1N1VA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana
Total Genus 176

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
total genus 176
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1vA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1vA01
3R4SA 4CPLA 3ZPYA 2AUYA 1A4GA 4XJWA 4Y1ZA 3C2UA 3UJOA 4DS0A 4P9XA 2NN8A 4YZ5A 6NN9A 1LESA 1IS6A 2ZAAA 2QWDA 1CJPA 1HLCA 3V64A 5CBLA 4UW6A 4R9BA 2YDPA 1JHNA 3HR9A 3QCWA 3AP7A 2C4AA 1EPWA 3SANA 4XYXA 3WG1A 3OBTA 2WKKA 4YG0A 3NN9A 1SLAA 1CONA 1QF3A 4CRQA 2DUPA 3OJBA 2W5NA 1CPMA 2PELA 3OPZA 1A8DA 4LBNA 3POYA 5HUKA 3FUOA 1JXNA 4FVKA 4AYUA 4K21A 1UL9A 3M3OA 1QDCA 4BLIA 2PHWA 4M3CB 2GALA 4K1JA 4M3CE 2PHXA 1F31A 1LCLA 3APBA 4ISQA 2OW4A 1GKBA 4LBQA 4YGEA 2D6NA 4YZ3A 3O0WA 5GZGA 1UZYA 1C4RA 2C9AA 1JOJA 3AXDA 1LU1A 1QKQA 2QWCA 3AZYA 2E7QA 3V0AB 4B7NA 2R0HA 4BPZA 4DPNA 2C4LA 4WVWA 2ZGMA 2H0BA 3H72A 2ZHNA 1S0CA 5DUWA 3W58A 1ULCA 3BEQA 4YG3A 2VWDA 1NCAN 1AJKA 1WW6A 2WT1A 1WW4A 4YM1A 3TAYA 3U4XA 1IVGA 2ERFA 1N47A 3JU9A 4U36A 4Y20A 4YW3A 4QN6A 4NOTA 3ZSKA 1L7HA 5EYYA 3AYAA 3N36A 4Q8LA 3WHTA 3AZWA 2I2SA 1AX1A 4PQ9A 4Q8KA 4Y1XA 4KS1A 1FNZA 3OY8B 2YA7A 5GLZA 3ENRA 4MJUA 5DUVA 4K1KA 2A71A 3ZXLA 4MWXA 5T52A 1G9FA 3WDVA 3D11A 2EF6A 3V65A 4YM0A 4YW1A 3WNXA 3A4UA 1W6QB 3HMYA 2D3RA 3OYWB 1IVFA 1G7YA 1Y7BA 1L7FA 1WLDA 4CPNA 4FOWA 4D8SA 2ZGPA 3TI5A 1B9SA 4XHXA 2GNTA 2DYCA 2DWRA 1DHKB 1MZ6A 2VW1A 4KS5A 4BBWA 3ZSJA 3N3HA 1LOFA 4FPFA 4GJTA 5DXDA 2DURA 1I3HA 1MS3A 3UL2A 3GNEA 1AXZA 1HQWA 4YM3A 2UWBA 2R1DA 2VK6A 4QNPA 3KQRA 5DG2A 5DZGA 2CY6A 3CL0A 5HUNA 1WBFA 1NNAA 2ZGQA 3R05A 3ZSLA 2PHUA 1VCJA 4JC1A 1TEIA 1A14N 1V00A 1CESA 4FQ4A 4NCSA 1KDKA 4WV8A 3AP9A 4HL0A 1B09A 3ZVXA 3N7LA 4GZOA 2G4IA 1MVQA 2AREA 1DQ6A 1LHVA 3RMYA 2WNEA 3B7EA 1AF9A 4BMBA 1V0EA 1AX0A 2A3XA 1V6OA 4FP3A 1D2SA 1HKDA 3A0KA 4QN3A 2DUQA 3VKMA 2GMPA 1IS4A 2B7YA 4YZ1A 4BQ1A 3RQ0A 1MZ5A 4XE9A 3RRDA 2C5DA 1N3QA 3A72A 1WUVA 1V6MA 1NSCA 5GJ6A 3ATGA 4XBQA 1N1YA 5AVAA 2A70A 2CWMA 2JECA 1KDMA 3TI8A 5F9TA 2BATA 2A6YA 4B7MA 4L8QA 2HTQA 2E53A 4DRRA 4PF5A 2VH9A 1JW6A 2GDFA 4XXAA 1NMBN 1PZ7A 3Q9OA 1INYA 1FYUA 2EXKA 4XIKA 2HT5A 5HCBA 1S0GA 4XXPA 1E8UA 4FPCA 1GLHA 1BJIA 3WZ1A 3WCRA 3T2TA 4GKYA 1EUUA 4AVTA 1SBFA 2EIGA 1SCSA 1APNA 3WV6A 2DU1A 1SO7A 1S0FA 3IM0A 1EUTA 3D4KA 4Y1YA 2YXSA 1W6OA 1CIWA 3MW3A 4ZXKA 3VKLA 1ULGA 1W6MB 4PCRA 1KJLA 1R1ZA 1HDKA 1NNBA 1A78A 1G9CA 1CQ9A 1SBEA 3CKZA 4R9AA 5SV8A 3OGGA 2WJSA 2AEQA 3A71A 2A3YA 4RA0A 3WDWA 1LOCA 2TEPA 3ILRA 1Z0HA 4BMEA 3SNMA 4BLJA 5JVVA 5HUGA 3NV3A 1W0PA 4CPZA 3ZXEA 4F83A 1G9AA 4WA4A 2D43A 1WW7A 2ZBJA 2YA8A 3K36A 1S0DA 3AYEA 1N3PA 3NV1A 2BERA 1DLLA 4GALA 1V3CA 2AR6A 3ZXJA 2D6MA 1LGNA 1Z4VA 5IK7A 1N1TA 1LGCA 2UWAA 1GZWB 4XZPA 1MS9A 1Z78A 4MZEA 1V3BA 4XTMA 3OBRA 3JUUA 1GZCA 2JKBA 3MW2A 4FQZA 2QWGA 2ZMKA 4X4AA 4P9WA 1LHWA 2Z42A 4K1HA 4Q6KA 4K1IA 2XG3A 5M1ZA 2E6VA 3TI4A 3WHUA 3WG4A 4HZZA 3SH4A 2GMEA 1C1FA 1YYNA 3W09A 4XJZA 1H30A 5HX0A 1W6NA 1AZDA 4IQPA 3ILFA 3VV1A 1QNYA 3AP4A 2D6PA 3RG0A 2W5OA 3K37A 4YG6A 1KRIA 1UAIA 4NN9A 4UW3A 3N35A 4C1WA 5KXCA 2W68A 4FVVA 2OUHA 5CAZA 4GZPA 4FJ6A 2DV9A 2JDZA 1QOOA 2P3KA 4B7JA 3DGTA 5EXOA 2GNBA 3H71A 1RIRA 5DG1A 4GDJA 1E8TA 3NSSA 2F13A 3WDUA 2UWCA 5E8AA 3NV4A 4FP2A 1N1SA 5GLTA 2RKCA 3MEPA 1QU0A 2E7TA 4GZXA 1MS8A 2A5ZA 4LBQB 2YDTA 3L2YA 1KITA 3SALA 2VY0A 5T5LA 2A6VA 3QLQA 3MW4A 4YW4A 5EYXA 1L7GA 4MWVA 1S0JA 5JDBA 5IUQA 3O12A 4CPMA 4YW2A 1BYHA 2P34A 1OKQA 3WG2A 3ZSMA 3B69A 5FRAA 1QNWA 1Q8PA 2VK7A 3H6JA 3FBYA 4JRAA 2YY1A 1USXA 1V6IA 4Q26A 2SIMA 2AEPA 4MJVA 1SCRA 4XDQA 3VUOA 5E88A 4Y20B 3FFZA 3FLRA 4M01A 1ENQA 1DQ2A 4ISRA 2P2KA 3TIAA 4WZFA 4KS4A 1UN1A 5B2DA 4Y26A 3HN1A 3KM5A 3POSA 1NCBN 1CPNA 4XJRA 1ULEA 2GNMA 2ARXA 2D3PA 4UW5A 1WCQA 2CNAA 3WOGA 2F11A 2V5YA 4Y1UA 3WUCA 2DVFA 5JOZA 5JYYA 4LBJA 4ATFA 3M2MA 1INHA 5DZEA 2YMZA 1N1VA 3PVNA 1Q8VA 4XIOA 4XILA 4PBOA 1NMCA 4LBMA 4CZSA 1W8OA 1NNCA 4P14A 2DVDA 3INAA 1LHOA 1MS0A 3AYDA 4R9CA 3SH3A 5DUUA 2GN7A 4GZWA 1X50A 2UURA 5JOYA 1N3OA 5GZEA 1GSLA 5IK8A 4KBBA 1IVEA 3VKFC 3O9KA 1G9DA 4GZQA 1YIFA 2WSVA 1VCUA 2D3SA 3D5OA 1ENRA 3POWA 3A0NA 4ZKTB 3CYEA 4QN4A 4MWRA 1ENSA 3N7MA 1INWA 1Q8OA 5HCFA 2QWIA 2ZZJA 1JUIA 1UPSA 5DUXA 4WA5A 4ATEA 1SFYA 1V2IA 4XJ8A 3VKNA 3ALWA 3DUIA 4I30A 1IS5A 4CPYA 1GBGA 3ZXKA 1JN2P 1Q8SA 3AFKA 3RSJA 3FUQA 1V3DA 2R1BA 3AK0A 3IMNA 3UJQA 3USUA 1V3EA 2QWFA 4M3MA 5T50A 1NXD1 2WT2A 5HUMA 3AJZA 1DFQA 4BOWA 3CL2A 2ZABA 2CYFA 4X6KA 1LTEA 4MZAA 1MVEA 1NSBA 2HTRA 3ZYRA 5B2CA 2WSUA 4YW5A 1W0OA 1MACA 1Z4XA 3BTAA 1INFA 2D6OX 4XTPA 2QWBA 4Q1RA 1B9VA 2EAKA 4ITCA 2P3JA 1G86A 1AXYA 2YV8A 4FPOB 3TI3A 2A6XA 2OVUA 1FX5A 2ZB6A 1NSDA 3NV2A 3VKOA 4AVSA 2NYYA 1BJQA 2ENRA 2A7AA 1H9PA 2NMOA 2ZB5A 3AXEA 4FOQA 4B7QA 5T55A 5GZFA 5KXDA 1DQ0A 5JMCA 2EALA 5FREA 4FPJA 2FHRA 4YM2A 1WD3A 1NMAN 1AXKA 5GLUA 1DQ1A 2ZGKA 4YLZA 2DU0A 1W6OB 4M3CF 1UKGA 1IVDA 2A6WA 2VW0A 2F0ZA 3O0XA 2ES3A 3M3CA 1QOTA 4MYEA 1B9TA 4MWUA 2CL2A 1Q8QA 2JJ6A 3V0BA 2Q5TA 1CN1A 2QWAA 5GLVA 3AJYA 2GMMA 1UX6A 5L73A 1IVBA 1Q56A 4LBKA 1FNYA 4YGCA 1URXA 1XQNA 4R9DA 3WDYA 2R49A 3WDXA 1MWEA 2D6KA 2YZ4A 4I00A 1SLCA 3ALXA 4WEGA 3IN9A 3WUDA 2OUJA 1LGBA 2YA6A 4U2AA 4QN5A 3BODA 2ZMLA 3BIWE 3RS6A 1W6PA 1F5FA 1F9KA 2VXRA 4LBQD 4X47A 1YRZA 4AWDA 5GALA 1GYKA 4Y22A 4W65A 4YZ2A 4H52A 2F27A 1V0ZA 1SLBA 4MX0A 2W52A 2VW2A 3ZYPA 5CB7A 3H73A 1ULFA 4DFSA 4AGVA 2AYHA 3PMEA 1NCDN 1W20A 1LOFC 2ZGNA 1C1LA 3AZXA 2HTWA 3IPVA 4XJQA 2HTUA 4FPGA 1GZ9A 2F29A 5HCAA 1VAMA 1YI7A 1W6NB 1Z4YA 3B3QE 1WCSA 2EXHA 5JOWA 4MC7A 1JYIA 3SLIA 3O0VA 4FOVA 5CA6A 4H55A 3B00A 1V6JA 5H9RA 2QWKA 3PVOA 1LODA 4Y24A 2CMLA 4YFZA 4OZXA 4UW4A 5T5OA 1ULDA 2LALA 3SH5A 4JF7A 2R0FA 3LSEA 3B01A 2W08A 5H9SA 5DZFA 1LHNA 3TB0A 3GALA 1XOGA 2P37A 1A4QA 1F8CA 4GZTA 1RITA 2NZ9A 1GNZA 1A3KA 4KS2A 2ZHMA 2XZKA 4DRVA 3O9JA 2AENA 1D0HA 4XBNA 3R4UA 4B7RA 2AH2A 4NO4A 4HZWA 1WLWA 1SLTA 5IK4A 4DQAA 1S0BA 4XMAA 4BM8A 1MS1A 3O5SA 1DQ5A 2HU0A 2P3IA 4PBPA 1AVBA 4GWMA 4Q27A 1LOEA 2F26A 3TI6A 3AZZA 1DIMA 3PJQA 1FV2A 4D69A 2NP0A 1WD4A 1CR7A 4ASMB 4FPEA 4M3CA 1DGLA 1NCCN 1MS5A 4SLIA 1V0FA 7NN9A 1GNHA 4M4NA 1PZ8A 1I1EA 2JE9A 4FOYA 1EURA 5GLWA 1SLIA 1MR5A 1W21A 4Q2FA 3V0AA 1LENA 1S0IA 2SLIA 5KXBA 2KM2A 4MWLA 3M1HA 5H9QA 3I4IA 5BYNA 1FAYA 1LECA 1SACA 1DILA 1JYCA 4XJUA 4XMIA 2AGSA 1BZWA 1SBDA 4XBLA 4TZDA 4JCKA 2ZKNA 1PZ9A 4AGGA 2CWSA 5EWSA 4M00A 4QN7A 2XZIA 3B9CA 2ARBA 2F12A 2BF6A 1G9BA 4AVVA 4GWNA 3GVLA 2WT0A 2EXIA 2D7FA 2ZGSA 1VLNA 1UMZA 4XHBA 3GVKA 4FPHA 3OY8A 3N7KA 2JE7A 2HTVA 1AX2A 5JLVA 1V6NA 2JD4A 4FPKA 1DQ4A 2VVZA 4Z8BA 1BXHA 2PHRA 1BQPA 4DGRA 1S1AA 1W1XA 3T1LA 2VU9A 4RL7A 2A75A 5F5QA 3AZVA 4WA3A 1W6QA 1Z4ZA 1CVNA 2ZACA 3OYWA 2XB6C 2F25A 1QOSA 3D6EA 1KJRA 2QWJA 2DVBA 2WLQA 3LCPA 4FPYA 4GA9A 3PVEA 1J1TA 3UK9A 3INBA 1C57A 3M3EA 4FPLA 3SITA 3I8TA 1QDOA 1VAVA 4YGDA 5JOXA 3NWKA 4K20A 2DUOA 1KQRA 3AP6A 4P9YA 1JBCA 4CTEA 2DTWA 4Y1VA 1LEMA 4Q1PA 2E51A 3USUB 2GN3A 4C1XA 2D44A 1DYPA 3CNAA 4XOGA 2A6ZA 5KXEA 4HZVA 4LBOA 1V6LA 2BQPA 3T1EA 4MWYA 3MPPG 4XJ9A 5LK5A 2BZDA 1IOAA 2ZHLA 1LOBA 3AP5A 2DVAA 2F28A 4K1YA 3SISA 3WCSA 3W59A 1LU2A 3K39A 3D12A 1DZQA 1ZA4A 4GKXA 4MWWA 2FMDA 1LHUA 4J9TA 4TYSA 1GICA 2ZGUA 2YA5A 2XCYA 4LBLA 1F8BA 1Z50A 1F8DA 4AGRA 1DIWA 2WQZC 3JU4A 4YFWA 4WEFA 1SNTA 1LOAA 1SLLA 2VSMA 3H0OA 3LSDA 2HYKA 1IKPA 2NM1A 4K3YA 3K38A 5T5JA 3N7JA 3TICA 4HZXA 1RINA 4GB1A 2LTNA 2YROA 4HIZA 5T5PA 2SILA 4M4VA 1LOGA 2X9MA 3SILA 1LULA 1ONAA 1BKZA 5T54A 1GANA 1E8VA 5IK5A 1UZZA 1QMJA 2HT7A 4M4UA 1MS4A 3K3AA 4XJAA 2YA4A 1INXA 1FATA 3V0BB 2HTYA 1WW5A 4GZSA 3IKWA 1ZM1A 2ZGLA 5E89A 2W39A 2PHTA 3FLPA 2F10A 1NN2A 3WDTA 1H9WA 1LJ7A 1F8EA 2EXJA 1VIWB 4YZ4A 1DBNA 1OFSA 1AJOA 4MWQA 1WLCA 1OQ1A 2ZGRA 3M3QA 4NC5A 1VALA 3FLTA 3WG3A 1O4ZA 2SBAA 2PHFA 4HANA 1W6MA 4WVVA 4YGBA 4MWJA 3ASIA 2W20A 4GDIA 2R16A 2ZMNA 1W6PB 2RHPA 1S0EA 3ILNA 2QWHA 4FZHA 4GEZA 1WBLA 2XZJA 2QWEA 4Y22B 2F24A 1FV3A 2W38A 2ZGTA 2B8HA 1YXWA 1XOEA 3T1MA 2VUAA 4GXLA 4KS3A 2NMNA 1HQLA 1IKQA 2DTYA 2ZHKA 2GNDA 4HZYA 1YO8A 4H53A 3TIBA 2HU4A 1Z4WA 1USRA 4K1ZA 2A3WA 5GZDA 3IPVB 1INGA 2UU8A 4X49A 5CNAA 3WLUA 2V73A 3GVJA 5GZCA 1GZWA 3AX4A 1EUSA 2VK5A 4CPOA 2D6LX 3BOPA 3AYCA 1IVCA 5IT6A 3WVJA 1QGLA 1U0AA 2ZA9A 5NN9A 1O4YA 1W8NA 2VSKA 1G8WA 1LEDA 4UF7A 2HT8A 2CTVA 5GM0A 2DVGA 1GV9A 1NLSA 1DYKA 1IS3A 2ZGOA 1V6KA 5H9PA 3ZXFA 1INVA 3RMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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