1MS1A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
632
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPACGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 185
structure length 622
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms1A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms1A01
2E51A 4BLJA 3D5OA 2HTUA 3W58A 1V3CA 5GZGA 1Q8SA 2F11A 2X9MA 4YZ5A 2ZMKA 4ZXKA 4YG6A 1DQ4A 2GN3A 3B01A 1IS3A 1G9DA 1OKQA 4FPLA 1CPMA 1D0HA 1F8EA 1VLNA 2NP0A 2C5DA 2NM1A 3O0WA 5T5JA 1DBNA 1FNYA 3L2YA 4CZSA 2ZGLA 1DQ0A 1MS1A 1FAYA 4QN3A 4M3CE 4XYXA 1HDKA 3LSDA 2D6MA 2EALA 3CKZA 2E7TA 4HL0A 1VAMA 1IS6A 2AUYA 4YGBA 1NSDA 3NWKA 1GZ9A 2YZ4A 4Y1YA 2SBAA 2FHRA 1GV9A 3BEQA 2HU0A 2HT8A 1V6NA 3AP9A 2AENA 4BLIA 4H55A 4YM2A 1IVGA 4PBOA 2GMPA 3RMXA 5JOZA 1MWEA 5KXCA 3IMNA 4HZXA 1EUUA 1NSBA 1QDOA 1F31A 2DUPA 4XJWA 1IVDA 3NSSA 2OUJA 1LHUA 5IK7A 1WLCA 1NNBA 3AP4A 2DTWA 2F13A 4FZHA 4WVVA 1LECA 3GVLA 1WW4A 1G9AA 3N7JA 2HT5A 3CL0A 4WVWA 2W20A 1S1AA 5GZCA 1UL9A 1WW7A 4BMEA 3TB0A 1GNZA 2XZJA 3V0AB 3MW4A 4XJQA 2A3WA 3ZSKA 4WEGA 1ONAA 3WV6A 2A75A 1SBDA 4FPOB 1TEIA 2WT0A 5GLVA 4Q1PA 3GVJA 2QWKA 1BXHA 3H0OA 2E53A 1RITA 3N35A 3ZXFA 2P34A 1AVBA 1UZZA 3APBA 3SALA 1DHKB 1YIFA 1LHWA 3OJBA 3V0AA 1YXWA 2SLIA 4XMIA 1G9BA 4J9TA 5HUKA 4Y24A 4MWLA 1Y7BA 4BPZA 4KS3A 4YLZA 1SLBA 4YW3A 2W5NA 3WLUA 1N1TA 1SLLA 4I30A 1KQRA 2B7YA 3WHTA 4PCRA 2XZKA 3PVEA 3ZYRA 1AJOA 2D6NA 2EF6A 4X6KA 4AVTA 4YFZA 4Q8KA 4FP3A 2ENRA 3WUDA 2D6KA 5BYNA 5IUQA 3WVJA 1DILA 1S0EA 1WW6A 1LU1A 2F26A 4CPYA 4WEFA 1SLTA 4XBNA 1IS4A 1IVBA 5NN9A 4AGRA 3AZVA 4MWVA 1INHA 4K1HA 1IKQA 1QKQA 3SLIA 4FPCA 2P3KA 1KITA 1Q8VA 4GZXA 2JJ6A 4YM1A 2AH2A 2CMLA 3KM5A 2C9AA 3QCWA 4NN9A 1AXYA 4XIOA 1RINA 1MS9A 1JYCA 4MZEA 1CONA 5DG1A 5HCAA 3HMYA 1CESA 4AYUA 4XIKA 4Q2FA 4CTEA 1S0CA 3UJQA 1LJ7A 4HZVA 4UF7A 2EXIA 2ERFA 3ALWA 3M3EA 2ZB5A 1N1VA 1LOFA 4YG0A 3ZSMA 1W0PA 2G4IA 2P3JA 2YXSA 1V6IA 2XZIA 1LGCA 1KDMA 5H9RA 2CY6A 2D3SA 4D8SA 3U4XA 3WG3A 3H72A 1MZ5A 2SIMA 2D6PA 4GDJA 4Y1XA 4X49A 4KS2A 1QMJA 2D6LX 1NCAN 2A3XA 1NMAN 2VWDA 3NN9A 1XOEA 4NCSA 3O12A 4B7RA 1USRA 4B7QA 1USXA 1ULGA 3D6EA 4HZYA 1AXZA 3D4KA 3DUIA 4W65A 2VUAA 1CQ9A 3CL2A 1WLDA 4GZTA 4K1IA 4HZWA 2W68A 1JBCA 3WG4A 1SBEA 4AGVA 2YA5A 4GZOA 1ZM1A 1GICA 1AX1A 2ZGMA 4YW4A 1N3PA 2ZA9A 4BQ1A 3V64A 2YA7A 3N7MA 3NV2A 3FUOA 2DVAA 2YDTA 2C4LA 1SCSA 3AYEA 3ZSJA 2JE7A 4YZ1A 2R1DA 1N1SA 1MS4A 4XILA 4MJUA 3NV4A 3N7KA 4YW5A 2F24A 1F5FA 4JCKA 1LOBA 4DPNA 2ZAAA 3SITA 1BYHA 3WUCA 1U0AA 6NN9A 2ZGKA 2XB6C 1N3OA 1DIMA 4Z8BA 4NOTA 4Q26A 3PVOA 3K39A 5KXBA 2GDFA 4R9CA 3WOGA 1N3QA 1W21A 3KQRA 3BOPA 1AXKA 3ATGA 1UKGA 4YW1A 4Y26A 1ULEA 4U2AA 3B69A 1NCCN 1INGA 1I1EA 5H9QA 2QWDA 4GXLA 3A71A 2A6XA 2VXRA 3AZYA 2D6OX 5T5PA 4XJRA 1JXNA 3CYEA 2HTQA 1B9VA 4FPJA 1NSCA 1SCRA 3AP7A 3TI6A 1JYIA 1UN1A 1JHNA 2P2KA 5CAZA 3WDWA 4XZPA 2E6VA 4M4VA 5F9TA 1KJRA 1VIWB 5FRAA 5F5QA 3VUOA 4XTMA 5GZFA 1KRIA 4P9XA 5JDBA 3AYAA 1AF9A 5H9SA 5M1ZA 4Q6KA 1CPNA 2OVUA 1G8WA 3ILRA 1SFYA 1WD4A 2JE9A 4GKXA 4X4AA 2E7QA 4YM3A 1W8OA 5T54A 3ZXLA 2HYKA 1NXD1 4X47A 4ISQA 4TZDA 2QWEA 3M2MA 1QOSA 2P37A 5KXEA 2CL2A 1KJLA 4YGDA 2HU4A 1BKZA 2F0ZA 1R1ZA 4FOQA 1W6PB 4M4UA 2ZACA 5T50A 2XCYA 2GNBA 1CIWA 1HKDA 3B00A 5HUNA 2DV9A 1N1YA 1A4QA 4DRRA 3FUQA 4P9WA 1MACA 2PHUA 3C2UA 1SLIA 3CNAA 5FREA 2QWAA 1F8BA 1V0EA 3PVNA 1LGNA 5GLWA 2UU8A 3K38A 2JD4A 3INAA 4LBJA 1W6OB 1W0OA 2VW1A 1W6PA 2R1BA 4GWNA 1WCSA 2P3IA 2VY0A 3B9CA 2R49A 5LK5A 1NN2A 1PZ8A 3TICA 4GEZA 5JOYA 2ES3A 3WCRA 5GALA 3TIBA 1GANA 2JDZA 4MZAA 1WBFA 1AX2A 1MVEA 2UWBA 2GNMA 1Q8QA 4BMBA 3FLTA 2A70A 2F12A 4Y20B 2QWJA 2GN7A 1NMBN 1W6OA 1QF3A 4LBNA 4M3MA 1Z4WA 3UL2A 3N7LA 2F28A 1LESA 4XXPA 4KS5A 4M4NA 1QOTA 5B2DA 4DGRA 1GLHA 3K3AA 4FPKA 1GSLA 4YM0A 5HUGA 4GJTA 5AVAA 5DUWA 4MYEA 3IM0A 2D3PA 2XG3A 4YG3A 3AX4A 2R0FA 5GZDA 4Y20A 2CYFA 4K3YA 3SISA 3N36A 1V2IA 4Y22A 5HUMA 2VSKA 2ZHMA 4L8QA 2JECA 3MPPG 2ZGTA 1L7HA 3VKNA 3INBA 4XXAA 1EUSA 2QWHA 4B7MA 2W38A 1GKBA 2OW4A 3RG0A 1SBFA 4M3CB 2EAKA 1QDCA 2CWSA 3RQ0A 1IKPA 2R0HA 1QNWA 2WSVA 4FPHA 1C57A 4HIZA 2VU9A 3D12A 1INXA 3WG2A 2ARBA 2PHXA 1NNCA 1NNAA 4MJVA 2HTVA 1YYNA 2AREA 3RMYA 3M3OA 1S0JA 4CPMA 4C1XA 5E89A 1V0ZA 1B9SA 3OBTA 4SLIA 1B09A 1BQPA 2Q5TA 2VVZA 4M3CA 3ENRA 1E8VA 1FNZA 2NN8A 3O9JA 3IPVB 4XJUA 5IK5A 5JLVA 3H73A 3I8TA 4AVSA 1DGLA 4LBKA 3H6JA 3SH5A 1LCLA 1E8TA 3AFKA 1S0DA 4B7JA 2A5ZA 1V3EA 1FATA 1DYPA 1Z0HA 1JOJA 4XMAA 2PHWA 3B3QE 3ZVXA 4GZWA 2GMMA 1LOFC 1XQNA 4BOWA 3DGTA 4ATFA 4UW5A 4WV8A 3IPVA 4XTPA 4Y1UA 1NCDN 1MZ6A 2NMOA 1WD3A 4JC1A 2A6VA 1NLSA 4ASMB 3AJYA 4Y1VA 3SNMA 4R9DA 2GALA 1V3BA 4YFWA 5IK4A 2CWMA 4YGCA 4GALA 3FFZA 1VALA 1SLCA 1A4GA 4K20A 4RA0A 4RL7A 2V73A 3BODA 3T1EA 2KM2A 4ITCA 3BIWE 1G9FA 3TIAA 2YA4A 5IK8A 1W6QB 1SNTA 2NMNA 2RKCA 4ZKTB 2CTVA 1PZ7A 2BZDA 4DS0A 1MS0A 5SV8A 4KS1A 4GA9A 2F25A 1DIWA 2ZHKA 3WG1A 1AJKA 5HCBA 4QN4A 2W08A 2A6ZA 3K36A 1HLCA 2W52A 1X50A 3HR9A 1HQLA 1OQ1A 4HANA 1W6QA 3T2TA 4OZXA 1EURA 1GZCA 2ZBJA 2AGSA 3D11A 5DUVA 1IS5A 5B2CA 1MS8A 1V3DA 3UJOA 2CNAA 5DUXA 3ASIA 4XJZA 3AZWA 1LHOA 3O0XA 2BATA 4MWRA 4FPYA 1CJPA 2WSUA 2DU1A 2QWFA 2ARXA 2BQPA 4GKYA 1V6MA 1I3HA 4FJ6A 3VKLA 5CB7A 1QGLA 1OFSA 1L7GA 3RSJA 2V5YA 2F10A 1INVA 1FX5A 2R16A 1ULCA 1BJQA 1Z50A 2YA6A 2C4AA 3AXDA 5HX0A 3TI4A 2HTRA 1S0GA 4F83A 2ZZJA 3M3QA 5T5OA 1W6NB 4M3CF 2B8HA 1O4ZA 5CA6A 1AX0A 3OY8B 3T1LA 1GYKA 4DQAA 2WT1A 1LOCA 2GMEA 2D43A 5DXDA 1E8UA 1V6LA 1LHNA 2ZHLA 5E88A 3R05A 3FLPA 2ZGUA 2Z42A 3AJZA 5JOXA 2DVGA 1A8DA 1UPSA 3GALA 3HN1A 4C1WA 2VK7A 4UW6A 1AZDA 4KBBA 4QN7A 1W6NA 1INFA 5HCFA 1UZYA 2ZHNA 4MWWA 2HTWA 5E8AA 3OY8A 2NYYA 2FMDA 1LODA 2QWBA 1RIRA 4XHXA 5DZEA 1N47A 4ISRA 4QNPA 3TI8A 2A7AA 4M00A 1VCUA 1V6OA 5GLUA 2WQZC 2ZABA 1C1FA 2VK6A 1Q56A 2YDPA 3AP6A 5T5LA 3O5SA 2VK5A 4GZPA 1IVEA 3W59A 2ZGRA 1H9PA 4YZ2A 3MW2A 1ULFA 2ZKNA 2ZMLA 1GZWB 5EYYA 2F29A 1DQ1A 3A0KA 2AEQA 4MWJA 2ZMNA 4B7NA 3AXEA 2PHRA 3WDXA 4XJ8A 2YA8A 1FV2A 1QNYA 4FOWA 1DYKA 2QWIA 4GDIA 2UWCA 1ENQA 3Q9OA 1SO7A 1G86A 2QWGA 1VAVA 2GNDA 2ZGSA 1H9WA 1IVCA 3A72A 1ENRA 4NC5A 1B9TA 1MS5A 4QN5A 1GZWA 3TI3A 3NV1A 3BTAA 4XJAA 1UX6A 2A71A 3RRDA 1EPWA 3FBYA 2ZGQA 1LEDA 4Q1RA 4JF7A 4H53A 2UURA 1W6MB 4DRVA 4DFSA 5DZFA 2AYHA 1WLWA 4ATEA 1PZ9A 5T55A 3LSEA 2WT2A 4IQPA 4P14A 2DUQA 3W09A 1YO8A 4R9BA 4Y22B 3WZ1A 1A3KA 4U36A 2PHFA 2EXJA 4CRQA 3TAYA 4FOYA 4WA3A 4LBQB 1FYUA 4AGGA 4MX0A 2VH9A 2DURA 1S0IA 3WDYA 3M3CA 1EUTA 2A6YA 1F9KA 2EXHA 1LEMA 3R4SA 1W8NA 3VKFC 5GLTA 1S0FA 1W6MA 2DVFA 3ZSLA 3SILA 1Z4VA 2ZB6A 2D7FA 2H0BA 1DFQA 4WA5A 4BBWA 3SANA 1LHVA 2DVBA 1Q8PA 1Z78A 1UAIA 2D44A 5DZGA 1WBLA 4LBQD 4UW4A 4LBQA 1MR5A 1LULA 4YZ4A 4K21A 5EXOA 4CPZA 3ILFA 3AYCA 3FLRA 4XHBA 2AEPA 1DQ2A 1LU2A 2LTNA 3VKOA 4XBQA 3SH4A 3UK9A 1F8DA 3WDTA 1APNA 2GNTA 1V0FA 3ALXA 4XJ9A 3VV1A 1ZA4A 3IKWA 4FPEA 1MS3A 5GM0A 1W20A 1L7FA 1URXA 1UMZA 5H9PA 4PQ9A 3AYDA 2ZGNA 5CNAA 1V6JA 3WCSA 3JUUA 2VSMA 4K1JA 5GLZA 4FQZA 4AWDA 1MVQA 4MWXA 1ENSA 3POWA 3JU9A 7NN9A 1YI7A 3B7EA 4P9YA 3USUB 1DLLA 4YGEA 1DZQA 3ZXJA 1V6KA 3GVKA 3GNEA 4K1ZA 1WUVA 2BERA 3V0BB 4Q8LA 2NZ9A 1XOGA 2ZGPA 4K1KA 4JRAA 3VKMA 1WCQA 4KS4A 1NCBN 4UW3A 3OPZA 2WNEA 1QOOA 2YROA 3V65A 1HQWA 4FQ4A 2EXKA 2A3YA 3POYA 2DTYA 2WJSA 2DU0A 4MWQA 5EYXA 1Z4ZA 2YMZA 3I4IA 3H71A 3USUA 4FVVA 3A0NA 3WNXA 1VCJA 1DQ6A 1JUIA 1H30A 1QU0A 5DG2A 3V0BA 2VW0A 4XE9A 2WLQA 1CN1A 1JN2P 1KDKA 4BM8A 1J1TA 4YW2A 1LENA 3AK0A 2I2SA 2JKBA 3R4UA 3T1MA 1S0BA 4QN6A 5CBLA 4CPOA 3JU4A 4GZSA 5DUUA 3PMEA 4M01A 2D3RA 3ZPYA 3ZXEA 2HTYA 3PJQA 4FP2A 5GJ6A 5JOWA 2HT7A 1JW6A 2OUHA 2QWCA 1LOGA 4K1YA 4MWUA 1G7YA 4LBMA 4FPGA 3QLQA 4R9AA 2LALA 1GBGA 3OYWB 5EWSA 4GZQA 4I00A 3ZXKA 2F27A 3WDVA 3A4UA 5IT6A 4NO4A 3RS6A 3OGGA 1LOEA 2YV8A 1FV3A 3TI5A 2YY1A 4FPFA 4XOGA 1C1LA 4TYSA 4HZZA 1SLAA 3ZYPA 1BZWA 3MEPA 4PBPA 1G9CA 3LCPA 1INYA 1LOAA 1LGBA 3OYWA 1Z4XA 1IVFA 4CPNA 2SILA 2VW2A 3AZXA 1YRZA 1Z4YA 2EIGA 4GWMA 1IOAA 3AP5A 1LTEA 4MWYA 4LBOA 3AZZA 2WKKA 1GNHA 4MC7A 1ULDA 4H52A 5KXDA 3O9KA 2DWRA 2A6WA 1A78A 1W1XA 1D2SA 3M1HA 5T52A 4GB1A 5JMCA 3WDUA 4LBLA 4Y1ZA 2W39A 5JYYA 4XBLA 1INWA 1V00A 2PELA 1DQ5A 4WZFA 2ZGOA 4YZ3A 4D69A 4CPLA 2W5OA 2RHPA 3SH3A 2DVDA 2PHTA 4Q27A 2UWAA 4XDQA 1A14N 3OBRA 4AVVA 3ILNA 3MW3A 4FVKA 1SACA 2DYCA 1WW5A 1Q8OA 1F8CA 1NMCA 2DUOA 4PF5A 2BF6A 5JVVA 1O4YA 2AR6A 1CR7A 3WHUA 4WA4A 3POSA 5L73A 1C4RA 3N3HA 3NV3A 3O0VA 1BJIA 3K37A 1CVNA 4FOVA 5GZEA 2TEPA 3IN9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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