1N1TA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with dana at 1.6 a
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords Sialidase
total genus 179
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1tA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1tA01
2DWRA 3WDWA 2GMEA 1AJKA 1MS1A 1MZ6A 3SH5A 4MWWA 4GZOA 5GZGA 3ZXFA 3A71A 2QWJA 1LCLA 5JOZA 4XTMA 2D6LX 1A4QA 1V00A 5GZEA 3VKFC 2A3WA 2YV8A 3VKNA 1DYPA 5KXEA 4PBPA 1L7GA 1Q8OA 1MR5A 4U2AA 4XJRA 1UMZA 4K1KA 2XG3A 2CYFA 4Z8BA 3AYAA 1USRA 4K1HA 3WLUA 1H9WA 1WD4A 1Z50A 4FVKA 4LBJA 2QWIA 2UWCA 1F8BA 3MW2A 2VVZA 1AVBA 4XBNA 1NXD1 3N7LA 2HT7A 2HTVA 5H9RA 3ALWA 4YGDA 2W38A 3DGTA 3B3QE 2VW1A 2A70A 4K1YA 2A6XA 5CNAA 3VKMA 4XTPA 1NMBN 2BQPA 5DUUA 2CL2A 2D6MA 2RHPA 2DTYA 4K21A 4WA4A 4NC5A 1MS0A 1CN1A 1LHVA 1DZQA 5IK4A 1V2IA 2C5DA 4GDIA 4HZVA 1JUIA 4K3YA 2E51A 1C1LA 1F5FA 1Z4YA 4UW5A 4ITCA 4U36A 1GYKA 2OUJA 1IOAA 2WQZC 4WA5A 1VAVA 2LTNA 1W6QA 4XYXA 3ZSKA 3ILFA 2P37A 2JKBA 2XZIA 4YG6A 2R0HA 4GKYA 2BF6A 2WT0A 1V3DA 1UKGA 2QWFA 1C1FA 4Y22B 5B2CA 3WG3A 2C4LA 3SISA 3GALA 3T1EA 1UN1A 5GALA 1V6KA 3N36A 5GM0A 1I3HA 1KQRA 5E8AA 1YRZA 1Z0HA 2ZGNA 3D11A 3R05A 2R1BA 1PZ9A 1YYNA 3RRDA 1QF3A 1FV3A 2EF6A 4H52A 4YGEA 4MX0A 4L8QA 4GWNA 1ULFA 1TEIA 4NN9A 4LBKA 4YZ4A 2KM2A 3MPPG 4FP3A 2DV9A 4QNPA 3B9CA 1KJLA 2P3KA 3PMEA 3RMYA 4YGCA 2C4AA 3V64A 4Q26A 3BTAA 2YY1A 4MWQA 1E8UA 4I00A 1INXA 1N1YA 2HTUA 4R9BA 2ZHLA 5GLVA 1Q8VA 2Q5TA 4YGBA 1NNAA 1WCSA 3ZYRA 2YA4A 2W08A 1V3BA 1NCAN 2E7QA 1AX1A 2HTWA 4XBQA 1V0ZA 5JMCA 2AEQA 1W0OA 5T5LA 1RITA 5EYYA 5KXDA 2F10A 2JE7A 2QWBA 3I4IA 1DILA 5HCBA 1YO8A 3ALXA 1EURA 4XJWA 4Y20A 1NMAN 1W8OA 2YA6A 1PZ8A 1BJQA 1ENSA 3K37A 5DG2A 4BMEA 4FPFA 4GZTA 4GEZA 5DZGA 1NNCA 2GNDA 2D6OX 4FQ4A 4PQ9A 1IVGA 1LHOA 2ZHMA 1LHWA 1JW6A 4M3CE 5T5OA 2F0ZA 2SIMA 1ULDA 1A4GA 4XJUA 5T52A 4FJ6A 1HLCA 3ZSJA 2WT1A 3W09A 4XIKA 1YI7A 3INAA 1BXHA 3V0AA 2QWHA 4RA0A 2VSKA 2CWMA 3K3AA 2UU8A 4UW3A 1CIWA 4GA9A 2QWCA 3A0NA 4GZSA 5H9QA 1KDKA 1S0JA 4AVTA 1N47A 1LJ7A 2YROA 3NV1A 1SCSA 2PHRA 2DTWA 1V6JA 1D0HA 3SH3A 2VXRA 4KS5A 2OVUA 4BPZA 1G86A 3WV6A 4BMBA 1AJOA 2ZBJA 4K1ZA 1QNWA 1QOOA 1A3KA 2AUYA 1D2SA 3A0KA 2CY6A 4XXPA 4XJAA 4FPOB 4YZ1A 4HZWA 4MWLA 5T50A 2D6PA 1QOTA 2OUHA 4MWJA 1MZ5A 1GLHA 5KXBA 4QN7A 4DGRA 1G9DA 2NMNA 3WG2A 1W6NA 2Z42A 2DYCA 2ZA9A 3O5SA 3UJQA 4YFZA 4YW2A 3TICA 2NM1A 1Z78A 3W59A 4HZXA 4M3MA 3USUA 2CMLA 3M2MA 1R1ZA 2DVAA 3ASIA 4HL0A 1HDKA 3SNMA 1IVFA 2P3IA 3A72A 3GVKA 1SLLA 4UW4A 1GZCA 2DVFA 1G9AA 1QOSA 2ENRA 1WW6A 1IVEA 3AP6A 3OY8A 4YW1A 3NV4A 3R4UA 1MS8A 1G8WA 2ZABA 1N3QA 1Z4ZA 4XOGA 3IN9A 3AJZA 1QDOA 5IK7A 1INFA 4HZYA 4MWVA 4WV8A 1B09A 1V6NA 3FUQA 2VSMA 1MS3A 1URXA 4TYSA 2QWAA 3HR9A 1S0GA 4FPEA 1V3EA 1IS6A 5GZFA 3HN1A 1XOEA 4FPHA 3QLQA 5F5QA 1OKQA 3D5OA 2ZMKA 1DFQA 3O0XA 4CZSA 1H9PA 2AH2A 3I8TA 4B7RA 2HU4A 3AZWA 3LCPA 1VAMA 1USXA 4QN3A 4GZWA 1FV2A 5FREA 1SACA 1W1XA 2CTVA 5IK8A 1GNZA 3QCWA 3T2TA 4XJ9A 3AYCA 4P9YA 2E7TA 2NN8A 1NCDN 4QN6A 1G9FA 1LGNA 5T5PA 1XQNA 3WCSA 5IT6A 3NV2A 3WG4A 4WA3A 2GALA 4IQPA 4XE9A 1VCUA 5T55A 5FRAA 4D8SA 4X49A 3O0VA 5GZDA 1GKBA 2E6VA 1B9TA 1Y7BA 2HT8A 1IVBA 4YFWA 1BQPA 4Y1XA 4CRQA 3OJBA 5EYXA 3LSDA 2GNBA 3TIBA 3FUOA 1SNTA 2ERFA 2WT2A 1DQ2A 2DURA 1SLCA 4B7NA 4LBNA 3POYA 1INHA 1JYIA 1INYA 2PHUA 1SFYA 4DQAA 3H6JA 4AGVA 4YW4A 4DS0A 4GKXA 1QKQA 2YXSA 1FNYA 4TZDA 4M3CA 1Q8SA 3SITA 3WHUA 1UPSA 2A6ZA 4YW5A 1CJPA 1O4YA 4XMIA 1W6PB 4FP2A 1LOAA 4Q8KA 2HTQA 1HQWA 2V5YA 1G7YA 4GXLA 5JLVA 1GZ9A 2UWBA 3NSSA 4R9AA 2R49A 2XB6C 3K39A 4W65A 4UF7A 4CPOA 4AVVA 3O9KA 1HKDA 2WNEA 2F13A 3WDVA 1KDMA 4YG0A 2DUQA 1GZWA 3WHTA 6NN9A 3CL0A 4LBQB 4ZXKA 3AZYA 1S0DA 3ILNA 4YG3A 4BOWA 7NN9A 2ZB5A 1G9BA 2EXHA 2VY0A 1QMJA 5HX0A 3POWA 1N1TA 4GZQA 4AGRA 4P9XA 1V6LA 1S0EA 1S0FA 4SLIA 3U4XA 4PF5A 4DRVA 2TEPA 1SO7A 3AZVA 3INBA 1W6MA 4H53A 4AVSA 4KS3A 4X47A 1WW5A 5CB7A 5JVVA 2BATA 1C57A 3B69A 3FFZA 1UZZA 3OBTA 5AVAA 2W20A 1SBFA 4LBLA 1SBEA 1AF9A 3WDYA 2HTYA 1VALA 3B00A 3ZSMA 3D4KA 4XJZA 2YMZA 3T1MA 4XJ8A 3JU9A 1QNYA 3A4UA 4PCRA 4K1JA 2SBAA 5T5JA 2WJSA 1N3OA 1LHUA 1LECA 4GZPA 4CPMA 4AWDA 1AX2A 5DUWA 1W21A 1JBCA 1Z4XA 5L73A 4K1IA 1N3PA 2DUOA 5HUMA 2ZGUA 1RIRA 1CESA 3TI3A 1V6MA 3TI5A 4F83A 2F25A 2R0FA 4J9TA 2A75A 4M3CB 2VW0A 4R9CA 4KS2A 2AEPA 4LBMA 2F26A 4YZ2A 4FPKA 5F9TA 1E8VA 3SLIA 1NCCN 3H0OA 1F31A 3UL2A 4FPCA 4FVVA 4YZ5A 3DUIA 4BBWA 3TI8A 2VWDA 4Y1ZA 4Q27A 1BJIA 2DVDA 3AYEA 1A8DA 2EXJA 2ZHNA 4I30A 1W6QB 2ZGKA 1GZWB 2XZJA 4Q6KA 4YM3A 3NV3A 5CA6A 2ZGMA 2P3JA 5E88A 3ZPYA 3B01A 2OW4A 1SLTA 2HU0A 4MWXA 1UAIA 4YM0A 1LGCA 2ZZJA 3M3CA 1DLLA 5JOWA 2JECA 1V6IA 1O4ZA 2VUAA 2W68A 3R4SA 3FLRA 3WZ1A 3M3OA 1ULEA 4FZHA 3H72A 1S0BA 3FLTA 4M00A 1SLIA 1QU0A 1HQLA 4MJUA 1OQ1A 4M01A 4M4VA 1WLWA 3W58A 4FQZA 3SALA 1DBNA 4M4UA 4Y26A 1ZA4A 2F29A 1CR7A 2CWSA 4Q1RA 1APNA 2WSVA 1LEDA 1WW7A 1MACA 4JCKA 2PHTA 5DUVA 4ISRA 3ZXKA 4XXAA 3PVEA 1SCRA 5IK5A 1G9CA 3N35A 4LBQD 2PHFA 3AP4A 3PVNA 1GV9A 3OBRA 1IS4A 2A6VA 3ZXEA 4XBLA 3RQ0A 1F8DA 1AZDA 4Q8LA 3WG1A 4ATFA 2VK5A 4DFSA 2F11A 2NMOA 1VCJA 2EAKA 4Y1UA 5DG1A 1DIWA 5BYNA 2A6YA 1FNZA 5GJ6A 4FPLA 2WSUA 2VH9A 1X50A 2D3SA 2X9MA 4AYUA 1LOCA 2F24A 2FHRA 3ZVXA 4Q2FA 1V3CA 4XJQA 2P2KA 3BEQA 1NLSA 3K36A 5JYYA 2H0BA 1EUUA 3BIWE 1AXYA 1WBLA 5HUKA 5JDBA 3V0BA 1VLNA 4Y20B 3AXEA 1CPMA 4ATEA 4WVWA 5EWSA 2YZ4A 2D6NA 4CPNA 5NN9A 1NNBA 1IKQA 4CPYA 1LENA 2CNAA 1MS9A 2NYYA 4UW6A 3HMYA 1EUTA 2ZHKA 3MW4A 1WLCA 1KITA 2DU0A 3CL2A 5HUGA 1JN2P 3V0AB 2GN7A 1DGLA 3IM0A 2WLQA 1DHKB 1INVA 1L7FA 4WEFA 2A6WA 3TI4A 4R9DA 1LESA 5M1ZA 3RG0A 2GMPA 5LK5A 5T54A 1CONA 4OZXA 4JF7A 2AYHA 3OYWA 2YDTA 2EIGA 2ZGTA 3LSEA 2W5NA 5DZEA 4BLJA 3M1HA 4MZEA 2G4IA 4CTEA 1LGBA 2W52A 2ZGOA 1WCQA 1DQ4A 1ONAA 2F12A 4HZZA 4DRRA 1CQ9A 1DQ0A 3OGGA 4CPZA 1NSDA 2ARXA 4MWYA 2I2SA 1W20A 4XHXA 3MEPA 2VU9A 1LU1A 1LEMA 4FOWA 1S0CA 1W6NB 3CKZA 3VV1A 3WUDA 2QWKA 1GNHA 1IS5A 2JD4A 3AFKA 2RKCA 4MJVA 4C1WA 5HCAA 2YA8A 3IKWA 3USUB 3N7MA 1SLAA 1MVEA 4BLIA 1Q56A 4Y1VA 1QGLA 1C4RA 1F9KA 3BOPA 1EPWA 3WUCA 1W8NA 4GJTA 4GB1A 1F8EA 3GNEA 1IVDA 1LOEA 3O9JA 2AREA 3SILA 1Z4VA 2F27A 1Q8PA 1LODA 4C1XA 4P14A 1LOFC 4YM2A 4FOYA 3TB0A 2ZB6A 3B7EA 4GDJA 3V0BB 1CVNA 1LOBA 3OY8B 3IMNA 2ZMNA 1NSCA 1S0IA 3APBA 3GVLA 4FOVA 2B8HA 4MZAA 4M3CF 3IPVA 3RMXA 2ARBA 3UK9A 1IS3A 3ZYPA 2D44A 2GNTA 4BQ1A 4B7QA 3PJQA 2ES3A 2ZGRA 3AZXA 4XIOA 1W6OA 1INWA 2YDPA 1A14N 3VKLA 1XOGA 2ZGQA 2R1DA 2WKKA 4XMAA 2B7YA 1ENRA 2QWGA 4RL7A 2XZKA 4FPJA 1U0AA 1LOFA 4HIZA 1N1VA 5GLWA 4BM8A 2GN3A 3L2YA 3WDUA 4KS1A 4B7MA 3PVOA 3ZXLA 1IKPA 3RSJA 5DUXA 1DQ5A 5H9PA 1LULA 1H30A 5CBLA 1NMCA 2A5ZA 5E89A 3KM5A 2ZGLA 4XDQA 3JU4A 3OYWB 2BERA 3NN9A 1PZ7A 2FMDA 1A78A 1MWEA 4D69A 4ZKTB 2P34A 5KXCA 1DYKA 1JHNA 3SH4A 2DVGA 2VW2A 2D6KA 1DQ6A 1SLBA 1NN2A 1B9SA 4MC7A 2C9AA 2HTRA 3OPZA 4YW3A 1FATA 2AR6A 2VK7A 1BYHA 3ENRA 3SANA 3CYEA 3RS6A 1V0EA 1E8TA 2LALA 3D12A 4KS4A 2AENA 4CPLA 4FPGA 2A3XA 2UWAA 4QN5A 3K38A 1JOJA 3KQRA 4ISQA 4P9WA 3N3HA 2W5OA 1SBDA 2XCYA 1NCBN 1N1SA 4GZXA 2JDZA 5B2DA 4JRAA 4Y24A 1JYCA 5GZCA 5CAZA 1DQ1A 3ILRA 3AK0A 3M3EA 3VUOA 1QDCA 2QWEA 3H73A 2SLIA 4AGGA 1LU2A 1AXZA 2ZGSA 4YM1A 5IUQA 1INGA 2DVBA 2EXIA 4Q1PA 1IVCA 1Q8QA 5EXOA 3BODA 1I1EA 1WLDA 4MWRA 4DPNA 1RINA 2YA7A 2JJ6A 1UZYA 1KRIA 1AX0A 3IPVB 4KBBA 4YZ3A 5GLTA 4LBOA 1WD3A 3GVJA 2D3PA 4B7JA 2ZMLA 3TI6A 3NWKA 1W6OB 2ZKNA 1YXWA 5JOXA 1BKZA 2ZACA 4YLZA 2HYKA 1W6MB 2UURA 3ATGA 4XZPA 3FLPA 1WW4A 2PHWA 5SV8A 2D3RA 5HUNA 3N7JA 1GICA 1GANA 1W0PA 3C2UA 4K20A 2EXKA 3JUUA 2A7AA 2E53A 5H9SA 4HANA 1BZWA 3T1LA 2A71A 1FX5A 5HCFA 3AX4A 2JE9A 3O0WA 1S1AA 3VKOA 3ZSLA 3AZZA 2ZAAA 1LOGA 1GSLA 4Y1YA 2PHXA 4XILA 2SILA 2AGSA 1UL9A 5DZFA 1ULCA 3AP7A 1WUVA 3WOGA 3V65A 4NCSA 4H55A 3AJYA 4MWUA 4GALA 3TAYA 2GDFA 1KJRA 1MVQA 3O12A 2ZGPA 2V73A 4NOTA 1B9VA 5DXDA 1UX6A 3N7KA 1GBGA 1Z4WA 1EUSA 1NSBA 4WVVA 3WCRA 3AYDA 1W6PA 1CPNA 2HT5A 4JC1A 2DU1A 1F8CA 4X6KA 3D6EA 3TIAA 1ENQA 4GWMA 3AP5A 2GNMA 1LTEA 2R16A 4NO4A 2NP0A 3FBYA 2GMMA 1J1TA 1L7HA 2PELA 1ULGA 3POSA 4LBQA 3AP9A 4WEGA 1JXNA 5GLZA 4FOQA 1LHNA 3CNAA 2D7FA 4XHBA 1V6OA 4Y22A 3WVJA 3WNXA 4X4AA 2D43A 2F28A 5GLUA 4ASMB 1MS4A 2YA5A 2W39A 4WZFA 1OFSA 5JOYA 1AXKA 3M3QA 4PBOA 1YIFA 4MYEA 3ZXJA 4M4NA 1VIWB 3UJOA 1DIMA 1FAYA 4FPYA 2QWDA 3MW3A 4QN4A 2VK6A 1FYUA 2NZ9A 1ZM1A 1WBFA 3WDXA 2A3YA 2EALA 3H71A 2DUPA 1V0FA 2BZDA 1MS5A 3WDTA 3Q9OA 3AXDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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