1N1YA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with sialic acid
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sialidase
total genus 172
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1yA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1yA01
4QN6A 2PHXA 3K3AA 2ZHKA 4FPGA 4YGCA 4XJWA 4WVVA 4Q1PA 4FZHA 2ZHNA 4J9TA 4OZXA 4JC1A 2ZMLA 3NSSA 3AXDA 3WHUA 1KJLA 5GLUA 3V0AB 2P34A 4P9YA 3WDVA 4ATEA 1W6MA 1N47A 3V64A 2ZGQA 4GZTA 5CBLA 4PQ9A 2JE7A 2A71A 2QWKA 1WUVA 4C1WA 2WT0A 1SCRA 5HUKA 4CPZA 1DFQA 1IS4A 4CPYA 3AP9A 3V65A 4YW5A 1AX2A 1DLLA 2YY1A 1G7YA 4MWXA 4XMAA 1KQRA 3N35A 2AEPA 1GZWA 2NYYA 1ULGA 5EWSA 3SLIA 4K1HA 4YW1A 4GKYA 2E6VA 2DVFA 4K20A 4I00A 2EF6A 1ENRA 4WVWA 4R9BA 4HANA 2ZA9A 1NSDA 4Y1ZA 1V2IA 3BODA 4XTMA 2ZGSA 2YZ4A 3A0NA 3O5SA 1NLSA 3NWKA 3TI4A 2XB6C 5CA6A 4YG6A 5T50A 2A70A 1V0EA 4LBNA 4Q2FA 1V6NA 3H0OA 4XDQA 5JOZA 4YM1A 4BPZA 4UW5A 2RKCA 4FP3A 3V0BB 2WLQA 3RSJA 2JJ6A 1JXNA 2VH9A 3SILA 4M3CB 1JW6A 2QWCA 4QN3A 3LSEA 1W0PA 2AR6A 2OW4A 1SFYA 5JYYA 1RITA 2ARXA 1AVBA 1MS0A 4QN7A 1Z78A 5IUQA 3O0XA 3T1EA 3ASIA 4CRQA 1WD3A 1GZCA 1JOJA 1W6PB 4XYXA 1KDMA 1V6MA 2AEQA 4DFSA 2F11A 2F28A 1LEMA 1USRA 3POWA 5IK4A 1AXKA 4NC5A 3TIAA 3W58A 2A5ZA 1BQPA 5KXDA 3ZXFA 2GN3A 2D3RA 4CPOA 1FV3A 2D6PA 3JU4A 4ZXKA 4Q1RA 4GB1A 1IOAA 4AGGA 1GICA 4XBLA 5T5JA 1MS5A 4GXLA 1CONA 5KXCA 2PHUA 3H6JA 1NCAN 5DUVA 2HTYA 2XG3A 1JYIA 1JN2P 3WUDA 5IK5A 5IT6A 4NN9A 2VK5A 1LECA 1VIWB 4HL0A 1C1FA 1N3QA 2F27A 5F9TA 4UW4A 2E7TA 3AZXA 2D3SA 2H0BA 1INFA 4AWDA 4TYSA 3A4UA 3BOPA 4XJAA 1Q8QA 4GDJA 1NXD1 4M3CF 1URXA 1LHVA 2DUQA 1INYA 1IVEA 5L73A 3POYA 4K1KA 3L2YA 1EUSA 1E8TA 3JU9A 2WNEA 1LOCA 4LBQD 4FOWA 4QN5A 2BERA 1UAIA 3GVJA 2W68A 4UF7A 1IVGA 3AZYA 1S0EA 1S0CA 3M2MA 4R9CA 2A75A 1LHOA 3IPVA 1V3CA 4U2AA 3N7KA 4P9XA 1FNZA 4YG0A 4F83A 2VXRA 2ES3A 1G9CA 1W0OA 3OPZA 5GZCA 5GZDA 4Q27A 2AGSA 4YLZA 1Q8SA 1IS6A 5DUUA 3VUOA 3BTAA 3AXEA 4AGRA 4TZDA 3AJYA 2W5NA 3TI6A 4R9AA 5SV8A 3T2TA 4U36A 2YA5A 4XIKA 1CN1A 4ATFA 1R1ZA 4B7NA 2EXIA 1XQNA 4FPEA 2A6VA 1Z0HA 4QN4A 1MWEA 3QCWA 4GZOA 3TI8A 2DUPA 3B01A 4YW4A 1BYHA 2A3WA 2SIMA 2CYFA 5HUGA 3WHTA 1N1TA 2W52A 1DGLA 1WW7A 3HR9A 2VSMA 2HTQA 2W39A 3T1LA 3CNAA 2HT5A 2GNBA 5HUMA 1UMZA 3ZSMA 2E51A 4LBOA 1SACA 3PMEA 1LHWA 3QLQA 4Y1YA 3ILRA 4ISRA 2W08A 4YZ1A 2JD4A 2R1DA 4PF5A 2JDZA 5T55A 2X9MA 3OYWB 1W6OA 1F9KA 4KS2A 4D8SA 2RHPA 1C57A 3SANA 3SISA 3CL2A 4M01A 3FLRA 4HZVA 1D0HA 2NM1A 5H9RA 5GZFA 3W59A 5JMCA 1UN1A 4GZSA 2W20A 3PVEA 1O4YA 2HTRA 1DHKB 4W65A 1SLAA 1WW5A 4LBKA 2EXJA 2OUJA 3K38A 3SH4A 3RS6A 2JECA 2B8HA 3USUB 2W5OA 3AP7A 2A6XA 1SBFA 2HT8A 5GLWA 1UZYA 2QWBA 5DXDA 3HMYA 5HCAA 5CNAA 1B9VA 1VCUA 4DS0A 1LGNA 2QWAA 5EYXA 1Z4VA 2YDTA 3V0AA 1FAYA 2OUHA 4DPNA 5H9QA 5B2DA 2SILA 4XILA 5JOWA 4B7QA 3AK0A 3OY8B 1N3OA 3SH3A 2NMOA 3OBTA 4B7JA 1F8DA 1CPNA 4MJUA 2P2KA 2WSVA 4LBJA 4BBWA 4H52A 1G9FA 5IK7A 3AJZA 1GNZA 5E88A 4MX0A 2VY0A 2A6YA 2CNAA 2YA8A 1LEDA 2ZHMA 4FQZA 4GALA 4HIZA 1ENQA 1F31A 1ONAA 1A4GA 4DGRA 4FPCA 1UX6A 5HX0A 3K36A 2R0HA 1LCLA 1AZDA 3NN9A 1I1EA 3WDYA 4IQPA 4ISQA 2DVAA 1S0DA 2A3XA 4YG3A 2D6MA 4Y22B 1INGA 4DRVA 1MR5A 4GWNA 5FRAA 1INWA 5HUNA 1C4RA 2QWFA 1SLLA 1V3EA 2PHTA 4XJZA 3CKZA 3LCPA 3A71A 1DYPA 4PCRA 3M3QA 3O9JA 3VV1A 4X4AA 1AJOA 2HTVA 1MACA 1CQ9A 1X50A 1V6LA 3AYEA 1QNYA 5GJ6A 2GNMA 4FPYA 4AVTA 3B3QE 4HZXA 4BMBA 3V0BA 1V6OA 3M1HA 2EXKA 2HTWA 2UU8A 3N7LA 3TAYA 4M3CA 1GANA 3VKLA 1JUIA 3ENRA 5F5QA 3WUCA 3AP4A 4FPOB 3TB0A 2PHFA 1INXA 3OJBA 2UWCA 3WNXA 1W8NA 4KS4A 4AGVA 2YROA 2WSUA 2YA4A 1XOGA 4GZPA 2ZKNA 3NV2A 2VSKA 5M1ZA 3PJQA 2DU0A 1F5FA 3M3OA 1JYCA 2R1BA 1G9AA 5IK8A 1S1AA 4Y20B 5B2CA 1QF3A 1W6PA 5T5OA 4QNPA 3WLUA 4FVKA 3SALA 4XXAA 4XBQA 2ZHLA 4UW3A 2SLIA 1QGLA 3WG1A 1WCSA 5HCBA 3DGTA 4D69A 4PBOA 6NN9A 1WW6A 5T52A 2D3PA 2KM2A 4SLIA 3BEQA 4GZWA 2W38A 1VALA 1WLDA 1NMBN 3ZYPA 3WDTA 2ZGLA 2I2SA 1YRZA 3CL0A 4X47A 2VW1A 4DRRA 1O4ZA 1WBFA 1KJRA 2ZZJA 4WA4A 4XJ9A 2LALA 4M3CE 2GNTA 1IS5A 3A72A 1TEIA 3O0WA 1LOAA 4M4UA 4XOGA 3H73A 4Q8LA 2XCYA 2YA6A 2AYHA 5DG1A 3W09A 2AREA 3AYDA 2UWBA 1WLCA 2YDPA 5AVAA 1XOEA 1V00A 2XZJA 2V5YA 4XBNA 2D44A 1DZQA 1DYKA 5JVVA 2QWGA 1DQ5A 1LULA 2GDFA 4KBBA 1G8WA 5KXBA 1YYNA 1V0ZA 1SLTA 2AENA 3PVOA 4BLIA 2BATA 4NCSA 4FPJA 4YZ2A 4NOTA 3ILNA 5GZEA 1DILA 1S0IA 1BJIA 2XZKA 1OQ1A 2ZGTA 2C5DA 3AP6A 4Q6KA 1BJQA 1E8UA 1Y7BA 2BZDA 2DYCA 2B7YA 2A6ZA 1J1TA 4KS1A 1W6QB 2A7AA 4Q8KA 3B00A 2QWDA 3I8TA 4BQ1A 2F13A 1MZ5A 3MW4A 3AZVA 4B7RA 1F8BA 5T54A 2GN7A 5CAZA 1H9WA 3AYAA 3O12A 1LHNA 1MVEA 1S0JA 1LGBA 1LOBA 1NCBN 1QMJA 3T1MA 2F26A 2YMZA 1LU2A 2Q5TA 1H9PA 1YI7A 3ZXEA 2C4LA 1PZ7A 3DUIA 1ULDA 1IS3A 3GALA 1A3KA 3N36A 3FFZA 1HQLA 1AJKA 2QWJA 1IVDA 4AVSA 2DVBA 3AFKA 3WCSA 4H55A 1EPWA 2GMPA 3WOGA 3O0VA 4MWVA 2WT1A 3ILFA 4DQAA 2WT2A 3K39A 2ZGUA 1A78A 3C2UA 2E53A 3IN9A 4CPLA 2F12A 1ZA4A 2NZ9A 4YW3A 1INHA 3WDUA 2PHWA 2QWHA 1B9TA 1KRIA 4K1YA 2WJSA 3WVJA 4ASMB 1A8DA 4LBQB 3FLPA 3D6EA 2A3YA 4JF7A 4GZXA 2ZGPA 1SBEA 3UJOA 1DBNA 3SNMA 2PHRA 1Q8VA 3OYWA 4MZAA 1CVNA 2QWIA 3BIWE 3IMNA 4RA0A 1HDKA 1WBLA 1MVQA 1Q8OA 4FPFA 4GZQA 1GYKA 4M4VA 2AH2A 4XIOA 1ENSA 2ZB5A 1W6NB 5H9SA 5EYYA 2GMMA 2HTUA 4MWYA 2DTYA 4YM2A 4FVVA 2F29A 4YFWA 4M4NA 4WV8A 3USUA 4K1JA 2DWRA 1V6KA 3PVNA 1MS4A 4WA5A 2P37A 2VVZA 2AUYA 4WEFA 3D5OA 4FPHA 5GZGA 4YGBA 3AZWA 4AYUA 1VCJA 1SO7A 4XMIA 4JRAA 2WKKA 3D12A 1U0AA 1NSCA 4FQ4A 5E89A 1LOGA 3OY8A 2YA7A 2PELA 4WA3A 4X49A 1NMCA 1FX5A 1D2SA 1FV2A 2ENRA 2HU0A 3GNEA 1SBDA 3B7EA 3INBA 1ULFA 3B69A 4CZSA 1LTEA 1INVA 1WW4A 3KM5A 1QU0A 1GLHA 4GWMA 1V6JA 5CB7A 1QDOA 3RMYA 5BYNA 1S0BA 1Z4ZA 2ZGMA 3O9KA 2YV8A 3WDXA 4Y22A 4FPLA 4FOQA 2HU4A 2FMDA 2OVUA 2ZGNA 2EAKA 1NNBA 4M3MA 3ALWA 1V0FA 1FYUA 2D6OX 1Z50A 4LBMA 4FOVA 1Z4WA 4CPNA 1UPSA 4XTPA 1USXA 1GKBA 1I3HA 2P3IA 3WDWA 2R0FA 1G9DA 5T5PA 1LU1A 4P9WA 3ZXKA 3WG4A 4YGDA 2G4IA 1N3PA 4LBLA 4XJQA 3UJQA 4HZWA 5H9PA 3AYCA 2CTVA 1NMAN 4FJ6A 3RRDA 1W6MB 2VK7A 1QDCA 1W21A 1GSLA 4Y1XA 1QOTA 1CR7A 3KQRA 3GVKA 4Y20A 7NN9A 2DV9A 2E7QA 1UKGA 1W20A 1SLIA 2DVDA 2LTNA 1VAVA 3MEPA 4MWUA 1C1LA 1IVBA 1MS3A 1GZWB 3NV4A 1SCSA 2GALA 4PBPA 1BZWA 4NO4A 2V73A 2VU9A 5KXEA 3B9CA 5LK5A 2VW0A 4MWRA 4XE9A 3FLTA 3WCRA 1OKQA 2GMEA 2NMNA 4FP2A 4B7MA 1ZM1A 1QOOA 4GJTA 1HQWA 3N3HA 2ZACA 2TEPA 4YZ3A 3MPPG 4Y1VA 1MS9A 4XJRA 2ARBA 2FHRA 4UW6A 4YFZA 5GLZA 2NN8A 2DTWA 1DQ4A 3TIBA 3R4SA 1CPMA 5DZGA 1DIMA 1LHUA 2ZABA 4XZPA 4MC7A 1N1SA 4WZFA 1AXYA 3UK9A 3K37A 1LESA 1LGCA 2C9AA 3VKNA 4Y1UA 3SH5A 3MW3A 1IKQA 1GZ9A 4YM3A 1N1YA 1QKQA 1IVCA 2EIGA 2ZMNA 1UL9A 1IVFA 4XHBA 1GV9A 1YO8A 4YZ5A 4MWLA 3FUQA 1AF9A 3N7MA 1W1XA 1DQ0A 4CTEA 1SNTA 1EURA 3INAA 1RIRA 3A0KA 5E8AA 3WG2A 3U4XA 2D43A 3TI3A 1JBCA 3RMXA 3FBYA 3VKFC 3ZSLA 4K1IA 1G86A 5JOYA 2BQPA 3NV1A 5JDBA 5GM0A 2CY6A 3H72A 1Z4XA 5DZFA 1W8OA 4WEGA 1LOEA 1JHNA 3JUUA 1W6QA 1NSBA 1L7FA 2F25A 3I4IA 2DVGA 2CMLA 4RL7A 3OGGA 2F0ZA 3RQ0A 5DUXA 1CIWA 4MYEA 3POSA 3HN1A 3CYEA 1LJ7A 4MWJA 4Y26A 3H71A 4L8QA 3GVLA 4BMEA 3OBRA 2ZAAA 1QNWA 4K3YA 3NV3A 1A4QA 2DU1A 1AX1A 1N1VA 5GALA 4K1ZA 2XZIA 1MZ6A 2CWSA 2GNDA 4ZKTB 2HT7A 1ULEA 1FNYA 1LENA 1LOFC 1F8EA 4YM0A 1CJPA 3Q9OA 4AVVA 1DIWA 2ERFA 1MS1A 3IM0A 1Q8PA 2ZB6A 4BM8A 4MJVA 1DQ1A 2D6NA 3N7JA 1V3DA 2Z42A 3ZSJA 4P14A 4XJ8A 5GLTA 1AXZA 1YXWA 1FATA 4Y24A 1BXHA 4M00A 2D6KA 1GNHA 3D4KA 1CESA 3M3EA 4LBQA 4X6KA 4YW2A 1SLCA 2EXHA 2SBAA 1PZ8A 1NN2A 1KDKA 1BKZA 2ZGOA 1WD4A 2YXSA 4KS3A 1V3BA 3SITA 4BOWA 2DURA 3IKWA 4KS5A 3IPVB 4XHXA 2D7FA 1YIFA 3AP5A 1NCCN 1EUUA 5DG2A 3ATGA 1APNA 5EXOA 1EUTA 3TI5A 1NCDN 3WG3A 2HYKA 3ZVXA 2ZGKA 2R49A 2NP0A 5NN9A 2CL2A 3MW2A 5DUWA 1IKPA 3R05A 4GDIA 2VUAA 1W6NA 4MWWA 2VWDA 1HLCA 1RINA 1AX0A 1G9BA 1S0GA 1MS8A 3ALXA 1VAMA 2VK6A 2F10A 3FUOA 1WLWA 5GLVA 2A6WA 1S0FA 1E8VA 1F8CA 3AZZA 2JE9A 5T5LA 2P3JA 1NNCA 1UZZA 3ZSKA 4YGEA 5HCFA 3VKOA 4FOYA 4C1XA 1DQ2A 4HZZA 3R4UA 4JCKA 4CPMA 3WZ1A 1KITA 2WQZC 2ZBJA 3LSDA 4R9DA 2C4AA 2F24A 1A14N 3TICA 2ZMKA 4XJUA 3ZPYA 4I30A 4Z8BA 1WCQA 2CWMA 4ITCA 3AX4A 3ZXLA 4GA9A 2ZGRA 2P3KA 3WV6A 4K21A 4Q26A 5JLVA 1HKDA 3ZXJA 4FPKA 1W6OB 1GBGA 1L7GA 3M3CA 1LODA 4YZ4A 3ZYRA 1DQ6A 4XXPA 4BLJA 4GEZA 1ULCA 3APBA 2JKBA 4HZYA 1VLNA 1NNAA 1V6IA 2BF6A 2QWEA 3UL2A 1Z4YA 4GKXA 1SLBA 5JOXA 1H30A 4H53A 2UURA 1OFSA 1L7HA 2D6LX 4MWQA 3VKMA 2UWAA 2VW2A 4MZEA 1B9SA 2EALA 1QOSA 2R16A 2DUOA 3RG0A 5DZEA 1LOFA 1Q56A 3D11A 1PZ9A 1B09A 5FREA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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