1MS5A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, soaked with n-acetylneuraminyl-a-2,3-thio-galactoside (na-s-gal)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYFFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 177
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms5A01
4XTPA 4KBBA 1C57A 4OZXA 1UX6A 1Q8SA 3FBYA 1MS8A 2ZGUA 1SBFA 3OYWB 4YW4A 3INBA 1INVA 3TI4A 2A6YA 3WDYA 3VKLA 2F26A 1QNYA 3WOGA 5HUMA 5E8AA 1LOEA 4ASMB 5GLWA 3BODA 3AXDA 4NN9A 1F8BA 1B09A 4GZPA 1DYKA 2QWIA 4FPOB 3MPPG 3RMYA 3V0AA 4UW3A 1DBNA 3H72A 3GVKA 1VAVA 2DURA 1A4GA 5M1ZA 4Y1XA 2DUPA 4ZXKA 1CIWA 3ZXLA 5LK5A 4GZSA 1JYCA 3AP9A 2GMEA 4XYXA 1W6NB 1G9FA 1L7FA 1UAIA 2PELA 2ZGSA 4LBQA 3LSEA 2YDTA 1JW6A 1NMCA 1YIFA 1UKGA 3ILFA 3ENRA 1S0DA 2R16A 2W08A 2DUOA 4CPZA 4DS0A 1QDOA 4ISQA 3ZYRA 1D2SA 3AZXA 2JECA 2A71A 3SH3A 3TI6A 1S0FA 2XZKA 2GMPA 2VW2A 1B9VA 2VXRA 1Z4YA 4LBKA 1Y7BA 2A3XA 3W59A 1LENA 3NV3A 4Q8LA 1DILA 1W6MA 1V0ZA 4PF5A 1V6MA 3ASIA 4TYSA 4LBJA 2EXJA 1JBCA 4M4UA 2DWRA 3POYA 1NXD1 3OGGA 5HCBA 3ZVXA 2E51A 2NZ9A 4FOYA 1Q8PA 1S0CA 1DZQA 2UWBA 1WLWA 4K1HA 1XOGA 3K38A 3IKWA 4XIKA 3IMNA 4ZKTB 1QNWA 4HL0A 4GKXA 3N7MA 3QCWA 2C4LA 1IVGA 4FOVA 2DVFA 1SNTA 2VSMA 2D6OX 3POSA 2P2KA 5DG1A 4YM0A 1RITA 3TI8A 4JF7A 1C1LA 1W20A 1X50A 4CPYA 4ATFA 1A78A 2WNEA 3APBA 2DTWA 5IT6A 3A0NA 5JOWA 3C2UA 2D3RA 4XJ8A 1S0BA 4XMIA 1EUSA 4MJVA 3OJBA 3CL0A 1I3HA 4YZ2A 5IK7A 4CRQA 1UN1A 2DV9A 4FQZA 2YA8A 4Q26A 1N3QA 1Z78A 1Z4WA 4MWLA 2UWAA 3CL2A 2AYHA 1NMBN 2A6XA 1RINA 1QOSA 4AYUA 2OUJA 4M3CA 1DLLA 4Y24A 3UL2A 3WDVA 3WUCA 1KJLA 1O4YA 5GZCA 3AYAA 2ZMKA 5GLVA 1LEDA 4XE9A 4WZFA 7NN9A 3USUB 3O9JA 4MZEA 5CBLA 1SLAA 1FNYA 1BJIA 1NNBA 1WUVA 1V0EA 1GZWB 2ZGPA 1OQ1A 1V6KA 5GLUA 1SLIA 5T52A 3K39A 4U36A 3H73A 2EAKA 4KS2A 1MR5A 1HKDA 1ULCA 2VUAA 4GZQA 1V3CA 1WBFA 3V0BA 4AGVA 1Q8OA 3AZVA 2JD4A 2HT7A 4UF7A 3B01A 4YW2A 4LBNA 5H9SA 1GSLA 3BTAA 1GYKA 4AVSA 4QN5A 2W39A 2WT1A 5GLZA 4YW5A 3MW4A 1QU0A 3AP4A 2ZAAA 4YG3A 1WCQA 5DZEA 4XHXA 2E53A 1NCAN 2VVZA 3KM5A 1CVNA 2ZA9A 2CY6A 1N1YA 1HQLA 1D0HA 1HLCA 3K3AA 1IOAA 3CYEA 1EPWA 4CTEA 2YA4A 3WG4A 2D7FA 5GZGA 3UJOA 4KS5A 3ZXJA 3T1EA 1W8NA 2A6VA 2F11A 4YM3A 3NWKA 3JU9A 1IVCA 3O9KA 3VKOA 3IPVA 2WSUA 2B7YA 2CNAA 1S0GA 4MWJA 4HIZA 5GJ6A 5CB7A 2DTYA 1W6PA 2DU0A 4K1ZA 2ZGRA 1MWEA 1AX1A 1USXA 4Q1RA 1F9KA 2SBAA 4GB1A 3AZZA 2WQZC 4W65A 2VH9A 1ULFA 2YXSA 3CNAA 4Y26A 1QDCA 2SLIA 5FRAA 1ULEA 2GNMA 2CWMA 2YV8A 4GJTA 1DFQA 4FP2A 1YXWA 1ZA4A 3BIWE 4K1IA 1A8DA 1W6OA 3QLQA 4KS3A 5DUWA 1NNAA 1DIMA 1DHKB 1V3EA 5IK4A 3K36A 1Q8QA 4YZ1A 1S1AA 1CQ9A 3RSJA 1INFA 2OUHA 4MWRA 1SLBA 1QMJA 3B3QE 3PJQA 1G8WA 5GZFA 1NSBA 1UZZA 2QWDA 3B9CA 4CZSA 3ZPYA 1NSCA 4BMEA 4B7RA 4BBWA 3HMYA 5JMCA 4YZ5A 3L2YA 3LCPA 1LULA 4YW3A 1AJOA 4BOWA 4RA0A 1ENRA 3ATGA 3MW3A 3O0XA 1A3KA 3VKFC 3SILA 4K1KA 2P3JA 4WEGA 4H53A 2PHFA 1WBLA 2QWKA 2NYYA 2C5DA 4HZVA 2ZHLA 2BQPA 2DU1A 1GLHA 3WDTA 2ZGMA 2VK7A 4BLIA 4K1YA 1FV2A 3WUDA 3VV1A 5DUUA 3BEQA 3FLTA 4WA5A 3ILRA 2F0ZA 1AX0A 2DVBA 1LHOA 1RIRA 4Y1VA 2AENA 3ZSMA 1MACA 1BYHA 3CKZA 2ZBJA 1IVEA 4M01A 5T5JA 1SLCA 2D6NA 1NCBN 2XB6C 1Q8VA 2DUQA 1BXHA 1A4QA 4K3YA 1DQ6A 1HDKA 3V0AB 3POWA 4DQAA 2VU9A 4GZXA 5JOZA 5DZGA 3ZXEA 3LSDA 4JC1A 1GV9A 3WDXA 2QWJA 3INAA 4QN6A 1ULDA 2AR6A 2HU0A 3WNXA 1Z50A 4YG0A 1B9SA 4MZAA 1JHNA 4MWYA 1LHNA 2F28A 5HCFA 4BMBA 1AX2A 4PBPA 2JKBA 3JU4A 4HZYA 1IS5A 4LBQB 3FLRA 3M3CA 2W5OA 3NV4A 3N35A 1B9TA 4P9YA 2A75A 2HU4A 2F13A 4QN7A 3ALXA 1DQ2A 4I30A 2X9MA 4B7JA 2D6MA 2F29A 1R1ZA 1H30A 4RL7A 1PZ9A 6NN9A 1QOOA 4FOWA 2PHWA 4LBQD 1F8DA 4AWDA 3H71A 2P3KA 3TI5A 4R9CA 5JDBA 3N7JA 3D6EA 4M3MA 1W6MB 4YM1A 4DFSA 1F31A 4F83A 4YG6A 4GEZA 1AXKA 2HYKA 4XDQA 3FFZA 3ZSKA 4KS4A 3D12A 2AGSA 5DZFA 1Q56A 4JCKA 1Z4XA 1UL9A 1VALA 4DPNA 1UZYA 1G9CA 2D3SA 1CONA 4FP3A 1F8EA 4PQ9A 1SBEA 2D6KA 4GKYA 2VK5A 5JOYA 1OKQA 1KITA 1E8VA 2ZKNA 3M3EA 1LEMA 2CYFA 1NN2A 5HX0A 3ZXFA 2OW4A 2BATA 3RS6A 5JVVA 4FVKA 3B7EA 3RG0A 2QWEA 2ES3A 1GANA 1IKPA 1LOFA 1G9DA 4R9DA 2GMMA 2CMLA 2VSKA 1NSDA 1WW7A 1TEIA 2UWCA 1OFSA 5GZEA 5KXBA 4QN3A 1WD4A 3WG2A 2A6ZA 4PCRA 4B7QA 2HTQA 5HUKA 1GNZA 4JRAA 4I00A 2LTNA 4XJRA 3SANA 3WG1A 5H9RA 5JLVA 4K20A 2FHRA 3Q9OA 1SFYA 1FX5A 4M3CB 2YA7A 1MZ6A 2P37A 3WHTA 1KQRA 1INXA 4WV8A 3W58A 3H0OA 3U4XA 1CPNA 4XJQA 4AGRA 4XXAA 1JXNA 2I2SA 4GA9A 2ZGLA 2JDZA 1GNHA 2V73A 3SH4A 4YLZA 4QN4A 3HR9A 3B00A 4B7MA 4M00A 3WG3A 2NP0A 1N3OA 2ZHKA 1YI7A 4J9TA 2W68A 1U0AA 3SH5A 5T50A 1EUTA 1WLDA 1G86A 4Q1PA 4AGGA 2W52A 1PZ8A 1FYUA 2G4IA 4XJUA 2YROA 2P3IA 2ZHNA 3V0BB 2QWAA 1LGNA 2W5NA 4YGCA 2V5YA 2GDFA 4MWVA 1UPSA 1Z0HA 3PMEA 1LOBA 2CTVA 3ZSLA 1MS4A 2VY0A 1XQNA 1WW6A 3D11A 4MYEA 2ZGNA 2ZZJA 1V6JA 1ENQA 5GM0A 2UURA 3AP7A 1JYIA 1DQ4A 4MWQA 4P14A 2D44A 5KXCA 2E7QA 4B7NA 3A0KA 2PHRA 4LBLA 1LCLA 2AUYA 4GZWA 1ENSA 5KXEA 3PVEA 2NN8A 4YW1A 5F9TA 2ERFA 4M4VA 5CAZA 1IS6A 5T55A 2QWCA 3ZYPA 3IPVB 1W0OA 4UW6A 4MC7A 3OBRA 3GVLA 4UW4A 1V3DA 2AREA 5FREA 4NCSA 1MZ5A 1W6PB 4WVWA 1AXYA 2F24A 1LHWA 2A3WA 1NNCA 4KS1A 3OY8A 2WT2A 5CNAA 3TI3A 4DRVA 1DQ5A 1LHVA 3IN9A 3I4IA 1N1VA 1AXZA 1V0FA 3R05A 3UJQA 3WHUA 1SCRA 4Z8BA 2A5ZA 1AVBA 1MVQA 3NSSA 4XJZA 4HZXA 1KDKA 1W6OB 3M1HA 1SACA 4GZOA 5EXOA 1KJRA 2QWGA 2LALA 1IKQA 4HZZA 5T5LA 2AEQA 2XZIA 4GWNA 3K37A 3WLUA 2PHUA 3O0WA 1Z4VA 2KM2A 2RKCA 1FATA 2H0BA 4Y1ZA 2YA5A 1MS3A 1UMZA 2WKKA 4Q27A 3KQRA 1CPMA 5HCAA 1W6QA 2ZACA 2ZB6A 2D3PA 3AYDA 1F8CA 1NMAN 2F10A 1SO7A 2VW1A 4CPOA 3AX4A 1ONAA 1LOCA 4Y20A 4FPCA 2D43A 5DUVA 2WT0A 3WDUA 2GNDA 5KXDA 5T5PA 2JE9A 1G9AA 5F5QA 3WZ1A 2ZGOA 1GICA 4Y22A 3ZSJA 2P34A 4X47A 4C1WA 2F27A 3WCSA 1V6LA 4FJ6A 1L7GA 4YGBA 1CN1A 4U2AA 2D6PA 4XXPA 1NLSA 5DUXA 2QWHA 3O0VA 4XIOA 1WLCA 5E89A 3D4KA 3TICA 1BKZA 1USRA 1MS0A 3AZYA 1G7YA 3RMXA 3VKMA 3T2TA 2C4AA 3R4SA 4FPJA 5EWSA 3WV6A 4ITCA 1E8TA 5L73A 2DVDA 3SALA 1GBGA 1O4ZA 1ULGA 2HTVA 4H55A 4AVVA 1IVDA 1N1TA 1LJ7A 2RHPA 3AP6A 2B8HA 5SV8A 2ZHMA 2TEPA 2SIMA 1S0JA 3OYWA 5DG2A 1WCSA 2HTRA 1LOGA 2XCYA 5E88A 1QGLA 4FPLA 3A4UA 1LU2A 4XILA 2YZ4A 3WCRA 4M4NA 1C1FA 3O5SA 1DQ0A 1LOFC 3SISA 4GWMA 3O12A 4XBQA 2WLQA 1QOTA 1V00A 1S0EA 4DRRA 4YGEA 4D69A 4YM2A 1W6NA 2HT5A 4FOQA 1KDMA 4WEFA 1LU1A 3WVJA 4CPLA 2BF6A 3ALWA 3I8TA 4GDJA 4XOGA 1GKBA 2JE7A 5T54A 1LECA 4LBMA 3A72A 4FQ4A 4WVVA 4NOTA 4D8SA 1IS4A 4MX0A 2EALA 1LESA 4XZPA 2UU8A 1BJQA 1FV3A 3GVJA 2YY1A 1INYA 4MWWA 1URXA 4CPNA 3M3OA 3B69A 2OVUA 4HZWA 4BLJA 4NC5A 2GN7A 4P9WA 1PZ7A 1YO8A 4FPKA 1DGLA 5AVAA 4AVTA 1Z4ZA 1SBDA 4XMAA 2JJ6A 1WW5A 2A7AA 2E6VA 4X6KA 1QF3A 2QWBA 3HN1A 1DYPA 4R9AA 2ZMLA 3N36A 1IVFA 4ISRA 1I1EA 2WSVA 4NO4A 5HUGA 4FPHA 1NCDN 1S0IA 2EF6A 2NMOA 4XTMA 2EXIA 2ZB5A 2A70A 4K21A 1SLLA 3VUOA 1H9WA 3TAYA 1VCJA 2BERA 2NMNA 4R9BA 3TB0A 3N7LA 1V6IA 2YMZA 4FVVA 3SNMA 1CJPA 1MS1A 1HQWA 4YGDA 4DGRA 1JN2P 1V6NA 2EXKA 4MJUA 4YFWA 1LODA 4FPYA 4FZHA 1N3PA 1W0PA 1VIWB 3NN9A 5HUNA 1WW4A 3AP5A 4BPZA 1LOAA 2R1BA 1C4RA 5EYXA 4XJWA 3GNEA 1JOJA 2AEPA 1H9PA 5T5OA 2XZJA 4K1JA 1V2IA 1AF9A 2VWDA 1YRZA 3PVOA 1N1SA 1MVEA 4YZ3A 4Y1YA 4XBNA 3R4UA 3TIAA 3AJZA 4FPGA 1GZCA 4M3CE 3OPZA 1GZ9A 3USUA 5GALA 2YA6A 3TIBA 4WA4A 3H6JA 4FPEA 2YDPA 4GXLA 2XG3A 1F5FA 1GZWA 1LGBA 2PHXA 1BQPA 1FAYA 4L8QA 2R1DA 2HTYA 3AYCA 4GALA 4XBLA 2WJSA 2F25A 5H9QA 1INWA 1W8OA 1JUIA 1DIWA 2Z42A 5IUQA 5EYYA 4IQPA 2ZMNA 3PVNA 1LGCA 2CL2A 2F12A 4PBOA 1INGA 3MW2A 4Q2FA 3T1MA 2HTWA 3N3HA 1CESA 3WDWA 4HANA 2ARXA 3GALA 2FMDA 2EIGA 2BZDA 1IVBA 1XOEA 3FLPA 5BYNA 3AFKA 4CPMA 1V6OA 1KRIA 3IM0A 1SLTA 1VAMA 2GNTA 2A3YA 2ZABA 2A6WA 2QWFA 4YFZA 2R49A 1G9BA 4MWXA 1LHUA 2DVGA 3OY8B 3ZXKA 3AJYA 1AJKA 1J1TA 1QKQA 4WA3A 1EURA 4BQ1A 4QNPA 3SLIA 3RRDA 4X49A 1V3BA 1DQ1A 2W38A 3ILNA 4YZ4A 1APNA 3SITA 4GZTA 3N7KA 1L7HA 5IK8A 3AYEA 1E8UA 4MWUA 3V64A 2ARBA 3W09A 3FUQA 1W21A 2GN3A 5IK5A 5JOXA 4XJAA 5B2DA 3M3QA 4Q6KA 1FNZA 3VKNA 2AH2A 1IS3A 2DYCA 1VLNA 2R0FA 2NM1A 3DGTA 1W6QB 4C1XA 2C9AA 4M3CF 4FPFA 2ENRA 4LBOA 4ATEA 2ZGKA 1VCUA 5B2CA 2ZGQA 4Y20B 1INHA 2ZGTA 1EUUA 5NN9A 1CR7A 4H52A 4BM8A 2HT8A 1A14N 1W1XA 2HTUA 3M2MA 5CA6A 4UW5A 3JUUA 2Q5TA 2GNBA 5GLTA 5H9PA 1MS5A 3NV2A 1N47A 5GZDA 2EXHA 3MEPA 1LTEA 3A71A 4Y22B 3DUIA 3BOPA 2E7TA 4TZDA 2DVAA 2PHTA 4Q8KA 2W20A 3AZWA 5JYYA 4GDIA 3AK0A 3RQ0A 3V65A 4P9XA 3NV1A 4SLIA 2CWSA 3FUOA 1YYNA 2VW0A 3UK9A 1MS9A 1WD3A 2GALA 4Y1UA 4X4AA 1SCSA 3OBTA 4XHBA 1ZM1A 2SILA 3T1LA 2R0HA 3AXEA 1AZDA 5DXDA 1BZWA 4XJ9A 3D5OA 2D6LX 1NCCN 2VK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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