1MZ5A

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVATADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVGSNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRFIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPGAPTDSRVTVTNIVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
molecule tags Hydrolase
total genus 175
structure length 622
sequence length 631
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mz5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mz5A01
3A71A 3OYWB 4MWXA 1GSLA 4FPEA 4HZZA 4LBQB 3T1MA 3AP9A 1A4GA 1Q8OA 2EF6A 2JDZA 3VKNA 1SLAA 1HKDA 2C9AA 1NMCA 3GNEA 2C4AA 2ZMNA 5HUKA 2ZABA 2D6OX 1JXNA 4BPZA 1XOEA 3WG3A 1W0OA 3N7LA 1W6PB 1YI7A 3HMYA 3I4IA 3WG2A 5F9TA 2YA6A 1N3QA 4IQPA 1LOGA 2CWSA 1L7FA 1LHNA 2QWHA 1ENQA 3ILRA 4MJUA 4WVWA 1SBEA 4KBBA 1AF9A 2ZGLA 5IK7A 4XJ8A 3WG4A 1MS0A 5HUMA 2ZGOA 2BATA 1INXA 5T54A 1INHA 2F10A 3V0BB 2VSKA 1IKQA 1KJRA 4PBPA 1E8UA 4FZHA 1GZWB 2V73A 4X47A 2ES3A 3NWKA 3WUDA 4B7NA 3AP6A 1W8NA 3V0AA 1QU0A 4YZ1A 5M1ZA 1LOCA 2AREA 3NV4A 1LULA 4ATEA 4H55A 1V6LA 1UX6A 6NN9A 3JUUA 1V0ZA 4HZWA 1ULEA 3PVOA 1ULCA 3POYA 3VV1A 3WHTA 2A7AA 5T5JA 4P9WA 2ZHMA 4BM8A 4XJRA 4Q27A 4I00A 1QNYA 4SLIA 3Q9OA 2FHRA 4JRAA 3TAYA 3O9JA 3SISA 2WSVA 1BZWA 3ZXKA 5JLVA 1HDKA 1XQNA 1LU2A 1Q8VA 3TB0A 3AK0A 4KS3A 1IKPA 1NNAA 1TEIA 5T5PA 2OUHA 2LTNA 2ARBA 4Y1YA 3WZ1A 4JCKA 1FATA 1MS8A 3WCSA 2ZGMA 5IK4A 2YA7A 2VVZA 1AJKA 5GLVA 4YGEA 4GB1A 3CKZA 2CY6A 1SNTA 1B09A 1QDCA 2EXKA 4NCSA 2DU1A 3USUA 3ZYPA 1CVNA 5KXCA 1LOFA 4MZEA 3AJZA 2YA8A 3NV2A 1KQRA 1FV3A 3FFZA 1LESA 3CL0A 4GWMA 2GN7A 4CPZA 3CL2A 4GZWA 4NC5A 1N1YA 2F24A 2ZGNA 3BODA 3OGGA 2HT8A 1URXA 1UKGA 2UWAA 3SH5A 4WA4A 3MPPG 2Q5TA 4MJVA 3AYEA 3ZYRA 5JMCA 4B7MA 2AH2A 3ZXFA 1LEDA 3UL2A 1PZ8A 1A78A 4LBQD 2A5ZA 2NMOA 4DRVA 3TIBA 3AXDA 1JW6A 3AZZA 1QOSA 2A3WA 4UW5A 3IPVA 4R9AA 1DGLA 4FP3A 4YZ3A 3ALWA 4YFZA 5IK5A 1KDMA 2D6PA 3N7KA 4U2AA 2DUOA 3QLQA 1PZ9A 4FOYA 2G4IA 4AVVA 1V3CA 3N7JA 1HQWA 3CYEA 1R1ZA 4XE9A 1SBFA 4ISQA 4MWJA 2ZMLA 2GDFA 3UK9A 2QWJA 1SFYA 4Y22B 3WDUA 2ZB6A 1G7YA 5DZEA 4CPMA 4Q1PA 2SLIA 5DZGA 1N1TA 1Q8QA 1S0JA 1MS3A 2D6NA 2E53A 3INBA 4YLZA 1VAVA 4XXAA 2ZGRA 2YY1A 4FPHA 2F12A 1F31A 2D44A 4FQ4A 3WLUA 4OZXA 1WW7A 3SILA 1OQ1A 2NYYA 2F29A 2SBAA 2JECA 2D3RA 1E8TA 4FQZA 4WA5A 4JC1A 4MWWA 2P2KA 1NNCA 1A3KA 2WSUA 5L73A 4XILA 3W09A 4FPYA 1W6OA 1UAIA 1LOFC 1V0EA 1VIWB 1F9KA 3AP4A 1LHWA 3R4SA 1LODA 4L8QA 4XJZA 2LALA 3OBRA 1SCRA 5GZCA 1EUUA 1B9TA 4M3CB 3WUCA 4MWUA 2H0BA 4LBOA 2E51A 1ULFA 3W58A 3WVJA 1Z50A 3OYWA 1LU1A 1L7HA 3MW3A 4KS5A 4FJ6A 4LBQA 1NNBA 2AR6A 3TIAA 1A14N 4BLJA 2A3YA 4LBLA 3FUOA 4GEZA 1VCUA 1MR5A 4AWDA 2ZZJA 2YROA 2NN8A 4QN6A 1LGBA 4QN5A 1F5FA 2ENRA 4DQAA 1W6PA 4MWYA 5JOZA 3WOGA 2AENA 4HIZA 4GXLA 5H9SA 3NV3A 4GDIA 3GALA 1JUIA 2DTWA 4CTEA 1EURA 3VKFC 2JD4A 2A6WA 1MS5A 5B2DA 2D3PA 2DUQA 5DG2A 3ASIA 3POWA 1J1TA 3ZPYA 2BF6A 2E7TA 2ZB5A 1KITA 4YZ4A 3IN9A 3V0BA 4B7RA 1AX0A 1AX2A 4UW6A 2E6VA 2W08A 2I2SA 1V0FA 1ZA4A 1GZWA 2ZGKA 1FYUA 1CPNA 2VWDA 4W65A 4XXPA 1NCDN 2F28A 4Y20B 1GZ9A 1F8CA 3VKLA 5JOWA 2QWCA 1C57A 4X6KA 2VXRA 2D6LX 1ULGA 2GMMA 4LBNA 2WLQA 3WDXA 3RRDA 1INGA 1CPMA 5AVAA 4MX0A 1V6OA 4GZQA 2HU0A 3M3CA 4YM1A 5FRAA 5KXEA 1O4YA 2UU8A 4K1IA 5GJ6A 4HANA 3OJBA 1MVQA 5BYNA 4K3YA 2QWBA 4XZPA 4KS4A 4ZKTB 4FPCA 1ONAA 5B2CA 4M01A 3ZXEA 1F8DA 4Y24A 4M3CE 3LSEA 1OKQA 5GZDA 1G9DA 1WUVA 4GZSA 2DWRA 5F5QA 1NLSA 3M3QA 3R05A 2ARXA 2ZAAA 4GA9A 3O0VA 1KDKA 3B00A 1DQ4A 4YGBA 1EPWA 4YG3A 5FREA 4P9YA 1Q56A 1QKQA 4HL0A 4P9XA 1HQLA 1NMAN 2EXJA 1WLCA 5DUWA 4Q6KA 3AYAA 4C1XA 3A72A 3GVKA 1B9SA 4FPGA 1WW4A 3BOPA 4FPKA 4B7QA 2B8HA 4K1KA 1APNA 1LGNA 2HU4A 1U0AA 3LSDA 5CBLA 2WQZC 1D0HA 1KJLA 4GJTA 3M2MA 1W1XA 2PHTA 2VUAA 2PHUA 3OPZA 4H52A 2JE7A 1GNZA 2HTUA 3RS6A 1H30A 1NSBA 4MWLA 3H0OA 1CIWA 5IK8A 5GZEA 1UN1A 2CYFA 1X50A 2HTVA 1SLCA 3IMNA 1MWEA 1BJIA 4Q2FA 1V3DA 2A75A 2FMDA 1Z4VA 1NN2A 4XJUA 2W52A 1V6NA 2DVGA 4YGDA 1SLTA 1G9BA 1INWA 3M3OA 1JHNA 1MZ6A 4D8SA 4M4NA 2V5YA 2DVBA 5DUUA 3RG0A 1MVEA 1AXYA 2VW2A 5LK5A 1V6JA 4GZTA 3ZVXA 2EXHA 4Y26A 2DVAA 3NN9A 3WNXA 3N35A 2JJ6A 1NCAN 4XBLA 1GKBA 4XJWA 4BMBA 3OBTA 3KM5A 1C1LA 4MWVA 4FOWA 4BMEA 4K1HA 2XZIA 4WVVA 5H9QA 2YDPA 4F83A 4WEFA 1BYHA 4Y22A 2AGSA 1V6IA 1FNYA 2PHXA 3PVEA 1YO8A 2P37A 4XIKA 3NSSA 1WLDA 4YW3A 4MZAA 1JBCA 4YM3A 2HTRA 4PF5A 4K1ZA 2ZGQA 3AXEA 4YZ2A 3TI4A 5CA6A 3PVNA 4AYUA 1I1EA 1N1SA 4RL7A 5E88A 3OY8B 2A3XA 1V3EA 4M00A 2CTVA 2KM2A 2JKBA 2GNTA 2VW0A 4FOQA 1N3PA 3D4KA 2CNAA 1W8OA 5H9PA 2DURA 5GM0A 2F0ZA 4K21A 1IOAA 2CL2A 2XG3A 3T1EA 1NXD1 4BQ1A 1S0FA 1UZYA 3AZYA 5GLTA 1Y7BA 3AZXA 1YYNA 4Q8KA 4YM0A 3BIWE 4M3CA 2GN3A 3LCPA 4XOGA 1FAYA 1G9FA 4CPNA 4AVSA 3IM0A 3FLRA 2RKCA 4Q1RA 2ZGUA 1Z4XA 2QWKA 3AFKA 2W5OA 2D6MA 3C2UA 5SV8A 1SLLA 1MS4A 4AGVA 4NN9A 3FLTA 1BXHA 3B7EA 5JVVA 1INYA 4HZVA 5EWSA 3WDWA 2VK6A 4ISRA 3H71A 1USRA 3MW2A 2B7YA 4CPOA 2YA5A 1ZM1A 4YG6A 2P34A 3D5OA 5T5LA 2ZHKA 1VAMA 3O0WA 1YIFA 3N36A 4CPLA 2RHPA 4UW4A 1GV9A 5IUQA 2DUPA 1S1AA 2F26A 1Z4ZA 1LOEA 2ZACA 4CZSA 4TYSA 5DUVA 2F27A 4YGCA 1DQ6A 1GZCA 2VH9A 4YW2A 1QNWA 2AYHA 2SILA 4UW3A 5HCBA 4XHXA 2NZ9A 1QDOA 1AX1A 3WV6A 3TI5A 3ZSMA 3K3AA 2WT1A 5CB7A 2JE9A 2YA4A 2VK7A 1WD4A 4Y20A 4PCRA 3V64A 1BQPA 2F11A 3N3HA 4WEGA 2WNEA 4P14A 1LJ7A 1GANA 4XTPA 3I8TA 5HCAA 1FX5A 2QWFA 2YDTA 3ZSJA 3CNAA 3FUQA 2C4LA 4QN3A 1GBGA 3INAA 2DV9A 2XZKA 2ZKNA 3SANA 4BBWA 1H9PA 3U4XA 1RIRA 2HTQA 1DYKA 3ENRA 3RMYA 3K37A 3T2TA 5HUNA 5T52A 2R0FA 3SNMA 1QF3A 3O0XA 3SALA 1N3OA 2ZGSA 2R49A 1AVBA 2D6KA 1AXKA 1IS4A 1SLIA 4XMIA 2HTYA 3AX4A 4M4VA 1NCCN 3POSA 4GZOA 2R1BA 1F8BA 4C1WA 2HTWA 3MEPA 1Z0HA 4NO4A 3AP5A 2X9MA 1C4RA 1EUTA 1Z4YA 4X49A 2NM1A 2DVDA 4JF7A 1O4ZA 4XJAA 3W59A 1IS5A 1WCQA 4LBMA 2HT5A 1ULDA 1W6MB 4K20A 2VY0A 3AYDA 4XTMA 4BOWA 1SO7A 1Z78A 3RMXA 1GYKA 2AUYA 1JN2P 3FLPA 1W6NB 1RITA 3NV1A 1VCJA 1PZ7A 1GICA 3SH4A 2W68A 3DGTA 4CRQA 1N47A 1IVBA 3AP7A 3M1HA 4D69A 4XBNA 4MC7A 4PQ9A 2OUJA 1I3HA 4XJ9A 2PELA 5EYYA 1NSCA 3H73A 2GNMA 2A6ZA 1MACA 4WV8A 1C1FA 1W6QB 1S0IA 3L2YA 1NCBN 4QN7A 4ZXKA 4TZDA 4XJQA 2NP0A 3RSJA 5HX0A 1NMBN 4DPNA 4MWQA 1H9WA 2E7QA 2P3KA 2R16A 1WLWA 1ENSA 4UF7A 2A6YA 1CJPA 4LBKA 2ERFA 3BTAA 1V2IA 5JYYA 4ATFA 1SBDA 1SCSA 4FPJA 2W20A 3WDVA 3O9KA 4GKYA 3ZSKA 4B7JA 2W5NA 2DU0A 1AZDA 4YZ5A 3K36A 4FPFA 4YW1A 1G8WA 5E8AA 4FPLA 5DXDA 2NMNA 2WKKA 4H53A 1LECA 1WW5A 4R9CA 5GLZA 1Q8PA 4DS0A 1AXZA 1GNHA 1A8DA 4ITCA 2A6VA 3D6EA 4YG0A 1WD3A 2C5DA 1IVDA 4XIOA 5HUGA 4XBQA 2AEPA 1V6KA 4PBOA 1DBNA 4M4UA 3A4UA 2CWMA 3D11A 1ENRA 1FV2A 4DGRA 3GVJA 3HN1A 2PHFA 1S0DA 4KS1A 3H72A 2EALA 5GALA 4M3CF 1MZ5A 3UJQA 2EIGA 2P3JA 4YW4A 1MS1A 3WCRA 3WG1A 2R0HA 4YW5A 4GALA 3VKOA 3O5SA 4Y1ZA 3JU4A 3OY8A 1G9AA 1LOAA 1Z4WA 3AZVA 1LENA 2UWBA 2W39A 3ZXLA 1DZQA 3VKMA 1CESA 2SIMA 3AZWA 1QGLA 5IT6A 2EAKA 1SACA 4AGRA 1VLNA 1V3BA 5JDBA 4MYEA 4Z8BA 1YRZA 1S0EA 5GZFA 3V0AB 1UL9A 3WDTA 1INFA 1B9VA 1GLHA 5EYXA 3ALXA 4Y1VA 2VSMA 2YXSA 1V00A 4X4AA 3A0NA 3TI6A 3N7MA 3WHUA 1DHKB 1QMJA 2A6XA 3HR9A 5GZGA 4AVTA 3B3QE 4BLIA 1DYPA 4WA3A 3A0KA 2PHWA 4J9TA 1WBFA 2AEQA 4Q8LA 4DFSA 2WT0A 2QWDA 2CMLA 3ILFA 1V6MA 2ZA9A 2A70A 5T5OA 3KQRA 2UURA 2GMPA 3R4UA 4XMAA 1YXWA 5T55A 4Y1UA 5KXBA 4R9BA 4U36A 3B9CA 5E89A 4KS2A 2ZHNA 3RQ0A 2W38A 4I30A 1G9CA 2P3IA 3APBA 3O12A 4R9DA 1USXA 2ZBJA 1IS3A 2DYCA 1MS9A 1DQ5A 3K39A 2QWGA 4RA0A 1S0CA 3VUOA 4HZYA 1IVFA 1WBLA 1DILA 1HLCA 3TICA 4FVKA 4Y1XA 4K1JA 1JOJA 3TI3A 4Q26A 5DG1A 2BERA 1Q8SA 3USUB 4HZXA 1BJQA 1LHUA 2DVFA 1W20A 5HCFA 1JYIA 2OW4A 2F13A 2DTYA 1LOBA 5NN9A 1EUSA 1CN1A 4CPYA 3B01A 1F8EA 5T50A 1A4QA 3SH3A 1AJOA 1QOOA 5JOXA 3BEQA 1XOGA 4FP2A 4M3MA 3MW4A 1L7GA 1INVA 1LCLA 3ATGA 1IVEA 2VK5A 4QNPA 1LGCA 2ZGPA 5CNAA 3K38A 3UJOA 2ZHLA 2YZ4A 2GMEA 2PHRA 2UWCA 1DIWA 2VW1A 3DUIA 4AGGA 2HT7A 3H6JA 2D43A 1WW6A 4FPOB 3AYCA 1CR7A 2BZDA 2ZGTA 1LHVA 5KXDA 1W0PA 2EXIA 1DQ2A 4K1YA 1IVGA 2GALA 2XCYA 3M3EA 2D3SA 5H9RA 1BKZA 2WJSA 3JU9A 4XYXA 4LBJA 1KRIA 3SLIA 2XB6C 2HYKA 3IPVB 2VU9A 1SLBA 1LTEA 2BQPA 1UPSA 5EXOA 3PJQA 3V65A 2QWIA 2OVUA 1DQ1A 1DQ0A 2QWEA 4GDJA 2GNDA 3T1LA 1CQ9A 4NOTA 3ZSLA 1DFQA 1G86A 4DRRA 5GLWA 1E8VA 5GLUA 1W21A 5DZFA 1CONA 3D12A 1W6MA 2YMZA 1QOTA 3ILNA 3PMEA 1LEMA 2D7FA 2YV8A 4ASMB 2GNBA 5DUXA 4GKXA 1FNZA 1W6NA 1IVCA 1D2SA 1UZZA 5CAZA 3B69A 4FOVA 4YM2A 2R1DA 4FVVA 1LHOA 4QN4A 3FBYA 2A71A 1N1VA 7NN9A 4XDQA 3GVLA 1W6QA 4WZFA 5JOYA 1W6OB 1RINA 1WCSA 2ZMKA 3SITA 4MWRA 2TEPA 1JYCA 3AJYA 4YFWA 3QCWA 2WT2A 3WDYA 4GWNA 2Z42A 4GZPA 2F25A 4GZXA 4XHBA 1S0GA 2QWAA 1DLLA 1UMZA 3IKWA 1S0BA 1NSDA 1VALA 1DIMA 2XZJA 3TI8A 3ZXJA 1OFSA 1IS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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