1MS9A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with lactose
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme of Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 184
structure length 622
sequence length 631
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms9A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms9A01
1Q8VA 4P14A 1B9VA 1YO8A 4FPCA 5T5OA 4ATFA 4CPMA 1INWA 2EIGA 1YRZA 1INYA 1GICA 2B7YA 1Q8QA 1PZ9A 4RL7A 1Z4ZA 3AP6A 2DUPA 5B2DA 3ZXJA 3IN9A 5CA6A 2VW1A 4XBNA 1DQ4A 4LBQD 1GZWB 3NV1A 3R4SA 1AXZA 1SLLA 1F5FA 3FFZA 5IK5A 3CNAA 3O0XA 2A5ZA 1WBLA 4Q26A 4KS2A 1AVBA 2QWJA 5GLWA 2NZ9A 2VUAA 4CRQA 3R4UA 2ZMNA 4FPKA 3O0WA 1QOSA 2YA4A 5GM0A 1HLCA 1N1YA 2C5DA 3ATGA 3B7EA 2YXSA 3LCPA 2BATA 5T52A 2YZ4A 4QNPA 1NSBA 3MW4A 1Z4YA 1V6KA 1V2IA 2TEPA 5HUGA 4QN3A 1UZYA 1V6NA 2ZB5A 4FPGA 4B7NA 3RRDA 1LESA 1HDKA 2VSKA 3OYWB 1IVDA 2HT5A 2OUHA 4FPEA 1IKPA 3WDXA 1NMCA 4FZHA 2A6YA 1SACA 4IQPA 3USUB 2D3SA 1LHUA 4FJ6A 2JD4A 4LBNA 2AYHA 3A0KA 5F9TA 3UL2A 2DVGA 1JYCA 4M01A 3OY8A 1L7FA 5GLTA 1C57A 4WA4A 3LSEA 2ENRA 4GKXA 3AXDA 4FVKA 1V3DA 1MS3A 4Y20B 1HKDA 3M3EA 3NV2A 2P37A 4XHXA 4KS3A 4QN6A 4M3MA 2ZA9A 2FHRA 4GKYA 5KXCA 4UW5A 4Q8KA 1W21A 3WDTA 4FOQA 3TI6A 2DVAA 1CR7A 1G9FA 2ZGUA 4MZEA 3OJBA 4Y1UA 2A3XA 2R16A 3PVEA 2WJSA 1D2SA 2JE9A 1GV9A 2RHPA 2HU4A 2ZACA 3SH5A 4B7QA 3AZWA 2CWSA 5EYYA 2GALA 1LGNA 4WVVA 3SNMA 2A7AA 2D6PA 3CL0A 4B7RA 2AEQA 4DQAA 1X50A 1CPNA 5EYXA 4AGGA 4MJVA 3KM5A 1JUIA 4M4VA 5JLVA 3WG3A 1WLWA 4JCKA 4GDJA 1LENA 4AGVA 2EXKA 3WZ1A 2GMPA 4FP2A 4NC5A 3WCSA 4XIKA 3T2TA 4RA0A 3NV3A 1LHVA 2NMOA 5IUQA 1NNAA 3AK0A 4YGEA 4YG6A 1MVQA 2F29A 1BJQA 5JOYA 2F0ZA 2OW4A 1UL9A 4MC7A 1JBCA 2A6VA 4XTPA 2UWBA 1FNZA 2QWAA 2JKBA 4MWVA 2E7TA 4QN5A 4NO4A 1NXD1 3POSA 2BZDA 4LBLA 3WNXA 3I8TA 2GNDA 1GNHA 1G9DA 2A3YA 1NNBA 4YGBA 1BZWA 1LCLA 3WDYA 2WT0A 1URXA 5T50A 2JJ6A 3MW3A 1AXKA 4K21A 3ZSKA 5FRAA 2HTUA 2VU9A 4FOWA 1XOGA 2C4LA 4XMIA 2D6OX 4KS5A 5SV8A 1S0CA 3FUQA 4YZ3A 1SLIA 1MACA 4HANA 1DQ1A 4Y22A 1DQ2A 5DG1A 1WBFA 1VIWB 2XB6C 4NN9A 2I2SA 4GZOA 1NCBN 2YV8A 2NN8A 4MWWA 5HX0A 3WVJA 1SBFA 1YXWA 2ZGTA 1SLTA 1HQWA 3HN1A 3FBYA 3AX4A 3IKWA 1W6NA 2JDZA 3ILFA 3FLTA 4LBQB 1WW6A 2ZGRA 4DFSA 3RQ0A 3OBTA 3MPPG 3V0BB 1JYIA 3AJYA 1VCUA 2D3RA 4ATEA 4YW4A 3GVLA 5JVVA 1S0EA 2WKKA 3VKLA 3B69A 4XDQA 5T5LA 3C2UA 3IM0A 3CKZA 4HZXA 4WV8A 4FOVA 1Z78A 2WQZC 3PMEA 1WLDA 4WZFA 4BMBA 1KQRA 4H55A 5JOXA 2DTYA 2WSUA 5F5QA 3ZSJA 3H73A 1F9KA 3MEPA 4BBWA 2PHRA 3NSSA 4QN4A 1A14N 1AJOA 1GZCA 1N3OA 1Z4XA 2W38A 1W6MA 2AGSA 4ZXKA 3H72A 1IVBA 1LECA 2GNTA 1BQPA 5H9RA 1SO7A 3CYEA 3A4UA 1ULCA 2GMMA 2NP0A 3ZSMA 3V0AA 3K36A 2XG3A 2VK6A 3AZVA 2R1BA 4K1JA 3WG2A 3AP5A 4CTEA 3VKFC 7NN9A 5DXDA 4XJQA 4XE9A 2ZHMA 4I30A 3AP4A 1RITA 1ENQA 3PVNA 1USRA 2W20A 4JRAA 1Q8SA 4DPNA 3NN9A 2VW0A 4AGRA 1VCJA 4GZQA 4J9TA 4FPJA 2YA6A 1UMZA 3O12A 2KM2A 2HU0A 2DU0A 1OKQA 4M3CF 3GALA 2GN7A 2VSMA 2DYCA 5H9QA 2ARBA 3B3QE 1DLLA 5KXDA 3OY8B 2ZHKA 1V3BA 1WUVA 1W0PA 1Z4WA 3T1LA 1MWEA 1LOFC 1APNA 5DUWA 3VKNA 5GZFA 1BJIA 3D4KA 4Q8LA 2EXIA 4M4NA 5GLZA 1F8CA 1GBGA 1A3KA 4YG3A 1FV2A 1G7YA 4YZ2A 1LGCA 1AJKA 4YW5A 3UJOA 1QMJA 5H9SA 3AYCA 4Y1VA 1U0AA 1AX2A 3M2MA 5KXBA 4U2AA 2BERA 1MS1A 1UAIA 1IS3A 3WUDA 3WHTA 1LOCA 5E8AA 1LODA 1AXYA 2D3PA 5CAZA 1D0HA 2GNMA 4UW4A 2F25A 1J1TA 2DUOA 3N7LA 4NCSA 4FPOB 4K1KA 5HCFA 3TI5A 1V00A 1EUUA 5GLUA 3TICA 1DIMA 3O5SA 1LOFA 5JOZA 4MWUA 1LHNA 1BXHA 2PHTA 1KITA 2WT2A 1SLAA 1GLHA 3W09A 1B09A 1MS5A 5L73A 4XZPA 3GNEA 3R05A 2ZABA 4XILA 2ZGOA 3N3HA 4UW3A 1WCQA 1FNYA 1INGA 1GZWA 3AZYA 2OUJA 3JUUA 1A4GA 4YZ4A 4UW6A 3KQRA 1AX0A 2VXRA 2VK5A 3A0NA 1S0GA 4XOGA 3H6JA 1INFA 4CPNA 3WCRA 5IK4A 2XZJA 4MWLA 1GANA 2CTVA 4XJZA 4F83A 3V64A 2B8HA 2BF6A 1LGBA 4PBOA 2UWCA 3RS6A 1A78A 3GVJA 3WDUA 3BEQA 1HQLA 4C1XA 4C1WA 2LTNA 2R0HA 4WVWA 2ZMKA 3D12A 3WV6A 1B9SA 2V5YA 4R9DA 2RKCA 2VVZA 1NSCA 2AUYA 1EUTA 2PHUA 2XCYA 4AWDA 1B9TA 4DRVA 1N1TA 1WD4A 4P9YA 1LU2A 1MS4A 2W68A 1JW6A 4BLIA 4MWYA 2EALA 4Q27A 2HTVA 2YMZA 4MWJA 1ENSA 1VALA 2YA8A 4YFWA 3TIBA 5GJ6A 1W6QA 2W39A 1EUSA 1Z0HA 2EXJA 5JYYA 3JU9A 2PHWA 2EAKA 3ZVXA 2DTWA 3AYAA 4Y22B 5M1ZA 1FV3A 2P3KA 3T1EA 4GJTA 3TI4A 3HMYA 5GZGA 3USUA 3APBA 1QGLA 2GN3A 1V0ZA 5DUXA 1LTEA 1IKQA 2BQPA 4CPZA 2AREA 1SLBA 2OVUA 3M1HA 2R49A 1R1ZA 4GXLA 1S0IA 1ULEA 1LOBA 4DRRA 4YLZA 4YZ5A 2ZGKA 2QWKA 3JU4A 4YM3A 1W6NB 4ITCA 1G86A 2WSVA 1A4QA 1C1FA 4Y20A 3WUCA 1VLNA 3A71A 3AZZA 4MZAA 1DFQA 2QWEA 4MWRA 4KS4A 1NSDA 1S0DA 1DQ6A 1CPMA 4M3CB 1SLCA 1WD3A 2DV9A 1QOTA 4YM1A 3POYA 4PCRA 2ZGPA 5CB7A 3DUIA 1ONAA 3VUOA 4UF7A 1INHA 1V6JA 4GZSA 4CZSA 1F31A 2F28A 3OGGA 2R1DA 4XTMA 4HZWA 3IMNA 4AYUA 2Q5TA 2XZIA 4GEZA 1LOGA 3WHUA 3GVKA 4W65A 4FP3A 3HR9A 2E7QA 3SANA 3OPZA 1W6MB 3L2YA 2ZGMA 2E6VA 4GALA 3UK9A 1Z50A 1DHKB 3W58A 2YY1A 2DURA 3BOPA 4XJUA 4GWNA 3POWA 1FYUA 3K38A 3WOGA 1H9PA 4ASMB 3K37A 4GZXA 4X47A 1LULA 4K1ZA 4PQ9A 2A6XA 3PVOA 2E51A 1PZ8A 2QWHA 3BIWE 2HTQA 1DBNA 2ES3A 2F12A 3WDVA 2D7FA 1W6PA 3M3CA 1O4YA 4Q2FA 1PZ7A 2WLQA 4LBKA 1RIRA 4MX0A 4YGCA 2CY6A 1GYKA 3ALXA 3B00A 3QCWA 1QDOA 1N3QA 3ENRA 5CBLA 1G9CA 2DWRA 3ZXEA 4R9BA 4Y1XA 2Z42A 4BM8A 2SBAA 5EWSA 2NMNA 4HZZA 5GLVA 3N7KA 3D11A 1LU1A 1MR5A 1G9AA 4WA5A 1DILA 4XHBA 4GZWA 2VH9A 2WT1A 3TIAA 1DQ0A 1KJRA 1USXA 1ULDA 1MZ6A 2SLIA 1IS6A 4MWXA 2YROA 2F10A 4FPHA 1CQ9A 1SBDA 1W6OA 4NOTA 3M3QA 1V0EA 1W8OA 4ZKTB 1DIWA 3TB0A 4ISRA 3TAYA 3K3AA 3AJZA 3A72A 4P9XA 3N7MA 4AVVA 1F8BA 2CYFA 2AEPA 5NN9A 4MYEA 1JN2P 2YDPA 3ILNA 5GZDA 4LBQA 5KXEA 1DGLA 1NCAN 2W5NA 1I1EA 4FPYA 4GDIA 4SLIA 1SCSA 5HUNA 5HCBA 3ILRA 2C9AA 3AYEA 1W0OA 2ZGQA 4OZXA 3ZSLA 4WEGA 2PHXA 4WEFA 3IPVA 3BTAA 3AYDA 5DZFA 1QOOA 1INVA 5JDBA 1SBEA 4LBJA 2F11A 3ZXKA 3N7JA 2P34A 2SIMA 4HZYA 1NNCA 3O9KA 4TYSA 3AXEA 1N47A 2H0BA 4X6KA 1JHNA 1VAMA 4FOYA 1IS5A 3PJQA 4GWMA 5HUKA 1ULFA 2HTRA 3MW2A 2QWGA 3NWKA 1NCDN 1TEIA 4GB1A 2ERFA 2LALA 3ZPYA 4YG0A 2VK7A 4B7JA 5H9PA 1MS9A 4Y1YA 3H0OA 3H71A 3V65A 1V0FA 4XJRA 1DYKA 3INAA 1CN1A 5IK7A 1LJ7A 2W5OA 1LOEA 3VKMA 4LBMA 1L7GA 2HT7A 2GDFA 3FUOA 1IS4A 1CIWA 4YW3A 4YW2A 2UURA 5DUUA 4Z8BA 2JECA 2P2KA 3SH3A 1NMAN 1WLCA 4M4UA 2QWBA 4K1IA 3N35A 2FMDA 1FX5A 2CMLA 1MS0A 2GMEA 3U4XA 1WW7A 1W6QB 5T55A 2P3IA 3VV1A 2AR6A 3VKOA 1CESA 4YW1A 1LOAA 1W1XA 4H53A 2D6LX 3SITA 1Q56A 2VW2A 5JOWA 2D6NA 1JOJA 3LSDA 2V73A 1SNTA 2YDTA 2D6KA 4P9WA 5GZCA 2DVDA 1KRIA 2E53A 1OQ1A 5T54A 1BKZA 2D43A 4BQ1A 4HL0A 1VAVA 4U36A 2HTYA 5T5PA 3B9CA 4HIZA 2ZKNA 3OBRA 1WW5A 1Z4VA 1MVEA 2EXHA 5IK8A 2DVBA 4Q1RA 2F27A 3ZYRA 4AVTA 3SALA 1NLSA 4FQZA 4CPLA 1LEMA 2G4IA 1V6MA 4GZTA 1MS8A 4D69A 1L7HA 4X49A 3WG4A 3N36A 2QWDA 3TI8A 4WA3A 4QN7A 4YM0A 1LEDA 1UN1A 4BLJA 3ASIA 4Q6KA 2YA5A 1S0BA 2HTWA 4K20A 4DS0A 1IVFA 4XXPA 4M00A 5DZGA 2VY0A 1V3CA 4JF7A 3OYWA 4LBOA 4PBPA 5DZEA 2UU8A 2D6MA 2NYYA 3ZXFA 3INBA 1MZ5A 1QF3A 1RINA 5HUMA 4K1HA 1E8UA 1IVCA 3W59A 4MJUA 4X4AA 1V6LA 2W52A 4H52A 4XBLA 4B7MA 4L8QA 1DYPA 5DG2A 2ZGLA 1N1SA 2X9MA 5EXOA 2R0FA 1AZDA 4BOWA 2AENA 2ZMLA 1QU0A 6NN9A 4AVSA 2EF6A 1KDMA 2ZB6A 3NV4A 4TZDA 4R9CA 1NN2A 1UX6A 1AF9A 1KJLA 1KDKA 2WNEA 4YGDA 2ARXA 3SISA 3M3OA 1AX1A 2A6ZA 2F13A 1GNZA 2VWDA 1W6PB 3ALWA 1DZQA 3SLIA 1S0JA 1UZZA 4BMEA 4XJAA 1IVGA 4XYXA 3TI3A 1CONA 5IT6A 4FPLA 4XXAA 4XBQA 4XJ8A 4PF5A 3SILA 2ZZJA 2YA7A 4FPFA 2JE7A 1ZA4A 1CVNA 2XZKA 1QNWA 1JXNA 4YZ1A 4KS1A 1C4RA 3K39A 1LHWA 2CWMA 1W20A 3O9JA 1F8DA 3UJQA 2A71A 5E89A 2F24A 4Y1ZA 5E88A 1H30A 1YYNA 5GZEA 1I3HA 2D44A 4CPOA 1QNYA 3Q9OA 1GSLA 1ENRA 3SH4A 3DGTA 1NMBN 1SFYA 4I00A 4JC1A 1YIFA 1N1VA 4YM2A 2A75A 1LHOA 4Y24A 2ZAAA 5DUVA 1G9BA 1YI7A 1FAYA 3AP7A 3RMYA 3V0AB 1XQNA 1WW4A 1Q8PA 1W6OB 1UPSA 4D8SA 1GKBA 5B2CA 4XJ9A 4FVVA 3RSJA 5GALA 4Q1PA 1SCRA 2GNBA 1Q8OA 2QWFA 2AH2A 2HYKA 1CJPA 2ZBJA 1E8TA 1GZ9A 1F8EA 3WG1A 4FQ4A 2A3WA 4CPYA 3FLPA 1UKGA 4M3CE 1A8DA 2CNAA 3WLUA 4K3YA 3RG0A 2NM1A 4XIOA 1INXA 3AZXA 2A6WA 3T1MA 3RMXA 1OFSA 5AVAA 2DUQA 4YFZA 1BYHA 2PHFA 1V3EA 1C1LA 2QWIA 3IPVB 1IVEA 3AP9A 2PELA 2ZHNA 4M3CA 3ZYPA 5LK5A 5FREA 3FLRA 5T5JA 4Y26A 2HT8A 4ISQA 2ZGSA 4KBBA 5BYNA 3QLQA 5HCAA 1W8NA 4XMAA 2W08A 4DGRA 2QWCA 3ZXLA 1XOEA 1G8WA 1O4ZA 2F26A 2CL2A 2UWAA 4K1YA 2ZGNA 2A70A 1EURA 2SILA 1E8VA 1V6OA 1S0FA 1FATA 2DVFA 2P3JA 3B01A 1N3PA 1EPWA 4GZPA 1IOAA 3D5OA 5JMCA 1NCCN 2DU1A 1DQ5A 1V6IA 4MWQA 4XJWA 4R9AA 5CNAA 3CL2A 1QKQA 4HZVA 1ULGA 1Y7BA 3I4IA 1ZM1A 2ZHLA 3O0VA 2C4AA 4GA9A 3D6EA 1H9WA 1WCSA 1S1AA 3BODA 4BPZA 1QDCA 3V0BA 3AFKA 3WDWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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