1MS8A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
633
structure length
624
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 185
structure length 624
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms8A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms8A01
1B9VA 4YLZA 3A0KA 4WA3A 1INFA 1I3HA 3H71A 1LOEA 1DQ5A 4YM3A 3T1EA 2D6NA 2ZHNA 1ULCA 2F11A 5JMCA 2C5DA 1YYNA 4PBOA 4XIKA 1INHA 2B7YA 2E53A 4ZXKA 2HT7A 3GVLA 1XQNA 2YDTA 5DUUA 4CTEA 1SNTA 1OFSA 1NNBA 1HQLA 4XJUA 3FUOA 3OBRA 2KM2A 1UMZA 3WUDA 2W39A 1QF3A 1WCSA 2ZMNA 1MZ5A 1LESA 3ATGA 1HLCA 1DIWA 3PJQA 1DQ0A 3W09A 2HTQA 1H9WA 2TEPA 4K1IA 5FRAA 4YW1A 5HUGA 1DQ6A 3WDTA 4XBNA 2SLIA 1V6IA 5HUKA 1F8BA 3SH5A 1JOJA 3HMYA 1R1ZA 4FVVA 4CZSA 4ZKTB 1EURA 3B3QE 4YZ3A 2WNEA 4MJVA 4AVVA 4YG3A 1DZQA 2UWBA 1D0HA 1CPNA 3IPVB 1QKQA 5GALA 1C57A 1V6OA 5GJ6A 4YM1A 2ZGOA 1JBCA 2DURA 2D3SA 2WQZC 4BLIA 4KS2A 2FHRA 4XJAA 4K1ZA 4ATEA 3SH3A 4D8SA 4GEZA 3KM5A 3WOGA 1F9KA 2DUQA 4XTMA 1INGA 3PVOA 2HYKA 5IK5A 3AYEA 2XZJA 4YFZA 1N1YA 4XJQA 4DRVA 4B7JA 1AJKA 2P3IA 3TIBA 2GMPA 2DTWA 4YG0A 5HCFA 2UWAA 3MW2A 3USUB 2VUAA 3OYWB 3RS6A 2AGSA 1V0ZA 1W6PA 1IS3A 4W65A 5JOXA 1CR7A 1F8EA 1F5FA 4DGRA 2DVFA 3ZSJA 4FQZA 2OUJA 4CPNA 1LU2A 3U4XA 3ZYPA 4XJRA 4GALA 4LBJA 5HCAA 2ARXA 2CMLA 1V6MA 4GZWA 3NV2A 4ITCA 4HZVA 1AJOA 1Q8QA 2QWBA 3N7LA 2ZGPA 3OY8A 1F8DA 1KITA 2EALA 3O0XA 1UPSA 1YO8A 2W68A 1WLDA 1Z4YA 4FPFA 5JYYA 4FOWA 1QU0A 1Y7BA 3W59A 1LHWA 2VVZA 3A4UA 5F9TA 5DG2A 3AZWA 3AXDA 4B7RA 2ZGSA 2Q5TA 4PQ9A 3WG1A 4QN3A 2JECA 1Z4WA 2GMMA 1GZCA 4H52A 4U2AA 1S0EA 4WV8A 1UX6A 1LECA 3V0AB 3VKFC 3BODA 5DUXA 2F24A 1WW4A 3ILFA 1DFQA 2NYYA 4UF7A 1CIWA 4PCRA 3O12A 2ZKNA 2SILA 4DQAA 3A71A 2OW4A 3AP5A 3ZYRA 1UL9A 4SLIA 2WLQA 1N1TA 3ASIA 2D6PA 3AYAA 2HTYA 2HU0A 4R9BA 1V0FA 1GZWB 2ZB5A 2ZHLA 3N7KA 1W6MA 4Y22A 1LJ7A 1QDOA 4XILA 2CY6A 4NC5A 4Y1YA 1LGBA 1B9TA 4XMIA 2D43A 2YXSA 2AENA 2F10A 1SCSA 1UZYA 2VU9A 2ZGUA 4MZAA 2BERA 1B9SA 1IVBA 4YZ2A 2VWDA 3INAA 1A14N 4FPLA 4Q27A 1IS5A 3WG2A 2QWHA 2QWAA 1GBGA 2DVDA 3O9KA 4M4NA 4XJ9A 3RG0A 1NMAN 2EF6A 3ZXFA 2CTVA 1JN2P 1E8UA 1IVGA 4M3CA 2GALA 3N36A 4BQ1A 4HIZA 3MW4A 2WJSA 1ZA4A 4YGCA 3QCWA 1EUTA 5T50A 1FNYA 3V64A 4K20A 1MS8A 2ZBJA 1BZWA 3ZXLA 2YA7A 3K36A 1QOOA 4KS1A 1WUVA 3I4IA 4MC7A 2AR6A 1VIWB 1ULFA 4WVVA 2EXHA 1USRA 1SLCA 6NN9A 1JYIA 3GVKA 2VY0A 1HKDA 4U36A 1LOAA 1MR5A 4X47A 4YW2A 4C1XA 4YZ5A 3K3AA 2D6OX 1SLTA 4GZSA 2P34A 1WBFA 4Y1UA 4WA5A 3R05A 1MACA 1ENQA 1V2IA 3KQRA 4MWWA 1GLHA 2ZGQA 3LSEA 1V6NA 4TYSA 5GM0A 2NP0A 1V3BA 3D12A 4XZPA 2WSUA 1IS6A 1W8OA 4MX0A 1W6PB 5GLVA 3PVEA 4FPJA 5LK5A 2D3RA 5H9SA 5IK8A 4YG6A 2HT5A 1Z0HA 4YM2A 1LEMA 1BQPA 4XXPA 3T1LA 2ARBA 1ENSA 2GDFA 4M4VA 3M3QA 4PF5A 1A78A 1QMJA 3VKOA 1URXA 4BOWA 4K1YA 5CA6A 3POSA 2WT1A 3OY8B 2VW2A 3UL2A 1L7FA 3IMNA 1E8VA 3BTAA 3VV1A 1KDKA 2VSKA 3SLIA 1QDCA 1KJLA 2XB6C 4XJ8A 2PHWA 1NXD1 4Q2FA 2LALA 4J9TA 2DVAA 1JYCA 4B7NA 3OBTA 2W20A 4LBKA 4FZHA 3B01A 4XXAA 4AWDA 5B2DA 4GZQA 5IT6A 1GANA 1IS4A 2ZAAA 5CB7A 4M3CE 5GZFA 1KQRA 3TB0A 4CPOA 2GNBA 1W1XA 4GXLA 4H53A 4HZWA 2ZMKA 4GWNA 4GKXA 1LCLA 1UAIA 3D4KA 7NN9A 2GNTA 4QN4A 3ILRA 1O4YA 2BZDA 1ULEA 1LHNA 1NMBN 2R0FA 2HTRA 3LCPA 1BJQA 3WHTA 4XMAA 1VCJA 1ENRA 5DUVA 2YA4A 1SLAA 2WKKA 1LOFC 1MS1A 4AYUA 5T55A 4AGGA 1MVEA 1W6MB 3H6JA 4BLJA 2BF6A 4Y22B 1GKBA 4CPYA 5B2CA 4YW3A 1NSCA 3K37A 2NM1A 2VSMA 3T2TA 1NNCA 1KJRA 1V6KA 2F27A 4QN7A 4GKYA 1S0FA 3CL0A 3NN9A 3GVJA 1G9FA 2C4LA 3TAYA 3FLTA 1VLNA 2XCYA 5GZCA 3UK9A 5GZEA 2VK7A 4XJZA 2ZGMA 2NMNA 2HTWA 3N35A 1CESA 2DV9A 3AFKA 3C2UA 3AZYA 5JOWA 2F26A 5T54A 2HU4A 1H9PA 4M3CB 2A70A 3A0NA 1LHOA 5E8AA 4IQPA 3AP7A 3SILA 5IK7A 4UW4A 2YMZA 1APNA 2X9MA 3FBYA 5CNAA 3T1MA 2AEPA 1V3CA 3PMEA 1G9DA 5EYXA 4X6KA 4LBOA 1SFYA 5SV8A 4FQ4A 4XHBA 3TI6A 2F25A 4HZYA 2VW1A 2EAKA 5CAZA 2QWCA 4YGBA 5BYNA 5M1ZA 4UW3A 2R16A 5GLTA 4MZEA 4L8QA 3A72A 4FOYA 2R0HA 1B09A 5DUWA 2A75A 3V0BA 3WG4A 2QWIA 3OGGA 4P9YA 4XIOA 5HX0A 2GNMA 1E8TA 2UWCA 2A71A 2OUHA 1CJPA 3AK0A 4D69A 4M3MA 4R9DA 2A3WA 3MW3A 4MWRA 4FPCA 2NMOA 1A4QA 5IUQA 1S0CA 3INBA 2F0ZA 1LOFA 1N3PA 1MS9A 3SH4A 3W58A 3M3EA 1HQWA 1IVEA 2QWGA 4RA0A 4GZPA 1C1LA 4P9XA 2V5YA 2GN7A 2P3JA 3D11A 2ZB6A 2G4IA 4XDQA 3AZZA 1A3KA 2A5ZA 1D2SA 1W8NA 2BQPA 1AX2A 1FYUA 5CBLA 4KBBA 1UN1A 4LBMA 2A3XA 2E6VA 2OVUA 2EXKA 2GNDA 1BXHA 2W38A 3ZPYA 4C1WA 1JHNA 5GZGA 4DPNA 3M2MA 1VALA 2HTVA 4XYXA 1HDKA 3VUOA 4WA4A 4ATFA 5AVAA 3WZ1A 3AJZA 2D6LX 2A6ZA 2JE9A 2R1BA 4YGDA 4XE9A 5DZEA 2I2SA 4BBWA 2JKBA 3B69A 2ZGTA 1CN1A 1UZZA 2PELA 1AXZA 2C4AA 2P37A 2WT2A 3SNMA 2YV8A 4P14A 5GZDA 2ZHMA 1F8CA 2ENRA 5JOZA 3SANA 3AX4A 1L7GA 1Q8PA 1V00A 2W5NA 1CONA 1NCCN 1WBLA 1ULDA 4YW4A 4MYEA 5F5QA 1GV9A 4MWQA 1LULA 1S0BA 2PHUA 2ZHKA 4GZOA 2HT8A 3O9JA 1V0EA 1MS3A 5T5PA 3AZXA 1WD3A 3M3OA 1QNWA 1SLLA 2QWEA 2W08A 3NV4A 1QOSA 4NN9A 1V3EA 2QWFA 4YZ1A 3BEQA 5T52A 2XZIA 4DS0A 2RHPA 2V73A 3AP9A 1LOCA 1GNZA 5L73A 1WLWA 2ZGKA 2D44A 3H73A 4Y20A 2D7FA 1AXKA 3CNAA 1LHVA 3TICA 3AZVA 4QN6A 3RMXA 4FPHA 1ULGA 1Q56A 1J1TA 3AJYA 4HZZA 4QNPA 3CL2A 1V3DA 1W0OA 2E7QA 3O5SA 3O0VA 4M00A 4XBLA 2YA5A 2DVGA 1SACA 2AYHA 3VKNA 1MS5A 1VAVA 1IOAA 1FATA 1DYKA 1Q8VA 2VW0A 1ZM1A 3AYDA 2EXJA 3WDXA 3JUUA 3PVNA 2YA8A 2ERFA 4WEGA 1W6OA 4MJUA 2DTYA 3SALA 1DBNA 2EIGA 4YFWA 1X50A 1Q8OA 3WDWA 4HL0A 1V6JA 1AF9A 4FPEA 1LENA 5GLUA 3OPZA 3AP4A 3V0BB 4YGEA 1GZ9A 3NV1A 2XZKA 2YA6A 4FPYA 2FMDA 1WLCA 3Q9OA 4MWUA 4X49A 3ILNA 4JF7A 5NN9A 1S0IA 1DQ4A 3JU9A 3RRDA 1G9AA 1O4ZA 4Y1XA 2DWRA 4Q6KA 5T5OA 3RQ0A 4GZTA 2F13A 3O0WA 2JDZA 2HTUA 2AUYA 1BYHA 3NSSA 3ALWA 3NV3A 1INWA 1SLIA 3BIWE 5EYYA 2CL2A 3ZSKA 3WLUA 3WHUA 1NCDN 5DXDA 3VKLA 3UJOA 2ZGRA 3JU4A 1XOEA 1WW6A 3WV6A 3L2YA 2F12A 1OQ1A 4XBQA 2W52A 1YIFA 1SCRA 3B00A 5EWSA 2XG3A 5FREA 2AEQA 4R9CA 3D5OA 4FVKA 4FPOB 4JC1A 3N7MA 1F31A 2DVBA 1KRIA 3H72A 1MS4A 4MWJA 4ISQA 1UKGA 3WG3A 3CYEA 4FOVA 2WSVA 1C1FA 2NN8A 1PZ8A 3CKZA 5KXEA 4BPZA 1FV3A 2AREA 1S0JA 1FV2A 1INYA 5E88A 1DGLA 2F29A 3H0OA 1S1AA 4XOGA 4K1JA 1NSBA 5HUNA 1PZ9A 3FLRA 4RL7A 2A7AA 2YY1A 3SITA 4CPLA 1AVBA 1MS0A 3LSDA 1SBFA 1SBEA 1A8DA 3TI4A 4AVTA 1G9CA 1G7YA 2DUPA 1OKQA 3HR9A 4Y1VA 3DUIA 4Q8KA 1LHUA 2QWDA 1MWEA 4LBQD 1NMCA 2E7TA 5HUMA 3I8TA 4FP2A 4LBQB 1GYKA 2ZGNA 4CPMA 2PHRA 2VK5A 4YW5A 3UJQA 4AVSA 1W6NA 1FAYA 2A6YA 2DUOA 3IN9A 2QWKA 3WDUA 1NCAN 3FUQA 1INVA 2EXIA 5KXCA 1A4GA 1U0AA 4NOTA 2C9AA 4BMEA 2CWSA 1LOBA 4Y20B 3MPPG 5E89A 2YROA 3HN1A 4GDJA 4XHXA 1EPWA 4GDIA 1IKQA 4HANA 2SIMA 4HZXA 1G86A 4GJTA 1YXWA 1YI7A 4Q8LA 1SBDA 1Z50A 4H55A 2JD4A 1N1VA 1NNAA 1Z4XA 4PBPA 3K38A 1LEDA 5H9PA 1W21A 4K21A 3IM0A 4Q1PA 3NWKA 4MWVA 5KXDA 4WEFA 4I00A 2WT0A 3R4UA 1W6QA 1W6OB 4Y24A 4FJ6A 4M4UA 1TEIA 2JJ6A 4K1HA 5JOYA 2RKCA 1KDMA 2ES3A 3GALA 5JDBA 2DYCA 4MWXA 1Z4VA 5T5JA 3ZXKA 4GWMA 1IKPA 1LGNA 1N3OA 1S0GA 3WNXA 2ZZJA 1MVQA 1Q8SA 4UW6A 3ZSLA 3TIAA 4KS3A 1AZDA 1JW6A 1IVDA 5H9RA 4CRQA 4ASMB 3WUCA 5GLZA 2VK6A 4B7QA 2A3YA 3BOPA 2AH2A 2D6MA 4AGVA 4GB1A 5DZGA 3DGTA 4CPZA 2CNAA 1USXA 3MEPA 3B7EA 4Q1RA 1NLSA 4R9AA 1DQ1A 5JLVA 1INXA 5DZFA 1BKZA 2UU8A 3B9CA 2P2KA 3ZVXA 4YM0A 5EXOA 4JRAA 3OJBA 2ZACA 1C4RA 1G8WA 1Z4ZA 3QLQA 1SLBA 1FNZA 3IKWA 2CWMA 3SISA 3D6EA 3AYCA 1LOGA 1G9BA 4KS5A 2A6WA 2GN3A 4FPKA 1DILA 3TI8A 2R1DA 5T5LA 3N3HA 2R49A 1MZ6A 2P3KA 1WCQA 1RINA 3RMYA 1WD4A 1ONAA 3WVJA 2PHFA 3WDYA 4MWYA 1DHKB 3M1HA 2PHTA 3POYA 3TI3A 2ZGLA 5GLWA 4FOQA 3FLPA 1LGCA 4LBQA 3IPVA 2ZMLA 1WW5A 1RIRA 4FPGA 1W20A 1BJIA 2JE7A 4KS4A 4BM8A 1DLLA 2DU0A 4DFSA 4QN5A 3WCRA 2B8HA 4DRRA 2Z42A 3FFZA 3APBA 4JCKA 2A6VA 2F28A 1JUIA 3K39A 1WW7A 1EUSA 1LU1A 1VCUA 2LTNA 1Z78A 4M3CF 1XOGA 3ZSMA 2YDPA 4Y1ZA 4GA9A 2GMEA 1I1EA 4Y26A 3VKMA 3USUA 5DG1A 4BMBA 1W6NB 3OYWA 1VAMA 1GSLA 3AP6A 3RSJA 4LBNA 1NN2A 4B7MA 2QWJA 1AX0A 2YZ4A 1PZ7A 3V65A 1IVCA 4P9WA 1YRZA 1GICA 1EUUA 1DIMA 4TZDA 4M01A 1QGLA 3N7JA 1GNHA 4Z8BA 1IVFA 2D6KA 1RITA 4K1KA 4AGRA 1S0DA 2DU1A 3TI5A 1N47A 2W5OA 1FX5A 1AX1A 4LBLA 1CPMA 4X4AA 3ZXJA 1CQ9A 3ZXEA 1N3QA 4WZFA 3ALXA 5IK4A 2A6XA 4ISRA 2D3PA 3R4SA 1W6QB 4K3YA 3ENRA 3WDVA 4NCSA 2CYFA 1N1SA 4I30A 4Q26A 4MWLA 5HCBA 3M3CA 2ZA9A 4OZXA 5KXBA 4UW5A 1H30A 2VH9A 3AXEA 2SBAA 2ZABA 3V0AA 3POWA 1QNYA 5H9QA 4GZXA 1AXYA 1JXNA 2UURA 4FP3A 1CVNA 1V6LA 2VXRA 2H0BA 2PHXA 2NZ9A 3WCSA 1LTEA 5JVVA 2E51A 4NO4A 1NSDA 1W0PA 1QOTA 1SO7A 4WVWA 1LODA 1DYPA 4XTPA 4F83A 1DQ2A 1NCBN 4YZ4A 4XJWA 2BATA 1L7HA 3GNEA 1GZWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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