1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
1JXNA 3NV1A 4ITCA 3ZXLA 2PHFA 3TI8A 4UW6A 5DZFA 2FMDA 2WT0A 2VK7A 5IK7A 2NP0A 2GN3A 3TIAA 2F28A 5T5PA 1QNYA 3AZVA 1DQ1A 2OW4A 3WDYA 5KXDA 4YM3A 3OGGA 1IVGA 4XDQA 3ILNA 2QWJA 1ULGA 2VU9A 3Q9OA 3OYWB 1UAIA 5KXBA 4XBQA 4YFWA 2D44A 2SIMA 4Y24A 3B9CA 1Q8OA 1ULDA 4KS4A 1A14N 1AXZA 1YRZA 2GDFA 2ZGUA 3WDTA 2W20A 5DZEA 5EYYA 1QMJA 2DVBA 4P9YA 4K21A 4LBMA 3POWA 4FPFA 2D43A 3A4UA 4JC1A 1W0PA 2P34A 2A6YA 5GLTA 4C1XA 2P3KA 1FATA 2CWMA 2DU1A 3WG4A 3WUCA 3ZXFA 4HZXA 3UJOA 1OKQA 1V00A 1Z4XA 2F0ZA 2ZGNA 3ENRA 5BYNA 1DQ6A 2SILA 1DQ2A 1E8VA 1V3BA 1MS9A 4UF7A 3O12A 4X4AA 3TI5A 2D3SA 2VXRA 3IPVA 4HZZA 4GZXA 2WT1A 3AZYA 1J1TA 4FPJA 5T50A 5JOZA 5CNAA 5JOYA 4WA4A 1RINA 4FPLA 5M1ZA 4PBPA 4UW5A 2AR6A 1SO7A 1SFYA 3PVEA 3RQ0A 3SITA 4U36A 2ZMKA 2ZKNA 2P3JA 2A3YA 2W5OA 1W6QA 1AZDA 3U4XA 1IS5A 1L7FA 4LBNA 2WQZC 2QWIA 4XTPA 2QWGA 1MVQA 1W6NA 4DFSA 5F9TA 3OY8A 3BODA 3N7KA 1GBGA 1CPMA 4Z8BA 1QU0A 4GZWA 1AX0A 1V6MA 1NN2A 5EXOA 3AYAA 4FPOB 1A4QA 5CBLA 1F8EA 1DQ0A 4AVSA 2ZABA 5CA6A 2AYHA 2ENRA 3AXDA 2HTYA 2A7AA 4SLIA 1G9FA 5H9SA 1B9SA 2SBAA 5DUUA 5JOXA 1DGLA 2EXJA 2WNEA 1MVEA 3VKOA 1IVDA 1PZ9A 3ZSJA 4M3MA 1V6LA 1INYA 1Z78A 2AENA 3LSDA 2ZB5A 3MPPG 2P2KA 3K39A 2GN7A 4XE9A 1WLCA 4PCRA 2DUPA 1W6OB 4Y22B 3GVKA 2CWSA 1Q8VA 2P3IA 3WDWA 2R1BA 2YXSA 4Y1ZA 5LK5A 4K1JA 2UWCA 3H0OA 4P9WA 2A6ZA 4YGCA 1XOGA 3N7LA 4LBQD 1NNCA 2EXKA 4FPCA 3ZXJA 1JW6A 3D5OA 4PQ9A 4FJ6A 4DRRA 3NV2A 3ZVXA 3R05A 1DLLA 3ASIA 1LTEA 4TYSA 4BLJA 3AX4A 4GXLA 1DYPA 1NCBN 1G8WA 1AF9A 2E7QA 3RMYA 3WLUA 3W58A 1D2SA 2ZB6A 2NMNA 4WVVA 5GZCA 3SILA 4MX0A 4YG0A 4ASMB 1JN2P 1CJPA 3T1MA 3R4SA 4FPHA 5CB7A 3B00A 2QWDA 3D11A 4WV8A 1HLCA 1V6JA 4XBNA 2QWAA 2XZKA 1G86A 2OUJA 4YG6A 1EURA 4B7NA 1NNBA 1LJ7A 2TEPA 2JE9A 1TEIA 1DILA 5GLWA 1SBFA 3A72A 2W38A 1WD4A 4XJWA 1GZWB 2C4LA 1EPWA 1NCAN 2D6PA 4K20A 2F12A 1WUVA 2VVZA 1Z4WA 1F8BA 5IK5A 3DUIA 1Y7BA 1JOJA 5H9PA 1SLBA 1V6OA 3H71A 1QDOA 4ISQA 3N35A 4MWJA 3AJZA 3JU9A 3BTAA 4ATEA 1B9VA 1G7YA 1JYIA 4XIOA 4XJ8A 1VAVA 1N47A 1G9DA 5HCAA 1KRIA 5JOWA 3IM0A 4BLIA 3FLRA 4CPMA 1I1EA 3K36A 2DU0A 3AK0A 4BM8A 4YW5A 1UL9A 3T1LA 5JDBA 1LGBA 4QN7A 5EYXA 1V0FA 3PJQA 2B8HA 2ZGPA 5DUWA 2UWAA 2ZGTA 1RITA 2H0BA 5IK4A 4GZSA 2E51A 5F5QA 2E53A 1N1VA 1S0EA 1NMBN 4QN3A 3TIBA 1H9PA 2XB6C 2ARBA 1INWA 1W1XA 3WG2A 3I4IA 4Y22A 4H55A 1IS3A 1DIWA 1W20A 4Y1YA 4RL7A 2EIGA 3POYA 5DXDA 2JDZA 2XCYA 2AREA 2OUHA 2AUYA 4L8QA 4Q1RA 3GVLA 2A3XA 2GNTA 4X6KA 3O0VA 2R49A 5HUGA 4MC7A 3ZPYA 1LENA 1WW6A 3UK9A 4H52A 3VKLA 4WEGA 2EXHA 2E7TA 1SLAA 3O5SA 1LEMA 2VWDA 1LEDA 3BEQA 1N1TA 1CESA 1NSBA 1L7HA 1CN1A 4CTEA 2BATA 4ZKTB 1VALA 1N1YA 1W8OA 2DTYA 3ZSLA 2WJSA 4ATFA 4HANA 1NSCA 2SLIA 3WG3A 4AGGA 1LOFC 3AP9A 2CMLA 4XXAA 2I2SA 3MEPA 1LCLA 4MJUA 5HUMA 3WDUA 2X9MA 3WHUA 4GKYA 4BBWA 2W39A 1ENRA 2EALA 1CPNA 4GDJA 3W09A 2ZZJA 3HN1A 1SLLA 1DBNA 3FUQA 3CKZA 2P37A 1L7GA 5DG2A 5GZEA 1W6PB 2ZHKA 2QWHA 5L73A 3T1EA 2PHUA 1YXWA 1INHA 3VKNA 4FOWA 4RA0A 3AZXA 3USUB 1GZWA 4XHBA 3IKWA 3ZXEA 2R1DA 4XJQA 2HTWA 4CRQA 4NOTA 1NCCN 1SLTA 4Y1UA 4XXPA 4PBOA 1Z4YA 1DIMA 4LBOA 4YZ2A 2R0FA 3AP4A 5IUQA 4YM0A 4Y20B 1S0FA 2EF6A 3RG0A 3JUUA 1N3PA 2AEPA 2PHRA 1A8DA 4UW4A 4MWXA 4NO4A 1S0GA 2WSUA 2DTWA 2Q5TA 4YGBA 4CPLA 1H30A 4M3CF 5HCFA 2C4AA 1X50A 3RS6A 1GZ9A 4CZSA 2V5YA 4HZWA 2BQPA 1LULA 1MS4A 4QNPA 5GM0A 1BZWA 2VSKA 2GMMA 1JUIA 3KQRA 4XYXA 4FVKA 3MW3A 1VIWB 3C2UA 2YDTA 4Q1PA 5H9RA 4FP3A 3TI6A 3WDVA 1NMCA 1VLNA 4Y1VA 2NZ9A 1KITA 1GV9A 4R9BA 1BXHA 2F10A 4DQAA 2A71A 1FV2A 2WLQA 1FNZA 4FP2A 1O4YA 2RKCA 2A70A 4GB1A 1N3QA 2VW0A 4GKXA 4MWUA 3AYEA 2D7FA 2HT5A 1WBLA 1QOOA 4LBKA 2GMEA 4XJ9A 3WV6A 1QDCA 3ZYPA 4YZ5A 2QWFA 1ULEA 4Y1XA 1DZQA 4XOGA 1DFQA 4YGDA 2JECA 4YW1A 4LBQA 1VAMA 4Q6KA 1QF3A 3FUOA 1ULFA 4OZXA 4QN6A 3IN9A 1R1ZA 4YM1A 2D6NA 2GALA 4AGRA 3VKFC 2ZBJA 3V0BB 1HDKA 1G9AA 1U0AA 1V3DA 3M3CA 3JU4A 4D8SA 3TB0A 1W6PA 2DURA 1OQ1A 3CYEA 1UZYA 2ZGOA 1A4GA 4WEFA 2V73A 4DGRA 3USUA 1GICA 3UJQA 4YG3A 1JBCA 2UURA 2A6XA 2NMOA 3OYWA 4MWRA 3WUDA 2C9AA 1QOSA 1WW5A 2PELA 1KJRA 2DV9A 4C1WA 5DUVA 1FYUA 1FX5A 4XBLA 4FOYA 4GALA 1N1SA 5GLVA 3AFKA 1V6IA 5DUXA 4Q27A 4FPYA 2DVAA 5GJ6A 1HKDA 1S0IA 1ULCA 1UN1A 2XZIA 3RRDA 5GLUA 4FQ4A 2ZGRA 4Q26A 4K1ZA 4AGVA 3AP6A 1LU1A 2ZAAA 5E89A 3O9JA 4MZEA 3D6EA 3O9KA 4Y26A 1S0BA 2ZGSA 3H72A 4KBBA 1VCUA 4K1YA 5B2CA 3L2YA 2ZGKA 4R9AA 3TI4A 4XJZA 2ZHLA 1V6KA 1DQ4A 5FREA 4BOWA 1F8CA 3BOPA 3A71A 3AZZA 1SLIA 4P14A 1EUSA 1NCDN 3N7MA 5E8AA 1NSDA 3K38A 4K3YA 1APNA 4WA5A 4AVVA 1V6NA 1MS3A 2R0HA 3WZ1A 2E6VA 3N3HA 4JF7A 1FV3A 5T5OA 1CIWA 3PVNA 3IMNA 1BJQA 4ISRA 2ZGLA 2YA8A 1GYKA 2PHWA 3O0WA 1NXD1 2HU0A 1HQWA 2JKBA 3M3OA 3I8TA 2YA4A 1HQLA 4YW4A 4XJRA 4FPGA 4DPNA 2D6KA 1SCRA 2D6LX 3V65A 4GZTA 4XMAA 4GDIA 3VKMA 3T2TA 1V2IA 3VV1A 3B7EA 4LBJA 1WCQA 1UKGA 2AH2A 4FVVA 3M3EA 7NN9A 2A5ZA 4CPYA 4HIZA 2YZ4A 1LHVA 1GLHA 2ES3A 5KXCA 4B7JA 2HU4A 3N36A 4FPKA 4GWMA 1YO8A 4K1KA 1SACA 1W6OA 1AXKA 4YLZA 1G9CA 1FAYA 3INAA 3KM5A 3ZXKA 4KS1A 3NV4A 3ZSKA 4H53A 2WSVA 2HTRA 5CAZA 4J9TA 4MWQA 2CTVA 3IPVB 4DRVA 2CL2A 2CY6A 2JJ6A 2WT2A 1CQ9A 1INFA 4AWDA 1MS5A 2LALA 3QLQA 1USXA 2GMPA 3SLIA 3N7JA 5T5LA 2F25A 3K37A 1Z4ZA 3SANA 3K3AA 2F29A 3AZWA 4MWWA 3ALWA 3WNXA 1JHNA 5JMCA 2YY1A 1SCSA 3AJYA 4GJTA 1ZA4A 4KS5A 2DYCA 5T52A 1LODA 1Q56A 1LGCA 4GZQA 3OPZA 2LTNA 3HR9A 4XMIA 2XZJA 2YMZA 1Z4VA 5HCBA 4U2AA 3V64A 4I00A 1ENQA 1YIFA 4Q8KA 1QOTA 3TAYA 3AP7A 3W59A 1F9KA 5T5JA 2YROA 4FPEA 1UZZA 3V0AB 1NLSA 2W68A 4B7RA 1XOEA 1KJLA 1MS0A 1AJOA 1CR7A 4BMBA 1NMAN 3H6JA 1LOEA 3A0NA 4XILA 3D12A 2DWRA 4M00A 1QKQA 3CNAA 3SH5A 1MS8A 4P9XA 4UW3A 4R9DA 1V3CA 2DVFA 2ERFA 1INXA 4ZXKA 3PVOA 3OJBA 4XTMA 1LECA 1A3KA 1EUUA 4GZOA 1I3HA 1VCJA 3NN9A 3QCWA 2HTQA 3CL2A 3H73A 1C4RA 4M4UA 3FLPA 4HZYA 1IKQA 2HT7A 1S0CA 1Q8SA 2YA6A 1DQ5A 3ALXA 3MW2A 1JYCA 1GZCA 1IKPA 4M3CE 1YYNA 2A3WA 3ILRA 1MS1A 1INGA 3AYCA 1WLDA 1IVEA 1FNYA 4X47A 1ENSA 1W6MB 4B7MA 4TZDA 4D69A 1C1FA 2F26A 2UWBA 1Q8PA 5EWSA 4XJAA 4XJUA 4IQPA 1DYKA 1V0EA 3TICA 3D4KA 2HYKA 5AVAA 1UPSA 2YA7A 3R4UA 4X49A 4NN9A 1XQNA 4QN5A 3WCSA 2G4IA 4FOQA 5HX0A 5IK8A 1AX1A 2VW2A 1KDMA 3A0KA 1F8DA 3AXEA 1N3OA 5E88A 1IVBA 3NSSA 4WZFA 4BQ1A 2QWEA 1RIRA 4YZ3A 3MW4A 1BKZA 4FZHA 2ZA9A 1MACA 2ZMLA 1SBDA 2BF6A 2YDPA 2GNDA 1AVBA 4YZ4A 1KDKA 3ZYRA 2ZACA 3M3QA 3OBTA 2RHPA 3VUOA 3GALA 1KQRA 1URXA 2A6WA 3WOGA 1DHKB 3M2MA 5GLZA 2A6VA 1SLCA 4CPOA 5T55A 1E8UA 1LU2A 4MJVA 1AX2A 3RMXA 4M4NA 4M3CB 1F31A 1IVFA 2VK5A 2HT8A 1LHWA 3M1HA 1AXYA 2YV8A 2EXIA 5GZDA 5JVVA 4BMEA 3V0AA 1WCSA 3APBA 2DUQA 5DZGA 4M4VA 2R16A 5HUNA 1GNZA 3LCPA 1LOGA 4R9CA 1MZ6A 1Q8QA 3PMEA 1IVCA 1CONA 4F83A 4FQZA 1MWEA 5H9QA 1LOBA 1GANA 3RSJA 4Y20A 4GEZA 4JCKA 4YM2A 4JRAA 2ZHNA 2D3RA 3WG1A 2F27A 4WA3A 4YFZA 1G9BA 2F24A 1LHOA 1S0DA 2CYFA 1USRA 2PHTA 5GZFA 1D0HA 3NV3A 2W08A 3POSA 4XIKA 1UMZA 2AEQA 3B3QE 3SISA 1LOAA 2PHXA 1WLWA 1LOCA 3BIWE 2BZDA 5GALA 2AGSA 3OBRA 4GZPA 4YW2A 2ZMNA 4BPZA 3GVJA 2NM1A 4YZ1A 4GWNA 1W21A 2Z42A 5B2DA 2VUAA 1A78A 1YI7A 5IT6A 1W6MA 2QWCA 4LBLA 1WW4A 1H9WA 1MR5A 2F11A 5FRAA 4M01A 2B7YA 2FHRA 3ILFA 1QGLA 1ONAA 1LESA 2VY0A 2HTUA 2W5NA 3FLTA 4MWLA 2A75A 2GNBA 4KS3A 1BYHA 1S1AA 1GNHA 4MZAA 1WD3A 4YGEA 1C57A 2VW1A 5KXEA 1OFSA 1S0JA 1IS6A 4HL0A 4Q2FA 2JE7A 3WHTA 2WKKA 4FOVA 2C5DA 1B9TA 1UX6A 4WVWA 4YW3A 1PZ7A 3HMYA 1QNWA 1O4ZA 3FBYA 3AP5A 2ARXA 3WCRA 1E8TA 1LGNA 5JLVA 1GSLA 2EAKA 1MZ5A 1B09A 5T54A 2QWKA 1GKBA 1IOAA 3AYDA 2VH9A 1Z0HA 3UL2A 4KS2A 1PZ8A 4NC5A 1NNAA 4GA9A 4K1IA 4M3CA 2QWBA 3SNMA 3DGTA 4DS0A 1BJIA 4AVTA 3TI3A 2F13A 3V0BA 2JD4A 1WBFA 3O0XA 4K1HA 4B7QA 2W52A 1C1LA 4XZPA 4XHXA 4PF5A 5DG1A 5GZGA 1Z50A 2D6OX 3B69A 1ZM1A 3WVJA 2ZGQA 2ZHMA 6NN9A 3ZSMA 4MWVA 3FFZA 2D6MA 1V0ZA 2YA5A 2NN8A 2OVUA 3B01A 2UU8A 2DUOA 2VK6A 1EUTA 1W6QB 3SALA 4W65A 1LHUA 3LSEA 4MYEA 2VSMA 2BERA 1AJKA 1W6NB 1W8NA 2D3PA 4CPZA 2ZGMA 4QN4A 1V3EA 3CL0A 3OY8B 1SNTA 4CPNA 4I30A 2KM2A 1INVA 2CNAA 1LOFA 1CVNA 3INBA 2XG3A 3SH4A 2DVGA 1BQPA 4MWYA 3NWKA 1SBEA 4AYUA 2DVDA 5JYYA 1LHNA 1IS4A 2HTVA 5NN9A 4Q8LA 3SH3A 1WW7A 3GNEA 4HZVA 5HUKA 3ATGA 2GNMA 2NYYA 3WDXA 1F5FA 4LBQB 5SV8A 4NCSA 1W0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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