1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
4KS5A 4XJ8A 4XJAA 1Q8PA 3SLIA 4DGRA 1YO8A 4XMAA 2A75A 4FOQA 3N3HA 1SBDA 1F31A 4GZPA 3TB0A 2KM2A 1V0FA 1Z50A 3N7JA 4CPZA 5BYNA 3TI4A 1V6IA 2AYHA 4HZYA 5HCFA 4Q8LA 1YIFA 2D6KA 4LBNA 4JCKA 2UU8A 3N36A 3I4IA 2HT5A 3RMXA 5CB7A 2DUOA 1QNYA 4D8SA 1AF9A 1AXYA 3PVOA 3CL2A 2NMNA 4XILA 1IVEA 1WW6A 2GNTA 2F25A 1I1EA 2D6NA 2OUHA 3BEQA 4K3YA 2D3RA 3PVNA 1OQ1A 2EIGA 1IVDA 4YZ4A 5H9QA 2E53A 2ARXA 4LBJA 3NWKA 3ALWA 3GVKA 1DHKB 2DVDA 4P9YA 1INYA 1DQ2A 2GALA 4XDQA 1APNA 4GZSA 5L73A 4UW5A 2QWFA 3FUQA 2SILA 1DIWA 3MW4A 2QWKA 2DV9A 2ZGTA 5JMCA 2E6VA 1SFYA 4M4VA 4FQ4A 3AP5A 2JE7A 1MWEA 2P34A 5NN9A 4X49A 3TICA 4CPOA 3M3CA 1JUIA 3B69A 2DYCA 5GZFA 4I00A 1LHVA 1Q8VA 1VAMA 1LOCA 2F24A 4Q6KA 1XOGA 1UAIA 1ULGA 1ULEA 3AX4A 2UWAA 5HUMA 4FPHA 2WT0A 3B3QE 3W58A 3ZXFA 2DVBA 1G86A 2ZKNA 3WG3A 3ZXJA 2HTRA 5GLTA 4X4AA 3OJBA 2YDTA 4YGCA 1YI7A 4Y1UA 2WLQA 4FZHA 2AUYA 1SLLA 4MWUA 3APBA 4M3CA 3QLQA 2Q5TA 3V0AA 3B00A 3IM0A 2F12A 1BZWA 4ITCA 3NV4A 1N3OA 2VWDA 1QU0A 1SLAA 4GKYA 1INVA 1C4RA 4MWXA 3RS6A 1IVGA 4H53A 2LTNA 2VSMA 1N3QA 1INGA 3D12A 1FAYA 2ZHLA 1Q8QA 2ZGOA 3FLPA 3AYAA 3OBTA 4HZZA 3WVJA 2AGSA 2WQZC 1BYHA 2VH9A 1V6KA 2D7FA 4YW5A 4AGRA 4HZXA 1SLCA 1E8UA 1WBLA 4UW3A 2ES3A 4K1ZA 4LBQA 2ZAAA 3OY8B 2D3PA 1SO7A 4CTEA 4AGGA 4ISQA 4MYEA 4Y1ZA 4YW1A 4FJ6A 4FPEA 2ZMLA 2GMPA 3WDVA 1EUSA 2F29A 4U36A 2PHXA 2BATA 2ZGQA 2XZKA 4GEZA 3H71A 4M3CE 2AEQA 1NMAN 2C9AA 3I8TA 1DQ0A 4B7RA 2JECA 2EXIA 4KS4A 3T1LA 1V6NA 4XBNA 3B01A 4XHBA 3VV1A 4YG0A 1V0ZA 5AVAA 2C5DA 1R1ZA 3K36A 3K37A 2ZHNA 3RMYA 2VU9A 2ZGMA 3WG4A 5IK8A 5KXBA 1NSBA 1XOEA 1PZ7A 1QOOA 2AEPA 1W6QA 3JU4A 4SLIA 2PELA 4YGDA 1MACA 5DG1A 1JYIA 1KQRA 2UURA 3V65A 1Q56A 2BERA 3V64A 3V0BA 1W6PA 3ASIA 3GALA 2EF6A 4LBMA 3ZPYA 4BM8A 5CBLA 2JDZA 4TZDA 4D69A 3WOGA 2VUAA 2QWAA 2GNBA 1BJQA 4C1WA 1AVBA 3ZYPA 4PCRA 3FLRA 2EXHA 2I2SA 3H73A 4UW6A 3UK9A 1OFSA 4Q27A 1QOSA 4YM2A 2ZB5A 3WDYA 1LESA 3AZWA 5E8AA 2ENRA 1GNZA 1FYUA 4H55A 1TEIA 2V5YA 2HU0A 2E7QA 3AP6A 2D44A 1FNYA 1LGCA 2WNEA 5IK4A 3KQRA 1MZ5A 3A72A 4MJUA 1JXNA 4DFSA 2R0HA 1WW5A 3WHUA 1EUUA 2WT2A 4CPYA 2D6OX 4MWQA 1LU2A 3WUDA 5T5JA 1LHWA 2ZA9A 4MZAA 3K38A 1S0FA 2DTYA 4XXAA 2CY6A 2P3KA 1IS4A 2QWCA 1LENA 3D4KA 3WZ1A 4P9WA 1IKPA 1VLNA 3JUUA 2ZHKA 2ZBJA 5IK5A 2VK5A 3OPZA 2EALA 3AK0A 1ULDA 3WCSA 1GSLA 5CA6A 3N35A 3N7KA 1Z78A 1MR5A 1S0JA 2GN3A 1V3EA 4HL0A 2ZHMA 4Q2FA 1GNHA 4ZXKA 4PBOA 2F10A 1DYKA 1GANA 3AYCA 1MS5A 4Y22A 2XG3A 1WUVA 3AP7A 1ULFA 3OYWB 1LGNA 5HUGA 5SV8A 4Y1YA 1DYPA 2CL2A 3W09A 4BOWA 2NN8A 5FREA 2QWIA 4X47A 1HLCA 2ZZJA 1SBFA 3AJYA 4IQPA 1GV9A 2ZACA 3FBYA 5GM0A 3TIAA 4GWNA 2HTYA 4ZKTB 2A3WA 2XZJA 1W6NB 1LOBA 4KBBA 2DUPA 1DQ5A 2UWBA 4B7MA 5IT6A 4C1XA 3AFKA 1NCDN 2UWCA 4GALA 5KXEA 1MS8A 3RG0A 3GNEA 1MS9A 3AZYA 2CWSA 1INHA 3SALA 1DBNA 2C4LA 4DQAA 4RL7A 1BKZA 1G9BA 1GZWB 1S0EA 1XQNA 4KS3A 1USRA 5HUNA 5T5OA 2W08A 1W6OA 1V6MA 4XTPA 2P3JA 4BMBA 4XMIA 1OKQA 4FPCA 1I3HA 1W21A 1ZM1A 4MJVA 5IK7A 1N1YA 2ZMKA 1VCUA 1C1LA 1A78A 4XJ9A 1G7YA 2NM1A 4GZTA 3VKMA 4XJRA 4FQZA 3AYDA 2XB6C 4YZ1A 1VIWB 5JOXA 1WLCA 3TAYA 2RKCA 5DUXA 3OY8A 1LECA 4DPNA 2A6WA 2DUQA 1KJRA 2YDPA 1MVEA 1KDKA 2F13A 1A4GA 3WUCA 1BXHA 3CL0A 2LALA 3O9KA 3FUOA 5T54A 4FOWA 1W6MA 3USUB 3WCRA 3O0WA 5JOWA 5M1ZA 5T55A 4XOGA 1NMCA 3VKNA 4B7JA 2H0BA 3VKLA 2ERFA 1LOFA 4R9AA 1ONAA 4YLZA 4ISRA 4WVVA 1MS1A 4F83A 4GZQA 3MEPA 2A6XA 2HTWA 3NV3A 2VSKA 4XJQA 1CN1A 5DUUA 1BJIA 3RSJA 7NN9A 4QN3A 4NN9A 2W38A 2E51A 3M1HA 1AXKA 2A70A 2W20A 2W68A 2VW0A 2YA7A 1DQ6A 1HQWA 2XZIA 3SISA 3HMYA 3UL2A 2OVUA 3T1EA 1Z4XA 2GMEA 2QWBA 5B2CA 4DRRA 2A3XA 1SACA 5B2DA 1S0CA 4BPZA 3WDWA 3H0OA 3WG1A 2RHPA 4FPOB 1G9AA 3ZXEA 4K1HA 2BZDA 1IS6A 5DUWA 5GLUA 1ENSA 1QF3A 2ZGUA 4B7NA 2ZABA 3LSDA 4ATFA 3MW3A 4GB1A 3LSEA 4LBQD 3WG2A 2ZMNA 4CPMA 4BLIA 2P3IA 2PHRA 5HCBA 3BTAA 2YZ4A 4MWRA 4WA3A 5T52A 4DRVA 1A14N 5E88A 4K21A 4HZVA 1DQ1A 1C1FA 2YROA 4NCSA 3OGGA 3TIBA 2EXKA 1IVBA 2OW4A 3ZXLA 4CRQA 3FLTA 3FFZA 1QOTA 1F8EA 2ZGNA 1JW6A 2D43A 1ZA4A 3A0KA 4K1KA 1B09A 4QN4A 1A8DA 1UN1A 4BLJA 4BQ1A 2QWGA 3AZVA 4YW2A 1YRZA 5T5LA 3BODA 2DVAA 3L2YA 4M3MA 2PHTA 3V0AB 2DU1A 1A3KA 1AJKA 3M3OA 2WSVA 3Q9OA 3TI8A 1GKBA 2R1BA 5EYXA 3WDUA 1HQLA 4GZXA 4PF5A 4MWLA 1LULA 4R9DA 4MX0A 2EAKA 1RIRA 4HZWA 1CPMA 1H9WA 1S0BA 2A71A 5JDBA 4GA9A 4AVVA 3B7EA 3H6JA 3IPVA 2R16A 4UF7A 1N1TA 2QWJA 1L7HA 3ENRA 4J9TA 2YY1A 4X6KA 4YFWA 3D6EA 1CONA 4W65A 1SBEA 1NLSA 1Q8OA 1EURA 2B8HA 2PHWA 3AXDA 1W0OA 1Z0HA 1NCCN 1Z4WA 4XJUA 4I30A 5DG2A 4FOVA 2F27A 1CIWA 4KS1A 1V00A 1F8DA 5IUQA 1Y7BA 2R0FA 2W5OA 3VKFC 1USXA 4AVSA 2CNAA 4Z8BA 4YZ5A 3O5SA 5DUVA 1MS3A 4KS2A 1VAVA 1SNTA 1JHNA 2ARBA 4YM3A 2WKKA 3WDTA 3NN9A 1A4QA 1VCJA 6NN9A 1Z4YA 3C2UA 1UL9A 1GZWA 2A5ZA 4OZXA 4Q1PA 2TEPA 3PJQA 2CTVA 4GXLA 5GZDA 2F26A 2W39A 1KRIA 2DTWA 2D6LX 2G4IA 2PHUA 1QGLA 2HT8A 4GWMA 4QN7A 2A7AA 5DXDA 1GLHA 2GN7A 4L8QA 3SANA 4K1JA 3R05A 3AZZA 4GZOA 2YA8A 5T50A 2NP0A 1AXZA 3AP4A 5EYYA 2HTQA 1V0EA 1W6QB 4XIKA 3W59A 4LBLA 1EPWA 4FPGA 1WLDA 3ILRA 1G8WA 1NSCA 2AR6A 3BIWE 5HCAA 1CJPA 3O9JA 2HTVA 1CR7A 1W8NA 4YGBA 1D2SA 3POYA 5DZGA 4Y20B 3B9CA 1CPNA 1V6OA 3NV1A 1CVNA 3V0BB 5GALA 3GVJA 1W6PB 3AYEA 3USUA 3WHTA 4XZPA 2VW2A 1S0GA 2JE9A 4GDJA 5CNAA 4MC7A 1JN2P 4NOTA 3WV6A 4FPJA 3AJZA 3RRDA 3AZXA 1VALA 1G9FA 4NO4A 1FNZA 2HTUA 1WLWA 1WD4A 2B7YA 2WSUA 2VVZA 5FRAA 2V73A 4GDIA 2HYKA 1G9CA 2PHFA 1INFA 4UW4A 3U4XA 1DZQA 2Z42A 5EWSA 3ILFA 2SIMA 1RITA 1FX5A 1LEMA 1QNWA 1GZCA 1W8OA 1ENQA 4FOYA 3VKOA 3ZVXA 1GYKA 1DGLA 1URXA 1LU1A 1FATA 1BQPA 1N47A 4R9BA 1F8BA 5E89A 3ATGA 1AX2A 1EUTA 3DUIA 3T2TA 1L7FA 4FPKA 1NCBN 3VUOA 3NV2A 1DQ4A 3JU9A 3TI6A 4YW3A 3OBRA 5KXDA 1V3DA 3BOPA 2JD4A 5F5QA 5JYYA 1W20A 1IS3A 1MS4A 1NCAN 3CKZA 1LOGA 3MW2A 4Q8KA 5KXCA 2QWDA 3H72A 1AZDA 3ZSJA 3ALXA 2ZB6A 2YV8A 1V3CA 1D0HA 2ZGKA 1IKQA 3PVEA 4K1YA 2VXRA 4YW4A 1E8VA 2FMDA 1UPSA 4QNPA 3KM5A 1V6LA 4WZFA 2AREA 4Y1VA 4MWVA 4WVWA 4Y22B 4XBQA 1DILA 4M00A 1UZYA 5H9PA 1LHOA 2BQPA 1QKQA 3CNAA 3K3AA 1Z4ZA 4WEFA 3D5OA 1GICA 4CZSA 2HU4A 3HR9A 4M4UA 3M3QA 2CYFA 2ZGSA 1INWA 4M01A 3N7LA 1IVCA 1LOAA 3O0XA 4YZ2A 1FV2A 3SILA 1UX6A 2SLIA 1QDOA 4Q26A 2WT1A 1UMZA 4HIZA 5DZEA 3UJOA 3NSSA 3AXEA 1PZ9A 4CPNA 4Y1XA 4FPYA 3MPPG 4WV8A 5GLZA 1AX0A 1SCRA 3M2MA 5GZEA 1G9DA 3M3EA 1KITA 1LOFC 4YZ3A 4YG3A 4Y24A 1KJLA 1WBFA 2WJSA 3LCPA 5HX0A 1W1XA 1RINA 1SLTA 4PQ9A 2D6MA 3POSA 3INBA 1V2IA 5DZFA 1INXA 1W6OB 1S1AA 5GJ6A 4FP3A 4XXPA 3SH3A 5GZGA 2JJ6A 2F28A 2DU0A 4Y26A 5CAZA 1NNCA 5JVVA 2QWHA 4XYXA 2A6VA 3CYEA 1WCQA 2F0ZA 3ZYRA 2X9MA 4WEGA 3N7MA 3GVLA 2FHRA 3D11A 3IN9A 1F8CA 4U2AA 2A6YA 2GNDA 5JOYA 1YXWA 4Q1RA 4MZEA 1FV3A 4AGVA 1YYNA 4FPFA 1B9SA 4YM0A 2DVFA 4XJZA 1AJOA 3A71A 2DVGA 1B9VA 1IS5A 1H30A 4PBPA 2A6ZA 4R9CA 2P37A 4FPLA 2CMLA 1W6MB 2GMMA 1O4ZA 4MWJA 2A3YA 3DGTA 2ZGRA 3R4UA 1Q8SA 2F11A 4GZWA 1CQ9A 4JRAA 4AWDA 2W52A 2QWEA 4MWWA 3RQ0A 5F9TA 1V3BA 1MS0A 4M3CB 2YMZA 1PZ8A 2CWMA 4BMEA 1NMBN 1N1SA 2HT7A 1UZZA 2YXSA 4YM1A 3ZSMA 1WD3A 4XHXA 1LCLA 3O0VA 1JYCA 1S0IA 1U0AA 1B9TA 3K39A 5H9SA 4JC1A 2SBAA 3T1MA 1O4YA 2VK6A 1MVQA 1NN2A 4WA4A 4MWYA 4QN5A 4AVTA 2E7TA 4YG6A 3SH4A 4DS0A 2R49A 4Y20A 4K20A 2JKBA 2BF6A 1GZ9A 5T5PA 3OYWA 1WW7A 1LGBA 1SLBA 4ATEA 1JBCA 3WDXA 4K1IA 1UKGA 2YA4A 2GNMA 1L7GA 5GLVA 4P9XA 1ENRA 4ASMB 4AYUA 1MZ6A 3SITA 2C4AA 2W5NA 2DWRA 2NYYA 2DURA 2ZGLA 2XCYA 3ZSLA 4FP2A 1X50A 3WNXA 3ZXKA 5JLVA 1IVFA 4WA5A 1W6NA 1W0PA 1KDMA 3O12A 1WCSA 4LBQB 3HN1A 5LK5A 1AX1A 2VK7A 4H52A 1DLLA 1LHUA 4M3CF 4CPLA 2AH2A 1SCSA 4M4NA 2OUJA 4FVVA 4BBWA 4HANA 5GZCA 5EXOA 4YFZA 1E8TA 1DIMA 1GBGA 3SH5A 4XE9A 4XTMA 2ZGPA 4QN6A 3R4SA 4XIOA 4NC5A 1J1TA 1H9PA 1LTEA 1WW4A 2YA5A 1Z4VA 1SLIA 2NMOA 3SNMA 3TI3A 1IOAA 2R1DA 2YA6A 1DFQA 5GLWA 1S0DA 5H9RA 1QDCA 1CESA 4P14A 2P2KA 4JF7A 5HUKA 3ZSKA 4XJWA 4GJTA 2D6PA 1NNAA 3ILNA 3AP9A 3PMEA 1N3PA 4XBLA 3A0NA 1NNBA 4TYSA 1LEDA 3POWA 3WLUA 1LOEA 4LBKA 4B7QA 1C57A 1QMJA 2GDFA 1N1VA 1F5FA 1HKDA 4GKXA 3A4UA 2D3SA 3INAA 3UJQA 1NSDA 4YGEA 3IPVB 4FVKA 1HDKA 4LBOA 1LJ7A 2EXJA 1ULCA 3IKWA 2AENA 1JOJA 2VY0A 2VW1A 1LODA 3QCWA 3TI5A 1LHNA 2NZ9A 1NXD1 1V6JA 4RA0A 3IMNA 1F9KA 5JOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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