1N1TA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana at 1.6 a
Total Genus 179

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
total genus 179
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1tA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1tA01
1SLIA 4XJ9A 3RQ0A 3T1EA 2AH2A 4KS5A 4LBKA 1NNCA 2ES3A 2EXKA 1V3BA 1V6LA 3NSSA 2DU1A 4ZKTB 1INHA 4KS2A 4GXLA 1LEMA 1FX5A 3AZZA 2DUOA 2NN8A 4FVKA 2AENA 1WCSA 4W65A 2R0FA 1DQ5A 2UU8A 3L2YA 2YDTA 3M3QA 4GZOA 1H9WA 1UPSA 3CL0A 3AYEA 3FLTA 1GANA 4HANA 1JOJA 2EXJA 3ILNA 2YA4A 1Q8OA 1D2SA 1XOGA 2DVDA 4X4AA 3ZXFA 3AZVA 2D6KA 1DYPA 5HUGA 3TI4A 4YZ3A 4GB1A 4LBOA 2CNAA 1W21A 2D7FA 2HTWA 2AYHA 5E88A 7NN9A 4YFWA 5T5PA 4DFSA 1KJRA 5HCBA 4GDJA 4CPMA 3MPPG 5DZFA 1KDKA 1S0FA 1D0HA 1E8TA 1INVA 2DU0A 1Z0HA 3JU4A 4I00A 1LOBA 4YGCA 4YZ5A 4H55A 5AVAA 4CPZA 3PVEA 2D3SA 3OPZA 2ZGNA 1UZYA 1KITA 2A6ZA 3FBYA 3WG2A 4TZDA 2OVUA 1V6KA 4YW2A 2F11A 3AXDA 3IKWA 1QOSA 3CYEA 3IMNA 2QWIA 1W0PA 2VW1A 4QN5A 1O4ZA 5B2DA 3AP9A 2DVAA 3IPVA 4DRRA 3SNMA 2ZGMA 3OBRA 3N7MA 4PBOA 3R05A 1F5FA 2XG3A 4DPNA 3W58A 4KS4A 1QU0A 3SH4A 2ZMKA 4FPJA 3M3EA 1BJIA 4MWJA 1AX0A 3N7LA 4DGRA 4K21A 4D69A 1DZQA 3WG3A 2ZGPA 1DQ4A 3O0WA 1L7HA 1NNBA 4R9AA 1DHKB 4X49A 1CVNA 1Q56A 1QOTA 4CRQA 2D3RA 2HTQA 4FOVA 4XJ8A 4YZ2A 1GZCA 4ISQA 4K1IA 3ILRA 1MACA 3ZXEA 5IK8A 2D6OX 1MWEA 4Q27A 4FPHA 2QWGA 4GJTA 3I4IA 2Q5TA 2F29A 5BYNA 1V0FA 2PHRA 4YM1A 3OGGA 3BEQA 4FPCA 3H72A 2P3IA 4AGRA 1ULFA 4XOGA 1W6MA 5JOWA 4Q1PA 3SH3A 1S0IA 4MWLA 2DYCA 4GZSA 3NN9A 4U36A 3WOGA 1FV3A 1W6OB 4P9WA 2PHWA 5HCFA 4ATFA 2VH9A 1B9SA 2PHUA 2ZZJA 2DVFA 2EXHA 4XHBA 1FAYA 1C4RA 3INBA 1B9VA 2B8HA 2VY0A 4Y1YA 1PZ9A 1INGA 3ILFA 4YW5A 2YY1A 3O0VA 2SBAA 1B9TA 4H53A 1YIFA 1GLHA 4DRVA 2Z42A 1N3OA 1FNYA 4Y22A 2X9MA 2GMMA 5T52A 3ZSKA 3AYCA 2QWKA 1MS8A 4PCRA 3K3AA 5EXOA 3KM5A 1AXKA 1MS4A 2DURA 2DTWA 2JE9A 4YW3A 1E8UA 2XCYA 4FPEA 4GZXA 3AZWA 1S0BA 2V73A 2UURA 4DS0A 4WVVA 1JHNA 2GNDA 5GLTA 1SBDA 1U0AA 1HKDA 2PHXA 4WA5A 3R4SA 3N7JA 2UWAA 4K1KA 1NXD1 2GN7A 1SLBA 1USXA 1QDOA 1HDKA 3B9CA 2HTVA 3CL2A 4LBNA 4AVVA 2YXSA 1Q8SA 4NC5A 4LBJA 2GALA 1IKQA 2ZA9A 4XTPA 1O4YA 3TI8A 1FYUA 2YDPA 1NN2A 3U4XA 4XJQA 2PHTA 3WNXA 1G9FA 4HZVA 3PVOA 1TEIA 5JOYA 1NSDA 2HU4A 1LU2A 5JDBA 3SH5A 3OY8B 5DXDA 2WT1A 3VUOA 2OUJA 3PVNA 3I8TA 1GSLA 2YROA 1IVCA 1NLSA 3V65A 3VKLA 4RL7A 2NMOA 4YGEA 5DG1A 4JF7A 4YG6A 2D6MA 5EYXA 1GKBA 1MR5A 2TEPA 4FPGA 4WEFA 4K3YA 3ZYRA 1HLCA 3GVJA 1A3KA 1NMAN 4UF7A 1MS9A 4XDQA 2XB6C 3K36A 5CNAA 1S0JA 4AWDA 2W20A 3ALXA 4FPLA 5H9PA 4CPLA 1A8DA 4AYUA 3A0NA 4MYEA 3WHUA 3MW4A 1A4GA 4YG0A 3A71A 2OUHA 3AJZA 1HQLA 1V3CA 1ZM1A 1JN2P 2ZABA 4CPNA 3M2MA 2BERA 2XZKA 2AEQA 5GLZA 2FHRA 1WD4A 1BQPA 1PZ7A 4BBWA 5CBLA 2ZHNA 1W1XA 2C4AA 3V0AB 1LJ7A 3AK0A 1S0EA 1SACA 1YI7A 1W8NA 2ZGRA 1C1LA 5GZEA 1V6JA 2F24A 3AFKA 3UK9A 2ZGTA 2A71A 5T5JA 4MWVA 3BODA 3WDYA 1S1AA 2P3JA 4B7RA 2SILA 1AVBA 1XQNA 3TI3A 1WW6A 2GNBA 3M3OA 1KQRA 1JUIA 4Y24A 3O9KA 5HUKA 2I2SA 1VAMA 1W20A 5LK5A 2KM2A 2QWJA 4LBQB 1MS3A 3K39A 2ENRA 1SLLA 1QKQA 1DFQA 2QWCA 4B7QA 1ULGA 3GALA 3B7EA 4Q8KA 1USRA 4GZWA 4XIOA 1X50A 3MW3A 1W6PB 4XTMA 2WT0A 4BQ1A 2ZMNA 4UW4A 1AXZA 1MS0A 2HT7A 1J1TA 1Z4ZA 3WDUA 4Y1VA 4K1JA 3APBA 4U2AA 1S0CA 2VW2A 1WW7A 1IS6A 1G86A 2JJ6A 1JYIA 3VKNA 4Y1ZA 4ISRA 4GWMA 4CZSA 1B09A 2ZMLA 3KQRA 3SANA 1IVFA 2C5DA 2QWBA 1SBEA 1EPWA 3TIAA 3ATGA 2GN3A 1DIMA 3LCPA 4HZXA 4GALA 3ENRA 2WQZC 4BLIA 3T1LA 3N3HA 1MZ5A 4Q6KA 2GNTA 5GLUA 3SALA 1L7GA 1QNYA 2W38A 2YMZA 1W6OA 4K1ZA 3TIBA 1V6IA 2ZHKA 1W8OA 1LHWA 2SLIA 3UL2A 2JKBA 1UAIA 4MX0A 1RITA 2A6VA 2CWMA 4GWNA 1FV2A 2GNMA 2A3YA 2DVGA 1DIWA 2C4LA 2W5NA 4KS1A 1LEDA 5H9QA 3K38A 5FRAA 3HR9A 1S0GA 2HTUA 5H9SA 5B2CA 4FVVA 3TB0A 4H52A 4AVTA 1N1YA 2R1DA 1AJKA 2AEPA 1QF3A 1LOGA 4MWUA 1Q8QA 2YA7A 1QGLA 2W5OA 1KJLA 4FP3A 3MW2A 2EALA 4Q1RA 3RG0A 2HTRA 4NN9A 4CTEA 3WDWA 2AREA 2ZGQA 1WLCA 3M1HA 2VSMA 2A6WA 4XBQA 4MWWA 2P34A 1F8BA 1S0DA 2QWAA 5GLVA 5F9TA 2D6LX 2P2KA 1DQ6A 1DYKA 2RKCA 1INFA 1WW4A 2DUPA 4ZXKA 3AP4A 4IQPA 4YGBA 1EUSA 1URXA 1V6NA 4MWXA 3A4UA 3LSDA 2WNEA 1VAVA 1FATA 1SFYA 2P3KA 1A14N 2R49A 4HZZA 4MJUA 1W6QB 2A75A 1IVEA 3AYDA 3OY8A 1LHNA 1C57A 1LU1A 5HUNA 1SO7A 1AF9A 1CJPA 3O5SA 1NCAN 1HQWA 3GNEA 3A0KA 1ENSA 4FOWA 4MWYA 5IK7A 3RMXA 1G7YA 1BKZA 2W39A 1Y7BA 2ZGOA 1GZ9A 2WKKA 3IN9A 1LODA 4LBMA 4XXAA 2A6YA 1WBFA 1LOCA 4XMIA 4FPKA 5DG2A 2VK7A 1AX2A 3B69A 2VVZA 1Z4WA 4B7MA 4P9YA 3UJQA 4YGDA 4X47A 4YM3A 3B00A 4M4UA 3IM0A 3K37A 2A6XA 5IK5A 2GDFA 4I30A 3SLIA 4AGVA 1UX6A 1N1TA 2JDZA 1INXA 1CPNA 2W08A 3PJQA 1LHUA 1SBFA 2WLQA 1G9CA 4P9XA 1VIWB 3POSA 1XOEA 3FUOA 1VCJA 3USUB 4FP2A 4M01A 2F25A 1I3HA 2JD4A 1DBNA 4AVSA 2BZDA 1GYKA 2F10A 3V0AA 1SCRA 1LHOA 4L8QA 4JC1A 1WBLA 4XXPA 3D11A 2F27A 1IVBA 2EAKA 4Y20B 2AGSA 3WLUA 4FJ6A 1DQ1A 5HX0A 4QNPA 4WZFA 1W6NB 2HYKA 3POWA 4R9DA 1DQ2A 4YG3A 5E8AA 2QWDA 3POYA 4FPOB 5JYYA 1V6MA 2CTVA 3R4UA 4XJZA 2QWHA 4AGGA 4BOWA 3QLQA 3VKMA 4UW6A 1PZ8A 2BQPA 1JYCA 5GZGA 3AP7A 1RIRA 2D44A 3OYWB 2HT5A 5T54A 4MZEA 4BLJA 1F31A 2D43A 4LBQA 1CR7A 1IVDA 1LCLA 4HZWA 4Q26A 2NM1A 1CONA 5CA6A 3N35A 4M3CB 3W59A 1MZ6A 1SLTA 1W6PA 5T55A 1YRZA 1A4QA 5DUWA 3TI6A 3GVLA 5CAZA 3D4KA 4FZHA 4J9TA 4YZ4A 1KDMA 4XBNA 2VU9A 2XZIA 1CESA 1GICA 4BMBA 2NZ9A 3AYAA 2ZAAA 3INAA 1V3EA 4XZPA 2ERFA 2F0ZA 6NN9A 2VW0A 2DVBA 1FNZA 1WW5A 3C2UA 2D6PA 2ZGLA 4GZQA 1LULA 1N1VA 3BTAA 4Q8LA 2A3XA 3FLPA 4XBLA 1MVEA 3JUUA 3NWKA 1WLDA 4PF5A 4XJRA 1SLCA 3D5OA 3AJYA 4JRAA 1C1FA 2WSUA 2E53A 4QN4A 1V00A 2EIGA 2DWRA 3N7KA 4XYXA 5KXCA 1NCCN 3HN1A 3RRDA 2YZ4A 3LSEA 4JCKA 3ZXLA 2F13A 3MEPA 1LENA 4XE9A 2HU0A 4PQ9A 2JECA 5GLWA 2VSKA 1UKGA 1ULDA 4K1YA 1KRIA 3O12A 5H9RA 2F12A 4ASMB 5KXDA 3O9JA 1BZWA 3B01A 3V0BB 5IUQA 4XMAA 4Y1UA 5E89A 5GJ6A 1NMBN 3WVJA 4FQZA 4MC7A 3WV6A 1INYA 1Z78A 4WA3A 1N3QA 1H9PA 5GZCA 1IKPA 5SV8A 4SLIA 4Y26A 3H6JA 4KBBA 1Q8VA 2VK5A 2UWBA 4GEZA 4CPOA 1H30A 1OKQA 1AZDA 5DUXA 4YM0A 2R0HA 3NV2A 3N36A 2LALA 5KXEA 1V6OA 4M3MA 3WUDA 3WDTA 2E51A 3A72A 2JE7A 5T5OA 5IT6A 1IS5A 3D6EA 4M3CE 3ZSMA 4F83A 1QDCA 2CL2A 1LESA 3WHTA 2E7TA 2XZJA 2GMEA 1NCDN 4ATEA 5GZFA 2BF6A 1ULCA 3HMYA 4Q2FA 2GMPA 1A78A 1W6QA 2AR6A 3CKZA 1N1SA 2NMNA 1GBGA 1GV9A 4B7JA 3V64A 1ENRA 3UJOA 4B7NA 1QOOA 1LHVA 1Z4VA 2E6VA 2D3PA 2NP0A 3DGTA 1JW6A 4C1XA 4WA4A 1NNAA 2B7YA 4Z8BA 5T5LA 2ZBJA 2WJSA 1LOEA 4WEGA 3AXEA 2QWEA 1WLWA 2ZGUA 1V0ZA 1UN1A 1CIWA 2W68A 1ENQA 3WZ1A 2HTYA 1WUVA 4GDIA 2AUYA 1VALA 1Z4YA 1OFSA 3H0OA 5JMCA 1CN1A 1F8EA 1MS1A 2A70A 1IVGA 5HUMA 2RHPA 3ZPYA 1UL9A 1I1EA 4WV8A 5JOXA 2ZACA 1Q8PA 2YA8A 4M3CF 3H71A 4XILA 3TICA 3M3CA 2R1BA 4GZPA 5FREA 5DUUA 1JBCA 3D12A 1EUUA 1QNWA 1DLLA 3WCSA 4BMEA 2EF6A 1CQ9A 2DTYA 2NYYA 2VWDA 3USUA 1LGNA 1Z4XA 5F5QA 2VK6A 2P37A 4GA9A 4Y20A 1JXNA 4M4NA 1W6NA 3ALWA 3ZSLA 2ZB6A 3DUIA 1G9DA 2FMDA 1AX1A 4XJWA 4R9CA 5HCAA 2EXIA 1LECA 1WD3A 4MJVA 4CPYA 4C1WA 3JU9A 3ZVXA 3VKFC 5JVVA 4NO4A 4UW3A 4XHXA 1SCSA 5JLVA 3OYWA 1MS5A 3OJBA 4RA0A 1LOFA 2ZKNA 4FOQA 3AZXA 4K20A 4LBLA 5KXBA 2WSVA 3O0XA 4MZAA 4M3CA 1W0OA 4MWQA 1IS4A 3AP5A 1MVQA 2C9AA 1NCBN 5EYYA 4YW4A 4YFZA 4HL0A 1DGLA 2OW4A 3W09A 3NV1A 2CYFA 5M1ZA 3WDXA 3IPVB 3WDVA 2SIMA 4Y1XA 5GM0A 4LBQD 3T1MA 1RINA 3GVKA 1G8WA 4YLZA 3B3QE 3AX4A 5DZEA 1AXYA 1IOAA 3H73A 1Z50A 1F8DA 2A5ZA 2YV8A 1YYNA 3WUCA 2CWSA 3WCRA 4QN6A 2HT8A 2CY6A 4BM8A 2BATA 3NV4A 4QN3A 1IS3A 2ARXA 2W52A 4FPFA 2A3WA 3TI5A 4OZXA 1LGCA 3CNAA 4FPYA 3ZYPA 3VKOA 4M4VA 5IK4A 1VCUA 3QCWA 4XJAA 1GZWA 2YA6A 5EWSA 3TAYA 1V0EA 4FQ4A 3FLRA 3OBTA 1LOFC 1WCQA 2VXRA 1DQ0A 3V0BA 3PMEA 3RSJA 1VLNA 1YO8A 2ZHLA 1E8VA 1L7FA 2A7AA 4KS3A 3VV1A 4FOYA 1QMJA 4D8SA 1ULEA 4BPZA 2YA5A 2ZGKA 1W6MB 4R9BA 1AJOA 3SILA 1UZZA 4XJUA 3SITA 4YZ1A 1LGBA 2H0BA 4UW5A 4ITCA 3RMYA 2ZGSA 2PELA 5L73A 1SLAA 1INWA 5JOZA 4K1HA 2E7QA 1YXWA 1N47A 3FUQA 3WG4A 5DZGA 2ZB5A 1BYHA 4YM2A 2UWCA 4NCSA 1NMCA 1NSBA 1EURA 4GZTA 3ASIA 3ZXJA 1LTEA 5GZDA 4Y22B 1R1ZA 2R16A 1GNZA 4GKYA 3BIWE 4MWRA 1BXHA 1BJQA 1ZA4A 2F28A 5GALA 2D6NA 5CB7A 1APNA 1F8CA 4PBPA 1ONAA 4GKXA 3WG1A 2WT2A 3ZSJA 2ARBA 1G9BA 3T2TA 4WVWA 2QWFA 2DV9A 4XIKA 1NSCA 4P14A 1V3DA 2F26A 1F9KA 3FFZA 1DILA 3SISA 3NV3A 2CMLA 2G4IA 3ZXKA 2PHFA 1LOAA 4HZYA 4QN7A 3Q9OA 3RS6A 5T50A 1SNTA 3AZYA 2LTNA 4M00A 1GZWB 2V5YA 1N3PA 1UMZA 3BOPA 5NN9A 1CPMA 2DUQA 1GNHA 4YW1A 1EUTA 4NOTA 4DQAA 4TYSA 3AP6A 2VUAA 5DUVA 1OQ1A 1V2IA 2ZHMA 4X6KA 1G9AA 4HIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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