1N1SA

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1sA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1sA01
1DILA 3O0WA 4I00A 4GJTA 2YA4A 2A6YA 3VV1A 4DGRA 1Q8PA 2WSUA 1WCQA 5T55A 4K1HA 1AXYA 1N3QA 1NCDN 1JHNA 1WCSA 2HTYA 1BJQA 1W0PA 1DIWA 1V3BA 2AR6A 3KQRA 2I2SA 3H71A 2D6LX 1WW7A 3SH5A 3ZXKA 4F83A 2DVFA 1BXHA 1LOFA 1DQ2A 1H30A 3C2UA 2D6MA 2F29A 2NN8A 3ZXEA 4MZEA 4YM0A 3SANA 4HZWA 2QWBA 5IK5A 2R0FA 2DVDA 2YMZA 4RA0A 1QNWA 2GMEA 4TZDA 1W6PA 5LK5A 4XJZA 3MW4A 2QWHA 2CYFA 5HCFA 1YYNA 4LBMA 4Q27A 1MZ6A 4BQ1A 3AX4A 4ASMB 4Q8LA 3TI8A 3WCRA 5H9QA 4FPGA 1C1FA 1KDKA 1V6KA 4BMEA 1DYKA 1L7FA 1MWEA 1VALA 4K20A 4AGRA 1S0DA 4UW6A 2ZB5A 2HT7A 4MWJA 1UKGA 2HT8A 5B2DA 2E51A 4KS5A 3NV1A 4YW4A 4YGBA 1LCLA 3O0VA 4GALA 2EXIA 1QF3A 1LOFC 3OGGA 3ZXJA 3N3HA 5DUVA 1YO8A 1Z4VA 3B7EA 1VIWB 3WUDA 4OZXA 2ARXA 2W68A 4FPCA 4Y20A 3INAA 3H0OA 4UW3A 2Z42A 3AP5A 1AX0A 5KXEA 2XZIA 5GLVA 1OQ1A 4IQPA 2E53A 3RMYA 1ULCA 4GZPA 4YW2A 4L8QA 4BPZA 4YGDA 4B7MA 3A0NA 3WDXA 2EIGA 3JUUA 3POWA 4X6KA 3AP9A 1S0FA 3N35A 2P37A 1N3OA 1INXA 1HLCA 4C1WA 4PBOA 2R16A 1NCBN 2BQPA 1DQ6A 2ZMNA 1AF9A 4XJ8A 4WA4A 1V6JA 2CNAA 2DUQA 1FV3A 4JC1A 4LBQD 1A14N 2HU4A 1INYA 5T50A 2GNBA 5T52A 2DVBA 3TIBA 2ZKNA 1G86A 3CNAA 1W1XA 4KS1A 4K3YA 4MWRA 4YZ1A 2ZAAA 5SV8A 5JOWA 2WKKA 4R9BA 1W6QB 4PBPA 1V6NA 1MS1A 1HKDA 3KM5A 4B7RA 4AWDA 3AZYA 1DQ1A 1QOTA 2F25A 1W8OA 3QCWA 4DQAA 1EUUA 3MPPG 1V6IA 4M4UA 1QMJA 5T5OA 1LU1A 1B09A 3APBA 1ULGA 2BF6A 4FVVA 4QN6A 3UJOA 1INHA 1URXA 3N36A 3ILNA 3RMXA 1GBGA 1FV2A 3AYAA 3ZSKA 1N47A 1DQ4A 1W6NB 2ZGTA 1GANA 3WV6A 2AH2A 3N7LA 4W65A 4GWNA 2F11A 2EXKA 3TICA 4M00A 1G7YA 3N7KA 1CJPA 3RRDA 3HMYA 4XXAA 4Z8BA 3AP7A 3AP6A 3M3CA 1W8NA 1F8BA 3JU4A 2ENRA 3SISA 4HZZA 2VW1A 2QWCA 1IS6A 2NP0A 4QN3A 4NO4A 3ZSLA 1U0AA 2SILA 1V0ZA 4Q2FA 3VKMA 4XBQA 5JOYA 1JYIA 2ZB6A 1V3DA 5IK4A 1NNCA 1I1EA 2D44A 2ZBJA 4GXLA 4HIZA 2BERA 5JVVA 1LHUA 1QOSA 4XJUA 1SBFA 1V6MA 2GNDA 2GALA 5T5JA 2YDTA 2SLIA 3AYEA 5CNAA 2VK7A 1GNHA 2UU8A 4X47A 4MX0A 3ILRA 1VCJA 5F9TA 4P9XA 1NSCA 4TYSA 2A7AA 1YXWA 4FPYA 1FYUA 2W52A 2H0BA 4CTEA 3GNEA 4BM8A 2B8HA 1ZM1A 3WNXA 3ZSMA 1GYKA 2UWCA 1LOCA 1LOEA 1QU0A 2VY0A 3QLQA 3A71A 3GALA 5E8AA 2JECA 3FLRA 2VK6A 3SLIA 2D3PA 2ZGMA 3JU9A 4KS2A 4P14A 2VK5A 4GZOA 3OY8B 1SFYA 3H73A 3M3OA 3K37A 5T5PA 1Q56A 1LJ7A 1DLLA 3AYCA 1NSBA 5DZEA 3MEPA 3BOPA 4P9YA 4D8SA 4Y20B 3H6JA 1MS8A 2F10A 4CPYA 1EUSA 4J9TA 2D3SA 4LBNA 3AJYA 3VUOA 1ULEA 3PMEA 1V6LA 4CZSA 3RG0A 3LSEA 4FPKA 3CL0A 2ZA9A 3WG3A 3FFZA 2HTRA 1WD3A 4Y1XA 1HQWA 4YW3A 3PJQA 1WW4A 1CIWA 1IKPA 3USUB 3ZXLA 3O9KA 1MS0A 3ZYPA 4XJQA 1Q8SA 3K38A 4XZPA 4YZ2A 1TEIA 2SBAA 1V3CA 2DWRA 3UK9A 4X49A 2V5YA 1INVA 2CTVA 3AZXA 2YA7A 1JUIA 4H55A 1PZ9A 4WV8A 4CPZA 1DQ0A 2CL2A 1KRIA 2AREA 1S0JA 1NMBN 4M3CF 1W20A 1AX2A 2ZMKA 2YA6A 5H9PA 1SCSA 5F5QA 4FJ6A 4YG3A 1A3KA 4QN7A 2DV9A 2P3JA 2W39A 2OUHA 2ZGKA 3INBA 2YXSA 1G9BA 4LBOA 1C1LA 4XXPA 3NV4A 2R0HA 2A5ZA 3AFKA 3IKWA 1MZ5A 4M3CA 4CRQA 2DURA 2DU1A 4HZVA 1I3HA 1S0GA 1O4ZA 1CVNA 1IKQA 4K1IA 4PCRA 1N1VA 1LOAA 4GKYA 1Y7BA 1YRZA 5DXDA 3FBYA 3LSDA 1B9TA 3FLPA 4DFSA 3ILFA 1BKZA 4R9CA 2CY6A 2X9MA 3OPZA 3ZXFA 1LHNA 3WZ1A 4Y26A 4FPLA 3FUQA 4YM1A 3SH3A 1ULFA 5BYNA 1S0IA 2TEPA 4UF7A 2JDZA 1N3PA 1Z78A 1RITA 4MWWA 3O9JA 2C5DA 2LTNA 2WLQA 3ALXA 4QNPA 4GZWA 2DTWA 4QN5A 3OYWA 2YROA 4CPOA 2ES3A 3V0BA 1GLHA 3LCPA 2ARBA 2C4LA 2GMMA 3VKNA 3V65A 1SBEA 1B9VA 1YI7A 1FNYA 1INWA 2ZACA 4LBQA 2CWSA 1W6MB 1XOEA 1QDCA 1S0BA 4BLIA 4XIOA 3TI5A 1QKQA 4Q1RA 2B7YA 1WUVA 4ZXKA 3ZSJA 1QDOA 1J1TA 4NN9A 5M1ZA 4Y1YA 1GICA 1NCAN 4Y22B 2WT0A 1AXZA 1HDKA 5GZDA 3DUIA 1LGBA 2D7FA 2AEQA 3B00A 4H53A 3GVKA 2EXHA 2DU0A 4PQ9A 2F26A 4QN4A 2A70A 2QWDA 1WLCA 4JRAA 2W5NA 4KS3A 4MWXA 5JDBA 5JMCA 4FPJA 1NXD1 1SACA 1SLBA 4M3CE 4U2AA 5IUQA 4MJVA 3TB0A 1Z4WA 2EF6A 4ITCA 1UAIA 1NLSA 4BBWA 1RINA 4FPHA 4Y24A 1BJIA 2OW4A 4YM2A 2YA5A 1Q8QA 5CAZA 4XOGA 3VKLA 1NNBA 3SH4A 1NMCA 3K36A 1EPWA 2BATA 1GV9A 2JE7A 2WT1A 7NN9A 1BYHA 3V0AA 3A4UA 1AX1A 3T1LA 4FZHA 1DGLA 1FATA 1XQNA 4Y1UA 4YG0A 4HL0A 1INGA 1LHVA 4XE9A 1GNZA 2WQZC 1LHWA 1S0EA 3TAYA 1MVEA 4C1XA 1E8TA 4YZ5A 3GVLA 2ZGPA 2E7TA 2CMLA 2AEPA 4XTMA 3TI6A 1A4GA 1V0EA 2F0ZA 2C4AA 1EURA 1IOAA 2F28A 3I4IA 5T5LA 2ZGOA 4AVTA 2AENA 2PHTA 5HUMA 2A3YA 5JYYA 2YY1A 5DUWA 5HUKA 4WZFA 1VCUA 2HYKA 2V73A 2VH9A 4AGGA 2DTYA 2P2KA 3ATGA 4YFWA 1W0OA 2JKBA 1SO7A 2R1DA 3U4XA 1UZYA 3WDUA 1W6PB 4SLIA 2NMNA 1LESA 3M3QA 5L73A 4H52A 3PVOA 5JOXA 3A0KA 1SLIA 1GZ9A 3ENRA 3WUCA 2JD4A 3Q9OA 4U36A 2DVAA 3OJBA 3D12A 4FPOB 2YZ4A 4Q8KA 4CPNA 4FOWA 3I8TA 2ZGLA 4YW5A 3L2YA 3AZVA 4B7NA 2FHRA 2GDFA 2F27A 4ISRA 3SNMA 2UURA 2E7QA 4MWLA 1WBLA 4CPLA 5H9SA 4MYEA 4B7JA 4WEGA 3WG1A 4FOVA 5HCAA 2YV8A 2W5OA 4LBJA 1KITA 3ZYRA 2ZMLA 4YGCA 1Z0HA 1L7GA 4K21A 4Q1PA 1CN1A 4WEFA 1AVBA 3W09A 1CPNA 3IPVA 1IS5A 2PHRA 3K39A 1F8EA 4GZSA 1UL9A 3WOGA 1KQRA 4FPFA 4D69A 1GZCA 1UZZA 1ENQA 3T1MA 4R9DA 1V00A 3CL2A 2VU9A 3RS6A 2E6VA 4XHBA 2F13A 4XILA 1UX6A 5JLVA 2RHPA 1IVEA 1F5FA 1G9DA 4GA9A 4Y1ZA 1QGLA 4DS0A 2AYHA 3WG4A 3HN1A 5IK7A 1LEMA 1Q8VA 3R4UA 4FOQA 5DG2A 2HTQA 4PF5A 1SLCA 5GM0A 3AZZA 3RQ0A 4GEZA 3FUOA 2QWAA 4FQ4A 5IK8A 2AGSA 2R49A 3T2TA 1LGCA 2QWGA 4CPMA 5AVAA 4RL7A 1LOBA 5DZGA 3PVNA 4XDQA 4NC5A 1DQ5A 5FRAA 4M01A 3HR9A 4M3MA 2DUPA 4MJUA 2A75A 3B69A 2VXRA 1YIFA 2HTUA 1W6QA 3AYDA 1AZDA 2P3IA 3SITA 2VW0A 1NMAN 4I30A 2EAKA 1W21A 5GLTA 3OBRA 3O12A 5HX0A 1KJRA 4AVVA 4ATEA 5EYYA 1MVQA 4UW5A 4MC7A 4XHXA 1W6NA 1IVDA 3NV3A 1C4RA 3AK0A 1LECA 2D6OX 1LOGA 1VLNA 3H72A 4DRRA 1UPSA 4HZXA 3W59A 1ENSA 3POYA 1APNA 2VSMA 2PHFA 1FNZA 2AUYA 3W58A 1C57A 4M4NA 2JE9A 2GN3A 2LALA 5EXOA 2VW2A 3B9CA 2EALA 2VSKA 1QOOA 2W38A 1A4QA 3POSA 2RKCA 5T54A 1SBDA 3TI3A 3B01A 4B7QA 5HUGA 2ZABA 3VKOA 5KXDA 1D2SA 3WLUA 1IVGA 4MZAA 2A3WA 5CB7A 4GDIA 1ULDA 5KXCA 4ZKTB 1MACA 2PHUA 2W08A 1VAVA 1MS9A 1MR5A 4DRVA 5GZFA 3O0XA 1GSLA 1NSDA 2ZGSA 1IS4A 3V64A 1N1SA 2D3RA 2NYYA 1XOGA 3AXEA 4R9AA 5H9RA 3ZPYA 1G9AA 3IM0A 3D4KA 1SLLA 1JOJA 1W6OA 3D11A 3M2MA 1L7HA 3FLTA 5E89A 3WDYA 3M3EA 2WT2A 1V2IA 1CR7A 3BIWE 4NOTA 4BLJA 4K1KA 4GDJA 4LBKA 1A8DA 4ISQA 4YFZA 4XBLA 4JF7A 3UL2A 3A72A 1MS3A 2DYCA 3WVJA 3M1HA 1N1TA 1LHOA 3WCSA 3IPVB 2ZGNA 3OY8A 4K1ZA 2XB6C 4HANA 1JBCA 1S0CA 1JXNA 1OKQA 2GMPA 4GWMA 4YGEA 3AZWA 2VWDA 2DUOA 4AYUA 2VUAA 5GLWA 3WHTA 2F24A 1JW6A 1SNTA 1SCRA 5EWSA 1N1YA 1PZ7A 1EUTA 4MWQA 3WDTA 2VVZA 3BEQA 1Z4YA 2PHWA 1IS3A 2D43A 4YLZA 3CKZA 1V0FA 2QWEA 1GZWA 3O5SA 1AXKA 1RIRA 6NN9A 5GLZA 2FMDA 1USXA 5GZCA 3USUA 4KS4A 3WHUA 4FVKA 1O4YA 3TI4A 2XZJA 3PVEA 1F8DA 2QWFA 2PELA 2R1BA 1DYPA 2D6KA 2JJ6A 3WDVA 4FQZA 4Q26A 5NN9A 2ZHKA 3WG2A 2HTVA 4K1YA 1VAMA 4XBNA 5DG1A 1CONA 4DPNA 3R05A 1AJKA 5DZFA 5EYXA 3WDWA 2P3KA 2F12A 1FAYA 1CESA 4K1JA 2YA8A 2XCYA 4XMAA 2OUJA 2A3XA 4FPEA 5HUNA 5FREA 1BQPA 4M3CB 5GZGA 2BZDA 1HQLA 2C9AA 4FP3A 3SALA 3AJZA 1B9SA 1R1ZA 2KM2A 5DUXA 4FOYA 4UW4A 1KDMA 1F31A 4WA3A 2W20A 2OVUA 3CYEA 2CWMA 4XYXA 4XTPA 2DVGA 5HCBA 3IMNA 4MWVA 1WW6A 1CQ9A 1E8VA 4ATFA 2YDPA 2D6NA 2GN7A 1MS5A 2WSVA 3GVJA 1OFSA 2ZGQA 1D0HA 1DIMA 3ASIA 2WJSA 2ZHNA 1DHKB 4YW1A 1Z4ZA 1WBFA 4HZYA 4BMBA 4M4VA 2D6PA 5CA6A 4GKXA 1WLWA 4WA5A 3K3AA 1LU2A 2GNTA 1IVFA 3NWKA 2P34A 1LTEA 3BODA 3B3QE 1LENA 1H9WA 1S1AA 1SLTA 4LBLA 4AVSA 1ONAA 3OYWB 4AGVA 1ZA4A 1G9CA 1DBNA 3N7JA 3V0BB 2EXJA 2A71A 5E88A 3NN9A 3ZVXA 2HU0A 1W6OB 1NCCN 2XZKA 3T1EA 1KJLA 4YZ4A 1F9KA 1Q8OA 4LBQB 4NCSA 4YZ3A 2SIMA 1NN2A 4P9WA 3UJQA 3RSJA 1H9PA 1JYCA 3TIAA 2NMOA 1QNYA 2ZGUA 1UN1A 2QWIA 4JCKA 2A6ZA 3MW3A 5JOZA 1W6MA 1V3EA 1NNAA 2QWKA 1LODA 2ERFA 4GZTA 1DZQA 2HT5A 3IN9A 4WVVA 3MW2A 4XJAA 1CPMA 3NV2A 2XG3A 3D6EA 1ENRA 3OBTA 1X50A 1G9FA 2Q5TA 3VKFC 1Z50A 4Y22A 3N7MA 2NZ9A 1INFA 5GALA 2ZGRA 2ZZJA 1F8CA 1UMZA 3AP4A 1SLAA 1AJOA 1IVCA 5GJ6A 1PZ8A 4YG6A 1FX5A 3ALWA 1LGNA 1WD4A 4GZXA 1GZWB 5GZEA 1MS4A 2NM1A 1GKBA 1WLDA 3D5OA 4XJWA 1BZWA 2A6VA 3AXDA 2WNEA 1DFQA 4BOWA 5CBLA 5B2CA 4GB1A 2ZHLA 4XJRA 4MWUA 1G8WA 2ZHMA 2G4IA 4MWYA 4YM3A 1JN2P 2UWBA 4WVWA 5GLUA 5IT6A 4X4AA 4XMIA 3V0AB 4XJ9A 4XIKA 3BTAA 1IVBA 1LEDA 2A6XA 4GZQA 1LULA 5DUUA 1E8UA 4KBBA 1V6OA 1USRA 1WW5A 4FP2A 2A6WA 2PHXA 3SILA 2UWAA 5KXBA 2HTWA 3R4SA 4Y1VA 1Z4XA 2GNMA 1A78A 3DGTA 4Q6KA 2QWJA 3NSSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2VZQA 4XCAA 1HJFA 1W8WA 2RS12 2QE8A 2EIEA 1E5RA 3B5LB 3MYXA 3TWIA 3ZXEA 1U5XA 1O5UA 5EIYB 4MZEA 2WNVB 3I3DA 2P5BA 2R30A 1HB1A 2TNFA 2WQ8A 4YM0A 3SANA 2QQNA 3GCWA 1ZZCA 4MXVA 4HZWA 2WRAA 4M0HA 4DY3A 3DKWA 5IK5A 2QWBA 4C91A 1GOGA 2V91A 2R0FA 2DVDA 2RV9A 3LDRA 2YMZA 4RA0A 1PNGA 1POV3 5FTTC 5J48A 1QNWA 3AKSA 5D1IA 2GMEA 1YHFA 2P17A 2R072 4TZDA 1QHDA 1RXFA 3UESA 4W6YA 1SPPB 4OHYA 1W6PA 4MSVA 2WBKA 1UW8A 5LK5A 1CX1A 1OOPB 4XJZA 4YRDA 4C1YB 4D52B 4JMLA 1M06G 3OGRA 3CZUA 3MW4A 2QWHA 3WNLA 2PA7A 2Y8KA 3LWCA 1EV12 1REFA 2CYFA 5HCFA 1TMF1 2G8SA 4IQKA 3ETPA 2HKXA 1OSGA 1YYNA 4LBMA 4Q27A 3BALA 3GJAA 4XCBA 1ENXA 3ZKUA 5D9CA 5DQ0A 3TN91 1MZ6A 4RFRB 4BQ1A 3AX4A 4CCJA 4WVMA 1YFXA 4D7TA 2JKXA 1S55A 2BRTA 2C4XA 2XJVA 3THCA 2VMHA 2X09A 4MGIE 4ASMB 4LA2A 4Q8LA 2IAXA 4JDNA 1F8VA 3CIHA 1IQDC 2RJKA 4QPGC 3WNKA 3RZJA 3WCRA 5H9QA 4CSWA 4I2OA 3TI8A 1BBT1 1PO21 3GHNA 4NHMA 1OQEA 3U0ZA 1HV1A 3A71A 5D2AA 2QDRA 4FPGA 1GNYA 2VZ3A 5KHGA 4CXWA 1C1FA 1RUC2 2HBTA 1V9U1 1KDKA 4GB33 1V6KA 3ZXAC 4HHOA 1RMU3 1RUJ3 5JSOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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