1W0OA

Vibrio cholerae sialidase
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
100200300400500600700700600500400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE
total genus 195
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0oA02
1V00A 1KRIA 4AVSA 4FVKA 1MACA 5T52A 4YZ3A 5H9SA 4P9YA 5H9PA 2JD4A 5CAZA 1SLLA 1LOEA 4KS5A 2HT8A 2BQPA 3LCPA 1DQ0A 4XJZA 2ZGKA 2C5DA 1MS9A 2EIGA 3A0NA 4F83A 4ISQA 2NZ9A 2HU4A 4KS1A 4Q8LA 1FNZA 1W21A 1DILA 1CONA 3JUUA 4Q8KA 2ZAAA 2CNAA 4CPOA 5CB7A 1MZ5A 1U0AA 4YW1A 2A7AA 2B7YA 1V3DA 5EXOA 2WSVA 2ZHLA 4FPYA 3SITA 4GJTA 4BMEA 1KQRA 4B7NA 1BQPA 4LBQB 1UAIA 2HTQA 3GVKA 5IK4A 4TZDA 2ZBJA 2D3SA 4R9DA 1C57A 4GDIA 1DYKA 1Z4WA 1QNYA 1UN1A 1L7HA 2DUOA 1NN2A 4QN4A 2D3PA 2NMOA 5GALA 4MYEA 3TAYA 3LSDA 1UZZA 2JE7A 4YFWA 1CESA 1JN2P 3H0OA 3OBTA 4M3MA 4YGEA 2HT7A 2NYYA 4YGCA 3GVJA 5IK8A 1LGBA 5B2CA 2A71A 4SLIA 1IVFA 3WV6A 1A8DA 2CMLA 1MS8A 2EXJA 4RA0A 2GMPA 1F9KA 5H9RA 3IMNA 1XOGA 2NM1A 2QWIA 3ZXEA 3PVOA 1ZM1A 2NP0A 4DRVA 4LBJA 1VAMA 5JOXA 3PVNA 5HCAA 3TICA 3ZXLA 1IS6A 2YROA 1CPNA 1GZCA 4Q6KA 1W1XA 4K1IA 4FVVA 1QOOA 3IM0A 3KM5A 1ULEA 2ZABA 3CYEA 2AGSA 4ITCA 3Q9OA 4Z8BA 2CY6A 5DUUA 3VKFC 3O5SA 2CL2A 1IS5A 1BJIA 2QWKA 3KQRA 3V65A 7NN9A 5DXDA 4XBLA 2P3KA 1Y7BA 5JOZA 4XDQA 4GZSA 2JJ6A 4GA9A 5GZDA 2VK7A 4CPYA 1LTEA 3C2UA 1AXYA 2HTYA 2Z42A 1A4GA 3B69A 1EPWA 1NCDN 3VKMA 2F13A 1AX2A 4UW6A 4YZ5A 3IPVA 4KS3A 2VU9A 2EXKA 1NXD1 1INFA 4AVVA 2F26A 5E88A 3K39A 5SV8A 3TI8A 4HANA 2CWMA 3CL2A 2ZB5A 1DQ4A 1WLDA 4M00A 3VUOA 3AX4A 1JXNA 5GZEA 3SISA 1FV3A 5KXBA 1SLTA 3T1LA 2DV9A 4XYXA 2XZIA 4AGVA 2P3IA 2W20A 1W6PB 1GZ9A 4FP2A 3AZYA 4GWNA 2F27A 2X9MA 3M1HA 3M3CA 5CNAA 1WLWA 2UURA 1WD4A 2QWHA 2YA4A 1N3QA 4YW2A 1QOSA 3W09A 4BBWA 1NCAN 1VIWB 2SIMA 2JKBA 2A6VA 2ARXA 4GB1A 2E6VA 3VKLA 2W39A 2EXHA 2QWEA 1INVA 3FUOA 4XIOA 5E8AA 4BLJA 1IVDA 3ILRA 4M3CE 2ZHKA 1JBCA 3GALA 2NMNA 4XHBA 4D69A 4LBOA 3FBYA 4U2AA 4GZPA 3B7EA 4X4AA 4M3CF 1KDMA 1G9BA 5DUXA 4CPNA 5DZGA 4Y1VA 2QWJA 1NSDA 1I3HA 1Z4YA 5IUQA 1BZWA 1USRA 1SLAA 4UF7A 4M4VA 1QKQA 1QOTA 1MR5A 1INWA 4HZXA 2W38A 1V3CA 1LHUA 2ZGOA 1S0DA 5T5PA 2H0BA 1W6QA 1UPSA 1SBEA 2V5YA 5HCBA 2AEPA 4DRRA 2A6ZA 4XJAA 1ENRA 1CN1A 3VKNA 1JOJA 3AP6A 3GVLA 1NCBN 2P34A 1LOGA 2ZGNA 4FZHA 4GZWA 5BYNA 2P37A 1IS3A 2W5OA 1JYCA 4M01A 4QN3A 2YA5A 4B7QA 1Q8QA 3MW4A 3AYEA 1W20A 3V0AB 1WW5A 2VK5A 3WHTA 1G9CA 3WDXA 4Y20A 3WDUA 1WCQA 2CWSA 4BOWA 1V0ZA 4X47A 1GZWB 3AP7A 3OYWB 1PZ8A 5E89A 2C4AA 2A70A 1Z4ZA 1YI7A 2VY0A 4YM0A 1WW4A 1V6LA 2W52A 3ZXJA 4Q26A 1OFSA 2AENA 2OVUA 4FPLA 2AUYA 1WUVA 2A6XA 3CKZA 4XIKA 1GICA 1W6MB 1FV2A 4GALA 2LTNA 3RMYA 2DUQA 1HQWA 1RIRA 4NO4A 4GZTA 1F8DA 4GDJA 1W8OA 3NV2A 3T2TA 1W6PA 4CRQA 1E8VA 4QN6A 3WLUA 2ZACA 2VW2A 2YDPA 1Z4VA 3WUDA 2ARBA 3WG3A 2GALA 5B2DA 1ULFA 5T5LA 1D2SA 3FUQA 2PHXA 1LU1A 3IKWA 2P3JA 3ILFA 4BMBA 3A0KA 3OY8A 1NSBA 1XOEA 4FOYA 3HN1A 1A3KA 3NV4A 4YG0A 1SBDA 2FMDA 4GWMA 2DVDA 1ENQA 1YXWA 2A75A 5NN9A 1QU0A 1ULGA 1LESA 1CJPA 3MW2A 3UL2A 1UL9A 1QMJA 1GSLA 1C4RA 1UKGA 3D5OA 1GANA 1F31A 1V6IA 1FX5A 4KS4A 3AJYA 2YA7A 1ONAA 3PJQA 4CZSA 4XTPA 4NOTA 2A6YA 2ZGQA 2DYCA 1H9PA 1MZ6A 4H52A 1Q8VA 3RMXA 4LBLA 4YG3A 3O0WA 1GBGA 5GLVA 1SFYA 5JYYA 2EXIA 3UJOA 3TI4A 4L8QA 1JUIA 2DVAA 2ZKNA 2JE9A 3N7LA 3SH4A 4M3CA 1TEIA 1BKZA 1G8WA 4NC5A 1CQ9A 1W8NA 2A5ZA 1H9WA 4W65A 2DU1A 3H73A 4ATFA 3A4UA 4YGDA 1QDOA 1QGLA 4WA5A 3W59A 3K36A 3AYCA 2D7FA 2C4LA 3DGTA 3I8TA 3SALA 4WV8A 1H30A 2PHUA 2E53A 4K1JA 4CPMA 1DIWA 5GZFA 5T50A 1N1VA 2D6KA 5KXCA 4MWWA 1IVBA 1WW7A 2A6WA 1MVEA 3WG1A 3BOPA 4MWYA 1CR7A 1J1TA 1HQLA 2HT5A 3D11A 3AYDA 1UMZA 1G9AA 3OYWA 3H6JA 3ILNA 1LULA 1SNTA 1D0HA 3QLQA 3AZZA 3RQ0A 2WNEA 2E51A 2XG3A 3PMEA 4XJQA 1N3OA 2SBAA 5H9QA 3ALXA 1W0OA 1NMAN 3HMYA 4YM1A 3H71A 4XJUA 3D12A 3N7KA 1V3BA 4Y22B 1S0BA 1B9VA 5JVVA 4MJVA 1RITA 3WCSA 3SH3A 1CIWA 2ERFA 3B01A 3AP5A 3AZWA 2LALA 1JHNA 2YMZA 5GLZA 1LGCA 2AH2A 1ULCA 3SNMA 1VLNA 1OQ1A 4BLIA 3DUIA 4Y1XA 1LHWA 3K37A 1DQ2A 2E7TA 4TYSA 2GNTA 2GNDA 1Z0HA 4DFSA 2VXRA 4Y24A 3N7MA 5DG2A 1LHNA 3CL0A 4HL0A 4ATEA 1LOAA 1ENSA 4IQPA 2AEQA 4BPZA 5HX0A 3ZYRA 5GLTA 1AXZA 2GMEA 2DVBA 4WVVA 2ZGTA 4FJ6A 3IN9A 1N1YA 2YY1A 3VKOA 1G7YA 3K38A 3AK0A 2SLIA 5T54A 1DIMA 3V0BB 3TB0A 3TIBA 2R16A 4LBQD 2DWRA 5T5JA 4M4NA 5CA6A 2YDTA 1FAYA 4FPJA 1LHOA 5DUVA 3SANA 3ZXKA 2GNMA 4YGBA 2QWBA 4WEFA 2CTVA 1VALA 3WDVA 3WDWA 3B9CA 4K21A 2D3RA 2ZGMA 2A3YA 2QWAA 1IVGA 2PHTA 1VAVA 3FLRA 3FLTA 4MZAA 4XJ9A 4DS0A 3TI6A 4LBQA 4GKYA 3POSA 4PBOA 2VUAA 1LEDA 5LK5A 3ZSJA 2W5NA 4K3YA 1VCUA 5JMCA 2QWFA 4GEZA 2ZGLA 3APBA 1F8CA 1V6MA 1LENA 1B09A 1WBLA 2PELA 1F8BA 2OW4A 3M3EA 4MWXA 5DZEA 5GJ6A 1QDCA 2WT1A 1MS1A 3WCRA 1V6NA 4AWDA 4PF5A 3M3QA 4LBKA 3NWKA 4MWLA 3ZSMA 2HTWA 4D8SA 3OGGA 4YG6A 3POWA 1LODA 1LJ7A 3L2YA 2ZHNA 3WVJA 4I00A 2FHRA 5DG1A 1DQ1A 1Z50A 3BODA 1LOBA 2EAKA 3FFZA 3T1MA 1NNCA 4DQAA 1MWEA 2I2SA 1URXA 5EWSA 2F11A 1N3PA 2QWCA 1F5FA 4MWJA 4XJWA 2XCYA 3AP4A 4XMAA 4M4UA 2HYKA 1L7GA 1EUSA 2VVZA 1WBFA 5T55A 1S0GA 1N1TA 1LGNA 5CBLA 1BYHA 2VK6A 1SLBA 2OUJA 5HUNA 3NN9A 1AX1A 3T1EA 1IKPA 2DURA 1NCCN 2AR6A 2DTWA 2ZGSA 4P9WA 4Y22A 1V3EA 4WA4A 4HIZA 5JOYA 5FREA 4FPOB 1YYNA 1NMBN 1Z4XA 5KXEA 4YW5A 4JRAA 3D6EA 4XOGA 5EYXA 2JDZA 3INBA 1VCJA 4ZXKA 2DU0A 3ZYPA 1E8TA 1INGA 4GZXA 2JECA 4AGGA 2ES3A 4PQ9A 2WSUA 2ZHMA 1DHKB 4MWQA 2ZMNA 3HR9A 4QNPA 4NCSA 1UZYA 2D44A 4GZOA 4PBPA 2ZGRA 2D6LX 4FQZA 3O0XA 1AJKA 1QNWA 2XZKA 5L73A 4DPNA 4H55A 3WZ1A 4FOWA 4HZZA 3R4SA 4H53A 4WA3A 3WNXA 1LECA 4X49A 2C9AA 2EF6A 4CPLA 2DVGA 4XBQA 4R9AA 2WLQA 2YV8A 2YXSA 1B9TA 1Q8PA 3RG0A 3O12A 2D43A 4MWUA 2YZ4A 4Q2FA 2RKCA 2PHWA 1DGLA 3B00A 4KBBA 3IPVB 3UJQA 3USUB 1S0IA 4MZEA 3H72A 1IOAA 3A72A 3AXEA 2BZDA 3AZXA 2P2KA 2WJSA 1EUUA 3MEPA 2YA8A 4LBMA 4FP3A 3LSEA 5HUGA 4WZFA 3QCWA 4XE9A 1GLHA 1W6OB 2GN7A 1CVNA 3PVEA 4MWVA 4YZ2A 5AVAA 1SLCA 3UK9A 6NN9A 3RRDA 1GV9A 4FOVA 2OUHA 4GZQA 1LOFA 4C1WA 1OKQA 2GN3A 3TIAA 1IS4A 1L7FA 2D6MA 1V2IA 4I30A 3K3AA 1C1LA 3N36A 2ZMLA 3AP9A 4ISRA 1YRZA 4CPZA 1Q8SA 2UU8A 3NV1A 4J9TA 2HTVA 4C1XA 1INXA 2R1BA 3M3OA 2EALA 4R9BA 2YA6A 1LOCA 3SILA 1LU2A 1MS3A 2BERA 2SILA 2F28A 1WW6A 3ZPYA 1NLSA 4YLZA 2CYFA 1BXHA 1RINA 4KS2A 4K1HA 3W58A 2BF6A 4FQ4A 1AZDA 3ZSLA 1AVBA 2DVFA 2ZMKA 1EUTA 4JC1A 5FRAA 5KXDA 3AJZA 3OBRA 1PZ9A 2GMMA 2GDFA 1W6NB 2R0HA 2WT2A 3V0AA 5JLVA 4FOQA 3O9JA 3N7JA 4Y26A 3WOGA 4FPCA 2VSMA 4HZYA 1GZWA 1V6JA 2RHPA 1S1AA 1Z78A 1DFQA 1GYKA 1LHVA 5GLWA 1W6QB 3RS6A 1O4ZA 1HLCA 4OZXA 1ZA4A 4JF7A 4FPKA 1JW6A 2ZZJA 1SBFA 4CTEA 2KM2A 2E7QA 2WT0A 4WEGA 1G9FA 1IKQA 4FPHA 1NNBA 5IK5A 5GZGA 4ASMB 4AVTA 1W6MA 2F25A 2A3XA 2ZA9A 4GXLA 4XJRA 1E8UA 3N3HA 1DYPA 3INAA 1AXKA 4YW3A 4XBNA 1A14N 1V6KA 3NV3A 1V0FA 3TI3A 1HKDA 2DTYA 1YIFA 3OJBA 4NN9A 1MS4A 4Y20B 1YO8A 4ZKTB 4QN5A 4K20A 3CNAA 4XMIA 1QF3A 1MVQA 4HZVA 2D6OX 3R4UA 5DZFA 2B8HA 4R9CA 3USUA 4MX0A 4MWRA 1N1SA 1LOFC 2PHFA 4Q1RA 4YM2A 2XZJA 1INYA 1PZ7A 1ULDA 2R0FA 3ALWA 1DBNA 3WUCA 3I4IA 3AXDA 4Q27A 1W6OA 1XQNA 2A3WA 4BQ1A 2ZGPA 1F8EA 3VV1A 1DQ5A 2AREA 2D6NA 1WCSA 2VH9A 1S0JA 3FLPA 2F29A 4K1KA 1I1EA 3MPPG 1WD3A 2DUPA 2UWCA 4XJ8A 1A4QA 2Q5TA 4Y1UA 2HU0A 4YW4A 2ENRA 4X6KA 5F5QA 3ENRA 2NN8A 1LEMA 1IVEA 3BEQA 2HTRA 3MW3A 4PCRA 3OY8B 4UW4A 1SO7A 3WDYA 3B3QE 3D4KA 2ZGUA 1Q56A 2BATA 4P9XA 1DZQA 4P14A 5JOWA 1S0FA 1GNZA 4JCKA 2VSKA 2VWDA 1Q8OA 5GM0A 4XZPA 3WG4A 1LCLA 4Q1PA 3M2MA 3ATGA 1GKBA 4DGRA 1V0EA 1JYIA 3U4XA 1W6NA 1N47A 1W0PA 1BJQA 3JU9A 1MS5A 5IK7A 2WQZC 2G4IA 4XTMA 4AYUA 3NSSA 2WKKA 2TEPA 3AYAA 4M3CB 4MC7A 4YM3A 5GLUA 1X50A 4B7MA 1APNA 3O9KA 1S0EA 3WHUA 4UW3A 1GNHA 2GNBA 4FPFA 4K1ZA 4HZWA 4XXAA 1CPMA 4BM8A 2F0ZA 3ZXFA 3ZVXA 1DLLA 1DQ6A 3SH5A 2F10A 2UWAA 4XHXA 5F9TA 1SCRA 5HUMA 1NSCA 4RL7A 4YFZA 5JDBA 4U36A 1KITA 4B7RA 5HCFA 5T5OA 5EYYA 1MS0A 1USXA 1NNAA 2HTUA 1S0CA 4YZ4A 2PHRA 2QWGA 4YZ1A 3R05A 4XILA 1AX0A 2XB6C 1INHA 1UX6A 4FPGA 1G86A 1SLIA 3RSJA 4Y1YA 2F24A 1A78A 1V6OA 2F12A 1WLCA 2V73A 1G9DA 3WDTA 2ZB6A 1FNYA 5GZCA 1SACA 2W68A 3O0VA 4UW5A 4WVWA 3JU4A 5IT6A 2R1DA 1C1FA 5DUWA 4B7JA 1AJOA 5M1ZA 2VW0A 3GNEA 1AF9A 4AGRA 3BIWE 1NMCA 4LBNA 1HDKA 1EURA 3V0BA 3ASIA 4XXPA 3AZVA 4QN7A 1FYUA 1R1ZA 3SLIA 2QWDA 2AYHA 4Y1ZA 3TI5A 2UWBA 1KJRA 3A71A 3N35A 3ZSKA 3BTAA 2W08A 1IVCA 5HUKA 3V64A 4MJUA 4K1YA 3WG2A 1FATA 3POYA 1O4YA 1KDKA 3AFKA 1SCSA 4GKXA 1B9SA 1KJLA 3OPZA 2VW1A 2R49A 4FPEA 2D6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KHGA 1GWLA 1OH3A 4OHZA 4ZY3A 1V00A 3WP3A 2FZ1A 1XE8A 1KRIA 1NUKA 4AVSA 3OTFA 4FVKA 3AL5A 3GZTB 1MACA 2VC9A 5T52A 5KHJA 2XWJB 4GB31 4YZ3A 5DAVA 2B9VA 1U6DX 2XKOA 2PA7A 3OEBA 4QX8A 5H9SA 4P9YA 4QQHA 1CVMA 5H9PA 3DV8A 2VOVA 1OURA 2JD4A 2LM3A 4PDWA 5B2GB 5CAZA 1CGPA 1BK1A 3CKHA 4HVRA 3H1WA 3PUSA 3GZAA 1SPPB 1SLLA 1LOEA 4GN8A 4KS5A 4AQSA 4BIOA 2MEV3 2VNOA 2HT8A 5GX2A 3K4DA 4QHZA 4UOJA 3Q8FA 2BQPA 3LCPA 2JG9A 4B8EA 5A6QA 1DQ0A 3BPSA 4XJZA 2ZEZA 5AFBA 2BNNA 2ZGKA 2D97A 2OPKA 4NHKA 2C5DA 1E57A 1MS9A 2EIGA 4GNAA 4A2UA 1UD1A 4CEWB 1QEXA 2XLGA 3A0NA 3WX5A 4NMIA 1CD3G 2ZKLA 4DEVA 3UKTA 2BOIA 2EIBA 2MHFA 1ASJ2 1RHI2 4ARXA 3TN93 4MHUA 3ZKYA 1RUD2 2XJUA 5IAVA 4F83A 2WO7A 1PGL2 4IEYA 4ONUA 3ZFGA 1IHMA 1SEFA 1XNBA 2WC2A 2ZAHA 4ISQA 2NZ9A 3ZXGA 4BIFA 2HU4A 4KS1A 1W2AX 4Q8LA 1FNZA 3ROUA 1W21A 1HB3A 2Y0OA 1HIXA 3QH7A 3UV9A 1CONA 4LLFA 3BYWA 1DILA 1VRH1 1OT5A 3JUUA 4Y3OA 4A41A 1PK6A 4HPKA 4JMLA 3U4SA 4IEOA 4Q8KA 4COZA 2ZAAA 2RS51 3HLIA 2CNAA 3GJAA 4CPOA 2W0XA 3NVCA 1S2KA 2R073 5DN2A 5CB7A 2NLRA 4ZZ5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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