1MR5A

Orthorhombic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
630
structure length
621
Chain Sequence
GSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 175
structure length 621
sequence length 630
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1mr5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1mr5A01
2YA7A 1WD3A 3IMNA 1FATA 2ZMLA 3ASIA 1E8UA 2F0ZA 4GB1A 1RITA 1G8WA 3TI6A 3WCSA 1XOGA 4YW5A 5E88A 1OFSA 1W0OA 1LGCA 3ZSMA 2G4IA 3L2YA 1KDMA 3UK9A 1W6QA 2DTYA 2A6YA 1F8DA 2DUOA 2FMDA 2C4LA 1V3EA 2QWKA 1F9KA 2OW4A 3BTAA 1AXKA 2XZIA 2RKCA 1ULEA 3USUA 4C1WA 3WG2A 1Z4YA 3NV2A 1AX0A 3GNEA 2JE9A 1SO7A 1LEDA 1GZ9A 2YA5A 1KJRA 4FPKA 2PHWA 1UPSA 5GM0A 3W58A 2QWDA 2W20A 1LGNA 2HT7A 1WUVA 1HLCA 3AK0A 1QOTA 2ZGKA 3CL0A 1DQ2A 3SH3A 1G9DA 2YMZA 2YA8A 3Q9OA 4WEFA 4M4NA 3B3QE 3RMYA 4LBQD 1WW4A 3B7EA 4QN6A 2ZGTA 3SILA 5CB7A 5IK7A 1W6PA 5NN9A 1G9BA 2A6WA 4MJUA 1OQ1A 4Q27A 3BOPA 4B7RA 4DGRA 4XJUA 3A72A 5T5LA 4B7NA 3TI5A 5IUQA 2B8HA 1LOCA 2VXRA 1LHUA 1INXA 1BJIA 2D6KA 1B9SA 4TYSA 2ZGOA 1MZ5A 3JUUA 1IKQA 4Y1YA 2HU4A 4M01A 1YI7A 4UW5A 5GZDA 3POYA 1WBFA 2YDTA 3W59A 4XXAA 1G9AA 1EURA 1MWEA 3N7KA 1UL9A 3RMXA 2VK6A 5IK8A 3N7MA 4D69A 1BYHA 1GYKA 1LHVA 2EXHA 2BQPA 1UMZA 1N1SA 2SLIA 1MACA 2EF6A 3SH4A 3R4SA 3NV1A 1U0AA 5DZGA 4XMAA 1FX5A 4GWNA 3ALWA 3WG3A 2W68A 5GJ6A 1Z78A 1IVDA 1USXA 2P2KA 2UWBA 4AYUA 3RSJA 5LK5A 3K39A 1NN2A 2QWIA 3V64A 3H72A 4CRQA 1N3PA 4MX0A 2VUAA 3OY8A 3TICA 2A3YA 3ZXKA 3AYAA 3WOGA 1V0FA 2Q5TA 1IVCA 4X6KA 5EXOA 1S1AA 2PELA 5FREA 2AREA 4M3CF 4YFZA 4FOWA 4MZEA 1LTEA 2WKKA 2R1BA 1RINA 3UL2A 1LODA 1UKGA 5HCAA 2DU0A 4HZVA 2BZDA 4FPFA 4ZXKA 2ZHKA 3DGTA 2D7FA 1WCQA 2BERA 4PBOA 5GLVA 2EAKA 1JYIA 2QWFA 1LHNA 2DYCA 1E8VA 1R1ZA 3FLRA 2OUHA 1LGBA 4LBQB 1C4RA 3NWKA 1DQ6A 4Q8KA 2HTUA 1JUIA 1AXYA 4YZ5A 3TI4A 1INYA 4Q1PA 3FFZA 4B7QA 3WDWA 2F28A 1J1TA 2DVDA 5T5PA 3TIAA 5T52A 3AXDA 2DUPA 3UJQA 4AVTA 1GV9A 2WJSA 5AVAA 1EUSA 1D0HA 3M3CA 3ZXJA 3NV3A 1E8TA 4R9DA 5T50A 5GZGA 3OBTA 1UAIA 3WNXA 1V6MA 3MW4A 1N1YA 5EYYA 4AVSA 4YGBA 1Z4VA 1O4ZA 2NMNA 1GANA 4AGRA 1WBLA 1INGA 4XIKA 1G7YA 4FVVA 2DVFA 4GZPA 4FOYA 5CA6A 7NN9A 1ENQA 3MW2A 3I4IA 2GN3A 3BODA 3WDYA 1W8NA 4WA3A 2DUQA 4XHXA 5CAZA 3ILRA 1JBCA 3PMEA 2A6VA 3LSDA 4BQ1A 3TIBA 1Z50A 1DFQA 4DFSA 2DTWA 4Y22B 3C2UA 3VKNA 4BPZA 4XBQA 3N36A 4B7MA 4WEGA 3D4KA 4Y1XA 3VKFC 3B9CA 3FBYA 1KQRA 2A75A 4Y20B 1CVNA 3ZSKA 4B7JA 4DQAA 3AP9A 4M4VA 1S0IA 2W5OA 5HUGA 4CPMA 2P3JA 1GNZA 2BATA 1NSDA 2YA6A 2A6ZA 1ULFA 2ZZJA 4FQ4A 1S0GA 1APNA 2WLQA 1XQNA 3WCRA 5JDBA 1S0FA 3FUOA 1VAVA 2C5DA 2YV8A 2GMMA 1L7FA 4ATFA 4WA4A 4YG0A 2JD4A 4YGCA 4MYEA 3AZWA 3ZXFA 2YXSA 3O0WA 2ZACA 1MVEA 1Z4ZA 4K1KA 4K1ZA 2R16A 2V73A 4Z8BA 3T1MA 3A0KA 3UJOA 4JC1A 2NM1A 4UW3A 4K1IA 5JOYA 4SLIA 4YZ1A 1A4GA 3AYCA 3M1HA 3AP5A 4QNPA 4YFWA 1V0EA 4KBBA 3K38A 1SLTA 1DQ1A 3TB0A 4Q1RA 3D5OA 1IS5A 4GXLA 1BJQA 1WLWA 3AP4A 2PHTA 3FLPA 2LTNA 1V6IA 1G9FA 2AYHA 5GALA 4UF7A 2XG3A 5JOZA 4FP2A 4BLIA 1NNAA 1INHA 5GLZA 4UW4A 3K37A 2EXIA 1IVFA 2F26A 3NSSA 2VH9A 1EUUA 3AJYA 2E7QA 3WDXA 5CNAA 5SV8A 3AP7A 4YZ4A 1L7GA 5B2DA 1SCSA 3ZXEA 4FPCA 4YM0A 2QWAA 1GSLA 1NCCN 1CR7A 2R0FA 5DZFA 3HN1A 2ZGMA 2A7AA 1ENSA 4FPJA 2HTWA 3I8TA 2JE7A 3M2MA 3OBRA 2HT8A 2D3SA 5H9RA 4KS3A 1C1FA 2WSVA 4YW3A 1A4QA 1FNYA 1GKBA 3VV1A 4KS5A 4XZPA 2JDZA 4NN9A 1LCLA 1INWA 3WG1A 4GZOA 4LBMA 4CPLA 1YXWA 1W6MB 2XB6C 1V6JA 4K1HA 2CMLA 2A70A 4ITCA 3PVNA 2B7YA 1NCAN 1Q8OA 2DWRA 2PHRA 2CY6A 3WDVA 3GVLA 4K20A 4BM8A 3AYDA 1LOFA 4MWQA 4XTMA 1CN1A 3HMYA 5IK5A 4P9XA 5GLUA 4GJTA 4H52A 1GZWB 3ZXLA 4YM1A 5F5QA 4NOTA 1S0JA 3HR9A 4GZWA 4HIZA 2ZGQA 1SLCA 4R9AA 4DRRA 2VSKA 4AGVA 3ATGA 4XIOA 1G9CA 2F11A 2ZMNA 2RHPA 5DG1A 1URXA 1USRA 1LULA 3BEQA 2HTYA 5HUKA 3SISA 4HZZA 4LBOA 2CTVA 4LBQA 4ASMB 4D8SA 1XOEA 4ISRA 1W6NB 4HANA 1LOBA 4GWMA 2NMOA 4C1XA 4ATEA 1MS9A 1H9PA 1AZDA 4W65A 1LOEA 4XBLA 3B01A 1A78A 1CESA 1KRIA 1SLAA 2GNTA 3M3QA 4M3CB 2DV9A 3WHTA 2PHXA 4FPGA 1KJLA 4JF7A 3D11A 4BLJA 1MS0A 1UX6A 1Z4WA 1TEIA 4Y1ZA 3ZSJA 1C57A 2VVZA 5BYNA 2EIGA 3SITA 2X9MA 1S0CA 3IKWA 2XZKA 4BMBA 1S0BA 4PQ9A 3LSEA 1YO8A 4NO4A 4K1JA 1ULCA 3ZYRA 3WLUA 4FPOB 1N47A 3B69A 2DVGA 1CONA 4XJAA 4CPOA 2D3PA 2HTQA 4Y22A 2WT2A 5KXDA 1UN1A 3N7JA 1H9WA 1LU2A 2VY0A 3MEPA 2HTVA 2CYFA 5KXEA 1YIFA 2KM2A 1YRZA 4Y20A 4P9YA 1LHWA 3O9KA 4FZHA 2UWAA 3IN9A 2GALA 4P9WA 1W20A 2SILA 5HUNA 1Q56A 4MZAA 4FJ6A 1CIWA 3PVOA 1F5FA 4K1YA 2BF6A 4GZSA 1PZ8A 5E89A 4XJRA 3PVEA 2ZAAA 4GALA 5GLWA 5DUUA 4MWVA 3WDUA 1QNWA 2AGSA 2E7TA 2ES3A 1FNZA 4QN5A 2ZKNA 1V6NA 4U36A 3W09A 3A71A 1A14N 1DHKB 2NN8A 1W0PA 4X49A 2VW0A 2ZGUA 4NC5A 2VU9A 1W21A 5H9PA 3QLQA 5F9TA 3T1EA 2ZGNA 2WQZC 2ZGPA 1FV2A 3GVKA 4CZSA 5GLTA 1INFA 1V0ZA 4J9TA 1ONAA 5T55A 3CL2A 4FPEA 4OZXA 2VW1A 1PZ9A 1QMJA 2YZ4A 4WZFA 5GZCA 1V6OA 3R05A 4LBJA 2A3WA 2WT0A 4Q8LA 4GDIA 3KM5A 1VAMA 2ZA9A 2F12A 4FOQA 4FPYA 2NYYA 5FRAA 3A0NA 2P34A 4FPHA 1V6KA 1WW6A 1QKQA 3CYEA 1SFYA 2QWEA 3RS6A 1RIRA 3LCPA 4MWLA 3WDTA 3TAYA 1LHOA 4XE9A 1IS4A 5DXDA 4XILA 2LALA 3V0AB 2E53A 2VSMA 4YM3A 1NXD1 1LOFC 2V5YA 2JECA 4YG3A 4YM2A 1W1XA 4XMIA 5EYXA 3IPVB 1DIWA 1WCSA 1BQPA 1O4YA 4AGGA 2AH2A 1WD4A 3CNAA 2CL2A 3SANA 4GZQA 1DQ5A 2CWMA 5DG2A 3GVJA 4GZXA 2ARBA 1DYKA 1SACA 3CKZA 4XHBA 1LESA 1QGLA 1W6MA 3ILFA 1DZQA 1IOAA 4GZTA 4LBLA 3VKOA 1HKDA 1CQ9A 1DQ0A 1MZ6A 5KXBA 2A6XA 5T5OA 3RQ0A 3GALA 2ZHLA 1JW6A 1V00A 5DUWA 1AJKA 4CPNA 1S0DA 4GKXA 1AX1A 1ZA4A 1IVBA 3ENRA 3B00A 1G86A 1GZWA 4WVVA 4BBWA 2W08A 4YW1A 5CBLA 1UZZA 1DBNA 2HU0A 2ZGSA 4Q6KA 2UU8A 1AJOA 4MWJA 4WA5A 2ERFA 5JLVA 2HTRA 4XOGA 4XJ8A 3SNMA 3KQRA 1UZYA 3H73A 3WVJA 1Q8SA 3VKMA 3OJBA 1GICA 4MJVA 1PZ7A 6NN9A 4BOWA 4KS4A 4AWDA 2D6MA 1DLLA 1W6NA 1I1EA 5T54A 1AVBA 4QN7A 4R9BA 4UW6A 1BKZA 1SLIA 1F8EA 4YLZA 4TZDA 1QOOA 1QF3A 3APBA 3JU9A 1MS5A 4M3CA 5GZFA 4YG6A 5H9SA 2ZBJA 1GNHA 1QOSA 1SBDA 3WUDA 2E51A 3O0XA 2YROA 2DU1A 1W6OB 3AXEA 1SLBA 1LECA 4MWWA 5IK4A 1GZCA 3ILNA 1WLDA 3N35A 3OYWB 1EUTA 2QWCA 1DILA 4LBKA 4ZKTB 3VKLA 3IM0A 3WUCA 4FVKA 4M00A 3R4UA 2YA4A 3SLIA 1B9TA 2WT1A 4YGDA 2F13A 1D2SA 1FAYA 2ZABA 1QNYA 3D12A 1MS4A 1VIWB 4FPLA 2UWCA 3T1LA 4IQPA 2VWDA 4JRAA 3QCWA 1YYNA 3FUQA 1CPMA 4GA9A 3NN9A 1WW5A 2GNDA 4U2AA 1NNCA 1A8DA 1MS8A 4DRVA 1Z0HA 5E8AA 4Y1UA 1DGLA 1SBEA 1MS3A 2F25A 2XZJA 4QN3A 4GEZA 5DZEA 2R0HA 1V3BA 2WNEA 3V0BB 3U4XA 2PHFA 4XJ9A 4BMEA 1LOAA 5JMCA 2F27A 1IVGA 2GN7A 4HZWA 5DUVA 1WW7A 1F8CA 5JOWA 1SNTA 5HCBA 3V65A 2DVAA 4XDQA 5HCFA 1DYPA 1IVEA 2P3IA 3WV6A 2NP0A 2GMPA 4YGEA 1WLCA 1C1LA 1JOJA 3K36A 1W6QB 2QWBA 2YY1A 4Q2FA 2AEPA 2GMEA 2W39A 3O0VA 2AEQA 4FP3A 5JOXA 4XJQA 2A71A 4RL7A 1Q8PA 3USUB 4YW4A 4FQZA 1LOGA 2GNMA 4HL0A 4MWYA 4KS1A 1NMAN 1W8OA 2F10A 1LENA 3OPZA 2CNAA 1DQ4A 4I30A 4XJZA 3ZVXA 3WZ1A 1V6LA 5HUMA 2VW2A 3MPPG 4H55A 3SALA 1ULGA 1V3DA 5T5JA 1NCBN 2GDFA 2HYKA 4XBNA 1NCDN 2NZ9A 3RRDA 2ARXA 1KITA 2D6LX 1VALA 4HZYA 2F24A 1ENRA 5B2CA 4K21A 4CTEA 2GNBA 1MR5A 3AFKA 2ZGRA 3RG0A 3AP6A 4Q26A 5EWSA 1AF9A 1B9VA 5JVVA 5JYYA 2F29A 5KXCA 1W6PB 3DUIA 2QWGA 1N3OA 1LEMA 4XJWA 5GZEA 4Y1VA 1NSCA 4KS2A 3AZVA 3INAA 4YZ3A 2C4AA 4X4AA 2AUYA 3O9JA 3POSA 2AR6A 4QN4A 2D6PA 2ZGLA 1CPNA 2HT5A 1ULDA 4I00A 3V0AA 2W5NA 4ISQA 3INBA 5IT6A 2YDPA 3TI3A 2XCYA 4HZXA 3AYEA 3K3AA 2UURA 3IPVA 1MVQA 3M3EA 1Z4XA 4PF5A 2ENRA 1L7HA 2QWHA 3ZYPA 4F83A 1NMBN 3T2TA 2P37A 3WG4A 3OGGA 2JKBA 1NSBA 2JJ6A 2ZHNA 4Y24A 2SIMA 2A5ZA 3H71A 2WSUA 3H0OA 1IS3A 3AX4A 1QDCA 4PCRA 3O5SA 1SBFA 3M3OA 2EXJA 3WHUA 2ZB5A 2D3RA 3SH5A 2AENA 2W38A 4PBPA 1VLNA 2D6OX 3MW3A 3D6EA 3OY8B 3FLTA 1INVA 3VUOA 4RA0A 5DUXA 4CPZA 2OVUA 3O12A 4Y26A 1F31A 2Z42A 4XYXA 1N1TA 4XXPA 1FYUA 3BIWE 3TI8A 1QU0A 2D6NA 2VK5A 4GKYA 4NCSA 1JXNA 1N3QA 1F8BA 1EPWA 1Q8QA 4CPYA 4R9CA 2R49A 5H9QA 4K3YA 4MC7A 3N7LA 4H53A 4MWXA 4M3MA 3ZPYA 1OKQA 4WV8A 1GBGA 1FV3A 1V3CA 2QWJA 4FOVA 3ALXA 1JYCA 4M3CE 3AZZA 4X47A 2VK7A 1QDOA 3AJZA 1V2IA 1VCJA 5L73A 2FHRA 4P14A 5M1ZA 3N3HA 2PHUA 2ZMKA 1Y7BA 1Q8VA 1ZM1A 1H30A 1B09A 1SLLA 3AZXA 2DVBA 2W52A 4M4UA 1JN2P 1IS6A 4YZ2A 4LBNA 1NNBA 1JHNA 2DURA 1MS1A 1W6OA 4GDJA 1I3HA 3H6JA 2OUJA 4L8QA 2TEPA 4DS0A 2H0BA 1HQLA 1AX2A 1LJ7A 3OYWA 1SCRA 2A3XA 1CJPA 1HDKA 4JCKA 4DPNA 2E6VA 1HQWA 1BXHA 4XTPA 1DIMA 4WVWA 1VCUA 1BZWA 2P3KA 3ZSLA 3NV4A 1KDKA 3AZYA 2EXKA 3A4UA 1X50A 1NMCA 2SBAA 4MWUA 1LU1A 3JU4A 3POWA 1AXZA 4MWRA 2ZHMA 4YW2A 2I2SA 2D44A 1A3KA 1S0EA 5HX0A 1GLHA 3PJQA 2EALA 2CWSA 1NLSA 2ZB6A 4AVVA 3V0BA 2C9AA 1N1VA 1IKPA 2R1DA 2D43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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