1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
4WA5A 4BM8A 2ZABA 1LULA 2ZGNA 2ZZJA 1UAIA 1YI7A 2W5NA 4GZPA 4MWQA 4UW3A 3O9JA 2RHPA 5JMCA 5H9SA 4FPKA 1U0AA 4Y1XA 4GZQA 4F83A 2EAKA 4YZ5A 5JOZA 3OYWB 4XTMA 1WD3A 4FJ6A 1MS0A 1LODA 1EPWA 4HANA 1SCRA 2AR6A 1QNYA 4XIKA 4X4AA 1LENA 2BERA 3R4UA 1QDCA 5JYYA 2CWSA 1FV3A 1ZM1A 4B7QA 2C9AA 4KS5A 4MWRA 4CPNA 4CPYA 1W6PA 3L2YA 2ZACA 3A4UA 4FPFA 1SCSA 2A70A 4QN5A 1W8NA 1ULFA 4ITCA 2CL2A 1DQ6A 1SACA 1ENRA 4GXLA 1NNCA 1TEIA 4R9AA 1IVCA 2DTWA 4FPGA 4YW3A 4AVTA 4GKXA 2YMZA 2ZAAA 1EUTA 3KM5A 4BLIA 4BOWA 2DV9A 1F8CA 3JU9A 1J1TA 4QNPA 5E88A 1VAMA 4R9DA 3OBTA 1N1YA 4YM1A 5GALA 3VKLA 3WOGA 4B7NA 2EXIA 5KXBA 3IPVA 1UKGA 4I00A 1LJ7A 2XG3A 1AXYA 2PHRA 3OY8A 4RL7A 2AEPA 4JRAA 2D3RA 2FHRA 2WT0A 3AXDA 3SH4A 1S0EA 5JLVA 3D6EA 4FPCA 2F11A 1Q8QA 1S0GA 1W6NA 1MS5A 2W5OA 5GZFA 1W6QB 5T5LA 3PJQA 1QOSA 5IK5A 4FPEA 3T2TA 3FLTA 3WHUA 1OFSA 4BLJA 4M3CB 4GZWA 2YXSA 4LBJA 1APNA 4UW5A 4YG6A 4K1ZA 3ZPYA 3V0BA 2PHWA 4ATFA 1DILA 1RIRA 2C5DA 5JOWA 1OQ1A 1CONA 5L73A 3UK9A 1GBGA 1OKQA 3UJOA 2A6YA 1N1VA 3GVJA 4FQ4A 5GLTA 4Y22A 1W6MA 4YW2A 3W59A 4Y20B 1N1SA 3OGGA 3ZSMA 1LOEA 1V0FA 2YY1A 3I4IA 3VKFC 1CR7A 2TEPA 1WW4A 2D3SA 2BATA 1LEDA 1MS4A 5HUNA 2ZHMA 2HTYA 3POSA 1I3HA 1QF3A 2GN7A 4QN3A 3POWA 2ZKNA 1NSDA 4MWVA 5IK4A 1DQ2A 2YV8A 4M00A 4XJAA 4DPNA 2F25A 2F29A 2W68A 2CYFA 4AGVA 2UURA 4M4VA 2D6OX 4JCKA 3AP6A 4XBQA 5HUKA 3RS6A 1F31A 4YFWA 3ILNA 4X49A 3AZYA 4FOYA 2GALA 1QMJA 1A8DA 3M3CA 3AJZA 3QLQA 3SITA 1FNZA 1VALA 2QWGA 4HL0A 3ZSKA 3N3HA 4DGRA 1ENSA 1IS4A 3GVKA 1NMBN 2DVGA 2QWJA 2NZ9A 6NN9A 2EXKA 5BYNA 1BJQA 5GLZA 2E53A 1IVGA 1G7YA 1GZ9A 4AYUA 4PQ9A 4C1WA 1V6KA 4TZDA 3NSSA 2A3XA 1S0IA 5HCAA 1GZCA 1YRZA 2ZGKA 1LHVA 2WT2A 4D8SA 1W6QA 2W20A 2V73A 3AFKA 1MS9A 2P3JA 5GZGA 1QOOA 2WT1A 3B9CA 3V65A 4K1JA 1B9TA 3ZXKA 1GSLA 4M3CA 3SALA 2V5YA 1AJKA 3IN9A 5T5JA 1R1ZA 5B2DA 4GB1A 1LEMA 2R1DA 4XBLA 4CPMA 1WLWA 4Q26A 2GNMA 2H0BA 1W21A 5SV8A 3TIBA 4Z8BA 5HUGA 2PELA 4Y20A 4XMIA 4ASMB 3K36A 4MWUA 2A6VA 1QDOA 1F8BA 1MVEA 3OPZA 1GYKA 4KBBA 1WW6A 1V6LA 1E8VA 3TIAA 4YZ1A 1SLIA 3WG3A 2F24A 3AX4A 2WNEA 2JE9A 4ZXKA 3N7JA 4YLZA 5JDBA 4YZ2A 1JXNA 4WA4A 1URXA 2D6PA 1RITA 1DIMA 1AJOA 5DZGA 1MVQA 5KXEA 2ZHKA 4R9CA 2WKKA 2DVBA 4LBMA 1QU0A 3R4SA 2JJ6A 5T5OA 3AYAA 1FNYA 4HZWA 3VV1A 3N7KA 4M4NA 1GV9A 4FOQA 4DRRA 4XDQA 3SILA 2A6WA 4J9TA 5IK7A 2DUPA 3WCSA 3UJQA 5DZEA 1FATA 3IPVB 5F9TA 4NOTA 1FV2A 4MWJA 4PCRA 2YA6A 2EXHA 4AVVA 3LCPA 3OY8B 3SLIA 3FLPA 5HX0A 2D6LX 1DHKB 4UW4A 1UPSA 1S0JA 1DFQA 3IKWA 1BXHA 4K1KA 4MWLA 4M3CF 1W8OA 5CA6A 1LOGA 4LBQB 2OUJA 2D7FA 5EYYA 5EXOA 1LHOA 2WLQA 2CWMA 3APBA 1NNAA 2NM1A 1L7FA 1PZ9A 2NP0A 3TI4A 4PBPA 3H71A 1W20A 2F13A 3WHTA 4YW1A 4CRQA 1V6MA 2VW1A 3V0BB 5H9QA 4UF7A 1Z4WA 1VIWB 3ZXFA 1PZ7A 3ATGA 4WVWA 3M3EA 1BZWA 1ULDA 1NMAN 4B7JA 4BPZA 4XXAA 4Y22B 1W6MB 1V6JA 1Z50A 1LGNA 4GA9A 4Q8LA 1N3OA 2P3KA 2E7TA 2JECA 1W1XA 5DUUA 2GNDA 2WSUA 2ZGSA 3MW2A 5E89A 2ZGOA 2DU1A 1S0FA 3H6JA 1INVA 2GMPA 3AP5A 3T1LA 2WJSA 2C4LA 1V3CA 1E8UA 2ZGLA 2HTUA 4AVSA 1YXWA 1NN2A 3QCWA 3A0NA 4ZKTB 2A3WA 1AX0A 3O0WA 5F5QA 3O0XA 2P37A 1CPNA 5GZEA 2HYKA 3T1EA 2YA7A 1JW6A 4YZ4A 1JBCA 1X50A 2VSMA 5T50A 4Y1VA 5T52A 1HQWA 1IS6A 4CPLA 3AP9A 4MZAA 4FOVA 1C1FA 5H9PA 5DG2A 4MWYA 1DYKA 3PVEA 4WEGA 2VH9A 2D44A 2DU0A 3PVNA 1XOEA 2HTWA 1HDKA 3IM0A 2YDTA 2WSVA 2W38A 2VUAA 2D6NA 2XZIA 1KQRA 3GNEA 3USUB 3AP7A 1O4ZA 2DVFA 2VK5A 4AWDA 4CPZA 4MWXA 5CAZA 1WUVA 1V6OA 1CN1A 4LBQA 3N36A 4D69A 1XOGA 1Q56A 1KITA 3NWKA 2P3IA 3VKNA 3B69A 3HR9A 3ZYPA 4XJUA 4XXPA 4JF7A 1GZWB 2UWBA 2A71A 3A71A 4Q6KA 3MPPG 3RMXA 2R49A 1AF9A 4JC1A 1B09A 2JKBA 3K37A 2ZHLA 3R05A 3V0AA 4YGBA 1Z4ZA 1QOTA 1NSCA 1AX1A 1NCBN 3B3QE 4SLIA 2YDPA 4P14A 1V0EA 4HZVA 2FMDA 3B00A 3GVLA 1FAYA 3VKOA 2DWRA 1AXZA 1CPMA 1A4GA 1N3QA 3WG1A 4XMAA 1LHNA 4QN4A 4GZOA 4K20A 4IQPA 3WDXA 2A5ZA 4CZSA 3N35A 4GZTA 1N3PA 4Q8KA 1IVFA 2SBAA 3DUIA 3INAA 1SNTA 1V00A 5CB7A 1SFYA 2AH2A 3LSEA 4YGDA 4GALA 4YZ3A 2F26A 1NCCN 4WA3A 1G9DA 4M01A 1Z4XA 4LBKA 3ZSLA 2YA8A 1INHA 4XZPA 3Q9OA 4QN7A 4XHBA 1F5FA 2ERFA 4FPOB 4KS2A 4TYSA 1DQ4A 4HZZA 4YW4A 2QWBA 3SANA 4Y1YA 1IOAA 4H52A 1WD4A 3W09A 5CNAA 5GLVA 1Q8SA 3SNMA 1V3EA 2PHTA 1G9BA 5HUMA 2HU4A 3MW4A 3AZZA 4XJ8A 1LU2A 4XJRA 2R0HA 3I8TA 1SLAA 2GNTA 1B9VA 5IUQA 3ASIA 4KS1A 2D3PA 3NV1A 3GALA 4Y24A 3H72A 4FPHA 1LESA 3USUA 1DQ0A 1EURA 2UWAA 1DLLA 1AX2A 5FRAA 2ZGUA 3OBRA 3FBYA 1QNWA 5JOYA 2DYCA 1A4QA 1KDMA 3WDTA 1V0ZA 1V3BA 1SLTA 2HTRA 1GZWA 4FPJA 4U2AA 2GMMA 2CMLA 1IVEA 2AREA 2HTQA 4FP3A 2SIMA 1CIWA 3CYEA 2C4AA 3CKZA 3TB0A 4PF5A 5GM0A 3CL2A 4C1XA 2Q5TA 4FVKA 4YW5A 3BODA 1WLCA 2D43A 2QWCA 4RA0A 2LALA 4XYXA 1NCDN 2ZGQA 1B9SA 4HZXA 3LSDA 3FUOA 3D5OA 4XJ9A 1USRA 5CBLA 1JUIA 4KS4A 3AP4A 1IVDA 1UN1A 1G86A 3WDUA 1IVBA 2P34A 1Q8VA 1H9PA 4YGCA 3RSJA 2P2KA 1CJPA 1IS3A 1HLCA 3K3AA 2HT8A 4GEZA 1LCLA 1EUSA 4MZEA 5T55A 3N7MA 2HT5A 3WNXA 1SBFA 3H73A 4YG0A 1VLNA 2E6VA 2Z42A 2GMEA 2ZGMA 4FPYA 3AYCA 4P9YA 5FREA 2ZHNA 1IKPA 1CVNA 3A0KA 2B7YA 1BJIA 4OZXA 3AK0A 4Q27A 3B01A 2CY6A 3ZXLA 4I30A 1V6IA 2A75A 1BKZA 5DG1A 3IMNA 1NMCA 1MS8A 1NNBA 1Y7BA 3C2UA 4FP2A 2NN8A 2UWCA 1JHNA 2QWIA 3WZ1A 1C57A 4GZSA 1C1LA 3TI3A 1JYCA 1GLHA 2AEQA 4ISRA 3SH3A 3TICA 4WZFA 4WEFA 2DVAA 4MJUA 3WG4A 1A3KA 3NV2A 2ARXA 1LOCA 3NV3A 3VUOA 2AYHA 1LOFA 3PVOA 2BQPA 1C4RA 2QWFA 1ONAA 1ENQA 3V0AB 1WW7A 2DURA 2VSKA 3D11A 3KQRA 4Q1RA 1V2IA 2A7AA 1DZQA 1L7GA 4GZXA 4FVVA 2NYYA 3RG0A 2GDFA 4CTEA 3AZVA 1KJRA 3ILFA 4U36A 3T1MA 4B7MA 4MX0A 4W65A 1F8EA 1SBEA 4Y1UA 2ZGPA 2YA4A 3WV6A 3BOPA 2R1BA 4HIZA 4YM0A 4NN9A 4NCSA 2BF6A 4M3CE 2QWAA 1DQ5A 2W08A 4YM3A 2ZBJA 3NV4A 3AXEA 2E7QA 2NMNA 1N47A 1JYIA 1W6OA 1QKQA 2X9MA 1F9KA 3TAYA 1KDKA 2NMOA 4LBQD 5EWSA 2LTNA 1MZ5A 3FUQA 1LHWA 4FZHA 1G9CA 1KJLA 2R0FA 1S1AA 5KXCA 2G4IA 4FPLA 4XHXA 5GJ6A 3ZVXA 4XBNA 2EALA 1QGLA 4DRVA 1G9AA 3POYA 4XJWA 2DVDA 4K1YA 1A14N 4XTPA 4M3MA 3VKMA 3M1HA 3W58A 2F0ZA 3NN9A 1SBDA 2VXRA 2XZJA 2EF6A 1SLCA 3WUDA 3CL0A 1VCUA 4GKYA 2PHFA 4M4UA 5DUWA 3RQ0A 1INFA 1RINA 3BIWE 4MYEA 5AVAA 3WDVA 1BYHA 1Z4VA 1AZDA 1DBNA 2ZB6A 1AXKA 4XILA 4XJZA 2ES3A 1W0OA 1INYA 3DGTA 3CNAA 1V6NA 5HCFA 4Q2FA 3ZSJA 2W52A 3OJBA 4MJVA 1DIWA 3HMYA 4X47A 1YO8A 4YGEA 3FFZA 3O9KA 2ZA9A 3RMYA 1MR5A 3MEPA 4H55A 4X6KA 2XB6C 4CPOA 2DUQA 1EUUA 1AVBA 1NSBA 3TI8A 2JD4A 4AGGA 2ZMNA 4NC5A 2GN3A 1I1EA 1CQ9A 4DS0A 2AUYA 3D4KA 4LBNA 5NN9A 1UZYA 3AYEA 3V64A 1UMZA 1MZ6A 4GDJA 4B7RA 1WCQA 4ISQA 2YZ4A 4P9WA 1Z78A 2CTVA 1IS5A 4K1IA 1LGBA 3B7EA 3BEQA 1Q8PA 5B2CA 1MS1A 3WLUA 4MC7A 3ZXJA 2R16A 2F10A 1ULGA 3ENRA 2VY0A 4L8QA 1LU1A 2DTYA 2YROA 1UZZA 3O0VA 2AGSA 4XJQA 2DUOA 2PHXA 3HN1A 1NXD1 1UL9A 2HTVA 5DZFA 2QWDA 3RRDA 4WV8A 3D12A 1VCJA 3OYWA 3O12A 4K3YA 1SLBA 1WLDA 2UU8A 4XE9A 4FOWA 1MACA 1HQLA 4XIOA 2QWEA 1E8TA 3U4XA 3K39A 2VWDA 3AZWA 4LBOA 5JOXA 1INXA 3SH5A 1USXA 2OW4A 5T54A 1PZ8A 1W0PA 1S0BA 1N1TA 2QWHA 1GICA 2CNAA 2WQZC 4K21A 5M1ZA 4LBLA 1S0DA 1LGCA 2ZGRA 1ULCA 3O5SA 2ARBA 5IK8A 1HKDA 1XQNA 1JOJA 4UW6A 3JU4A 4HZYA 5GZDA 2ZMKA 1D0HA 2KM2A 3AJYA 2A6XA 2VU9A 5DUVA 4BBWA 3ZYRA 4XOGA 4QN6A 1MWEA 2HT7A 1Z0HA 1G8WA 1LTEA 1MS3A 4Y1ZA 2ZB5A 2OUHA 1FYUA 1F8DA 2ZMLA 3ZXEA 1WBLA 1WW5A 7NN9A 1H9WA 4GWMA 4YFZA 5H9RA 2D6KA 2VK7A 5DXDA 1VAVA 3BTAA 4WVVA 1IKQA 2SLIA 2F28A 3M3OA 1L7HA 1GANA 1V3DA 4KS3A 3TI5A 2OVUA 5KXDA 3INBA 4DQAA 4PBOA 1DQ1A 2A3YA 1YIFA 4FQZA 5LK5A 3A72A 1INWA 4BMEA 1O4YA 1GNHA 3WDYA 2I2SA 3AZXA 4BMBA 1FX5A 2F27A 4P9XA 1LOFC 3M2MA 5GLWA 3MW3A 2VW2A 1SO7A 1CESA 1W6OB 3TI6A 1JN2P 1SLLA 1UX6A 3WDWA 3H0OA 3ILRA 2SILA 1LOAA 3WVJA 1Z4YA 3WG2A 1ULEA 5IT6A 1GKBA 1KRIA 1Q8OA 3AYDA 3WCRA 1YYNA 2PHUA 4YM2A 4DFSA 5E8AA 5JVVA 1INGA 2B8HA 1W6PB 1S0CA 1LHUA 1WBFA 4NO4A 1D2SA 5HCBA 2YA5A 2W39A 4Q1PA 3WUCA 2A6ZA 4GDIA 1DGLA 1ZA4A 5GZCA 3FLRA 3PMEA 5DUXA 1LECA 5EYXA 1GNZA 2F12A 1BQPA 2JDZA 2ZGTA 1H30A 4K1HA 3ALXA 1DYPA 4YG3A 3M3QA 1NCAN 2VVZA 5GLUA 4GJTA 2QWKA 2EXJA 3SISA 2EIGA 2VW0A 2ENRA 2XZKA 2GNBA 2JE7A 2E51A 4H53A 2VK6A 2RKCA 1G9FA 2HU0A 1A78A 2XCYA 1W6NB 3ALWA 4GWNA 2BZDA 4Y26A 2D6MA 1WCSA 2AENA 4BQ1A 3K38A 3UL2A 5T5PA 3JUUA 1LOBA 1NLSA 3N7LA 4ATEA 4AGRA 4R9BA 4MWWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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