1SLIA

Leech intramolecular trans-sialidase complexed with dana
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
679
structure length
679
Chain Sequence
IPEGILMEKNNVDIAEGQGYSLDQEAGAKYVKAMTQGTIILSYKSTSENGIQSLFSVGNSTAGNQDRHFHIYITNSGGIGIELRNTDGVFNYTLDRPASVRALYKGERVFNTVALKADAANKQCRLFANGELLATLDKDAFKFISDITGVDNVTLGGTKRQGKIAYPFGGTIGDIKVYSNALSDEELIQATGVTTYGENIFYAGDVTESNYFRIPSLLTLSTGTVISAADARYGGTHDSKSKINIAFAKSTDGGNTWSEPTLPLKFDDYIAKNIDWPRDSVGKNVQIQGSASYIDPVLLEDKLTKRIFLFADLMPAGIGSSNASVGSGFKEVNGKKYLKLRWHKDAGRAYDYTIREKGVIYNDATNQPTEFRVDGEYNLYQHDTNLTCKQYDYNFSGNNLIESKTDVDVNMNIFYKNSVFKAFPTNYLAMRYSDDEGASWSDLDIVSSFKPEVSKFLVVGPGIGKQISTGENAGRLLVPLYSKSSAELGFMYSDDHGDNWTYVEADNLTGGATAEAQIVEMPDGSLKTYLRTGSNCIAEVTSIDGGETWSDRVPLQGISTTSYGTQLSVINYSQPIDGKPAIILSSPNATNGRKNGKIWIGLVNDTGNTGIDKYSVEWKYSYAVDTPQMGYSYSCLAELPDGQVGLLYEKYDSWSRNELHLKDILKFEKYSISELTGQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of an intramolecular trans-sialidase with a NeuAc alpha2-->3Gal specificity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Macrobdella decora
molecule keywords INTRAMOLECULAR TRANS-SIALIDASE
total genus 183
structure length 679
sequence length 679
ec nomenclature ec 4.2.2.15: Anhydrosialidase.
pdb deposition date 1998-03-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 1sliA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1sliA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1sliA02
2YMZA 2YY1A 4L8QA 1IKQA 1GV9A 2VK7A 4LBQB 1C57A 4WV8A 2VW1A 2NYYA 1DLLA 3WOGA 5EYXA 1A8DA 4GB1A 2QWFA 2ZB5A 4KS4A 1UKGA 2GALA 4XIKA 1IVDA 3MW4A 3ZVXA 5JOZA 4XBNA 4BMBA 4FPFA 2ZBJA 4PQ9A 3WDYA 2GNMA 2FMDA 2R0FA 4XILA 2W5NA 1VAMA 1USXA 1KDKA 4AYUA 4BM8A 1G9DA 3AP4A 1BZWA 4MJUA 1Y7BA 1YI7A 4BMEA 2NMOA 5H9RA 2AR6A 3QCWA 1RIRA 1GLHA 1GZWB 2E7TA 1IVFA 1V6NA 1IS3A 4GZXA 3JU4A 1LEMA 2TEPA 4HZWA 3TAYA 4Y1UA 5T5PA 3M1HA 2JECA 1NCAN 1S0EA 3LSEA 3CL2A 1VLNA 3QLQA 1WW6A 3WUDA 4CTEA 4CPYA 1W6MB 2XB6C 2CY6A 1AX2A 1AX0A 4LBQA 3H6JA 4MX0A 3AXEA 4YLZA 4M3MA 3SANA 4BQ1A 2R49A 1IVEA 2HT7A 3NN9A 4B7NA 4Q8KA 4MJVA 4R9BA 2EXKA 1WBLA 2JDZA 2AYHA 4NN9A 1WD3A 1YO8A 4FOYA 2C5DA 2ZGOA 1GBGA 3IMNA 2DUOA 4X4AA 4GZPA 5T52A 3AYCA 3M3OA 3TIBA 4XTPA 4Y24A 3AZVA 3W58A 1D2SA 1BYHA 3R4SA 1Z4XA 4AVSA 4CPOA 2YDTA 1LU2A 2YDPA 3ALWA 5HUKA 2QWCA 1GZWA 2P2KA 4XJ8A 4R9AA 2NP0A 2PHTA 1HQWA 3BODA 2ZHNA 2UURA 1CIWA 4UW4A 4B7RA 2E53A 1SLCA 1V6MA 2GMMA 2SBAA 2DVDA 1SLBA 4GDIA 4FOWA 1A14N 4K1KA 1W6MA 1SNTA 4H52A 4J9TA 1NXD1 2HYKA 1Z4WA 2QWKA 1F8BA 3WDUA 3IN9A 1ULCA 1GZ9A 4YM0A 1QU0A 1G8WA 1ENQA 2ZGRA 4KS2A 5DG2A 4B7MA 3RG0A 4XOGA 4XJZA 1Q56A 3POWA 5HCFA 4YW4A 1ENRA 3TB0A 4U2AA 3UJQA 3GVKA 5M1ZA 2FHRA 4X47A 4DPNA 1MS3A 2WT0A 3O0WA 4YGBA 4GJTA 4ISRA 4FVKA 2BF6A 1F31A 1IS5A 1FAYA 3AYDA 1S0GA 3GNEA 5F5QA 2A71A 3O9JA 2DUPA 2PHFA 2R1DA 3ENRA 3UJOA 1MS8A 2F13A 2BQPA 2UU8A 1LOCA 4YG0A 4KS1A 1WLCA 4MWXA 3W59A 3D6EA 2OUHA 1AXZA 3KQRA 1C4RA 1V6KA 2XZKA 4HZZA 1MVQA 4BBWA 3H72A 1SLLA 5LK5A 3TI3A 2R0HA 1W8OA 4JRAA 4XHXA 4K1IA 1V3BA 4B7QA 3B69A 3ZSJA 3ATGA 2ZMLA 5JMCA 1E8TA 2DV9A 1LOBA 3ALXA 4HZXA 4DGRA 3B7EA 3VKLA 2WSUA 3SLIA 5FRAA 3OGGA 2CL2A 2W5OA 1SACA 4XXPA 4Y1XA 2BZDA 1FV2A 3O0XA 2VY0A 1IVCA 5L73A 4Q27A 2HTQA 1QNWA 2D44A 5HX0A 2A6ZA 1CONA 2HT5A 2HU4A 1CQ9A 1ULFA 2CWSA 3ILFA 4KS5A 3I8TA 1DIMA 3ILRA 2ZKNA 3OYWB 1DQ2A 1WCSA 5BYNA 4M01A 3O9KA 2HTUA 1BKZA 2QWAA 2GDFA 1MS0A 3V0BB 3USUB 2C4LA 2I2SA 2DU0A 4X49A 4WVWA 2YA6A 5H9SA 2W38A 3WG4A 3BEQA 1LGBA 1G9BA 4HL0A 4XBLA 3WCRA 4NOTA 3ZYPA 1W21A 3B01A 3WG3A 3NV1A 4YW5A 3APBA 3RMXA 4LBOA 2C4AA 5JOYA 4WEFA 3TICA 4AGRA 4AVTA 1L7GA 5JOXA 1AVBA 1MS5A 2CYFA 1AZDA 3MW2A 2E7QA 1MZ6A 2V73A 4ATFA 3WNXA 3WDVA 3KM5A 1G7YA 2ZGPA 4OZXA 1N1TA 5EWSA 3V65A 1V0ZA 3PJQA 5E88A 1LCLA 4Q8LA 2EALA 2DTYA 3POSA 2F0ZA 3MW3A 3IKWA 1USRA 2EXJA 5E8AA 5GLUA 1S1AA 1Z50A 4YZ3A 1HLCA 2AGSA 5KXDA 1UN1A 2QWHA 3OYWA 5GLWA 1OQ1A 2YV8A 3B00A 3O0VA 4GXLA 5T50A 3T2TA 2VUAA 5GLZA 1W1XA 1FV3A 3RS6A 2WT1A 2DVFA 1JYCA 3V0BA 3USUA 1H9PA 1FNZA 4D69A 3VKNA 4FPLA 1Z4VA 1MR5A 4QN7A 5IK4A 4M3CF 2D6NA 2X9MA 3PVOA 1LOGA 4AGGA 1V2IA 1UAIA 1RINA 1UZYA 1OKQA 2V5YA 1A3KA 3FBYA 4XYXA 1AXYA 1LECA 4WA3A 1INVA 4XBQA 4C1WA 1DZQA 3GVJA 1G86A 1ENSA 1SLAA 5B2DA 2F12A 2P34A 1WLDA 2ZA9A 5FREA 1VCJA 4K1ZA 2XZIA 3V0AB 4GZTA 3FFZA 1AJKA 4XJ9A 4YG3A 3K39A 2VWDA 1XQNA 3PMEA 2HTVA 3K37A 4M4VA 4LBNA 2A70A 4Q2FA 1O4ZA 4I30A 1LTEA 7NN9A 4PF5A 3BTAA 1IS6A 4K3YA 2JE7A 1VCUA 1Q8OA 4FQ4A 4JC1A 2ZABA 1JHNA 3ZYRA 4GKYA 1Z4YA 1GKBA 2H0BA 5DZFA 1KRIA 1LJ7A 1LODA 3I4IA 3T1LA 2CTVA 3PVEA 2Z42A 2ZMNA 2ZGKA 3HMYA 2EXHA 4FP2A 5DZGA 4DQAA 4FPGA 5KXBA 1Q8VA 3A72A 1S0CA 4Q26A 1MVEA 4FQZA 2A6YA 3HN1A 2SLIA 3AK0A 5SV8A 1Q8PA 2NMNA 3INBA 1S0IA 2G4IA 4YM1A 1VALA 1V3DA 2WNEA 1E8VA 3DGTA 2Q5TA 4SLIA 3LCPA 3IPVB 4FP3A 2AENA 5JVVA 3SISA 2ZHLA 1INGA 1B9TA 6NN9A 1IKPA 2P37A 2P3IA 1IVBA 1U0AA 4AWDA 1QDCA 1QMJA 1B9SA 3V0AA 4TYSA 4YGEA 4HIZA 4YW1A 4CZSA 2VK6A 4Z8BA 4WVVA 1UX6A 2WT2A 4YZ5A 2D3SA 2OW4A 4GA9A 4XJWA 2VK5A 3WLUA 3ZXLA 1FNYA 1DYKA 3AX4A 2SILA 1ULDA 3FLRA 1LHNA 1NMCA 4UW6A 4YZ2A 3ZXJA 1JXNA 4FPJA 1CPMA 1N3OA 1YRZA 4HZVA 1LHWA 1DHKB 1CN1A 1W6QB 3WDXA 3K38A 1KITA 2VW2A 1QGLA 3W09A 2HTRA 3A4UA 4NCSA 3H71A 3JUUA 1IS4A 2A75A 1LHVA 3AZWA 3SITA 4LBJA 4WA5A 1WW7A 5HUMA 2PHUA 1SCRA 5HUGA 2ARXA 1LESA 3FLPA 2QWDA 4GWMA 2OVUA 1NCCN 4MWQA 2XG3A 3IM0A 3IPVA 3H73A 2ZHKA 4XDQA 1HDKA 2QWGA 2JKBA 2A6XA 5CAZA 1MZ5A 2ZGQA 1NCDN 3WHUA 1Z78A 3TI8A 1YIFA 2DTWA 2AEQA 1DQ6A 3M3CA 3AFKA 1HQLA 2DVAA 4K21A 2JE9A 1JYIA 3SILA 1DFQA 2XCYA 5EYYA 3U4XA 3BOPA 3D4KA 3VKFC 2A3YA 1C1LA 4UW3A 3UL2A 1W6QA 3WDTA 1WD4A 4PCRA 4M4UA 2R1BA 4AGVA 1LULA 2VVZA 1QF3A 3MEPA 1INFA 1V0FA 3AP9A 1HKDA 2E6VA 1DYPA 4MZEA 1LOFA 4GEZA 4Y20B 2VXRA 1W6NB 2WLQA 1V6IA 4U36A 1DGLA 4M4NA 1W6PB 1N1YA 5HCAA 1EUTA 1LHOA 1INXA 1NSBA 1CPNA 1JBCA 2HU0A 1GICA 1H30A 5GLVA 5GJ6A 1CVNA 1LU1A 4MWWA 1NLSA 4PBPA 2YROA 2AEPA 1TEIA 3H0OA 1F8CA 1V3EA 3N35A 2LALA 3CNAA 2R16A 1B09A 3RMYA 4YW2A 4Y1VA 1WCQA 4FPOB 3AXDA 2B8HA 1N3PA 3ZXKA 2ZMKA 2RHPA 2NZ9A 4DS0A 4M3CB 1V3CA 3INAA 1DQ1A 1MS4A 2ZACA 2D6KA 1W6OB 3VKMA 1LGCA 1G9FA 4QN6A 3VV1A 1GNHA 4HANA 2NM1A 1Q8QA 2W52A 2GN7A 3UK9A 1Z4ZA 5KXEA 1PZ7A 3OY8B 2QWJA 1NSCA 4QN4A 4Q1PA 4MWLA 4K1YA 1G9AA 1CR7A 2UWCA 3Q9OA 4Y20A 3TI5A 1KJRA 1W6NA 1Z0HA 1LGNA 1JUIA 1AJOA 3NWKA 2DWRA 1S0DA 2A6WA 1V6LA 1BJIA 1W6PA 1GANA 2HTYA 3OJBA 2ES3A 2AH2A 1ONAA 1DILA 1MS1A 3WUCA 4LBKA 5KXCA 4GDJA 3A71A 3AP6A 3M2MA 2EIGA 3HR9A 3C2UA 3MPPG 1F5FA 1B9VA 1ZA4A 1S0FA 2WSVA 2HTWA 4I00A 5CNAA 1R1ZA 4MWYA 2W39A 1A4QA 1KQRA 1N3QA 3NV2A 1XOEA 2EF6A 1J1TA 1PZ8A 1WW4A 3N7MA 2DVBA 3WHTA 1V6OA 1KJLA 4YGDA 5DUUA 1LENA 4M3CA 3B3QE 2A5ZA 2W20A 1OFSA 1W6OA 5EXOA 4MWRA 4WEGA 1A4GA 3SNMA 2F28A 4GZWA 4FPKA 4HZYA 2ERFA 2VW0A 1E8UA 2B7YA 4FPYA 2QWEA 3OY8A 4CPNA 1ZM1A 4BLJA 1NSDA 1QOTA 1W0PA 1AXKA 2F10A 2NN8A 4FOVA 4D8SA 5DUXA 1GYKA 3T1EA 3AYEA 2GMPA 1UMZA 4XXAA 1GZCA 4CRQA 2YA4A 1AF9A 4DRVA 5IUQA 2D6MA 1MWEA 2OUJA 1EUSA 3CL0A 3DUIA 4Q1RA 5T5JA 5NN9A 3RRDA 3FUQA 5CB7A 1YYNA 4ZXKA 2BATA 4XJUA 3N7JA 1INHA 5JLVA 1URXA 5IK8A 3AP7A 2A7AA 3ZPYA 1F8EA 2D3RA 3AZZA 3VKOA 1WBFA 4YM3A 2P3KA 3ZXEA 1INWA 2CMLA 1SLIA 4XJQA 4MC7A 1CJPA 3R4UA 3T1MA 5GZEA 4R9CA 3AJZA 3R05A 4XZPA 4Y1YA 4F83A 2ZGSA 4YGCA 2HT8A 3GVLA 4B7JA 3AJYA 5GALA 2F24A 5GLTA 3ZXFA 4LBMA 3B9CA 1SBEA 3PVNA 5GM0A 2PHWA 2D6PA 5AVAA 1H9WA 3NSSA 1SBFA 1I1EA 4YZ4A 4CPZA 4ATEA 1WUVA 1XOGA 2QWIA 3TI4A 2E51A 2RKCA 1A78A 4Q6KA 4RL7A 5T54A 2GN3A 4C1XA 1NMAN 4BPZA 3SH3A 2XZJA 1FATA 4NC5A 1D0HA 5JYYA 1CESA 3ASIA 1JN2P 3N7LA 5F9TA 5B2CA 4FZHA 1W8NA 3AYAA 1EURA 4FVVA 4W65A 4CPLA 4BLIA 2AUYA 3RSJA 5DUWA 2VH9A 2WQZC 2EAKA 1MACA 3SALA 2GNDA 3NV3A 1NNBA 1NNCA 4GKXA 2UWAA 1QOSA 5CA6A 2DUQA 2EXIA 4MYEA 1BXHA 3D5OA 5DXDA 2BERA 4K20A 4R9DA 1JW6A 5GZDA 2W68A 3NV4A 1DQ0A 1S0BA 4H53A 4X6KA 3WG2A 4QN5A 3WVJA 4Y22B 1QOOA 4KBBA 4MWJA 5T5OA 3ZSLA 2AREA 3ILNA 5DG1A 1L7FA 2PHRA 3RQ0A 4K1JA 4XE9A 4GWNA 4XMAA 3WDWA 2ZHMA 2YZ4A 2JD4A 1DIWA 1YXWA 1UL9A 4FPCA 1QKQA 2YA7A 1NMBN 1SCSA 2F29A 1BJQA 5JDBA 3M3EA 4GALA 5GZGA 5H9PA 1ULGA 1LOFC 1APNA 1SFYA 1W20A 4WA4A 1O4YA 2GNTA 5T5LA 2D6LX 2DYCA 3K36A 4YFWA 4BOWA 5GZFA 2ENRA 4UF7A 4ITCA 2ZGMA 4JCKA 1N1VA 1QNYA 2GMEA 3A0NA 3FUOA 3M3QA 1AX1A 1L7HA 2W08A 1Q8SA 2VU9A 1S0JA 4WZFA 4CPMA 4MWUA 5HCBA 1G9CA 3AP5A 4K1HA 1EUUA 2LTNA 4YG6A 2ZGNA 3CKZA 2C9AA 4XIOA 2D43A 2F25A 4P9WA 3ZSMA 1IVGA 4FPEA 1UZZA 4P9XA 4QNPA 4TZDA 1INYA 2CNAA 2A6VA 5CBLA 3D12A 3WZ1A 1X50A 4Y22A 2D3PA 1F8DA 4FPHA 1JOJA 1FYUA 3WG1A 1NN2A 4Y26A 2WJSA 3N7KA 1RITA 1SLTA 1SO7A 2ZGTA 3JU9A 2F27A 4ASMB 1KDMA 4XJRA 4H55A 5IK7A 1DBNA 4PBOA 3L2YA 4DRRA 1WW5A 3SH4A 5HUNA 1LEDA 1LHUA 2YA5A 1NCBN 2F11A 2KM2A 4QN3A 2JJ6A 1V00A 2GNBA 2DVGA 2DU1A 3OPZA 3OBTA 4LBQD 2WKKA 4YW3A 1V0EA 1C1FA 1IOAA 4XJAA 5E89A 1WLWA 3GALA 3CYEA 5DZEA 5IK5A 1VIWB 2ZGUA 3WCSA 1GSLA 4KS3A 2ZAAA 3AZXA 4M3CE 4DFSA 1LOAA 4XTMA 2ARBA 4Y1ZA 3V64A 4AVVA 3A0KA 4P14A 2D6OX 3TI6A 2VSKA 4UW5A 4RA0A 5GZCA 4YM2A 2D7FA 3LSDA 1V6JA 2PELA 1DQ4A 1VAVA 2CWMA 4LBLA 4XMIA 2SIMA 1I3HA 3N36A 3D11A 1LOEA 4XHBA 3O12A 4M00A 4GZOA 3O5SA 4FOQA 3BIWE 2P3JA 2PHXA 1QDOA 1N47A 3N3HA 5T55A 4GZSA 1W0OA 2ZZJA 4IQPA 2A3XA 5DUVA 2F26A 4FJ6A 1PZ9A 1NNAA 3SH5A 1N1SA 1FX5A 1SBDA 2YXSA 1GNZA 1DQ5A 4ISQA 1EPWA 1ULEA 2QWBA 2ZGLA 2YA8A 3OBRA 4YFZA 5H9QA 3VUOA 2UWBA 3WV6A 4MZAA 1UPSA 2A3WA 1BQPA 3ZSKA 4NO4A 5IT6A 4P9YA 4MWVA 3POYA 2VSMA 4JF7A 3K3AA 1MS9A 3AZYA 3FLTA 2DURA 5JOWA 2ZB6A 4GZQA 4ZKTB 1F9KA 3TIAA 4YZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HVRA 4LR4A 3UGHA 4D52B 1AYN2 3VBHA 5EIYB 2YMZA 2YY1A 2P4EA 4B4PA 3Q6PA 3T0AA 4L8QA 1IKQA 2CDPA 2Y38A 1GV9A 2VK7A 2I45A 2JG9A 2RJLA 1WP5A 2D5HA 1XE7A 4LBQB 4MH0E 3MPBA 1M4WA 1ND2A 2Z79A 5L19A 3NSTA 3HNMA 1C8NA 5A3TA 1C57A 4Y5TA 1VBB1 2K2SA 5IHRA 1TME1 4I0WB 4CU6A 3CJIC 4WV8A 1O7FA 1RUI1 1BMV2 3ZGCA 2VW1A 4QDRA 2NYYA 4QT6A 1DLLA 3EBRA 4MXWA 4OHVA 1VBC2 3WOGA 5EYXA 2YC0A 1A8DA 4AI3A 4GB1A 2VOTA 3K2OA 2QWFA 2ZB5A 3HT2A 3ACIA 5FP3A 1OH4A 4KS4A 1X36A 1XSRA 1UKGA 3ZOIA 2WFF1 2GALA 3KQ4B 1R092 3I3EA 4XIKA 3NW4A 1QY4A 2ZEZA 4NPRA 3X29B 1IVDA 1CGPA 2WAAA 1BEV2 3CDZB 3EQEA 3MW4A 4O5TA 3ZVXA 5JOZA 1LKNA 4XBNA 5FZOB 4BMBA 3WN7A 4FPFA 1SFPA 2ZBJA 3Q8FA 4QPWA 2H6BA 4XVHA 4PQ9A 1S2KA 3WDYA 2GZWA 3ZYIB 2XOMA 1H6YA 3C7FA 3NNGA 2GNMA 2DCYA 2WZEA 1OXCA 2VNRA 3OD0A 4B29A 2FMDA 3EJKA 2R0FA 2Z32A 4L2NA 3P5BL 1JHJA 3GZUC 4IETA 1ZGKA 3RYKA 4XILA 4NIAA 5A3NA 4Z82A 3I2OA 2W5NA 1VAMA 3DXUA 1SPPB 3O14A 5JCTA 4XAAA 5K7PA 1UZVA 2LW8A 3RFRA 1USXA 1T2XA 4CCJA 2P1BA 5FK7A 1V9U3 4QQLA 5LY2A 5CADA 4O7XA 5A7NA 5FPLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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