1S0IA

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with sialyl-lactose (michaelis complex)
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFANSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Insights into the Catalytic Mechanism of Trypanosoma cruzi trans-Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma cruzi
molecule keywords trans-sialidase
total genus 180
structure length 623
sequence length 632
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2003-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0iA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1s0iA01
2D6KA 1BYHA 1CJPA 1YYNA 4JCKA 4LBLA 2ZHNA 1CQ9A 3CKZA 3TI8A 3JUUA 1SLLA 4HZVA 3D6EA 3N36A 1A8DA 1W6PA 5EYYA 2P3IA 4LBNA 4JC1A 2ZGTA 4K21A 4Q8KA 4YFZA 4BM8A 1DGLA 4NC5A 4F83A 4XIOA 4GDIA 4YLZA 4WZFA 3SH3A 4FPGA 4GZQA 3RQ0A 2A6VA 4AYUA 1SLIA 2OUHA 1S0EA 1ENQA 3IM0A 4XTPA 1O4YA 3U4XA 2FMDA 1VAVA 1NNAA 3TI4A 2TEPA 2DUOA 1LGBA 1JN2P 3L2YA 1ONAA 3QLQA 3JU9A 4KS1A 3BOPA 4XJQA 4XJWA 3AJYA 3WV6A 4HANA 2EXJA 1MS1A 4LBMA 4K3YA 2JECA 3ALXA 1UZYA 2CY6A 1GANA 3H72A 3MEPA 1CVNA 1Z0HA 4GDJA 5AVAA 2H0BA 1INVA 2ZMLA 2D3SA 1D2SA 1MWEA 1YXWA 3H6JA 3A4UA 2YZ4A 3B9CA 1G86A 2DWRA 3SLIA 5GZFA 2QWCA 1CONA 5GJ6A 5JDBA 1X50A 1NMAN 4BQ1A 4XJ9A 3FUQA 5IK4A 3B01A 1GZWB 2VVZA 1DLLA 4YGEA 5JOWA 4KBBA 4QN6A 1DQ4A 2E7QA 4Q26A 2YA8A 1GSLA 1B9SA 1SACA 1JHNA 1NN2A 3AJZA 1SLCA 1NSDA 1LTEA 4FPEA 5GZCA 1N1TA 5EWSA 3M3CA 1EURA 2D44A 1Q8OA 4BPZA 4XBLA 1O4ZA 4PBOA 3FFZA 5HCFA 1APNA 2OUJA 1XOEA 3D11A 4Y1VA 4FQ4A 3R4SA 2GN3A 2JJ6A 3AP5A 3SH5A 2ES3A 1A78A 1AVBA 2HT7A 1N1VA 3VKNA 2PHTA 2BZDA 1W0OA 2W38A 1LOFC 1S0CA 2XZKA 4BLIA 2ZA9A 4Q1PA 5T50A 4TYSA 5DG1A 3WDWA 4XYXA 2AREA 1E8VA 3R4UA 2BERA 4KS4A 3SH4A 1AXKA 4DFSA 4NN9A 3USUA 2B7YA 3N35A 3AZXA 4ZXKA 1H9PA 1QNWA 4TZDA 4HZYA 3O0VA 3V0BA 1V3EA 4GA9A 2VK7A 3WDYA 4MWVA 3WDXA 5H9RA 4UW3A 4DGRA 3TI6A 3AP6A 2R0FA 1FNZA 3N7KA 1Q8SA 4ZKTB 3AZYA 1G9CA 4I00A 3RS6A 4MC7A 3A0NA 4X47A 3ZVXA 3K3AA 3WUDA 3ZXFA 2VY0A 2EXHA 1GNZA 5T5OA 2F11A 1LHUA 3NN9A 2SILA 3AXEA 4MX0A 4M4NA 4BBWA 3ILNA 4CZSA 1Z50A 2F0ZA 2G4IA 3IPVB 2AGSA 3VKFC 3SILA 1A4GA 4FZHA 1SLTA 2AEPA 1KRIA 1VALA 1MVQA 2EALA 2ZHLA 1IKPA 2P34A 2ERFA 3LSDA 3R05A 1LCLA 3POSA 1RINA 3IMNA 1DIMA 2QWFA 1INHA 2W5NA 3M3OA 2F25A 2ZAAA 2A6ZA 4CPOA 1LGCA 3PVOA 2W5OA 2QWDA 3HN1A 3ATGA 4WA3A 2EAKA 1HDKA 3HMYA 4FJ6A 2JE7A 4JF7A 1XOGA 4R9AA 5IK7A 4GKYA 4FPLA 1ENSA 4AGGA 1VAMA 3WCSA 3O9JA 1F8BA 2QWHA 5CA6A 1INYA 4JRAA 3I8TA 3JU4A 4YW5A 2DVDA 4BMBA 1MVEA 4YZ4A 1NSCA 1ENRA 1KQRA 3WG3A 3ZSMA 7NN9A 1DQ5A 3W58A 1USXA 4K1YA 4M3CA 1I3HA 2DU0A 1WCSA 2CWSA 4H52A 1L7FA 4MWXA 2ZZJA 3VKMA 3QCWA 3NWKA 1LHVA 3H73A 4XJAA 1V6OA 5HUKA 1JYCA 4BMEA 4MJUA 1IS4A 5JOYA 3V0AA 2UWBA 3OBTA 4HL0A 2EIGA 1GKBA 1FAYA 4FOWA 5T5JA 1G9DA 3FLTA 1MACA 2QWAA 4B7RA 4XMAA 1KJLA 5KXBA 1WBFA 5DXDA 3PMEA 3GALA 2A7AA 1OQ1A 4M4VA 1B9TA 4GZWA 2VU9A 2C4LA 3SITA 1NMBN 1V2IA 4OZXA 3SNMA 4FPKA 2AENA 4K1KA 3LCPA 2DUPA 5DUUA 1JOJA 3WDTA 5CAZA 1QKQA 3WDVA 1PZ7A 1R1ZA 3M1HA 1V6NA 2NN8A 3BTAA 1WW4A 1NCBN 1AX1A 1LULA 1AJOA 2SLIA 5LK5A 1DYKA 2WSUA 1F8EA 1BJQA 3FUOA 1MZ5A 2SBAA 4K1HA 4GEZA 3IKWA 2CMLA 2ZGOA 1F9KA 1SBDA 2W52A 4K20A 3WLUA 4YM3A 3TICA 2F13A 4MWYA 4M3CE 2GMPA 4FPFA 3T1MA 1DILA 2HTVA 4Y22A 2ZGRA 4P14A 4FP2A 1UX6A 4GZTA 2SIMA 2VW0A 2JE9A 3WUCA 2ZMKA 2PHRA 4GWNA 1V6KA 4YW2A 3MW2A 1VLNA 4LBKA 3T2TA 4PBPA 1PZ9A 3POYA 1KJRA 4YGCA 1BZWA 1AZDA 1QMJA 3FLPA 4RL7A 2W39A 3NV1A 1C1LA 1ULGA 2JKBA 2D6PA 2OW4A 1B09A 2A6WA 2A3WA 1JUIA 1ULDA 4XBQA 1S0GA 2AEQA 1LJ7A 4XTMA 3ENRA 3CNAA 2ZGNA 3V64A 5JOZA 3W09A 2DYCA 4Y20B 3OYWA 3WNXA 4X49A 3TAYA 2DU1A 2XB6C 4DRVA 2VSKA 3VKLA 1FV2A 2P2KA 2P3KA 2AUYA 1DQ0A 3K38A 2C9AA 3ZXLA 2D6LX 2BQPA 2DVFA 2HTYA 3IN9A 2VXRA 3NV3A 4QNPA 5T5LA 4AGVA 1QOOA 1E8UA 3AYCA 1EUUA 3CYEA 3ZSKA 4YZ2A 5HUMA 4X4AA 1DQ1A 2HTRA 1S0JA 2YY1A 3M3QA 3WZ1A 3OBRA 5GLVA 3BODA 1UN1A 5JYYA 2I2SA 4ATEA 2R16A 4M00A 2RKCA 3AZZA 2FHRA 2KM2A 2ARXA 1W6PB 2HU4A 3TIAA 1SO7A 3OY8A 4XZPA 1WW6A 4CRQA 1TEIA 1F31A 2GNBA 3INAA 3PVNA 2YROA 4GZOA 1MS0A 1HQLA 5H9QA 1W6OB 2WSVA 4MZEA 4NOTA 4FOQA 4XOGA 1W1XA 3AYAA 1FYUA 3B3QE 1W6MB 2ZHKA 1DQ2A 1Y7BA 1C4RA 5T52A 5NN9A 5KXEA 4LBQD 1IVEA 1FATA 1EUSA 3K37A 4Q8LA 3RMXA 5GZDA 2YXSA 2ZKNA 1Z78A 3O0WA 1N47A 2CL2A 4NCSA 2E53A 1VCUA 4Y1XA 2VW1A 1S0DA 3DGTA 3CL2A 4YZ3A 3UL2A 4XIKA 2ZMNA 3ILRA 3ZXJA 4LBQB 5FREA 1XQNA 4FVVA 2GNMA 1S0IA 4NO4A 4WV8A 1OFSA 2HYKA 3K39A 3DUIA 2X9MA 1F8DA 4XXAA 1Q56A 1LEDA 1INXA 1QDOA 1WLDA 4U36A 4XXPA 1W6QA 3AXDA 4M3MA 2ZBJA 4YM1A 4FOVA 3TIBA 4M3CF 3FBYA 1NXD1 3ZXKA 1V0EA 2NYYA 1GNHA 5JLVA 5B2CA 1W6NB 3RRDA 4YM0A 1UAIA 4GB1A 4CTEA 4MWUA 3N7JA 4GWMA 4P9WA 2DVBA 3M3EA 4HZXA 3O0XA 3MPPG 3V65A 4UF7A 1LU1A 2XG3A 1LEMA 1QU0A 1Q8PA 3B69A 4I30A 4MJVA 1V6LA 2NP0A 1CN1A 3OGGA 1N3QA 5F9TA 5GLZA 2VW2A 1INGA 4BLJA 2YA4A 3I4IA 4MYEA 4Q2FA 4DRRA 4Q1RA 3ZYRA 1L7HA 3ZYPA 3AZWA 2C4AA 4R9DA 2DUQA 1GZCA 1ZA4A 1SFYA 2GMEA 1B9VA 2A3XA 2D6NA 1SCSA 5GLWA 2PHUA 2AR6A 5HCBA 4GALA 1MR5A 4H55A 5DUXA 3D4KA 1NCCN 3CL0A 1C57A 1IS3A 1LENA 4Y24A 2JDZA 3GVLA 4K1JA 5GZGA 3V0BB 4AVTA 1V6IA 1V6MA 2P37A 3WCRA 4MWLA 1DIWA 4FPJA 4GXLA 4MZAA 3VUOA 4AWDA 2YDPA 5HUGA 1UL9A 2GNDA 5CBLA 1NSBA 1BJIA 1MS8A 3A72A 4YG3A 1IVBA 4YW3A 1NNCA 1IVFA 2F12A 2VK6A 2HT8A 1V3BA 3NV4A 1NNBA 3VKOA 3OJBA 4HZWA 3WOGA 5HCAA 1IVGA 2V5YA 2WT1A 3N7MA 2F24A 5GZEA 1DFQA 2QWEA 1S0FA 4IQPA 5IT6A 1G9BA 1LOEA 3PJQA 1MS4A 1S0BA 3BIWE 1BXHA 1W8OA 5HUNA 4X6KA 4DPNA 1Z4ZA 2ZGKA 4UW5A 2XCYA 2CWMA 4D8SA 2WNEA 5E89A 1NCDN 2PHWA 1PZ8A 2EF6A 1MS5A 3T1EA 1SLBA 5M1ZA 1Q8VA 1Z4YA 2V73A 2ARBA 2BF6A 2ZGUA 1SNTA 2EXKA 1WW5A 4PQ9A 4P9YA 4GZSA 3ZSJA 2NM1A 2UU8A 4QN4A 1IKQA 4WEGA 1I1EA 4C1XA 2D6MA 2JD4A 4XMIA 3D5OA 4Y20A 1V00A 5DZEA 3RSJA 5JMCA 3D12A 1GYKA 4XJZA 1E8TA 2NZ9A 1A4QA 4AGRA 4XJ8A 5CB7A 1V6JA 4YZ1A 2A75A 1V0ZA 2R0HA 2E51A 4ISRA 3AP9A 1KITA 3O5SA 1WCQA 5CNAA 1WLWA 1HLCA 1A14N 2ZHMA 2YA6A 2YDTA 2C5DA 3A0KA 1EUTA 6NN9A 4MWWA 3TB0A 2UWCA 1IVCA 5JVVA 1CR7A 1BKZA 3SANA 4QN7A 2QWIA 4WEFA 4ITCA 1JBCA 2PHFA 3BEQA 4MWQA 1SCRA 1Q8QA 1LOBA 4GKXA 2ZB5A 4XBNA 4R9CA 2ZB6A 1VCJA 4YW4A 5T54A 5IUQA 1GZWA 1W6OA 2F29A 4H53A 2WT0A 1AJKA 2GNTA 1LHNA 5IK5A 3ALWA 1DQ6A 1W6MA 2F28A 4ASMB 3B7EA 4FOYA 5T5PA 1KDMA 3ZXEA 4YG6A 1A3KA 1LOCA 4BOWA 2R1DA 4YW1A 4YZ5A 2YV8A 4LBJA 3B00A 4UW6A 4FP3A 1HQWA 3C2UA 3POWA 4MWJA 2UWAA 5EXOA 4Y22B 5B2DA 2CYFA 2F27A 2HTWA 1QF3A 1H30A 4LBQA 3NSSA 2W68A 4XILA 5GLUA 1G8WA 3WG2A 4PF5A 1QOSA 1AX0A 1Z4XA 2DVGA 3GVKA 2AH2A 2A70A 2E7TA 1C1FA 1UZZA 4GZPA 4XDQA 1UPSA 3K36A 4C1WA 1QNYA 3OPZA 3UK9A 3VV1A 1ZM1A 4CPYA 1G7YA 1YIFA 4HZZA 1J1TA 1MS9A 1AF9A 5BYNA 1L7GA 3MW4A 1ULFA 3LSEA 1EPWA 4KS5A 2WKKA 2VUAA 4YGBA 1IS5A 1V0FA 3WVJA 1F5FA 2DURA 4XJRA 3KQRA 1W6NA 5E88A 1MS3A 4XHBA 5T55A 3ASIA 1SBEA 2HT5A 1AXZA 4J9TA 2WLQA 3OYWB 4PCRA 3RG0A 3UJOA 2QWGA 1YRZA 5F5QA 5KXCA 2ZACA 5KXDA 4YGDA 4AVSA 4K1ZA 1WLCA 1WD4A 4CPMA 3IPVA 3GNEA 1OKQA 4D69A 1U0AA 3AYEA 5GALA 1LESA 1JW6A 3KM5A 3AK0A 1IS6A 1D0HA 1QDCA 4XJUA 1URXA 1LOFA 5SV8A 2A6XA 1LODA 2YMZA 2D43A 2DTWA 1HKDA 1YO8A 4B7JA 2PHXA 4FPYA 4YG0A 1W20A 3HR9A 2HU0A 3TI3A 1QOTA 4ISQA 2DVAA 1DBNA 1LU2A 4M4UA 3OY8B 1IOAA 1WD3A 2F10A 1LHWA 4P9XA 3WHUA 1LHOA 5L73A 1LECA 4KS3A 3SALA 2CTVA 1F8CA 1FX5A 2DV9A 4HIZA 2ZGQA 4QN3A 1RITA 2HTQA 4LBOA 1SLAA 1CESA 1V3CA 3PVEA 2ZGSA 5DG2A 1FNYA 4M01A 1MZ6A 4UW4A 2AYHA 4WA4A 2VSMA 4Z8BA 5DUWA 1JYIA 2GMMA 3AP7A 3WDUA 4Q6KA 2UURA 5FRAA 1DYPA 3APBA 2A3YA 2Q5TA 2WQZC 1QGLA 4B7NA 2F26A 1FV3A 1LOAA 2HTUA 2YA5A 1BQPA 2W08A 5E8AA 1AX2A 4R9BA 2BATA 5GM0A 3NV2A 3AX4A 2A71A 4XE9A 4MWRA 1W8NA 4ATFA 2ENRA 3WHTA 4XHXA 1VIWB 3RMYA 2ZGLA 1DHKB 4Y1ZA 3USUB 2VK5A 1W6QB 4W65A 4FQZA 4YFWA 5EYXA 2CNAA 2ZGPA 2XZJA 2W20A 4B7MA 4CPZA 4DS0A 2OVUA 2E6VA 1WBLA 2A6YA 4U2AA 1LOGA 1W21A 4FPHA 2B8HA 4SLIA 2XZIA 1CPNA 4K1IA 3M2MA 3O12A 1H9WA 3W59A 4FPOB 3UJQA 1IVDA 2QWJA 2GDFA 1ULCA 3AP4A 1GV9A 1NMCA 4DQAA 1N1SA 1JXNA 3TI5A 3ZPYA 2D3RA 4FPCA 1G9AA 1NCAN 2P3JA 1Z4VA 4CPLA 4WVVA 1G9FA 4WVWA 1SBFA 2VH9A 1N3OA 2D6OX 5H9PA 2GALA 4Y1UA 4KS2A 1LGNA 4L8QA 2D7FA 5DZFA 1GICA 3Q9OA 1W0PA 4Y26A 3N3HA 5IK8A 1USRA 4GZXA 2Z42A 1GBGA 3H0OA 5JOXA 3WG1A 3ZSLA 4RA0A 1ULEA 4QN5A 2WJSA 1CIWA 4B7QA 2YA7A 2A5ZA 3T1LA 2R1BA 1RIRA 2NMNA 1CPMA 3O9KA 2ZGMA 1UKGA 2R49A 1S1AA 3GVJA 1N3PA 1UMZA 3ILFA 1DZQA 3N7LA 4YM2A 1WW7A 4Y1YA 1YI7A 2WT2A 3AFKA 5DUVA 3A71A 1V3DA 3FLRA 2NMOA 2D3PA 4GJTA 5DZGA 5HX0A 1INFA 5H9SA 2DTYA 2ZABA 4AVVA 2PELA 1NLSA 4M3CB 1GZ9A 4Q27A 2LTNA 2LALA 2RHPA 3AYDA 2GN7A 2QWKA 3SISA 2VWDA 3H71A 5GLTA 4WA5A 3AZVA 1WUVA 2EXIA 1AXYA 1KDKA 3INBA 1INWA 4CPNA 4FVKA 1GLHA 3MW3A 2QWBA 1N1YA 1Z4WA 3V0AB 3WG4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4LUM A;  2D6K A;  2JG9 C;  1RUC 3;  3NAP B;  2FZ1 A;  4P9I A;  1BYH A;  4I02 A;  5JI7 A;  1MQT B;  4HVO A;  4NR1 A;  1CJP A;  4F8A A;  2XBO 1;  2QUO A;  1YYN A;  5JZG B;  1DGW A;  2HWC 3;  4JCK A;  4LBL A;  2ZHN A;  4KGG A;  5I0S A;  1IPJ A;  4X8P A;  1CQ9 A;  4YSF A;  3CKZ A;  3TI8 A;  3JUU A;  1SLL A;  2VNG A;  3AKS A;  1C28 A;  1REE A;  4HZV A;  3D6E A;  1DU3 D;  3AKR A;  4H7M A;  3N36 A;  1DGW X;  1A8D A;  1W6P A;  5EYY A;  2P3I A;  4LBN A;  4JTN A;  4JC1 A;  3ECQ A;  2ZGT A;  4K21 A;  4Q8K A;  4YFZ A;  4BM8 A;  2PQQ A;  4CDW C;  1DGL A;  4JGZ C;  4IEY A;  4ZU4 A;  2GC3 A;  4NC5 A;  1ND3 A;  2QQP A;  1AYN 1;  4F83 A;  4XIO A;  4GDI A;  4RD7 A;  4YLZ A;  4WZF A;  3SH3 A;  1ZRC A;  3GZU C;  4LO8 A;  2HWD 2;  4FPG A;  4GZQ A;  2ET7 A;  3RQ0 A;  4N90 A;  2GU9 A;  1QWR A;  1DGR N;  2A6V A;  2D98 A;  3CLP A;  1AR9 1;  4AYU A;  3TN9 3;  1SLI A;  3LB9 A;  2OUH A;  3CJI C;  4QPG A;  1S0E A;  1ENQ A;  3IM0 A;  3WD5 A;  3E5X A;  2C1F A;  4XTP A;  1RUH 3;  2TNF A;  4IV1 C;  1O4Y A;  2DCK A;  3U4X A; 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