1MS4A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 179

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 179
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms4A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms4A01
4NN9A 3AP9A 2ZABA 2A3WA 3U4XA 4K21A 2A3YA 2D6LX 1V6JA 2ZKNA 1V0EA 4Q1PA 3H0OA 5DZGA 1GANA 4LBQA 1IVEA 3TIAA 1CONA 3D5OA 2EIGA 4GZOA 2YZ4A 4XBNA 3WZ1A 1Y7BA 2XG3A 1DBNA 4XDQA 4FVVA 4YZ4A 1BJQA 3R4UA 2ZAAA 2P2KA 4FPJA 1AXZA 1FATA 2HTUA 1UL9A 1DQ0A 5E89A 1L7FA 1SFYA 2DURA 2DU0A 1W6NB 2ZA9A 4QN4A 1O4ZA 3OYWB 3FBYA 3NV4A 4Y20A 3FLRA 1QDCA 4XJ8A 3M3QA 4Y22B 1QOSA 5F5QA 3BEQA 2A75A 5IK8A 4GJTA 5L73A 4GZQA 4AGRA 4PQ9A 5GLWA 4XE9A 2P34A 4X49A 4B7NA 4XJQA 1YXWA 2GNDA 4Y24A 1JXNA 4XJRA 4Y1YA 5IK7A 4B7MA 3CL2A 3USUA 3K37A 5HUNA 5FRAA 2EALA 4YGEA 1UZZA 4FPLA 4FPOB 1VIWB 4LBMA 2RHPA 5T55A 3SLIA 2XCYA 2V5YA 1LHUA 1ONAA 1GLHA 1W8OA 3BIWE 1A8DA 4LBJA 3LCPA 1F8EA 2NM1A 1EUTA 2P3IA 4K1YA 5DG2A 1B9VA 1GZ9A 1L7HA 3NSSA 4NO4A 4R9CA 4Y26A 2CTVA 3HN1A 3WG2A 4FQ4A 2ZBJA 3RMXA 4XILA 3OJBA 1SLCA 1I1EA 4GWMA 1SLBA 1W20A 5GM0A 2EXJA 1SLLA 2ARXA 4GZTA 1S0CA 1HLCA 1CPNA 2JECA 3AX4A 2VSKA 1XQNA 3AFKA 2AEPA 3AP7A 1DQ4A 4AVTA 3D11A 1UMZA 1Q8VA 4HZVA 3VKMA 2WSUA 1NNCA 4M3CE 4YFWA 2A6WA 2Q5TA 4M3CB 5JYYA 2D6PA 3AYCA 1LGNA 2E53A 1MVEA 1LHWA 2AYHA 4YW2A 3D6EA 1SO7A 3B3QE 1Q8PA 1W6MA 4GB1A 1JN2P 2ZGRA 2GN3A 1UKGA 2QWCA 4AGVA 4NOTA 2V73A 3ALWA 4MC7A 1INXA 1HDKA 3WDVA 4CRQA 1W6OB 3TIBA 4ATFA 1IVGA 1C1LA 4XZPA 2F12A 4JF7A 1WD4A 1UAIA 2ZGTA 4K1ZA 2W38A 2D6KA 5KXDA 1NSBA 4C1WA 1INFA 3LSDA 2RKCA 3CNAA 5CAZA 1WUVA 4YZ2A 2OUHA 1JHNA 4XYXA 5T5JA 3ENRA 1FNYA 1S0GA 1RITA 3RS6A 2YXSA 3ZXFA 1SBEA 4AVVA 3JU4A 3AYAA 1CJPA 4K20A 1DHKB 1GSLA 2JJ6A 4UW6A 4R9BA 1SLTA 1USXA 3O0XA 1APNA 3NV2A 4HZZA 1W6NA 3WG3A 3WLUA 3OYWA 4HZWA 2F25A 1JYCA 2DVAA 2P37A 4Y22A 4XMIA 3TI5A 1BQPA 2YDPA 1SCRA 4WEFA 3BODA 1CIWA 2GNTA 4UF7A 4WZFA 2ZGKA 1ULCA 1HQWA 3D12A 1KITA 3R05A 4Y20B 4FJ6A 2VK6A 2GMMA 5KXBA 2DU1A 5GZGA 1GICA 2EXIA 1XOGA 1DZQA 1MVQA 3WDWA 3ILNA 1VAVA 5H9QA 1LGCA 1EUSA 3FFZA 3MW4A 3RMYA 3KM5A 4PCRA 3T2TA 3AXEA 5T52A 3AZYA 3CKZA 3K36A 2DVFA 4IQPA 2LALA 4CPLA 4K1IA 2A7AA 1LEMA 1QGLA 2D44A 1RIRA 3LSEA 5H9PA 1F8DA 4XIKA 4GALA 3NV1A 4TZDA 4FOVA 4Y1ZA 2CY6A 3AP6A 1KQRA 2VY0A 2GDFA 1URXA 5GZCA 1N3OA 2VUAA 1INGA 3RSJA 4J9TA 1ULEA 3L2YA 3MW3A 1V6IA 3T1MA 1S0DA 2F11A 1X50A 3WNXA 1LULA 1UPSA 2F28A 2CL2A 2DVGA 3ZXKA 2VW2A 3SILA 2OUJA 2LTNA 4YG6A 2PHTA 4FPKA 1G9BA 2VVZA 4GZWA 2A3XA 1YO8A 1IS6A 1GKBA 2FHRA 4DRRA 3ATGA 3SH5A 2QWAA 4WA5A 1S0FA 1AXKA 4JC1A 2WT1A 5E8AA 4MZEA 1W6PB 4XBLA 3HMYA 1G9FA 3O0WA 4M4NA 3B9CA 2CNAA 1AJOA 4BLJA 2EXKA 1CR7A 2A5ZA 4Q1RA 1EURA 4JRAA 1W6OA 3AP4A 1SACA 4YG3A 4U36A 4GKYA 1V6NA 1W6MB 4CPMA 2W39A 2D43A 4KS5A 5GLVA 2A6ZA 4YW1A 1CESA 5T54A 3TI4A 4Q8KA 4H53A 2HTWA 3B7EA 1F31A 2A6YA 3I8TA 1IOAA 3K39A 1SBFA 1QDOA 1YI7A 4XTMA 4YZ1A 5JLVA 3SNMA 5F9TA 3A0NA 4B7QA 2ZGQA 2E6VA 2P3JA 3POYA 2ZGUA 4RA0A 1MWEA 4H55A 4YZ3A 1LENA 1V0ZA 1INHA 1WW6A 3M1HA 3WUCA 2PHFA 3GALA 1NCBN 4AVSA 4AWDA 4PBOA 2AREA 1DLLA 2F26A 3O0VA 1W21A 4DPNA 2R49A 1SLIA 1DQ2A 1V2IA 5DXDA 3T1EA 1WBFA 2OW4A 1V3CA 4H52A 2VW1A 4LBNA 1BJIA 3V0BB 1F5FA 1BZWA 1Z78A 5GZEA 4MYEA 4QN6A 1SBDA 1DGLA 1NN2A 1LOFA 3DUIA 2D6OX 1AX2A 1Z0HA 3PVOA 4X6KA 4P9XA 3VKFC 2HT7A 4WV8A 1AX0A 3OGGA 2WNEA 4XJZA 4Y1VA 2TEPA 3ALXA 2BZDA 1VALA 4Q27A 4W65A 4YFZA 2FMDA 3ZSJA 4CPOA 2F27A 4BLIA 4MWWA 4GZSA 2SLIA 2DTWA 1W0OA 1NNAA 4MJUA 4FOWA 1DYKA 3POWA 4DS0A 1Z4YA 2QWJA 3N7KA 5AVAA 3IN9A 3IPVB 4K1HA 1IS5A 2UU8A 2YA8A 1Z4ZA 3FUOA 4MJVA 5E88A 1V3DA 1ENSA 3APBA 3POSA 1SLAA 1YIFA 2G4IA 4XHBA 2ZB5A 3A4UA 1VAMA 2BQPA 2ZMNA 1F9KA 3ZPYA 1VLNA 1NCAN 1IVBA 1W6PA 2ZGMA 3SH4A 4BQ1A 5JDBA 4FPEA 4GKXA 1Z4WA 4GXLA 3SALA 4XOGA 2PHUA 2AEQA 4YW4A 2JD4A 1B9TA 1NNBA 3AZZA 1LHOA 1LODA 4M00A 3ZXEA 4P9YA 3AJYA 1G8WA 1IS3A 1MS1A 4Y1UA 1MS4A 4GA9A 1WW4A 4YM2A 3BTAA 2R16A 1AVBA 1S0JA 1V6OA 4XXAA 3H72A 3JU9A 4M01A 3N7LA 2ZGPA 3N3HA 5GZDA 2W5OA 4XXPA 1C57A 5IUQA 1V3EA 2EAKA 2ARBA 2NMNA 1N47A 1MS3A 1WW5A 5T5OA 2HTQA 1FAYA 4FPHA 4LBOA 3PVNA 3N7JA 2UWCA 1WLWA 4Q8LA 2D3RA 2HYKA 1GYKA 1VCUA 1USRA 2F24A 1H9PA 3SH3A 3OY8A 3PVEA 1DFQA 4WEGA 2DWRA 4K3YA 2PHXA 1J1TA 1LOAA 4MWXA 3O12A 1KJLA 4M3MA 1W0PA 1LGBA 4YGBA 3V0BA 3ZXJA 2D7FA 1R1ZA 2ZGNA 4X4AA 5GLUA 3INBA 4KBBA 2YROA 4MWQA 4CTEA 4D69A 4PF5A 2DVBA 2F13A 4WA3A 5DUVA 4GWNA 3MW2A 2JDZA 1WLCA 3ZSMA 1AF9A 1QMJA 2A70A 1LOGA 1NXD1 2VXRA 4FOYA 5DUWA 2AENA 2BATA 1N3QA 2NN8A 4PBPA 1XOEA 1V3BA 4HIZA 1EUUA 1Q8QA 3ZVXA 1Q8SA 3I4IA 3VUOA 4LBKA 4B7JA 1A78A 2ZACA 4GZPA 5HUMA 1WCSA 4XJWA 5DZEA 4M4UA 3WG4A 2GMEA 2VSMA 3VKNA 2ZB6A 4ISRA 3WDXA 3M3OA 5B2DA 3FUQA 4YM1A 3AZVA 3IPVA 2ZHNA 1IKQA 2JKBA 4OZXA 3A72A 1JYIA 3H6JA 4ITCA 5CNAA 3KQRA 4XTPA 1FV3A 3AZWA 1LJ7A 1INWA 1IVCA 1DYPA 1NMCA 2R1DA 1YYNA 3WV6A 1V6KA 4BOWA 1JUIA 3V0AA 2ZGLA 2QWDA 3OBTA 4ASMB 1KDKA 3JUUA 1GNZA 2A6XA 3FLTA 2HTYA 4K1JA 4BM8A 4ZXKA 1MR5A 4UW4A 1CPMA 1N3PA 4GDIA 5JOXA 2YA7A 4QN3A 2B7YA 4XJ9A 1GV9A 2UWBA 2AH2A 1HKDA 4AGGA 1G9DA 2UURA 2WT2A 6NN9A 4FQZA 1BYHA 2D3PA 1ZA4A 3A71A 3UL2A 1LOBA 5JMCA 1KRIA 1ENQA 2DYCA 5FREA 1IS4A 1PZ9A 2EF6A 1F8CA 2SILA 1A3KA 5HUKA 2NYYA 4M3CF 1GZWB 2GALA 3MPPG 1W6QB 1ZM1A 1LOFC 4WVVA 4XHXA 2W20A 1W1XA 3H71A 1NLSA 2W08A 1ULGA 4R9DA 5B2CA 2GNBA 2ZMLA 3PJQA 1OFSA 5JOZA 3RRDA 2QWBA 4YW3A 4HL0A 1QOOA 1GNHA 3W59A 4AYUA 2XB6C 3WHUA 4D8SA 1DIWA 3B01A 2D6MA 4Y1XA 4P9WA 3GNEA 5HCFA 2PELA 4K1KA 1BKZA 1WBLA 1W8NA 1G9CA 1FX5A 2AR6A 1D2SA 2ZZJA 4Q6KA 2DV9A 1INVA 4QN7A 5T5LA 5EXOA 3B00A 4BBWA 1AZDA 3DGTA 3AYEA 2PHRA 5DUUA 3SANA 3OY8B 3N7MA 1LEDA 3M3CA 3VKLA 4ATEA 1IVFA 5H9RA 5T5PA 3RQ0A 2QWKA 2YA5A 4BMBA 1JW6A 5EWSA 1FYUA 4YGCA 2E7QA 5IK4A 2ENRA 1TEIA 1MS0A 3WUDA 4DFSA 4XIOA 4KS3A 2YV8A 3VV1A 2NZ9A 2QWFA 3B69A 3WHTA 2QWHA 1LESA 2YA6A 2I2SA 2W68A 5M1ZA 5GLZA 2C4LA 2XZKA 3TAYA 1UX6A 1NCDN 3O9JA 1H9WA 1N1TA 1LOEA 4RL7A 4WVWA 3HR9A 4CZSA 1E8TA 3Q9OA 2B8HA 4XBQA 1QKQA 1Z50A 4FPYA 1WCQA 1UN1A 4FP3A 2JE9A 1CQ9A 1YRZA 3N36A 1S0BA 1AJKA 1Z4XA 1JOJA 4UW3A 1IVDA 1MS8A 1C1FA 3INAA 3AP5A 4FPGA 4U2AA 2HT8A 4TYSA 4ZKTB 4YM0A 3IMNA 3QCWA 1V0FA 3GVKA 4ISQA 2E51A 4KS1A 3M2MA 1G9AA 3MEPA 1INYA 4MWLA 2A71A 5H9SA 3QLQA 2P3KA 3OBRA 1CN1A 4I30A 2HU4A 1RINA 4FZHA 3WDUA 1MZ6A 3IM0A 3NV3A 3V0AB 1MS9A 3SITA 2GMPA 3M3EA 2ZHKA 4KS2A 3WDTA 2D6NA 1ENRA 1OKQA 2NMOA 4NC5A 1GBGA 1EPWA 5T50A 2ZGSA 2VWDA 2E7TA 3K3AA 4XMAA 2AUYA 3NWKA 1IKPA 1DQ6A 1VCJA 2YA4A 2YY1A 2A6VA 1B09A 1D0HA 4YLZA 3GVLA 2WQZC 4JCKA 2ERFA 4MWVA 1B9SA 4QNPA 1MS5A 3RG0A 2DUOA 3CYEA 3IKWA 1FNZA 1UZYA 1GZWA 5BYNA 2AGSA 1W6QA 3AZXA 2HU0A 2VK7A 1SCSA 3ZXLA 3WG1A 2F0ZA 1E8UA 1V6MA 2QWIA 4FOQA 1A4QA 1N1VA 3OPZA 4Q2FA 1QF3A 3WCRA 3TI6A 2EXHA 2GNMA 3C2UA 1Z4VA 4SLIA 2WJSA 5GZFA 2R1BA 3TICA 4YW5A 1QNWA 2KM2A 2W52A 3SISA 1CVNA 3K38A 4HZYA 5EYXA 4X47A 4CPNA 4M4VA 4CPYA 2OVUA 1LHNA 5DUXA 2NP0A 2F10A 2WSVA 1LU2A 1NCCN 1F8BA 2CWMA 2DUPA 1A4GA 4GDJA 3AK0A 5SV8A 1AX1A 3CL0A 1U0AA 2YMZA 4CPZA 2BERA 3D4KA 1E8VA 5NN9A 3FLPA 4DQAA 5CB7A 1PZ8A 2C5DA 1JBCA 1V00A 1LU1A 4MWUA 4LBQB 1LTEA 5KXCA 1DQ5A 1O4YA 2DVDA 2ES3A 1NMAN 1LOCA 4F83A 1FV2A 2R0FA 1LCLA 2H0BA 1SNTA 3AXDA 1BXHA 5DZFA 1DIMA 1OQ1A 1LECA 1MZ5A 2YDTA 3WOGA 4GEZA 2JE7A 1DILA 1WW7A 2SIMA 4HZXA 3V65A 2HTVA 4DGRA 2BF6A 1WD3A 5HCAA 2D3SA 1HQLA 1ULFA 2GN7A 4BMEA 3O9KA 4B7RA 2C9AA 4P14A 5JOYA 3UK9A 3W09A 1N1YA 2WLQA 4QN5A 2WT0A 2UWAA 2W5NA 2R0HA 4YZ5A 5JVVA 4GZXA 1WLDA 5JOWA 4FPCA 5HCBA 3GVJA 4LBLA 3ZYRA 3USUB 7NN9A 4MX0A 2F29A 1L7GA 4NCSA 3UJQA 3T1LA 1PZ7A 3UJOA 1NSCA 4FVKA 2QWEA 3V64A 4XJUA 1Q8OA 4FPFA 2VK5A 3AYDA 4Q26A 4KS4A 3BOPA 1G7YA 1DQ1A 4UW5A 5HX0A 2ZGOA 2VW0A 3R4SA 4YGDA 3ZSKA 2XZJA 3WCSA 2VH9A 2C4AA 2ZHLA 3WDYA 4WA4A 4MWJA 4MWRA 4MZAA 2ZMKA 2HTRA 2ZHMA 4FP2A 4YM3A 2XZIA 5IK5A 2CWSA 1A14N 4HANA 1NSDA 2CYFA 1Q56A 1G86A 1H30A 1MACA 1QU0A 4XJAA 2WKKA 3VKOA 3ILRA 1QOTA 3N35A 2QWGA 2CMLA 4M3CA 5KXEA 3WVJA 3AJZA 3ILFA 3H73A 1AXYA 5GLTA 3TI3A 5GJ6A 1LHVA 2X9MA 2DTYA 1V6LA 3ZYPA 1ULDA 4I00A 3W58A 4YG0A 4L8QA 5EYYA 3ASIA 2SBAA 1GZCA 5HUGA 4DRVA 1S1AA 3O5SA 3TB0A 4MWYA 1QNYA 3ZSLA 1S0IA 4LBQD 4C1XA 3PMEA 1S0EA 3NN9A 5DG1A 5CA6A 2HT5A 4Z8BA 2VU9A 5IT6A 1I3HA 2DUQA 5LK5A 1KJRA 4R9AA 1C4RA 1KDMA 2Z42A 3A0KA 5CBLA 1NMBN 4BPZA 1N1SA 2PHWA 3TI8A 5GALA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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