1SLIA

Leech intramolecular trans-sialidase complexed with dana
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
679
structure length
679
Chain Sequence
IPEGILMEKNNVDIAEGQGYSLDQEAGAKYVKAMTQGTIILSYKSTSENGIQSLFSVGNSTAGNQDRHFHIYITNSGGIGIELRNTDGVFNYTLDRPASVRALYKGERVFNTVALKADAANKQCRLFANGELLATLDKDAFKFISDITGVDNVTLGGTKRQGKIAYPFGGTIGDIKVYSNALSDEELIQATGVTTYGENIFYAGDVTESNYFRIPSLLTLSTGTVISAADARYGGTHDSKSKINIAFAKSTDGGNTWSEPTLPLKFDDYIAKNIDWPRDSVGKNVQIQGSASYIDPVLLEDKLTKRIFLFADLMPAGIGSSNASVGSGFKEVNGKKYLKLRWHKDAGRAYDYTIREKGVIYNDATNQPTEFRVDGEYNLYQHDTNLTCKQYDYNFSGNNLIESKTDVDVNMNIFYKNSVFKAFPTNYLAMRYSDDEGASWSDLDIVSSFKPEVSKFLVVGPGIGKQISTGENAGRLLVPLYSKSSAELGFMYSDDHGDNWTYVEADNLTGGATAEAQIVEMPDGSLKTYLRTGSNCIAEVTSIDGGETWSDRVPLQGISTTSYGTQLSVINYSQPIDGKPAIILSSPNATNGRKNGKIWIGLVNDTGNTGIDKYSVEWKYSYAVDTPQMGYSYSCLAELPDGQVGLLYEKYDSWSRNELHLKDILKFEKYSISELTGQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of an intramolecular trans-sialidase with a NeuAc alpha2-->3Gal specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Macrobdella decora
total genus 183
structure length 679
sequence length 679
ec nomenclature ec 4.2.2.15: Anhydrosialidase.
pdb deposition date 1998-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 1sliA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1sliA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1sliA02
1QDCA 1Z78A 1AXYA 4XXPA 1BZWA 1GZWB 2VW2A 1Q8PA 5JMCA 3A72A 1S0JA 1V3EA 3POSA 1CJPA 1NCBN 3AXEA 3CYEA 2XG3A 3OYWA 1INXA 3M1HA 4YW3A 2GNDA 5JOXA 3NV1A 4Y1XA 3D12A 4F83A 5B2DA 4Y22A 1G86A 3RMXA 1CPMA 4FVKA 1QU0A 5GM0A 3TAYA 4KS5A 1FV3A 4CRQA 2ZHNA 4FOWA 4YM2A 5DG2A 3AZWA 1V6LA 1JN2P 3ZSKA 4MC7A 2E7QA 3T2TA 1YRZA 1INHA 1FNYA 1JOJA 1WLWA 1BQPA 2NYYA 4FP3A 4NCSA 3OY8B 1GNZA 1V0ZA 1F5FA 4LBQD 1EUTA 1JBCA 4GKXA 4XBQA 4FPHA 4XJ8A 1RINA 4YGDA 4Q1PA 1LCLA 2F25A 1XQNA 2GN7A 1LOAA 4XJ9A 2ZGRA 2D7FA 1PZ9A 3OPZA 4YM3A 1EURA 3R4UA 2CWMA 2VY0A 1W6PB 3AZYA 2DVGA 3KM5A 2W38A 2AYHA 1DYPA 1N3OA 3CKZA 3I4IA 4M4NA 4AWDA 2B8HA 4KS4A 1NXD1 4AVSA 1NNCA 1GNHA 3D5OA 3USUA 2JKBA 1B9TA 1TEIA 2FHRA 1Z4YA 1XOEA 4HZVA 3WDXA 4XMAA 3LSEA 1LESA 4ITCA 3O5SA 4H55A 1IKQA 3AK0A 1YO8A 1MS1A 1JYIA 1LOBA 5T5PA 2W39A 1KJRA 1CONA 2E7TA 2C4AA 4WA5A 2ZHKA 1BKZA 4MWJA 3VKFC 1WW4A 1SCRA 3WCRA 4XJQA 2W20A 2OUHA 4FPEA 4OZXA 2VW1A 3ZXLA 2NMOA 5DZEA 4BMBA 3TI4A 2DTYA 1AXKA 2AR6A 1NCCN 4P9WA 3ILFA 4RL7A 2DUPA 4B7JA 4FPOB 5DG1A 2DV9A 3ZXEA 2VXRA 3M3OA 3WUCA 3IM0A 1DBNA 1GLHA 1UZYA 1ENQA 5GLVA 1G9CA 4Y1ZA 1C1FA 3M3QA 2OVUA 3KQRA 5H9RA 1O4ZA 2CNAA 2HTRA 4Q1RA 1YI7A 2UWCA 4K1HA 2WKKA 2HTVA 1IOAA 1CIWA 2ZGPA 7NN9A 4WEFA 1F8EA 2EIGA 2ZGLA 3APBA 1IS3A 3DGTA 2F27A 1I3HA 3ILNA 1LHWA 5B2CA 5JVVA 4Y20A 5IT6A 1QOSA 2ZGTA 4MWXA 1WW5A 1B09A 3N7MA 1LENA 1R1ZA 5CNAA 1IS6A 4FP2A 2V5YA 4GDIA 2QWGA 2ZAAA 5EWSA 4GALA 3D11A 5DZGA 3VKMA 3W58A 1INWA 3ALXA 1DIWA 4JRAA 2D6NA 2XZKA 3NV3A 1LGCA 2LALA 1O4YA 5HUNA 1NLSA 3AP9A 2ZGSA 4FOVA 3WNXA 4M4UA 3K36A 3ZSJA 2ZB6A 1SLAA 3T1LA 2WT0A 4UF7A 2ES3A 4K1YA 1S0GA 2ZHLA 3C2UA 1A78A 1E8UA 1A14N 4U2AA 2CTVA 1GYKA 3AYDA 2C4LA 1S0FA 3BOPA 3QLQA 2A5ZA 4YGBA 2DUQA 2NP0A 2R0FA 5KXDA 2XCYA 3TICA 4HZWA 4YGEA 1UAIA 3AJYA 2AEQA 1UZZA 3W09A 2VK5A 4YZ5A 2QWEA 2YDPA 2HTQA 3IPVB 4GEZA 2HTWA 4K3YA 5GLZA 2D6KA 1FAYA 1W6OB 3SH4A 3UJQA 1LEDA 2P3KA 4CZSA 2UWAA 1W1XA 1A3KA 1DHKB 5E8AA 1JHNA 1QOTA 1V6OA 4DFSA 2WJSA 5JOYA 3WOGA 4AVTA 1B9VA 1V6MA 3N35A 4WZFA 2WSUA 3VKLA 2XB6C 1GZ9A 3AFKA 4TZDA 1LGNA 1B9SA 1G9AA 3IN9A 2ZGUA 1VIWB 2VH9A 4FPYA 3ZPYA 3QCWA 2JJ6A 1V6IA 4WVVA 4MJUA 1Z0HA 3ZXKA 4FQ4A 1EUSA 1KRIA 2SLIA 3TB0A 4XE9A 4R9DA 4DRVA 1LGBA 4Y1YA 4UW4A 2A6ZA 1JUIA 1ULGA 5JDBA 1WLCA 4D69A 3SNMA 5GLUA 3SALA 2YY1A 2VK7A 4JF7A 3NWKA 1F8CA 2P2KA 1CPNA 4XBNA 1ULEA 1IVDA 4CPZA 1LOEA 1W6MA 4JC1A 1FNZA 1JYCA 4TYSA 5FRAA 5AVAA 1HQWA 1DQ5A 4MZAA 2E51A 4PCRA 2E6VA 1KDMA 2AH2A 3O12A 3UJOA 5T50A 2ZZJA 4R9BA 4YW1A 1C4RA 1A8DA 1MWEA 2DUOA 4DPNA 1QOOA 4XHBA 2Q5TA 1VCJA 4Y1VA 2EF6A 1SBFA 1GZWA 4PQ9A 1W6QB 1W20A 3AZVA 4MWRA 3UL2A 5F5QA 2EXJA 5JLVA 2UU8A 1N47A 4XMIA 2PHWA 3MW4A 1L7GA 2ZABA 4LBJA 2UURA 3AZZA 5IK8A 5IUQA 1DFQA 5F9TA 1LOFC 1V6NA 1IS5A 1BJQA 1ONAA 1W6NA 4GZXA 4QN5A 4ASMB 4J9TA 5EYYA 4P9YA 5CAZA 4ISRA 4XBLA 3JU9A 4M3MA 1AXZA 1NCAN 5T52A 4M3CB 2GNMA 1AJOA 4GKYA 3T1MA 2JECA 5HCBA 1MS4A 2Z42A 1A4QA 3ZXJA 1F9KA 4R9CA 4XIOA 1D0HA 3B7EA 1AX1A 5GLWA 4GZSA 4DRRA 3GNEA 3WHTA 2CY6A 3ASIA 1SBEA 4LBQB 4XJRA 2JD4A 1MZ5A 2BQPA 3JU4A 1DIMA 4H53A 2BATA 2LTNA 1DQ6A 1Y7BA 1W6PA 4L8QA 1L7HA 4LBKA 2D3SA 3OYWB 3ZYRA 2VUAA 3RS6A 3RRDA 4YZ3A 3AZXA 3WUDA 4XZPA 3AJZA 4ATFA 4MZEA 4Q26A 2A6WA 2ZGMA 1CR7A 1GICA 4Y22B 4Y24A 2AENA 1LHOA 1EPWA 1WD4A 2JE9A 3M2MA 3RSJA 4CTEA 1UL9A 1Z4XA 3AP7A 4MWUA 2WSVA 1AZDA 1C1LA 4FJ6A 2YA8A 2SIMA 5H9QA 3ZSLA 3H71A 1FV2A 2F26A 1QMJA 1VALA 4XJWA 5HCFA 4M01A 3IKWA 1N1VA 1VCUA 4YGCA 3WLUA 3BIWE 4LBMA 1QNWA 4MWYA 2DVDA 1SBDA 4QN3A 4PBOA 4KBBA 1ULFA 2YROA 3INAA 2VWDA 4D8SA 3FUOA 4HZXA 4X49A 3N3HA 3TI6A 2SILA 3WDUA 3L2YA 3O9KA 4FPCA 2GALA 4YW4A 1Z4VA 5DZFA 3BTAA 2EALA 3M3CA 4XOGA 1WCQA 2WQZC 3JUUA 4H52A 4YW5A 1SLBA 1W0OA 4Y26A 3USUB 3AYAA 5GZGA 4GWMA 4ZXKA 2NM1A 3SLIA 3GVKA 4QN7A 5T54A 1MS0A 3SANA 1UX6A 4CPMA 2TEPA 2DVFA 3POYA 2A71A 1IS4A 1LTEA 5H9SA 4GA9A 1SFYA 4KS2A 2OUJA 1JXNA 2ZB5A 2ZGOA 5DUWA 1MVEA 4DGRA 4XJUA 4XILA 5LK5A 4FQZA 1EUUA 4AGGA 1E8VA 3NN9A 2DU1A 4YFZA 2A70A 2ZMKA 2PHTA 2EXKA 3ILRA 3WG2A 5GJ6A 4NO4A 4C1WA 1LJ7A 2D6PA 3OGGA 3RMYA 2ARXA 4GXLA 4BLIA 4FPKA 3RQ0A 3O9JA 4X6KA 2ZBJA 2D6LX 5CB7A 4BBWA 4YZ2A 5E88A 2HT5A 4XHXA 4M4VA 1MS9A 5T5JA 4PBPA 1V6KA 3MW3A 1URXA 2CL2A 4NN9A 1QGLA 2NZ9A 2R1BA 1YIFA 1MZ6A 4HL0A 2YA4A 3H73A 4WEGA 2A6XA 1WCSA 4BQ1A 4DS0A 2RKCA 2VVZA 3SH3A 1MS8A 5DUVA 2P3IA 5IK4A 4B7MA 1W21A 3IPVA 3N7LA 3WVJA 1W6OA 5HUMA 3V0AA 2F24A 2ARBA 4Y20B 1V3BA 2X9MA 5CA6A 4YLZA 4BOWA 3CL0A 1DLLA 4UW6A 4WA3A 3ZVXA 4ATEA 2QWFA 5EYXA 1V3DA 2AUYA 3O0VA 1UKGA 3O0WA 4JCKA 1MS3A 4B7RA 1WLDA 3K3AA 3ZSMA 2ENRA 1NNBA 2ZGKA 4RA0A 3B9CA 1ENSA 4QN6A 4YZ4A 3VKNA 3WG1A 2D3RA 1V0FA 1GKBA 2YZ4A 1IKPA 1V00A 1IVGA 2B7YA 1E8TA 2A3XA 1LULA 1DYKA 2P34A 5M1ZA 5GLTA 2I2SA 2CMLA 2JE7A 1V3CA 1OKQA 2EAKA 3H6JA 5HX0A 3UK9A 4AGVA 1S0IA 2QWAA 3HMYA 4BPZA 4XJAA 1QF3A 1QDOA 3LCPA 3O0XA 2VW0A 1WW7A 3AXDA 1ENRA 5BYNA 4YG3A 3K37A 4ZKTB 2XZJA 3TI8A 1WBFA 4GZTA 1VAVA 2GNBA 2RHPA 1W0PA 3WZ1A 2AEPA 1GBGA 5T5OA 4IQPA 3FLPA 1DZQA 2DWRA 4YG0A 3HN1A 2QWKA 3R05A 1LU2A 5JOWA 2ZGNA 1ZA4A 1RIRA 1Q56A 2D6MA 2R0HA 4FPLA 4FOYA 2YA5A 3AYCA 1H9PA 1GSLA 4HZYA 1WBLA 4M3CF 4CPNA 1HQLA 1SACA 4NOTA 3AP5A 5IK7A 3V0BA 4BLJA 3SITA 3FUQA 3VUOA 1INYA 2BZDA 1G7YA 1FATA 1L7FA 1F31A 4XJZA 3AP6A 4M3CA 2ZHMA 1LOCA 3D6EA 1V2IA 2ERFA 1NMAN 1X50A 4R9AA 4CPLA 2SBAA 2F11A 1INVA 2VU9A 2V73A 1MR5A 2PHFA 1QNYA 2YA6A 2YXSA 3TIAA 3OJBA 4DQAA 4LBQA 1SO7A 2D44A 3OBTA 1WW6A 1LECA 4YM1A 3FBYA 5GZDA 2DURA 3WV6A 1S1AA 2JDZA 4I30A 4BMEA 2G4IA 2PHUA 1WUVA 3OY8A 4HANA 2YDTA 4MWLA 3INBA 4WV8A 2WT2A 5T5LA 4YFWA 2QWDA 1BJIA 4YM0A 4W65A 1IVCA 2QWBA 5HCAA 1W6NB 1Z50A 5EXOA 4MYEA 3U4XA 4M00A 3V65A 1G9FA 2ZMLA 4GZOA 5JOZA 1I1EA 1XOGA 2ZA9A 3ENRA 4GZWA 3I8TA 2QWJA 1IVFA 1DQ1A 1KJLA 2DVAA 3IMNA 2F29A 1APNA 2VSMA 1QKQA 3WDTA 1F8BA 4MX0A 2AREA 3M3EA 3H72A 1F8DA 2NMNA 4YZ1A 2HTYA 1SLLA 1NSBA 1AX2A 2F0ZA 3K39A 4C1XA 1RITA 1C57A 1W8NA 1Q8SA 1HKDA 5SV8A 2GMMA 1LODA 4WVWA 1SLCA 1VLNA 1AJKA 2NN8A 2R16A 2F12A 3K38A 3HR9A 2F10A 4MWQA 4LBLA 1HDKA 3BEQA 3AX4A 1V0EA 4I00A 5E89A 3CL2A 4M3CE 1VAMA 1OQ1A 3VV1A 5IK5A 3N7JA 1AX0A 2YA7A 4XYXA 2PELA 4GDJA 1N3PA 4UW5A 3B00A 2A3YA 2E53A 1Q8VA 1H9WA 4Q6KA 1G8WA 2W68A 2UWBA 2ZMNA 2D3PA 4K1IA 1AF9A 1ZM1A 3PVEA 4PF5A 5DUXA 2F13A 4GZPA 3H0OA 4CPOA 3WDYA 3NV2A 1KQRA 5KXEA 5T55A 4Y1UA 2C5DA 1LHVA 5GALA 2FMDA 3ZYPA 1DQ0A 1INFA 4FPFA 1DQ2A 3WCSA 1MS5A 3N36A 3D4KA 2YMZA 5GZEA 1N1TA 2D6OX 1V6JA 2HT8A 2AGSA 3WG3A 1YXWA 1MACA 2WT1A 4U36A 5DXDA 3B01A 5CBLA 1OFSA 1NSCA 2W5OA 1GZCA 4GWNA 1WD3A 3PVNA 3RG0A 2ZGQA 3FLRA 2GMPA 1NCDN 3FFZA 5FREA 3WG4A 2VSKA 4AGRA 1PZ8A 1S0DA 4YW2A 1INGA 1LOFA 3NV4A 5HUGA 2EXHA 1GV9A 4FPGA 2QWCA 1Z4WA 3Q9OA 4FVVA 4GZQA 2D43A 5HUKA 1NNAA 1MVQA 2EXIA 1NMCA 4Q8LA 3ATGA 3BODA 4AVVA 1NSDA 3POWA 2P37A 2ZKNA 5GZFA 3V64A 3PVOA 2DU0A 4XTPA 4Q27A 4LBNA 2XZIA 4K21A 4MWVA 2A6YA 3SH5A 1USRA 1S0BA 4NC5A 1GANA 2DTWA 2R49A 3GVJA 2BERA 2CWSA 2OW4A 1N3QA 1A4GA 5GZCA 2A3WA 1LU1A 3NSSA 1H30A 2HTUA 4B7NA 1DILA 4FZHA 3VKOA 2HU4A 2R1DA 4P9XA 4HIZA 2QWIA 1NMBN 6NN9A 3MPPG 2W52A 1LHNA 1ULDA 4QN4A 5L73A 4XXAA 3AYEA 1YYNA 2H0BA 4X4AA 2W08A 4GB1A 4XDQA 1S0CA 1ULCA 5KXBA 1G9BA 3V0AB 2A6VA 4BM8A 1CN1A 2C9AA 4SLIA 1Q8QA 1CESA 4X47A 1CQ9A 2DYCA 1IVBA 1PZ7A 3TIBA 3TI3A 5JYYA 1Z4ZA 2BF6A 4Z8BA 3WDWA 4K1KA 3GALA 3WDVA 2HT7A 1USXA 1G9DA 1N1YA 4GJTA 3FLTA 4Q8KA 2WNEA 3A4UA 4UW3A 1BXHA 4XTMA 1SCSA 3GVLA 2PHXA 5KXCA 1N1SA 3T1EA 1LOGA 4WA4A 3OBRA 1FYUA 3LSDA 2WLQA 3CNAA 1BYHA 4P14A 3ZXFA 4CPYA 2GDFA 4YG6A 1HLCA 1LEMA 3MEPA 1SLTA 1W8OA 1FX5A 3TI5A 1IVEA 1SNTA 1W6QA 1D2SA 1UMZA 1AVBA 1SLIA 3PMEA 2A75A 2QWHA 4KS1A 4MWWA 3R4SA 2ZACA 4QNPA 4MJVA 2HU0A 1JW6A 2KM2A 1KITA 3WHUA 4FOQA 3A0NA 4K20A 1UN1A 2YV8A 4AYUA 1U0AA 1LHUA 2GNTA 4FPJA 3MW2A 1DQ4A 4ISQA 1KDKA 3A71A 2GN3A 3A0KA 2VK6A 3AP4A 5H9PA 3B3QE 4XIKA 3DUIA 2DVBA 4K1JA 1NN2A 2W5NA 4LBOA 2P3JA 4KS3A 1S0EA 3SILA 1CVNA 2HYKA 3ALWA 1W6MB 2GMEA 1Q8OA 1DGLA 2CYFA 3W59A 3SISA 4K1ZA 4HZZA 3PJQA 2PHRA 2F28A 1UPSA 4Q2FA 3N7KA 4B7QA 1J1TA 5NN9A 2A7AA 5DUUA 3B69A 3V0BB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B7KA 1QDCA 5L7OA 5FK7A 1RTVA 1Z78A 1AXYA 4XXPA 3AM2A 1BZWA 1IG0A 1UF2C 1GZWB 2DCJA 2VW2A 2J22A 4KWLA 1Q8PA 1AR81 2ZEZA 5JMCA 1MEC2 3PUQA 3A72A 1S0JA 2FDFA 4P00B 3POSA 1CJPA 4NN0A 1V3EA 1QQP1 4NAOA 4K7JA 1NCBN 3AXEA 1Y9MA 2XG3A 3CYEA 4RD7A 3FZ3A 1IPKA 3OYWA 1INXA 1W9SA 4QXBA 4R4XA 1PJXA 2O8QA 1ZBA3 5HXVA 3SKVA 3M1HA 3VZNA 2B9VA 4YW3A 3WF4A 5LA1A 5LA9A 4KH9A 2GNDA 2RM23 4IMBA 4M0HA 5JOXA 2ORXA 3ES1A 4HN1A 3BVCA 4AG4A 4A7YA 5A3PA 5C3SA 2FLUX 3V64C 1EY2A 3NV1A 4Y1XA 3X29B 2QQPA 3SRGA 4CUBA 3D12A 2JIJA 2QKDA 4HBNA 1TME3 4F83A 2GVVA 3NVCA 5B2DA 2VBBA 4Y22A 4HZFA 1G86A 5D21A 4BISA 1REFA 3LI4A 1CJDA 3RMXA 1CPMA 3CQOA 3WXPA 4UBHA 4CDWB 3RZJA 4MO3M 4B29A 4FVKA 1QU0A 5GM0A 4B3NA 2R32A 2Z79A 1E5SA 5ABJC 3TAYA 3ADEA 2XHNA 4I2OA 1C8M2 5FP9A 5LY1A 4KS5A 5HXMA 2ZEWA 1FV3A 4CRQA 1XNAA 2ZHNA 1UMHA 4FOWA 4YM2A 4LNVA 3OB8A 1FT9A 2XUEA 5DG2A 3AZWA 1OC1A 3JB4C 1V6LA 1JN2P 2I45A 2ZCWA 3VZLA 3ZSKA 4MC7A 2E7QA 3T2TA 1J3QA 3ZYGA 5C70A 5DDJ3 2IVIB 2RJLA 2X09A 2RVAA 1YRZA 3WW3A 1GP4A 1U5YA 1FNYA 2VMCA 1INHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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