1MS5A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, soaked with n-acetylneuraminyl-a-2,3-thio-galactoside (na-s-gal)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYFFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 177
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms5A01
1BJIA 3MEPA 2VVZA 4I00A 5T50A 2JDZA 3M3QA 1WBLA 1UZYA 4XZPA 4KBBA 1Z4VA 1S0FA 2R49A 3PVEA 1INFA 3A72A 3PVOA 1NCAN 4K1HA 2W39A 3ASIA 4FVVA 2W68A 1QNYA 4Q8KA 4GZOA 3WLUA 1G9FA 1LOCA 1E8UA 5DZEA 3OYWA 4LBOA 2ARBA 2HTUA 2DURA 4CPOA 1QF3A 1JN2P 2D3SA 4GDIA 4HZXA 4Q1PA 4K1IA 2QWGA 1N47A 1AXYA 3ENRA 3O9JA 4B7JA 1UX6A 1V3DA 1EUTA 1INWA 2D43A 5HUKA 3T1EA 1W6PB 1SBFA 1V3BA 2B7YA 1QGLA 2ZABA 2QWKA 4MWXA 4FZHA 7NN9A 1HLCA 2WKKA 2EAKA 2ZHMA 1WW5A 1AX1A 3AP7A 2ZGLA 2DVFA 1ONAA 4CTEA 4XXAA 2DVAA 2CY6A 3A71A 2A6XA 5F9TA 1V0EA 4NC5A 1N1TA 4H53A 5L73A 1XOEA 3TI4A 1SNTA 4KS3A 5KXDA 1L7GA 4X6KA 2AR6A 2XZKA 4WEGA 2R16A 1YRZA 1JW6A 4FOVA 4MZEA 2JECA 3H6JA 4Y26A 1W6OA 2P3KA 1WD4A 3V0BB 3M3OA 1IVBA 2PHRA 1INHA 4GEZA 3ILFA 4M3CE 1W6NA 3IPVB 1ULFA 3BEQA 4JF7A 4XYXA 4MX0A 3A0KA 1IOAA 2YXSA 1XQNA 1GZCA 4NCSA 4XILA 4UW5A 4HZZA 4XDQA 4YGCA 4BMEA 1V6NA 4KS5A 2F29A 5DG1A 1TEIA 2GDFA 1NNAA 1RITA 4XBNA 3GVLA 3VKLA 1EUSA 3INAA 3AP6A 2AH2A 3OPZA 4CPYA 1LOGA 1V0ZA 4XJAA 5F5QA 2A71A 4FPGA 3HR9A 3GALA 1VAVA 1N3OA 3O0XA 3V65A 2CYFA 1KJLA 5FREA 3ZSKA 3FFZA 3WDUA 2GALA 2EF6A 4YW5A 1G9CA 4YZ5A 2ZGSA 4K1KA 1SLLA 4DRRA 2VSMA 2W08A 1UKGA 1SLIA 5HCBA 1V2IA 4GZWA 4Q26A 5T5OA 4GZTA 1IVGA 3DGTA 4B7QA 2HTQA 4YW2A 2UWAA 3UL2A 4XJ9A 1LHWA 3AYAA 5GLZA 1WD3A 2AUYA 2PHUA 3HN1A 3AJZA 2ZZJA 4YW3A 1LGNA 4MJVA 5GALA 3T2TA 2VSKA 3WVJA 5FRAA 4FP2A 4MWUA 1LOEA 5KXCA 5CAZA 4BOWA 5JOXA 1W20A 1GSLA 2FMDA 4Y1ZA 4LBMA 4ASMB 4MZAA 1QMJA 3C2UA 3CL0A 1W8NA 4DRVA 4FPLA 4FVKA 3B3QE 4UW6A 2YA8A 1LOFC 1SLCA 1JYIA 1DYPA 1N3QA 4TYSA 4DQAA 3MW2A 2BZDA 4KS2A 3WUDA 4M4NA 4FJ6A 4MYEA 4D8SA 3WG1A 4YLZA 1VLNA 1DIWA 2QWHA 5DG2A 3USUA 4F83A 1V0FA 3OYWB 1H30A 4M3CF 2DU0A 2VU9A 2A75A 2DV9A 4DGRA 2DTYA 4GB1A 1PZ7A 1LU2A 3BIWE 4BBWA 3AYCA 2YA4A 4XTPA 1X50A 5DUVA 5EYXA 4GZQA 5GLWA 1IVEA 4YM3A 1WBFA 3W59A 4CPMA 5IK8A 2AYHA 4Q8LA 4WA5A 4OZXA 2DU1A 1A8DA 2AENA 1N3PA 4MC7A 2HT8A 1MS5A 4XMIA 3FBYA 4Y1UA 4GZPA 2YROA 3OBTA 2SBAA 4DFSA 4NOTA 4YM2A 4AGGA 1A4GA 2AEPA 4WZFA 1MS9A 4BM8A 1V6IA 1E8TA 2E53A 2WJSA 1WW4A 3AP9A 1E8VA 1MVEA 1IKPA 1G7YA 1AXKA 1O4ZA 1WUVA 4J9TA 5JOWA 1BKZA 1W6OB 4K1ZA 4K3YA 2CTVA 5DUXA 1W6NB 2NZ9A 5EWSA 4ISQA 1MS8A 5CBLA 2ZGPA 2RKCA 1CVNA 3B7EA 3ILRA 4Y1XA 1CN1A 3FLPA 5H9PA 3WV6A 1INXA 1V6LA 5JYYA 1UL9A 3AZXA 2V5YA 3CNAA 3ILNA 4ATFA 2A6YA 1ZM1A 1W1XA 3V64A 4XIOA 3WHUA 2NM1A 4ITCA 5HUMA 4ZKTB 1OQ1A 4GA9A 3PVNA 1LOBA 4X47A 4PQ9A 4UW3A 2HT5A 1JYCA 2XB6C 2KM2A 1Z4YA 4XMAA 4K1YA 4AGRA 1IVFA 1NCDN 4FQ4A 4R9AA 2HTYA 1YI7A 3WG3A 5E8AA 4FPYA 4XJUA 2R0HA 1CONA 4QN3A 3NV4A 3OY8A 3A0NA 4QNPA 4Y22A 1DQ0A 1Q8SA 1Q8OA 2P34A 3NV3A 1HKDA 2ZGOA 2DUQA 2A6ZA 1W21A 1JHNA 3O9KA 2ES3A 1BXHA 2F13A 3HMYA 1PZ9A 2R0FA 2JD4A 4H55A 2D6NA 1A4QA 1AF9A 2WSVA 3DUIA 1B9TA 2EXIA 2VK5A 4GXLA 1ULDA 3I4IA 1W0OA 3IMNA 2ZHLA 1F9KA 4Q1RA 1LHNA 5GLVA 1G86A 2ZMNA 1Q8QA 1A14N 1YO8A 3TAYA 4M00A 2F27A 2DVDA 2C5DA 3D5OA 1QNWA 4YM1A 2F24A 3ALXA 1KRIA 5EXOA 5AVAA 3GNEA 3POSA 4GDJA 3O0WA 5T5LA 4C1WA 3AK0A 4KS1A 1AX0A 4CPLA 1SLBA 4FOQA 2ZKNA 4B7NA 4X4AA 4IQPA 1IS3A 3K39A 4AYUA 1QKQA 5GZEA 2OUJA 1G9DA 3W58A 1I1EA 2TEPA 1DBNA 3JUUA 3I8TA 1Q56A 4CPZA 3RS6A 3K38A 3WDVA 5JOYA 1INGA 2QWEA 1UPSA 1MS1A 1A3KA 1C1LA 2E6VA 3USUB 2D6KA 2XCYA 1Z0HA 5CA6A 4P9YA 2A7AA 2GN3A 4M01A 3VKFC 2A3XA 2QWAA 1ZA4A 2D6MA 5T54A 4XIKA 1S0BA 2P37A 4ATEA 3H72A 1SO7A 3MW4A 2EALA 3RSJA 1IS5A 2EIGA 1R1ZA 2DVGA 4FPKA 4YW1A 4ZXKA 1URXA 3TI5A 2CL2A 1ULCA 1SACA 2QWIA 3AJYA 3RRDA 4WVVA 1MVQA 1GZWA 1F8CA 3IM0A 3AXDA 5JOZA 1DQ4A 5JVVA 1Y7BA 3WG2A 1GNZA 2DUPA 3MPPG 3POYA 2VUAA 2Z42A 2D6LX 1LGBA 1C4RA 3N7MA 1DILA 1FV2A 4AVSA 4B7RA 1LULA 3SLIA 4WV8A 5JDBA 5HX0A 3TI6A 1XOGA 4Y1VA 1B09A 2ZGUA 1IS4A 3SH3A 2VXRA 2A6WA 1UZZA 1LECA 2P3IA 4XHXA 3ZYRA 2DYCA 3APBA 3H73A 2A6VA 4MWQA 1O4YA 2JKBA 2WLQA 1DQ5A 1HQLA 5GZDA 1QDOA 4NO4A 5JLVA 5KXEA 4XE9A 1ULGA 4FPCA 4YZ3A 5E89A 2HT7A 3VUOA 4Q27A 4Y1YA 2JE7A 3JU9A 5T52A 3QCWA 1NSDA 1I3HA 3ZPYA 4FQZA 4WA3A 3WDYA 4SLIA 4AVVA 2GNMA 4B7MA 4AGVA 2VK6A 1V6JA 1AXZA 3UK9A 4XJ8A 2CMLA 4Y20A 2CNAA 1MWEA 1Z4XA 3FUOA 2F28A 4HZYA 1W0PA 2WT0A 2QWDA 2BF6A 5CB7A 1W8OA 2VH9A 2F10A 1NSCA 1FATA 1S0CA 3B69A 2I2SA 2AEQA 3OY8B 4K1JA 1W6MA 4Y22B 1S0GA 2RHPA 2PHXA 2YZ4A 2QWFA 1D2SA 1UAIA 2NN8A 2ZMLA 3IN9A 4Q2FA 1INYA 1SCRA 1KDKA 4U2AA 3TICA 3K36A 2D3RA 4XTMA 3LSEA 2B8HA 2WT2A 4K21A 1QDCA 1IVDA 1V6KA 2W52A 4LBQD 2VW1A 1ULEA 5H9QA 4GKXA 4GKYA 1NMAN 2GNBA 1INVA 2JE9A 3ZXEA 1CESA 1MS0A 4WEFA 1NXD1 3ZSJA 1SLTA 4XBLA 2ZA9A 3IPVA 1LHUA 3AZVA 3PJQA 3OBRA 3ZSLA 1A78A 3AZWA 3WZ1A 3V0AA 2E7QA 3T1LA 2W38A 1F8DA 4H52A 1Z78A 5IK5A 1L7HA 1QOOA 1CPNA 1AJKA 1FYUA 2GN7A 1DHKB 1SCSA 2D6OX 2F26A 3KM5A 3N35A 4ISRA 2F0ZA 2ZHKA 1KDMA 3NV2A 5GZCA 2FHRA 1KJRA 4L8QA 1YXWA 2PELA 3WHTA 1EURA 2ZB6A 1CPMA 2A3WA 2G4IA 5DUWA 4R9CA 1V6OA 3WOGA 5LK5A 1NCCN 3N7LA 1N1VA 5T5JA 1DQ1A 4YW4A 1USXA 1OKQA 1GBGA 1G9BA 2WNEA 4M3CA 5KXBA 1LEMA 4FPEA 4P9XA 4W65A 2QWCA 3D11A 1UN1A 1NN2A 4PBOA 2UU8A 3N7KA 1DZQA 1EPWA 3M3EA 2WQZC 1G9AA 3BODA 5M1ZA 2XG3A 5T5PA 4WA4A 3AYDA 3TB0A 3ALWA 1USRA 1RINA 1C57A 4M4VA 1APNA 1FV3A 4JC1A 3WNXA 1AJOA 1GZWB 5HCFA 2E7TA 4BMBA 2F12A 4I30A 4YGDA 1NSBA 2CWMA 1LEDA 2W5NA 2YMZA 2JJ6A 3CKZA 2YDTA 2NYYA 1DGLA 2DVBA 4YZ4A 4YG3A 3SITA 4MWVA 4XJWA 1FNYA 2OW4A 4P14A 1RIRA 2P2KA 1LOAA 5IUQA 1F8BA 1HDKA 1YYNA 3BTAA 3WDWA 1FAYA 4CZSA 3R4UA 2ZBJA 4AVTA 1ENRA 3NV1A 1B9VA 4XJRA 3AX4A 2GNDA 2ZGKA 4YFWA 4GALA 4BLJA 4DS0A 1V3CA 1NLSA 1V6MA 3SNMA 5NN9A 1AZDA 4XHBA 1BJQA 3ZXFA 3MW3A 1QOSA 2EXJA 5HUGA 2ZGTA 3GVKA 1DIMA 2XZIA 3RG0A 1ENSA 2HU0A 2ZAAA 4QN4A 1EUUA 4Y20B 1JOJA 1CJPA 4MWRA 2D3PA 2PHTA 2BERA 3IKWA 2D44A 3WG4A 2A70A 5EYYA 2VWDA 1GLHA 4LBQA 2DTWA 3UJQA 1W6MB 3ATGA 2ZGNA 4PBPA 5HCAA 3RMYA 3D12A 4DPNA 3N7JA 1GANA 4GZSA 4BQ1A 1WLDA 2ENRA 1FX5A 2QWBA 2PHWA 3O0VA 4FPHA 1FNZA 3K37A 4YGBA 4GJTA 2ZGQA 2EXHA 1CR7A 2YA5A 3K3AA 1D0HA 1LTEA 4XOGA 5T55A 1WCQA 1F5FA 4YG6A 1BYHA 4K20A 1L7FA 1H9PA 4HL0A 4RL7A 3O5SA 4XBQA 1NNCA 4MWYA 1Z4WA 3M1HA 4FP3A 1U0AA 1ENQA 1MS3A 3NN9A 1WLWA 4YZ2A 3WCSA 1LHVA 4QN6A 2PHFA 2QWJA 1LENA 5SV8A 3V0AB 3TI3A 3KQRA 3WDXA 1UMZA 1W6QA 4Z8BA 3D6EA 4YG0A 1F31A 1GKBA 3B00A 5GJ6A 1S0EA 3PMEA 1DLLA 1Z4ZA 4UW4A 5IT6A 3TIBA 3RQ0A 2R1DA 1OFSA 2GMEA 3U4XA 2HTVA 6NN9A 2W5OA 3WDTA 1V00A 3AP5A 4BPZA 3SALA 2UWCA 1BQPA 2YY1A 2GMPA 4MWWA 1H9WA 1Q8PA 2D6PA 4QN5A 2AREA 2YV8A 1MR5A 3B9CA 5DUUA 4M3CB 2C4LA 3NWKA 1KQRA 3RMXA 1GICA 4XXPA 1NMBN 1S0JA 3SH4A 2Q5TA 4MJUA 4U36A 1HQWA 2C9AA 5CNAA 2P3JA 2HU4A 2V73A 2BQPA 3SILA 1F8EA 2ARXA 1DFQA 2CWSA 1MACA 2VK7A 1VIWB 1LODA 4WVWA 3R05A 1YIFA 5GM0A 5GZFA 1WW7A 4HANA 4GWMA 4QN7A 2OUHA 2EXKA 3FUQA 4YM0A 1SLAA 3SANA 1IKQA 3VV1A 2VW2A 4CRQA 3AZZA 1S0IA 2ZGRA 2DUOA 1LJ7A 3VKNA 4R9BA 2ZACA 3AXEA 4M3MA 3ZXJA 4UF7A 3TI8A 4YGEA 3TIAA 1SBDA 2F11A 1N1YA 1GV9A 4LBJA 3L2YA 2NMNA 3SISA 2ERFA 2AGSA 1QU0A 4FPFA 5DZGA 3N36A 1VAMA 1B9SA 1V3EA 1MZ5A 4P9WA 1SBEA 1LHOA 3POWA 5JMCA 3QLQA 4Q6KA 4GWNA 4FOYA 2UWBA 1WLCA 1AVBA 1W6PA 3T1MA 3H0OA 2E51A 5IK7A 1N1SA 1Z50A 2SLIA 1CIWA 4R9DA 1LU1A 1GNHA 1DQ2A 5HUNA 1VALA 1G8WA 1WW6A 1NNBA 2UURA 2ZHNA 3N3HA 2LTNA 1GYKA 2ZGMA 4FPJA 5B2CA 3JU4A 1WCSA 2VY0A 3UJOA 3D4KA 2F25A 3NSSA 2YA7A 3FLRA 1LESA 3ZYPA 1SFYA 4M4UA 4GZXA 3A4UA 2SIMA 3WUCA 2R1BA 3ZVXA 1BZWA 4BLIA 3ZXKA 3LCPA 3V0BA 5GZGA 3INBA 3AYEA 4PCRA 2WSUA 1QOTA 3CYEA 4X49A 3CL2A 4HZVA 5GLTA 4FPOB 1LGCA 1C1FA 3VKOA 3BOPA 4TZDA 2NMOA 2GMMA 5H9SA 2D7FA 4LBQB 1NCBN 3OGGA 4KS4A 3OJBA 4PF5A 4XJZA 5IK4A 3FLTA 1IVCA 3M2MA 1JUIA 2XZJA 2W20A 1IS6A 3ZXLA 2DWRA 3SH5A 3M3CA 1J1TA 1AX2A 1JBCA 2SILA 3B01A 1GZ9A 1VCJA 4RA0A 2H0BA 2OVUA 3Q9OA 1S0DA 2BATA 2ZMKA 4YZ1A 4FOWA 2A3YA 3VKMA 3GVJA 3R4SA 1NMCA 1JXNA 4JCKA 1CQ9A 2VW0A 2GNTA 2YDPA 5E88A 3AP4A 3W09A 1VCUA 1MS4A 2HTWA 1W6QB 4CPNA 2C4AA 4LBLA 4D69A 5B2DA 2LALA 4HIZA 3AZYA 3ZSMA 4MWLA 4JRAA 2HTRA 1LOFA 2A5ZA 3WCRA 1DYKA 4MWJA 5H9RA 5BYNA 1DQ6A 1LCLA 4HZWA 1PZ8A 5DXDA 4XJQA 5DZFA 4LBNA 2NP0A 2HYKA 2WT1A 3LSDA 1Q8VA 1KITA 1S1AA 5GLUA 4NN9A 4YFZA 2YA6A 2ZB5A 2X9MA 4Y24A 3H71A 3O12A 4AWDA 4C1XA 1MZ6A 4LBKA 3AFKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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