1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords trans-sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
1QMJA 4U2AA 3NV3A 2XCYA 1S0IA 1IVCA 5HCBA 1IVEA 2WLQA 2QWBA 3SANA 4AVVA 1V3DA 2DVGA 1NN2A 1X50A 1C1FA 3AP7A 4K20A 1LOFC 3FUQA 3R4SA 1WW5A 2F0ZA 1LJ7A 5M1ZA 1KDKA 2YMZA 4R9BA 4LBOA 4K1JA 5T5PA 3SLIA 1W6NA 1SACA 3R4UA 4U36A 2GNBA 3IPVA 3O9JA 3V65A 1DQ2A 1A4GA 5DG2A 3HR9A 4WEFA 5GLUA 1PZ7A 4Q1RA 4B7QA 2TEPA 4XJUA 1S0EA 5B2CA 4Q8KA 1C57A 4R9CA 1BKZA 5F9TA 1QGLA 5KXBA 4YG6A 1W6OA 3UK9A 1C4RA 3PVOA 3NV2A 4FPCA 4XJ8A 3IKWA 1W6PA 3DGTA 1F9KA 2WKKA 4H52A 2AYHA 4M4UA 1EPWA 1IOAA 3GVKA 3IPVB 3WLUA 3AZVA 2VW2A 1W1XA 5T50A 3TI4A 1TEIA 2DU1A 2VK7A 2HTYA 2HT5A 4X4AA 1CPMA 1GZWA 1LGBA 3TAYA 5EXOA 3APBA 4I00A 2D6NA 4KBBA 4XXAA 2CMLA 1CN1A 4FPOB 2E7QA 2D44A 4YW2A 1QNYA 2BQPA 2WSVA 1W0OA 1W6OB 4Q27A 1KQRA 3L2YA 3ZYRA 2ARBA 4QN6A 2DUOA 4GZTA 1LHUA 2A5ZA 3WVJA 3RRDA 3PVEA 4AVSA 3AJZA 2DYCA 3VKLA 1VCJA 3AP9A 1CJPA 4FJ6A 5BYNA 2JKBA 4BMBA 4FPLA 2EF6A 5IK5A 2CWSA 2ZB5A 2XZJA 4IQPA 5LK5A 1ULGA 1HDKA 2D6LX 5F5QA 4CPNA 1CQ9A 1ULEA 2GMPA 4KS3A 4GA9A 3BODA 3JU9A 2QWAA 3WCRA 5B2DA 3POSA 3WCSA 4K1IA 4CPYA 2P2KA 2F29A 1MS8A 3T1EA 1F8DA 1HQLA 3CYEA 2QWIA 4ZKTB 4XILA 4Y1XA 3K38A 2OW4A 3TIBA 1MS0A 3SALA 4MWQA 4QNPA 1H9PA 2F13A 2W5OA 2ZAAA 1Q8SA 2DVDA 3NV1A 5EYXA 3I4IA 4MZEA 1V0FA 1OQ1A 1N3PA 4KS5A 4HL0A 1LHVA 2HU4A 2DURA 3B7EA 3H6JA 5JOXA 4YG0A 1G9CA 1EUTA 3O12A 2CL2A 4GZQA 1UL9A 2VXRA 2ZGUA 1E8TA 2E53A 1W6QA 4HZZA 2NMOA 1S0JA 3D4KA 3IN9A 4RL7A 3V0BA 1DZQA 3ZXEA 3H73A 2RKCA 2YA8A 2D3SA 3MW2A 3UJOA 3ZSMA 5DUUA 1G9DA 2WT2A 2VK5A 2DTWA 2WNEA 1LTEA 1GNZA 2QWGA 4Y24A 4DRVA 1LOAA 4K1KA 3AK0A 2LALA 3PMEA 1NSBA 4YM0A 3ZPYA 2R16A 2NMNA 2AEPA 1V00A 3OY8A 5DUVA 1CPNA 4YW1A 1W8NA 5EYYA 4CPMA 4WEGA 4Q6KA 4ATEA 2JE7A 4WZFA 4WA5A 3AYAA 2ENRA 4P14A 2V73A 2CTVA 4YGDA 4GZWA 3D12A 3OYWB 1S0FA 2C4AA 3N7MA 4Q2FA 5HUKA 2DVFA 3ENRA 1N1SA 4FPKA 1KITA 3AYCA 1BXHA 2W5NA 3ZXKA 5JDBA 4DPNA 4C1WA 5FRAA 2HTWA 1SBFA 4JCKA 1F8EA 1FATA 2ERFA 2BF6A 3ZXJA 3MEPA 1RIRA 4LBLA 3WDYA 1JN2P 1N1VA 4GB1A 1QF3A 1B9SA 5T5LA 3GALA 5HCAA 1ZM1A 1LEMA 1GLHA 3OBTA 5GZDA 1GBGA 2AH2A 2LTNA 2XZIA 4B7RA 2UWCA 5DXDA 3GVJA 2YA6A 2ZA9A 1VIWB 1WLWA 2HYKA 2A3YA 1FV3A 3USUA 2QWFA 2NM1A 2HT8A 4YGCA 1DGLA 2VWDA 1S0CA 4HANA 4TZDA 3O0WA 4QN7A 2EXIA 4XE9A 4ZXKA 1Q8QA 4HZVA 2D43A 1MR5A 1G8WA 3M2MA 2D6OX 1Z4YA 3MPPG 4MJVA 3V64A 3K36A 3VKFC 4PCRA 3N7KA 3O0VA 1F5FA 4BQ1A 4K1YA 4HZWA 4M4NA 3WNXA 3NV4A 4LBNA 4NCSA 3IM0A 4NOTA 2ZHLA 4FVVA 1WLDA 2ZMNA 2VSKA 4GZSA 1E8UA 2WT0A 1LU1A 4XBLA 1INGA 4GALA 4XIKA 4FP3A 3Q9OA 4Y22B 1W0PA 5IUQA 1IKQA 4FOVA 2ZGOA 1WW6A 2NZ9A 2FHRA 4Z8BA 2VY0A 4D8SA 2ZGRA 1AXKA 4MZAA 3TI5A 2PHWA 5T54A 4XXPA 4M3CA 1Z50A 3JUUA 2DTYA 1LENA 2UWAA 4YFWA 1KJRA 2VW1A 1FNZA 3AP5A 1YXWA 5GZEA 2JJ6A 4AVTA 1NNAA 3WDUA 1I3HA 4MWJA 2ZGKA 5GZFA 1ENQA 1OFSA 1OKQA 2WJSA 3AXDA 3RMXA 4LBQA 4GWMA 4DFSA 4M3CB 4WV8A 1INYA 1WUVA 1DQ5A 2GALA 1V3EA 3ZSJA 5HUGA 5E89A 1W21A 4AGGA 2VH9A 1V6MA 1MZ6A 1NCBN 1R1ZA 2A6ZA 1FYUA 1WD4A 4XJAA 2ZGMA 5EWSA 3RS6A 3TI6A 1IS5A 4WA3A 3CL0A 1LESA 1FNYA 1MS5A 3WG1A 4XTMA 2VSMA 2AEQA 4GKYA 1CIWA 4XJ9A 1ZA4A 2GNTA 4LBKA 2W20A 2FMDA 4M00A 4K1ZA 3WDVA 4YLZA 3ZYPA 3M3QA 2YROA 3LSDA 2PHRA 4GEZA 3A72A 2W52A 1WW4A 2WT1A 1USXA 5KXDA 2ZHMA 2BATA 4LBQD 1Z4XA 1W6NB 1CR7A 3LCPA 4FOWA 4GDJA 5JOWA 4PBOA 4K3YA 2YA4A 4FPFA 2UURA 4YW5A 1G9BA 5GLVA 1W6MA 3ALWA 2GN3A 3TICA 3LSEA 2AENA 3TB0A 2PHFA 2UWBA 1BJIA 4B7MA 1C1LA 1S0DA 3WDWA 4MX0A 2YZ4A 3W58A 5JOZA 4X49A 4JF7A 1IVBA 2X9MA 4LBJA 4WA4A 3BOPA 1NXD1 3OJBA 1LOEA 1V6KA 1W6PB 5DUXA 3AFKA 4XZPA 4XJZA 3O9KA 1IKPA 1H30A 4MWYA 4FPEA 2HTRA 1GZWB 2Z42A 4M3CF 4FOQA 1PZ8A 2F12A 2CWMA 2QWDA 4ATFA 4YGBA 1V2IA 1QDOA 4FP2A 4FPHA 1DYPA 2ZGPA 1IS6A 1LOBA 1SLBA 5JOYA 1H9WA 1LHWA 5CAZA 1QNWA 1V6LA 1V6IA 2GMMA 3FFZA 1V3CA 1WBFA 5T5OA 2ZMLA 4XJRA 1LECA 2P37A 3AZWA 3NN9A 2NYYA 4XOGA 1MWEA 3PVNA 1QKQA 1QDCA 3H71A 4MWRA 1LODA 1MS3A 2A71A 1INFA 3FLRA 2F10A 2GMEA 1AJKA 3B69A 4M3CE 1AF9A 2W08A 1LOGA 5DZFA 1S0BA 4MJUA 4FPJA 1IS3A 4KS2A 1LU2A 3T1LA 2W68A 3INAA 3ATGA 2QWHA 4ITCA 3VKMA 4FPYA 1CESA 1L7FA 4F83A 3MW4A 1SLIA 2PHTA 4ISQA 2F11A 2D6PA 4YG3A 4QN4A 2D6MA 1O4ZA 1HQWA 1N47A 1A14N 5CBLA 2R1BA 1E8VA 3T2TA 1MS4A 4YW3A 3ZSKA 5GM0A 3N3HA 4YZ1A 1QOTA 4JC1A 5HUMA 1W6QB 1LOCA 4UW5A 1ONAA 2ZBJA 3V0BB 5CNAA 1AX0A 5NN9A 2A6XA 4FQZA 1ENSA 1MS1A 3D6EA 4R9AA 4ASMB 3QCWA 1UX6A 2OUHA 1INWA 1S0GA 5JYYA 2EALA 2CYFA 3OY8B 1SLLA 1DQ6A 1BZWA 4DGRA 1V0EA 4XJWA 1SLAA 2QWEA 3M3EA 2F25A 4M3MA 2DVAA 4MWUA 1AXZA 2PHXA 3T1MA 1AX1A 3WG3A 1UKGA 4BOWA 4GZOA 3FLPA 4Y20A 2SLIA 1Z4VA 1V6NA 2AUYA 5KXEA 5HCFA 3B3QE 2QWCA 4B7NA 5IT6A 1VCUA 4M01A 4XIOA 2SILA 4R9DA 3W59A 1NCAN 3RMYA 1URXA 2DUPA 4CTEA 3V0AA 2E7TA 1ULDA 3WDXA 4YM1A 2V5YA 1G9FA 4ISRA 1RITA 4QN3A 1JYCA 3FUOA 5KXCA 4LBMA 1F8CA 1QOOA 2A70A 4PBPA 4XHXA 2ZGSA 1HLCA 1AXYA 3USUB 1UN1A 1V6JA 2YDTA 1SBEA 2A6WA 5JVVA 1VLNA 1A4QA 5IK4A 4FZHA 4UF7A 1N1TA 1NLSA 2W38A 1KJLA 3A0KA 4K21A 3POWA 2A6YA 1W8OA 3A4UA 4Y1UA 1EUUA 5GJ6A 5T52A 2F27A 3VKNA 4HZYA 3WHTA 4XBQA 4AYUA 2ZGNA 1KRIA 3K39A 2YA5A 1AJOA 1IVFA 1CVNA 1MACA 2ZHKA 2E51A 2A3XA 3BIWE 1B9VA 1BJQA 1WLCA 4D69A 2OUJA 3C2UA 4UW6A 5FREA 2ZABA 3VUOA 1FV2A 2JDZA 4B7JA 3AZZA 1USRA 1V6OA 3SH4A 5GALA 2P34A 1I1EA 4BM8A 2Q5TA 2YDPA 4I30A 2YA7A 4AGRA 1AX2A 2GNDA 4P9XA 3NSSA 1N3QA 4DQAA 1QOSA 3ASIA 3M3CA 1INVA 2VK6A 5IK7A 2XZKA 1INHA 3RG0A 4GXLA 5CB7A 3OBRA 4X6KA 3WZ1A 1NCCN 1IVDA 1DLLA 1JW6A 3ILFA 3O5SA 3VKOA 1Q8VA 1VAVA 4FVKA 4DS0A 5GZGA 5H9PA 1F8BA 1Z4ZA 4WVVA 4NO4A 4NC5A 3WHUA 1APNA 1U0AA 5DZEA 2P3KA 3RSJA 3SISA 1JUIA 5DUWA 3B01A 1SCRA 4RA0A 5H9QA 2ZGLA 2HTQA 1Y7BA 4LBQB 1W20A 3N35A 1A8DA 4Q26A 4XMIA 3HMYA 1AZDA 2DU0A 4JRAA 3WOGA 2F24A 2DVBA 1DQ4A 1JYIA 3MW3A 1N3OA 1XOGA 3AYEA 3AP4A 1B09A 3AZXA 4SLIA 5SV8A 5L73A 3AZYA 1DILA 4K1HA 2QWKA 2H0BA 4YGEA 2D6KA 4H53A 1LGNA 3M1HA 3GNEA 2HT7A 1WD3A 3AJYA 3CNAA 4WVWA 1WCQA 2ZMKA 2RHPA 2DV9A 5GZCA 4HZXA 1Z0HA 2R0HA 4X47A 3SH5A 3ZXLA 1BYHA 2XB6C 2BERA 5H9RA 4H55A 3AXEA 2VVZA 4L8QA 3BEQA 4AGVA 3ALXA 3K37A 3SITA 4YM2A 5HUNA 2EXHA 4CZSA 2ES3A 3UJQA 3H0OA 3ZSLA 4Q1PA 1N1YA 4J9TA 2F28A 4XBNA 4FPGA 2W39A 5IK8A 4PQ9A 3ZVXA 1W6MB 1WW7A 4XYXA 1GNHA 4GDIA 1AVBA 4XHBA 3CKZA 1Q8OA 2GDFA 1SLCA 2ZGTA 4P9YA 4XTPA 2YV8A 5DG1A 2VU9A 4CRQA 1GANA 1PZ9A 1NNBA 1SFYA 2VW0A 1GKBA 1FAYA 2YY1A 3ILRA 1NMBN 1JBCA 4YZ4A 4KS1A 3U4XA 1LOFA 4C1XA 3BTAA 4BLIA 2HTUA 4XDQA 1VALA 1MVQA 3CL2A 1SBDA 4Q8LA 1A3KA 1GZCA 5GLWA 4MYEA 2B8HA 7NN9A 3FBYA 1O4YA 5H9SA 2ZB6A 2P3IA 4YM3A 1ENRA 2EXKA 3TI3A 2SIMA 2JD4A 3NWKA 2D3RA 1IS4A 1WCSA 1V3BA 1DHKB 2EAKA 2R0FA 1Z78A 1Q56A 3ZXFA 2ARXA 2WQZC 1L7GA 2C5DA 2G4IA 3AX4A 4YW4A 4KS4A 1YYNA 1NMCA 2C9AA 1SNTA 2D3PA 4QN5A 2YXSA 5DZGA 1KDMA 1JOJA 4UW3A 1GSLA 1UZZA 1NNCA 2OVUA 4MC7A 3POYA 1QU0A 2C4LA 1L7HA 2R49A 5E8AA 1LCLA 2QWJA 4M4VA 5JMCA 4UW4A 4MWVA 4BBWA 1WBLA 4GZPA 2EIGA 2XG3A 4BPZA 1NCDN 5CA6A 1XOEA 1SO7A 2GN7A 1D2SA 3OYWA 3GVLA 1B9TA 4Y26A 1YI7A 1GICA 1MVEA 3JU4A 1INXA 3SILA 2UU8A 2JECA 2EXJA 4YZ5A 3AP6A 3I8TA 1MS9A 1DQ0A 4YZ3A 3FLTA 2I2SA 1D0HA 1NSCA 5E88A 4FQ4A 2R1DA 3N36A 4MWLA 5GLZA 1G86A 2P3JA 2PHUA 1DBNA 1NSDA 1GV9A 3N7LA 2D7FA 1DQ1A 3HN1A 4YZ2A 2HU0A 2SBAA 3WV6A 2GNMA 2A6VA 2AR6A 1JHNA 5T5JA 2CY6A 4HIZA 1Q8PA 3WG2A 3D11A 5JLVA 3WUDA 3B9CA 3WG4A 1LULA 3UL2A 4Y1YA 2A75A 2ZZJA 2JE9A 2HTVA 4CPOA 4MWXA 1EURA 1SCSA 2WSUA 2CNAA 2KM2A 4GWNA 3DUIA 3W09A 1LHNA 4BMEA 2ZKNA 1JXNA 4AWDA 2AREA 5HX0A 1MZ5A 1GZ9A 4GZXA 1UZYA 1YRZA 3ILNA 1VAMA 1Z4WA 4FOYA 3AYDA 3SH3A 2BZDA 3OGGA 4Y20B 3WDTA 1V0ZA 3D5OA 2F26A 1LEDA 1ULFA 4Y22A 4TYSA 1CONA 1HKDA 3N7JA 1DFQA 4Y1ZA 2VUAA 2DWRA 3INBA 1DIMA 1DIWA 4P9WA 3QLQA 1G9AA 3H72A 1EUSA 4YFZA 3A71A 3O0XA 2ZACA 3V0AB 4XMAA 3R05A 1J1TA 3M3OA 3TI8A 1YO8A 4MWWA 3KQRA 3TIAA 2E6VA 5AVAA 2ZGQA 1A78A 1S1AA 3KM5A 1FX5A 3PJQA 4W65A 1IVGA 2AGSA 3RQ0A 4CPZA 1RINA 2DUQA 1XQNA 1NMAN 1F31A 2PELA 1G7YA 4GJTA 2NN8A 3WUCA 1GYKA 4OZXA 4NN9A 1SLTA 3VV1A 2A3WA 4GKXA 3OPZA 3B00A 3A0NA 4Y1VA 6NN9A 5GLTA 1LHOA 1UPSA 1UAIA 4XJQA 1DYKA 4PF5A 3K3AA 2A7AA 4BLJA 1UMZA 3IMNA 2B7YA 2NP0A 4CPLA 3SNMA 5T55A 1ULCA 1YIFA 1BQPA 1LGCA 2ZHNA 4DRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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