1W0PA

Vibrio cholerae sialidase with alpha-2,6-sialyllactose
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIALIDASE
molecule tags Hydrolase
total genus 192
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0pA02
1NSBA 1GNHA 5KXBA 3KM5A 5T55A 2DV9A 3K38A 1F8DA 1VAVA 1W6PA 1LGBA 1Q8QA 4QN6A 2QWDA 2AYHA 4FPCA 5JOXA 3BTAA 4XBLA 3V64A 1H9WA 3ZXJA 1SACA 3TI5A 1I3HA 2BQPA 3R4SA 4FJ6A 1WW6A 4NO4A 2D7FA 1I1EA 1B9TA 4ITCA 3VKMA 4X6KA 3WG4A 1ULCA 4K1ZA 2I2SA 3OY8B 1SLBA 2R1DA 2ZGRA 2ZMLA 3K36A 5CA6A 4FPFA 3UL2A 3K39A 1Q56A 1EUSA 3AZYA 3CL0A 2F26A 3M3QA 3NSSA 4FVKA 2D6KA 1BKZA 4NOTA 3ALXA 4DS0A 1V3DA 4M4VA 3M1HA 4YW2A 1W6OB 2R49A 4NC5A 4MYEA 2FMDA 1INVA 2EXHA 1CQ9A 1LENA 2W5NA 2GNBA 2P3KA 1LHWA 5DG1A 4MJVA 3H73A 1D2SA 1IVBA 3LSDA 2ZHKA 2NMOA 3DUIA 4Q1RA 4M3CB 3LCPA 1AX2A 1LESA 5FREA 4Q2FA 1LCLA 3NV3A 3SH5A 3ZYRA 2QWFA 2EXJA 3AZXA 3D6EA 5JMCA 3AJZA 4Y20A 3SITA 1SBEA 2XZIA 3RMYA 4HZVA 3AP9A 2WSVA 3WUCA 4XJAA 2SBAA 5GZCA 4MWWA 3AP4A 3WZ1A 1WW5A 2YXSA 1JBCA 1LTEA 5JOZA 1V6OA 3ALWA 1MWEA 2DVDA 3CKZA 4HZZA 1IKPA 2ZGQA 4QN7A 3O0WA 4AGRA 3RSJA 2ZGTA 2YROA 4FQ4A 2W38A 4P14A 5DZFA 4MZAA 3AYEA 3V65A 1LOAA 1LECA 2XZJA 4RL7A 1INGA 4CPZA 4B7RA 4K1YA 2EALA 2A6XA 4FVVA 2ZA9A 4B7NA 1GYKA 3WDWA 1FAYA 1VALA 4GZWA 1DQ0A 2D6LX 2DVBA 2WSUA 5JVVA 2V73A 2VW2A 4GZOA 3H72A 4XYXA 1JOJA 1NSCA 4GZQA 2OVUA 1W8NA 1LJ7A 4C1WA 1V6JA 2YMZA 1ENQA 2PHFA 4GALA 1NCDN 4LBMA 1W20A 1AXZA 4XJ9A 4YZ2A 1WW7A 3WVJA 3D11A 1YRZA 2WLQA 2D43A 1W8OA 1VCJA 3GVKA 3SH3A 3AZVA 2V5YA 4XMIA 1Z4XA 1E8UA 2VW1A 1INXA 1DIWA 1LHOA 1DYKA 3U4XA 4XMAA 1FNYA 4U2AA 2W5OA 1LGCA 2JECA 2CYFA 1N1TA 1KDMA 4WEGA 4WZFA 1V6IA 1G86A 2WT2A 3BIWE 1C1LA 1Z0HA 2AUYA 2P3JA 1G8WA 4PBOA 2GNDA 4GWNA 1EURA 1SBDA 2A70A 3OYWA 4Y24A 2AEPA 1R1ZA 1IS3A 3AP5A 3HMYA 3PVOA 3ZSMA 2OUHA 1INHA 3AJYA 3VKFC 1MS9A 5GM0A 2WJSA 2VK6A 5T5PA 4BQ1A 4WVVA 1S0DA 4XJQA 2BATA 1LU2A 1MS8A 4QN4A 2BF6A 1N47A 4ATEA 2SILA 3WDXA 4GA9A 2YDPA 3W09A 2ZHMA 2A6ZA 3USUB 1JN2P 4LBLA 3B9CA 4Y1UA 4P9YA 2A5ZA 4FPEA 1PZ9A 4Y22A 4YW4A 2QWCA 2R0HA 1Q8OA 5EYYA 2E53A 2HTRA 1MVEA 5GLWA 4LBQB 1Z4WA 4GZTA 3HR9A 2LTNA 2CL2A 2XZKA 1B9VA 4XBQA 1OFSA 1LOFC 1TEIA 3TIBA 3TI6A 1Y7BA 1CPMA 4NCSA 1S0BA 3D4KA 1N3OA 1CN1A 3GNEA 2DVFA 4AGGA 1DZQA 3IPVA 3AK0A 2HT7A 1DQ6A 2ZGUA 1Z50A 3B01A 4F83A 4YM3A 1XOGA 5GALA 1YIFA 5GLVA 3UJOA 2AR6A 4HIZA 4YLZA 3ATGA 1MR5A 5E89A 2NP0A 2D44A 1AJOA 2P37A 4BPZA 2CWSA 4FPKA 1FV3A 1W6PB 5CNAA 4M4UA 1AX1A 5DUUA 1NCBN 1QF3A 1G9BA 3V0BA 2W08A 4MZEA 2YDTA 2ZBJA 3OGGA 3TAYA 4Q26A 1Q8SA 2UWCA 1NLSA 2NYYA 4LBOA 5JDBA 1IS6A 5KXCA 4KS3A 1F31A 2GNTA 1HQLA 1Z4VA 1URXA 3H0OA 1BXHA 4ISQA 4XILA 2DU0A 2GMEA 1G9AA 4K3YA 4GEZA 1SLAA 1CR7A 1AXYA 4YM0A 4TYSA 4YZ3A 1IS4A 3GVJA 1GSLA 3SANA 1S0JA 2ZGSA 4GZPA 3POWA 2ZB6A 1USXA 3MPPG 5HCBA 1ONAA 1IVGA 1GLHA 1MVQA 1SFYA 5GLZA 1DBNA 1PZ8A 1MS1A 2EXIA 2A3XA 4M01A 2HT5A 1W0PA 1NN2A 1F8BA 3NWKA 4B7MA 2QWGA 2ENRA 2D6OX 2VW0A 1MS0A 5T5JA 4YW1A 4CPNA 1VAMA 4FOYA 1DGLA 4R9DA 1E8TA 4Y1ZA 3ZSJA 4H52A 1SO7A 3O5SA 2UWAA 1WW4A 4ISRA 2DVGA 3Q9OA 1N3QA 1CVNA 1AVBA 2ERFA 2ZACA 1KJLA 5FRAA 1KITA 5H9PA 5JLVA 3ZSKA 1L7HA 1DQ2A 4Y1VA 4Y20B 4PQ9A 2HTYA 4YFZA 3I4IA 5T52A 5JOYA 3PJQA 1YYNA 1FYUA 1V00A 3VKLA 5DUVA 3ILNA 1ULEA 1QNYA 2EF6A 2NM1A 5M1ZA 5F5QA 3A72A 1UX6A 1S0FA 2SIMA 2JKBA 3VUOA 3M2MA 4YW3A 5IK5A 3IMNA 2GMMA 3FUQA 2GMPA 1LOEA 5HUGA 1GZCA 1APNA 4X4AA 5HCFA 2D6PA 2FHRA 1SCRA 1W6QA 1NMCA 4BLIA 1CJPA 2VK7A 2WT0A 2AREA 4KBBA 5GZFA 4JRAA 3OY8A 1QOOA 1DQ4A 2VSMA 1WD3A 1V6LA 2ZGOA 3IN9A 1LEMA 7NN9A 1WCQA 4UW4A 3FLPA 5E8AA 3QLQA 1JHNA 1EUTA 4WA5A 3T1MA 1USRA 3O0VA 1INWA 1MS4A 5GJ6A 3ILFA 1S1AA 4QN3A 4YM2A 4GZSA 1LOGA 3GVLA 2HU4A 3MW3A 4DRRA 4FZHA 4OZXA 3AP7A 4K1JA 4X49A 3OBTA 4GDIA 4XJ8A 3SALA 3N35A 4BM8A 2W68A 4KS2A 2YA6A 4WA4A 3H71A 3BEQA 3C2UA 1QNWA 3N7LA 3WV6A 2BZDA 1IKQA 1XQNA 1WBLA 4MC7A 3FUOA 1LULA 3O9JA 1IVCA 4JC1A 1SNTA 2PHWA 4GJTA 3MW4A 4PCRA 2DTWA 2F28A 3CNAA 2DVAA 4PF5A 1IOAA 5GLUA 5IK8A 2D3SA 1PZ7A 4YG0A 2HTQA 1O4ZA 1VCUA 1EPWA 1NSDA 4YZ1A 1N1SA 4XOGA 1JYCA 3O9KA 2VY0A 3W58A 2JJ6A 1G9CA 5GLTA 2A7AA 4HZWA 2DWRA 2Z42A 2DURA 1QOTA 4XIKA 3B3QE 4CZSA 2ZGLA 3OYWB 2D6NA 3AZWA 1UZYA 3A4UA 4HZYA 3CL2A 3SILA 4YGCA 1NNAA 2HTVA 1SCSA 1J1TA 1SBFA 4SLIA 1V3EA 1YO8A 1V6MA 1UZZA 1AJKA 4Q8KA 1IS5A 4Q27A 1L7FA 1VIWB 3FLTA 2DUOA 5HUNA 3FLRA 1CIWA 4FOQA 4LBKA 1F5FA 3D12A 4MWVA 1F8EA 3K3AA 4YG3A 4YGEA 4XJRA 2ZGMA 3V0AB 3ZXLA 4FPOB 2VXRA 2ARBA 4DGRA 2ZGNA 1Z4ZA 2R16A 4M3CF 5EWSA 1W0OA 4WVWA 3WLUA 1WUVA 3AZZA 4FPJA 4LBQD 4FP2A 2DUPA 1G9FA 1F8CA 1YXWA 2NN8A 1B9SA 3W59A 1QMJA 1JW6A 3NV1A 2HT8A 4Y22B 4GWMA 1CONA 3BOPA 4Z8BA 2R0FA 1LHVA 2P2KA 1IVDA 1UKGA 2XG3A 3POSA 4W65A 3M3OA 5HUKA 1G7YA 4XHXA 2CY6A 2JDZA 1IVFA 2ZAAA 1H30A 3MEPA 5CB7A 3AXDA 3VKOA 4AGVA 1IVEA 4K1KA 3WUDA 1KRIA 1NCCN 3IPVB 2YZ4A 2UWBA 3JU9A 2F29A 1X50A 2OW4A 3BODA 3O0XA 4H53A 1GV9A 1QKQA 3TI4A 1XOEA 1UL9A 3WG1A 4XE9A 1ULDA 2EIGA 2QWBA 2F12A 3SLIA 3RMXA 4AVTA 1BYHA 2HTWA 3WHUA 2D3RA 4IQPA 3N7JA 4XZPA 2EAKA 2CWMA 5T5LA 4WA3A 5H9QA 4CRQA 3IKWA 2HYKA 1GKBA 3V0BB 4U36A 1W6MA 3WOGA 3DGTA 4D69A 1HQWA 2QWAA 2YY1A 4YFWA 4BOWA 2ARXA 1HDKA 1Q8PA 3RG0A 2VU9A 3O12A 1V6NA 1LEDA 4M3CE 2A6WA 4QNPA 2X9MA 5NN9A 4DRVA 5JYYA 1NMAN 3K37A 4CPYA 2H0BA 3WDUA 1RIRA 3PVEA 5DUXA 4MWXA 5LK5A 1V0FA 5H9SA 1W6NA 2QWEA 2A6YA 1BZWA 4GKXA 2XCYA 5AVAA 1FATA 1DHKB 5E88A 1LOFA 5JOWA 3CYEA 2A6VA 2GN7A 3SH4A 3A0NA 1GZWA 1AF9A 4RA0A 5DG2A 2P3IA 3ILRA 3R4UA 3SISA 2ZGPA 4FP3A 2BERA 1SLCA 1A3KA 4K1HA 3L2YA 5SV8A 1QDCA 2QWKA 3WG3A 3PVNA 1WCSA 3UJQA 2R1BA 4AVVA 1YI7A 2SLIA 5EYXA 3WDTA 5T50A 1NCAN 1ENRA 4BBWA 2KM2A 2F11A 4BMBA 1AX0A 3TIAA 1KQRA 3KQRA 3PMEA 4Y1YA 4ZXKA 1S0EA 3ZXKA 4MWYA 2E7QA 3TB0A 4XJZA 4WV8A 4K21A 5HUMA 4QN5A 2AGSA 1INFA 3WG2A 3POYA 1OQ1A 2D3PA 4WEFA 1GANA 2DYCA 1QOSA 1DQ1A 1W6QB 1MACA 3T1LA 4YGBA 2HU0A 2PHTA 2C5DA 4GZXA 1G9DA 1A8DA 1H9PA 2ZHNA 2AENA 5CBLA 1L7GA 4NN9A 2P34A 1CPNA 4LBNA 1WLWA 2F13A 3AYDA 5T54A 4XTPA 4BLJA 2AEQA 1JXNA 4MX0A 1O4YA 4Q1PA 3WHTA 2QWJA 4Y26A 4D8SA 2A3WA 5L73A 1LOBA 1HLCA 4XHBA 3N36A 4KS1A 5GZEA 3H6JA 1U0AA 2W20A 1E8VA 4X47A 5GZGA 2QWIA 2F27A 4ATFA 2D6MA 1VLNA 2GDFA 2ZKNA 1WD4A 1HKDA 5HX0A 1RITA 1LGNA 5KXDA 1LODA 1D0HA 2RHPA 3A0KA 2DTYA 3RQ0A 4Y1XA 1DILA 3ZPYA 5DZEA 2PHXA 1LU1A 4BMEA 2A3YA 1FNZA 2ZB5A 4XTMA 1W6OA 3WCSA 2GN3A 3AYAA 4UW6A 5GZDA 3FBYA 2UU8A 1A78A 2A71A 3B7EA 3TICA 1JUIA 2NZ9A 2E51A 4MWUA 3HN1A 2ZMKA 4YW5A 1C57A 1S0CA 3INAA 3OPZA 1QU0A 1NNBA 1BQPA 1DFQA 4M00A 2VVZA 1Z78A 4M3CA 1MZ6A 1N1YA 2DUQA 4KS4A 2CTVA 4YZ4A 2VWDA 2OUJA 2AH2A 3WNXA 3NN9A 2PELA 1CESA 2Q5TA 3ZXEA 4UF7A 1BJIA 4Q8LA 1V0ZA 2TEPA 1W21A 2ZHLA 3QCWA 4YGDA 2CNAA 4P9XA 4FPGA 2W52A 2A75A 4LBJA 3IM0A 5T5OA 4P9WA 1GZ9A 4GDJA 4I00A 3ENRA 5H9RA 1C4RA 3I8TA 3N7MA 1ZM1A 2ZGKA 1FX5A 4YG6A 1MZ5A 4Q6KA 4CPLA 4XBNA 2C4LA 3ASIA 3SNMA 2F24A 1WLCA 4HZXA 4B7JA 1S0GA 4H55A 4M4NA 2JD4A 2G4IA 4HANA 4FPHA 1C1FA 4PBPA 2YA7A 2F0ZA 1FV2A 5B2CA 5CAZA 3MW2A 3ZSLA 2JE7A 4TZDA 2UURA 1S0IA 4XXPA 1B09A 3NV4A 4JF7A 6NN9A 1W1XA 1SLLA 3UK9A 3A71A 3D5OA 2ZMNA 2PHRA 4XXAA 4XDQA 4YZ5A 4KS5A 2RKCA 1RINA 1LHNA 3NV2A 3T2TA 4AYUA 1LOCA 1KDKA 3ZVXA 3VKNA 1A4GA 1INYA 4MWQA 3GALA 1V0EA 2GNMA 3AP6A 2ZZJA 4XIOA 4K20A 3M3EA 4AVSA 2C4AA 1ULFA 1UMZA 4L8QA 2B8HA 2PHUA 2WNEA 1V6KA 1NXD1 3RS6A 3OJBA 2B7YA 1WBFA 2YV8A 1F9KA 4FOVA 2F10A 3WCRA 3LSEA 1BJQA 1N1VA 4DPNA 3N3HA 5DZGA 1DIMA 4J9TA 1W6MB 3N7KA 4YM1A 4I30A 3TI3A 2E6VA 5IUQA 3ZYPA 2WQZC 5KXEA 1UAIA 1EUUA 2QWHA 4GKYA 4K1IA 2XB6C 1UN1A 2NMNA 1ZA4A 1V2IA 1GBGA 5DUWA 1OKQA 4ASMB 1NMBN 3FFZA 5IK7A 3V0AA 4R9BA 5IK4A 1DQ5A 3B69A 1ULGA 1GICA 3JU4A 1N3PA 1Q8VA 1NNCA 1A14N 1JYIA 4MWRA 4GB1A 4R9CA 1W6NB 1WLDA 3INBA 4DQAA 4UW3A 4FPYA 1Z4YA 3ZXFA 1A4QA 2VSKA 3B00A 4FQZA 3VV1A 3AXEA 1LHUA 4ZKTB 5IT6A 3T1EA 2F25A 2W39A 1GZWB 4M3MA 3TI8A 1QDOA 1AXKA 2GALA 2JE9A 5HCAA 1MS5A 1DYPA 4DFSA 3AFKA 4MWLA 4FPLA 4AWDA 4MJUA 2YA5A 4CPMA 3RRDA 3APBA 4CTEA 4XJWA 1SLTA 3USUA 3AX4A 1ENSA 1QGLA 1KJRA 2YA8A 1DLLA 2EXKA 2WKKA 3WDYA 1V3BA 3OBRA 1MS3A 2ZABA 4C1XA 4CPOA 4LBQA 2VH9A 4MWJA 1UPSA 5EXOA 4GXLA 2DU1A 3AYCA 4JCKA 1GNZA 1V3CA 5DXDA 2CMLA 5BYNA 3R05A 3WDVA 3JUUA 2LALA 4XJUA 2E7TA 4HL0A 2ES3A 2WT1A 2HTUA 2VK5A 2YA4A 4FOWA 1SLIA 3M3CA 4B7QA 1AZDA 4UW5A 5F9TA 5B2DA 2VUAA 2C9AA 4R9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJKA 2VOVA 5FO9B 1NSBA 5F3GA 1GNHA 2WO3A 3EB7A 4MXVA 5KXBA 3KM5A 2VZRA 2FCTA 5T55A 3R4DB 4HLTA 4MV2A 3AMMA 1DGRA 2DV9A 4PHZA 4RQPA 3K38A 1XE8A 3B9IA 1F8DA 5GX1A 1VAVA 2Q8DA 1UPIA 1QQP3 2RM23 3U0ZA 1W6PA 5FP8A 4IEPA 3LA2A 4YVSB 4QGNA 1LGBA 1W0NA 1Q8QA 2VMCA 1VBD2 1M4WA 1QXJA 2OJHA 4QN6A 2QWDA 3WW9A 4LK6A 4CP9A 4BE3A 4R40A 3CHXA 2AYHA 3ETPA 4MGZE 5BXXA 4FPCA 4YVWA 4IEZA 1UF2C 4C1YA 1QQP2 5B2DA 5JOXA 2H6BA 3BTAA 4XBLA 5FO7B 3V64A 1H9WA 3ZXJA 5FZAA 1VBB2 3ACHA 2O8OA 4Q0SA 4QB6A 3ZYIB 1ZREA 1SACA 5J1XA 4ZZ5A 3TEYA 2Z32A 1VBE3 1ASJ3 1VMHA 3TI5A 2YFUA 4UFMA 1H1IA 1I3HA 1JYNA 2BQPA 4AFBA 3R4SA 2PN5A 4FJ6A 4QPWA 1WW6A 3BPZA 4NO4A 2Z5WA 2D7FA 3ZN4A 4CHBA 4K8FA 1I1EA 4AOCA 4AL9A 2JG9C 2XBO1 4I3GA 3E6BA 1N6EA 5IWFA 4UF0A 2WNUC 4I02A 5C4WB 5FO8B 4CEYB 3QD6A 2PHDA 1B9TA 1UQXA 4XF3A 1N6FA 4LA3A 4QKNA 5A70A 2HLEA 2P6HA 3CU7A 4ITCA 2F17A 2XKOA 3U75A 4GJZA 1YQ8A 3VKMA 4X6KA 3VZLA 3WG4A 5J96B 1ULCA 4BQ5A 3S8ZA 1NT0A 2ZX4A 2QQOA 5C4WC 4K1ZA 2I2SA 3PU3A 3R6SA 1HXS2 3OY8B 1QJU1 3KD4A 3H3LA 4YW7A 3WNLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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