1W0OA

Vibrio cholerae sialidase
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE
total genus 195
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0oA02
4K1HA 1NNAA 2W08A 4GJTA 1SLAA 1CPNA 2XG3A 1LGCA 4Y1UA 5IK7A 4YG0A 2CY6A 3LSEA 1AXYA 4M3CA 2PHWA 3SITA 4WA3A 1UMZA 2BQPA 4XJUA 3GVJA 4NC5A 4YW4A 1SFYA 1QF3A 1L7FA 3SNMA 4GB1A 1SNTA 3APBA 5LK5A 4FPLA 4KS3A 3CNAA 1IOAA 3WDTA 3PVOA 1JXNA 3AK0A 4BMEA 1A4GA 4I00A 2WSUA 3ZXJA 1WCSA 4YFWA 2HYKA 3UJOA 1NNBA 1EUSA 2X9MA 1D0HA 4FJ6A 1GZWB 4SLIA 1LCLA 5IT6A 2ZHNA 3R05A 4C1WA 2ZB6A 2GNMA 4FPFA 1B09A 5GZGA 2AYHA 1NCAN 4XJWA 4IQPA 2C4LA 4M3CF 2SLIA 3A0NA 1UAIA 1C57A 1X50A 2EIGA 4M01A 3AP6A 3AJYA 3POSA 1VAMA 3OPZA 2AH2A 1ULCA 1OFSA 1ZA4A 3ATGA 3AX4A 3IPVB 4R9CA 5T5LA 1ULFA 4FPCA 1N47A 1CPMA 3B9CA 3N7MA 3WHTA 5KXCA 1NSCA 3V0AB 3H0OA 1MVEA 1N1VA 2V73A 4B7NA 3GVKA 5GLWA 1AJKA 1GZCA 2YDPA 5M1ZA 3U4XA 4OZXA 1WD3A 4XJRA 4Q26A 3HR9A 1W6NA 3AZYA 3IN9A 3UL2A 4DRRA 1F8DA 1KJLA 5T54A 4QNPA 3NV4A 2LTNA 1W6PA 4XBNA 2R0FA 2VUAA 1OKQA 2R0HA 5JVVA 1GBGA 1W8OA 4ZKTB 1UL9A 4H55A 1Q8OA 4LBKA 5E8AA 4FVKA 2F11A 4J9TA 1LU1A 1DYPA 2ZGNA 1V3DA 2DVDA 4YZ3A 1EURA 4K1KA 2GN3A 1SLBA 4GKXA 5CA6A 3USUA 1XOEA 2ZZJA 4D8SA 4M4UA 4MZEA 1DZQA 1CIWA 1LOGA 1QU0A 2D44A 1S0BA 1VCUA 4QN3A 1FV3A 2WSVA 3K36A 3ZXEA 4HIZA 3RG0A 2ZGLA 3A71A 1GZ9A 2VU9A 1JUIA 2EXJA 3TI4A 3WHUA 1GNHA 2YA5A 1JW6A 4P9WA 3TIAA 3MW3A 4AVSA 3HMYA 3MEPA 1AF9A 5GZCA 5EWSA 1N1SA 1DIWA 1V6KA 1MS5A 1LEDA 4HZYA 2GMEA 1XOGA 3WCSA 3M3EA 2QWCA 3FLPA 3AZXA 2HTVA 5JOXA 4XDQA 4YM2A 4XXPA 1DIMA 2EXIA 2YA8A 1O4YA 1SCRA 3L2YA 2QWAA 4GZPA 3WZ1A 4FPKA 1A78A 4YZ5A 1EUUA 1V0EA 1LEMA 2KM2A 2G4IA 2HTYA 4BQ1A 2R16A 5DUXA 1DFQA 3OYWB 2C5DA 2YMZA 3ILNA 2Q5TA 1V6IA 5JYYA 4FOYA 3ZYPA 4MWWA 2E6VA 4PBPA 2DTYA 1Q8VA 1LOCA 4GZTA 4YGBA 5B2DA 4CPOA 2ZA9A 1RITA 1N3PA 5KXDA 1S0CA 4CRQA 1C4RA 5HUMA 1INHA 5DZFA 3ASIA 4KS5A 2F10A 1CESA 1F5FA 4ZXKA 2P3JA 4XE9A 3VKNA 2NN8A 2XCYA 5JOZA 5IK8A 1MS0A 4TZDA 3RSJA 3AP4A 1BQPA 2AREA 3H72A 1N3OA 3TI3A 1NMCA 1IVFA 1SLTA 1JYCA 3TIBA 2DUQA 3D6EA 1N1YA 1QOSA 5JDBA 2UWAA 1QDCA 4C1XA 2P3KA 3QCWA 1YIFA 2D6LX 1YXWA 4LBQA 1Z0HA 2WJSA 5SV8A 2BATA 1V3BA 2JE7A 2F0ZA 2W39A 1HLCA 1KDKA 4FPGA 2B7YA 5E89A 3K39A 2DVGA 1S0FA 3BOPA 4NOTA 2HT5A 1F8BA 1KQRA 4I30A 4YW1A 2HU4A 1Z4VA 1SBDA 5DG1A 1A4QA 2Z42A 1V6JA 3FUOA 1BJIA 2QWKA 3MPPG 4WVVA 1WCQA 3WG4A 4XILA 2OUHA 3GALA 1V6NA 4Y1YA 3WOGA 3O0VA 1FAYA 4YZ1A 1G9FA 4LBQD 4Y20B 2GMMA 3ZSKA 1GANA 4XZPA 4Y1ZA 3CKZA 2JE9A 4NO4A 4X47A 3PMEA 1USXA 4M4VA 4B7MA 4AGVA 4NCSA 1V3EA 4MWRA 1CONA 3N7KA 3GVLA 3UK9A 1HKDA 4QN4A 2E7TA 4XHBA 5T5OA 2JECA 3O9KA 2VVZA 1WW5A 5CNAA 3ENRA 4B7JA 2VW1A 3ZPYA 4YM0A 1LOFA 2W38A 2YDTA 2WT0A 2SIMA 4FPHA 1IS6A 3N3HA 4XIKA 3SISA 4Q8LA 4MZAA 1YRZA 3JU4A 2A6VA 1LHOA 5JOWA 1HDKA 4YG6A 5DUUA 1F8EA 1LECA 1NN2A 3NN9A 2OUJA 2NZ9A 1SLLA 4LBJA 1LESA 1V0ZA 3WCRA 1INVA 1W8NA 3N36A 3W58A 1VAVA 2JJ6A 2ZABA 3V0BA 5H9PA 3VKOA 5KXEA 1AXZA 1ONAA 2PHTA 1NMAN 3SH3A 1MZ5A 2ZMKA 1W6MA 1GICA 1NSBA 3SILA 5T50A 5GALA 1C1FA 3INAA 4LBMA 4XJQA 4MJUA 1VIWB 4ASMB 3RS6A 3WDWA 3KQRA 4BLJA 4CPMA 3WDYA 2R1BA 4RA0A 2ZMLA 2GNDA 2HT7A 2D3PA 3TI6A 1LOEA 1DYKA 1QKQA 2RKCA 2CYFA 3POYA 3I4IA 3OGGA 4M00A 4GXLA 5DZGA 3H6JA 1GV9A 4X4AA 1S0EA 4FQ4A 2NMNA 4DFSA 2AEQA 3O0XA 3SH5A 2YZ4A 1LJ7A 2QWIA 4JCKA 3OJBA 4FP2A 3O0WA 2NMOA 3KM5A 2D6OX 5JMCA 1UN1A 4YGEA 3HN1A 2EXHA 3NV1A 4GDIA 4GEZA 3M1HA 1OQ1A 3ZXLA 2QWGA 2LALA 1DQ0A 1YO8A 3PJQA 4FZHA 1AXKA 1URXA 4B7RA 2BF6A 4WEFA 4YW2A 1LHUA 1E8TA 2HT8A 1JBCA 1QMJA 2DVAA 3ILRA 4BM8A 3AP9A 3WV6A 4K1YA 5FREA 2GALA 1G7YA 4CPNA 5DG2A 2PHUA 1H9PA 2D43A 4YG3A 3M3OA 2P34A 4BPZA 3BTAA 1JN2P 1BKZA 3B3QE 2UWCA 1O4ZA 4ISRA 1WLWA 1WD4A 1UX6A 4JF7A 3TI5A 1Q8SA 1E8VA 4QN6A 2ZGOA 3SH4A 4MWXA 2W20A 1GSLA 4QN7A 1DQ1A 5T55A 2JDZA 2VK5A 1CR7A 2W5NA 2ZGKA 1E8UA 4B7QA 4L8QA 4UW4A 4M3CB 2F13A 3R4SA 4CPYA 1JOJA 3MW4A 1NCCN 3M3CA 1Z4WA 5CAZA 1BXHA 1BJQA 4Q1PA 3FBYA 4TYSA 1SACA 2A71A 4XXAA 4R9BA 2VK6A 1IS3A 2F24A 2QWFA 1DHKB 2C9AA 1ENQA 1UKGA 2ENRA 3AYCA 4MX0A 4XJAA 5AVAA 2WLQA 2VK7A 2QWJA 5T5JA 1L7HA 1DILA 2ES3A 4HZXA 2P2KA 2WNEA 3D5OA 1W20A 2A3XA 2YY1A 3T1MA 5H9QA 2ZHKA 3AP7A 5HUNA 1W6QA 1WUVA 1F8CA 1LOFC 4GZWA 4CZSA 4AGGA 4M3CE 3NWKA 4XMIA 1FNYA 4KS1A 2ARXA 4YM1A 2DURA 1V3CA 5T52A 1EPWA 2EXKA 2A70A 3RMXA 3H71A 4Y22A 2R1DA 1CJPA 2DU0A 2EF6A 1ENRA 4YGDA 1IKQA 3D4KA 3ZSMA 4FP3A 2NP0A 2R49A 1MS8A 1UZYA 4FPJA 5B2CA 3AP5A 1Q56A 4XBQA 1W0OA 1N1TA 2UU8A 2V5YA 2DTWA 3AXEA 1AX2A 1W6NB 2YV8A 5F9TA 2D6KA 1EUTA 3IM0A 5DUVA 1W6PB 1SCSA 2XZJA 1FATA 3JUUA 3WG1A 1QNYA 2QWDA 4H52A 1WLDA 4WVWA 1ZM1A 4KBBA 3C2UA 1W6OA 1WBFA 4XIOA 3VUOA 2NYYA 2ZGQA 3ZVXA 5CB7A 1GZWA 2A7AA 4HZZA 4FPYA 1DLLA 1QOTA 1G9DA 4BLIA 1F9KA 2DUOA 3USUB 2E51A 4YM3A 3AZZA 2XB6C 4MWLA 4LBOA 4CPLA 4Y1XA 1V00A 2D7FA 5L73A 1ULGA 3IKWA 1NMBN 2H0BA 3ILFA 2PELA 1B9SA 2ARBA 1INGA 2E53A 4XTPA 4U2AA 4MWVA 2ZACA 2A5ZA 1GNZA 4WV8A 4MWYA 3INBA 3AZVA 2A6ZA 5KXBA 1NXD1 2PHRA 4W65A 1VCJA 4K20A 5GLTA 1MS4A 1G86A 2ZAAA 5GM0A 3IPVA 2DUPA 5H9RA 1LGNA 4LBNA 3WDUA 1SLIA 5HUKA 5BYNA 3V0AA 4XOGA 3ALXA 5IK4A 4GALA 2DVFA 1WW4A 1Z4ZA 4ISQA 1DQ4A 2PHXA 3WG2A 3B7EA 1QNWA 1ULEA 1LU2A 4BBWA 3K37A 4BOWA 3M3QA 1INXA 2ZHMA 2EALA 2CWMA 2FMDA 3SANA 5HUGA 2ZB5A 1W21A 3O12A 1IKPA 4GKYA 1AX1A 4U36A 4HL0A 4Y1VA 4YZ4A 3I8TA 5CBLA 4Q6KA 3D11A 2CNAA 4KS2A 1SLCA 1Z50A 1G9CA 1V0FA 4GWMA 2F26A 1Z78A 1HQLA 4K21A 2YA7A 4YW5A 1S0IA 4X49A 1V6LA 2TEPA 1IS5A 2HTQA 1A14N 1Y7BA 3WVJA 1BYHA 1DBNA 2GN7A 1JYIA 1LGBA 4K1ZA 1GLHA 3H73A 1INFA 3B69A 2AEPA 1S0DA 3N7JA 1Z4XA 4MJVA 4XJ8A 2A3YA 2XZIA 4XTMA 1FNZA 2VSMA 3W59A 3ZYRA 4DPNA 4PF5A 4QN5A 3FLTA 1DQ6A 5GLUA 4WA4A 1G8WA 5GZFA 2P3IA 4HANA 6NN9A 4JRAA 2ZMNA 2F25A 4GA9A 1IS4A 3B00A 2ZGMA 4M4NA 2EAKA 4WEGA 1LODA 2QWHA 3T2TA 4GZSA 2UURA 2VH9A 2DU1A 3K38A 1W6OB 2VXRA 1SBFA 4LBQB 1INWA 4P9YA 1RIRA 3MW2A 1A8DA 5FRAA 4GWNA 3AYEA 3WDXA 3SLIA 1YI7A 2GDFA 2W68A 3AXDA 1Q8QA 2A6WA 4XBLA 1NSDA 5JOYA 4NN9A 3ZSJA 2ZGPA 3B01A 4AWDA 3NV2A 3OYWA 1DQ2A 1I1EA 2OW4A 1LTEA 2GNBA 4Z8BA 3BODA 4UF7A 3OY8A 1W0PA 1AZDA 1AX0A 4AGRA 1WLCA 3FUQA 4MWQA 4F83A 4MWJA 3QLQA 2AUYA 5GZEA 4FOWA 3LCPA 2OVUA 1SO7A 1VALA 1CN1A 1MVQA 1PZ7A 1NNCA 4YGCA 3V65A 5IUQA 1NCDN 4K3YA 3AYAA 1CVNA 2BERA 4FQZA 2WT1A 4PQ9A 3VKLA 5H9SA 4AYUA 2D6MA 3WUDA 4FOQA 4GZQA 1S0GA 2A6YA 1B9TA 1IVGA 2VSKA 3M2MA 1Q8PA 3N7LA 3T1EA 4XYXA 5JLVA 3A72A 2B8HA 3WUCA 4K1IA 5DUWA 2A3WA 3FFZA 2VW0A 4MWUA 2BZDA 2GMPA 4DQAA 1LOAA 2YA6A 3NSSA 2ZGUA 2GNTA 3IMNA 5HCFA 3OBRA 2VWDA 4XHXA 1MZ6A 2W5OA 2I2SA 2WT2A 4Y24A 3ZSLA 2C4AA 5HCAA 3ALWA 2YXSA 4FPOB 4YZ2A 2QWEA 2F12A 2XZKA 1PZ9A 2HTRA 2JD4A 1BZWA 1SBEA 1L7GA 1V6OA 4DS0A 3ZXKA 4PCRA 3Q9OA 3AJZA 1IVCA 1AJOA 2ZGSA 3V0BB 3T1LA 2CTVA 1G9BA 1NLSA 3POWA 3VV1A 4ATEA 1H30A 1DQ5A 5GLZA 1MS3A 4Y20A 2PHFA 1HQWA 1ENSA 3AFKA 2F29A 2F28A 4RL7A 1NCBN 1W6MB 2WKKA 1LHWA 3O5SA 1DGLA 1I3HA 4XJ9A 3CL2A 4WZFA 4ITCA 1S0JA 5IK5A 1FYUA 4R9DA 2DWRA 4HZWA 3OBTA 4Q27A 3SALA 2UWBA 5DXDA 1KITA 3BEQA 2A75A 4ATFA 4K1JA 3D12A 3LSDA 4GDJA 4JC1A 4D69A 2HTUA 5E88A 1MS9A 3ZXFA 2AGSA 4R9AA 4WA5A 2D6PA 2D3RA 4YFZA 2RHPA 2FHRA 4BMBA 3BIWE 2AENA 3FLRA 2WQZC 1A3KA 3OY8B 2VW2A 4DGRA 3PVNA 1RINA 1LHVA 1WW7A 4XJZA 4FVVA 4MC7A 1N3QA 4UW3A 1GYKA 2DV9A 5EYYA 2A6XA 2W52A 2ZKNA 3V64A 1R1ZA 2AR6A 4M3MA 2ZGRA 4P14A 2E7QA 1USRA 1CQ9A 5EYXA 1C1LA 2JKBA 5GJ6A 4LBLA 5HCBA 3RQ0A 2ZHLA 1B9VA 4GZXA 1QGLA 2DVBA 3W09A 1KRIA 3CYEA 1G9AA 1YYNA 4DRVA 4Q8KA 3A0KA 7NN9A 2D3SA 1F31A 2ZBJA 3DUIA 1XQNA 4Q1RA 1LHNA 4Q2FA 2CWSA 4YLZA 3TI8A 5GZDA 3RRDA 1FX5A 2D6NA 3AYDA 1ULDA 3JU9A 1LULA 3TICA 4X6KA 1U0AA 1PZ8A 2VY0A 3NV3A 4H53A 3CL0A 5HX0A 1LOBA 5NN9A 3RMYA 3UJQA 4AVVA 1MS1A 5T5PA 4CTEA 3PVEA 5DZEA 5GLVA 1S1AA 1V2IA 1APNA 4UW5A 3TAYA 4FOVA 2QWBA 1JHNA 4UW6A 1IVBA 3WLUA 1KDMA 1QDOA 3O9JA 4XMAA 2P37A 2SBAA 4CPZA 3WNXA 3A4UA 1GKBA 4Y26A 2HTWA 2ZGTA 2DYCA 1AVBA 1D2SA 1IVDA 2YROA 2HU0A 4MYEA 4P9XA 2CMLA 4GZOA 1UZZA 1J1TA 3TB0A 4YW3A 3N35A 1TEIA 1V6MA 1KJRA 1MACA 1Z4YA 4KS4A 3VKFC 3WDVA 1QOOA 5F5QA 1W6QB 2YA4A 1MR5A 4FPEA 3K3AA 4PBOA 3WG3A 1W1XA 1WBLA 1IVEA 4AVTA 1UPSA 1MWEA 2F27A 2NM1A 3DGTA 2SILA 4HZVA 1LENA 1INYA 2ERFA 5EXOA 2CL2A 3GNEA 3R4UA 1VLNA 3AZWA 1H9WA 1WW6A 4Y22B 1FV2A 3VKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RMU3 4K1HA 3RJRA 5FLJA 3DPRC 3ZR5A 5EO7A 4JVAA 4QT6A 1RUJ3 1NNAA 3FVZA 4KWLA 3RZZA 3HQUA 4CCMA 1JYWA 5DDJ3 1NX9A 4FTEA 2W08A 4GJTA 1SLAA 3OF1A 4M0HA 1CPNA 2XG3A 3MIHA 1LGCA 4K40A 2IWGB 4QPIB 3VZLA 4Y1UA 4PQQA 4YG0A 2CY6A 5IK7A 2QQNA 2VTXJ 3S6PA 3I2OA 3ZFEA 5FNUA 4L97A 2L9LA 2VD7A 3G6JB 3LSEA 1AXYA 4M3CA 3NJYA 4RFRB 3I2KA 2PHWA 3I3BA 3SITA 5CFCB 1UW8A 2O8OA 1UMZA 1YNAA 4O7XA 4DXSA 4CU6A 4WA3A 2BQPA 4XJUA 3GVJA 4IQKA 2XJPA 3E1F1 4GWJA 5HV4A 4NC5A 2WFF3 4YW4A 1JUHA 1SFYA 1QF3A 4UI9L 2KXLA 5EJ1B 1L7FA 2IAQA 4IE6A 2XVGA 3SNMA 4GB1A 2VTFA 3O14A 3WX5A 1SNTA 3APBA 5LK5A 4FPLA 4KS3A 3MFCA 4E27A 3A9GA 2XPJA 4AXOA 4HSJA 3ABZA 3CNAA 3VBHC 3A22A 3AKSA 4I02A 1SPPB 1IOAA 3WDTA 1CX4A 2HWC3 4PLNA 3PVOA 5FY4A 1JXNA 3AK0A 4BMEA 1A4GA 1U12A 3JCIA 4FO9A 4EWEA 4I00A 5FCCA 2WSUA 5GX4A 2VZTA 5F5IA 3TRSB 3POEA 2VMFA 1ND3C 2RJKA 3R6SA 2X5IA 3ZXJA 2Y26A 1WCSA 2Z32A 1JZ8A 1PMIA 3SC7X 2RR13 4QHBA 4YFWA 1HJFA 1VB4A 2HYKA 5FZBA 1OQEA 4EZHA 3UJOA 5FPAA 1NNBA 1EUSA 3KD4A 2X9MA 1D0HA 2W1QA 3B9IA 2IFRA 2J1SA 1OOPC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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