1MS5A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, soaked with n-acetylneuraminyl-a-2,3-thio-galactoside (na-s-gal)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYFFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 177
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms5A01
1GSLA 1Z50A 3VKLA 4M00A 1LODA 5HX0A 4MWVA 2Z42A 4QN5A 1YIFA 3OYWA 1INFA 4ISQA 3T1EA 1S0EA 1DBNA 3MPPG 3WDXA 4HANA 2HTRA 3WV6A 1GKBA 3JUUA 5DZFA 3AZVA 4XE9A 1LEMA 2WNEA 3M3EA 1IVCA 5T50A 4XMIA 3I8TA 2GNTA 1DYKA 1V3CA 1SLAA 2QWAA 2E7QA 2DVDA 2HYKA 4Y22B 4MZAA 3ZYRA 2P34A 5IK8A 2ZGNA 1QDCA 3V0AB 1W6PB 2F29A 5HUKA 4RA0A 4AWDA 2A3WA 2NZ9A 4NCSA 1N1TA 1LHNA 1QNWA 5GM0A 3LSDA 4QNPA 4J9TA 1IS6A 3H6JA 4X6KA 1LOAA 2GNMA 2HTQA 4MJUA 4LBQA 4GZQA 1W6QB 2YZ4A 4GKYA 3IKWA 2C5DA 1W20A 5T55A 1CN1A 3WHTA 3T2TA 3JU4A 4XIOA 3L2YA 4K1HA 1EPWA 3N7LA 1S0GA 4MC7A 2ZB5A 2P3JA 4AVVA 2F24A 1Z4WA 5EWSA 4Y1VA 3O9JA 1NMBN 4B7NA 5HCAA 3FLTA 1INWA 4XBQA 3T1LA 3GVKA 1O4YA 3RMYA 1QNYA 1WLWA 3SANA 4WEFA 4GXLA 1LOGA 2AENA 1MR5A 1SCSA 2D3PA 3DUIA 1S0DA 5IUQA 2AGSA 1SLCA 1H9PA 1N3OA 1Q8VA 2EXKA 1GZ9A 2P3KA 1DIWA 4K20A 2A70A 4GKXA 2HTUA 4B7QA 4C1WA 4YM0A 4XBLA 4KS1A 4KBBA 2R49A 2LTNA 4FZHA 1CR7A 1MACA 2ENRA 3USUB 4HZVA 1YO8A 2W39A 5EYXA 4PQ9A 1CESA 4CPZA 1INXA 3GALA 3H73A 4CPNA 2JKBA 2R0FA 2ZHNA 3NV3A 4CPLA 1Z4VA 3KQRA 1MS1A 1SLLA 1SBDA 2DURA 2F13A 4Q2FA 4FPLA 1KDKA 2VK5A 2AEPA 1W6QA 2AYHA 1KJRA 3N35A 3WUDA 1CPMA 4YFZA 4Y1ZA 4GZSA 5HUNA 3IN9A 4DS0A 5JOYA 2WLQA 5T5LA 3B3QE 3ZSLA 3TICA 1AZDA 1N3PA 3SH5A 3ASIA 3RQ0A 4WA4A 1SCRA 4YM2A 4M01A 5IT6A 5AVAA 1A4GA 1VAVA 4MWRA 3FLRA 1J1TA 1LHUA 2P2KA 2KM2A 1ZA4A 1ULFA 3ZXKA 2VW2A 2ZGKA 3FUOA 4YGCA 3MW3A 2ZAAA 2A6WA 2PELA 5GLZA 4NC5A 3SISA 5GLVA 2EXJA 4K1ZA 5DUVA 2NYYA 4YM3A 5HUMA 2DVBA 4GEZA 4FOVA 4GA9A 5JYYA 3SNMA 1DYPA 3BODA 5T5OA 5KXDA 4FPYA 1VALA 3IM0A 2D3SA 2R1BA 1GLHA 4M3CB 4GZTA 1I3HA 3ZXLA 3PMEA 4UW5A 4HZZA 1NLSA 5T54A 4M3CF 1WCQA 1KITA 2F26A 1NCBN 3BTAA 4XTPA 4XOGA 3V65A 5B2CA 4GALA 4ZKTB 3M3QA 1Q8SA 1HKDA 2HTYA 2D6NA 4GDIA 3D5OA 1B9VA 1GZWA 1MS3A 2D44A 3DGTA 2YDPA 1KDMA 1WW6A 5CAZA 1F8BA 5T52A 1JHNA 1INHA 1LENA 2D6OX 2Q5TA 1V3DA 1SLTA 1EURA 4FPFA 4NO4A 1V6IA 3N7MA 1URXA 4YW3A 2HTWA 1V0ZA 1DZQA 3U4XA 3SH3A 3SLIA 2ZHLA 5EYYA 2DU1A 1C1LA 4FPHA 1YI7A 3QLQA 2D6LX 3WG2A 2EXHA 4WVWA 2ZZJA 1FV3A 2QWKA 4BQ1A 3V0BA 3PVOA 2YA5A 5B2DA 1CONA 2PHTA 3AYDA 4YZ1A 4BBWA 2AUYA 2UWAA 4FVKA 4LBJA 1W6MB 1LJ7A 1S0FA 1YYNA 1EUUA 2SLIA 1QF3A 3B9CA 1AXZA 3CKZA 1IS3A 2VWDA 3K36A 3WG1A 4WZFA 1GV9A 2NM1A 4XJ8A 4FPGA 3N36A 4JCKA 4P9YA 3ILRA 5CA6A 4YZ5A 3AP9A 3WCRA 2ZGQA 4I30A 3R4UA 3RG0A 5FREA 2YA4A 3AXDA 3AJZA 1Z78A 2D7FA 4HIZA 3OY8B 1LOCA 1OKQA 2A6ZA 3WLUA 1NMCA 1A8DA 1MS0A 3GNEA 4FPJA 1MWEA 3ZXJA 1V0FA 2ARBA 4M3CE 2F27A 1UKGA 2ZGSA 1BXHA 3GVJA 4Y24A 4CZSA 1W6NB 4XJQA 2UWBA 1E8TA 5CB7A 3QCWA 4BLJA 4TZDA 1S0CA 1IOAA 4BMEA 1G9AA 3BIWE 4XHXA 3OGGA 2XZIA 2EAKA 2ZGRA 1WCSA 2NP0A 2WT1A 2P3IA 1GBGA 4YFWA 4GZOA 3W59A 4GZXA 4YW1A 2ZMNA 3TI8A 4BLIA 4U2AA 1UL9A 1V00A 3AYEA 3O0XA 1C1FA 3PVEA 4FP2A 1SLBA 2EXIA 2CY6A 1QGLA 3W58A 1EUSA 1LCLA 1LULA 1CQ9A 2ZGPA 4Q8KA 1LHOA 2JJ6A 2QWEA 4IQPA 3VKFC 2DUPA 4QN3A 4MX0A 2GMPA 5GZFA 1IVEA 1WLDA 2DVFA 3O9KA 4K1KA 3UL2A 4GDJA 1BQPA 3SH4A 2CMLA 4PBOA 3IPVB 5DZGA 3CYEA 1DQ4A 3RS6A 1G8WA 1SO7A 1O4ZA 3LSEA 2E51A 4M4VA 4PBPA 3ZVXA 1W0OA 4XIKA 3M2MA 3D12A 2ZMKA 4CPYA 2X9MA 2XG3A 4NN9A 1NN2A 4C1XA 4ISRA 3POSA 1DQ0A 5GZEA 1F9KA 2YROA 1DLLA 5DG2A 3NV4A 4M4UA 4YW2A 3ZYPA 1NSCA 4FPCA 1NCCN 5KXBA 1QDOA 2R0HA 3VKMA 1AXYA 1CVNA 3ZSKA 2QWGA 2YA7A 2A7AA 1VIWB 3WDWA 4Q1RA 5H9RA 2FHRA 4JF7A 3ZPYA 1A78A 2VSKA 4ATEA 1HDKA 1JN2P 1IVFA 3AP4A 1W6OB 2CL2A 2F12A 2WT2A 4Y26A 1X50A 2VK6A 3K37A 2F0ZA 2HT7A 4CRQA 3TI5A 2H0BA 5GJ6A 5IK7A 2ZABA 1UX6A 1V2IA 3D11A 1L7FA 5HCBA 4BM8A 1V6LA 3ILFA 1QKQA 5JOZA 2HU4A 1RIRA 4YG0A 3H72A 3MW4A 2DVGA 3HR9A 1SLIA 1SACA 4YZ4A 4WEGA 4Y22A 4B7MA 3VKNA 4WA3A 4P9WA 4M4NA 4QN4A 2B8HA 3V0AA 1W6PA 1DHKB 1QMJA 1BZWA 1Q8QA 4FOYA 2OUJA 3W09A 4OZXA 2VSMA 1W1XA 3AFKA 2XZJA 1R1ZA 4YGEA 2VVZA 3K39A 1IVBA 1G9BA 3FLPA 5JDBA 2WKKA 1LOFA 1QOOA 2ZB6A 2UU8A 1D0HA 3WDYA 1L7GA 2W38A 1AF9A 1MS4A 1USRA 4K21A 1QOTA 2AEQA 1MZ6A 4XTMA 4MWLA 2BATA 3ENRA 4FVVA 1H30A 1LHWA 1OFSA 5DG1A 1L7HA 3SITA 1N1SA 1AVBA 5F9TA 5E89A 4AGRA 1NSDA 3INBA 1BKZA 1S0JA 1ULCA 1F8CA 2QWBA 3ALXA 1SBEA 1S1AA 1RINA 1DFQA 5DXDA 1G86A 1ULDA 3R05A 1IVDA 4ITCA 2C4AA 3CL0A 4K1JA 2W52A 4Q26A 5GZDA 1JBCA 1WBFA 2CNAA 2AREA 1LOFC 1AX2A 4Q8LA 1A14N 4CPOA 1LEDA 3N7KA 3C2UA 1IS4A 2P37A 1Q8PA 2WSVA 2VH9A 2WQZC 4R9BA 1W8OA 1WLCA 4DFSA 1NXD1 4JRAA 5DUWA 3USUA 3VKOA 4XBNA 3WDTA 3AP7A 3K3AA 4YW4A 1W8NA 1DQ2A 4P9XA 4XJWA 1XOEA 5DZEA 3WDUA 1WW5A 2F25A 4XJUA 1ENRA 2R1DA 1BJIA 2OUHA 3M3OA 4R9AA 2QWJA 2A5ZA 2GNBA 4ZXKA 2VK7A 1PZ7A 2C9AA 2GDFA 1JUIA 4PF5A 1D2SA 4MWQA 4Z8BA 4HZXA 4YGDA 3O12A 1CJPA 4FQ4A 5LK5A 4I00A 4D69A 4LBNA 2DWRA 1NNBA 5KXEA 3B69A 2DUOA 4AVTA 1MS5A 2A71A 3WHUA 4Y20B 1VAMA 1WBLA 1VCUA 3POWA 2A3XA 2HT5A 4RL7A 3ZSJA 4NOTA 1KRIA 1ENSA 1BJQA 3WNXA 1N47A 1MS9A 2GALA 3OYWB 3AZXA 1H9WA 1BYHA 1Z0HA 5H9SA 3TAYA 1HLCA 5JMCA 2NMNA 1C57A 1LU1A 1TEIA 1DQ1A 1G7YA 1LGBA 1G9CA 1WW7A 1B9SA 4HZWA 1V6OA 3NWKA 4LBOA 2OW4A 4Q27A 1S0BA 3POYA 4FJ6A 2W08A 4Y1UA 1N3QA 3GVLA 4GZWA 5JOWA 2E53A 4M3CA 2R16A 2VW1A 1N1VA 3TIBA 3V64A 1UPSA 4YG3A 2OVUA 4KS2A 1IKQA 4YM1A 3OJBA 4HL0A 1WW4A 4YZ2A 5T5PA 4DRRA 1A4QA 2WSUA 2QWIA 3FUQA 2EF6A 3AXEA 4R9CA 4WV8A 1ZM1A 1AXKA 3VUOA 3O0WA 1LECA 4P14A 4FPOB 1IKPA 1Y7BA 3KM5A 3N3HA 4H52A 3OBTA 1W0PA 2F28A 1RITA 3HN1A 1NNAA 1GICA 1S0IA 5HUGA 3ZXEA 1GANA 2HT8A 1LOBA 4GJTA 2JDZA 4KS5A 3APBA 1N1YA 2ZA9A 2YMZA 4B7JA 4Y1XA 3NSSA 1Z4YA 4B7RA 1APNA 4LBLA 4FP3A 2ERFA 2A6XA 3ZXFA 2ZGTA 1MVQA 1JW6A 2AH2A 1W6MA 1NMAN 3ATGA 3TI6A 3ALWA 3TI3A 2VUAA 2QWCA 1AX0A 4Q6KA 2D6PA 2ZKNA 3Q9OA 1V6NA 2ZGMA 4KS3A 1I1EA 3T1MA 2QWHA 3INAA 3PVNA 4LBQD 3AYCA 2GMEA 2GN3A 1VLNA 1V6KA 4SLIA 1IVGA 2WJSA 2BQPA 2VXRA 3K38A 4MYEA 2CWMA 4FPEA 1NSBA 1FX5A 1W21A 2E6VA 2DYCA 5HCFA 3OY8A 1LGNA 3A72A 4XHBA 2G4IA 1JOJA 1E8UA 2A3YA 5SV8A 4DPNA 4KS4A 1ULGA 2I2SA 3SALA 2YA6A 5EXOA 4CPMA 3M1HA 2W68A 3TIAA 1W6NA 1INYA 4Q1PA 1YRZA 2W20A 1A3KA 2ZACA 3B00A 1OQ1A 4ASMB 1LGCA 2VU9A 4TYSA 2CTVA 3A0NA 4MWWA 3UJQA 1FAYA 2YV8A 5GZGA 2ZHMA 2JECA 1Z4XA 3H71A 3D6EA 4XXPA 2ZGLA 1AX1A 4AGVA 2DV9A 1VCJA 5E8AA 2QWFA 4MJVA 1HQLA 2ARXA 1FNYA 2GNDA 3AX4A 3B7EA 4XYXA 4GB1A 4W65A 4AGGA 1FNZA 2PHUA 1GYKA 4H55A 1F8DA 1QOSA 2CYFA 5JOXA 1NCDN 4LBKA 2V73A 2TEPA 4H53A 4YG6A 1LESA 1ENQA 3WG4A 2RKCA 1CPNA 2W5NA 3M3CA 1ONAA 4LBMA 3NV1A 1PZ8A 2A75A 5H9PA 2A6VA 3IPVA 4BMBA 1B09A 2PHXA 5DUUA 6NN9A 3A0KA 1WD3A 1V3BA 1PZ9A 3RSJA 4DRVA 4BOWA 2ZMLA 2QWDA 2F10A 2BZDA 4FOWA 1GZWB 3TB0A 4M3MA 5CBLA 2D6MA 2VY0A 5FRAA 3A71A 2PHWA 2DUQA 3AP5A 2NMOA 4YZ3A 2YXSA 2JD4A 2V5YA 3MW2A 3CNAA 3AZYA 3B01A 5M1ZA 1MS8A 4GWMA 1V6JA 2HTVA 1JXNA 1AJKA 2NN8A 3RRDA 1G9FA 3RMXA 3O0VA 1ULEA 1KQRA 1NCAN 4X49A 1JYCA 5F5QA 4FPKA 5NN9A 3ZSMA 4WA5A 3I4IA 2YY1A 3IMNA 4XJAA 5GZCA 1W6OA 1F31A 4YW5A 1WUVA 1LHVA 2BF6A 4YGBA 5JLVA 3NV2A 4XZPA 3V0BB 5GLTA 3VV1A 2BERA 3SILA 1MZ5A 4F83A 2D6KA 4MWYA 4DQAA 2F11A 3A4UA 4XDQA 2HU0A 2DVAA 2GN7A 2PHFA 1AJOA 4MWXA 1V3EA 2EIGA 4L8QA 2B7YA 3AZWA 3AK0A 2SILA 1FV2A 3TI4A 3AJYA 1U0AA 4XJ9A 3OPZA 1SBFA 4PCRA 1FATA 1GZCA 2A6YA 1UAIA 3WUCA 3D4KA 2UURA 5GLUA 1XQNA 1YXWA 1SNTA 1USXA 4U36A 1INVA 4BPZA 3N7JA 3FFZA 1SFYA 1IS5A 1F8EA 4X4AA 4K1YA 2E7TA 3JU9A 1UN1A 5H9QA 4UF7A 3MEPA 5T5JA 1QU0A 1NNCA 1Z4ZA 4WVVA 2ES3A 1E8VA 4QN7A 3HMYA 2JE7A 2D3RA 1DIMA 3BEQA 4D8SA 2UWCA 3PJQA 2DTWA 3UJOA 4XJZA 5DUXA 1HQWA 4FOQA 2YDTA 2D43A 1JYIA 1CIWA 2AR6A 3CL2A 5GALA 4GWNA 5BYNA 3BOPA 3WG3A 4UW6A 5IK5A 2SIMA 2XCYA 3OBRA 1Q8OA 4QN6A 1DGLA 2XB6C 3R4SA 2WT0A 1EUTA 1F5FA 2ZBJA 4AYUA 2LALA 2YA8A 3WVJA 2JE9A 1LU2A 1XOGA 3WDVA 1LOEA 3ILNA 3H0OA 2RHPA 4FQZA 4MWUA 4Y1YA 4MZEA 1UZYA 5CNAA 1FYUA 1GNZA 3AYAA 4HZYA 4UW4A 1KJLA 7NN9A 2XZKA 4XMAA 4XJRA 2CWSA 2SBAA 4JC1A 1DILA 1UMZA 3AZZA 1B9TA 2ZGUA 2C4LA 1LTEA 5KXCA 5E88A 2ZGOA 4X47A 4YLZA 4UW3A 1UZZA 3WZ1A 4ATFA 4CTEA 3AP6A 1MVEA 4LBQB 5IK4A 5JVVA 2DU0A 2DTYA 4AVSA 1V6MA 3LCPA 2GMMA 4XXAA 1V0EA 2PHRA 3WOGA 4GZPA 4DGRA 4MWJA 1G9DA 2FMDA 4XILA 1C4RA 1DQ5A 4K1IA 2W5OA 1DQ6A 1INGA 1Q56A 5L73A 1WD4A 3NN9A 4R9DA 3FBYA 3UK9A 4Y20A 3O5SA 5GLWA 2EALA 4K3YA 2ZHKA 1GNHA 3WCSA 2VW0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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