1MS9A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with lactose
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme of Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 184
structure length 622
sequence length 631
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms9A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms9A01
2LALA 3NN9A 1CR7A 2DWRA 2SBAA 4FPKA 4KS5A 2VK5A 2A75A 5DG1A 4FVVA 4LBKA 3V0AB 2A6ZA 3DUIA 4H53A 2HT5A 2GN7A 1W6PB 3N7KA 5JMCA 3OY8A 3M3CA 2DURA 3AP7A 2ZBJA 1YI7A 2YDTA 2EALA 1C4RA 4HL0A 4MWWA 2WSVA 1Q8PA 2CWSA 2PHTA 4K1ZA 4B7MA 2C9AA 4H55A 1SLLA 1LHNA 1DGLA 4YZ4A 4KS1A 3FLPA 2CYFA 4XJWA 1QF3A 2NYYA 4FPHA 3WDWA 4XYXA 2QWEA 4FPYA 4D69A 1VALA 4B7QA 2AH2A 3SITA 2DVFA 2DTYA 4DS0A 1VIWB 1W8NA 4R9DA 1LHOA 4JF7A 5T50A 1A3KA 3O5SA 5H9SA 1CPNA 3N36A 2B8HA 4K1IA 2DVAA 2D43A 1NLSA 3K3AA 4Y24A 2NN8A 2A6VA 5KXDA 1AF9A 1S0JA 3ZYRA 3BIWE 4JRAA 1C1LA 2ZGTA 3BODA 3GVKA 5JLVA 3GALA 1N47A 4MWLA 1UX6A 2XB6C 2YY1A 1SNTA 1IVBA 5H9QA 2OUJA 3MPPG 4Y26A 2ZHMA 2EXJA 3WG3A 2P37A 2W08A 3FUOA 2HU0A 2UURA 5HCAA 4B7JA 4YG3A 4CPLA 1CONA 3UJQA 1L7FA 4AWDA 1LEMA 3AJYA 1WUVA 2HTQA 1VLNA 3AXDA 4YW4A 1G9AA 2BERA 1IOAA 5E88A 2YROA 3V65A 2ZGKA 1Q8OA 4XIOA 4M4NA 3WOGA 4YZ2A 4MWUA 5HX0A 3WG1A 3ENRA 5LK5A 1ZA4A 3FLTA 1S0IA 3WCRA 1J1TA 3WCSA 1W20A 3AFKA 5KXEA 1DQ5A 2PHFA 1VCUA 3NWKA 3RQ0A 4BOWA 4ASMB 1INGA 1ULCA 4MWRA 5CAZA 2ZGRA 1H9WA 1GNHA 3ALXA 2HU4A 4MC7A 4BBWA 4WEGA 4Y20A 1QOTA 3D4KA 3A71A 3WUDA 3O0WA 4PF5A 2AREA 3FLRA 4FPLA 3UJOA 2JECA 3N35A 1KDMA 2GMPA 5T5OA 4BMBA 2HTUA 3T1MA 2QWGA 2WSUA 3BTAA 1S1AA 5GZGA 2A71A 3M1HA 2AEPA 2DVGA 4FPEA 4YGBA 4HANA 4ATFA 3D6EA 4YM0A 3ZSJA 2YDPA 2JKBA 1QNYA 1QDCA 2QWHA 1KITA 2EXKA 4BLIA 5M1ZA 1SLAA 4K1KA 3TI3A 3AJZA 2E7TA 4LBQA 2NMOA 2GN3A 1N1SA 2V73A 1PZ8A 1LGBA 1V6MA 1QNWA 2DVBA 4XZPA 3WHUA 1I1EA 2ZGQA 2SIMA 1V3DA 3SH5A 1QDOA 1KJRA 1W6QB 4YGCA 3TB0A 3WG4A 4LBOA 5CA6A 3A4UA 5E89A 1MZ5A 4AGVA 4XJZA 1DQ6A 3C2UA 1OKQA 2YA7A 3SNMA 2JDZA 3AXEA 1UKGA 5EYXA 4YG6A 4AYUA 4PCRA 2CTVA 2A3YA 5BYNA 4XIKA 1LU1A 1IVFA 2VK7A 4GDJA 4MJVA 2NP0A 2D6KA 3AX4A 4MWVA 3SLIA 1HLCA 1S0CA 3SH4A 4Q27A 3USUB 2NMNA 4FJ6A 2FMDA 3B01A 1Q56A 5HCBA 1URXA 2JE9A 4NCSA 1S0GA 2W38A 3IPVA 5GLVA 4CPYA 1JW6A 5GLWA 5GLTA 3ZXFA 1CN1A 3ZSKA 5KXCA 3M3EA 3O0XA 3VKLA 5HUMA 1Y7BA 2YA8A 1JYCA 1Z0HA 3K38A 5GM0A 4WEFA 4C1WA 1N1YA 1YYNA 3AZZA 4AVTA 4YZ1A 1IS3A 4BLJA 4XXPA 3K39A 5T55A 1DQ4A 4GJTA 2QWIA 4TYSA 2E53A 3K36A 1DYPA 5T5LA 4HZZA 2R0FA 2PHUA 5DZFA 1LHVA 3MW3A 3TIBA 3RRDA 1S0BA 2F10A 2KM2A 2ZGMA 1H30A 4WA4A 4XJQA 4P9XA 1KQRA 4X4AA 1YXWA 3ZXKA 1IS5A 4XTMA 2YA5A 3JU4A 4M00A 2HT8A 2AGSA 2VUAA 2ES3A 1RINA 1QGLA 1BKZA 2ZB5A 2ZMKA 1Q8VA 4Y1YA 5JOXA 1AXKA 2P3JA 4FP2A 4GZWA 4QN5A 3OJBA 1BJIA 1SBDA 1LESA 2CNAA 5GZEA 4GZSA 1B09A 3FFZA 3V0BA 1USRA 2DUOA 2A6XA 2ZGSA 3I8TA 1EUUA 1ONAA 2C4LA 2F11A 4XJUA 4R9CA 3NSSA 1NNCA 5JYYA 1NSCA 1W6OA 3WDYA 3LSDA 3POYA 4ZKTB 4GZOA 3VKNA 2C4AA 5F5QA 2F28A 4CPMA 4M4VA 4TZDA 3PVEA 2UWCA 5T54A 3O0VA 3UK9A 4CPNA 1INXA 2CY6A 3AZYA 3VV1A 4Y1VA 3NV4A 3PMEA 4LBJA 4K3YA 3CKZA 1ENSA 1FV2A 1GZWB 3HN1A 4XOGA 1LCLA 1NSDA 2F26A 3VUOA 1V00A 3APBA 4YFZA 3AYDA 1LGNA 1HKDA 1V6IA 1ULEA 4M3CE 3B3QE 3MW4A 3V0AA 4DRRA 5IK8A 1B9TA 4XTPA 1TEIA 1W6PA 1R1ZA 1MS8A 4OZXA 4X6KA 1QMJA 2JD4A 4FPJA 2W5NA 2D6PA 4J9TA 4B7NA 1SFYA 2GNDA 2ARBA 2WKKA 2EXIA 4K21A 4PBPA 4XDQA 1WW6A 1EUSA 3UL2A 1S0FA 3W59A 2XZJA 3TAYA 1DLLA 2WT1A 3I4IA 1JBCA 1DQ0A 1S0DA 3AP6A 2ZMNA 4MWQA 1NXD1 1LOBA 2VW2A 5GALA 1O4YA 5HUGA 1G7YA 4FP3A 2VVZA 4DGRA 1SLTA 2ZGUA 4UW3A 4KBBA 3B00A 3TI5A 1KDKA 4MJUA 4KS4A 1INVA 4BPZA 3L2YA 2QWBA 3WDVA 1MVEA 1Z4ZA 3M2MA 4XE9A 2F24A 3WV6A 5NN9A 2NM1A 5T5PA 4P14A 3RMXA 4F83A 4Y1XA 4M3CB 4MYEA 1MS4A 2ZKNA 4FPGA 3WZ1A 4BQ1A 2PHRA 4M3MA 1QOOA 1DIMA 1LULA 5IK5A 1GV9A 3RG0A 1MS1A 1MS0A 4GZPA 1AX1A 1CJPA 2PELA 2D6OX 1IVDA 4UF7A 1INWA 4XJRA 1SO7A 3OYWB 1B9VA 2HTWA 1GKBA 3GVJA 3O12A 7NN9A 1IKPA 1GZ9A 2P3IA 4B7RA 2PHXA 1F31A 1SCSA 2ZB6A 4YG0A 2E6VA 3IN9A 1USXA 3R4SA 4GXLA 3INBA 4GZTA 3FBYA 1BXHA 2LTNA 2A3XA 4MWYA 3ZXJA 4XJAA 4XMAA 2P34A 2F12A 3A72A 1V6JA 4WV8A 1V2IA 3PJQA 1HDKA 1SLBA 4WZFA 3T1LA 2CMLA 1L7HA 5DG2A 2XZKA 3N7LA 2OUHA 4YLZA 1G9DA 1G86A 2D6LX 1YO8A 4L8QA 4Y1UA 1LU2A 1NN2A 2YA4A 4GA9A 2BF6A 4YM2A 1JYIA 5IUQA 4XHBA 2YMZA 5DUUA 1LJ7A 1IS6A 1XQNA 2VW0A 5L73A 4P9WA 1HQWA 1ENRA 5B2CA 1WD4A 4UW5A 4IQPA 1APNA 1SCRA 4D8SA 1G9BA 3U4XA 1XOEA 1F5FA 4ISRA 5DUWA 4YM3A 2QWDA 4MZAA 3SILA 5HUNA 1DFQA 1F8CA 1GLHA 2ZA9A 1BZWA 4K1JA 2A6YA 1LHWA 6NN9A 1C57A 2HTVA 1UZYA 1W0OA 1W21A 3H0OA 3KM5A 1FV3A 5GZCA 3AP5A 4SLIA 5EWSA 3H72A 1AXYA 5JDBA 2BZDA 1MS3A 4GKYA 1GYKA 3ILRA 2EIGA 4QN6A 2WT2A 3LCPA 1BJQA 4Q8KA 4NOTA 1ULFA 1EUTA 3OBRA 1LHUA 1V0EA 3H71A 2A6WA 3O9KA 1LGCA 3SANA 3IPVB 1Z4YA 3ASIA 4FQZA 1KRIA 3T1EA 2EAKA 3LSEA 1W6QA 2WNEA 1O4ZA 1C1FA 1NMCA 2GDFA 1WLWA 4NC5A 4LBNA 4XJ9A 3SISA 2GMMA 2B7YA 1V3EA 3MW2A 4Q26A 4AVVA 4NN9A 2SILA 3HMYA 3TIAA 2D6NA 3WVJA 4MX0A 1JOJA 3BOPA 1IKQA 2VH9A 1X50A 1G9CA 3ZSMA 2HTYA 4M3CF 3AYCA 2R49A 5EYYA 2DV9A 1A78A 2F13A 2QWAA 3D11A 1LOFC 2FHRA 3ZPYA 2D3PA 4HZWA 1Q8SA 3AZXA 3AZWA 4Y22B 3INAA 1JXNA 2E7QA 3USUA 1LEDA 1NCDN 1OQ1A 3ZSLA 1WLCA 2R16A 4WVVA 1U0AA 4DFSA 4U2AA 4FPOB 3QLQA 1GBGA 5DZGA 1WW7A 5GJ6A 1INYA 1LODA 1JN2P 2I2SA 1B9SA 1WBFA 1KJLA 1D0HA 2PHWA 4QN7A 5E8AA 2ARXA 5IK7A 5HUKA 1PZ7A 3ALWA 5DXDA 1FATA 3NV1A 3K37A 2BATA 1CVNA 1NMBN 3PVNA 3V0BB 3AYEA 3VKMA 4BM8A 1W6NB 1FAYA 3GNEA 1WCSA 2XCYA 2TEPA 3ZXLA 3AYAA 1WLDA 4ATEA 1MS9A 4GWMA 4YGEA 1DHKB 5EXOA 1N1VA 3B9CA 3B7EA 1HQLA 1LOGA 1INHA 2EXHA 3KQRA 1F8EA 1E8UA 4JCKA 4K1YA 1IVCA 2P3KA 2XZIA 5T52A 4YFWA 4RL7A 5FRAA 3RMYA 3OY8B 1WW5A 4BMEA 2EF6A 5CB7A 1S0EA 5JOYA 1JHNA 1FNYA 4AGRA 5SV8A 2GNTA 4FVKA 1A14N 1W6MA 3OGGA 1WW4A 4GZXA 2GNBA 2ZGNA 2A70A 4MWXA 3WDXA 5F9TA 2ZZJA 4QN4A 4XJ8A 2D44A 2AR6A 4YZ5A 4GWNA 4MWJA 4ZXKA 3TI6A 3W09A 2OW4A 4QNPA 2YV8A 3AP9A 4KS2A 2W39A 1SBFA 4WA5A 3SALA 2H0BA 3GVLA 4FQ4A 2DYCA 1L7GA 4DRVA 1F8DA 1NCCN 3CL2A 4WA3A 1V6KA 1AZDA 1VCJA 1V3BA 1IVGA 1CQ9A 5KXBA 4XXAA 1GZWA 2W5OA 4R9AA 4YW5A 2QWCA 2NZ9A 4XMIA 5IT6A 1XOGA 2VK6A 1BQPA 2DVDA 3AK0A 1UAIA 3CNAA 4GALA 1NNBA 2VXRA 2DU0A 5B2DA 4JC1A 4WVWA 2QWFA 4FPCA 4LBQD 4QN3A 3ZVXA 1QU0A 2X9MA 3HR9A 1DBNA 1BYHA 2P2KA 4YW2A 3D12A 1H9PA 2ZGOA 3M3OA 3V64A 1MWEA 1V0ZA 5CBLA 1YRZA 4CZSA 5CNAA 1V0FA 2DU1A 2CWMA 3MEPA 1V6OA 2DUPA 1GICA 1E8VA 2WLQA 1CIWA 1V3CA 4GEZA 1UL9A 1V6LA 4YW1A 4UW6A 4GZQA 3WHTA 3TICA 1UZZA 3VKOA 2UU8A 1UPSA 4YGDA 4MZEA 3A0NA 2ZHKA 2ZGPA 4M01A 5IK4A 2VWDA 1DIWA 3IMNA 1ENQA 3BEQA 2VSKA 4HZVA 1Z78A 4HZYA 1G8WA 3ZYPA 3D5OA 2F25A 2YZ4A 4Y20B 2VSMA 1LTEA 1UN1A 1IVEA 1LOCA 1F9KA 4YW3A 1Z4VA 2G4IA 4GKXA 2AENA 1V6NA 1FNZA 1AXZA 3NV3A 1LOFA 1MVQA 1NSBA 3VKFC 4K20A 4M3CA 2V5YA 3AP4A 4Z8BA 4FPFA 3ILFA 1NNAA 5GLZA 3OBTA 3T2TA 4XBNA 3AZVA 3R4UA 3POSA 2GMEA 2VW1A 4U36A 4PQ9A 4H52A 2R0HA 1Q8QA 3OYWA 4Q2FA 2VY0A 1FYUA 5FREA 2ZHLA 1DZQA 4YZ3A 1Z50A 1ULDA 2GALA 2XG3A 4ISQA 5GLUA 5JVVA 2F27A 1NMAN 4LBQB 4K1HA 4W65A 1DQ1A 4NO4A 1QKQA 5HCFA 2W52A 1Z4WA 1A8DA 4FOYA 1QOSA 4C1XA 3WNXA 3Q9OA 4P9YA 2F0ZA 5T5JA 2WT0A 2AYHA 2SLIA 2A3WA 2ERFA 1AX2A 2UWAA 3WDUA 2R1DA 5JOZA 4Q1RA 1W1XA 5H9PA 3CYEA 4FOVA 1LOEA 3WLUA 2WJSA 2HTRA 2HT7A 3R05A 2Q5TA 4I30A 2DTWA 3OPZA 2ZGLA 4LBMA 2ZHNA 1N3OA 4R9BA 3TI8A 2YA6A 1EURA 4PBOA 1ULGA 1W0PA 1LOAA 1RIRA 2Z42A 4I00A 1GZCA 4FOWA 2RHPA 2ZMLA 3A0KA 1SLCA 4CPOA 1CPMA 3TI4A 5JOWA 4FOQA 3CL0A 4FZHA 4GDIA 2DUQA 2QWJA 1GNZA 1EPWA 3FUQA 2RKCA 4HZXA 2VU9A 3JUUA 3WUCA 4XBQA 1MZ6A 4GB1A 4Q8LA 1VAMA 1JUIA 1N3PA 5DUVA 4Y1ZA 4XILA 3N3HA 3O9JA 1RITA 1DYKA 3M3QA 2F29A 2D6MA 4CTEA 2AUYA 1F8BA 3H6JA 1AVBA 4XBLA 1WBLA 1AJKA 2AEQA 1A4QA 1DQ2A 2ZABA 1GSLA 1AX0A 3RSJA 1FX5A 2YXSA 1CESA 1MR5A 1Z4XA 4DPNA 3DGTA 1SLIA 3H73A 1WD3A 3ILNA 4Q1PA 2D7FA 4HIZA 1D2SA 2JE7A 2JJ6A 5AVAA 1INFA 5DUXA 1N3QA 3POWA 1ZM1A 4DQAA 1GANA 4CRQA 1AJOA 4Y22A 2ENRA 1I3HA 2CL2A 2A5ZA 1NCBN 3IM0A 4X49A 1PZ9A 5GZFA 2ZAAA 3W58A 4AVSA 4UW4A 1W6OB 4LBLA 3WG2A 4Q6KA 2W20A 1DILA 4ITCA 4X47A 1SBEA 1G9FA 3ATGA 3B69A 3QCWA 4XHXA 1UMZA 2WQZC 1N1TA 4RA0A 2C5DA 3N7JA 1MACA 3RS6A 3ZXEA 1WCQA 3WDTA 2ZACA 2A7AA 3IKWA 3SH3A 3N7MA 1W6MB 2R1BA 1SACA 1W6NA 1MS5A 2UWBA 1NCAN 4M4UA 2GNMA 2D3RA 2HYKA 5GZDA 5H9RA 2D3SA 4CPZA 4AGGA 1LECA 1IS4A 1VAVA 1A4GA 5DZEA 1OFSA 4YM1A 2BQPA 3JU9A 2E51A 2W68A 4KS3A 2OVUA 1W8OA 2QWKA 1YIFA 1E8TA 1LENA 3PVOA 3NV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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