1W0OA

Vibrio cholerae sialidase
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE
total genus 195
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0oA02
3BIWE 3H6JA 1TEIA 1W6OA 4NC5A 1SNTA 4YG0A 1MS4A 4MWUA 4FPCA 1QMJA 4CPNA 1GSLA 1QOTA 1O4ZA 4K1YA 2WNEA 3ILRA 3V0BB 2YY1A 3WG2A 2R0HA 4XBLA 5HX0A 1CIWA 4YM1A 4BM8A 5DG1A 1W6QB 3AP9A 4MWRA 1QKQA 4MX0A 4YZ3A 4M3MA 1HKDA 1B09A 4HZZA 7NN9A 3TI3A 4YW1A 1GANA 1LOEA 2GNBA 1DGLA 4FPKA 3JU4A 1W6OB 4Q27A 2VK7A 3WG4A 3GVJA 4NOTA 3SNMA 2YA6A 4K1HA 3IMNA 2ES3A 4GZSA 1VAMA 1V6JA 1MS1A 1FATA 2P3KA 4LBLA 3O9JA 1WW5A 1KITA 3CYEA 2EXKA 4YZ1A 1DILA 1GNHA 4YGDA 2HU4A 4YW3A 1QNYA 2QWJA 4DFSA 4Q2FA 2QWAA 1UX6A 4Y1XA 3TIAA 1HQWA 5JMCA 2ZACA 5DUWA 2D6MA 2R1DA 2NMNA 1D0HA 3GALA 3OYWA 3DGTA 4UW5A 4MC7A 3D11A 4XJAA 3T2TA 3AYDA 2JDZA 1XOGA 1YYNA 2OW4A 1EPWA 4LBJA 1VIWB 1DQ5A 1GZWA 4WA3A 3SLIA 2VH9A 4PBOA 2DU1A 4UF7A 2C4AA 1CPNA 1F8BA 2D6OX 1Q8SA 5HUNA 3N36A 4MZEA 3A4UA 1SLIA 4XJZA 2G4IA 4XTMA 4XBQA 1WCQA 2BATA 5IK7A 4FPFA 2V5YA 1V3BA 1RITA 5HCAA 3NV4A 3GVLA 1SLAA 5GZFA 4Q8LA 4D8SA 1V3DA 4LBKA 2XG3A 5JVVA 4KS1A 4GZXA 3USUA 4YZ4A 2F11A 2F28A 4WEGA 2QWKA 3ZXEA 4ISRA 5HUKA 2JE9A 4M3CA 3ZXFA 4HZWA 3H73A 1C1LA 2CWMA 1VCJA 1WLDA 2PHFA 3WDTA 4KBBA 4FPEA 3FLPA 1S0FA 1JOJA 1G9FA 1W0PA 2DVGA 4XXPA 1GV9A 3USUB 3O0XA 4M3CB 1S0IA 3OBTA 1LTEA 2ZKNA 4F83A 5T5PA 3M2MA 2XZJA 1H30A 1QF3A 4GXLA 4AWDA 1SBEA 4WA4A 2ZB5A 4LBQA 2ZGPA 1Q8PA 5GJ6A 4PCRA 2F13A 3UK9A 1SBDA 3R05A 2AENA 1GZ9A 3D5OA 2ZGTA 2NMOA 1ZA4A 1Q8QA 2TEPA 1QGLA 4DRRA 5JDBA 2ZGKA 2HTRA 1G86A 2FHRA 3QLQA 1MS9A 3TI8A 1V6LA 4R9CA 1UMZA 3NSSA 3HR9A 1JHNA 3VUOA 3T1LA 1JXNA 2C9AA 2CNAA 4CZSA 3WHTA 4XMIA 2P3JA 1QU0A 3I8TA 2PHUA 1CPMA 2A3XA 1QOOA 1Q8OA 1C4RA 4BMEA 3A72A 1N3OA 2DYCA 2AEPA 2QWFA 1ZM1A 2A5ZA 2R1BA 2YV8A 3WDWA 1HQLA 3HN1A 1DQ2A 4GA9A 4H52A 5AVAA 5GZGA 1JN2P 1Z4WA 1IVBA 1AX2A 2D7FA 3FLRA 1BQPA 4YW4A 3K39A 2I2SA 4Q1RA 1U0AA 4KS3A 3SH4A 1MS0A 1LGNA 2QWBA 2W52A 2UWCA 1NSCA 4YFZA 4JC1A 4YG6A 2RKCA 1LHUA 3V0AA 4TYSA 4AYUA 3B00A 2W5NA 2DUOA 2XB6C 3WV6A 1XOEA 5EXOA 5KXEA 4GEZA 1MVQA 3FFZA 3M3CA 4QN7A 5NN9A 4BLIA 1BYHA 2GN3A 5DUVA 2AEQA 1LEMA 2A6XA 1UZYA 4FP3A 1IVGA 5HCFA 3ZSJA 2BQPA 4FPJA 2DU0A 2Z42A 4NN9A 1USRA 3JUUA 1LHOA 1SLLA 4X6KA 1PZ9A 3TICA 1DZQA 2NM1A 1NNBA 4B7NA 1S0BA 2ZHMA 1DHKB 2EAKA 4HZYA 3ZSKA 2YDPA 3PMEA 1IS5A 3OBRA 5FREA 2EXJA 1INYA 3A71A 4P14A 2UWBA 4YGCA 1G7YA 5T50A 2XCYA 1DIWA 5IK4A 4XHBA 4CPOA 1GICA 2HT8A 3ZVXA 1NMBN 4FPHA 4MWVA 1W6NA 1D2SA 3I4IA 2AGSA 4GJTA 4WVWA 1G8WA 4HL0A 4XYXA 2DVDA 2VVZA 4XJRA 1FAYA 4PBPA 2SILA 3AP7A 3WDUA 2JD4A 4R9BA 3WUCA 1V0EA 3POSA 1AXZA 5F5QA 1UL9A 1LECA 2C5DA 4GKXA 1KJRA 2EXHA 4I30A 1Z4ZA 3CNAA 4LBOA 1NCDN 4GDIA 1FNYA 2F24A 5CBLA 2D3PA 3D12A 1W6NB 1AF9A 2D43A 2VWDA 1PZ7A 1FX5A 1AVBA 4LBNA 2EXIA 2OUJA 1IS6A 5IUQA 1BXHA 2GMMA 4QNPA 2YXSA 2RHPA 4QN6A 2AR6A 3SANA 2YZ4A 2ZZJA 4MWXA 2UURA 4SLIA 1W8NA 3RMYA 1DBNA 5CB7A 1H9WA 4K1KA 4D69A 2LTNA 4GKYA 3TB0A 2VSKA 4ATFA 5B2DA 6NN9A 1B9VA 2VXRA 5L73A 1WUVA 2ARXA 3AP6A 2DTWA 4XIOA 4UW4A 2W5OA 1FNZA 1MVEA 2P2KA 1KDMA 5E88A 5EWSA 3GVKA 3DUIA 4ISQA 1S0GA 4AVVA 1AZDA 5JOYA 5DXDA 4MJUA 1A4QA 5GLZA 2SLIA 1Z78A 1RINA 1F9KA 2OVUA 4BQ1A 2UWAA 4FPOB 5T5LA 1S0DA 5E8AA 5EYXA 4FPYA 4Q26A 4TZDA 1NCBN 4XOGA 4XJ9A 2F10A 1LGBA 1G9CA 2GALA 1WW6A 5IK8A 4K1JA 1JUIA 1IS3A 3ZYRA 4RA0A 1NCCN 1CVNA 1I1EA 1B9SA 3RQ0A 1NSDA 1MZ5A 4ITCA 3AX4A 5JLVA 2WJSA 4HZXA 1E8UA 1DYKA 3AYAA 1V00A 1W6MA 1LHWA 1UKGA 3NN9A 1DQ4A 3VKNA 3BTAA 3AZYA 3OYWB 5CNAA 2ZGSA 1S0CA 4YW2A 2HTYA 1MS5A 5JYYA 1N47A 2WKKA 2EF6A 3RS6A 1A8DA 2ZMKA 2KM2A 3ZYPA 2NYYA 1V0FA 1N1YA 4OZXA 1BKZA 4Y22A 2ERFA 4FVKA 4MWLA 4Y20A 5H9QA 2GMEA 4P9WA 1GZWB 1W6MB 2W68A 3N7JA 1MWEA 2YA7A 3AZXA 4XMAA 4Z8BA 3MW4A 1ULEA 3UJQA 2D44A 3K38A 3CL0A 2A75A 2D6NA 3CL2A 4KS5A 3AYCA 1Z0HA 3PJQA 1EUUA 1INWA 2HT5A 2VU9A 2PHWA 4I00A 2CTVA 4YZ5A 3TAYA 4XHXA 2QWCA 1A3KA 2BZDA 3ZSMA 5HUGA 2LALA 2V73A 2HYKA 4IQPA 4CPMA 3WG3A 3MEPA 3SILA 5KXCA 2E53A 3OGGA 4K3YA 4L8QA 1LOCA 2OUHA 2SIMA 3RMXA 1AJOA 3NV3A 3AFKA 4GWNA 3RSJA 4CPYA 1CJPA 1INGA 1YI7A 3INBA 1N3QA 1VAVA 3B9CA 5GZEA 1F8EA 4NCSA 5EYYA 5HUMA 3PVNA 2ZAAA 3H0OA 1NXD1 1MZ6A 2ZBJA 4YW5A 2D6KA 5FRAA 5T52A 4GZOA 1KDKA 1VALA 2YA8A 3SITA 1LHNA 1Z4VA 1UAIA 4PF5A 4UW6A 1GYKA 2X9MA 2ZB6A 1W21A 3ZPYA 4M3CF 2F0ZA 4LBQB 2YA4A 4WV8A 1AX0A 4ATEA 1F8CA 4BOWA 2ZGMA 1YRZA 5T5JA 1QDCA 4GWMA 1A4GA 1YIFA 5M1ZA 1LU2A 3OPZA 2VUAA 2HTWA 3FBYA 5B2CA 3B3QE 1O4YA 3KQRA 1IVFA 4P9YA 1LOFA 1SCRA 4M4NA 1NCAN 3ILFA 1OKQA 1AX1A 4Y1UA 3WG1A 4MWYA 1L7HA 4XBNA 5DZEA 2A3WA 4CTEA 1MS8A 2F29A 4XE9A 1SLCA 1V3EA 3RG0A 5CA6A 3U4XA 2VW0A 1AXYA 1LU1A 3D4KA 4U36A 3POYA 1JYCA 3H71A 4QN3A 3ALWA 2F25A 1SACA 3D6EA 4Q1PA 4KS4A 2P3IA 4XDQA 2XZKA 1KQRA 1URXA 3OJBA 5GZCA 4JF7A 1IKPA 2P34A 1LCLA 3VV1A 1OFSA 3V64A 3ENRA 1IVCA 3QCWA 1HDKA 1WBFA 1INVA 3WDXA 2A6YA 1L7GA 2WQZC 4FOVA 3CKZA 1I3HA 4GZQA 3UL2A 1ENSA 3AXDA 1QNWA 3Q9OA 3V0AB 5H9SA 4DRVA 1G9AA 1Q56A 3WDVA 4GDJA 3MPPG 1DYPA 1V6KA 1VLNA 4HZVA 4AGRA 4DPNA 3K3AA 3M3OA 3O0WA 5GLTA 1G9DA 2CL2A 4X4AA 4XJUA 1ULDA 1APNA 5HCBA 5F9TA 1MR5A 4Q6KA 1F31A 2GN7A 2GMPA 2D6LX 1CESA 2VW2A 5T55A 1F5FA 1WCSA 5IK5A 3M3QA 2WT0A 4M01A 3ZXKA 1WD4A 3WVJA 2QWGA 3AP5A 2HTQA 5IT6A 2XZIA 4LBMA 3APBA 2AH2A 4HANA 4B7QA 4MWQA 4GZWA 2E51A 4U2AA 2EIGA 1DQ1A 3M3EA 2ZA9A 1LJ7A 3ZXLA 3ASIA 2R49A 1GLHA 3H72A 4JCKA 4XJQA 1EUTA 2H0BA 4W65A 3SALA 4GB1A 3LCPA 3O0VA 4B7MA 2HU0A 2PELA 1NLSA 3ATGA 1EURA 4XILA 3TI6A 4B7RA 1W6PA 1LEDA 4DS0A 2VW1A 2ZGRA 2ZMNA 2QWEA 4CPLA 1W6QA 2ARBA 2JKBA 4XZPA 1LODA 1IVDA 4MWWA 2CMLA 1C57A 4C1WA 4X49A 4K20A 4WZFA 2D3SA 2ENRA 4H55A 4MZAA 2ZGQA 1MACA 5DUUA 4R9DA 2PHRA 3WOGA 1GKBA 4AVSA 3VKLA 4FQZA 3JU9A 2R16A 1W6PB 2VK5A 1E8VA 4BBWA 4K1ZA 4YM0A 2P37A 4QN4A 4XXAA 3SISA 3WCSA 2W08A 3AK0A 1IKQA 1LESA 1G9BA 4C1XA 4Y1VA 5GLWA 4YM3A 1QDOA 1GNZA 3MW3A 1A78A 1NNAA 4AGVA 1ULFA 3ZXJA 2VK6A 2DVFA 1GBGA 1V6OA 5GLVA 4CRQA 3BODA 4LBQD 4X47A 3INAA 2W20A 2B7YA 2ZGUA 4H53A 5DUXA 3AJZA 1LENA 1Z4YA 5DZGA 2UU8A 1ONAA 4WEFA 3N3HA 2QWDA 3RRDA 5KXBA 2ZABA 1WBLA 3T1EA 4GZPA 2FMDA 3FUOA 1NMAN 3VKOA 4FOQA 1OQ1A 1KJLA 3IPVA 2GNDA 1S0EA 1AXKA 4M3CE 1L7FA 3L2YA 2WSUA 1FV2A 4Y26A 3WDYA 2DTYA 2DUPA 1EUSA 4UW3A 2A71A 3TI5A 1IS4A 2ZHKA 1AJKA 1LULA 5JOZA 4PQ9A 2ZMLA 1Y7BA 1HLCA 4B7JA 4YZ2A 3K37A 2QWHA 4ZXKA 1W8OA 3B69A 3IPVB 1ULCA 4BPZA 3IKWA 1CN1A 3FLTA 1WW7A 5DG2A 1SLBA 2ZGOA 4DQAA 3TI4A 2GNTA 3BOPA 2BF6A 1LOAA 5JOWA 1S1AA 2NP0A 1B9TA 1CONA 2SBAA 1DIMA 1YO8A 5LK5A 2F26A 4Y24A 4P9XA 5GM0A 4Y22B 3C2UA 4ASMB 4Y20B 4R9AA 1X50A 2ZGLA 3AZZA 1W1XA 5T54A 4YGEA 3B7EA 4YLZA 3M1HA 1DQ0A 1LOFC 1W20A 4M4VA 2W39A 2E6VA 2DURA 1MS3A 1WW4A 2YDTA 1V6IA 2A6VA 1V3CA 2WT2A 1UN1A 3VKFC 2AUYA 1SFYA 4YM2A 3GNEA 1LOGA 1JBCA 4XIKA 1J1TA 2ZHNA 4FVVA 3LSEA 2CYFA 2CY6A 1ULGA 3R4UA 2HTUA 3NV2A 1SBFA 1CR7A 1GZCA 4CPZA 3TIBA 3N35A 3WNXA 1F8DA 2YA5A 1BZWA 4YG3A 3MW2A 2W38A 1V0ZA 2DV9A 4XJ8A 2EALA 4K21A 4Y1ZA 2JECA 5CAZA 3W09A 1YXWA 1SCSA 2AYHA 1UZZA 1WLWA 3SH3A 2D3RA 2GNMA 4M4UA 4YFWA 3O5SA 3O9KA 1V6MA 4GALA 1A14N 2Q5TA 3AZVA 1ENQA 4MJVA 1SO7A 1Z50A 4XTPA 3PVEA 3A0KA 2E7QA 1S0JA 3B01A 1JW6A 1LOBA 4FOWA 4J9TA 3WUDA 2D6PA 3ILNA 2AREA 3ZSLA 4RL7A 2A6WA 3PVOA 4NO4A 3KM5A 4MWJA 2A3YA 4M00A 4XJWA 5JOXA 1IVEA 1ENRA 1NMCA 3BEQA 4YGBA 2YROA 1VCUA 2E7TA 1QOSA 3R4SA 5E89A 4HIZA 1N1SA 3IM0A 4BLJA 2HTVA 3WHUA 1LGCA 2YMZA 3T1MA 3IN9A 3AJYA 4K1IA 4DGRA 1NSBA 4AVTA 2QWIA 1FYUA 4FJ6A 5GLUA 3AXEA 1DQ6A 3VKMA 3SH5A 5GZDA 1RIRA 4ZKTB 3A0NA 2A70A 1UPSA 1NN2A 5KXDA 2VSMA 1BJQA 1PZ8A 2PHTA 5SV8A 2GDFA 3AP4A 5H9RA 2B8HA 3O12A 1R1ZA 1INHA 1WLCA 4KS2A 2WSVA 4FOYA 1V6NA 4FP2A 2DVAA 1N1VA 3AYEA 5DZFA 5BYNA 3ALXA 2F12A 5GALA 3V65A 1Z4XA 1FV3A 1H9PA 3POWA 1IOAA 2DWRA 4FPGA 2JE7A 4JRAA 1JYIA 1Q8VA 2VY0A 2WLQA 1E8TA 1N3PA 1XQNA 1W0OA 1NNCA 3N7MA 1SLTA 3AZWA 3OY8A 2R0FA 2C4LA 3UJOA 2HT7A 4AGGA 4WA5A 2ZGNA 3WCRA 2NN8A 3WLUA 1V2IA 4GZTA 1C1FA 5H9PA 3WZ1A 4Y1YA 1INXA 3W59A 3N7LA 1BJIA 2A6ZA 2F27A 4QN5A 3NWKA 1CQ9A 2PHXA 3OY8B 4MYEA 4WVVA 2A7AA 4FQ4A 2BERA 1DFQA 3W58A 3HMYA 2JJ6A 1INFA 3N7KA 3NV1A 4BMBA 2WT1A 2ZHLA 4FPLA 3V0BA 1USXA 3FUQA 3LSDA 3K36A 2NZ9A 1LHVA 2CWSA 1N1TA 4FZHA 1KRIA 4Q8KA 2DVBA 1DLLA 2DUQA 5T5OA 1WD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BIWE 1H6LA 3H6JA 2Y6LA 4CPBA 3PUAA 5LW9A 1TEIA 5FPUA 1W6OA 5FZ6A 4NC5A 5IHRA 1SNTA 2RMU3 4E27A 4O7XA 4RD7A 1R082 1E57A 4NPMA 4ZZ8A 4JGZC 4I0BA 4AOCA 1ZBE1 4YG0A 1MS4A 1ZA7A 2Q8EA 2R042 3FJSA 1J59A 4MWUA 4FPCA 2ZKLA 1W06A 3T0DA 1QMJA 1ZRIA 5E16A 3LOBA 4IUGA 4CPNA 1GSLA 1QOTA 1O4ZA 4K1YA 2WNEA 3ILRA 2EIDA 4LK6A 3BIEA 4OULA 3ZYBA 3T0AA 2JDUA 5JZGC 1OUXA 3V0BB 1STMA 5IAVA 2YY1A 3WG2A 5LEKA 2RS11 2R0HA 1YFXA 2VMIA 1PO12 2MEV3 2Y64A 4XBLA 5DAXA 4MX3A 5HX0A 1J3RA 1XBFA 2V4VA 4CEYB 4AGIA 1CIWA 2XLFA 4YM1A 4BM8A 1OLME 5DG1A 5GTQA 1W6QB 3GYDA 4XF9A 3CLPA 3AP9A 3VDDB 4MWRA 1QKQA 4GJYA 4MX0A 4YZ3A 3WY6A 3PU8A 2DSOA 1COV1 5BNNC 4A44A 4A4AA 1QJY1 1W3XA 1TVGA 3BALA 5EZWA 4M3MA 5FCCA 1HKDA 1B09A 1OQEA 4O61A 5BPXA 4HZZA 2BWCA 1ZBE2 5GX3A 1C9UA 7NN9A 3TI3A 4YW1A 1GANA 4LHKA 3VBHC 4FO9A 1LOEA 2GNBA 3DCQA 4GQ7A 4BQ3A 2C9KA 1DGLA 3H1MA 1UOJA 3VHRA 4FPKA 5J7MA 3JU4A 1W6OB 5FNTA 4Q27A 2VK7A 1NG0A 5I91A 4YVSC 3WG4A 1MZEA 3GVJA 2CSGA 2Z79A 4A7KA 4DUWA 4NOTA 1GU3A 1R083 3S8VA 5K0UC 2RS12 4FXKB 5IJRA 3SNMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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