1MS0A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)and lactose
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 168
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms0A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms0A01
4GDIA 2R0FA 4ATFA 1W8OA 1UMZA 1ENRA 2E6VA 2A3YA 4ASMB 1NNAA 3WDVA 5FRAA 4NOTA 4MWRA 1JXNA 1WW4A 4SLIA 3IKWA 3B01A 3VKNA 5B2DA 3ILNA 1ENQA 3INAA 2WQZC 5DZGA 1JYIA 1INWA 1W21A 1V2IA 4U36A 2DVAA 1LOFA 4GWMA 2AR6A 2CY6A 4BMEA 3CL2A 5EYXA 2SIMA 4FOVA 3ALWA 5DG1A 3ZVXA 4K3YA 2SBAA 2YZ4A 3TIAA 1VALA 1O4ZA 1INHA 4C1XA 2XB6C 4HZZA 2R16A 5DG2A 2W5NA 2ZHKA 3FBYA 2D6OX 3KQRA 4F83A 1W1XA 1LECA 1V00A 1OQ1A 1NNBA 1BXHA 4XJWA 1H9WA 5GLUA 3ZXLA 3WDTA 4YW3A 1W8NA 3AJYA 4Y20A 4M3CE 4FVKA 1APNA 4FQ4A 4C1WA 1N3QA 3O9KA 2QWIA 3AYEA 3OBRA 1Z4ZA 1VAVA 1FYUA 3WOGA 4UW5A 2PELA 3LSEA 4B7MA 2YA5A 4YGCA 1RIRA 2W08A 3WG2A 4Y24A 3GNEA 1AJKA 2F27A 1JW6A 1NN2A 3O9JA 1KJLA 2R1BA 2CNAA 5B2CA 2BZDA 4XTMA 1L7GA 3QLQA 4ATEA 2W20A 2YMZA 2WJSA 1LGNA 1NMBN 5F9TA 2NM1A 4X47A 1ULFA 1V0ZA 3N3HA 4K1ZA 3V0AB 4LBMA 3ZSKA 2QWCA 3MEPA 1NCCN 4XIOA 2GMEA 3AYAA 3N7MA 4LBNA 3AK0A 4RA0A 4XIKA 3T1MA 1Q8SA 2WT0A 4LBLA 2YDPA 1LOCA 5KXCA 1F8BA 1G7YA 3M1HA 1SO7A 2ZABA 2YA4A 4K1YA 4JC1A 1QDCA 4M4VA 2LTNA 1MVEA 1VCUA 3APBA 2QWAA 5SV8A 1U0AA 1LHOA 2FHRA 2WLQA 2VUAA 1HLCA 3KM5A 3POYA 3OYWA 5IK8A 4MC7A 4YGBA 4NC5A 2ARXA 3WDXA 1A8DA 1CQ9A 3OJBA 5GALA 4R9CA 1OFSA 4XJ9A 3K36A 2AENA 3WNXA 1F8DA 2W5OA 2R49A 5CB7A 1RINA 3T2TA 4CPMA 4M4UA 4CTEA 3WCSA 4GDJA 2ZACA 5T5OA 4JF7A 3A71A 5LK5A 1GBGA 3SANA 2P3KA 4YM1A 2VVZA 1V3DA 1MS0A 3V65A 2JJ6A 4XJZA 3SISA 1NMAN 4BM8A 2HYKA 1AXYA 4XXAA 3SILA 3M3QA 4QN5A 4BMBA 1IVFA 1WD3A 2HTYA 3OGGA 1CPNA 2ZZJA 5L73A 1E8UA 1AVBA 1FNZA 4GEZA 1C1FA 1LHVA 1Q8PA 2AUYA 3BTAA 1FV3A 1CIWA 4HANA 4FPOB 1MS5A 4XYXA 3B9CA 3M3CA 3D4KA 3SH5A 4M4NA 1V6IA 3HMYA 1HDKA 1KJRA 2TEPA 4AWDA 3AXDA 5IT6A 2UU8A 2HTVA 4XJRA 3W58A 1WD4A 4CPLA 1XOGA 4WA3A 1UL9A 2DVGA 4FPJA 1VLNA 1EURA 5E89A 2A3XA 4NO4A 1S0BA 4CPNA 4H55A 3WHTA 1LOAA 2OVUA 3R05A 3NV3A 1N1TA 2VSKA 5JOXA 1QKQA 2DUQA 4UW4A 5DXDA 1MZ5A 2AH2A 1V0EA 4YGDA 5H9PA 3ZSMA 4BLIA 4J9TA 4K21A 1BJQA 4B7JA 2HT5A 1Z0HA 5GLTA 1IVDA 1W6OB 1CESA 1Q8OA 4M3CB 1USXA 4FQZA 4Y20B 3SNMA 3OBTA 1GZ9A 3RG0A 2QWFA 3K37A 4IQPA 4YM2A 3WHUA 3NV2A 2ZMNA 4CPZA 3PJQA 4PBOA 2HT8A 2WSVA 4MJUA 2ZMLA 4WVVA 3WDWA 1GNHA 3IN9A 2VW2A 3MPPG 1SLAA 2D6KA 1ENSA 2C9AA 3MW2A 4LBQA 4FP3A 4MWXA 1GKBA 1EUUA 2OW4A 2WSUA 4YFWA 2DUPA 3R4UA 3N7LA 1WLWA 2A6WA 2DU1A 5NN9A 2QWJA 1S0EA 3PVNA 1WW7A 1G9CA 1E8VA 1QNWA 2I2SA 4R9BA 5T52A 2CTVA 2DYCA 1INGA 3O0VA 2ZB5A 1SBFA 3HR9A 1G9BA 2ZGSA 4P9WA 2CL2A 3O12A 4AYUA 3IM0A 3AP6A 4AVVA 2HTWA 1SCSA 4FZHA 2YDTA 3B69A 1SFYA 1YRZA 1NCAN 2RKCA 3H71A 1BKZA 4YM3A 1PZ8A 4GB1A 2ZGQA 4M00A 4HZYA 3C2UA 1N1VA 1N3OA 3ILFA 1AXKA 1NCDN 2KM2A 2CWSA 3JUUA 4U2AA 3WG3A 3WG4A 2QWHA 1AJOA 2JKBA 3I8TA 2V5YA 3JU4A 1WBFA 4XMAA 3WDYA 2PHWA 2E7QA 4K1IA 1Y7BA 1MS8A 2XG3A 2C4LA 1A78A 2W39A 4GJTA 4MWUA 2ZBJA 3FLPA 5E88A 1B9VA 1G9AA 1V6JA 3USUA 1S0IA 3L2YA 3AJZA 4JCKA 1YI7A 3I4IA 4Q6KA 3M2MA 4HZXA 5M1ZA 3B00A 3TICA 2WNEA 3V0BB 1AXZA 5DUWA 2D7FA 4OZXA 1DQ4A 3RMXA 2JDZA 1NSCA 2EXHA 2W68A 5EXOA 2QWEA 1JUIA 2VY0A 1BZWA 1FATA 5JMCA 1DFQA 2ZGTA 4ISRA 2DTYA 2F24A 4MJVA 2EALA 3BIWE 1LULA 1TEIA 2A3WA 3B3QE 4WA5A 5GLZA 4AGGA 1QOTA 1ZM1A 3OY8A 1W6MB 1DILA 4CPYA 1LEDA 2F28A 3MW3A 1AZDA 2WKKA 1A14N 1IS3A 3K39A 4I30A 3HN1A 3B7EA 4HZWA 1L7FA 2VXRA 3M3OA 4GZPA 1W6NA 3IPVA 4NN9A 2D3SA 2RHPA 5JOZA 3GALA 1V6OA 3UK9A 4AVTA 2P3JA 4WEFA 1LODA 3FLRA 3H6JA 2A5ZA 1CONA 4X4AA 4QN6A 1IVCA 5CNAA 3VKLA 1BQPA 4Y22A 2R1DA 2V73A 2ZGUA 5HUMA 2B7YA 2ZMKA 3AZXA 1C4RA 1F31A 4B7NA 2X9MA 1LCLA 1EUTA 1DHKB 1BYHA 4Q1RA 1INYA 4XILA 1ONAA 1DZQA 4ITCA 4FPGA 4HIZA 2AYHA 5HCBA 4P9YA 1IVEA 2B8HA 2P37A 4HL0A 5AVAA 4Z8BA 3RMYA 1KDMA 4KS3A 4YW1A 4PBPA 1ULDA 5HUGA 1GSLA 3AFKA 1Q8VA 3IMNA 1SNTA 4GWNA 4Y1UA 1NCBN 4XJUA 2GDFA 2D3RA 3DUIA 5JOYA 3PVOA 4XJQA 3TI8A 2SILA 4LBQB 2BERA 1NMCA 4YZ1A 1O4YA 1GZWA 1LU1A 2PHTA 1Q8QA 4XJAA 3CNAA 2F13A 2GMMA 2ZGPA 1SLLA 1MS1A 1QOSA 2D3PA 5CAZA 1IVGA 3CYEA 2YA8A 3RRDA 5GZDA 4QNPA 1W6QA 2ZGKA 1B09A 1QU0A 5IUQA 2VW0A 1Z78A 1D2SA 4GZQA 2P2KA 2D43A 1Z4WA 4GXLA 4DRRA 5T54A 1S1AA 4XHXA 4XHBA 1HQLA 3VKMA 5JLVA 4KS2A 2DVFA 2YA7A 2DV9A 3LSDA 1MS3A 3ZYRA 3K3AA 2VSMA 1MWEA 4CZSA 3D12A 2ZGLA 1Z4YA 3ILRA 2W52A 1F5FA 2EXKA 2NZ9A 4YM0A 3A4UA 4TYSA 2C5DA 1FAYA 2ENRA 4PQ9A 1JBCA 1DQ1A 2F25A 2HU4A 4WZFA 3H73A 1N47A 5KXEA 3M3EA 5BYNA 2AEPA 3VKOA 4LBQD 4NCSA 4Y1ZA 5JYYA 3ZXEA 2UWCA 4DQAA 4Y26A 2QWKA 1QNYA 4BPZA 2F11A 3SH4A 3USUB 4BOWA 5GJ6A 5JDBA 3FLTA 2ZHLA 4WV8A 1L7HA 2JD4A 2ES3A 3JU9A 5EWSA 2A70A 3LCPA 1IKPA 1GANA 5JOWA 1LHUA 3UJOA 4YW2A 4YZ5A 2Z42A 5HX0A 2QWGA 3AP5A 4FPYA 4Q8KA 3NN9A 4D69A 3CL0A 1VIWB 4KBBA 1LOGA 2DURA 4XBNA 3ZXFA 1JOJA 1NSDA 1CN1A 3INBA 1INFA 2UWBA 1A4QA 1Z4VA 2XZIA 2WT2A 4WVWA 4H52A 2FMDA 3TI3A 1ULEA 3ZXKA 3OY8B 4H53A 1VCJA 3AX4A 1XOEA 2GNDA 4MZEA 4DGRA 1SLBA 1SLIA 3CKZA 2P3IA 3TB0A 4PF5A 4Q2FA 1S0GA 1LEMA 1AX1A 2VK6A 4FVVA 3DGTA 3IPVB 5GM0A 1J1TA 3GVJA 4DRVA 4FJ6A 4X6KA 2YV8A 1V6NA 4GZTA 2QWDA 4HZVA 1DBNA 2EXIA 1I3HA 4M01A 2ZGOA 3VKFC 4MWJA 1QOOA 1LGCA 1V6LA 4GZSA 2PHRA 1IKQA 1ULCA 1SCRA 5T5LA 1DQ2A 2F26A 3WG1A 4FPCA 2CYFA 3AZWA 2A6ZA 3MW4A 1YO8A 2D44A 1N3PA 4BQ1A 2D6MA 1DIMA 2NN8A 1DIWA 2D6PA 2YXSA 1AX2A 3POWA 1EUSA 2CMLA 4AGVA 1V3CA 3WUCA 1G9DA 1UZZA 3T1LA 2YROA 2A7AA 3AZYA 4GALA 4GA9A 2G4IA 2DUOA 1DYKA 4YG3A 4BLJA 3ZPYA 1WLDA 1FV2A 2ZGRA 4MWYA 1E8TA 2JE9A 1A3KA 4GZXA 1LTEA 3D11A 1B9TA 1G9FA 2A6XA 3TI5A 3SALA 3OYWB 3TAYA 5KXDA 2EXJA 1LHWA 3AXEA 4MZAA 3TIBA 4GKYA 2HT7A 4RL7A 5DZEA 1LOFC 3W09A 1BJIA 3RQ0A 3FFZA 3R4SA 1Z4XA 1W6PA 4MWVA 3ASIA 4FPFA 4UW6A 1C57A 1V3EA 3T1EA 2XZJA 2BQPA 2OUHA 2NMOA 4PCRA 4FOQA 1W0PA 4Y1VA 1I1EA 2CWMA 5CA6A 1G86A 1LJ7A 1SBEA 1YXWA 4ISQA 1H30A 1S0CA 1FX5A 1S0JA 5H9QA 1KITA 2PHXA 2NYYA 3D6EA 2HTUA 4MWLA 1S0DA 1JHNA 3BODA 2AREA 5DZFA 1CJPA 3RSJA 1CR7A 1LESA 5GLWA 2HTRA 4MWQA 1D0HA 5FREA 4YG6A 1F9KA 1N1YA 3NWKA 3ENRA 4XE9A 2A6YA 2QWBA 2DWRA 1NLSA 3O0WA 1UKGA 1SLTA 1W20A 1H9PA 1V6KA 1WBLA 2P34A 5GZFA 2E51A 4Q8LA 2ZGMA 3VUOA 3TI6A 2PHFA 4TZDA 4K20A 5T50A 3SH3A 1W6OA 2DTWA 3ZYPA 4ZKTB 2UWAA 4M3CA 4QN4A 1OKQA 1CPMA 2VH9A 2A6VA 1LGBA 1MACA 1URXA 1V3BA 2ZAAA 1JN2P 5EYYA 4QN3A 1G8WA 1UN1A 3W59A 2R0HA 2VWDA 1UAIA 1WW5A 3FUOA 5H9RA 4P9XA 4YG0A 5DUUA 1V6MA 1IOAA 5KXBA 2BF6A 2E53A 1GZCA 4MX0A 1A4GA 1INXA 1W6QB 1DGLA 1X50A 4LBOA 2VW1A 2YA6A 1QGLA 4YGEA 1JYCA 2A75A 2LALA 4Q26A 3A72A 2NP0A 4GKXA 1EPWA 1GYKA 3BOPA 4XBQA 3NV1A 5F5QA 3OPZA 1IS5A 5GZCA 1KDKA 4YW4A 2F10A 1IS4A 2SLIA 3O0XA 3A0KA 3WCRA 1DQ6A 1C1LA 4XJ8A 1SACA 1PZ7A 4M3CF 3WZ1A 5HCFA 3N35A 4YW5A 2AEQA 4X49A 1WCQA 2D6LX 1DLLA 2F0ZA 1Z50A 5DUVA 3NSSA 1GV9A 1V0FA 3VV1A 4FPEA 1WLCA 2JECA 3WUDA 1GNZA 2XZKA 5GZGA 1LOBA 5IK4A 7NN9A 2HTQA 1B9SA 4DPNA 1MVQA 2VK5A 4R9AA 4XMIA 1SLCA 3UL2A 3WLUA 1NSBA 2HU0A 1N1SA 3AP4A 4BBWA 4FOYA 4FPHA 3SITA 3AP7A 2ZGNA 1UZYA 4K1JA 4UW3A 3V0BA 5GLVA 3V64A 4Q1PA 1SBDA 1Q56A 4YZ4A 5T5JA 1NNCA 4K1KA 2AGSA 1W6PB 4R9DA 4ZXKA 5HUNA 4AGRA 1KRIA 1LU2A 1GICA 4YFZA 2BATA 3O5SA 4XOGA 1MS9A 2C4AA 3N36A 2WT1A 4XTPA 4Q27A 4FPKA 1PZ9A 3ZSJA 1AF9A 2OUJA 2NMNA 2ERFA 5IK5A 2PHUA 2EF6A 4I00A 4KS4A 1YYNA 1IS6A 3K38A 4YZ2A 5H9SA 1QMJA 2Q5TA 1CVNA 3WVJA 3AYDA 3N7KA 1W6MA 4XBLA 2F12A 4K1HA 3GVLA 4DFSA 2DVBA 4FPLA 3BEQA 2EIGA 1DYPA 1IVBA 1YIFA 4XXPA 3UJQA 4AVSA 2XCYA 4MWWA 2GN7A 3NV4A 3AZVA 3D5OA 1DQ5A 2ZHNA 4CRQA 3U4XA 1RITA 3AP9A 5DUXA 5T55A 4WEGA 4QN7A 1MR5A 1F8CA 4GZOA 4XDQA 2ZB6A 4KS5A 5HUKA 4LBKA 2JE7A 1WCSA 3A0NA 1AX0A 4KS1A 4B7RA 1USRA 2VK7A 2YY1A 3H72A 4Y1YA 4D8SA 1W6NB 4XZPA 2H0BA 4YZ3A 3N7JA 4B7QA 4L8QA 5IK7A 2EAKA 4CPOA 1HKDA 4Y1XA 4MYEA 1R1ZA 1LHNA 3TI4A 1F8EA 3PVEA 1XQNA 3ZXJA 5E8AA 2DVDA 4M3MA 3V0AA 1WUVA 4P14A 4Y22B 2E7TA 3AZZA 2UURA 1ZA4A 3AYCA 5T5PA 2ZKNA 1MZ6A 1ULGA 2DU0A 4FP2A 4JRAA 4WA4A 3ZSLA 1MS4A 2GNBA 4YLZA 2GNTA 1W0OA 1LENA 1WW6A 1UX6A 3PMEA 2ZHMA 5GZEA 3GVKA 6NN9A 5CBLA 4GZWA 2F29A 3H0OA 3ALXA 3WV6A 1QF3A 3POSA 1S0FA 1UPSA 4DS0A 1LOEA 2A71A 2VU9A 3RS6A 1DQ0A 2ARBA 1NXD1 1GZWB 1HQWA 2GNMA 2GMPA 4FOWA 2D6NA 2W38A 1VAMA 1GLHA 1KQRA 2GN3A 1QDOA 5JVVA 3ATGA 3QCWA 3Q9OA 4W65A 4UF7A 1INVA 3FUQA 4LBJA 3WDUA 1FNYA 3SLIA 2GALA 2ZA9A 5HCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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