1MS9A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with lactose
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme of Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 184
structure length 622
sequence length 631
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms9A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms9A01
2F10A 2ZGKA 1MVEA 3VKMA 4JF7A 3AJZA 2D43A 4XZPA 5T5PA 4K1IA 4JRAA 1A78A 2WLQA 2HU4A 2DV9A 1MZ5A 2ARXA 1B9TA 1Y7BA 3AYDA 5KXDA 1V6KA 1GNHA 4UW3A 4TYSA 2A6VA 2ZGNA 4R9AA 3AK0A 3POSA 4XHBA 4Y1XA 3K39A 3WNXA 2OUHA 2EIGA 4HL0A 3ZSLA 2XZKA 4CRQA 3AP5A 3OBRA 1QOTA 1W6PB 1IVBA 2NYYA 4GZWA 3WDXA 3NV1A 1V6LA 4CPMA 1GV9A 1SLIA 1VALA 1AXKA 3M1HA 2ZGOA 1LODA 2AREA 1QOSA 1RINA 1N3OA 3GVKA 5KXEA 2R1BA 2WSVA 3SILA 4YG6A 3T1LA 5EWSA 3I4IA 1WLCA 3FUQA 3SH3A 2ERFA 2DTYA 5DZFA 2CWMA 3TI8A 2HYKA 4GWMA 1SBFA 3OJBA 4KS1A 4GDIA 1S0JA 4XTPA 5DZGA 5M1ZA 2W20A 1CVNA 4FPOB 3TAYA 1W6MB 2YA4A 2P37A 4ATFA 1SLTA 4AGRA 1QF3A 1WCSA 1VCUA 4M3CA 1EURA 4NO4A 2FHRA 2WT0A 1MS3A 2QWBA 4UF7A 2F28A 5JOXA 5JOWA 5HUMA 1AVBA 3WHUA 1N3PA 2P2KA 4Y22B 2SIMA 1GKBA 1PZ8A 1W21A 2EXKA 4M3CF 3ALWA 4MX0A 2F29A 3TIAA 2OVUA 4YZ1A 3WDYA 1O4ZA 3ILRA 4YGEA 3OBTA 4FP2A 1S0GA 4JCKA 4M4VA 1JBCA 2PHXA 4GB1A 1V0EA 2YA7A 5IT6A 3K3AA 4WA4A 3R4SA 3GNEA 1NSBA 1VLNA 4DFSA 1H9WA 2GNMA 5IK8A 5IUQA 4MWXA 3M3EA 3AP9A 1ULFA 1UAIA 4Q1RA 1G9FA 1AZDA 2D6PA 2HTVA 1LOGA 4FPKA 3NWKA 1MS9A 2DYCA 2PELA 4PBOA 1V6NA 3AZVA 4CPOA 1SLBA 1IKPA 4Q27A 2R0FA 1LTEA 1W6NB 2VW2A 1FNZA 1G9CA 3KM5A 4GKYA 1JYCA 1DZQA 1UPSA 3AXDA 4Y20A 3LSEA 1ZA4A 2C4AA 4XBNA 1RIRA 4GA9A 3V0AA 3WVJA 1N1SA 4GEZA 4I00A 2CNAA 1LESA 3WLUA 5GLZA 3FBYA 5BYNA 4AGGA 1W6OA 3VKFC 2ZMKA 5GZGA 3V0BA 2A7AA 1LHOA 4AWDA 1L7HA 1FNYA 1AX0A 3PVOA 1HQLA 5CB7A 5CBLA 1VIWB 1NN2A 3UL2A 5IK7A 4QN3A 5T55A 1APNA 4FVKA 3TI5A 5L73A 4GZOA 5GLVA 2EXJA 1F8CA 1IS3A 1UZZA 1Q8VA 1BJQA 2ZGSA 1IVGA 3R05A 4Z8BA 2YMZA 1GZWA 1Z4VA 2EXIA 4Y24A 5HX0A 1WW4A 1XQNA 1C1FA 4RA0A 4AVSA 2CTVA 2JKBA 1OFSA 4GZQA 1V3CA 2JECA 5JOZA 1LOEA 1CJPA 2BF6A 4X49A 1QOOA 4M3CE 1MS4A 1CIWA 2DU0A 1LEDA 4YW1A 4BLJA 5GLWA 1LGCA 1C1LA 1NMCA 3CL2A 2NP0A 3IM0A 2UU8A 3RQ0A 4NN9A 1QNWA 1DBNA 5KXCA 2D3RA 3Q9OA 2QWFA 3T1MA 4D8SA 5LK5A 1Q8QA 1MS5A 4MWYA 1FV3A 1LHUA 4M4NA 4XTMA 5T52A 4FZHA 4FJ6A 1LGNA 5HCAA 2C5DA 1WBLA 1DFQA 2PHRA 1WUVA 2GALA 2QWHA 1JN2P 1DGLA 4AVTA 2VK5A 1JYIA 4XYXA 4Y20B 1XOGA 3B9CA 3RS6A 5F5QA 5GZFA 4IQPA 3O0VA 1UL9A 3M3OA 1G9AA 6NN9A 3PJQA 4R9CA 4FOWA 4XHXA 1W6PA 1W6OB 4H53A 3ZYPA 2ZGMA 3AXEA 4Y1ZA 1G8WA 3WDVA 1V3EA 4XDQA 3SLIA 3ZXEA 3WCRA 4YG3A 5GLTA 3K38A 5DUXA 1FYUA 4FPHA 1BJIA 3CNAA 2XZIA 3ZXLA 2A71A 3R4UA 1DQ1A 1GZ9A 2V73A 4FQ4A 1MS1A 4HANA 3PVEA 4ZXKA 2OW4A 4XILA 3TI6A 4FPFA 3RG0A 1GZWB 4Y1YA 2PHFA 3ZSMA 1DHKB 3H6JA 1Q8PA 2VU9A 2VSMA 1ENRA 3VKLA 1LOAA 2EALA 1LULA 4B7RA 2E51A 2ZHNA 2Q5TA 2BZDA 1JW6A 2NN8A 1LU2A 3H0OA 2WT1A 3WG3A 2QWDA 4K1HA 1EPWA 4GDJA 4HZVA 2WJSA 3NV4A 1L7FA 2XCYA 1GBGA 2CY6A 2SLIA 2R1DA 4CZSA 1PZ9A 1AJOA 2ZGPA 4Y1UA 3RSJA 1IS5A 2DUOA 1V0FA 2V5YA 4GZPA 1WBFA 2HU0A 1Z0HA 1BQPA 3RRDA 4B7JA 4NC5A 1GZCA 2HTRA 4AGVA 1INHA 1ENQA 4KBBA 4YM1A 5T5JA 4YGBA 4W65A 4XJRA 1INYA 4DPNA 1LOBA 4QN4A 4UW4A 1V3DA 4MJUA 1V6IA 1WLWA 3WUCA 4HZZA 4QNPA 1W6NA 3ALXA 4F83A 3GALA 4GZTA 3O0XA 5DUUA 4MZEA 2P34A 1MS8A 2NMNA 2ZB5A 1SACA 1AX1A 1O4YA 2GDFA 5JLVA 3POWA 1LU1A 1JHNA 4YM3A 2WKKA 5EYYA 4PF5A 2ZGTA 1KDMA 5E89A 3M2MA 4YZ5A 2DVBA 2JE9A 4ATEA 5H9RA 5DUVA 1IVCA 3TIBA 3T1EA 4ZKTB 3O9KA 4U2AA 5H9SA 5T5LA 2GNTA 2YY1A 4ASMB 1LOCA 4K3YA 4P14A 4AVVA 3IMNA 1NNAA 1V0ZA 3SNMA 2ZHMA 1KDKA 3RMYA 4XJ8A 1SLCA 2RHPA 4WA3A 2LALA 4H55A 3VKNA 2HT5A 3ASIA 3CYEA 4GZSA 4JC1A 2ES3A 2P3KA 1LOFC 3WHTA 2X9MA 4XJ9A 2AUYA 2P3JA 3A4UA 1AX2A 2I2SA 1SBDA 1XOEA 1YRZA 2D6KA 3WDUA 2D6OX 2DVAA 4LBNA 5H9PA 1MWEA 3MW4A 1CESA 3N36A 1SO7A 1IS4A 4CPNA 3AZYA 4SLIA 1SNTA 2A6YA 4FOQA 1BYHA 3T2TA 1S0FA 2QWCA 2DWRA 2PHUA 2AEPA 2ZZJA 3SH5A 3UJOA 4PBPA 1LCLA 1ENSA 3ZVXA 3O5SA 4GXLA 4D69A 4HZWA 1NCDN 4FPJA 2ZABA 1AXZA 1E8TA 1IKQA 1GANA 3NSSA 4R9DA 1DQ5A 1GSLA 2SILA 3ZYRA 1DIMA 2F13A 3AYAA 1DYPA 3NN9A 4XBLA 4WZFA 1ZM1A 2YDTA 2W68A 4B7MA 3AX4A 1IS6A 1LHVA 4YZ4A 1ONAA 5F9TA 2WQZC 4Q2FA 2GNDA 3UJQA 3N7LA 4XXAA 3K36A 1F5FA 4XJAA 3N7KA 1S1AA 4BM8A 4FPLA 2W38A 2VY0A 4K21A 4DQAA 3WG2A 4LBKA 3JU9A 1HKDA 4PCRA 3N7MA 3KQRA 3LCPA 5KXBA 4FPEA 2HTWA 2JJ6A 4ISQA 4XIKA 1KRIA 2AEQA 3AYEA 2W5OA 4MWUA 3BODA 1WD4A 1W8OA 5DXDA 4CTEA 2H0BA 4M01A 4P9WA 4FQZA 1N3QA 4MWVA 3WOGA 5B2DA 1BKZA 1QU0A 1QKQA 1WW6A 2C9AA 1FAYA 1INXA 2QWIA 4DS0A 1IVFA 2F12A 1NCAN 1PZ7A 4M3MA 3HR9A 1NNBA 4YM0A 1INGA 1NSDA 4XMAA 1H9PA 2D6NA 3HMYA 2D3PA 1YI7A 1C4RA 3B01A 4Y1VA 2NM1A 2JE7A 2F27A 2XB6C 3ZPYA 3IPVB 3NV3A 3O0WA 5GZCA 2VXRA 1INVA 2WNEA 5GZDA 2ZHLA 2EAKA 3VV1A 3SANA 3HN1A 5EYXA 3SH4A 4X47A 2ZMLA 2B7YA 1CPNA 1D0HA 3UK9A 4P9YA 4UW5A 2BQPA 5JDBA 2FMDA 5JOYA 1SFYA 2A3XA 4HZXA 3AYCA 2DU1A 1YIFA 2PHTA 3ZXJA 2UURA 1WCQA 1D2SA 3MEPA 4BMBA 1UKGA 3WCSA 1GNZA 2UWAA 1LENA 1V00A 4BBWA 3A0NA 2W39A 1QNYA 2QWEA 2QWJA 4LBMA 4UW6A 4RL7A 3FFZA 5GJ6A 5T5OA 4YGCA 4FPYA 1UZYA 2KM2A 4K20A 2GN7A 5E8AA 2ZMNA 5HCBA 1WD3A 1UX6A 2BERA 1N1VA 1GICA 1S0BA 3H73A 4XBQA 3K37A 3AJYA 2CMLA 2W5NA 1W0PA 3N3HA 5NN9A 4FVVA 1ULCA 3AP7A 4LBQD 4YLZA 1Z4ZA 5DG1A 4DGRA 1CONA 2AYHA 4QN5A 2OUJA 1E8UA 4M4UA 1HDKA 2HTUA 2RKCA 2UWBA 1VAVA 2DUPA 3B00A 1L7GA 2F0ZA 4BOWA 3AZZA 1AJKA 1CN1A 1Q8OA 2A70A 1UMZA 1G9BA 4WEGA 3NV2A 4OZXA 1LHWA 4MWJA 3B69A 3AP6A 5DUWA 4C1WA 3ILFA 1JXNA 2ZGQA 4B7NA 1W6QA 2D44A 4BQ1A 4YG0A 1QGLA 1SCRA 2EF6A 4MC7A 4FP3A 3BOPA 4CPZA 3WUDA 3CL0A 4MWQA 5GZEA 2A6WA 1GLHA 4DRRA 4Q26A 4WA5A 3ZXFA 2G4IA 5AVAA 4YM2A 4MZAA 4U36A 3D12A 4YZ3A 3ZSKA 1A4QA 2XG3A 5FREA 3WG1A 1MACA 5IK5A 5T50A 4Q8KA 1NLSA 3D5OA 2D3SA 3O12A 4MYEA 4FPCA 1F9KA 1FV2A 3ATGA 3WV6A 1ULEA 4KS5A 1W20A 2YROA 4HIZA 5JYYA 1MZ6A 2YA6A 4I30A 3GVLA 3OPZA 2VK7A 4YGDA 2GNBA 5FRAA 3SISA 4K1YA 2ZAAA 5DG2A 1DQ2A 3A72A 5DZEA 4Q1PA 3N7JA 4GZXA 2W52A 4YZ2A 1B9SA 3OYWA 1IVEA 1V6MA 3MW3A 3BTAA 1G86A 1EUTA 1A8DA 2VW0A 1BZWA 1SLLA 3WZ1A 4GJTA 4NOTA 5E88A 1V6OA 1W1XA 2VWDA 3W58A 1CPMA 1YXWA 1TEIA 1OQ1A 3OY8B 1W8NA 4P9XA 2XZJA 3TICA 2ZGUA 1LOFA 1URXA 4NCSA 2F25A 4K1ZA 4X4AA 3M3CA 4ISRA 1EUSA 5CA6A 2BATA 4LBQB 3L2YA 3VKOA 1SBEA 4TZDA 3PVNA 1NMAN 1G7YA 3USUB 3AZXA 2HTQA 4YW2A 2HTYA 4HZYA 4XOGA 2NMOA 2ZGLA 4YFWA 3INBA 3AP4A 4XE9A 3ILNA 1W6QB 4XJZA 3INAA 3D6EA 4L8QA 1CR7A 2E6VA 4GALA 5SV8A 4LBLA 4FOVA 3QLQA 3O9JA 4ITCA 4GKXA 3I8TA 4WV8A 3ZXKA 5JVVA 4FOYA 2JDZA 3IPVA 3V65A 2F24A 5CNAA 1FX5A 1DYKA 4KS3A 1S0CA 4XJUA 5JMCA 4MWLA 2A75A 4BLIA 1DILA 1B09A 5IK4A 2YA5A 2C4LA 1NSCA 2YDPA 1MR5A 2VK6A 3OGGA 1N1TA 3MPPG 1B9VA 3WDWA 2ZB6A 5HUGA 1USXA 1YYNA 1JUIA 1LJ7A 2A3WA 1OKQA 4FPGA 4GWNA 2D6LX 2WT2A 1F8EA 2DURA 2E7TA 1WW5A 2VW1A 4R9BA 1F8BA 2YV8A 4BMEA 3N35A 2DTWA 2ENRA 2SBAA 1BXHA 1NCBN 1G9DA 2VVZA 2CL2A 4J9TA 1VAMA 3OYWB 4K1KA 2NZ9A 4LBJA 2A5ZA 3H72A 2HT8A 1ULGA 1H30A 5CAZA 1FATA 3IKWA 4PQ9A 2JD4A 3CKZA 3DGTA 3FUOA 4WVVA 2VSKA 4BPZA 2ZBJA 3WDTA 2YZ4A 5GM0A 3SALA 1S0EA 3LSDA 4M3CB 1N47A 1V2IA 1V6JA 5T54A 1MS0A 2HT7A 2AH2A 2E53A 4CPYA 4X6KA 2AR6A 1A4GA 1Z4XA 2F26A 2DVDA 1Q8SA 2R49A 3APBA 3ENRA 2VUAA 2B8HA 1NCCN 3PMEA 5GALA 4C1XA 1QDCA 4Q6KA 3C2UA 3DUIA 1VCJA 2DUQA 1LHNA 4XJWA 4XIOA 1Z4WA 1KJRA 2EXHA 2YXSA 3SITA 2GMEA 1DQ0A 2UWCA 4XXPA 3JU4A 2D6MA 1E8VA 2CYFA 3U4XA 3RMXA 1SCSA 2ZKNA 3BIWE 3W59A 1A3KA 4MWRA 2CWSA 4KS2A 1DLLA 3TB0A 2ZACA 2ARBA 4Y26A 1KQRA 1DQ6A 3FLTA 1ULDA 1J1TA 2F11A 1AF9A 2TEPA 1F31A 5B2CA 3JUUA 1WW7A 3D4KA 3ZSJA 2GN3A 5HUNA 1A14N 4QN6A 1RITA 1QMJA 1W0OA 3V0AB 1UN1A 2W08A 1HLCA 1LEMA 5H9QA 1QDOA 1NNCA 3QCWA 4YW4A 4XJQA 1LECA 1N1YA 1USRA 2QWKA 2LTNA 3V0BB 2AENA 2GMMA 2Z42A 2ZGRA 4B7QA 1SLAA 3A71A 2PHWA 4Q8LA 4AYUA 1Z50A 2DVGA 1EUUA 1Z4YA 3A0KA 4MJVA 1CQ9A 4WVWA 3GVJA 4QN7A 3B7EA 4CPLA 2ZHKA 2D7FA 2A3YA 3TI4A 3OY8A 1W6MA 4YFZA 1GYKA 1DIWA 1X50A 1JOJA 2ZA9A 3IN9A 5GLUA 2AGSA 2P3IA 3POYA 1KITA 4LBOA 1NMBN 4LBQA 1INWA 1IOAA 2QWGA 3D11A 1YO8A 1HQWA 3MW2A 4Y22A 3USUA 1I1EA 5HUKA 4H52A 1S0DA 2DVFA 3TI3A 3FLPA 1Q56A 5EXOA 3AFKA 2QWAA 1NXD1 1R1ZA 1IVDA 4MWWA 1INFA 1MVQA 2R0HA 4M00A 4WEFA 4YW5A 3BEQA 4YW3A 3AZWA 1I3HA 2R16A 2GMPA 1V3BA 1Z78A 2E7QA 3FLRA 1C57A 3B3QE 1KJLA 1S0IA 4XMIA 2A6ZA 2A6XA 3M3QA 3V64A 5HCFA 4KS4A 7NN9A 1DQ4A 3H71A 3VUOA 1F8DA 3WG4A 1AXYA 1LGBA 2WSUA 3W09A 2VH9A 1U0AA 2YA8A 4DRVA 1WLDA 4K1JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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