1MZ5A

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 175

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
631
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVATADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVGSNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRFIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPGAPTDSRVTVTNIVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
100200300400500600600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
publication title Structural basis of sialyltransferase activity in trypanosomal sialidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
total genus 175
structure length 622
sequence length 631
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mz5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mz5A01
2SIMA 1DLLA 1WCQA 1LECA 5E89A 1S1AA 1S0EA 1QDOA 4ATEA 2ARBA 1G9FA 1H9PA 3ZXKA 4YW4A 2A71A 1LGCA 3ZSJA 3GVJA 1H9WA 1NMCA 1DGLA 3GNEA 2C9AA 3A72A 1Q8PA 3AK0A 2R0HA 3AYDA 4BOWA 1QOSA 3A0KA 3SH5A 2D6KA 2GNDA 1GYKA 5CBLA 1UX6A 4FOYA 1X50A 4Q27A 4UW6A 1BYHA 3H73A 2CNAA 5T5LA 1MWEA 4CPNA 3DUIA 2HTVA 4B7NA 3HN1A 2B7YA 2W68A 5DZEA 5IUQA 4R9DA 1CQ9A 3V64A 4I30A 4P14A 4U36A 3LSEA 2E51A 4GZSA 4LBQB 1D2SA 3AZXA 3OY8A 1LHOA 1LGNA 4MZEA 3AP7A 2QWDA 2JE7A 1WUVA 5FRAA 4YM3A 3MEPA 2LALA 3R4SA 4HZYA 1Z4WA 1LENA 2CYFA 3O12A 4QN4A 3BTAA 3TI8A 3UJQA 2ZGKA 5JYYA 2DVDA 4FPJA 2HTQA 2VY0A 3T2TA 1DBNA 1W0PA 4XJAA 3LCPA 3K39A 2VVZA 5CAZA 3GVLA 1N1YA 1LOFC 1V3EA 1QOOA 1V6LA 3IKWA 5GLVA 1BXHA 3CYEA 5EYYA 3SLIA 3WUDA 3FFZA 4TYSA 1DQ5A 4X49A 1Z4XA 1CR7A 5H9PA 1BQPA 4B7QA 4XJUA 1AVBA 5KXBA 2QWHA 4KBBA 3APBA 3ILRA 1YO8A 3N3HA 2EXHA 1Q56A 5SV8A 2F11A 2SBAA 1C1FA 3WUCA 4LBOA 4GB1A 1INVA 4GZOA 2XG3A 1N1VA 5CNAA 2YV8A 4P9YA 2BERA 3RRDA 3N36A 3AJZA 1DQ1A 1LOEA 2JE9A 3N7KA 1FV2A 1G86A 1KDKA 3K37A 1DILA 1WD3A 1SCSA 1S0GA 4M4VA 3ZXEA 2ZGOA 2D3SA 4LBMA 2YA6A 1C1LA 3WVJA 4I00A 1QDCA 2A3YA 1LEMA 1ZA4A 3JUUA 1KQRA 4FQ4A 1NXD1 3M1HA 1V6IA 1QU0A 4WA3A 1VLNA 4K3YA 1GBGA 1AF9A 1WLDA 1L7HA 1Q8SA 4FOQA 2NP0A 1WBLA 5B2DA 2W5OA 4YM0A 3IPVB 4MWWA 3M2MA 4WZFA 1LEDA 5GJ6A 4RL7A 1WW5A 1V6NA 1A14N 3JU9A 2VXRA 2PHUA 2DWRA 3B9CA 4Y1YA 1IVDA 1AXKA 5DXDA 4ISQA 4LBQD 3AXEA 4M3CA 1TEIA 5JOWA 2V73A 2ZMNA 3V65A 1F8DA 1Y7BA 2NMNA 4Y1UA 4ATFA 4XJQA 1ONAA 5IK5A 3TIBA 4B7RA 4Y22A 3FUQA 1LHWA 4NC5A 1AJOA 4HZVA 3BODA 1HQLA 3AYAA 2BQPA 2ZMLA 1LOCA 1NSBA 1QGLA 3N7MA 2D44A 3GVKA 3IM0A 1GZCA 1KJRA 4FPCA 2JECA 4JCKA 2DVBA 5HCAA 4BBWA 3R05A 2BF6A 1V6KA 3POSA 4Y20A 1PZ7A 4K1HA 2FMDA 3MPPG 1B9TA 2EXIA 1INXA 2VU9A 1WCSA 4H53A 2TEPA 3FLTA 1WBFA 1VCJA 4KS2A 4M3CB 5JOYA 4MWRA 2ZHNA 2AUYA 4DFSA 1IVGA 4XXPA 1IS6A 2E7QA 4Y22B 3M3CA 2HTUA 3AYCA 4AVVA 2DTWA 3ENRA 1JXNA 1QKQA 4MZAA 4OZXA 1W6OB 4Q1PA 4M00A 2X9MA 1MS9A 1EPWA 1Z0HA 3LSDA 1XOEA 2AENA 3O0VA 1IS4A 1UZYA 5IK7A 2ZGPA 3ASIA 4XJZA 4WV8A 3SISA 2HTYA 5DUXA 1HLCA 2DVGA 3MW2A 1OKQA 3ZPYA 3WHTA 2PELA 4CPYA 3NWKA 2ARXA 4BMBA 3WZ1A 3AYEA 3SITA 1S0IA 2HT5A 1G9AA 1DYKA 3BEQA 4PCRA 4ISRA 2EF6A 4YGDA 4HL0A 1YRZA 2ZGNA 1ULGA 2OVUA 3QLQA 1CPNA 3BOPA 4XIKA 1AJKA 2Q5TA 4K1KA 4YG0A 1MVQA 4X6KA 1UZZA 1DQ2A 3FUOA 5GM0A 1S0JA 2WKKA 3T1EA 1F5FA 2DYCA 4B7MA 1DHKB 2AEPA 1PZ9A 4FPHA 2GDFA 3RG0A 2GMEA 2GALA 3L2YA 2ZGQA 4X4AA 1AX0A 5F5QA 1MR5A 3POYA 3PJQA 4Q6KA 5E88A 2ZHMA 3VKFC 2D7FA 4IQPA 3JU4A 3B3QE 4M3CE 2ZBJA 2F25A 4XBNA 1KRIA 4FPOB 4CTEA 1I1EA 3TI4A 4MWJA 2VW0A 4WVVA 1N3PA 1CONA 1QF3A 4K1JA 2PHFA 1WD4A 4GZWA 3SILA 4FOVA 3W58A 3OBRA 3ATGA 1OFSA 2JJ6A 4YG3A 2E6VA 3SALA 2YROA 4NCSA 1B9SA 3N7JA 2XCYA 2R1BA 4GZQA 5JLVA 4XJ8A 1SLCA 3O5SA 5GLUA 1R1ZA 4K20A 2DUQA 1N1SA 1SLLA 5DUWA 1I3HA 2AR6A 2PHRA 3B69A 1ENQA 2DUOA 4KS1A 2VW1A 3USUB 5HCBA 3PVOA 4Y26A 4GJTA 4LBLA 2ERFA 4H52A 2ZKNA 4CPZA 4QN6A 1INFA 2EIGA 4ASMB 4F83A 1W1XA 3WDWA 1N47A 2ES3A 4Q8KA 2ZMKA 5DZGA 1A3KA 1GKBA 1A8DA 2SILA 2XB6C 1LTEA 3IN9A 5T52A 5HUGA 4DS0A 2W08A 2GMPA 3PMEA 4YGCA 3B01A 3B00A 1FATA 1LOGA 2A70A 5NN9A 4W65A 2DUPA 1LJ7A 1MVEA 1IVEA 5GLWA 5T5JA 4YZ5A 2ZGRA 1UAIA 4R9BA 2CY6A 2UU8A 5IK4A 3ALXA 2R49A 4CPOA 2D3PA 4C1WA 3CL0A 3C2UA 1MZ6A 5T55A 2XZKA 1JYIA 2VSKA 1S0BA 4XMIA 1EUSA 2CL2A 4B7JA 3TB0A 2JDZA 3O9JA 4UW5A 4MWLA 5GALA 1LGBA 4YFZA 1O4ZA 1F9KA 1A78A 2HYKA 1FV3A 1LOFA 1NCDN 2DVFA 3WDVA 4R9AA 3IPVA 1KJLA 1GLHA 4AWDA 4NN9A 2YA4A 2W20A 1Z50A 3OJBA 2WSVA 5H9QA 4K1YA 4QN5A 2CMLA 2W5NA 2BATA 1WW7A 2ZB6A 4MWUA 1CN1A 3V0BB 3N7LA 1V0FA 3RSJA 1LOAA 1AZDA 3POWA 4UW3A 2D6PA 1SLBA 4FP3A 2JD4A 4Y1ZA 3WOGA 1V6OA 1N1TA 5GZDA 1INHA 5H9RA 5HUKA 1HQWA 1H30A 3AJYA 1LHUA 2AREA 2ZACA 4BM8A 1UMZA 3AXDA 1JW6A 4XYXA 2UWBA 2QWAA 4ZXKA 1INWA 3ZYPA 1SLIA 2YA8A 1W6MA 1LESA 3AZVA 3AX4A 5KXDA 4GWMA 3T1LA 1CPMA 2RHPA 1G9BA 1BKZA 2QWGA 2W39A 4DRVA 4CRQA 3GALA 1MS5A 5GZGA 3SNMA 1L7GA 1ENRA 3V0AB 4WEGA 4PF5A 1V2IA 1IVBA 4PBPA 1MS3A 2CTVA 1NMBN 4NO4A 1D0HA 2FHRA 1NSDA 3O9KA 4AYUA 4FPYA 4XXAA 1JBCA 1IS5A 1W6OA 1GZ9A 3OGGA 3AP6A 4FPFA 1QNYA 4SLIA 2YY1A 4DGRA 1NLSA 3NV1A 4P9WA 4WA4A 1W8OA 3INAA 4FP2A 2P3JA 1V6JA 3HR9A 4YGBA 4AGRA 2EALA 4GZTA 5T5PA 3H6JA 2ZHKA 3O0XA 1G9DA 1W6MB 4BLIA 2WJSA 4AGVA 3TI5A 3WDYA 1LU1A 1SACA 4WVWA 5EWSA 3SANA 2Z42A 2QWJA 2F29A 1Q8OA 1QNWA 4XIOA 4UW4A 4YZ3A 1W21A 4XTMA 2UURA 2ZGUA 3RQ0A 3ALWA 3ILNA 2GNTA 1W0OA 4GDIA 1MZ5A 4FOWA 3OYWA 3K36A 4K21A 2GNBA 1Z78A 4GZPA 2D6NA 3CL2A 2WNEA 4WA5A 2GN7A 1FYUA 2P37A 3VKNA 1IKQA 2F12A 1MS0A 1SO7A 1ULDA 1SFYA 3D12A 3WDTA 3AZYA 1N3QA 4KS4A 1BZWA 5HCFA 4FPKA 4PBOA 2R1DA 1IVCA 3PVEA 1Q8VA 2VK6A 3WCSA 4Z8BA 5H9SA 4MC7A 3KQRA 2GNMA 2W52A 1KDMA 2F0ZA 5CA6A 2QWBA 3WG1A 4AGGA 4YZ4A 2YDTA 2EXKA 3AP4A 2F24A 1JOJA 3WLUA 2I2SA 1N3OA 2F27A 1MS4A 2NYYA 3IMNA 3TI3A 3KM5A 1LOBA 1DQ0A 1W6NA 1DZQA 3D5OA 2UWCA 3OYWB 1LU2A 4J9TA 2P3KA 3WCRA 4FQZA 2YA5A 1USRA 3AP9A 1EURA 5GZCA 2D3RA 2D6MA 1W6QB 1JN2P 3FBYA 1C57A 4M4NA 2VUAA 5KXCA 4MWQA 1UN1A 4CZSA 5JOXA 4YLZA 3USUA 3TICA 2GN3A 1S0CA 1LHVA 1APNA 4MJUA 1MACA 3AZWA 1F8EA 5M1ZA 3OBTA 4AVSA 4KS3A 4XDQA 1JYCA 4FPEA 1V3CA 1MS8A 4FPGA 2B8HA 4HZWA 2A5ZA 1G9CA 4MJVA 2PHWA 4YW3A 7NN9A 5EYXA 6NN9A 5GZEA 1U0AA 1YXWA 1EUUA 3M3QA 2VWDA 1GANA 4MWYA 3UK9A 4DRRA 1SBEA 1W6NB 2ZAAA 1INYA 2DV9A 4GALA 1VAMA 3BIWE 4L8QA 1FNYA 1FAYA 4Q8LA 3I8TA 1UL9A 4H55A 3H0OA 1YI7A 2P2KA 3AP5A 4GWNA 4FVVA 2AEQA 1IS3A 3I4IA 3WG3A 3VKOA 2HT7A 4GKYA 1S0DA 3SH4A 3N35A 4BMEA 1ZM1A 1SBFA 4K1ZA 5T50A 5LK5A 2PHXA 1GSLA 1Q8QA 1NNBA 5JVVA 3WDUA 2VK5A 3FLPA 1RIRA 1HKDA 5DG1A 1NCCN 1V3BA 2HU0A 4YW1A 1ULEA 3WHUA 1AXYA 1CVNA 4BLJA 1EUTA 2AGSA 3W59A 3D4KA 1WLCA 3V0BA 1GNZA 1G8WA 2NMOA 3M3OA 5DUVA 4Q26A 4YZ1A 3NV2A 1O4YA 1DFQA 3ZSKA 3SH3A 2F13A 2D43A 2ZGTA 4AVTA 1DQ6A 5GZFA 3ZYRA 3A4UA 4QN7A 3WG4A 2VH9A 4YW5A 2NZ9A 1FNZA 3A0NA 4Y24A 3ZXFA 1DYPA 4RA0A 1UPSA 4JRAA 1AX2A 4ZKTB 4D8SA 3H72A 4YM2A 4TZDA 4MWXA 2E7TA 1RITA 4XE9A 1VAVA 4Y1VA 1WW6A 2P34A 1S0FA 1A4GA 3UL2A 4FPLA 1J1TA 2ZB5A 2EAKA 4MWVA 3NN9A 2A6VA 3K3AA 1DIMA 2A6YA 5JOZA 3V0AA 4HZXA 2YMZA 1XOGA 1IOAA 5HUNA 4XBQA 2GMMA 3OY8B 3W09A 1C4RA 2F26A 3WNXA 3INBA 4LBNA 1INGA 2QWEA 5JDBA 3CNAA 4XZPA 2G4IA 5CB7A 3U4XA 3NSSA 2DURA 4PQ9A 1W20A 2VK7A 2D6LX 5E8AA 2YA7A 1VCUA 4DQAA 3VUOA 3RS6A 1FX5A 5B2CA 1SLTA 1W6PA 2A7AA 5GLTA 2KM2A 4WEFA 4GEZA 2BZDA 2R0FA 3VV1A 2ZGSA 4YW2A 1SNTA 1V6MA 3FLRA 4MX0A 3MW3A 3VKLA 1AX1A 4FZHA 1GZWA 4FVKA 4MYEA 2A6XA 2PHTA 4D69A 3TIAA 4M3MA 2ZHLA 5DUUA 4YG6A 4XTPA 1Z4VA 4HZZA 2CWSA 2JKBA 2CWMA 3QCWA 1V3DA 1USXA 5L73A 3WG2A 3D11A 1WLWA 4XJ9A 3K38A 1SLAA 2YDPA 2ZZJA 4YZ2A 4U2AA 1OQ1A 2WQZC 4YM1A 2P3IA 3OPZA 1IVFA 2WSUA 3ZXJA 4NOTA 4QNPA 1ENSA 3PVNA 1DQ4A 3O0WA 1CIWA 3B7EA 2DVAA 2HTWA 1F8CA 1CJPA 2W38A 1MS1A 4GXLA 3DGTA 4GKXA 2RKCA 1YIFA 2ZA9A 4XJRA 3Q9OA 2HU4A 1QMJA 1W6PB 1L7FA 1URXA 1E8VA 3RMXA 1V00A 1QOTA 1G7YA 2NM1A 2ZGMA 3ZXLA 2QWKA 2WT2A 4QN3A 3MW4A 1E8UA 1F31A 1GZWB 4GA9A 4M4UA 2R16A 4XHXA 1V0EA 1ULFA 4BQ1A 1LCLA 2DU0A 2AH2A 4CPLA 3H71A 1LHNA 1WW4A 3CKZA 3A71A 5JMCA 3TI6A 5HX0A 2V5YA 2OW4A 1VIWB 2XZIA 5BYNA 4M3CF 2YXSA 4JC1A 1LULA 5T54A 1UKGA 1DIWA 2WT0A 1ULCA 4X47A 5GLZA 1NSCA 4FJ6A 1AXZA 4JF7A 2XZJA 3M3EA 3TAYA 1W6QA 2QWFA 4K1IA 1Z4YA 1HDKA 1NCBN 2WLQA 1CESA 5HUMA 2QWIA 4YGEA 2A6WA 1B9VA 4LBKA 1SBDA 5EXOA 1JHNA 2OUHA 2DTYA 2OUJA 5IK8A 1BJQA 1YYNA 3ZSMA 1BJIA 3AZZA 4CPMA 1VALA 5DZFA 4GZXA 2A75A 2E53A 2D6OX 2A3XA 2YZ4A 4XILA 4Y20B 4LBJA 4XHBA 4Q2FA 1IKPA 1B09A 1NNAA 4XJWA 1NMAN 4KS5A 2HT8A 1NCAN 3ZSLA 3ILFA 5IT6A 5FREA 2F28A 1W8NA 1PZ8A 1Z4ZA 4R9CA 2LTNA 5F9TA 1JUIA 4XBLA 2SLIA 4P9XA 3NV4A 4XOGA 1GICA 3AFKA 4BPZA 2EXJA 4YFWA 5KXEA 1NN2A 4Q1RA 3HMYA 2VW2A 2NN8A 2ZABA 1RINA 4UF7A 1V0ZA 1E8TA 4HANA 2C5DA 2DU1A 1XQNA 2ZGLA 3ZVXA 2QWCA 4M01A 5AVAA 4Y1XA 1NNCA 4GDJA 1KITA 3T1MA 1A4QA 2WT1A 2VSMA 1SCRA 4HIZA 3RMYA 4C1XA 2F10A 3WDXA 3D6EA 2A6ZA 1LODA 3NV3A 1GV9A 3R4UA 1F8BA 2UWAA 3WV6A 3UJOA 2A3WA 2AYHA 4LBQA 2HTRA 4DPNA 4XMAA 1GNHA 5T5OA 4ITCA 2H0BA 5DG2A 2C4AA 2ENRA 2C4LA 3VKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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