1N1TA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana at 1.6 a
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords Sialidase
total genus 179
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1tA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1tA01
5GZFA 1LHNA 1V3EA 1IVFA 4XHXA 5GLUA 2UWBA 2EXIA 4GZWA 2VWDA 2DVGA 1SLBA 1AXZA 3ZVXA 3LSEA 5DUWA 3OYWB 2HU4A 1F9KA 2F13A 4BMEA 3NWKA 1V3DA 3V64A 3MEPA 2ZACA 2R0FA 2C5DA 4XBQA 4HZXA 1INGA 3ZPYA 1BZWA 1LOGA 3TB0A 1ENQA 4K1HA 1NSCA 1NCAN 3FLRA 5GALA 4B7QA 2BQPA 4BM8A 1MS9A 4FPGA 3H0OA 2EXHA 2HT7A 4PBOA 3WG2A 4GKXA 3AP5A 3V0AA 1VIWB 2JECA 2SILA 1YYNA 4AVSA 1W0OA 1LOFA 4CPZA 1VAVA 3A72A 4Z8BA 4DQAA 2JJ6A 2AR6A 4FPLA 2XB6C 2PHXA 1LULA 5T5OA 3ZSMA 1C1FA 1Q8PA 3SH3A 5HX0A 1QOSA 3ILRA 1GNZA 1Q56A 4M3CF 2JE9A 1YIFA 2VSMA 1IOAA 2BERA 4LBJA 4GZQA 2FMDA 3OBRA 3WDWA 1LGNA 1LHWA 1GZ9A 3ZXLA 2YA7A 2DVBA 4I30A 2PHRA 3VKNA 3WDTA 4XJWA 3FLPA 1YI7A 2CMLA 3TICA 1AJKA 2YY1A 2A71A 2DTYA 3A4UA 5GZCA 1DYKA 1INVA 1VCUA 1HQWA 3LSDA 2D6NA 3IKWA 4B7RA 2ZGMA 1CIWA 3FUOA 2JD4A 1NLSA 2HTYA 1GNHA 1LGCA 5EWSA 4XBNA 4SLIA 3TAYA 5GLTA 1NMCA 4AGRA 3NSSA 3K39A 1W6PA 1A14N 3SH5A 2WKKA 2ZABA 2YMZA 5CBLA 2ZBJA 3WDYA 1DILA 4K3YA 2Q5TA 3BTAA 2PELA 4CRQA 1LU2A 2WT0A 4NC5A 3USUB 4YM0A 4WEFA 3AP4A 3ZXJA 4XE9A 1NXD1 1WLWA 1G9DA 1JHNA 4XZPA 4WEGA 2SLIA 1AX2A 1NSBA 1DFQA 1GZCA 2NM1A 4Y22B 4XJAA 2CWMA 4GA9A 3CYEA 1W0PA 2JDZA 2GN3A 1LECA 1INWA 3FUQA 3NV2A 1W6NB 4ITCA 4C1WA 3C2UA 1DQ4A 1WW6A 5IUQA 1CPNA 4FVKA 1RINA 1G9CA 4GJTA 3SISA 1ULEA 3AYAA 2OVUA 4LBQA 3TI6A 1SBDA 3AP7A 4OZXA 2E51A 4K1YA 3WUDA 1V00A 1W8OA 3VKFC 3OJBA 2AENA 1EURA 3FLTA 4KBBA 4FP2A 2A6VA 3T1MA 1LTEA 5F9TA 4HZVA 1QDOA 2UWCA 4FVVA 1E8UA 3B9CA 2P3KA 2ZHMA 2ZKNA 1N1SA 2DU1A 1HDKA 1MS0A 4XIKA 1W6OA 1ENRA 1U0AA 1EUUA 1MS8A 3IN9A 1ULCA 5DZFA 5HCFA 3V0BB 4QN5A 2QWIA 4WV8A 4LBKA 4BOWA 2ES3A 4YLZA 5T50A 2GN7A 2WQZC 5FRAA 1AX1A 1Z4VA 4K1ZA 1UKGA 3APBA 3LCPA 4FOVA 4GZPA 1KITA 2QWCA 4D8SA 1SO7A 4GWMA 4W65A 2WSUA 1S0BA 4RL7A 2CY6A 2GDFA 3RMXA 3Q9OA 3POWA 2EIGA 1W6QB 3HR9A 4CTEA 3JUUA 3AYCA 4FJ6A 1UMZA 1WD3A 1C4RA 4Y20B 3VKMA 2F27A 4M4NA 3ZXKA 3A0NA 1QF3A 5LK5A 4M3MA 2F12A 5T55A 4XTMA 2W38A 3POYA 1INYA 4B7MA 1MWEA 3O9JA 1SACA 4YGBA 3ZYRA 1E8TA 4FPOB 3CL2A 2ZMLA 1V6NA 1UZYA 1DHKB 1H9PA 3HN1A 5E89A 5GLVA 2YA5A 3OGGA 2BZDA 4FPEA 2G4IA 1VAMA 4XIOA 3IPVA 4WVWA 1A78A 3ZYPA 3I4IA 1MS4A 3WZ1A 4P9WA 1LHVA 1LU1A 3AJYA 1W6MB 2DWRA 2ZGOA 3U4XA 4YG3A 1INFA 1WCQA 4LBNA 2GNMA 1USXA 4HZWA 1LHUA 2NYYA 3L2YA 2ZA9A 4YFZA 3N7JA 3BODA 3N7MA 1F31A 2UURA 2W52A 4LBLA 4ISQA 1F8CA 4CPMA 4P14A 4R9BA 4Y1XA 5HCBA 2DURA 2HTRA 1JUIA 3D6EA 4FQZA 1QKQA 7NN9A 1OQ1A 4XXAA 1Z4XA 1ZM1A 3FFZA 1NCBN 3WDVA 4F83A 1ULFA 1RIRA 4MWYA 3B69A 1DLLA 4Y1ZA 1Z4WA 2WT2A 1LEMA 4J9TA 4KS3A 4Y26A 4NOTA 1CONA 2X9MA 5IK4A 1C57A 1NN2A 4JRAA 1WBLA 2V5YA 4GALA 3D12A 4X6KA 2ZGUA 4KS5A 2I2SA 1YXWA 4XDQA 3UJOA 3AXEA 2C4AA 4MJUA 2W5OA 2GNTA 1Z78A 3M3CA 2H0BA 3V0AB 1CQ9A 2F25A 1CVNA 1KDMA 2W08A 1O4YA 2ZB5A 1B9VA 2UU8A 3POSA 2A70A 2QWJA 2UWAA 2HTVA 4GB1A 1DIWA 2A5ZA 3QCWA 4CZSA 3WDXA 2VXRA 4KS4A 3ZSLA 4ATFA 2A75A 5GLWA 1IS6A 1QU0A 3DGTA 2C4LA 1URXA 4FPJA 3CL0A 5E8AA 3M3EA 2VW2A 2ENRA 2OW4A 4M4VA 1N1YA 1S0GA 1N1VA 2AH2A 5JOXA 1XOEA 1A3KA 2CTVA 2F10A 3AP9A 4Q27A 2DUQA 4PBPA 1GZWA 4XJZA 1Y7BA 3SILA 4DGRA 4U2AA 4DS0A 3GNEA 1SFYA 2BF6A 2ZGTA 2ZAAA 5GJ6A 5DUUA 1GSLA 5H9RA 3WHUA 2D7FA 3WOGA 4FPCA 1AXYA 4M01A 1LODA 3AZVA 3AYDA 3VUOA 4M3CA 4NCSA 4MWJA 1MACA 1AJOA 5JOZA 1WW7A 3WCRA 2QWAA 5IK5A 1W6PB 1I1EA 2XZJA 2YV8A 4K1IA 1IVDA 1V6MA 3R4SA 4BMBA 2DUOA 1EPWA 4YG6A 1JBCA 1INHA 2DVFA 2PHFA 2NMOA 3KQRA 3AXDA 5HCAA 2RHPA 3D11A 3BOPA 1S0JA 2HT8A 1WCSA 1SBEA 3WCSA 5DXDA 4M4UA 2CWSA 5GM0A 4XJRA 3QLQA 1KDKA 2DYCA 1A4GA 1DQ6A 2PHWA 1UPSA 4D69A 1CJPA 3OY8A 5T5LA 5T5JA 5DG1A 1AXKA 1WW5A 1IKQA 1DBNA 4MWQA 5FREA 2A6XA 4BQ1A 2R16A 1VALA 2EALA 5B2CA 2CYFA 4LBQB 4P9YA 5AVAA 4XHBA 5H9QA 5M1ZA 1AF9A 2LTNA 1S0IA 4Q8KA 1EUSA 4FOQA 2D6LX 4HZZA 1N1TA 2D43A 1FX5A 1G9AA 4MC7A 2EXKA 1V6IA 5CNAA 1MS5A 4YZ5A 3T1LA 5L73A 3W58A 3KM5A 4C1XA 2BATA 1HLCA 1LHOA 1ULDA 4GDJA 1V3BA 5CAZA 5HUNA 1W6OB 5HUKA 2ZHNA 4X49A 4LBOA 1QOOA 3INAA 4ISRA 1FNYA 2C9AA 3V65A 3AZYA 3RSJA 5IT6A 1S0DA 5DZGA 4TYSA 1NMAN 2TEPA 1G9BA 1Q8QA 4XJ8A 2HTQA 4YFWA 1KJLA 4CPOA 2DVAA 3AK0A 4DRRA 2NN8A 2ZGNA 1MVQA 2DTWA 3RMYA 3RQ0A 3A71A 3WG3A 1BKZA 2A6YA 5HUGA 3O0XA 1DQ2A 1BQPA 1VLNA 3MW2A 1JW6A 2A3WA 3SH4A 1N3PA 1MS3A 2P34A 4YZ4A 3VKLA 4UF7A 3D4KA 4B7JA 1S0CA 1LEDA 2EF6A 4GDIA 3AZWA 3SALA 3WLUA 1LOBA 2AEPA 1LCLA 1FYUA 2PHUA 3PVNA 2YA8A 1ZA4A 5DG2A 4JF7A 1SCSA 1Q8VA 2JKBA 2WJSA 2AYHA 2ERFA 1DGLA 3T1EA 2QWFA 3ZSJA 1IS5A 4PF5A 3ZSKA 3NV4A 1LJ7A 2AEQA 1IKPA 2D6MA 3IPVB 3O12A 4AGGA 4Q1PA 4XJUA 4HL0A 2P3JA 2F11A 2ZGSA 3JU9A 3SANA 2D3RA 4YGDA 1GKBA 1UAIA 3M3OA 5GZEA 4FPKA 4DFSA 1WLCA 1LOCA 4FQ4A 4B7NA 4XOGA 2ZGQA 3UL2A 1Q8SA 1CN1A 4I00A 1DQ0A 1BYHA 4PCRA 1CR7A 3SLIA 1BXHA 1GV9A 4AYUA 2F26A 4MWRA 1F5FA 2A7AA 3ILFA 2HTWA 4ZKTB 2ZHKA 1OKQA 3RRDA 5EXOA 1CESA 4U36A 2B7YA 4YZ3A 5BYNA 3AP6A 1Z0HA 1F8DA 1UL9A 1QDCA 2OUJA 5DUXA 4XJ9A 1INXA 3ILNA 1QOTA 1MZ5A 1QNYA 2QWEA 3PVEA 1JYCA 3NV1A 1FATA 2DUPA 3H72A 4DPNA 3ASIA 4YW2A 1D2SA 2NZ9A 2A3YA 3ZXEA 2VK5A 3IM0A 1J1TA 1WLDA 1USRA 3BEQA 1LENA 1NMBN 1V6JA 4FOWA 1IS3A 2QWKA 2W39A 2D3SA 4HANA 3UK9A 1NNCA 1MS1A 1CPMA 3ATGA 1IVGA 2WT1A 1DZQA 1KQRA 1XQNA 1Z50A 1KRIA 2SBAA 3A0KA 3GALA 1LOEA 3BIWE 4Y1YA 3UJQA 5CA6A 1V0EA 1NCDN 4WVVA 5DUVA 1IVBA 5E88A 4XBLA 1JXNA 5JMCA 1N3QA 3ENRA 2B8HA 2D3PA 4MZAA 3OPZA 4AGVA 3RS6A 2ZGLA 2E7TA 3ALXA 2WNEA 3NV3A 3CKZA 4CPLA 1WBFA 3AFKA 4X47A 2CNAA 2YROA 4FPFA 5DZEA 1SCRA 1W21A 2D6PA 4Q26A 4GXLA 4GZOA 4MWLA 3GVLA 4FPYA 1A8DA 1GZWB 1O4ZA 3TIAA 4Y1VA 4K20A 4NO4A 2DV9A 5IK7A 3OYWA 3VV1A 3H73A 4AVVA 2YDTA 3B3QE 2QWDA 2WLQA 1GYKA 2VSKA 3PVOA 1NSDA 4YW5A 3SITA 4K21A 2F28A 5JYYA 2YZ4A 4BPZA 4YGCA 2E7QA 4R9DA 1L7HA 4M3CB 2GNBA 1UN1A 1Q8OA 3WV6A 4GZSA 2F0ZA 2GNDA 1UX6A 4YZ2A 1PZ7A 1WW4A 3MW4A 2E6VA 3WUCA 3N3HA 4FPHA 4XJQA 5JLVA 4GZTA 1MR5A 4UW6A 2R1BA 3FBYA 5B2DA 5H9SA 1V2IA 2P2KA 1GICA 3NN9A 1X50A 1V3CA 1LOAA 3O0WA 1H9WA 1OFSA 5EYYA 1YRZA 1L7FA 3B7EA 5EYXA 2YXSA 2R1DA 4FP3A 1BJQA 1W20A 1APNA 3D5OA 3OY8B 2XZIA 3B01A 3TIBA 1S0EA 1I3HA 2GMPA 2R49A 4GEZA 1GANA 3AYEA 4ZXKA 5T54A 4IQPA 5GZGA 5IK8A 1QMJA 4QN3A 4WA5A 5KXEA 3N36A 4MWXA 1W1XA 4MWVA 4Q6KA 5GZDA 4Y24A 3GVJA 2HT5A 2ZMKA 4YZ1A 2ZGKA 3H71A 4L8QA 3WNXA 2YDPA 3DUIA 5KXCA 2NP0A 2HYKA 4XTPA 1JOJA 3AZZA 1QGLA 1LGBA 2AREA 4YW3A 2QWHA 1H30A 2QWGA 1ONAA 4XXPA 3TI8A 2OUHA 4R9AA 1NNBA 3K38A 3H6JA 2ZB6A 1LESA 2GMMA 2R0HA 1JN2P 1SLAA 1B09A 3PJQA 2HU0A 2XCYA 1XOGA 3K37A 4Q2FA 3WG4A 3RG0A 1SLLA 1AVBA 2VY0A 4JC1A 4BLIA 5JVVA 1MZ6A 3GVKA 4X4AA 1G7YA 4AWDA 2ZHLA 1E8VA 2YA4A 1GBGA 4GWNA 1TEIA 1ENSA 1DQ5A 1R1ZA 1JYIA 4KS1A 3TI5A 1C1LA 2RKCA 3O9KA 2D6KA 3USUA 1A4QA 1UZZA 2VW0A 2DVDA 2CL2A 1D0HA 1MVEA 3MPPG 5NN9A 1AZDA 2SIMA 4YM2A 4UW3A 5T52A 4TZDA 1NCCN 5CB7A 4BBWA 1W8NA 1G9FA 1Z4ZA 2VVZA 3K3AA 1DQ1A 4YG0A 3M2MA 4Y1UA 2QWBA 4Y22A 2ZGRA 1V6OA 4JCKA 3M3QA 2ARXA 3INBA 1IVEA 1V0ZA 2D6OX 3M1HA 2P37A 1FV2A 1W6NA 4H55A 1V0FA 2W5NA 2EAKA 1FV3A 3WDUA 1PZ9A 3AJZA 5F5QA 5HUMA 1V6LA 2GMEA 1DIMA 2ZMNA 3N7LA 4P9XA 2GALA 4R9CA 1F8EA 1G86A 3JU4A 4K1JA 2W68A 3O5SA 3IMNA 4FOYA 1S1AA 2PHTA 2NMNA 3HMYA 3B00A 2VH9A 1KJRA 4H53A 3I8TA 4MYEA 4QN4A 2A6WA 2A6ZA 2ZGPA 3OBTA 4UW5A 4FZHA 3R4UA 3W09A 3TI4A 1SNTA 4YW1A 3T2TA 1L7GA 4MJVA 4BLJA 2AUYA 1B9SA 1S0FA 2A3XA 6NN9A 2Z42A 3V0BA 1B9TA 4QN6A 4RA0A 1ULGA 3N35A 1AX0A 4XMIA 3ZXFA 1SLIA 2P3IA 4HIZA 4GZXA 5KXBA 1IS4A 5JOWA 5JOYA 2ZZJA 1LOFC 1FAYA 2VK6A 1PZ8A 4MWUA 3WVJA 1HQLA 3W59A 2E53A 2F24A 4KS2A 1QNWA 1NNAA 1N47A 2EXJA 3R05A 4YW4A 4Q1RA 4XMAA 1SLCA 1WD4A 3K36A 1W6QA 4M00A 1VCJA 2FHRA 4Q8LA 1IVCA 3MW3A 4UW4A 2W20A 1V6KA 4YM1A 3TI3A 4Y20A 1Z4YA 5KXDA 2HTUA 2XZKA 3AX4A 3O0VA 1SLTA 3WG1A 3AZXA 4LBQD 4WA3A 5H9PA 4MZEA 2F29A 4ATEA 2DU0A 4K1KA 2KM2A 4NN9A 4GKYA 1G8WA 5SV8A 5JDBA 2VUAA 4HZYA 4WZFA 2VU9A 3SNMA 3ALWA 1YO8A 4YGEA 2LALA 4MX0A 2JE7A 4XILA 4CPYA 1F8BA 4ASMB 1N3OA 3CNAA 4M3CE 4XYXA 3N7KA 4MWWA 4QN7A 5GLZA 3PMEA 1WUVA 4YM3A 1BJIA 4PQ9A 1W6MA 4LBMA 1DYPA 1EUTA 2ARBA 2AGSA 1FNZA 2WSVA 4QNPA 3VKOA 2VK7A 4DRVA 2YA6A 1GLHA 3WHTA 1SBFA 2V73A 4H52A 2VW1A 1HKDA 4WA4A 4CPNA 5T5PA 4AVTA 2XG3A 1RITA 2D44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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