1N1YA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with sialic acid
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords Sialidase
total genus 172
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1yA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1yA01
4XJRA 1IVFA 1FX5A 2YA8A 5GLVA 2AH2A 4GWNA 3ZXJA 1W6MA 1WBFA 3ZSJA 1KJRA 2R1DA 1X50A 3AP9A 3WDXA 1N3OA 1LGBA 3WOGA 4WEFA 2F27A 4AGGA 4F83A 2WSUA 3B3QE 1CVNA 1B9SA 4FPEA 4DPNA 3UJQA 1EURA 1L7HA 4GDIA 1V6KA 1BYHA 5IT6A 2VVZA 3JU9A 2E7TA 1LGNA 1Z0HA 1DQ0A 1APNA 1NSDA 5B2CA 3UK9A 4KS3A 1QDOA 1YYNA 3D5OA 3TICA 3AP6A 1Q8VA 3DGTA 3MW4A 4LBLA 2CWMA 1FNYA 4GXLA 3D12A 4TYSA 4XHXA 5EYYA 4FVKA 3AZWA 2XZKA 5E8AA 2BATA 3AYCA 4UF7A 1LU1A 4YM1A 4FOWA 1IKQA 1SLBA 4MWYA 1XQNA 3WG2A 2XG3A 3POYA 4MZEA 3TI5A 1G9AA 4WEGA 3WHTA 4BLIA 1NXD1 1MS8A 1G7YA 3AZZA 4X49A 1FV2A 2ERFA 2WKKA 1CN1A 2WSVA 5KXDA 3ZPYA 3AXDA 2ZMKA 3Q9OA 1CIWA 1DBNA 1L7GA 3SNMA 2SIMA 1SBFA 4GZWA 1BKZA 4KS4A 4LBQB 4QN7A 1GLHA 1Q8PA 2HTVA 3O0WA 2NMNA 4XJ9A 4XIKA 3U4XA 4R9CA 4YG0A 1WLWA 1LOCA 2NP0A 1V6IA 5DG1A 4M00A 5DUUA 4PF5A 3ALWA 2CNAA 2GDFA 4MWRA 5IK8A 4HZYA 1A8DA 1DZQA 3RS6A 1A4QA 3TAYA 2A6XA 5F9TA 4Y26A 1QU0A 2EIGA 4FP3A 5GZCA 4Y1VA 3WCRA 4Y20A 4LBMA 1BXHA 3MW2A 1INVA 5EWSA 4U2AA 1AF9A 3INAA 1W6QA 3M3QA 1Z4VA 3FLPA 1AXZA 2EXKA 4B7JA 3HMYA 4FPLA 4FPHA 3V0BB 2ZMNA 4WA5A 3O9JA 4XMAA 2SBAA 1WUVA 4AGVA 3M3CA 4YM2A 4MWWA 3OY8B 3WZ1A 4K1ZA 1VAMA 4AGRA 5M1ZA 1EUSA 2DYCA 5HCFA 2DVAA 4YLZA 2V73A 1PZ9A 5KXBA 3VV1A 3BIWE 1FV3A 1BJIA 1QKQA 4WA3A 4GZSA 3USUA 1UL9A 2EXHA 2VWDA 1BJQA 2UU8A 3B01A 2D3RA 1DYPA 3APBA 4Q8LA 3LSDA 3NV3A 3WHUA 1NNCA 4YZ3A 2F25A 4FVVA 4XJWA 2NN8A 2B7YA 5JLVA 2JDZA 3UL2A 1DLLA 1B09A 2ZGNA 1USRA 3T2TA 4XBNA 3N7MA 2JE9A 2VH9A 3OY8A 4OZXA 1GKBA 4HIZA 2ZMLA 3K37A 3N3HA 1MS5A 4M3CE 5IUQA 4CPNA 4K1HA 3A0KA 3K36A 1IVGA 2YA6A 2ZA9A 2C4LA 2ZGQA 2C4AA 1MWEA 1GYKA 1R1ZA 3OBRA 5T52A 4ISRA 5CAZA 1W6PA 3CL0A 1A78A 4Y1ZA 1DYKA 2ZACA 1ULEA 4B7MA 2ZGKA 1WLCA 1V3CA 4M3CA 2JECA 4GKXA 1SLTA 5CA6A 1KDMA 3H6JA 2A6WA 4GZQA 1W6OA 4FOYA 1S0DA 2AREA 3D11A 4GZTA 3AP4A 3VKNA 1HKDA 2WJSA 1N3PA 2YZ4A 4QN6A 4XJUA 3AK0A 4YZ1A 2BZDA 1V3DA 2TEPA 4YZ4A 4MC7A 2HT5A 4GZOA 2P3KA 2BF6A 4HZZA 5DZFA 1GNHA 1QOOA 3ZYRA 2DU1A 3B69A 4XHBA 1MS1A 3N7JA 3I8TA 2ZHNA 1Z4XA 2VSKA 2QWCA 2E51A 1URXA 5DG2A 5GM0A 3ALXA 2ENRA 2W20A 2D3SA 1CQ9A 2PELA 3POSA 4KBBA 3POWA 5JOWA 4XOGA 2UWAA 1WD3A 1NCAN 2D43A 3AYAA 1F9KA 1OQ1A 2F26A 2FMDA 4X47A 1NCBN 2ZGMA 4KS5A 1W6MB 4X6KA 1Q56A 1V6NA 5FRAA 2PHUA 5T5PA 1F31A 4YGBA 3N36A 3C2UA 2D3PA 2VK7A 1LTEA 2DU0A 4B7RA 3VKFC 2JJ6A 2VK5A 2GNBA 2YMZA 2A7AA 3SITA 4R9BA 1GANA 2AEPA 6NN9A 1N1YA 5GLZA 3WDYA 3RMXA 3ZSMA 4HANA 2B8HA 1MS0A 4HZWA 1ULDA 1NSBA 4YM3A 1Z78A 5B2DA 3A4UA 4AVSA 2RHPA 3W09A 1QDCA 4LBJA 3LCPA 2KM2A 2YY1A 5CBLA 2HU0A 1HDKA 4D69A 1ULCA 2QWIA 1JHNA 2ZGPA 5BYNA 3FLRA 2A3WA 3R05A 4MYEA 4XBQA 2SLIA 1MS3A 2AGSA 4BM8A 4YW4A 2E6VA 3V65A 4DRVA 1C1LA 2HTWA 4Q6KA 1INWA 3ILNA 2HTYA 1MACA 4I00A 4YW2A 4JC1A 2GN3A 4TZDA 2G4IA 2A3XA 2QWJA 2Q5TA 4CPMA 2WLQA 2YA7A 2OUHA 1TEIA 3DUIA 1G9BA 3QLQA 4FQZA 3ZXEA 3AYDA 3HN1A 1S0CA 3PVEA 2ES3A 1USXA 3WG4A 2ARXA 4YFWA 4K1JA 2PHFA 1XOGA 5GZFA 2WNEA 1CJPA 5SV8A 3INBA 4YZ2A 2CTVA 2H0BA 3M1HA 4ASMB 2YDTA 3W59A 1KQRA 5IK5A 3RSJA 1N1TA 2DVGA 3AZVA 4Y22B 3JU4A 2ZGRA 4K1YA 3CKZA 1N1VA 1NN2A 1H30A 3NSSA 2C5DA 3BOPA 1G8WA 3V0AB 4FZHA 4Y20B 3NWKA 1WLDA 2LALA 2VK6A 2YROA 2D6NA 5T55A 4GJTA 1KJLA 1A3KA 1W6QB 1WCSA 3V64A 4D8SA 5NN9A 1RIRA 3AJYA 3IMNA 4HZXA 3K39A 4LBQD 1AVBA 2A3YA 3AZXA 4QN3A 4NOTA 4GB1A 1DQ4A 2W08A 1C1FA 2W5NA 2XZIA 3H73A 2V5YA 4QNPA 2DVDA 2BQPA 1FATA 5GLWA 4CPLA 3TI4A 4W65A 4LBKA 3SANA 3OYWA 4Y22A 4CTEA 4FPOB 3NV4A 3GVKA 2I2SA 1MZ6A 4FPYA 4Z8BA 5HUMA 3V0AA 4AWDA 5JDBA 3USUB 3BTAA 1S0BA 2W52A 1INHA 4P14A 2F10A 2DWRA 1D2SA 2ARBA 1CESA 5IK4A 2HTRA 1NLSA 2D6LX 2GMPA 4B7QA 1VAVA 3RQ0A 1V6MA 3FFZA 3ASIA 5JMCA 1SBEA 1LCLA 5HUNA 4MWVA 4WVWA 3R4SA 1IVDA 4XTMA 2ZGOA 2EAKA 1INXA 1DHKB 4Y24A 4UW4A 2ZB6A 4ITCA 3WVJA 3IM0A 1BQPA 1LHUA 4HL0A 2F24A 5IK7A 1SCRA 4XJAA 1JN2P 4XYXA 2YA5A 3UJOA 4AVTA 4JF7A 1CR7A 3R4UA 1INGA 3NV2A 2ZABA 3IKWA 3IPVB 2QWGA 3D4KA 2R16A 2GNTA 4AYUA 3MEPA 1LU2A 1W6PB 5H9RA 4XZPA 2ZGLA 2P34A 3I4IA 4ZXKA 3WCSA 1V00A 1S0GA 2AR6A 3KM5A 4XE9A 1SNTA 1WD4A 1JBCA 3TI3A 1YRZA 4M3CB 2GNMA 2A71A 2ZGTA 4PBOA 2AENA 1H9WA 3B9CA 4YFZA 1AZDA 4ZKTB 2W39A 4Y1XA 1W6OB 5GJ6A 4J9TA 4QN5A 1V0EA 4IQPA 5DXDA 1DQ5A 3SILA 3IN9A 2JD4A 2E53A 1W6NA 3ATGA 1INFA 1YO8A 4FOVA 1LHWA 5GZEA 1JYIA 5KXEA 1LJ7A 1DQ6A 1VIWB 2VUAA 3IPVA 2AEQA 1SLIA 2VW2A 1WBLA 3ILRA 2D7FA 2EXJA 3FUOA 1FYUA 4FPJA 4YGDA 3WUDA 5T5JA 4BLJA 1UMZA 1GZCA 1QMJA 4YGCA 5GZDA 1GZWB 4Q1PA 5DUWA 2F13A 4XJ8A 1V6LA 4YW1A 1SO7A 5DUVA 2GMEA 2QWDA 3SH3A 1IVCA 2EXIA 4MWXA 1V3BA 3AFKA 2YA4A 1AJKA 3SH4A 4YW3A 1SLLA 4WV8A 4Q8KA 3VKMA 4YM0A 3RMYA 2JE7A 1LHOA 4PCRA 4Q27A 4KS2A 1LEDA 2F28A 3NN9A 1JW6A 2ZKNA 2VY0A 1CPNA 1N1SA 4GALA 3PMEA 5H9PA 1LHVA 3B00A 3ZXKA 1YI7A 1G9FA 2CWSA 1ENRA 4MWQA 2GALA 3PJQA 1IVEA 1CPMA 1Q8SA 1QNYA 1V3EA 1HLCA 1PZ8A 1LGCA 4CZSA 5LK5A 4K3YA 1GZWA 4BPZA 1WW4A 1LHNA 1W0OA 3O12A 1Z50A 4PBPA 1IS3A 1IOAA 1GV9A 4DFSA 1GNZA 2PHRA 3B7EA 1VCJA 3AX4A 2DVBA 2F12A 1LEMA 2ZB5A 3ENRA 5HCAA 3K38A 3SLIA 3MPPG 5JOYA 3D6EA 3T1MA 1UAIA 4R9AA 4FPGA 4P9WA 4XJQA 2OW4A 4U36A 1VALA 1AXKA 5KXCA 4XBLA 1DQ1A 1B9VA 5CNAA 3LSEA 2WT2A 2DUOA 3K3AA 7NN9A 3AP7A 2PHTA 5GALA 1OKQA 2NYYA 4MZAA 4FJ6A 1QOTA 3GVLA 4DRRA 2NZ9A 5DZGA 1O4YA 1UZZA 4QN4A 1NMBN 4RL7A 1LENA 2NM1A 1DFQA 4XXPA 2QWHA 2QWEA 1V6OA 2XZJA 4K20A 5H9QA 1HQWA 4KS1A 2SILA 5T5OA 1G86A 3RG0A 1WW7A 5DUXA 1ZM1A 1AX1A 2LTNA 3ILFA 1GZ9A 3TI8A 2XCYA 1S0EA 5EXOA 1MVQA 2JKBA 2CY6A 1KDKA 1HQLA 3O0XA 4HZVA 3AJZA 2C9AA 4WZFA 1Z4ZA 1Y7BA 1C4RA 4Q1RA 3M3OA 3VUOA 1RITA 4C1XA 3FLTA 1S1AA 3M2MA 2P2KA 4CPOA 1DIWA 1WCQA 4H55A 1LOGA 1L7FA 2W38A 3CL2A 4WVVA 5AVAA 1W1XA 1INYA 2YV8A 3WG1A 1ZA4A 3WDWA 4GWMA 1AX2A 3SALA 2D6KA 2F29A 2WT1A 3O5SA 3L2YA 2P3IA 3N35A 1LULA 2CMLA 3WUCA 4MX0A 3VKOA 2R49A 1DILA 1MS4A 2DV9A 3OYWB 1F8CA 2F11A 4DS0A 3O0VA 1IS5A 4MWUA 2W68A 4JCKA 2QWAA 3FBYA 3SH5A 5JVVA 2ZBJA 1H9PA 2A5ZA 5E89A 2HYKA 2DUQA 4NN9A 5T54A 2D44A 1CONA 1JYCA 1Z4YA 3TIAA 1AJOA 1LOEA 4X4AA 4FPKA 2GN7A 4UW5A 5HUKA 2ZAAA 4CPYA 1AX0A 1BZWA 5EYXA 3N7LA 2DVFA 2ZHLA 1YXWA 2EF6A 1V0FA 4K21A 4P9XA 5GZGA 1IS4A 2DTYA 1Z4WA 1LECA 4UW3A 4M3MA 1W8OA 3CYEA 3OGGA 4H52A 1QNWA 4M4VA 5GLUA 2A6ZA 1VLNA 2NMOA 1WW5A 3W58A 5JOZA 4M4UA 1FAYA 1JXNA 1NCCN 2QWKA 1UZYA 1S0FA 4UW6A 2VSMA 3ZVXA 1SCSA 1DIMA 3TI6A 2DUPA 1LOFC 4JRAA 1V6JA 1I1EA 1ULGA 4MWLA 2WQZC 3O9KA 2W5OA 3WG3A 1E8VA 3M3EA 2CL2A 2OVUA 1XOEA 4LBQA 1NMCA 3AXEA 2R1BA 2R0HA 4GZPA 2QWBA 4Y1YA 1OFSA 2DTWA 3AZYA 2FHRA 2R0FA 2A6YA 1E8TA 4Y1UA 4GKYA 4FOQA 4SLIA 1W20A 1N47A 1O4ZA 3BODA 3CNAA 1V2IA 1AXYA 2F0ZA 4MJVA 1W6NB 3ZXFA 1SACA 4YW5A 1LOFA 1MS9A 4Q2FA 4CPZA 2XB6C 2A70A 2A75A 1QOSA 1QGLA 3WDVA 2PHXA 4RA0A 4MJUA 1ENSA 1MZ5A 1V0ZA 1LOBA 1LOAA 1U0AA 1KRIA 4MWJA 1NNBA 4FPCA 1UPSA 4M4NA 2DURA 1W8NA 3OJBA 5HCBA 3ZSLA 3H72A 5JOXA 1Q8QA 3KQRA 3QCWA 2ZGUA 4DQAA 2YXSA 3OBTA 4XMIA 2X9MA 5HUGA 4FPFA 1SLAA 4I30A 1VCUA 4AVVA 3JUUA 4PQ9A 1LESA 3GVJA 5F5QA 1ONAA 4FQ4A 2QWFA 3V0BA 4XDQA 3WDUA 4ISQA 4XXAA 3T1EA 2HTQA 2D6MA 2D6PA 2PHWA 2VW1A 3T1LA 4BOWA 1Q8OA 4K1IA 1SFYA 1S0IA 4GDJA 4DGRA 4BBWA 1F8DA 4LBOA 3GNEA 4YG3A 2UWBA 3VKLA 1MVEA 4GA9A 3FUQA 4NO4A 2D6OX 3PVOA 1B9TA 3PVNA 5GLTA 1YIFA 3H71A 4XIOA 1DQ2A 1G9CA 4LBNA 2ZGSA 2ZHMA 1NMAN 4BMEA 4XTPA 3AP5A 3RRDA 3WNXA 3H0OA 4XJZA 1SBDA 1MR5A 3BEQA 1W0PA 1RINA 2UURA 1JUIA 3WV6A 4BQ1A 1WW6A 1F8EA 4M01A 4Q26A 1E8UA 2HT8A 1UKGA 1N3QA 1GSLA 1S0JA 3N7KA 2HTUA 2HT7A 1NCDN 3A72A 2AYHA 1I3HA 4GZXA 3AYEA 4B7NA 4K1KA 4GEZA 2UWCA 4NCSA 4BMBA 3NV1A 2Z42A 2A6VA 3WLUA 4L8QA 4YZ5A 1G9DA 4ATFA 2E7QA 2CYFA 1W21A 1GICA 1DGLA 4M3CF 5H9SA 4YG6A 4FP2A 1LODA 1C57A 3SISA 1NSCA 1IKPA 5L73A 1IS6A 3GALA 5T5LA 1D0HA 4NC5A 5DZEA 2AUYA 4R9DA 3HR9A 5CB7A 2WT0A 2P3JA 1A4GA 1UN1A 3TIBA 3OPZA 4P9YA 2HU4A 5HX0A 1A14N 1EPWA 1ENQA 2ZZJA 4WA4A 3TB0A 3WDTA 1JOJA 1J1TA 2YDPA 4H53A 3ZSKA 5JYYA 2VXRA 5T50A 4XILA 3A71A 1FNZA 1PZ7A 2EALA 5FREA 1UX6A 2GNDA 1ULFA 4ATEA 2VW0A 2VU9A 4C1WA 3MW3A 3ZYPA 2BERA 2RKCA 2OUJA 4CRQA 1GBGA 1QF3A 1EUUA 1F8BA 2ZHKA 2GMMA 1EUTA 3ZXLA 4YGEA 1SLCA 2P37A 5E88A 1IVBA 1NNAA 3A0NA 1KITA 1F5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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