1MS9A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with lactose
Total Genus 184

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme of Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
total genus 184
structure length 622
sequence length 631
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms9A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms9A01
4KS2A 1NCDN 5GLUA 1JN2P 4RL7A 4DQAA 4MZEA 1W6PB 3B7EA 1Q8VA 3H6JA 2ZHKA 4BLJA 5GLTA 5H9QA 2VK6A 4W65A 3M3CA 5DUXA 4XDQA 1V2IA 3M2MA 4YGEA 2AEQA 2CWSA 4B7RA 4BBWA 2NMNA 4MZAA 2HU4A 4MWRA 2EAKA 1RINA 5IK5A 4U2AA 3L2YA 6NN9A 4PQ9A 1LU2A 5B2DA 1VAVA 1V00A 1LOBA 4BPZA 1NCAN 3GVLA 3PJQA 1XOGA 3OYWA 4M3CF 1GICA 4AYUA 2A6XA 1NNCA 5JOYA 4GZWA 3SITA 3SH3A 1E8UA 3IN9A 3MW2A 2W38A 2P2KA 1A4QA 3N7LA 3W09A 2GMPA 1WLWA 2VSKA 5DZFA 2DVBA 5KXEA 2AUYA 2F11A 4PBPA 1V6JA 3OY8A 4H53A 1RIRA 4AVSA 1EURA 4Q27A 4LBJA 2CTVA 3LSDA 3AP4A 4XJUA 1IS3A 2ZBJA 3UL2A 1QU0A 4WVWA 3A0NA 1MS5A 5BYNA 3VKFC 3VV1A 1ZA4A 4CPOA 1IS4A 1CPMA 4FP2A 2I2SA 4H52A 3A71A 2WQZC 1NMCA 5JOXA 1C57A 1NSDA 1GLHA 2ARBA 2ZHMA 1BZWA 1B09A 3I4IA 1WCSA 1L7GA 1CIWA 4D69A 4QN4A 1V6KA 3SH5A 1GZCA 1HQLA 1G9CA 3O0WA 5DZGA 3ASIA 2V73A 4UF7A 4DS0A 4Q1PA 2F13A 1UAIA 1MS1A 2ZGUA 1Z4YA 3GVKA 1BJIA 3D11A 3SALA 1UX6A 4M3CA 1DGLA 4MYEA 4Y1VA 2YROA 3UJQA 1ULCA 1CVNA 1ENRA 5L73A 2GN3A 4FQZA 2CY6A 1A4GA 3WDTA 4WA4A 1W6MA 2PHTA 2ZMLA 4R9BA 3OGGA 5E8AA 1SLBA 4PBOA 4HZZA 4QN5A 1Q8PA 1BXHA 4AWDA 2R1DA 2CWMA 2EXHA 3ZYPA 4K3YA 5F5QA 4HZWA 1WBFA 2D6MA 3AYEA 2YA8A 3USUA 1LENA 1IOAA 1DQ0A 4ATEA 2VUAA 4R9CA 1CESA 4CPLA 1DQ5A 2YY1A 3QLQA 2XZIA 3WG2A 4XTPA 2WLQA 1LECA 3NV1A 3OJBA 4YFZA 5HX0A 2YA7A 4Y22B 5HUKA 5IT6A 2FMDA 1N1YA 2ZB5A 3A72A 3O0XA 3PVEA 5DUVA 2OVUA 1L7HA 2W20A 4RA0A 2QWGA 4R9DA 1B9VA 4DFSA 5DUUA 2HTWA 2SILA 1GNZA 1KJRA 1DHKB 5GALA 4X6KA 1Q8OA 1SFYA 2P3JA 5T50A 3WDWA 4NC5A 1LGCA 4LBLA 4K1KA 4XIKA 3MEPA 4LBKA 1CJPA 2BQPA 2E6VA 3ALWA 1MVEA 1SBDA 4XYXA 3NV4A 3ILRA 3O9JA 4XJ8A 3TICA 3CL0A 2D7FA 4YZ5A 3V0AB 2WT0A 2D6PA 4K1HA 1UN1A 3AYAA 3NWKA 1QOOA 1NNBA 1ENSA 2XZKA 3VKNA 5GZCA 3POSA 4YLZA 4Y20A 3AP9A 4B7MA 2JE7A 3CYEA 4YM1A 5FRAA 2ZGKA 4IQPA 1IVBA 2CL2A 1R1ZA 3KQRA 1C1LA 2DUOA 4MWWA 4GALA 1G9AA 1FAYA 2W52A 1NN2A 1INWA 1F8DA 1LOAA 4X4AA 4FPEA 2ZGRA 2PHXA 3WDUA 1WLCA 4GB1A 1FV3A 1ZM1A 1EPWA 1KJLA 2YA4A 4YG6A 4I00A 1A78A 1JOJA 2GNMA 3IPVB 2SLIA 5DG2A 1NXD1 4TZDA 4D8SA 1Z50A 4KS1A 3OBTA 3WUCA 4AGRA 2NYYA 1AZDA 1WW7A 4YG3A 3NN9A 2A5ZA 1BQPA 3TI4A 4YZ4A 4B7JA 3RS6A 4AGVA 1A14N 4Q6KA 3VKLA 2A7AA 3B9CA 3RRDA 4ZKTB 2VW2A 1VIWB 5IK8A 2R16A 1Z4WA 3IMNA 1GKBA 1LHVA 1Q8QA 3GNEA 3B01A 1ULGA 4M4VA 3QCWA 4Y26A 1ULDA 2A70A 3MW4A 2DUQA 2ARXA 1LEMA 5CAZA 4ISRA 5CB7A 1LOFA 3O0VA 5HUGA 3H0OA 1SACA 2WNEA 3IKWA 3ENRA 3DGTA 2SIMA 2F28A 4XJZA 1N47A 1DBNA 4R9AA 4LBMA 4AGGA 1N1SA 1N1VA 1WD4A 4FPYA 1S0DA 3ATGA 5LK5A 1N3OA 2YMZA 3U4XA 4C1XA 2NN8A 1HDKA 2YA6A 1LOCA 1V3CA 5EYXA 4WEFA 1GBGA 2HT7A 1WLDA 1DILA 2ZGLA 1CR7A 2EXKA 2HTRA 3PVOA 5HCAA 4AVVA 2GMEA 2NM1A 1S0EA 2YDPA 4WA5A 4XJQA 2EXJA 1LGNA 3K37A 3AJZA 1V0ZA 3AP5A 5H9PA 3D6EA 5CNAA 1LULA 1USRA 4DPNA 1FV2A 5DUWA 4WA3A 2UU8A 5SV8A 4MWJA 1JYCA 4DGRA 1OQ1A 5T5JA 4P9YA 2A71A 1LHNA 1INGA 2WKKA 1G9BA 3ILNA 2ZGOA 3B69A 4MJUA 1JBCA 1BJQA 4F83A 4X47A 3M3QA 3K39A 1DQ1A 2RKCA 4XOGA 3UK9A 2D6OX 3CNAA 1W6QB 5JMCA 3N7KA 1KITA 2HT8A 5KXBA 1W8NA 1HLCA 4MX0A 3AZVA 1LHWA 4M4NA 3VKMA 4CPYA 1N3QA 2AYHA 1UZZA 4FPGA 4YZ1A 2BATA 4GWNA 3AFKA 3HR9A 4XE9A 4ATFA 1JUIA 5JOWA 2ZA9A 4Y1XA 2SBAA 5B2CA 3WUDA 1C4RA 1W20A 3RG0A 3FBYA 2YDTA 3M3EA 1G7YA 5GJ6A 2D6LX 1VCUA 2R0FA 3FLTA 2QWAA 4BOWA 2JD4A 3WHUA 3V0BA 1LGBA 1V0EA 1QGLA 2QWDA 5DXDA 4CPMA 2A75A 3T1MA 4GZPA 3LCPA 1SLLA 1SBEA 4M00A 4HANA 2W5NA 2W39A 3ILFA 3T1EA 1V6NA 3RQ0A 1W6NB 1UPSA 4LBQD 1ULFA 1G9DA 2WT2A 1W6OB 1LODA 4BM8A 2PHUA 2UWBA 1FNZA 1WCQA 2ZGNA 5JOZA 2A6ZA 3JU9A 1KRIA 2XG3A 3AK0A 4U36A 1TEIA 4LBNA 1SCRA 1LHUA 2LTNA 5H9SA 3ALXA 2DVDA 5HCFA 4QN7A 5IK4A 2XCYA 4WEGA 2ZAAA 1LOGA 4FOYA 4MWQA 4LBOA 3WDXA 4Q8KA 1DIWA 2F0ZA 4YFWA 1CPNA 1YYNA 4P9WA 4Y24A 1AJOA 4MC7A 3BIWE 3KM5A 1F8EA 3V64A 1W0OA 1UMZA 1IVEA 1DIMA 1IVCA 4FPHA 2QWKA 1EUTA 5JDBA 2VWDA 3ZSKA 3TI8A 1I3HA 2W08A 3CKZA 2FHRA 1MS9A 3N7JA 3GALA 4NN9A 3SNMA 3M3OA 4YZ2A 2F25A 1FNYA 4X49A 3FLPA 1GZWA 2VXRA 2NMOA 1PZ7A 1DZQA 1DLLA 1NMBN 2ENRA 2PHWA 3OYWB 3POYA 5T5PA 3ZXEA 3JUUA 3B3QE 2DU0A 1DFQA 2AEPA 2BZDA 2R49A 1X50A 4XXPA 2X9MA 5DG1A 3V65A 4BMEA 2W5OA 1V0FA 3ZYRA 1QKQA 3BODA 4ISQA 3D4KA 4P9XA 2VVZA 2F29A 1UKGA 3I8TA 4YW1A 2WJSA 1MS8A 3AXDA 2ZMKA 3OY8B 2BERA 3OBRA 1QMJA 2R0HA 2OW4A 2DTWA 2ZB6A 2NP0A 1MZ5A 3W58A 1ULEA 4QN3A 1W0PA 1JYIA 1YXWA 2ZABA 4FOWA 3D5OA 1JHNA 4FPKA 3WG3A 1BYHA 2YXSA 4BQ1A 3PVNA 3APBA 5JYYA 2NZ9A 2A3XA 1MVQA 1ONAA 4GDJA 2P34A 4B7NA 4WV8A 2D3PA 4CPNA 2HT5A 1DYPA 3T2TA 1WUVA 2G4IA 4MWVA 3ZPYA 3M1HA 4ZXKA 1AVBA 2D6KA 1XOEA 4YW3A 2GALA 7NN9A 4NCSA 4YGCA 3ZXJA 3PMEA 2D44A 2E7QA 4XMIA 1V3EA 5GZEA 3CL2A 2C5DA 1IVFA 1W6PA 4TYSA 3AZYA 4M3CE 1FYUA 1VCJA 5M1ZA 4AVTA 4JCKA 4FZHA 4XILA 1W6MB 2VH9A 2TEPA 3O12A 4FQ4A 1V3BA 3LSEA 4XHXA 2A3YA 1QDCA 2PELA 2ZGQA 1LHOA 2ES3A 3AP6A 4YM2A 2P3IA 2F12A 1INHA 3HMYA 2AREA 2C4AA 4GZTA 2DURA 1JW6A 3TI3A 4MWLA 1F8BA 5T52A 1YI7A 4HZYA 1IVDA 1W1XA 1LJ7A 3USUB 5T54A 4PCRA 1S0CA 4K1IA 5H9RA 2R1BA 2HTVA 1KDMA 1KQRA 2ZKNA 3AJYA 3N36A 4MWXA 4YG0A 3O9KA 3R4UA 2F24A 4GKYA 3T1LA 1URXA 1B9SA 4GZQA 1GV9A 3N7MA 1I1EA 1NSBA 4H55A 4ASMB 3FUOA 4FPCA 1IVGA 2Z42A 1W8OA 1O4ZA 4P14A 3H73A 1GZ9A 2EF6A 5GM0A 4XTMA 1YIFA 1JXNA 3WDYA 3N35A 4YZ3A 1IS5A 1VLNA 1MACA 4M3MA 1W6NA 1RITA 2V5YA 4CRQA 1Z4XA 1UL9A 3AYDA 3ZSLA 4Q2FA 2W68A 3TI6A 2GNDA 4XBQA 3FUQA 3ZXFA 3NSSA 1SCSA 4UW3A 4GZSA 1XQNA 5JVVA 4GZOA 3SLIA 1F8CA 1Q56A 4Y20B 2CYFA 3SILA 3INBA 1OFSA 1AX0A 2GNTA 4K20A 1A3KA 2YA5A 4XJRA 3AYCA 5EYYA 1G8WA 2AGSA 3AXEA 2ERFA 1HQWA 4Q26A 1GANA 4C1WA 2B7YA 3RMXA 2ZHLA 4GXLA 2ZHNA 3A0KA 4CZSA 3BTAA 2RHPA 1EUSA 4NOTA 2DVAA 3TIBA 2QWBA 3BEQA 2ZACA 5HUNA 4Z8BA 3WLUA 4ITCA 4QN6A 1N3PA 1S0JA 1QF3A 1LU1A 4GEZA 1FX5A 4YM0A 1G9FA 4LBQB 3ZXLA 5E89A 2H0BA 1D0HA 4FVKA 1E8TA 3FLRA 3W59A 1QNYA 4MJVA 3K3AA 1GYKA 4DRRA 4KS3A 1V6MA 2JKBA 3AP7A 3BOPA 4CTEA 1U0AA 3A4UA 1QOTA 3C2UA 4GWMA 1SO7A 4Y22A 1S1AA 3SANA 2DVFA 2VU9A 2DUPA 4WZFA 2D43A 1NCBN 3WNXA 2EXIA 2DYCA 2F10A 4FPLA 4MWUA 1N1TA 3K38A 4OZXA 1INFA 5GLZA 2D6NA 2KM2A 2HTQA 1MZ6A 1LESA 1DYKA 2A6YA 2D3RA 1F5FA 3NV3A 1WW5A 1AXKA 5KXCA 1CN1A 1IKPA 4XBLA 1AX1A 1SLTA 5GLWA 2VW1A 1DQ4A 4YM3A 1QNWA 2VK7A 2WSVA 3V0AA 1DQ2A 3ZSMA 3RMYA 1SNTA 5IK7A 1GSLA 2AENA 1V6LA 2P3KA 5DZEA 4FOQA 2DTYA 4HIZA 2OUHA 4XIOA 2C4LA 3R05A 1A8DA 2JE9A 1MR5A 1BKZA 3ZVXA 2BF6A 4K1ZA 2UWAA 2GNBA 4BMBA 3HN1A 1MWEA 1F9KA 1SLAA 1H30A 2JECA 5AVAA 3AZWA 4Y1UA 5GLVA 1LOFC 2ZGTA 1USXA 1VALA 2A6VA 4UW5A 5IUQA 4HZXA 1G86A 4XJ9A 2EIGA 1O4YA 3H72A 3WCSA 3IPVA 5T5OA 4K1JA 2EALA 1HKDA 1SBFA 3OPZA 1MS3A 2A3WA 2QWEA 2E53A 1MS0A 2LALA 1W21A 1LOEA 2DVGA 4GA9A 4GKXA 2UURA 1INYA 1INXA 4HZVA 2ZGSA 1V6OA 1S0FA 4YW2A 3WDVA 1E8VA 1EUUA 2PHFA 3SH4A 3UJOA 1Z4VA 4XMAA 4Q8LA 2XB6C 4KS5A 3WHTA 4GJTA 4FVVA 4L8QA 1PZ8A 4JF7A 2ZZJA 4NO4A 3INAA 1LTEA 2UWCA 3WOGA 3V0BB 3WV6A 4JC1A 2ZGMA 4KS4A 3VKOA 3WZ1A 3DUIA 3K36A 5CA6A 1IS6A 5GZFA 3SISA 2DU1A 2QWJA 2D3SA 2E7TA 3R4SA 2F26A 1AX2A 2QWHA 3WG1A 2DWRA 3WVJA 3B00A 3O5SA 4SLIA 3RSJA 1IKQA 1CQ9A 1APNA 5FREA 1H9PA 4KBBA 2QWFA 1NSCA 4FPJA 1YO8A 2PHRA 4UW4A 1J1TA 2WT1A 4GDIA 2E51A 5HUMA 3VUOA 2GMMA 4XZPA 4FPOB 4K1YA 5GZDA 5E88A 4DRVA 1F31A 1Z0HA 3AZZA 1S0GA 4Y1YA 4M3CB 1LEDA 2QWIA 2JDZA 1NLSA 2CNAA 1WBLA 3IM0A 2VK5A 5EWSA 3ZSJA 3GVJA 1V3DA 4M01A 3TB0A 3NV2A 1UZYA 4I30A 5T5LA 4FP3A 3ZXKA 2QWCA 2F27A 4JRAA 2HTUA 2GN7A 1NNAA 2GDFA 5HCBA 2P37A 5CBLA 4J9TA 2WSUA 1KDKA 1S0IA 1Z78A 1V6IA 3TAYA 4YGBA 1B9TA 1GZWB 1W6QA 1C1FA 4MWYA 4LBQA 1AF9A 4M4UA 2YV8A 4XBNA 1L7FA 1Y7BA 2VSMA 2VY0A 1VAMA 2AH2A 4QNPA 4UW6A 2Q5TA 3WG4A 2A6WA 3TI5A 2XZJA 4WVVA 3AZXA 4B7QA 2OUJA 1NMAN 5F9TA 4K21A 4HL0A 4Y1ZA 1QDOA 1OKQA 1LCLA 1WW6A 1DQ6A 4Q1RA 1Z4ZA 4CPZA 5EXOA 1MS4A 3WCRA 2DV9A 2C9AA 3POWA 2CMLA 4BLIA 1NCCN 1INVA 3TIAA 1YRZA 1Q8SA 1WD3A 2B8HA 1QOSA 2AR6A 4FOVA 1PZ9A 1W6OA 3MPPG 2ZGPA 1WW4A 3H71A 1D2SA 2HU0A 1GNHA 4FPFA 3JU4A 3AX4A 5NN9A 4GZXA 3Q9OA 4PF5A 4YW4A 3MW3A 4XXAA 4XJWA 1CONA 2VW0A 4XHBA 3N3HA 2HTYA 1AXYA 1S0BA 5T55A 4FJ6A 1AXZA 2JJ6A 1H9WA 1SLCA 2YZ4A 5JLVA 1ENQA 5GZGA 3FFZA 2HYKA 4YGDA 3D12A 2ZMNA 4YW5A 4XJAA 5KXDA 1AJKA 1SLIA 1FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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