1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
3OPZA 2QWCA 4UW3A 1WD4A 2D6OX 5GLUA 4YG3A 3GVKA 2VVZA 2SLIA 5EWSA 1MS0A 1V0EA 3KQRA 3B01A 1W21A 4MWJA 3I4IA 4WA5A 3ASIA 3WDUA 1CR7A 4XJ8A 4K1YA 1CPMA 4YFWA 2R16A 2PHUA 3C2UA 1INHA 3PVNA 1S0CA 3TI3A 1MVQA 1Q8VA 1NCCN 4PF5A 2XCYA 3AJYA 4NC5A 4TZDA 1MS4A 4NN9A 5KXEA 1IS6A 5HUGA 2AEPA 1UN1A 1SNTA 5HX0A 3OGGA 1IVBA 4SLIA 1YO8A 1V3DA 4YM0A 2ZGLA 4M4UA 2DYCA 4K21A 5GZGA 4XBNA 2EIGA 3DGTA 5CB7A 2LALA 3ZXKA 4X49A 4FOYA 1SFYA 3WUDA 4ITCA 1NCAN 4XJWA 3HMYA 2BF6A 4GJTA 1W0OA 1QF3A 2SIMA 1MZ5A 1ULDA 1SLCA 1VCJA 3OJBA 2WKKA 3M3QA 4GZQA 4P9YA 1Z0HA 4NOTA 2I2SA 2D6KA 1CN1A 1V3BA 2F28A 1MACA 3WNXA 2BATA 3MW4A 4D69A 3A72A 4RA0A 4DFSA 3AYAA 3PVOA 1NNCA 1W6OB 1QNYA 3VV1A 1GKBA 4GKYA 3RS6A 1PZ9A 1JN2P 3N7MA 2FMDA 2WSVA 1V3EA 4Q8LA 2GN3A 3JU4A 4FQ4A 1DGLA 2E7TA 2NM1A 1LGNA 2D3PA 2YZ4A 2HU4A 4BMEA 4YGEA 1MS5A 1Z4YA 2A3XA 4U36A 3D6EA 1F31A 2XZJA 5GLZA 1C4RA 1Q8SA 1VAMA 2F12A 3N7KA 1BXHA 1GNZA 3VKLA 2G4IA 3ZPYA 4YZ5A 4Q26A 2ZGNA 2AYHA 3IPVB 1B09A 4M3CA 2ES3A 3ATGA 1CJPA 2F29A 1J1TA 1ENQA 1JXNA 3NV3A 4LBQB 5M1ZA 1W6NA 3M3OA 4PBPA 4FOWA 2ZZJA 2ZGQA 3B9CA 2VXRA 2QWBA 2ZMKA 2Z42A 3RMYA 1C1FA 5KXCA 5DZGA 1INGA 4M00A 4W65A 4YLZA 3IMNA 3T1LA 2YROA 1CQ9A 3LCPA 1JUIA 1JW6A 4Y26A 3ZXFA 1KDMA 4FPFA 2PHRA 3INAA 4YW2A 2B7YA 2DTYA 1A4GA 4YM1A 1DIWA 2ZGPA 2F10A 4LBKA 1LECA 1NCBN 3CL0A 5CA6A 2R1DA 3PMEA 3APBA 1AZDA 2YA7A 1IKPA 2DTWA 4MX0A 2DVBA 2BZDA 3O5SA 2GNMA 1Z78A 2ZB6A 3V65A 3SH4A 3ZSLA 3POSA 3VUOA 5IK4A 5HUMA 4H53A 4YW1A 1ZM1A 2ZGOA 3JU9A 1YYNA 5T5LA 1FNZA 3RQ0A 2F24A 4MJVA 1KDKA 3UK9A 2OUHA 3N35A 4XJUA 3ILFA 3SALA 4FPGA 3CKZA 1F9KA 4CRQA 3INBA 4GZTA 5T5PA 1V3CA 3WLUA 4DGRA 2AUYA 3UL2A 5EYYA 4MWWA 4XJ9A 3FUQA 1DQ5A 1NCDN 1EUUA 5IUQA 5T55A 4QN4A 5H9QA 3W58A 2PELA 3AYDA 1A8DA 4K1IA 4XMAA 3NN9A 2HTVA 4XMIA 4QN7A 4M3CF 2JE9A 3L2YA 2A6ZA 4AGVA 3T1MA 3KM5A 4KS4A 1CESA 2YV8A 3PVEA 4BQ1A 1L7GA 2X9MA 6NN9A 2ZMLA 5JDBA 2D3RA 4WEFA 4ZXKA 3POWA 1N3PA 1N3QA 1XQNA 3U4XA 1DYPA 3RG0A 1LENA 1BYHA 4K1JA 2CWMA 1KJRA 2ZHKA 1LJ7A 2HT8A 3AP7A 5KXDA 2GDFA 4NCSA 1N1YA 1LOAA 1QKQA 5HUKA 4YM2A 4GZWA 4LBLA 2WJSA 2XG3A 1LU1A 2P3KA 4YGCA 4NO4A 2ZA9A 5JLVA 2GALA 3AZZA 5IT6A 4FVVA 4FPJA 4M3CB 2R49A 1WD3A 3OBRA 1QOSA 3BIWE 1IOAA 1HDKA 5CNAA 2UWCA 2HTUA 1W6NB 3R4UA 2ZGMA 3D11A 3B69A 1DYKA 5E88A 3M3EA 4MWYA 1USXA 1LEDA 1LOEA 3WG4A 4FOQA 1DFQA 1AX0A 2C9AA 1MS3A 1DQ2A 3A0NA 1Z4XA 4P14A 2CNAA 4HZWA 3JUUA 4BLIA 1GNHA 4Y22A 1N1TA 2AREA 1V6KA 1HKDA 1W8OA 4LBNA 1SBDA 5HCAA 1INFA 1JYCA 4MJUA 2GMMA 1G9FA 2D6PA 4GKXA 1Z4VA 2QWKA 5GLWA 1EURA 1MS8A 2QWHA 4HL0A 5F5QA 4DRVA 4FOVA 1NMAN 3FLRA 3ZSKA 2F11A 1N47A 3H72A 1DLLA 4HZVA 4HANA 2OUJA 2VH9A 1TEIA 4FQZA 2P2KA 1EUTA 4JCKA 2QWIA 4J9TA 1LHNA 3FLTA 2VY0A 3NV4A 3V0BA 3VKOA 2NMOA 2EXJA 2SILA 1LOCA 1QDOA 1F8CA 4YGBA 1I3HA 2V73A 2PHTA 4K3YA 2NMNA 1F8BA 2P3JA 4FP2A 3B3QE 1UPSA 4GZXA 3ZSMA 1AJOA 3RSJA 1O4YA 1AXYA 3ILNA 4XHBA 3FFZA 2EALA 1EPWA 5EXOA 4Y24A 5HCFA 4XBLA 3AZYA 2D44A 3HR9A 1UAIA 1RITA 1ZA4A 1PZ8A 4K1ZA 4TYSA 1V0FA 4GXLA 1LHUA 4MZEA 1LULA 1WLWA 5DUXA 1AVBA 2VU9A 1IVGA 1Q8QA 4H52A 2DVDA 4FPYA 1A78A 1U0AA 1V6LA 4XYXA 2A6YA 2YA4A 1QOTA 4CZSA 3CYEA 5GM0A 3CNAA 1H9WA 5SV8A 4BMBA 2V5YA 2QWGA 4AVSA 1ENSA 3OY8A 3O0XA 3NSSA 2W39A 2ENRA 3Q9OA 4P9XA 4M3MA 1BZWA 2RKCA 1BJIA 1FAYA 2VWDA 1NN2A 2GNTA 1HLCA 2DUPA 2E53A 3NV2A 1CONA 1CVNA 1VCUA 3USUA 2ZHNA 1S0JA 4XIKA 4XTPA 1KRIA 1V2IA 1W1XA 1BJQA 1WLDA 1F8DA 5AVAA 1APNA 4XILA 5CAZA 1IS5A 3TB0A 1IKQA 1AXZA 3H71A 5H9RA 4U2AA 1EUSA 1G9CA 2D6MA 3HN1A 4UW6A 3ZXLA 1ONAA 3CL2A 1OKQA 3D12A 4MC7A 4FP3A 1G86A 4Y22B 1MZ6A 4D8SA 3R05A 4WV8A 1MWEA 4FPLA 2DU0A 2ARBA 3QCWA 1QU0A 3M3CA 1UZYA 4XE9A 4PBOA 4WEGA 2JECA 1W20A 2HTQA 2AENA 5JYYA 1OQ1A 4Q27A 2ZKNA 4WZFA 3RRDA 1INVA 4K20A 2E51A 5JOZA 1AF9A 2YA8A 4K1HA 1FNYA 1DQ6A 1WBFA 2W38A 4ISRA 2SBAA 1NLSA 2ZGRA 2EXIA 1W6QA 5T54A 2EF6A 1XOGA 5DZFA 2F0ZA 2ZAAA 4GWMA 3V0BB 1MS1A 3GNEA 4MWRA 2QWAA 3WDTA 4FJ6A 2DUQA 1OFSA 4Q6KA 3V0AA 2CMLA 2CTVA 5GZDA 1V6NA 1B9TA 2VW0A 3TIBA 4YZ1A 1NMBN 2YMZA 1N1SA 2GNDA 4MWXA 1Y7BA 2OVUA 1RINA 1DHKB 3OYWA 3IN9A 1NSBA 1NSDA 4XJRA 2AR6A 2VK6A 4GZPA 1LGBA 1INWA 1SLIA 2BERA 2C4AA 4KBBA 1S0BA 1FV3A 1SCSA 2D43A 1S0DA 1S0EA 1LOFA 5DG2A 4R9AA 2W52A 3DUIA 4Y20A 5FRAA 2A70A 1BKZA 1DBNA 2VW1A 2PHWA 2A6WA 5LK5A 3TI6A 1MVEA 2GMEA 2F26A 1DZQA 1G8WA 1USRA 2WNEA 4CTEA 3BEQA 4YG0A 3AZXA 4JC1A 1YRZA 1QNWA 1H30A 1G9DA 4XOGA 3GALA 5CBLA 3GVLA 4XXPA 3ZYPA 4L8QA 1HQLA 2ZHLA 3WG3A 3USUB 4AVVA 1Z4WA 2DVFA 3FUOA 4Y1UA 4DRRA 2A71A 3LSDA 1NXD1 4CPYA 4GDJA 1IVDA 1GANA 1V6OA 1HQWA 1I1EA 2ZGUA 1W6PA 4GALA 1WW4A 4X47A 3VKMA 2B8HA 4PQ9A 2GMPA 2YDTA 2UU8A 2AGSA 1IS4A 3WZ1A 3D5OA 1ENRA 1DQ4A 4OZXA 2ZB5A 1E8VA 3AP5A 3UJOA 1B9SA 2ERFA 2QWFA 3QLQA 4MYEA 5T52A 4AGGA 1DIMA 4HIZA 2A6VA 1LOBA 1A14N 3UJQA 1PZ7A 2ZABA 3ZVXA 2A6XA 3B7EA 4UF7A 4YZ2A 3VKNA 3WV6A 3NWKA 2D3SA 2UURA 3BTAA 3O12A 1N3OA 4AGRA 2VW2A 4R9DA 1WCQA 1V6MA 5JMCA 2WSUA 4Q2FA 3AYCA 2XZIA 4XJAA 2F25A 1QDCA 1JHNA 3WDXA 1D0HA 1W6QB 3AXDA 2WLQA 4JRAA 4GDIA 4X6KA 2W68A 3WUCA 1D2SA 2QWEA 5DG1A 1S0GA 3O0VA 5JOXA 1DQ0A 4B7QA 2P3IA 1G9AA 1H9PA 1S1AA 3ALXA 2YDPA 3O0WA 1WW7A 4WA3A 2ZGTA 4LBOA 1ULCA 3OYWB 5DUUA 3K39A 2QWDA 2RHPA 4XIOA 3ZXEA 1UX6A 4YM3A 3WG1A 1GZWA 2LTNA 3O9KA 4BLJA 3MEPA 4Y1VA 2DWRA 4XJQA 3A0KA 4M4VA 4CPLA 1L7HA 5HUNA 1Z50A 1UMZA 3AP6A 4FZHA 4R9CA 1O4ZA 5GZEA 2E6VA 3TIAA 1S0IA 3T2TA 4AYUA 1DILA 2HTRA 1LHVA 4AWDA 1IVCA 4MZAA 5DXDA 2UWAA 5GLVA 1SLTA 3TI5A 4XXAA 1NMCA 4IQPA 2EAKA 4FPCA 2NZ9A 4WVVA 4XBQA 3H6JA 3MPPG 3WDVA 3AZVA 1GBGA 5L73A 1FX5A 4Q1RA 5IK8A 4M01A 2DVGA 4HZXA 2CYFA 1CPNA 3BODA 4YW4A 1G7YA 4YG6A 4GWNA 2VUAA 3AFKA 5BYNA 2W5NA 1F8EA 4B7RA 1QOOA 1KJLA 1W6PB 4K1KA 2A7AA 1FATA 2P34A 1SACA 4QN3A 5T50A 3M1HA 1MS9A 1INXA 2CY6A 3ALWA 2CWSA 2VSMA 3AP9A 5T5OA 4Q1PA 4KS3A 1WCSA 2NP0A 3SISA 4WVWA 1QGLA 1LU2A 3K36A 1NNAA 3AK0A 2HT7A 4AVTA 3IKWA 2YA5A 1Z4ZA 2R0FA 1LHOA 2ZGSA 4KS2A 2DURA 1LGCA 1GZ9A 4DPNA 2YXSA 5DUWA 4BPZA 2PHFA 2F13A 3WVJA 1CIWA 4LBMA 4BOWA 5GZCA 5B2DA 2HTYA 3LSEA 1LODA 4WA4A 4M3CE 3N3HA 1LCLA 1AX2A 5IK7A 1WUVA 1YXWA 5T5JA 1URXA 1X50A 5B2CA 1Q56A 1DQ1A 4YZ4A 4MWQA 4FPHA 4YZ3A 4ATEA 1VALA 4Q8KA 3N36A 4X4AA 2A3YA 1IVEA 7NN9A 4XDQA 3SNMA 5H9SA 2QWJA 1LEMA 4MWVA 3RMXA 4GB1A 2F27A 2D6LX 4UW4A 1N1VA 5JOYA 3WG2A 3AJZA 2DUOA 2R1BA 5DZEA 1L7FA 4CPZA 3NV1A 1IS3A 4ATFA 3ZXJA 4C1XA 3K37A 3TI8A 1V6IA 3WHUA 3H0OA 5F9TA 4Y1YA 4YW5A 1SCRA 3SILA 1Q8OA 3SANA 1W6MA 3FLPA 2WT0A 1E8UA 1GZWB 1MR5A 5JOWA 4YW3A 1G9BA 2Q5TA 1FV2A 1VAVA 2VK5A 2HTWA 2PHXA 1V6JA 4CPOA 1WLCA 2WT2A 4GA9A 1WW5A 4RL7A 3GVJA 3SH5A 3OBTA 1YIFA 1GSLA 1GV9A 1SLLA 2HT5A 1C1LA 5GZFA 2C5DA 3ILRA 2DV9A 4BBWA 2ZACA 3SH3A 2A75A 2HU0A 4GEZA 2YY1A 3A71A 2W5OA 3M2MA 2HYKA 3AZWA 1A3KA 1ULGA 1UZZA 2EXHA 3I8TA 3SITA 1BQPA 4QN6A 1XOEA 1JBCA 1Q8PA 3V64A 4KS5A 3K3AA 3TICA 1KITA 2AEQA 3W59A 2AH2A 3IM0A 4C1WA 5HCBA 3WDYA 2JKBA 2ZHMA 2W20A 4P9WA 3WDWA 4KS1A 1W0PA 3MW3A 3WCSA 4LBQD 1UKGA 4FVKA 2H0BA 4XTMA 2E7QA 1S0FA 4ASMB 1V0ZA 3POYA 1W8NA 3N7JA 4QNPA 2BQPA 4M4NA 1R1ZA 2ZBJA 4XJZA 5IK5A 2KM2A 1JYIA 3OY8B 3R4SA 1LESA 4R9BA 3ZSJA 2NYYA 4F83A 4BM8A 1VLNA 4HZYA 4PCRA 2DVAA 4QN5A 1INYA 1SBEA 4YFZA 1ULFA 4CPMA 2UWBA 3FBYA 2WT1A 4I30A 2GNBA 2YA6A 3AX4A 5E89A 2ZMNA 3AXEA 2VSKA 1UL9A 2C4LA 2WQZC 4DS0A 3A4UA 3AYEA 4FPOB 1QMJA 1SBFA 3WHTA 1ULEA 5GLTA 2JDZA 2R0HA 4H55A 1NNBA 4ZKTB 2W08A 1VIWB 1B9VA 3VKFC 4LBJA 4CPNA 4Z8BA 1GYKA 5DUVA 1V00A 2NN8A 3TI4A 1AXKA 2TEPA 4B7NA 2ZGKA 2DU1A 2VK7A 2EXKA 4B7JA 3ENRA 4FPEA 1F5FA 3K38A 3WCRA 1E8TA 4FPKA 4UW5A 4XHXA 5NN9A 4MWLA 4GZSA 4YGDA 4GZOA 5KXBA 2P37A 1W6MB 4Y1ZA 4I00A 5GALA 1SLBA 3MW2A 1WW6A 1GZCA 2CL2A 1W6OA 3BOPA 1LHWA 1SLAA 3B00A 1FYUA 3AP4A 3ZYRA 2D7FA 3N7LA 1AJKA 2A5ZA 4JF7A 1LOFC 2D6NA 4HZZA 1NSCA 2XB6C 3PJQA 2JJ6A 3V0AB 2ARXA 3D4KA 4B7MA 3TAYA 2A3WA 2GN7A 5FREA 1LTEA 4DQAA 1YI7A 1AX1A 4MWUA 1C57A 3WOGA 2XZKA 4Y1XA 3H73A 5E8AA 2OW4A 3IPVA 3T1EA 3O9JA 4XZPA 1JOJA 5GJ6A 3SLIA 1GICA 1IVFA 5EYXA 1A4QA 4LBQA 4Y20B 2JE7A 1RIRA 2FHRA 4ISQA 5H9PA 1KQRA 1WBLA 5JVVA 1SO7A 2JD4A 1LOGA 3W09A 1GLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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