYXA 3ZXKA 1MVQA 2D43A 4XJQA 1E8TA 2D6NA 1S0DA 1RITA 1PZ9A 4Y1XA 4M4UA 2HTWA 6NN9A 4GEZA 3RRDA 4HZWA 1ULDA 2ZB6A 3MPPG 4LBQA 1AF9A 3MW4A 4FPFA 4LBQB 1DFQA 2A3XA 3NN9A 3PVOA 3R4UA 1WW6A 4AYUA 4I30A 1G9BA 1F5FA 2CWSA 1QNWA 1R1ZA 4YZ2A 1MS3A 1LGNA 2GNTA 1Z50A 5H9RA 2C4LA 4CPYA 4Y1UA 4X49A 4Q8KA 1V6NA 3RSJA 4AWDA 2WSUA 1G9DA 1ENRA 3BTAA 1QOOA 4XHXA 4GJTA 2WKKA 2CTVA 1NNAA 2XB6C 2QWAA 2OW4A 1IKPA 1OQ1A 2YROA 2VXRA 4FPHA 1JW6A 2UWCA 1NNBA 2SLIA 3WCRA 4YG3A 3ZYPA 1V00A 4D69A 2D3RA 3AZWA 1NXD1 4K1YA 2HYKA 4LBMA 2ZGOA 2GNBA 1C1FA 5CB7A 2CNAA 3M3EA 2GMMA 1Z4XA 4B7QA 2D44A 3M1HA 3AP4A 3A4UA 2ZGUA 2JDZA 4RA0A 1Z4VA 2P3KA 4CPOA 4MWXA 2UWBA 1W1XA 1W6PA 2AEPA 1MS0A 3D4KA 1DQ0A 2DVDA 1W6PB 2EXKA 1QF3A 3ZSJA 2HT5A 3B01A 1ZM1A 1HQWA 2P37A 4R9AA 2A7AA 4TZDA 2DUOA 3NV1A 5IUQA 4DGRA 4XTPA 4M4VA 1AXYA 3N7MA 1LHVA 3AXDA 3B9CA 1WW7A 1QMJA 4CZSA 5H9SA 3CNAA 3UK9A 1SO7A 2SIMA 4X47A 4CPLA 2A75A 3QCWA 4GWNA 3W59A 3BODA 2CMLA 1HQLA 1MR5A 2F25A 1GANA 3USUA 4R9CA 2ZAAA 4Y24A 2EIGA 5CNAA 1GKBA 4Y20B 4YW2A 5HUNA 2F24A 1UPSA 2ZGLA 1INVA 1EUTA 1IVFA 4I00A 1DQ6A 2D6MA 1ZA4A 2CYFA 3AZZA 2EAKA 1FNZA 1FX5A 4FOYA 2HTQA 5DUXA 3MW3A 5T52A 3N7LA 2NP0A 1IVEA 2ZHNA 3FLTA 3TI3A 1W6NB 2G4IA 1YXWA 5T50A 2R49A 1XOEA 3RS6A 3ZVXA 1I1EA 2QWFA 3AYAA 1USRA 3JUUA 4YZ1A 1IS6A 1V3EA 1INFA 4FQ4A 4KS1A 1DZQA 4FP2A 2A6WA 1NCAN 3AZYA 4C1XA 4CPZA 2DVFA 3I4IA 2QWKA 1NMBN 2ZGRA 1AX1A 4K21A 4YZ4A 4HL0A 4RL7A 7NN9A 5L73A 1GBGA 1Y7BA 3WZ1A 1V3DA 4WA5A 1A3KA 1FYUA 3INBA 1WBLA 1INXA 4LBKA 4FOQA 4K20A 2VWDA 1NMCA 1BZWA 3OBRA 3WDVA 3VUOA 3JU4A 4GZQA 4FJ6A 3IMNA 4DFSA 3SILA 4XTMA 1SNTA 1F8EA 1A4GA 2YA7A 2DUQA 2HTYA 2VSKA 2ZA9A 4ITCA 2VW1A 4NOTA 1KDKA 2D3SA 1DQ1A 4UW5A 1DYKA 1UL9A 2R0HA 1W21A 3SITA 1NNCA 4F83A 1WW5A 3POSA 4MC7A 2DVAA 1B9TA 1BJIA 1LECA 5F5QA 2PHRA 2JE7A 4KS5A 3R4SA 5H9PA 2DWRA 1IS3A 4GKXA 1QNYA 3ILFA 4PCRA 1N1YA 3WHUA 1IVCA 3SH3A 5GZEA 2WQZC 3TAYA 4YFWA 1V0FA 4XBQA 1UX6A 2W52A 1S0FA 3RG0A 5HCBA 2D7FA 4FZHA 3D12A 2FHRA 4XJZA 2F10A 5GALA 3WOGA 3ASIA 1GZWB 5DZGA 3AP9A 4Y22A 3SISA 3D11A 3LSEA 5GLTA 2XZJA 3FUQA 3CL2A 1J1TA 2BQPA 1V2IA 2ERFA 4B7NA 5GLVA 2DYCA 1Q8PA 2PHXA 1W6MA 3V64A 3D6EA 4UW3A 4WZFA 3T1MA 4WA3A 2BERA 2WT2A 5T55A 1IKQA 3IN9A 1LEDA 2QWGA 1QKQA 2EF6A 3K36A 2ZMKA 2EXIA 1L7HA 3V0AA 1DLLA 3WHTA 1NSBA 4YGDA 2BF6A 4H53A 2AYHA 4KS2A 3V0AB 3H72A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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