1SLIA

Leech intramolecular trans-sialidase complexed with dana
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
679
structure length
679
Chain Sequence
IPEGILMEKNNVDIAEGQGYSLDQEAGAKYVKAMTQGTIILSYKSTSENGIQSLFSVGNSTAGNQDRHFHIYITNSGGIGIELRNTDGVFNYTLDRPASVRALYKGERVFNTVALKADAANKQCRLFANGELLATLDKDAFKFISDITGVDNVTLGGTKRQGKIAYPFGGTIGDIKVYSNALSDEELIQATGVTTYGENIFYAGDVTESNYFRIPSLLTLSTGTVISAADARYGGTHDSKSKINIAFAKSTDGGNTWSEPTLPLKFDDYIAKNIDWPRDSVGKNVQIQGSASYIDPVLLEDKLTKRIFLFADLMPAGIGSSNASVGSGFKEVNGKKYLKLRWHKDAGRAYDYTIREKGVIYNDATNQPTEFRVDGEYNLYQHDTNLTCKQYDYNFSGNNLIESKTDVDVNMNIFYKNSVFKAFPTNYLAMRYSDDEGASWSDLDIVSSFKPEVSKFLVVGPGIGKQISTGENAGRLLVPLYSKSSAELGFMYSDDHGDNWTYVEADNLTGGATAEAQIVEMPDGSLKTYLRTGSNCIAEVTSIDGGETWSDRVPLQGISTTSYGTQLSVINYSQPIDGKPAIILSSPNATNGRKNGKIWIGLVNDTGNTGIDKYSVEWKYSYAVDTPQMGYSYSCLAELPDGQVGLLYEKYDSWSRNELHLKDILKFEKYSISELTGQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of an intramolecular trans-sialidase with a NeuAc alpha2-->3Gal specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Macrobdella decora
total genus 183
structure length 679
sequence length 679
ec nomenclature ec 4.2.2.15: Anhydrosialidase.
pdb deposition date 1998-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 1sliA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1sliA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1sliA02
3AP4A 4B7JA 3TAYA 2ZGKA 5GALA 4X6KA 4GALA 4YM0A 1ENSA 5GZDA 2CL2A 2CWMA 1S0EA 4MC7A 3ZXLA 3A0KA 5H9PA 3AZWA 3WNXA 1L7FA 1Y7BA 3SITA 1W6QA 2ZACA 2VW0A 4M4VA 3WOGA 2A6XA 1IS5A 2W5NA 4AYUA 4QNPA 4LBQA 5DG1A 1WD3A 3PMEA 4CPLA 1AX2A 3W59A 5IK4A 1CPMA 1MS8A 3K38A 2ZBJA 3VKLA 4DRRA 2EIGA 3SNMA 4XYXA 3MEPA 4AGRA 2DTWA 1SLIA 2HT8A 1ULGA 2QWKA 1RIRA 1DFQA 2DUQA 4GDJA 1MS4A 3D6EA 4JF7A 2ZGMA 3SALA 4FPCA 2ZGQA 4TYSA 1W6NB 1BKZA 1DQ0A 3TIAA 3ZXFA 4WEGA 1IVBA 4YFWA 2E53A 5CNAA 4K1KA 1D0HA 2ARBA 4XTMA 3K3AA 4ATEA 4J9TA 2D6LX 3B9CA 2ZAAA 2AREA 4MJVA 2DYCA 2UWAA 2ZMNA 1V6OA 1QNYA 4FPHA 4QN5A 1ZM1A 5HX0A 4P14A 2DVGA 1LECA 5JMCA 3ZSKA 4H53A 4Y1UA 3TI5A 4RL7A 1SLTA 1HQLA 2W68A 4XTPA 4FPEA 5IUQA 4MX0A 4MWLA 3V64A 4LBMA 3N7JA 1B09A 2VWDA 4X47A 3B3QE 5HUKA 4X49A 3M3CA 1W21A 5T5LA 1GV9A 1LOCA 4K1IA 2ZB5A 4XMAA 1AX1A 3IKWA 1FNZA 4XJAA 3H73A 2D6OX 3ZYRA 2QWIA 2HTQA 4XJQA 1WUVA 1YO8A 2D43A 3WLUA 5GJ6A 3OY8B 1QKQA 2XZJA 5EYXA 4BPZA 1MWEA 2D44A 1SNTA 4FPYA 4M3CA 4FP3A 4BMEA 1LEMA 4XJWA 4R9DA 4PBPA 4C1XA 1Q8PA 3FFZA 5DUVA 1GKBA 3AK0A 2DTYA 3UJQA 3VKNA 4GZQA 1S0DA 2ZHNA 6NN9A 4M00A 3VKOA 4XHBA 1BJIA 2A75A 3HR9A 3VV1A 1ULFA 3WCRA 2D3PA 1IOAA 1JYIA 4BOWA 2D7FA 1UMZA 4CPOA 3ILNA 1IKQA 3VKMA 1EURA 1G7YA 3AP9A 4FOYA 3GALA 3MW2A 3M3OA 2V73A 3SH4A 2DV9A 3UJOA 4CRQA 2CYFA 3TB0A 3ZXEA 4DQAA 1E8TA 1SLCA 4BLJA 1LESA 1MS9A 1WBFA 4GKXA 3DGTA 4K21A 5JLVA 4YZ3A 1NNCA 4XZPA 1AJOA 2QWAA 3AP6A 3QLQA 3OYWB 1W6PB 4GZSA 5F9TA 5EYYA 3NSSA 1W6MA 1V0EA 4XILA 1JUIA 1LOFA 3AYAA 1ENRA 4XBQA 3WZ1A 4Y1XA 1CESA 5DZGA 2Z42A 1KQRA 3WDVA 1BJQA 2BZDA 1JBCA 2QWDA 2AH2A 5B2DA 4GZOA 1W6OB 1SACA 4CTEA 3FUQA 1LOAA 1LOEA 4R9AA 4Y1YA 5GZEA 3BIWE 1UAIA 2RKCA 4DGRA 1O4YA 1APNA 1BYHA 1WLCA 2ZGRA 4GZTA 4MWWA 3QCWA 3AXDA 4YW4A 3INAA 4Y1ZA 4LBKA 2BATA 2WQZC 3KQRA 1DBNA 2CNAA 1SO7A 3VUOA 2P3JA 1AXZA 5DUXA 3ZXJA 1Z0HA 1AVBA 3USUA 5T54A 2XG3A 4D69A 2H0BA 3SH3A 1IS3A 4XIKA 4GZWA 1LTEA 1WLWA 4XBLA 3N7LA 1FX5A 4AVTA 2C4LA 5H9RA 2WKKA 4LBQB 1CVNA 1Q8QA 2ZHMA 5GLVA 2HTYA 1CPNA 1DQ6A 1LHVA 2ZGNA 1LCLA 1S0IA 2TEPA 4B7QA 4K1ZA 2F25A 4GZXA 1HDKA 4GJTA 2R1BA 1FATA 2WT2A 3PVOA 4LBLA 4Q2FA 3SISA 1S0JA 4YZ4A 1LOBA 3RQ0A 4WZFA 1NCDN 2ERFA 1W1XA 1LHNA 2CTVA 2EXIA 1Q8SA 2XB6C 5KXCA 1NSCA 4AVSA 3FLTA 4XDQA 1S1AA 1LEDA 1TEIA 4FQZA 4CPMA 5CBLA 4WA4A 4FPFA 3GVKA 1W0OA 2YA5A 3N7MA 1ONAA 1BQPA 1Q56A 3R4UA 2OUHA 2C9AA 2PHWA 3TICA 5EXOA 4FOWA 1KDKA 4NC5A 3GVLA 1RINA 3OGGA 5HUMA 1BXHA 2GMEA 3LCPA 4YGEA 1JN2P 2OUJA 2D6NA 4GDIA 1CQ9A 4ITCA 3POWA 4H52A 1QF3A 2C5DA 2A70A 3O9KA 3WDUA 4UW4A 1F8BA 1V6IA 1LGCA 2D3SA 2YXSA 3NV4A 1USXA 3RMXA 2G4IA 1LGBA 4ISRA 1EPWA 4GKYA 4W65A 1Z4ZA 1NN2A 1NLSA 2DU1A 1F8CA 2R1DA 3DUIA 4ZXKA 3AYEA 2P2KA 3ILFA 4RA0A 4GWNA 1F5FA 1S0FA 4Q8LA 1Z4WA 4BMBA 4R9CA 5JOWA 1QOOA 3BOPA 3CKZA 1LHUA 2YZ4A 2P3KA 1DQ1A 1QNWA 2PHFA 4HZXA 3R05A 1Q8VA 3A0NA 3LSDA 3FLRA 2F13A 5GLWA 3WDXA 1JOJA 1G8WA 2QWEA 4JCKA 4XIOA 4FPOB 4NO4A 3WHTA 2E51A 1NNAA 4B7RA 4HZWA 1XOEA 5JVVA 5CAZA 1NMAN 2HT7A 4GXLA 5AVAA 2A6WA 2VK6A 4GWMA 1NSDA 1VIWB 1UZYA 4Q26A 2HYKA 3AJYA 4XOGA 1B9TA 3AP7A 1AJKA 2A6YA 4KS5A 4M4UA 1C1FA 1AXKA 2GN7A 3RS6A 3WUDA 2WLQA 1V6MA 5IK5A 1KJLA 3WG4A 1NXD1 4FVKA 2UWBA 3MPPG 1AZDA 4D8SA 5KXBA 4MWYA 4CPYA 4HANA 4FPKA 1G9AA 2E7QA 1QGLA 3IPVA 1NMCA 4Y22B 4WV8A 1PZ9A 2NMNA 2NZ9A 4FOVA 1F31A 4PBOA 1VLNA 4ISQA 5CB7A 1MS1A 4XJ8A 1OQ1A 2HT5A 1INFA 3VKFC 1GBGA 5E89A 2SILA 3O9JA 2ARXA 1MACA 1AXYA 2EF6A 2A3XA 1WD4A 5F5QA 2ZMKA 1C4RA 1VCJA 4BBWA 1QU0A 1DHKB 1NCAN 4Q27A 1ULCA 1UX6A 4AWDA 1V3DA 2YDPA 1Z4YA 1GANA 2DURA 2EAKA 7NN9A 1G9CA 4M3CE 4M01A 1WLDA 1MZ6A 4FOQA 2F11A 1WW4A 2OW4A 1C1LA 1O4ZA 1MR5A 2R49A 1N1SA 3O12A 5GZGA 4CZSA 2VW2A 1KITA 2NYYA 2D6PA 3SH5A 1ULDA 4MWVA 1IS4A 2W08A 2YA6A 4YLZA 1S0BA 1IVDA 1V6NA 3AFKA 3RMYA 1V3BA 1Z4VA 1D2SA 5CA6A 5B2CA 4Y24A 4KS3A 4FPLA 3BTAA 4YG3A 5KXDA 3TI6A 3HN1A 3H6JA 2E7TA 4UW3A 4FPJA 1SLLA 5IT6A 1WCSA 4M3MA 2WT0A 4CPNA 3CL0A 4Q8KA 4Y20A 5HCBA 1YYNA 4QN3A 2WJSA 2V5YA 3Q9OA 3TI4A 3MW3A 3INBA 4KS1A 1H30A 3D11A 3U4XA 4C1WA 1WCQA 1G9BA 3IN9A 3WDTA 2WNEA 3OJBA 3K37A 4U36A 1CN1A 1N3OA 4ASMB 2AYHA 1GNHA 1R1ZA 3RG0A 2HTVA 5IK7A 3K39A 2ZKNA 5L73A 4UF7A 3AZZA 3V0AA 4XBNA 4Y26A 1VALA 1X50A 3JU4A 4HIZA 1GNZA 1W6NA 4XHXA 3AZVA 4Q6KA 2P37A 3ILRA 2ENRA 4M3CF 2QWCA 4FPGA 2BQPA 4HZVA 4YZ5A 1N3PA 2VH9A 1G9FA 3OPZA 3T2TA 1DZQA 2WSVA 1N1YA 2QWFA 3WV6A 2JD4A 5GZFA 3AZXA 5FREA 1QOSA 2Q5TA 3D12A 1LHWA 1CONA 2AEQA 1NCBN 5HUGA 2PHXA 3ZSLA 3W09A 4ZKTB 1W6QB 3A71A 5GLZA 3WUCA 3IM0A 4SLIA 2ZZJA 1VAMA 4YGCA 5JOXA 2SIMA 1ENQA 3SLIA 2ZGUA 1LULA 3H72A 2SLIA 1F8DA 4AVVA 1E8UA 4PF5A 1CIWA 3WHUA 1W20A 1SLBA 1N3QA 4WVVA 4K1YA 1QDCA 1SBDA 1L7HA 2ZGSA 5LK5A 1Z78A 1V3CA 1DLLA 1FAYA 1IKPA 4YGBA 4I00A 1JW6A 2VSMA 2XZKA 1INVA 1DGLA 1WBLA 1SFYA 2D3RA 1N1TA 3ENRA 1DYPA 5FRAA 3T1LA 3B00A 2GMMA 2W20A 4DS0A 3NWKA 4HZZA 5GLTA 2KM2A 3ATGA 2A71A 3W58A 2NN8A 5H9QA 2JKBA 2SBAA 1DILA 2ZHKA 2A5ZA 2HTRA 1RITA 4GA9A 3V0BA 1QDOA 1INGA 4H55A 3A72A 2F27A 4JC1A 1GICA 1V6JA 2NM1A 4YG0A 1EUSA 2W39A 2ZGLA 4B7NA 3R4SA 3OYWA 5HUNA 4XE9A 3PVNA 2VVZA 4CPZA 1JHNA 1OFSA 2GNBA 1I1EA 5JDBA 3M3QA 3N7KA 2ZA9A 1MS0A 2A3WA 5HCAA 2JE9A 1INWA 1AX0A 2W5OA 5M1ZA 4MWRA 4M3CB 3FBYA 1MS3A 2R0HA 1GZWA 2GALA 2P3IA 3OBRA 3ALXA 4XXPA 1N1VA 3M2MA 2HU0A 2NMOA 4MZEA 4LBNA 4YM3A 1EUTA 2YA7A 3CNAA 2ZABA 5E8AA 1L7GA 4HZYA 1MZ5A 4MWXA 4WA5A 1XOGA 2R0FA 3WDWA 3A4UA 4M4NA 1QMJA 2QWGA 4FP2A 3AZYA 3LSEA 4NCSA 1PZ7A 3AXEA 1Q8OA 2ZMLA 4X4AA 1NMBN 3NV3A 4XJRA 3JUUA 4QN7A 2BERA 4XMIA 1GYKA 1NCCN 3N35A 4Y20B 3O0VA 2B7YA 4WVWA 2LTNA 2HTUA 4WA3A 3ASIA 5IK8A 2DVBA 1W6MB 3APBA 1H9PA 3V65A 3N36A 1F8EA 4Q1PA 2NP0A 4GZPA 3AX4A 5DUUA 4NOTA 1LOFC 5JOZA 2AR6A 4BM8A 1OKQA 2YY1A 4UW6A 3B01A 1HLCA 4MYEA 3V0AB 1G9DA 3RSJA 1UN1A 3MW4A 4BLIA 3PVEA 2QWJA 1IS6A 4BQ1A 2F12A 3AYCA 2FHRA 2PHUA 1BZWA 1YIFA 1CR7A 2UU8A 3T1EA 1VCUA 1QOTA 2EALA 3GNEA 2GNMA 4XXAA 1DQ5A 1IVCA 4AGVA 3O0XA 1DQ2A 2ZGTA 1A4QA 1LU1A 2VW1A 1INYA 1LU2A 2A6VA 3ZPYA 1N47A 3T1MA 3WVJA 1H9WA 3USUB 2VY0A 1W8NA 4FVVA 3WCSA 5BYNA 2EXHA 3WDYA 3SANA 3TI8A 1LJ7A 3FLPA 4YM1A 1DYKA 4YGDA 3KM5A 2W52A 2RHPA 4AGGA 1W8OA 3ZVXA 5T52A 2PHRA 1WW5A 2DVFA 2GMPA 1A78A 2FMDA 1V3EA 2DUPA 2EXJA 4FJ6A 3H71A 2B8HA 4Y1VA 2JJ6A 1INHA 2YA4A 2ZGOA 4MJUA 4DFSA 1DQ4A 3POYA 3M3EA 2GN3A 3N3HA 4R9BA 1FYUA 2D6MA 5JYYA 4PQ9A 4GEZA 1LENA 4MZAA 3K36A 2AUYA 4Z8BA 1GLHA 3I8TA 1MVQA 3CL2A 2A3YA 4U2AA 4XJZA 4UW5A 3BODA 2CMLA 2JDZA 3M1HA 5DZEA 1A8DA 3V0BB 1WW6A 3B69A 3NV1A 1ZA4A 5GM0A 2W38A 3IMNA 1IVGA 4XJ9A 3FUOA 1C57A 2F29A 2F10A 1EUUA 3L2YA 2VK5A 2AEPA 1Z50A 5NN9A 2XZIA 2DU0A 1U0AA 2VU9A 2E6VA 4K1HA 1KRIA 1KDMA 4DRVA 5T5JA 4YFZA 1DIWA 1SBEA 1S0GA 3NN9A 3SILA 1E8VA 1SCSA 4Y22A 3O0WA 5T5PA 2JECA 4GB1A 2ZGPA 2F28A 3ZSMA 4OZXA 4XJUA 2QWBA 5GZCA 1V0ZA 1AF9A 1IVFA 1GZWB 1LHOA 5EWSA 1ULEA 1NNBA 2YV8A 5DG2A 3UK9A 2ZHLA 1SCRA 2AENA 5DUWA 3RRDA 4ATFA 1A3KA 4YW5A 3POSA 5JOYA 2EXKA 3ALWA 2HU4A 1J1TA 2F24A 1UL9A 1SLAA 1LODA 4YW3A 1YI7A 1V2IA 4YW2A 2DWRA 3AYDA 4LBOA 2PELA 4MWQA 2VSKA 1GZ9A 2UURA 2JE7A 3AP5A 1PZ8A 5T50A 1MS5A 2F0ZA 1S0CA 2I2SA 1LGNA 2GDFA 5SV8A 4QN4A 1UPSA 1USRA 3OY8A 4YM2A 3C2UA 3NV2A 1B9SA 3ZSJA 2ES3A 2WSUA 4Q1RA 3HMYA 3PJQA 4HL0A 1Z4XA 3H0OA 1V6LA 5T55A 4YW1A 2UWCA 5DZFA 2PHTA 2QWHA 2VUAA 1SBFA 2VK7A 4LBJA 4JRAA 5KXEA 2X9MA 4I30A 1V0FA 2CY6A 1I3HA 1UZZA 2R16A 1V6KA 3O5SA 3AJZA 3I4IA 3D5OA 2OVUA 4KS2A 4B7MA 3ZYPA 3IPVB 1HQWA 2GNTA 1MVEA 4DPNA 5DXDA 4WEFA 3B7EA 2C4AA 1FV3A 1GSLA 2AGSA 1LOGA 3WG2A 2HTWA 1B9VA 2VXRA 1DIMA 4K1JA 1YXWA 1FV2A 1A4GA 1W0PA 4YZ1A 1URXA 2YA8A 1NSBA 4LBQD 2YDTA 4K20A 3WG3A 4MWJA 2YROA 1INXA 2DUOA 2A6ZA 2WT1A 5GLUA 1W6PA 2BF6A 1GZCA 5H9SA 4YZ2A 3GVJA 4F83A 4KS4A 4K3YA 2A7AA 4FQ4A 5T5OA 1IVEA 1UKGA 3OBTA 2D6KA 4TZDA 1KJRA 5E88A 2GNDA 1HKDA 3UL2A 4MWUA 2P34A 2ZB6A 4YG6A 3JU9A 4PCRA 4FZHA 4QN6A 2CWSA 3TIBA 3CYEA 4P9XA 2F26A 1W6OA 5HCFA 3D4KA 4P9YA 4P9WA 2DVAA 1JXNA 1G86A 2YMZA 4KBBA 1YRZA 1F9KA 3BEQA 2XCYA 1FNYA 4NN9A 4IQPA 2DVDA 3WG1A 3ZXKA 1CJPA 1VAVA 1XQNA 3TI3A 2LALA 4L8QA 1A14N 1V00A 1JYCA 1WW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AP4A 3JCIA 4B7JA 3TAYA 2Z4FA 4AQTA 3WNOA 2ZGKA 5FQ0B 1F4AA 4ASCA 3EMRA 5GALA 4X6KA 3N9QA 4GALA 3KCYA 3VHOA 4YM0A 2XLAA 4IE5A 1FMD1 3ZX7A 1SFPA 3VBHA 2PA7A 5FP3A 1ENSA 2Q0AA 5GZDA 1R1A3 2CL2A 2CWMA 3SCGA 1OVSA 1NUKA 1S0EA 4L2NA 1UY4A 4BQYA 2JDMA 4XACA 4MC7A 2RM23 2WZPP 3ZN5A 4HPKB 3ZXLA 2FPBA 3P5BL 3A0KA 2IC1A 1FOD3 3K48A 5JUVA 3E6DA 5H9PA 3AZWA 4EZ4A 2JG8C 1AR63 4LO4B 3WNXA 1L7FA 1Y7BA 3KF3A 5L9RA 2HYXA 3BPZA 4IESA 5A7QA 3U07A 3S57A 3E5ZA 3K3NA 3SITA 5J48A 1W6QA 2XHKA 2ZACA 4Y4RA 2IFRA 4XURA 3KWVA 2VOXA 4BIFA 1UZWA 2VW0A 3O7OA 3W5NA 3V56A 1IPJA 2DCKA 1LKNA 3HOBA 3J7MA 5F5IA 5J09A 3Q8EA 4N90A 3WOGA 2A6XA 1IS5A 3PU8A 3JB8A 3OEAA 2W5NA 1O91A 1RUJ3 1U5XA 4AYUA 4HONA 2G9ZA 4NPRA 4NROA 1D4M1 4NIIA 5C8WA 1Y4WA 3WXPA 2X5IB 4QNPA 4LBQA 4OMCA 1SG3A 4MHRA 2JX9A 3MIHA 4TLGA 1MZFA 3HNBM 3LPFA 4PLOA 5DG1A 1WD3A 3PMEA 4K9SA 5A32A 4CPLA 1UY2A 1AX2A 2CHHA 3U1XA 3W59A 4OI4A 3WNMA 1E5SA 5IK4A 4UAPA 1CPMA 1MS8A 4HVRA 2ADEA 4MVTA 4BH9A 4E2GA 2RDQA 4LUKA 3K38A 5DAPA 1OVPA 2ZBJA 2XKOA 4D0QA 3VKLA 1NE4A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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