1MS9A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with lactose
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme of Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 184
structure length 622
sequence length 631
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms9A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms9A01
2ZABA 3ZXJA 3WCRA 4CRQA 1LGCA 1Z50A 4M3CA 2R1DA 4FOYA 3V0AB 1LOGA 5JMCA 5IK5A 1JXNA 2CL2A 2VW0A 4XMIA 3VV1A 1JW6A 2DYCA 1CONA 4M01A 3VKMA 1F8BA 1MWEA 2QWJA 2ZGUA 2ZGSA 2NMOA 2CMLA 2FMDA 3N35A 4Q1RA 4YFZA 1FAYA 4YZ1A 4MZEA 4XBQA 4FOQA 4I00A 4Q8KA 2D6PA 1S0EA 1S0CA 4HZZA 3USUA 3QLQA 2XZIA 2GDFA 2P3KA 5EYYA 2JE7A 1AJKA 5DUUA 3TI4A 1SLBA 4X49A 1GBGA 2F11A 1NN2A 3D11A 4YZ3A 2H0BA 1LGBA 2DUPA 5GZEA 3AZZA 5B2CA 3W58A 1G8WA 2ERFA 3W59A 2PHTA 4HIZA 3NSSA 1SLCA 4BBWA 1LOFA 1GNHA 1NLSA 1S0IA 1ULGA 4XMAA 1QMJA 3WG4A 1QOOA 4Y20A 2VK6A 2CY6A 2A6YA 4DRVA 2ZGMA 1EURA 2SLIA 4M3CE 1V6NA 4FVKA 1TEIA 4X47A 4Q26A 2I2SA 2DVAA 4H55A 2ZHMA 2A6WA 2ZMLA 2A7AA 5KXEA 3ILRA 1OFSA 3WDVA 2GNDA 1W6PB 4Y1VA 3ALWA 2C5DA 2ZGRA 2ZMNA 1LHVA 4Y1XA 3R4UA 2AEPA 4YW4A 4YW2A 1ENSA 2ZGTA 4YLZA 1S0JA 5IT6A 2SIMA 2B8HA 1SBFA 2V5YA 3A72A 2C9AA 1ZM1A 1ZA4A 3ZXLA 2SILA 1FNYA 3K39A 3R4SA 1WBLA 5E88A 4K21A 3VKLA 1JN2P 1V0FA 4ISQA 5GLZA 2ZGPA 4X6KA 3A0KA 2BATA 4C1WA 1ULFA 3R05A 4MWUA 2DV9A 4B7JA 4KBBA 2LALA 1DHKB 1MACA 3ILNA 1CPNA 2W5NA 1W6QB 4NC5A 1IS4A 2ZKNA 1WLCA 2QWCA 2GMPA 1WUVA 4R9DA 2JECA 1MVQA 3FLPA 3TI6A 1SLLA 3ZSLA 3WOGA 1G9DA 5KXDA 2HTQA 4YG0A 2A5ZA 2GNTA 4FPEA 2DUQA 2NMNA 3OYWB 1SBDA 2QWFA 2QWDA 1IVCA 2ZAAA 4BMEA 4B7RA 3RRDA 1W6NA 3ZXKA 4FP3A 2YZ4A 4YGDA 1N1SA 4U36A 5JYYA 2DU1A 4UW6A 1WD3A 4HZYA 4FQZA 1IS3A 1IVDA 5HCBA 1AX0A 3GVKA 3O0WA 3H72A 2HTRA 4BQ1A 3RMXA 1HQWA 4LBOA 1VCJA 3WG3A 1NCDN 3NN9A 4ITCA 1C57A 3BODA 2Z42A 2YA8A 1OKQA 4JF7A 3IN9A 4FPGA 3T1LA 4AGGA 1DQ6A 2YA6A 4WEGA 4P9WA 4PBPA 5E8AA 2QWEA 1VLNA 4YW3A 1FX5A 2ZGQA 2F25A 1FV3A 3NV1A 4ATEA 2YA7A 1UL9A 1G9AA 1Q8QA 1R1ZA 3IKWA 2WQZC 2ZBJA 2GN3A 2OW4A 2R1BA 1FATA 5FREA 2DURA 3MW2A 4FPJA 1F8EA 5T54A 2F28A 5IUQA 4XBLA 1CVNA 2W20A 1INVA 5NN9A 1I1EA 4B7QA 2DVGA 1S0DA 2OUJA 1SLTA 1UKGA 4NN9A 1DZQA 4YG6A 4CZSA 4WZFA 2D6LX 3B00A 3WG1A 1W6PA 1CJPA 1BZWA 3JU9A 3MW3A 1MR5A 1C1FA 4D8SA 4KS2A 5T55A 3A71A 4LBJA 2W08A 5HCAA 5DG1A 4XJWA 2VUAA 3UK9A 3AZYA 4XE9A 1MS8A 1KDKA 2E7TA 4RA0A 1IS6A 2WNEA 2BQPA 2WSUA 4CPMA 1MS9A 1UPSA 1QOTA 1DFQA 4DPNA 4XHBA 1QDCA 3PVOA 4K1JA 4XYXA 4HZVA 1HKDA 4DRRA 3LSEA 4AGVA 4BMBA 3HMYA 4JRAA 1SO7A 1B9VA 1KJLA 4MWLA 3FLTA 1FYUA 5JVVA 4Y1UA 5CBLA 3FLRA 1NMBN 4Y24A 5EWSA 1EPWA 1W6MB 3RG0A 1NSBA 1WW6A 3WDXA 2VK7A 4XIKA 3K38A 4DFSA 1NNAA 1MS0A 2AYHA 2ZZJA 4M4VA 1LOAA 3IM0A 3AXDA 4GZSA 4DGRA 4LBQB 1GZWA 2GALA 2QWBA 2DVFA 1W6QA 5H9QA 3B9CA 3WV6A 3HN1A 1U0AA 5HCFA 1WW7A 3RMYA 5GLWA 1VALA 1V6JA 2LTNA 4BLJA 1KQRA 2JJ6A 5T5PA 3I4IA 1UN1A 1IKQA 3OYWA 4Y22A 2HU0A 4R9BA 3VKNA 2F10A 3ENRA 1MZ6A 3D12A 1E8VA 2GMMA 4CPZA 2YA5A 2ZHKA 1URXA 1AXKA 1NSCA 2NYYA 4GKYA 1ENQA 4UW3A 4LBMA 3V0BB 2HTWA 3ATGA 3H6JA 1NSDA 5H9RA 4DS0A 1E8TA 1WBFA 5GALA 4CPYA 3L2YA 2VXRA 1LOCA 4FPOB 2A6ZA 4CTEA 1W21A 2P3IA 1BKZA 4MJUA 3B01A 4D69A 2JD4A 1JUIA 2F13A 1NCCN 3M3EA 1F8CA 1UX6A 2EXHA 4HANA 3NV2A 4K1KA 4ZXKA 1Y7BA 4Y26A 3WHTA 2HTVA 4U2AA 1DIWA 3M1HA 1WCQA 4UW5A 2YROA 4W65A 4ASMB 1GKBA 4XJUA 1BJIA 1W20A 2EALA 5DZFA 5DZEA 1N1VA 4JC1A 1SFYA 1S0GA 4XJQA 2NM1A 1CQ9A 4WVWA 3I8TA 1J1TA 3CNAA 1HQLA 3AYDA 4WA3A 5GZDA 1X50A 3IPVB 3LCPA 1L7FA 2PHRA 3ASIA 1INFA 2UURA 1O4YA 4MWXA 2NN8A 1LEDA 4MWWA 2PHFA 1EUUA 4AVTA 1JHNA 3TI3A 5KXBA 3ZVXA 2VK5A 4GEZA 1G9BA 2AREA 5DG2A 1A4QA 5SV8A 1RINA 3OY8A 2GNBA 4BPZA 4B7NA 2YY1A 4GXLA 4XJAA 1GYKA 2ZACA 1N3QA 2D43A 2ARXA 1AVBA 2BF6A 4CPNA 1DQ0A 2W5OA 2XB6C 3CYEA 3WDYA 5T52A 5H9SA 2OVUA 4LBNA 1INXA 2YV8A 5JOYA 4Q8LA 4MX0A 4B7MA 2P34A 3SH4A 3T2TA 2UWBA 4M00A 2DVDA 3DUIA 1W6MA 1AF9A 1NXD1 1DQ4A 1S0BA 4QNPA 1QNWA 2AH2A 1KITA 1LOBA 1N1TA 4GWNA 3SANA 1W6OB 4GZWA 4LBQA 1V6KA 1INGA 1KDMA 4MC7A 1GZCA 1PZ7A 4R9CA 1V6MA 1LECA 1G86A 3MPPG 1LOFC 1XQNA 3B3QE 3N7LA 3WNXA 1HLCA 1VIWB 3M2MA 4MYEA 2R16A 1IOAA 3K36A 4YGBA 1UMZA 4R9AA 1V2IA 3TICA 3O9KA 4FPHA 1SCSA 4HL0A 1LODA 4TYSA 2QWKA 2C4AA 4YM0A 4H52A 1V0ZA 2VW2A 3V0AA 1DILA 1IVFA 4YZ5A 1NCBN 1ONAA 3CKZA 2CTVA 4NOTA 4YZ2A 3ZSJA 5EXOA 5H9PA 3APBA 4GB1A 2YDTA 3WDUA 4P9XA 2UU8A 2W68A 3BOPA 1QKQA 3B69A 3ZPYA 2YDPA 1JYIA 1DBNA 1A14N 1G9FA 4YM3A 3V64A 3NWKA 4P14A 2ZGNA 7NN9A 1AZDA 1A8DA 1AX2A 2FHRA 2DVBA 4FOVA 4YW1A 3AZVA 3MEPA 1Z0HA 5GJ6A 2HT5A 1XOEA 1GICA 3AFKA 2JE9A 1SBEA 3SISA 3VUOA 1Q56A 1C4RA 5T5LA 1B09A 2ZHLA 2A70A 1W8OA 1Z4YA 1LU2A 3GVJA 4GZPA 2VVZA 2F27A 4C1XA 5B2DA 1MS1A 4WA4A 4AYUA 1W0PA 2F12A 3T1EA 3VKFC 2HT8A 1DIMA 1LEMA 2A3XA 2JKBA 2EAKA 5F5QA 3OBTA 1RITA 3OJBA 1V0EA 3IPVA 4FQ4A 5KXCA 2Q5TA 4YM1A 1Q8PA 1IVBA 1GNZA 2D6KA 3AJYA 3USUB 2D6OX 2VSMA 3INAA 1YXWA 4BLIA 1W1XA 4XHXA 3M3CA 1NMCA 1N47A 3D5OA 1CPMA 1F9KA 4GZTA 1YO8A 4TZDA 3ZXEA 4KS1A 2QWHA 1N3PA 1QU0A 3H71A 2AR6A 3D6EA 2A3YA 2ARBA 1S0FA 4QN6A 4K1HA 2QWIA 3SITA 1E8UA 4GZXA 1N1YA 1BQPA 1NNBA 1IS5A 1DGLA 4FP2A 5DUVA 2HU4A 2ZB5A 4NCSA 2HYKA 4L8QA 4Y20B 3RSJA 4F83A 2EIGA 1LU1A 4FZHA 2QWAA 3SH5A 4LBLA 4Q27A 2P3JA 3A0NA 2BERA 1CIWA 2DU0A 4FVVA 1GANA 3GVLA 3ZSKA 3WUDA 1DYPA 4ZKTB 4WEFA 3CL0A 5GZGA 2AUYA 3FUQA 1W6OA 2VSKA 1OQ1A 1Z4VA 4GALA 4Q6KA 2WT2A 3SILA 5IK7A 1VAMA 3AP7A 2R0HA 4M4UA 4Y1ZA 1YYNA 1INWA 3WUCA 2DTYA 1G9CA 5GLVA 1BJQA 1Z4ZA 5L73A 2P2KA 4HZXA 1D2SA 2A3WA 4QN3A 1DYKA 5HUMA 1WW4A 4XIOA 3PVNA 4FPFA 2OUHA 2CNAA 1GV9A 4I30A 2RHPA 4ATFA 2P37A 4GKXA 1V3DA 3GNEA 2CYFA 1F5FA 3WVJA 3O0XA 3AYAA 1DQ1A 3POYA 4XDQA 5T5OA 2ZB6A 2B7YA 1LULA 2VU9A 1G7YA 4M3CF 1D0HA 1UZYA 1LTEA 4XOGA 5JOXA 3W09A 4GZOA 4MWVA 5GM0A 2UWAA 1W8NA 4CPOA 1XOGA 3A4UA 1AXYA 4XTPA 3UJQA 4YM2A 4SLIA 4M3MA 1AJOA 1ULCA 2E7QA 1CN1A 2ES3A 1W6NB 2AENA 4GZQA 4MWRA 3N36A 4H53A 4BM8A 1H30A 1IVGA 5GLTA 1LHUA 1H9WA 1N3OA 3N7KA 4RL7A 5GZCA 2ZGOA 1I3HA 2HTYA 4LBQD 4MWQA 4FOWA 4BOWA 1YRZA 2VW1A 2D6MA 4FPCA 4K20A 3FBYA 3T1MA 1RIRA 1C1LA 1LHNA 3AXEA 2QWGA 3V65A 5JOZA 3AZWA 2TEPA 3WLUA 2D44A 5CAZA 3SNMA 2XCYA 1PZ9A 3SALA 1MS4A 2UWCA 2W39A 5HUKA 1F8DA 5CB7A 5T50A 4YG3A 1JBCA 4IQPA 4AWDA 3GALA 3SH3A 2PHXA 4YZ4A 3AK0A 3AZXA 5IK8A 3ZSMA 4UW4A 4HZWA 1IKPA 2HT7A 4MZAA 3AP5A 3NV4A 5DUXA 3UL2A 1V6OA 2VH9A 3RS6A 4FJ6A 4K1ZA 4Q1PA 1DQ5A 1MS5A 1LENA 3IMNA 3ZXFA 1EUTA 1QNYA 3AX4A 3AYCA 4AGRA 4XJRA 4QN7A 5HUGA 3N7JA 2PHWA 1B9SA 1DQ2A 4WA5A 2WT1A 1LCLA 4P9YA 1SLAA 1SCRA 2ZHNA 4XJ9A 1QF3A 4PQ9A 3TB0A 2D6NA 2E6VA 1UAIA 1QGLA 2A71A 3JUUA 2E53A 3WG2A 4GJTA 3KM5A 2AEQA 5M1ZA 3OPZA 4PCRA 3K37A 5GZFA 2ENRA 2NP0A 3POWA 1MVEA 2G4IA 3WZ1A 2SBAA 4WV8A 1A78A 3O9JA 1LHWA 5CA6A 1LGNA 1SNTA 2A6XA 5JDBA 4WVVA 1LESA 2VY0A 1BYHA 1IVEA 2DTWA 3DGTA 3AYEA 2D3RA 4XJZA 6NN9A 4J9TA 1V00A 2R0FA 1Z78A 2A75A 1A4GA 2EF6A 1AXZA 2BZDA 1GZWB 5GLUA 2X9MA 3K3AA 1W0OA 3V0BA 2D3SA 5IK4A 1L7GA 1S1AA 4PBOA 4NO4A 5LK5A 4K1IA 4M4NA 3UJOA 4OZXA 3H73A 5DXDA 2W52A 1USRA 1Q8OA 4K3YA 4XBNA 3BEQA 2ZA9A 4Y1YA 3D4KA 3O0VA 4Y22B 3WDTA 1F31A 4AVVA 1Q8VA 1V3EA 3PVEA 3CL2A 1HDKA 2WSVA 2GN7A 3SLIA 3H0OA 4QN5A 3BIWE 5F9TA 3TIBA 1FV2A 4M3CB 2F24A 2EXKA 4XTMA 4MJVA 2ZGKA 4KS3A 4PF5A 3POSA 3B7EA 3VKOA 3OGGA 2XZKA 1INYA 1KJRA 3PJQA 1B9TA 2KM2A 2JDZA 1YIFA 2C4LA 2WJSA 4DQAA 3OBRA 3AP6A 2EXJA 2F29A 3O12A 2A6VA 2XG3A 2R49A 3ZYPA 5EYXA 3U4XA 1V6LA 2W38A 5CNAA 1GLHA 3MW4A 1GZ9A 4JCKA 5JLVA 1BXHA 4K1YA 1YI7A 1V3CA 1QOSA 4KS4A 4KS5A 1Z4WA 4LBKA 3AJZA 3INBA 1L7HA 4XXPA 4XXAA 4Z8BA 1NMAN 2WT0A 4X4AA 4YW5A 1SLIA 5E89A 1ULEA 4YFWA 1ENRA 3JU4A 1CESA 1Z4XA 1WD4A 4MWJA 5HUNA 2RKCA 1SACA 4YGCA 1Q8SA 3Q9OA 3HR9A 4GDJA 5DUWA 1PZ8A 2E51A 1MS3A 1WLDA 4XZPA 2DUOA 3LSDA 4GWMA 1CR7A 5AVAA 3WCSA 2XZJA 3ALXA 1LJ7A 2HTUA 1APNA 1GSLA 1JYCA 3M3QA 2PHUA 4UF7A 1EUSA 3NV3A 2EXIA 1INHA 4Q2FA 1FNZA 4GDIA 2ZGLA 3O5SA 3QCWA 1O4ZA 5JOWA 2D3PA 3PMEA 1ULDA 3OY8B 1AX1A 2GMEA 2CWMA 2WLQA 5HX0A 2YA4A 3KQRA 1KRIA 1DLLA 4FPKA 1MZ5A 4XJ8A 1WW5A 3AP9A 3ILFA 4MWYA 3ZYRA 1QDOA 2D7FA 3WDWA 3N7MA 4QN4A 1JOJA 4ISRA 1UZZA 5T5JA 4FPLA 2CWSA 2YMZA 1LOEA 3C2UA 3BTAA 1A3KA 3FUOA 2GNMA 2NZ9A 3TI8A 2PELA 5FRAA 4FPYA 3N3HA 1LHOA 2V73A 2F0ZA 1WLWA 2YXSA 5BYNA 4AVSA 3RQ0A 4CPLA 2F26A 3WHUA 1V6IA 1VCUA 3TAYA 2WKKA 3TIAA 4XILA 3TI5A 5DZGA 1WCSA 4YGEA 3M3OA 1NCAN 1USXA 1VAVA 2AGSA 2ZMKA 2VWDA 3AP4A 1NNCA 1V3BA 4GA9A 1H9PA 3FFZA 2DWRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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