1N1SA

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1sA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1sA01
2DUPA 1INWA 4XIOA 1OFSA 2ZGOA 2HT5A 1IVCA 1USXA 2XZKA 3Q9OA 1V3EA 3UL2A 2PHTA 1LGCA 3VKFC 1LCLA 1BYHA 1S0IA 3AX4A 4Q8KA 1BQPA 3D12A 2PHUA 2P34A 3NV2A 1MS1A 2W20A 2E51A 2ZGUA 1SACA 3HR9A 4XJ9A 3TICA 2XB6C 4Q1RA 4Y24A 2NMNA 3IN9A 4GDIA 1NMAN 1LESA 2W39A 3USUB 2ZGSA 3I8TA 3WDYA 1A3KA 4XBLA 4WV8A 2WNEA 2HTVA 2YA6A 4YW4A 3NV4A 2YDTA 2YXSA 2WQZC 4XMIA 1IVEA 4WA3A 2QWAA 1Q8PA 5HUKA 4YW5A 5H9QA 3SH5A 3WZ1A 5JOYA 1N3OA 4MJUA 3POWA 4CZSA 2ZGLA 4K1JA 3USUA 1S0DA 2GMEA 3T1EA 2A5ZA 2A71A 1INVA 4B7RA 3H72A 4UW6A 2GNTA 4NN9A 3O9KA 1LOEA 4AGGA 4HZXA 1V6NA 4M3CA 1IVBA 4MWUA 2V5YA 3QCWA 5GZCA 3B69A 5JOWA 1AJOA 1SCSA 2DVAA 2YA5A 1H9PA 2EALA 3IPVA 1QDOA 1TEIA 1MS3A 1LEMA 2D7FA 1PZ8A 4Y1UA 2ZGMA 5KXCA 1GZCA 3AP4A 5F9TA 2YDPA 3D6EA 5GLZA 1INYA 1GV9A 1V2IA 2D6LX 1Q56A 5T5PA 3ZSLA 2P2KA 3FBYA 4C1WA 1KDKA 2ZZJA 2UWBA 3KQRA 4LBQD 2D6PA 4GEZA 4XXPA 1NLSA 1W0OA 4GWMA 4WEGA 5LK5A 1IS3A 3R4UA 1S0EA 2A6ZA 5CAZA 4GZWA 3OY8B 2C4LA 3WV6A 2W38A 4F83A 1WCSA 4GZTA 3TI5A 5JOXA 1AX1A 3M2MA 3A72A 1J1TA 5HCBA 2G4IA 5HX0A 1AXKA 1DQ5A 4IQPA 3WOGA 4MYEA 4MWQA 1D0HA 1AF9A 2BF6A 2SLIA 3N7JA 4FOWA 1Z4VA 4GXLA 3ALWA 2HTYA 4CPNA 4FJ6A 3OY8A 2FHRA 1MVQA 2GN3A 5SV8A 2QWCA 3OYWB 3T1LA 1JOJA 1C1LA 3AJYA 1DILA 3SILA 1HLCA 4LBNA 1Q8SA 1L7FA 4Q26A 5GALA 4LBQB 2ZGPA 1KRIA 1EUSA 1D2SA 5HCFA 2ZHMA 2Z42A 3MW4A 2DUOA 3K36A 1Q8VA 2VWDA 3SLIA 5DUWA 4XJWA 2NMOA 4XE9A 3OPZA 2UURA 3PVNA 5H9RA 1NNAA 1AZDA 1C1FA 1AXYA 1PZ9A 2AEQA 4LBQA 2D43A 2EXIA 1CVNA 1G7YA 4LBKA 2BQPA 4YGEA 3H73A 1DGLA 2P3IA 1VCUA 2VH9A 3GNEA 2XG3A 2NP0A 1OKQA 4YW3A 3RMXA 3O5SA 3ENRA 5NN9A 3ZVXA 4KS3A 2F29A 3WUCA 3HMYA 2WKKA 1BJIA 2ZMKA 1WCQA 2AH2A 1O4ZA 4Q6KA 2AENA 4H52A 4FPCA 4K1HA 3AP6A 1UZYA 3ZSKA 4K1ZA 5DXDA 4YGBA 2VY0A 3N36A 2LALA 3POSA 1N1VA 2D6MA 1LGNA 1ZM1A 4Y22B 1F31A 1N47A 2EF6A 1B9SA 2ZACA 1GZWB 1KJLA 1W6PA 2F26A 3A71A 4B7MA 5M1ZA 1NSCA 3WHUA 2EXJA 5GLWA 4XJRA 1LHNA 4YZ5A 2YY1A 1E8UA 2E6VA 3JU4A 4BLJA 1V6MA 2ARXA 3NWKA 1F8CA 2B8HA 1VALA 4Y22A 1A4GA 3NV3A 4LBOA 4C1XA 4YM1A 1UZZA 2ZB6A 3ILNA 1VAMA 4ASMB 1FATA 2R1DA 3T2TA 4JF7A 2SBAA 3H6JA 1DFQA 4U2AA 1Q8OA 5E89A 3VV1A 2X9MA 4GKYA 2R49A 5T5LA 4BPZA 4XDQA 3APBA 1AX2A 1R1ZA 4YM3A 1WBLA 1HDKA 2A6WA 3WDUA 3WG3A 4ISRA 3OJBA 2GMPA 2A3WA 5H9PA 1JYCA 1SBDA 2QWKA 2QWGA 1JW6A 4Q1PA 3AZVA 5EYYA 4X4AA 1S0CA 2NM1A 1DBNA 1KDMA 4QN6A 3M1HA 3OGGA 2GNDA 3KM5A 1NMBN 4DQAA 1SCRA 2YMZA 2F28A 4K21A 3AP9A 2W68A 1S0GA 2YA4A 3A0NA 3C2UA 2DWRA 1YRZA 1YXWA 1UAIA 4HANA 4FPJA 2YA7A 1KJRA 4YM0A 4HZZA 1YIFA 5B2DA 2ZGNA 1AJKA 2ZKNA 4X47A 4Y1YA 4QN4A 2E7TA 4UW4A 2PHWA 1DHKB 2R1BA 1Z0HA 3PMEA 1CPMA 4GDJA 3A4UA 5GLVA 4CTEA 4M4NA 3AZYA 4XBQA 4WVVA 1WW4A 4XTPA 4NCSA 1EURA 3LSDA 2CY6A 1NMCA 3OBRA 2CL2A 1SLCA 4XJUA 4K1IA 2A6XA 1IS6A 3NSSA 4KBBA 1VAVA 3O0WA 1W20A 5IUQA 3BODA 5DG1A 1LTEA 3SNMA 3N7KA 5KXBA 1F8EA 2ZHNA 1G86A 4GWNA 4SLIA 4UW3A 2AREA 5CBLA 1LOCA 1GKBA 1ENRA 2VK6A 1URXA 3IKWA 5KXDA 2C9AA 3B3QE 5HCAA 1GZ9A 4D69A 2XZJA 1YI7A 3QLQA 1G9DA 5DG2A 1N1TA 3INAA 2DYCA 4BMBA 3WDWA 2NZ9A 4XTMA 2OW4A 1BZWA 2HU0A 1V6IA 1NSBA 2XCYA 2D3PA 2DVGA 3M3QA 4DS0A 1UL9A 3N7MA 1SLTA 1UPSA 4RL7A 2JKBA 3ATGA 2R16A 3CL2A 2ZHKA 3D5OA 3I4IA 3PJQA 3WLUA 5EXOA 1G8WA 2D6KA 4FPFA 2HTUA 3PVOA 3TIAA 3AYCA 4MWXA 2ZBJA 1DQ2A 2YV8A 3AYAA 4M4UA 4Q27A 4PBOA 3INBA 5GLUA 2WLQA 1L7GA 4XJ8A 4WEFA 3AZXA 5IK4A 3SH3A 1LHWA 2JJ6A 2JE9A 2AYHA 2DU1A 1UX6A 3RRDA 1MS0A 4XHXA 1ULFA 3WUDA 2A70A 2VSMA 4AGRA 2YZ4A 4KS2A 4CPMA 1Z78A 5DUVA 3DUIA 4B7QA 4R9DA 1MACA 3CL0A 4YZ4A 1N1SA 1ZA4A 5IT6A 2JDZA 1AVBA 2PELA 1BKZA 2QWJA 4FPOB 1S0BA 2WT0A 3GVJA 1CONA 3W09A 2R0FA 4I30A 2VSKA 4DRVA 4OZXA 4BLIA 1MZ6A 4LBLA 4L8QA 3ZXJA 1QOTA 1VLNA 2HT7A 1NN2A 2NYYA 1UKGA 1HQLA 1GYKA 4KS4A 2F10A 1ULGA 2H0BA 1SNTA 1NNCA 4ZKTB 1CPNA 3SH4A 3AZZA 3K3AA 3D11A 2FMDA 3MEPA 1DQ4A 1Z50A 2DURA 3N35A 5FRAA 3JUUA 4KS5A 3BIWE 3A0KA 1KQRA 1G9AA 1WUVA 3AJZA 3SANA 2W5OA 1O4YA 3MW3A 2OVUA 3B00A 3WG1A 3R05A 2BERA 2UU8A 3M3OA 3BTAA 2WSVA 2P37A 4AVTA 1L7HA 1CR7A 3CYEA 3AZWA 1I3HA 5DUXA 3OYWA 1WLCA 2E7QA 1WD4A 4XJQA 4GZPA 4ITCA 3TB0A 4TYSA 2ZA9A 1QMJA 2A7AA 2ZAAA 3W58A 1W21A 1GSLA 4YW2A 1WW5A 1LOFC 2WT2A 2W08A 2HU4A 4WZFA 4GKXA 3ALXA 4LBMA 2ARBA 1LOFA 3V0AB 2CNAA 1V6LA 1RITA 4U36A 1NCCN 4XBNA 1V3CA 2A6VA 3UJQA 4MWRA 2QWFA 4Y1ZA 4FP2A 4PBPA 5EWSA 4MWLA 4XOGA 4YZ3A 3O9JA 1FNZA 4MWJA 2ZHLA 4YG0A 5T50A 3HN1A 3ZXEA 3AP5A 4JC1A 3V0AA 3UK9A 2UWAA 3K37A 1FV2A 1A14N 4YG6A 1JBCA 4FPGA 1Z4XA 3DGTA 2QWHA 5IK5A 1GNZA 4X49A 4FPKA 2VUAA 4XJZA 1N3PA 4J9TA 3AYDA 5KXEA 2ZGTA 2DU0A 3TAYA 5CB7A 4DRRA 2QWDA 2F25A 4WA4A 1SLAA 3NN9A 2P3KA 1HKDA 3LCPA 1C4RA 1U0AA 1NCDN 1INGA 4JRAA 2CMLA 4YZ1A 4HIZA 3K39A 1LECA 3WDVA 4UF7A 1GZWA 5JLVA 6NN9A 4D8SA 4R9AA 1IOAA 5B2CA 1IVFA 1B9TA 1QOSA 1IS4A 1JHNA 3TI4A 2V73A 3B9CA 1BXHA 2I2SA 1SBFA 4MWVA 2DVFA 1OQ1A 2VXRA 1DIMA 4YG3A 5BYNA 2WSUA 1MS5A 2C4AA 1W6NB 3O0VA 4FPYA 2HTQA 2DVDA 4DPNA 1YYNA 1A8DA 3ZXLA 4WA5A 1G9FA 3WCRA 2QWBA 4BM8A 2VK7A 3PVEA 2ZGKA 5T54A 4Y26A 4HZVA 5CA6A 1LODA 3AYEA 4GJTA 4DGRA 4PQ9A 1CIWA 5CNAA 1ULEA 4BQ1A 1W8OA 1SLLA 2HT8A 2A3XA 2VW1A 2F24A 2EIGA 5GZEA 2AUYA 3FLRA 3B01A 5FREA 4YLZA 1H9WA 1QNYA 1S0FA 5HUGA 3N7LA 3ILRA 4YFWA 2LTNA 4RA0A 1F8DA 2Q5TA 1X50A 3VKOA 3OBTA 1A78A 4P9YA 4BBWA 1G9CA 5E88A 3RQ0A 4FVKA 2D3RA 5GZDA 1JXNA 1WBFA 3WHTA 4HZWA 1FV3A 3TI3A 1JUIA 1DYKA 1C57A 5T5JA 5HUNA 3V0BB 4M4VA 3ZXKA 3W59A 2D3SA 3SALA 1ULCA 1N3QA 3UJOA 2EXHA 1SO7A 5L73A 1QU0A 1GNHA 4DFSA 3WNXA 2VW2A 4FQZA 4CPZA 2OUJA 2HTWA 2A3YA 3M3CA 1LGBA 3ILFA 1IVDA 1LU2A 1G9BA 2HYKA 4M00A 1NCAN 2GALA 3V0BA 1Z4ZA 3N3HA 4FP3A 4ATEA 1NCBN 1DZQA 1ENSA 1SFYA 2R0HA 3GVKA 2CWSA 4PF5A 5H9SA 1DIWA 3ZYRA 4GZXA 4XHBA 1V3DA 3B7EA 1F8BA 4NC5A 5F5QA 3SISA 4BOWA 4K1KA 1QNWA 4TZDA 4HZYA 1MR5A 2ZGQA 4ATFA 2ERFA 4FZHA 3ZSMA 4WVWA 1V0EA 2ES3A 1FX5A 1LHUA 1RIRA 2OUHA 5GLTA 3TI6A 1V6KA 1W6MB 1APNA 2JE7A 2D6NA 1LEDA 4GB1A 4HL0A 1QKQA 5JVVA 3M3EA 4M3CB 4YW1A 5T52A 4QN5A 4H53A 3ZYPA 2HTRA 1V6JA 4FOQA 4YZ2A 2ZB5A 4FOYA 1S1AA 2ZABA 1INFA 4X6KA 4P9WA 4MWWA 3IPVB 1DQ0A 3AXEA 1W6MA 3IM0A 2F27A 4AGVA 1LHVA 1BJQA 1UN1A 4Q8LA 1LENA 3VKNA 4K20A 4M01A 1EUTA 4CPLA 1CESA 1EUUA 4GA9A 1DQ6A 3VKLA 3IMNA 2BZDA 1B09A 1S0JA 3O12A 1USRA 4GZQA 1XOEA 2F0ZA 4GALA 1Z4YA 3AK0A 1MWEA 5DZFA 2DUQA 5JYYA 4MZAA 1KITA 4YGCA 1W0PA 3FFZA 4Y20B 4NO4A 1HQWA 1E8TA 3SITA 1INHA 1SLBA 2YROA 2F11A 1ONAA 3GVLA 4MX0A 3RS6A 2D6OX 4CPOA 3T1MA 4AYUA 1WW6A 1V00A 3RG0A 1EPWA 2GDFA 1JYIA 2C5DA 4NOTA 1DLLA 3RSJA 2NN8A 4Y20A 1DYPA 1WLWA 4Y1VA 4XILA 3WDTA 2CTVA 2F12A 1Q8QA 2ZGRA 3ASIA 4XXAA 2W52A 4PCRA 2XZIA 2WT1A 3U4XA 2SIMA 4BMEA 3LSEA 3FLTA 1WW7A 4GZOA 4KS1A 4K1YA 2ZMNA 3H71A 2VVZA 4MJVA 2AR6A 4YM2A 2QWIA 5T55A 1FAYA 3H0OA 3CNAA 1Z4WA 4M3MA 1W6QB 1V0ZA 4AWDA 2ENRA 2VU9A 3WDXA 1N1YA 1QDCA 1FNYA 4FPEA 4XIKA 4XZPA 2VK5A 3O0XA 1QOOA 5DZEA 5E8AA 1A4QA 4YFZA 3GALA 4GZSA 3V64A 3JU9A 1AX0A 1I1EA 1FYUA 4XMAA 1Y7BA 1NXD1 2A75A 2PHXA 1IVGA 2QWEA 1W6QA 1WD3A 1ENQA 2PHFA 3POYA 1MVEA 4M3CF 1UMZA 1LOAA 1WLDA 4FPHA 1V0FA 1QGLA 1LU1A 2JD4A 3BOPA 1V3BA 1W1XA 1CN1A 2ZMLA 3D4KA 2P3JA 4AVVA 2YA8A 3WG2A 2PHRA 4QN7A 4MZEA 3MW2A 5GJ6A 1XOGA 3BEQA 4B7JA 2GNMA 1IKQA 3K38A 4I00A 3CKZA 1H30A 1W6PB 2F13A 3WG4A 5AVAA 1CQ9A 4P14A 4R9BA 2KM2A 4MWYA 5IK8A 4Y1XA 4B7NA 1SBEA 1MS4A 3V65A 1ULDA 1NSDA 4FQ4A 5DZGA 1GANA 3RMYA 1B9VA 5T5OA 1INXA 2TEPA 5JOZA 1E8VA 4P9XA 2GMMA 5HUMA 2GNBA 1DQ1A 2JECA 4YGDA 1LULA 2E53A 4MC7A 4H55A 1GLHA 2GN7A 5JDBA 1CJPA 4FPLA 4QNPA 3TIBA 5EYXA 4FVVA 2AEPA 1W6OB 5IK7A 2VW0A 1LJ7A 2EXKA 1F5FA 1LOGA 2AGSA 4JCKA 3ZXFA 3WCSA 3ZPYA 4M3CE 2A6YA 2CYFA 4FOVA 4Q2FA 5DUUA 1W8NA 4W65A 2EAKA 2WJSA 1NNBA 4AVSA 1F9KA 1AXZA 3VUOA 4XYXA 2D44A 1JN2P 1W6OA 3WVJA 2BATA 4ZXKA 1PZ7A 3FUOA 1W6NA 3L2YA 2DV9A 4CRQA 1LOBA 1V6OA 5GM0A 4QN3A 3FLPA 1RINA 4ISQA 2B7YA 3TI8A 4R9CA 2SILA 1GBGA 3VKMA 1SLIA 4CPYA 3MPPG 4XJAA 1MZ5A 2RHPA 1YO8A 5GZGA 1GICA 3AXDA 1VIWB 1MS8A 1MS9A 3AFKA 4UW5A 5GZFA 1QF3A 3FUQA 3ZSJA 2DTWA 2CWMA 2W5NA 1VCJA 1IKPA 1XQNA 2RKCA 3R4SA 2DVBA 1IS5A 7NN9A 1LHOA 4K3YA 2UWCA 4Z8BA 2DTYA 3NV1A 5JMCA 4LBJA 3AP7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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