1N1VA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 176
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1vA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1vA01
1V6JA 1INGA 2NN8A 2YXSA 2GMEA 2D6LX 2VXRA 1NCDN 2AEPA 3AZVA 4UF7A 3CNAA 2D44A 1BQPA 3WLUA 1ZA4A 2B7YA 1LESA 1DQ0A 1LHUA 3K37A 1DIMA 5AVAA 1NSDA 2W5OA 3D6EA 3RG0A 3FLPA 3ZSMA 1N1TA 1NN2A 1N1YA 1ULGA 2QWCA 4BM8A 1OKQA 5GLWA 2ZGQA 2PHUA 3WCSA 5B2CA 3WG1A 1S0CA 2HYKA 2BF6A 1N3PA 4CPLA 4Q1RA 2YA6A 2HTQA 1WD3A 2D3RA 2Q5TA 3UJOA 2ZGLA 4UW5A 1UZYA 2QWKA 2CWSA 1IVDA 5HUKA 4ZXKA 4Q27A 1SLTA 2DVAA 1YYNA 3IKWA 1YIFA 4F83A 1L7FA 4NOTA 4ISQA 3CKZA 1KQRA 2ZAAA 1G9FA 2ZA9A 4YGEA 3FLRA 2P3KA 1GZWA 1LGNA 2XZJA 1UN1A 2WSVA 3WDVA 1NSBA 4MWUA 4WA5A 1MZ6A 2DUQA 3ZXEA 4MWYA 2WQZC 2SILA 5FREA 2P37A 4DFSA 3VKMA 4GEZA 4Y1XA 1UAIA 1EUSA 5GLZA 1W1XA 3T1LA 2NMOA 4YM0A 2JE9A 2AEQA 4HZXA 1WBFA 3H73A 4XJ8A 4LBOA 4FZHA 4BLIA 3OY8A 2WSUA 1C57A 2VK5A 4CPOA 2RHPA 1DIWA 4K1KA 2AREA 1INFA 2G4IA 5JOZA 4KS2A 1W6MB 4Y1YA 5DUWA 2YA8A 3C2UA 1IS4A 4BMBA 4XJ9A 2UWAA 3ILRA 3R4UA 4K3YA 2A6VA 5F9TA 4Q26A 5L73A 2X9MA 1FYUA 4FPHA 1SACA 3JU4A 1Z4WA 4OZXA 2GDFA 4D8SA 5HUMA 2ES3A 3ASIA 2ZHLA 1MACA 4K1IA 3H6JA 4FOWA 2SIMA 2GNMA 1HLCA 4P9XA 1FNYA 2AYHA 1G7YA 1FV2A 3UL2A 3IPVA 1CPMA 1W8OA 2PHXA 3VUOA 4FQZA 2GNTA 3AYAA 2DVDA 4DS0A 4WV8A 2V73A 3SLIA 4PQ9A 2F29A 3USUA 5H9PA 4K20A 1AZDA 4Y26A 3AYEA 3ZXFA 1YO8A 1LHOA 3PVEA 4GJTA 1LEDA 1GZWB 2ZKNA 1N1SA 5DZEA 3HMYA 4MX0A 4YFWA 1SNTA 2CWMA 3SITA 4QN3A 4MWWA 2CTVA 1NLSA 2NZ9A 1CN1A 4R9AA 1NMBN 4R9DA 2R0HA 4PBOA 1B9SA 2VW0A 4FQ4A 3TI3A 1DGLA 1DLLA 4GZWA 5GLVA 1C1FA 1S0IA 5LK5A 3QLQA 4GZOA 3KQRA 2AUYA 3AZZA 3RS6A 4AWDA 3AP9A 2XZIA 3AP4A 3OY8B 1Q8QA 4I00A 3AZXA 1V0FA 5H9QA 1CONA 1MS8A 1O4ZA 2PELA 4Q2FA 2C4AA 5HUNA 1SCRA 3V64A 2A6YA 1VCUA 1AXYA 2NM1A 2ZGOA 4BLJA 2CNAA 1H9PA 1Q8OA 5CNAA 3IMNA 4KBBA 5JOYA 3KM5A 4GZQA 4JC1A 4X47A 2DVBA 2DV9A 1QU0A 1EUUA 1JBCA 5IK5A 2QWBA 4M4VA 1IS5A 1QOOA 3R4SA 1AXZA 2AH2A 2GNDA 3FLTA 3QCWA 3OBRA 3B00A 1JHNA 4X4AA 1V6IA 3WZ1A 3BODA 2AGSA 1EURA 1F8BA 4FPJA 5E89A 2P34A 3ZXJA 1AXKA 2GN3A 2JDZA 1NMAN 3IPVB 1W6QA 2DURA 2UU8A 1APNA 2DTYA 4YLZA 4KS1A 1VAMA 5F5QA 2A75A 5GZDA 3HR9A 1IVBA 4FPFA 1V2IA 3USUB 4MWXA 3WHTA 1IS6A 2A6WA 2HU0A 4YM1A 1ZM1A 3WG2A 1V3CA 4YM2A 5SV8A 4PCRA 2XCYA 2R1DA 2ZABA 4Z8BA 2JECA 1SBDA 2HU4A 1Z4VA 4PF5A 3IN9A 1LODA 5DG2A 3SH5A 1RIRA 3I4IA 2YA4A 1V3EA 3RMXA 2EALA 5EYXA 2WKKA 5GALA 2VWDA 1G86A 1Z50A 4H55A 1URXA 1B9TA 1JOJA 2GMPA 1S0FA 1DFQA 1SLCA 3VKLA 2R1BA 1FV3A 2E7TA 4WA3A 1Q8SA 1BJIA 1IOAA 2A70A 4YM3A 2W39A 1UMZA 1C1LA 2XB6C 1FNZA 3H0OA 1CIWA 4YG6A 1VIWB 1Q56A 2EXKA 3WVJA 1FAYA 5HCBA 4QN6A 3FUOA 4XJQA 4B7JA 4NN9A 4LBQA 4QN7A 1L7HA 1QOSA 1KITA 4HZWA 3CL0A 3ZSLA 4XYXA 3LCPA 2ZGRA 4FPOB 4UW4A 1GICA 2VK6A 4XILA 1INYA 5GLTA 4XJWA 2QWHA 2ZGMA 4QN5A 3MW3A 4K21A 4MC7A 2F10A 3K39A 4GZPA 3GVJA 3PJQA 4WEGA 1H30A 3OJBA 3PMEA 2P3JA 2WT2A 1LU1A 1ULDA 1U0AA 2VW1A 4M3CE 2VSKA 2OUHA 4MZAA 2ENRA 1WCQA 2YA7A 1G9DA 1LHVA 5KXBA 4K1HA 4FP2A 4L8QA 1SLLA 1FX5A 1GNZA 1WUVA 1IKPA 3GVLA 2W38A 1W6PB 2VH9A 1GZ9A 1JUIA 1S0BA 1VLNA 2BQPA 2C9AA 3A0NA 4HZZA 4QN4A 3APBA 1NCBN 3RSJA 1LOBA 2F27A 2FHRA 1XOGA 2CL2A 3ENRA 3O0VA 1ENSA 4I30A 3WNXA 1E8TA 1DYKA 1AVBA 2HTVA 1Z4XA 1AX1A 3ZYRA 1LCLA 1D2SA 1VALA 5E8AA 1BXHA 1LU2A 3BEQA 1KDKA 2EIGA 1QF3A 4YGDA 4HZYA 2VK7A 3N7MA 4XJAA 2WT0A 5IK4A 1F9KA 1IVFA 4XJZA 2F25A 4YFZA 2ZMKA 3T1EA 1MR5A 2EAKA 2E53A 2SLIA 1V0ZA 3ALXA 1RINA 4GXLA 1QDCA 3B69A 4FPYA 3M1HA 5DZFA 3AZWA 2QWGA 3JU9A 4MZEA 2DYCA 1OQ1A 1V0EA 3D12A 4DGRA 2NYYA 5H9RA 4LBLA 2D3PA 4XDQA 1OFSA 4LBQB 3N36A 1N3OA 1ENRA 3RQ0A 4CPZA 2CY6A 5DUUA 3NWKA 5JYYA 2ZGPA 4YZ2A 5T55A 2YV8A 2VSMA 5HCAA 5T5OA 2PHRA 4R9BA 1DILA 4XXAA 4FPEA 1NCAN 4FPKA 4P9WA 3NV3A 1G8WA 3WCRA 3TI8A 2GALA 1W6OA 2D6PA 1V6KA 2YDPA 4GWNA 3BIWE 5CBLA 1WCSA 3TB0A 2A3XA 5HCFA 2A5ZA 4MWRA 5HX0A 3BOPA 2EXHA 3NSSA 1LOFA 4FJ6A 5JMCA 3R05A 1Q8PA 2D6KA 2ZZJA 1W6NA 5GJ6A 1I1EA 1UZZA 4Q8LA 4AVSA 2LALA 1V3DA 2ZGSA 2HTYA 4TYSA 2A6XA 2HTWA 1QOTA 2CMLA 1A3KA 2ZHNA 1Q8VA 5GM0A 2DU0A 3ZYPA 4GA9A 1N47A 3N35A 2D6MA 5GLUA 1B09A 3SISA 3WOGA 2C5DA 4GKXA 5KXEA 4MWVA 3NN9A 4K1YA 2UWCA 3GALA 4WA4A 3AP7A 1HDKA 3WG3A 3A4UA 1JYCA 2QWFA 2A7AA 2PHTA 4DRVA 4CRQA 2ZBJA 3ZXLA 2P2KA 2JE7A 2VW2A 3ZXKA 1V6LA 1CJPA 2ARXA 1KRIA 3K3AA 4ATEA 3D4KA 1E8VA 3Q9OA 3B3QE 2W20A 2ZACA 3TI5A 5JDBA 1B9VA 1LULA 5T54A 1LHNA 2ZGKA 2ZGTA 4UW6A 3AXEA 2D43A 3M3QA 1LECA 3AJYA 3OBTA 2ZHKA 3N7LA 1AJOA 1Z78A 1LENA 3DGTA 3WUDA 3WDWA 4GB1A 1GKBA 1H9WA 3WG4A 4YG0A 1TEIA 2A3WA 1YI7A 3O9JA 4WZFA 4GZXA 3W09A 1DQ2A 1LJ7A 1LOFC 2D3SA 3NV4A 4DRRA 1CVNA 4JCKA 4WVVA 3WV6A 2W5NA 3ZSKA 3H71A 1DYPA 4DQAA 4B7RA 3VKNA 4M3MA 1W6OB 4Y22A 1EPWA 3OGGA 4AYUA 3VKOA 2ZB5A 4KS4A 3O5SA 4XMAA 2VUAA 2ZHMA 1X50A 4K1ZA 1BKZA 2YA5A 4YZ3A 5EYYA 4RL7A 3WUCA 1AX0A 1WBLA 4XTMA 3ZVXA 4HL0A 4C1WA 4FPLA 3AP6A 4K1JA 1DQ6A 3B01A 1CESA 1V6NA 1INHA 5GZGA 4B7NA 3NV2A 1Y7BA 5DXDA 1S1AA 2ZMNA 4YW3A 3ILFA 1NNBA 4M4NA 2OUJA 2KM2A 3WHUA 4LBMA 3V0BA 2BATA 3SALA 1L7GA 1YXWA 1JYIA 1S0DA 3ZSJA 1A78A 1GYKA 5CA6A 3D5OA 4KS5A 2DU1A 5IT6A 1MS9A 4RA0A 4X49A 2HT8A 1DBNA 1QGLA 5T52A 1IVEA 4YW4A 1UL9A 1GZCA 3K36A 3V65A 2ZMLA 3M3OA 2C4LA 4YG3A 1LGBA 1KJLA 3H72A 1GNHA 4XBNA 1PZ9A 2ZGUA 3MW4A 3HN1A 1QNWA 4BQ1A 3W59A 3RMYA 4YGBA 4XIKA 1CR7A 3VV1A 5JLVA 4CTEA 4FP3A 2SBAA 2E51A 2QWJA 1WW6A 3AJZA 1LOEA 5IUQA 4BPZA 4LBJA 2A71A 2AR6A 4NO4A 3M3EA 4FPGA 2GNBA 4XTPA 4YW2A 5DZGA 3L2YA 1ULEA 1MS4A 3ALWA 3N7KA 4M4UA 1BZWA 2DUOA 4FOVA 1GLHA 4Y22B 4MYEA 1EUTA 1A14N 3UK9A 4JF7A 1A4GA 5T5JA 1W6QB 5CAZA 4M3CF 5IK8A 2WJSA 3INBA 1DQ1A 1INVA 4HANA 3WDTA 4Q8KA 1W8NA 2ARBA 1W0PA 4XE9A 2QWAA 1JXNA 4XOGA 3I8TA 2RKCA 2WLQA 3BTAA 3AYCA 4D69A 4XBLA 2QWDA 4DPNA 1VAVA 1MVEA 1UKGA 3IM0A 1LOCA 3V0BB 2PHWA 4YGCA 2D7FA 4HIZA 1W0OA 5JVVA 3CL2A 2PHFA 3LSEA 3O0XA 1DQ4A 5BYNA 3SH4A 3TI6A 5JOXA 1V3BA 5KXCA 1V6MA 1DZQA 4XXPA 1USRA 4W65A 4QNPA 1HKDA 1R1ZA 3WDUA 2AENA 1SBEA 3AXDA 3TICA 4XIOA 3MPPG 4C1XA 1S0GA 1V6OA 3A72A 1QNYA 1HQLA 4P14A 1XQNA 2LTNA 2CYFA 3SH3A 5GZCA 1IVCA 5H9SA 1SBFA 2F12A 2P3IA 3V0AA 1IS3A 2YY1A 4XJRA 7NN9A 5IK7A 2XG3A 4GWMA 1E8UA 4XBQA 4AGVA 4M3CA 1NNAA 5NN9A 2BERA 3SANA 3ILNA 4MJVA 1F31A 3T1MA 3GVKA 4CPYA 1AJKA 3LSDA 2HT7A 2YROA 4Y20A 2W52A 1G9AA 5CB7A 1IVGA 3A0KA 2E6VA 1Z0HA 1DQ5A 1HQWA 3POYA 3MW2A 1LOGA 1FATA 3RRDA 4AVTA 5DG1A 3MEPA 1JW6A 2D6NA 2HTRA 4XJUA 1WLDA 2ZB6A 4GDJA 1F8CA 1RITA 1MS1A 2EXIA 3TIBA 2F24A 3SILA 1WLCA 3OYWA 2UURA 3M2MA 1WLWA 3FFZA 3WDYA 2Z42A 1A4QA 4GZSA 3T2TA 3PVNA 2HTUA 4XHBA 1UPSA 4BMEA 1SO7A 4PBPA 2WNEA 4CZSA 2E7QA 4TZDA 2H0BA 4BOWA 3AZYA 1WW5A 3B7EA 4XMIA 3AYDA 3POSA 1WW4A 1S0EA 1SLAA 1J1TA 2F28A 4ATFA 2ERFA 2WT1A 1KJRA 1Z4ZA 1QMJA 1LOAA 5EWSA 1SLIA 1ONAA 2NMNA 1Z4YA 1I3HA 1O4YA 1A8DA 3POWA 2R16A 4YZ5A 1GBGA 4J9TA 3K38A 4Y1ZA 1N1VA 4R9CA 1F8DA 2F26A 3N7JA 2DVFA 4Y1VA 1UX6A 1MS0A 2OVUA 1LTEA 1G9BA 3GNEA 4CPNA 3N3HA 3NV1A 1AF9A 4SLIA 2HT5A 3PVOA 4CPMA 4ASMB 2JKBA 4P9YA 3FUQA 2DUPA 3OPZA 3ZPYA 1NNCA 4IQPA 1LGCA 1ENQA 1AX2A 2W08A 3V0AB 4ISRA 1SCSA 4M00A 3AP5A 3CYEA 1QKQA 1NMCA 1PZ8A 4M3CB 2YMZA 1GV9A 2TEPA 4M01A 2A3YA 4MWJA 4YW1A 1MZ5A 1MS3A 4FOYA 1BJQA 3M3CA 2VU9A 5GZEA 4LBNA 3B9CA 4ZKTB 5EXOA 4YZ1A 1QDOA 2EF6A 1NSCA 1F8EA 4Y20B 3AK0A 1SLBA 4AGGA 3FBYA 1C4RA 1MVQA 3ATGA 3A71A 3AX4A 1F5FA 1WW7A 3O0WA 4MJUA 5B2DA 5M1ZA 2FMDA 3D11A 5FRAA 5T5LA 4YW5A 2VVZA 2DTWA 3W58A 1INWA 2GMMA 4H53A 3OYWB 2JJ6A 3O9KA 3SNMA 2YDTA 2D6OX 1CPNA 1NXD1 1MS5A 1LEMA 4Y24A 1JN2P 3VKFC 4Y1UA 2ZGNA 2NP0A 3TI4A 2DVGA 1W21A 4B7MA 2V5YA 5T50A 4GALA 1XOEA 2JD4A 1DHKB 2F11A 5DUVA 2W68A 1CQ9A 2F0ZA 1W6NB 2UWBA 4FOQA 1IKQA 4JRAA 4X6KA 2A6ZA 1G9CA 4B7QA 4Q6KA 4NC5A 4UW3A 5KXDA 2F13A 1USXA 4YZ4A 4Q1PA 2GN7A 4LBKA 2BZDA 5GZFA 1ULFA 1MWEA 4H52A 3INAA 1NCCN 1WD4A 5E88A 1W6PA 4KS3A 2OW4A 2XZKA 4AVVA 4U2AA 1SFYA 5HUGA 1GSLA 1GANA 3JUUA 4GKYA 3UJQA 2B8HA 4MWLA 2EXJA 5T5PA 4GDIA 3U4XA 1S0JA 2DWRA 1VCJA 4XZPA 4FVKA 2YZ4A 2VY0A 4ITCA 3AFKA 4BBWA 3O12A 3TIAA 5JOWA 4XHXA 1ULCA 4FVVA 1INXA 4LBQD 4AGRA 3DUIA 2I2SA 3TAYA 1D0HA 1PZ7A 4FPCA 4MWQA 2QWIA 4WVWA 4NCSA 6NN9A 3WDXA 1W20A 4GZTA 4HZVA 2R49A 2QWEA 1LHWA 4U36A 1BYHA 1N3QA 1V00A 1YRZA 4WEFA 2R0FA 1KDMA 1W6MA 5DUXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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