1MS4A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 179
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms4A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms4A01
5CA6A 1CPMA 2A75A 2F24A 4KS2A 2SLIA 1MVEA 2A6YA 2PHUA 4J9TA 4UW6A 4K1YA 2W20A 4WA4A 4W65A 1MS8A 1S0BA 2A7AA 1UAIA 4PF5A 2VH9A 3AZYA 1NSDA 4KS4A 4U36A 2YA6A 4RL7A 2D6OX 1IVFA 3ALWA 1VIWB 1VCJA 5DUVA 2AUYA 4YZ1A 1L7FA 3BODA 2DYCA 1PZ8A 2VK6A 3UJOA 1LOAA 4GKYA 5GLVA 1AXZA 3I4IA 1W6OB 1INWA 1N3OA 4CPZA 4MYEA 4AVSA 5H9QA 4LBLA 1YYNA 1UX6A 3NV3A 4Y20B 1F9KA 4AGGA 3PJQA 1LU1A 4M3CA 2A3XA 1WW5A 1NSCA 4D8SA 2XG3A 4MWVA 2PHTA 3K38A 4BLJA 1JBCA 1MS5A 3AXDA 1LGCA 2D3PA 3V0AB 4HIZA 1QOOA 2EXHA 2VSKA 1YXWA 1SNTA 1LGBA 1AX2A 3TI4A 1DBNA 1IVBA 2VW2A 1V0EA 3VKFC 1KQRA 3H73A 4K3YA 4P9WA 1Z4XA 3WDUA 2C9AA 1DIMA 2H0BA 4XBQA 4C1XA 1CVNA 2NZ9A 4B7JA 1MS1A 2GMPA 2BZDA 4CRQA 2HTRA 3ATGA 4NC5A 1G8WA 1LOFC 4X47A 1LEMA 2W38A 1EUTA 1MS3A 2OVUA 3ALXA 1KITA 1DQ4A 4DFSA 3WG3A 2HTUA 5HCFA 3ZVXA 4YW2A 5H9RA 1QOSA 4FPFA 4FQZA 4GWNA 1IKPA 3BTAA 4FPCA 1PZ7A 2D44A 3V64A 2QWGA 4Y1ZA 1CJPA 3SITA 5HUKA 1NMCA 3AZZA 5JOWA 5T5OA 3AXEA 4F83A 1YRZA 4HZZA 3C2UA 2F26A 1QGLA 1D0HA 4NN9A 2RHPA 3OGGA 2HU4A 3WDXA 1WW6A 3ZSMA 3AJZA 2QWCA 3TI6A 4WVVA 4FPHA 4P9YA 3O0XA 1JYIA 1X50A 1G9AA 5DG2A 1GKBA 1O4ZA 4I00A 4C1WA 1EURA 5F5QA 1GNZA 1S0CA 2UU8A 3TB0A 2NM1A 4HZWA 1A4QA 3WUCA 1LENA 1B09A 4YZ3A 2C4LA 1LOFA 3H71A 1WD3A 4Y24A 1QKQA 4I30A 2DWRA 1IVCA 1LOEA 1F8EA 4ISRA 2VU9A 5T50A 4Q8KA 3WDYA 1DQ6A 1DLLA 2G4IA 4YFZA 4WVWA 1Y7BA 4LBQB 3WCSA 4ZKTB 3RQ0A 1V6MA 4QN5A 5GZGA 4YG0A 3QCWA 1QOTA 4M3CE 5L73A 2NYYA 3U4XA 3MPPG 2ZZJA 5GZCA 2ZGLA 4MJUA 2GMMA 2YDPA 1VCUA 4WA3A 1WCSA 5DXDA 2WKKA 1TEIA 5GALA 5T55A 4M4NA 2ARXA 1L7HA 4R9BA 4WEFA 2Z42A 1W0PA 1LJ7A 1LESA 3ZXKA 1GBGA 3V0BB 1LECA 2ZAAA 4KS1A 1L7GA 1A3KA 2YY1A 3CNAA 3FUQA 1FNZA 4DRVA 2ZGUA 1HQWA 3SH3A 1ZA4A 2WT0A 3LSDA 2QWHA 5IK4A 2ZGSA 1DQ0A 1I3HA 2A6VA 5EWSA 2W52A 2W39A 1IOAA 3INBA 1G9BA 4HZVA 2VXRA 4FZHA 5DUWA 3HMYA 2WQZC 2A70A 5EXOA 5E89A 3CL0A 2F28A 1DGLA 1UZYA 3BIWE 4GALA 1AX0A 3V65A 4MWXA 5DUXA 4FPLA 4YZ5A 1JYCA 3ZXFA 1A78A 2DUPA 1G9DA 1V0ZA 2JDZA 2GALA 5GZDA 3ZSKA 3O9KA 1C57A 3PVOA 1QNYA 2YA5A 1SACA 1FYUA 2YA4A 5M1ZA 1W8NA 2R16A 3RRDA 2QWDA 2EXKA 1JHNA 4XJAA 2UURA 4CTEA 5KXCA 2WSUA 3TIBA 2HTVA 3L2YA 1E8TA 1HKDA 4XBLA 1XQNA 4R9DA 4D69A 4XJRA 2P3IA 1V0FA 5DG1A 2LALA 1F8DA 1GV9A 3NV1A 5H9SA 1V6KA 2EXIA 3GVJA 4AYUA 5CAZA 4XJ8A 4KS3A 4XJZA 1BKZA 1VAVA 1UMZA 1IS6A 3GALA 4M4UA 1NNCA 1G9CA 1CESA 2D6PA 3WDVA 2A71A 2R0FA 2CWMA 3TICA 1GNHA 1RITA 5GLZA 2P3KA 3AYEA 2WLQA 4GB1A 2VK7A 1DILA 3K36A 3SH4A 3R4UA 1SLTA 2Q5TA 4LBNA 1QF3A 2QWFA 4YW3A 1MVQA 3WHUA 1GSLA 5JVVA 3OY8B 1V2IA 1V6IA 1HDKA 1E8UA 2WNEA 5JDBA 3Q9OA 1V3EA 2HTYA 5DUUA 1Z4WA 1NXD1 1WD4A 3GNEA 4B7MA 3N7LA 3N7MA 4ATFA 1OFSA 1EUSA 1FNYA 2CY6A 2DVGA 1NN2A 2ENRA 1QMJA 5EYYA 2YA8A 4X4AA 3IMNA 3D12A 1MACA 2RKCA 1Q56A 3IPVB 1FV2A 2OW4A 4FVKA 4XIKA 1V6NA 2D6NA 2CWSA 2E51A 5FRAA 4X49A 3OBTA 3OYWB 3OPZA 1AF9A 3B9CA 3H6JA 3I8TA 4FPJA 4CZSA 2P37A 1SLCA 4ATEA 2F27A 2ZGPA 4K1KA 4YW5A 1AX1A 4XJ9A 3AZVA 5BYNA 4BPZA 4MWYA 2A3YA 3AK0A 3FLRA 2BF6A 1ZM1A 4R9AA 4K1HA 2PELA 1INYA 3N36A 1W6QA 4Y22A 1GZWB 2XZIA 1DZQA 1BJQA 1LU2A 4Q2FA 2WT2A 2DVAA 2F29A 2GNDA 2A6XA 4YM2A 4GDIA 4L8QA 3USUB 1SCSA 4K20A 4XDQA 2XCYA 3MW4A 2TEPA 2VK5A 2D6LX 4JF7A 1NMAN 3D11A 3DUIA 4FVVA 2ZABA 4PCRA 1SO7A 1NNBA 1GYKA 2I2SA 3NWKA 4LBQD 4X6KA 3AP4A 3AP9A 2HU0A 2YXSA 1V3CA 4M00A 1XOEA 2C4AA 1KDKA 1ULGA 3RMYA 1INFA 3SNMA 2VUAA 5LK5A 1EPWA 3B00A 1B9SA 1CR7A 5GLWA 4HZXA 4UW4A 5T5JA 1W6NB 3AP6A 1W6PB 4MWJA 1N47A 5HCBA 5SV8A 1H30A 1BQPA 4GA9A 1A14N 4K1JA 1S0JA 2UWBA 3AZWA 5F9TA 2DTWA 3VKMA 4JCKA 2ZBJA 3TIAA 2GNMA 1WBFA 4PBPA 4ZXKA 1CPNA 2A6WA 1AVBA 3B3QE 1AZDA 3WZ1A 2R1BA 1GLHA 3FFZA 1GZ9A 1AXKA 1SBEA 3W59A 1WUVA 4NO4A 1B9TA 4AVTA 1LGNA 5DZFA 1IVDA 1JUIA 1INVA 2CNAA 3FBYA 4KS5A 3ILRA 4GJTA 2D6MA 4Q8LA 2WT1A 1W6OA 2ZB5A 1DIWA 4FP3A 2ZACA 2CTVA 3AFKA 3GVKA 4YLZA 2EIGA 1SBFA 2UWAA 4Y20A 5IT6A 2ZGNA 3WLUA 4CPLA 2YV8A 3WDTA 4OZXA 1J1TA 1QU0A 4K1IA 3WHTA 1SLBA 5FREA 1LHUA 3AJYA 1ONAA 2W68A 3V0AA 4YG6A 2B7YA 1U0AA 1JW6A 2R1DA 1NSBA 1KJRA 1DHKB 1F31A 2DUOA 4GKXA 3T1MA 5IK7A 2HT5A 1UN1A 2YDTA 1LCLA 4SLIA 3RMXA 1W6MB 2CYFA 2D3RA 2ZHMA 4CPMA 5JYYA 1S0EA 3W58A 2EALA 2NMNA 1N3PA 3UK9A 3QLQA 1N1VA 4JC1A 2JE9A 1SLIA 3H0OA 4XHBA 5JMCA 4QNPA 4XE9A 1INHA 1DQ2A 1LHOA 4PBOA 3K3AA 4WEGA 2ZGRA 1S0FA 2GDFA 1GANA 5H9PA 2ZKNA 4ISQA 3ZXEA 1LHNA 3PMEA 4YW4A 2GNBA 4GZOA 4MX0A 5GM0A 2YA7A 4MWWA 2GNTA 2DVFA 4M3CF 1Z4VA 2D6KA 1NCAN 4QN7A 1I1EA 1G9FA 4YG3A 1V3BA 3FLTA 5T5PA 5GLUA 1IKQA 3D5OA 3T1EA 1ENSA 1KJLA 1V6JA 3D6EA 4Y1YA 3K37A 1SLLA 3TAYA 1LHVA 1ENRA 3AP5A 4YM1A 3NV4A 2GN3A 3POWA 2PHRA 2BERA 2W08A 1W1XA 3D4KA 4HZYA 4MWQA 3B01A 4GEZA 4AGRA 3M3QA 5KXEA 1QNWA 3KM5A 3RSJA 1LOGA 1WCQA 3POSA 3CL2A 1LOBA 1V6OA 2QWAA 4Q1PA 4YM3A 2YMZA 4XIOA 2HTWA 3SALA 5HX0A 2C5DA 2QWIA 2LTNA 2V73A 1LOCA 2F0ZA 4NCSA 2F13A 4GZTA 1S0GA 2XZJA 3B7EA 2DTYA 3M1HA 2W5OA 2HT8A 3AP7A 4LBQA 3JU9A 2QWJA 1W21A 2AH2A 4BBWA 3M3EA 1MR5A 1URXA 4XYXA 5JOYA 1MS9A 1WLDA 1AJKA 1NMBN 1N1TA 4GZPA 3IM0A 3N3HA 3WCRA 4H52A 4B7QA 4YW1A 5HCAA 1W20A 1RINA 1NCDN 4JRAA 1H9WA 3TI5A 4H53A 3WDWA 1ULFA 4WA5A 1D2SA 5IK5A 4HL0A 2NP0A 4R9CA 3PVNA 1AXYA 3ZXJA 3V0BA 2QWKA 1HQLA 1IVEA 4FOYA 6NN9A 1UL9A 2ZGOA 1QDOA 1F5FA 4XZPA 2JE7A 4P9XA 2NMOA 1Z78A 3DGTA 3FLPA 1WLWA 1INGA 2E53A 3PVEA 1SCRA 1YIFA 1F8BA 3M2MA 4AWDA 2ZMNA 1VALA 4MZEA 1S0DA 1V6LA 2ZGMA 2AEPA 3APBA 3O0WA 5IUQA 5HUMA 4GZWA 3HR9A 2CL2A 1G7YA 4PQ9A 1N3QA 1FV3A 1FAYA 1BXHA 3K39A 5DZEA 3ILFA 3JUUA 2ZMLA 4K1ZA 4MJVA 3CKZA 4BMEA 3MW3A 1CN1A 2D3SA 1AJOA 4H55A 4YZ2A 2SILA 4ITCA 4IQPA 1SFYA 5AVAA 3POYA 2ZHLA 1ENQA 2GMEA 1OKQA 1UZZA 2E7TA 2QWBA 2GN7A 3R4SA 4UW5A 3SLIA 4M3MA 1MZ6A 2VW0A 2ZGTA 3M3CA 2VVZA 1VLNA 3O9JA 1CQ9A 4YGBA 1Q8VA 3AYCA 2CMLA 1YO8A 5CBLA 3A0NA 3KQRA 4DS0A 4M4VA 3A4UA 3ILNA 4FOVA 3AYAA 1KDMA 1KRIA 4CPNA 3OY8A 2YZ4A 3OJBA 4GDJA 3A71A 3AYDA 3BOPA 1WBLA 5KXDA 1R1ZA 3M3OA 4BLIA 5JOZA 1BJIA 2E6VA 2ZHNA 2P3JA 1MZ5A 1HLCA 3SH5A 1XOGA 3N35A 2DURA 2ES3A 4FPEA 4YFWA 1APNA 1IS4A 3TI8A 4K21A 5HUGA 3WV6A 2HT7A 1NNAA 4GZXA 4MWRA 2ERFA 2AR6A 4XBNA 3ZSLA 1QDCA 2PHXA 2ZGKA 2QWEA 4Q1RA 3IPVA 3LSEA 1G86A 1Q8QA 2AYHA 2UWCA 4BQ1A 4UF7A 4BOWA 4B7RA 5EYXA 3OYWA 4WZFA 2V5YA 4AGVA 3GVLA 1E8VA 4QN3A 2JD4A 4FPYA 2VW1A 2NN8A 4XOGA 4XILA 1Z4ZA 1WLCA 3SISA 2DUQA 4U2AA 4Q6KA 1MS4A 3WNXA 4CPYA 3WVJA 3WG1A 1PZ9A 4Z8BA 2P2KA 2DV9A 3WG4A 3MW2A 2DVBA 2JECA 4CPOA 2R0HA 1Q8PA 3WG2A 1W8OA 5DZGA 3NN9A 1GZWA 2AREA 3LCPA 3N7JA 4FOQA 4LBMA 2ZHKA 4BM8A 2F11A 3IKWA 1C1FA 4YGCA 2PHFA 2AGSA 2E7QA 5GZEA 4B7NA 1Q8OA 1WW7A 3USUA 4KBBA 3HN1A 4XJWA 4BMBA 1N1YA 1CONA 5T52A 3T2TA 2AEQA 4XJUA 4XJQA 5T5LA 1SBDA 1WW4A 1W0OA 2ZA9A 4GZQA 1S1AA 2PHWA 4QN4A 1OQ1A 3ASIA 1YI7A 5JOXA 4P14A 3ZYRA 4TYSA 3R05A 2F10A 4FOWA 4QN6A 2F25A 2B8HA 3A72A 4GZSA 3INAA 3IN9A 3VUOA 1RIRA 5IK8A 2A3WA 1W6NA 5E8AA 3UL2A 1NCCN 1W6PA 4MWUA 5B2CA 1IVGA 2A5ZA 4TZDA 2D7FA 2DU1A 2OUHA 4ASMB 5B2DA 3ZPYA 3VV1A 4DGRA 1BZWA 5GJ6A 2KM2A 2YROA 4Y1VA 1USXA 3W09A 1N1SA 4XXAA 1SLAA 4MWLA 2ZGQA 1DYPA 2A6ZA 3WUDA 4DPNA 3VKOA 3O12A 2VWDA 1JN2P 1GICA 4Y26A 1JXNA 3MEPA 1CIWA 2SIMA 2P34A 3O0VA 1INXA 7NN9A 4YM0A 1A4GA 4XXPA 3AX4A 4M01A 2R49A 4LBOA 2ZMKA 3SANA 3RS6A 2FMDA 4DRRA 2WJSA 3FUOA 2EXJA 2EF6A 3ZXLA 3SILA 5GZFA 4GXLA 3NV2A 3ENRA 4MZAA 4RA0A 4WV8A 1A8DA 2BATA 1ULDA 1V00A 4FPOB 2ZB6A 1C1LA 1UPSA 1FATA 2F12A 4XMAA 2XB6C 3VKLA 1IS3A 2W5NA 1DFQA 1LULA 1W6MA 3ZYPA 1BYHA 4LBJA 5GLTA 1MWEA 3WOGA 1DQ5A 3AZXA 1Z50A 1DYKA 2JJ6A 2DVDA 4AVVA 4FPGA 2BQPA 2OUJA 4XTPA 3H72A 2VY0A 2D43A 4HANA 2X9MA 2SBAA 1H9PA 2EAKA 1ULCA 2JKBA 2AENA 1NCBN 2HTQA 4XHXA 4Q27A 2WSVA 4LBKA 2DU0A 4NOTA 1F8CA 4Y1XA 1S0IA 2ARBA 4FJ6A 5E88A 1W6QB 3OBRA 1JOJA 4Y22B 4FQ4A 1MS0A 1Z0HA 1IS5A 3NSSA 5T54A 1DQ1A 4M3CB 2VSMA 5JLVA 2XZKA 4XMIA 1O4YA 3B69A 1VAMA 1NLSA 1ULEA 1Z4YA 1LTEA 1UKGA 5CNAA 1Q8SA 4YGEA 3ZSJA 3UJQA 3A0KA 4YZ4A 3VKNA 1LHWA 5KXBA 4Q26A 4FPKA 5HUNA 4Y1UA 1C4RA 1LEDA 4DQAA 1V3DA 3N7KA 1B9VA 4FP2A 4UW3A 3CYEA 5CB7A 3JU4A 1GZCA 4YGDA 2FHRA 3RG0A 1USRA 3O5SA 3TI3A 5NN9A 3BEQA 3T1LA 1LODA 1FX5A 4GWMA 1EUUA 4MC7A 2HYKA 4XTMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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