1N1YA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with sialic acid
Total Genus 172
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
172
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
molecule keywords Sialidase
total genus 172
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1yA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1yA01
2AYHA 1OQ1A 1PZ7A 2EXIA 3ALXA 3Q9OA 5JDBA 1SO7A 4BPZA 1GBGA 5LK5A 5CA6A 1YYNA 2I2SA 3JU4A 4KBBA 1QOSA 1SLBA 3L2YA 3B3QE 5T5JA 3RS6A 5JOWA 2D6MA 3N3HA 1HKDA 1CIWA 3WOGA 3OJBA 4XOGA 3U4XA 2DTYA 5GZDA 2DUPA 4ITCA 1CESA 3V0AB 1MS9A 1YO8A 3WHUA 1NNCA 3SALA 4LBQB 5F9TA 2AH2A 3H6JA 2F0ZA 4RA0A 3TI3A 1FNYA 4MJUA 2A3YA 4YLZA 5HX0A 3B69A 3ZSMA 1QNYA 4Y22A 4K1KA 1AJOA 2E51A 2NYYA 2CY6A 2E7TA 4M3CE 1F8EA 1W0OA 3FUOA 3NN9A 4NC5A 2AGSA 1C1LA 1CVNA 4LBOA 2BATA 2F25A 4XMIA 2ZBJA 2VU9A 3IPVB 4MZAA 3IKWA 1LHWA 4XXPA 4M4NA 2DU1A 5KXEA 3I4IA 3CKZA 4XBLA 2GNTA 2AR6A 4U2AA 1Q56A 1UL9A 1AXKA 2HTUA 3AP6A 3BIWE 1MS1A 1UN1A 4XJZA 2NM1A 2VW0A 5IUQA 1KRIA 3TI4A 2VUAA 2WT1A 2YA4A 1Z4VA 4XHBA 3PVNA 4AVTA 3T1EA 1WBLA 4YW1A 1NCDN 4K20A 4Q1RA 1A8DA 4Y24A 4OZXA 1LODA 5M1ZA 4YG3A 1C1FA 3OBRA 4M00A 5HCFA 4B7NA 2DURA 1RITA 2CNAA 4XHXA 3O12A 1WD3A 3O9JA 3IN9A 1G8WA 4ISQA 3SH3A 1AX2A 1CONA 1Z50A 4R9DA 4J9TA 1QU0A 2YV8A 3WG1A 3CYEA 1GNHA 1B9SA 2SILA 2GNMA 5JOYA 2VVZA 4WVWA 1W6PA 5JMCA 3AP5A 2D6LX 1E8VA 1SFYA 1XOGA 3KM5A 4FOWA 1YXWA 2ZGMA 1S0JA 4XJRA 2VSMA 2GMMA 2W20A 4HIZA 1Z4YA 2YXSA 3WCSA 4M3CF 5GZFA 1URXA 2C9AA 3ASIA 1IVFA 2GNBA 2WT2A 5H9PA 4MWJA 2EXJA 2CYFA 1NN2A 3UJQA 2ENRA 3SNMA 1NMCA 1LHOA 4GEZA 1QMJA 3WNXA 2A3WA 4FP3A 3BODA 1DIWA 1YIFA 3V65A 2GN3A 1JOJA 4H52A 2BQPA 4Y1XA 4MWYA 3POYA 5CAZA 4YG0A 1XQNA 2UWAA 4XJUA 1LGNA 5DZGA 3DGTA 3C2UA 5IK4A 4BMBA 5BYNA 1H9WA 1O4ZA 5GJ6A 1B9TA 3N7MA 4UW4A 4YW5A 3AZVA 1FYUA 1PZ8A 4XTPA 3IMNA 1QGLA 2D6KA 1LOCA 1LU1A 2HTYA 2P2KA 3N7JA 5GZEA 5T5PA 1LULA 2C4AA 2ZKNA 4DRRA 4B7MA 2F26A 3K37A 1DQ1A 4GDIA 1W6PB 1LOFC 3AXDA 1HQWA 2HTVA 4MWRA 1LU2A 1V6IA 3CL2A 1AVBA 1IKPA 4YZ2A 2WNEA 2OVUA 1GLHA 5CB7A 5HUNA 4GKXA 5NN9A 1LEMA 1W8OA 3INAA 2KM2A 3WUCA 3AZWA 4GZQA 4RL7A 1LTEA 2LALA 3ZYRA 3M3QA 4XILA 1WD4A 3VKMA 5IK7A 4Q27A 1CR7A 2NMOA 5GZGA 2JJ6A 1UX6A 4QN4A 4AGGA 4K3YA 2WLQA 1DIMA 1V00A 2JECA 5T5LA 4CTEA 1LGBA 2ZA9A 2D7FA 4UW3A 4GZXA 2W38A 2QWEA 1UMZA 5KXDA 1X50A 5DXDA 3FLTA 3N36A 4YM0A 4GA9A 4R9AA 3FLRA 1S0BA 3NV3A 4JF7A 4AGVA 5B2DA 5EWSA 1NSBA 1WW5A 1V6NA 1A4GA 2HU0A 1WW7A 1QF3A 4FPFA 1QNWA 2YA8A 4AVSA 3ENRA 2WKKA 4LBQA 2ZMLA 1BJQA 2R1DA 3ZXEA 4XZPA 2ZAAA 2EALA 1CPMA 3WLUA 1SNTA 1Q8PA 1FAYA 3M2MA 2D3RA 2F10A 4PF5A 1V3CA 3ZPYA 2WQZC 4H53A 1JUIA 1LEDA 3ZVXA 5T5OA 1B9VA 1J1TA 2JD4A 1MZ5A 3WDYA 4CPLA 1D2SA 1S0DA 1Q8OA 2UWCA 4FJ6A 2A3XA 4HZVA 1A78A 1V2IA 4Q6KA 2GN7A 4AWDA 4UF7A 2ZGNA 1ULDA 1SACA 1HQLA 5T55A 2DYCA 1AXYA 4QN5A 3K38A 4MWLA 3WZ1A 4FPLA 3RSJA 4D8SA 4CRQA 1NSCA 3AFKA 3AP4A 4AGRA 2ZB5A 1USRA 2CWMA 3AX4A 1IVEA 1IS5A 2XZKA 4WA3A 2DV9A 2D44A 1Z4ZA 3USUA 4KS5A 1G9BA 1LHUA 4BLIA 2E6VA 4Z8BA 1CJPA 4H55A 2DTWA 1UAIA 3BTAA 2R1BA 3SILA 4XMAA 5JOXA 4WV8A 3OY8A 4Y1YA 1AF9A 3WUDA 1LHVA 3UL2A 5DUVA 5T52A 3W09A 3HN1A 3SLIA 5DZFA 1OFSA 3WG2A 2YA5A 1N1TA 2C5DA 4PQ9A 3LSDA 1F31A 3D11A 2QWDA 2HTWA 1NCAN 2F29A 3A0KA 3WDUA 1DILA 4NOTA 1FNZA 4KS4A 4GZOA 5HUKA 2CL2A 2P3JA 1QDOA 4BQ1A 1LOBA 4LBQD 1BKZA 1ENRA 3AK0A 1H30A 3BOPA 3WDXA 4XDQA 3SH5A 3WV6A 4FQZA 4NO4A 1L7FA 5DG1A 1JHNA 2PHXA 1IKQA 4B7RA 2PHFA 5FREA 1DQ4A 1B09A 1OKQA 2C4LA 3O0WA 2VK5A 1H9PA 1UKGA 1GICA 5H9SA 1DQ5A 2VXRA 2UWBA 2DUOA 1LHNA 1G9AA 3USUB 1S0CA 2F28A 5AVAA 5HCBA 2HTRA 2DVBA 1QOOA 3N35A 3AXEA 4YGDA 1W8NA 2A70A 3MW4A 1EPWA 4W65A 3OY8B 1CPNA 2WSVA 1L7HA 2GNDA 1DGLA 2EF6A 1MR5A 2GALA 2JKBA 4HANA 2ZMNA 4WZFA 4FQ4A 4FVKA 1F5FA 3AZXA 1QDCA 3D5OA 4C1WA 1BZWA 4DPNA 3D4KA 1SBDA 1DLLA 2YZ4A 2A71A 4LBNA 3BEQA 1JXNA 2EXHA 3AZYA 4DGRA 1VAMA 3NV4A 3TI6A 3ATGA 5CBLA 3B7EA 4Y20A 1DYKA 3ZSLA 4MJVA 4JCKA 4YG6A 2ZGPA 1W6QA 4YGCA 2EIGA 2JE9A 3K39A 5GLVA 3AJZA 1KDMA 1GKBA 3H71A 2F13A 1CN1A 5DZEA 1F8BA 5GALA 3T1LA 4Q1PA 1INFA 1U0AA 4KS2A 4XIKA 2V73A 2W5NA 1NNBA 4M4UA 3WG4A 5CNAA 4TYSA 4Y1ZA 1MS5A 5JOZA 1C57A 3RRDA 4GKYA 3R05A 1BJIA 3HMYA 1KDKA 2R49A 2AENA 4CPOA 4DQAA 3H0OA 2RKCA 4FVVA 1RINA 4I30A 4B7QA 2YDPA 4MWWA 2DVFA 1ENSA 2UURA 1JBCA 1CQ9A 1W6OA 2QWBA 1N1VA 2VW2A 4FP2A 1IOAA 4YW4A 1IVCA 1AJKA 4Q26A 3A71A 5L73A 4FOYA 4CPYA 2DVAA 5F5QA 2E7QA 2P34A 2A6YA 1S0IA 2NZ9A 4NN9A 2SBAA 1DZQA 3T2TA 2ZGOA 4FOQA 2D6PA 3LSEA 3AZZA 4DS0A 1KJRA 1INWA 3ILRA 4XJWA 3GNEA 2OW4A 3ALWA 2DVDA 1JYCA 1Z78A 1RIRA 4Y20B 1G7YA 4P14A 3MPPG 4XE9A 3D12A 5DG2A 4M01A 1UZZA 2D6NA 3R4UA 4WA4A 3JU9A 4CPZA 3AP9A 4YZ1A 1W6QB 1I1EA 1KITA 3ILNA 1N1SA 2WJSA 3A0NA 1MVQA 2ZZJA 3KQRA 1BYHA 5EYYA 2WT0A 4LBLA 5IT6A 2ZGLA 2ZACA 4XBNA 4BM8A 2VSKA 2P3KA 4GZSA 5DUUA 4X6KA 1WBFA 3VUOA 4MWQA 1VAVA 2A6VA 1NCBN 3N7LA 3SH4A 4K1JA 1LENA 2GMEA 1LECA 1IVGA 1ULFA 3DUIA 1ULGA 4FPGA 4Y26A 1F9KA 2F24A 1LGCA 3OBTA 5T50A 3NV1A 1W6OB 4NCSA 2W08A 1MWEA 3CL0A 2YDTA 1A14N 5H9RA 2JDZA 1N3OA 4LBJA 4AYUA 1NCCN 1LOGA 3SANA 3RG0A 1ULCA 2HT5A 1DHKB 2PHTA 4JC1A 2QWKA 1DQ6A 2VH9A 2NMNA 2A75A 3N7KA 2FHRA 4Q8LA 2DU0A 3TI8A 3WG3A 1W6MA 4MYEA 1HDKA 4C1XA 3AP7A 2R16A 4K1ZA 1F8CA 4HL0A 3TI5A 4R9BA 4MWUA 4QN6A 3K36A 3W58A 4YGBA 5E8AA 2ZGQA 2D43A 2B8HA 2QWCA 1V6OA 2ERFA 1WLCA 2VK7A 2W5OA 2RHPA 3VKOA 5HCAA 2QWHA 3CNAA 3VV1A 4XJ8A 2OUJA 4F83A 1N3PA 4HZWA 1D0HA 1V3BA 1V3EA 2NP0A 5JYYA 3FFZA 1Q8SA 3WDVA 2VK6A 2CTVA 1IVDA 3V0BB 4GZPA 1YI7A 3TIBA 4YW2A 3INBA 2Q5TA 1NLSA 2WSUA 3O0XA 2F12A 1F8DA 2ZHLA 4BMEA 2F11A 4QNPA 1SCSA 3W59A 5DUWA 1Z4XA 3MEPA 3APBA 2ARXA 3POWA 3WDTA 4XJQA 1S0FA 3LCPA 1DQ0A 2CMLA 4QN7A 5T54A 4GZTA 5E89A 3ZXJA 3O0VA 3R4SA 1SLLA 2VY0A 4FPYA 4FPEA 4WA5A 2DUQA 4DRVA 2ZHMA 1INGA 5GM0A 3O9KA 1W6MB 3ZYPA 4GDJA 4KS1A 4WEFA 1ENQA 5KXCA 4CPMA 3IM0A 4XBQA 5HUMA 1FV2A 2DWRA 2NN8A 4UW5A 2VWDA 1DQ2A 3AJYA 1W20A 4MWVA 4FPOB 1JYIA 4WEGA 1Z0HA 4ZKTB 2AUYA 3UK9A 1LOAA 3PMEA 1ONAA 2PHWA 2YY1A 1DYPA 4YFZA 4HZZA 1V0EA 1V3DA 5SV8A 1IVBA 3ILFA 2VW1A 4IQPA 1MS8A 2ZABA 4XTMA 4ATEA 1N1YA 4AVVA 5IK5A 3FBYA 2LTNA 1VCJA 1BXHA 5GLTA 4SLIA 3A4UA 3PVEA 1JW6A 4TZDA 2ES3A 2W39A 2DVGA 3B00A 4BOWA 4YFWA 2ZB6A 1AZDA 2EXKA 4GB1A 2XCYA 1S0EA 1IS4A 3V64A 1ZM1A 3VKNA 2R0FA 4LBMA 1QOTA 4D69A 2YA6A 2OUHA 1WUVA 4R9CA 3NV2A 2E53A 2PELA 4FPJA 1WCSA 4FOVA 1LCLA 5EXOA 1SLCA 2YROA 2GMPA 2ZGRA 2QWIA 3ZXLA 2XZIA 1MS3A 2P37A 5E88A 4GWMA 4CPNA 4Q2FA 1TEIA 3AYDA 1N47A 5B2CA 1AX1A 3JUUA 5GLZA 4MZEA 4YM2A 2AEPA 2ARBA 4XJ9A 5JLVA 2D3PA 4B7JA 1Q8QA 2A6WA 2X9MA 2UU8A 4ZXKA 1SLAA 1NMBN 3FUQA 5DUXA 3SITA 4BLJA 1Y7BA 4Y22B 5EYXA 2HT7A 4MX0A 1GZWA 1QKQA 1W6NA 4M4VA 4X47A 1GV9A 3M1HA 1DFQA 4YM1A 2HU4A 2GDFA 4M3MA 1GANA 1WLDA 3H73A 3M3EA 1INHA 3PVOA 1LJ7A 1G86A 1WCQA 4PCRA 2W52A 4FZHA 2XB6C 3OGGA 2YMZA 3TICA 1APNA 3FLPA 4X49A 3SISA 2F27A 2BERA 1IS3A 1Z4WA 3I8TA 1G9DA 1VCUA 3M3CA 4YZ4A 3ZXFA 3H72A 2A7AA 1BQPA 3T1MA 4HZYA 4K1IA 1S0GA 3RMXA 2HTQA 3AYAA 2AEQA 3OPZA 3GVLA 1WLWA 1INVA 4GALA 2HT8A 1MS4A 2HYKA 1NXD1 2D3SA 1VLNA 3A72A 5KXBA 2D6OX 4UW6A 5GLUA 4GZWA 3VKFC 2Z42A 5IK8A 2CWSA 3B01A 1N3QA 1V0FA 2PHRA 1C4RA 3TAYA 4PBOA 2V5YA 4Y1UA 1AXZA 2ZGKA 1PZ9A 1Q8VA 2A6ZA 2EAKA 4YGEA 2XZJA 2W68A 2YA7A 1GYKA 2PHUA 4FPKA 3HR9A 3QCWA 1SBEA 4P9WA 1O4YA 6NN9A 3WVJA 2FMDA 2SLIA 4I00A 3OYWA 1E8TA 4GXLA 2JE7A 3ZSJA 1G9FA 3RQ0A 1V6LA 2P3IA 3GVJA 1GZWB 1W6NB 1V6JA 1L7GA 1ZA4A 1VALA 4ASMB 1GNZA 1WW4A 2G4IA 1UPSA 4YZ5A 4YW3A 3AYCA 3RMYA 1GZCA 4K1YA 1V6MA 1E8UA 1W1XA 1NMAN 1SCRA 1GSLA 4X4AA 2A5ZA 2B7YA 3GVKA 4ISRA 1USXA 4U36A 4XYXA 4WVVA 1R1ZA 4GWNA 2QWFA 1G9CA 4JRAA 4M3CA 3V0BA 4XIOA 3WDWA 4K21A 5JVVA 3WCRA 4FPCA 1WW6A 3ZXKA 1GZ9A 3WHTA 7NN9A 2ZGSA 1FATA 1XOEA 1A4QA 4XXAA 4MWXA 1MACA 1EUUA 3POSA 2BF6A 1SLTA 3UJOA 3TB0A 1IS6A 1VIWB 2BZDA 4PBPA 1AX0A 1NSDA 3TIAA 4QN3A 1W21A 4KS3A 1V6KA 3M3OA 4Y1VA 5GZCA 3D6EA 1ULEA 1SLIA 1YRZA 2ZGTA 1EUSA 4BBWA 4LBKA 3V0AA 4P9XA 2R0HA 1EURA 3B9CA 5FRAA 3OYWB 2XG3A 1INYA 4XJAA 4L8QA 2QWGA 1FX5A 1INXA 1KQRA 5H9QA 4DFSA 1V0ZA 3AYEA 2QWAA 3GALA 3NWKA 1EUTA 1JN2P 3NSSA 2ZHKA 1A3KA 1FV3A 1LOFA 2H0BA 1MS0A 2QWJA 4HZXA 2SIMA 1W0PA 3MW3A 3PJQA 1LESA 5HUGA 1KJLA 1LOEA 3QLQA 1I3HA 4YZ3A 3IPVA 3ZSKA 1MZ6A 1MVEA 4CZSA 3VKLA 2ZGUA 4M3CB 2A6XA 3MW2A 2TEPA 1S1AA 4GJTA 3O5SA 1SBFA 4P9YA 3K3AA 1UZYA 1HLCA 4ATFA 1DBNA 1NNAA 2AREA 4YM3A 4Q8KA 4MC7A 2ZHNA 2ZMKA 4K1HA 4FPHA 5GLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XNC A;  2AYH A;  1OQ1 A;  1PZ7 A;  2EXI A;  3ALX A;  3Q9O A;  5JDB A;  4WVM A;  1SO7 A;  2RR1 3;  1RUF 2;  4BPZ A;  2XLA A;  1QJU 2;  2VMH A;  2YGM A;  2BUK A;  4G4F A;  1GBG A;  3DF0 A;  1ZBE 1;  4AQS A;  2I45 A;  4EN0 A;  5LK5 A;  5CA6 A;  1YYN A;  2I2S A;  5K0U B;  3JU4 A;  4LHK A;  4KBB A;  1QOS A;  1SLB A;  1XYO A;  3L2Y A;  1QXJ A;  1H8V A;  3B3Q E;  5T5J A;  2XJP A;  2HWD 1;  4WBB A;  1VBA 3;  3RS6 A;  5JOW A;  2D6M A;  5BNP A;  1PVC 2;  3N3H A;  1V9U 1;  4FTB A;  3ZSE A;  1HKD A;  5LRR A;  1CIW A;  3WOG A;  1O91 A;  3OJB A;  4XOG A;  3U4X A;  3LB9 A;  2DTY A;  3LWC A;  5GZD A;  2DUP A;  3KT1 A;  4ITC A;  4YVS B;  1CES A;  3V0A B;  1MS9 A;  4Q4Y 3;  4QPI A;  4JGY A;  1PGL 2;  1YO8 A;  3J26 N;  4E4Z A;  3VBS A;  1FMD 1;  3WHU A;  1NNC A;  4K7J A;  2LUW A;  3SAL A;  2RS3 3;  4HK8 A;  2HWE 3;  4LBQ B;  5F9T A;  3B93 A;  2AH2 A;  2N7G A;  2F0Z A;  3H6J A;  4RA0 A;  3TI3 A;  2QE3 A;  1FNY A;  1C3H A;  4MJU A;  3QAC A;  2FQP A;  4AHY A;  2A3Y A;  4YLZ A;  2JEN A;  3H1Y A;  2H2N A;  4I02 A; 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