1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
2CTVA 1Z0HA 2AGSA 2AUYA 4YW2A 3QCWA 3NWKA 4X47A 2DVAA 4XJAA 1LJ7A 3FUOA 3NN9A 1GBGA 4YZ3A 3RMXA 4LBQA 4M3CA 3RSJA 2D3SA 1DQ5A 4DS0A 3O0VA 1LEDA 3WG3A 4UW6A 1YI7A 3IPVB 1XQNA 3M3QA 2G4IA 3PVNA 1W0OA 1A78A 2R16A 3OBTA 2YA7A 4I00A 3M3CA 1ULEA 4QN6A 3T1MA 3LSDA 2HU4A 4Y22A 1F8CA 1WCSA 1A14N 1USXA 2OVUA 4H52A 1LENA 2R0FA 1F8EA 3R4SA 4I30A 1ZM1A 4YZ1A 4P9WA 3WNXA 4GDIA 2ENRA 3AJZA 2HTRA 5BYNA 3WDYA 1SLBA 1RITA 4GZXA 7NN9A 3WVJA 4XHXA 1C57A 4MWWA 2Z42A 4FVKA 4MJUA 4FPHA 3ILFA 3VKFC 3L2YA 1KRIA 3ZSLA 2GDFA 3TI5A 5KXBA 4GDJA 4YM2A 1AF9A 2EXIA 1S0DA 4R9BA 4CPMA 4WEFA 1FNYA 5E88A 4ITCA 2ZGRA 4P9XA 4WZFA 1ENQA 1WW6A 2CWMA 3AP6A 1DQ4A 4XYXA 3DGTA 1G9DA 2VU9A 4XBQA 2D6KA 3O0WA 2CWSA 5GM0A 1JHNA 2UURA 2PHUA 1LULA 3TI8A 2ZABA 3OPZA 5DUUA 1NCDN 4YGDA 2YA5A 4Q8LA 1SCSA 1GYKA 4GEZA 2DVGA 1SBFA 4PCRA 2BZDA 2D6MA 2BF6A 4XJZA 2WJSA 5DUXA 1JYIA 4FPEA 3D4KA 3A0KA 3IMNA 4FPFA 3JU4A 1KJLA 2A3WA 4OZXA 1FNZA 4NCSA 2VW0A 1IKPA 1IVEA 1KDKA 2VSKA 1AJOA 1DQ0A 4LBJA 1G9BA 4X49A 1W0PA 3SH3A 1ZA4A 1NLSA 2F12A 5F5QA 1UN1A 1CJPA 1W6QA 4KS1A 4NO4A 3WLUA 1ULCA 1MWEA 4JRAA 4FZHA 2DU1A 2ZKNA 1F5FA 2P3JA 1URXA 5DUWA 1WW7A 1DYKA 1YYNA 2ZGQA 1G9AA 3RMYA 3V65A 4K20A 4XJWA 1W6NB 3TI4A 1IVBA 4LBNA 3NV1A 1FV3A 3B00A 4Y1VA 4H55A 3RG0A 2ZBJA 1HQLA 1S0GA 4R9DA 1IS5A 1LGNA 2F29A 4MWVA 4ATFA 4ATEA 1B9SA 2P3KA 2YA6A 5DUVA 2D6LX 1UZYA 1CESA 1LHWA 1UPSA 4DFSA 1UKGA 3SNMA 1B9TA 2DUPA 4K21A 4FQ4A 2W52A 2YDTA 1GNHA 2QWGA 4LBMA 1NMCA 2NMNA 4R9AA 4BPZA 3SITA 2P37A 2VK6A 4Y1ZA 3MW3A 1V3CA 1LOFA 1GZWB 2JKBA 1OFSA 3ZYRA 2ZGOA 2A6VA 1TEIA 3SILA 4YZ5A 4K1JA 1IS3A 4FOVA 1L7FA 4MWJA 3NV4A 4FPYA 1R1ZA 2DYCA 2A70A 2EXJA 5JLVA 3N7LA 1SBEA 2YV8A 2XZKA 4QN3A 1WCQA 1DQ2A 4BMEA 1Y7BA 1INVA 4Y1YA 3AYEA 5H9RA 3D6EA 4K3YA 2PHRA 3FFZA 1IVDA 4FPKA 3DUIA 3WG4A 3WOGA 4MWUA 4BOWA 5GZEA 2ZGLA 1INYA 4B7RA 3TI3A 4M4NA 2VY0A 2VK5A 1EUUA 1JUIA 2YY1A 4IQPA 1KDMA 3AZVA 3RS6A 5LK5A 1NSBA 1WD3A 4YG6A 1G8WA 3BODA 4CTEA 4FPCA 2DWRA 1W6OB 3WUDA 1VAVA 2QWIA 3OY8A 4Q1PA 3ILRA 3USUB 1V6MA 2ZHLA 5GALA 2YA4A 4XXPA 4Q2FA 1AXYA 1E8VA 1W6MA 5DG2A 4B7QA 1G86A 1QOSA 4KS4A 1QMJA 4M3CE 3CYEA 5DG1A 5T5JA 4BMBA 1APNA 2PHFA 4B7JA 1MVEA 3WDUA 1Z4WA 4FPJA 2HTQA 3ZXKA 1V0ZA 5KXDA 3N7MA 1MZ5A 2YDPA 4XJRA 3HN1A 3WUCA 1V00A 1N1YA 2XB6C 1EUTA 4FPLA 2JJ6A 3LCPA 1BJQA 4HZZA 1V6NA 4KS5A 3POWA 2D43A 4ISRA 3IPVA 4HZYA 3K36A 3ALXA 5HUMA 1W8NA 1SLCA 2WSVA 2JE7A 3N36A 4GZSA 2CY6A 4H53A 1LU2A 3AYCA 3GALA 3NV3A 2WNEA 2F27A 1LOEA 4R9CA 1AZDA 5HCBA 1SO7A 2QWCA 4LBKA 3AJYA 4UW5A 1W21A 2ERFA 5HUGA 3PVOA 2GALA 2WT1A 4Q6KA 1X50A 2F28A 3APBA 2ZHMA 2NZ9A 1MS5A 1QNWA 2W5NA 4L8QA 3H72A 4B7NA 2R0HA 1WLDA 4FOWA 4YW4A 1W1XA 2SIMA 2VUAA 1Z78A 5FREA 2ZGPA 1SNTA 1QOOA 1NN2A 4CPYA 3U4XA 1DILA 2AYHA 2EIGA 4XE9A 3QLQA 5B2CA 5JOXA 2V73A 1BXHA 3POSA 4M00A 2WQZC 5IUQA 4RL7A 1Q56A 4FOQA 1LU1A 4BLJA 1W6PB 3O12A 2UU8A 4XOGA 3TICA 4GJTA 5JYYA 1CIWA 4MWXA 2SBAA 2OW4A 4TYSA 2NMOA 2R1BA 3FUQA 3I8TA 4XDQA 2A6WA 1LOBA 1VALA 1MS1A 2JECA 2DUOA 4DPNA 2AEPA 1I1EA 4NOTA 3WG1A 1DBNA 4DRVA 1LOCA 1Z4ZA 4XTMA 3JUUA 3UJQA 2DUQA 5H9PA 5DZFA 3K3AA 4AWDA 2YMZA 2VWDA 2KM2A 1YRZA 2QWKA 3FBYA 2V5YA 3H73A 4ASMB 1N1VA 2WSUA 4AGGA 2QWAA 1QOTA 1V6LA 5EYYA 3ZXFA 4XMAA 1VCJA 1V6OA 3AZXA 2ZB6A 3GVKA 5M1ZA 4YZ2A 2A71A 3A0NA 1INGA 3T1LA 4D69A 1LOGA 1QNYA 3RRDA 4CRQA 1MS0A 2AEQA 2LALA 3OGGA 1ULDA 4YFZA 4C1WA 5JVVA 3V64A 2DURA 2VK7A 5HX0A 1S0FA 1G9FA 4X4AA 4ISQA 3AP7A 3R4UA 1L7HA 1JW6A 3B3QE 1C1LA 1LHOA 1F31A 1N3OA 4HANA 3GNEA 4QNPA 2C4LA 1MACA 1DFQA 1W6NA 1GZCA 3D5OA 1DHKB 4YG3A 4MYEA 3TAYA 1AX0A 5EWSA 1JN2P 3A71A 1NCAN 2NN8A 1V0FA 1UX6A 1GLHA 1Z4VA 1AXZA 2C9AA 4GWNA 1JBCA 3ZVXA 3M2MA 3T2TA 3WDTA 3UJOA 1A4GA 3WZ1A 2A6ZA 2CL2A 5HCFA 1N1TA 4MJVA 3AFKA 4YM0A 1HQWA 1DZQA 2QWHA 4ZKTB 5T55A 1Z4YA 4M3MA 1GZWA 4XHBA 4AGVA 4NC5A 3HMYA 1N1SA 2YROA 1NCCN 3A4UA 5IT6A 2XG3A 1O4ZA 2JD4A 1SBDA 4YGBA 1GKBA 3BTAA 1NNBA 5GZDA 5CA6A 2D6NA 3O9JA 1GZ9A 3GVJA 2LTNA 4GXLA 3T1EA 5T54A 4K1ZA 4M3CF 1BYHA 2DTYA 2X9MA 1LECA 3MW2A 4Q8KA 3AP9A 1G7YA 3H6JA 3W59A 2NM1A 3SALA 5DXDA 1SFYA 1BJIA 2D7FA 3KQRA 1IVGA 3D12A 2GMMA 1H30A 2ZZJA 3WCRA 5HCAA 2WT2A 3IM0A 4YGEA 4MZEA 1VLNA 1W6OA 5GJ6A 1ENSA 4MWYA 2A7AA 5T5PA 1SLAA 3FLTA 4MWRA 2W68A 1WW5A 2PELA 3USUA 4KS2A 2D6OX 1FV2A 4GZTA 1HDKA 4FP3A 4RA0A 2NP0A 1NSCA 3VKOA 1S0EA 3ATGA 2RHPA 5GZFA 3VKNA 4PF5A 1XOEA 2A3XA 1N3PA 2ZACA 1F8DA 2AENA 3AP5A 1UL9A 3SLIA 2WKKA 3A72A 1SLTA 1MS9A 1XOGA 1CVNA 1VCUA 1GICA 3ZSKA 2ZGUA 3SISA 1NMBN 4FOYA 4BQ1A 3CL2A 3O9KA 1DQ6A 4HZWA 3B69A 3V0BB 3ZXLA 4K1YA 2ZMLA 2TEPA 2XZJA 3OYWB 3AZZA 1IVCA 1QDOA 5IK8A 2GN3A 3AXDA 5E8AA 5JOWA 2ZMNA 1LHNA 3M3EA 1BQPA 1SLLA 3INAA 3ZSJA 1VIWB 1V0EA 4U2AA 4GKYA 2B8HA 3WDXA 1KQRA 4JC1A 1IKQA 2VVZA 2YA8A 2D6PA 3AXEA 1A3KA 1QU0A 2DV9A 2C5DA 1LCLA 5HUKA 1CR7A 5CBLA 2OUHA 2DVDA 1V6KA 1NMAN 3SH4A 2ES3A 1AXKA 4WA4A 1INXA 1Q8VA 2HTWA 4M4VA 3IN9A 2ZHNA 2F24A 4DQAA 3PJQA 5HUNA 2WT0A 3AZWA 4YW5A 1BKZA 1C1FA 1OKQA 3NV2A 1B09A 4FP2A 1MS3A 1V6JA 3ILNA 3D11A 2A75A 4QN4A 1QDCA 1W6PA 2E51A 1KJRA 1LGCA 4M01A 1CQ9A 4Q27A 3HR9A 4AYUA 1IOAA 2ARXA 3TB0A 2H0BA 2EAKA 1S0JA 1QKQA 2E7QA 3LSEA 1ULGA 3PMEA 2ZGTA 3V0AB 4AVVA 2SLIA 4HZVA 5T5OA 4KS3A 4GB1A 1FATA 2UWAA 2A5ZA 4XTPA 4SLIA 1MR5A 2JDZA 1PZ9A 4XBNA 3CNAA 4C1XA 1YXWA 2HTYA 4BLIA 2PHXA 1Q8OA 2PHTA 2PHWA 5KXCA 5CB7A 1MVQA 1Q8QA 5F9TA 1MZ6A 3ASIA 2HT8A 5GZCA 4CPNA 1GSLA 3K38A 2W39A 3CKZA 1H9WA 2WLQA 1Z4XA 3WDVA 2GNDA 4LBQD 1NCBN 1INFA 2EXKA 2ZGKA 2GNTA 4XJ8A 1J1TA 4WVVA 2DVBA 4YM3A 2ZGMA 4FJ6A 3AYAA 4AGRA 4GZQA 3WG2A 1RIRA 1AX2A 5E89A 2HTUA 2ZGNA 3RQ0A 4CZSA 1FYUA 1AJKA 5JOYA 2BERA 1DLLA 3B7EA 1Q8SA 3VV1A 3MPPG 4D8SA 1DQ1A 4YLZA 1D2SA 5IK4A 1WD4A 2VW2A 1UMZA 4JF7A 2ZMKA 4BM8A 4WA5A 4BBWA 2OUJA 3K37A 5CNAA 3ZXJA 2ZB5A 1PZ7A 3UL2A 5GLVA 4XBLA 2QWFA 1G9CA 2VH9A 2ZA9A 3AZYA 4M4UA 5SV8A 1LODA 2HYKA 5DZGA 5B2DA 4YGCA 1D0HA 1AX1A 3OBRA 5IK5A 2W5OA 5FRAA 3NSSA 2YXSA 1JXNA 5GLUA 1NSDA 4JCKA 4NN9A 5T50A 3B9CA 1OQ1A 3N7JA 3AYDA 1S1AA 4F83A 3Q9OA 1W8OA 4CPZA 4GKXA 2XZIA 2GMPA 2BQPA 1DIWA 2HTVA 4LBQB 4M3CB 1FX5A 5L73A 3SH5A 1MS4A 1O4YA 4MX0A 5CAZA 3ZXEA 4DGRA 1H9PA 4AVSA 4HIZA 2UWCA 2ARBA 2F10A 2F0ZA 1A8DA 2A3YA 2EF6A 1FAYA 6NN9A 4MWQA 1S0CA 3H71A 1I3HA 4Y22B 1C4RA 3O0XA 1CN1A 3BEQA 2F25A 1WLCA 3ALWA 1BZWA 5GZGA 3N7KA 5H9SA 4PQ9A 2DVFA 1GANA 5EYXA 2I2SA 2QWBA 1DYPA 3FLPA 1WUVA 3TIAA 3W58A 1YIFA 4W65A 3KM5A 4X6KA 4Y24A 1VAMA 4XMIA 4U36A 4YFWA 1CONA 1QF3A 1S0IA 1NNAA 4Z8BA 1LTEA 4XJ9A 4CPLA 1AVBA 1N3QA 3POYA 2ZGSA 2CNAA 2QWEA 2GMEA 3UK9A 1L7GA 1USRA 3ENRA 1B9VA 2Q5TA 5AVAA 5GLWA 5GLZA 4UW4A 4LBLA 2GNMA 4P14A 2CMLA 3B01A 2P2KA 2AR6A 1JYCA 1F8BA 2R1DA 4XJUA 1MS8A 3V0BA 1E8TA 3OJBA 3ZYPA 4Y20A 3MEPA 4UW3A 3OYWA 5EXOA 3N3HA 1GV9A 4TZDA 1WW4A 2W08A 1JOJA 4GZPA 3JU9A 1SACA 4YZ4A 3C2UA 3AP4A 2D3RA 3BOPA 4FPOB 2HU0A 2HT5A 2SILA 4MC7A 4DRRA 2E6VA 4Y1UA 2W38A 1F9KA 1RINA 4CPOA 2BATA 4XJQA 4GWMA 3TI6A 1CPMA 3FLRA 2F13A 3PVEA 4GZOA 4HZXA 2VW1A 3K39A 2D44A 5T5LA 4FPGA 4B7MA 1U0AA 3AK0A 1N47A 1A4QA 4GA9A 1W6QB 4YW1A 2AREA 4XILA 4K1HA 5JMCA 2F11A 3WCSA 3CL0A 3VKMA 4AVTA 5T52A 2DU0A 4K1IA 2AH2A 1Z50A 4QN7A 3INBA 4Y20B 2YZ4A 3VUOA 1LGBA 2F26A 1NNCA 3BIWE 4PBOA 2UWBA 3O5SA 2DTWA 4FVVA 2VSMA 4J9TA 4Y1XA 5JDBA 2E53A 1LOFC 4GZWA 3N35A 1HLCA 1UAIA 3IKWA 1EURA 3V0AA 1DGLA 1IS4A 1V6IA 2QWJA 1ENRA 4KBBA 1CPNA 2XCYA 2EXHA 4K1KA 2D3PA 4FQZA 4XIKA 1V3BA 2HT7A 3ZSMA 4QN5A 1PZ8A 4WV8A 1DIMA 4Y26A 3M3OA 1S0BA 4YM1A 2C4AA 3W09A 2JE9A 2P34A 1ONAA 1LHVA 4WVWA 1LEMA 4MWLA 1KITA 3AX4A 3R05A 1E8UA 2R49A 1WBLA 1Q8PA 1NXD1 3VKLA 1V3DA 4WEGA 1QGLA 4Q26A 5IK7A 1LHUA 1HKDA 2NYYA 3WDWA 1EUSA 5KXEA 3ZPYA 2GNBA 3WHTA 4GALA 2A6XA 2GN7A 2ZHKA 1UZZA 2QWDA 4ZXKA 2FHRA 3SANA 5H9QA 5NN9A 2W20A 1WBFA 2EALA 2RKCA 1W20A 2B7YA 4UF7A 4HL0A 3H0OA 1YO8A 5DZEA 1V2IA 4WA3A 1INHA 4P9YA 1LESA 2ZAAA 3OY8B 4XZPA 3WV6A 1GNZA 3TIBA 2CYFA 4YG0A 1INWA 1EPWA 4MZAA 2VXRA 3WHUA 1LOAA 4XXAA 1W6MB 1V3EA 1IVFA 4Q1RA 2E7TA 3MW4A 5JOZA 3M1HA 4YW3A 1WLWA 1SLIA 1SCRA 2P3IA 3I4IA 2A6YA 2FMDA 4XIOA 3GVLA 4PBPA 1ULFA 4LBOA 5GLTA 1IS6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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