1W0OA

Vibrio cholerae sialidase
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE
total genus 195
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0oA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0oA02
1INGA 1W6MA 1MS0A 2Q5TA 1WLCA 1IOAA 1Q8QA 1WD4A 2DYCA 5H9QA 3POYA 3O12A 2ZGNA 2XZIA 5DUUA 3R4SA 4MWQA 3ZSJA 1F31A 1C4RA 1O4YA 1SACA 4LBNA 4FPYA 2ZGPA 4AWDA 4MWYA 3MW3A 1BJIA 4YM0A 1WLDA 2HTQA 1FV3A 1LOFA 2F13A 4R9BA 3M3CA 4XZPA 4NO4A 4X47A 2D6MA 2XZKA 1DQ1A 4R9DA 2F10A 4B7MA 4JRAA 1NCBN 4AGVA 1F9KA 2QWEA 3FUQA 3SANA 1FV2A 5DZEA 4BOWA 3WDVA 3GALA 2NM1A 1LOFC 2GDFA 1AX1A 2R1BA 4MJVA 3U4XA 4XJRA 1BQPA 1N47A 4FVVA 1V6IA 1CJPA 1S0CA 5IK5A 2HTWA 2RKCA 1IKQA 3USUB 2F25A 2ZGMA 1A4QA 4YG6A 2D7FA 2LALA 2E6VA 1W6OB 1KJRA 3VKNA 4M3CF 1YIFA 4KS1A 2PELA 5GM0A 2VK6A 3WOGA 5T50A 4KBBA 1BJQA 3K38A 1W6NB 1JHNA 2QWAA 4GWMA 1Z50A 3HR9A 5JOYA 2OUJA 2PHFA 3MW4A 2ES3A 3WNXA 3OBTA 1NCAN 1V00A 2ZMNA 2DVAA 1LU2A 1VALA 2YROA 2I2SA 2AREA 1L7GA 4K1IA 3PMEA 4Q26A 3GVJA 4FOVA 1AXYA 1MS1A 2P3IA 3WDXA 2A71A 2HT8A 2GMPA 2QWBA 1BZWA 3NSSA 4I30A 4MWLA 4YGCA 4XJZA 5JLVA 4K20A 4DQAA 4JC1A 2SBAA 1IVEA 1F5FA 3VUOA 2GNDA 1MR5A 4FPJA 4Y1VA 2DU1A 2R1DA 1ENRA 2GALA 2ZHKA 3HN1A 2TEPA 3V0AB 1C57A 2GMEA 2C4LA 4ATFA 2QWJA 1HDKA 5JDBA 3ZXFA 4BQ1A 2XG3A 4YGDA 3AP6A 3WG1A 4ZKTB 1C1FA 2VW2A 5CAZA 2W68A 3T1LA 3ALXA 1DHKB 3AZVA 2W52A 2HTRA 1DQ2A 1LGNA 5JMCA 5GLZA 1GYKA 4GZOA 3N7KA 4ZXKA 1VLNA 2WT0A 4MWWA 2E7QA 3AZWA 1Z4XA 4WVVA 1V6LA 4KS5A 1LHNA 2GN7A 2VW1A 4R9AA 1G86A 2YMZA 2ZZJA 4W65A 3BOPA 3GNEA 1Z0HA 3DUIA 2PHXA 1UX6A 1W1XA 4XXPA 4AVTA 4MX0A 1C1LA 1F8EA 4DGRA 2UWAA 4PBPA 4NCSA 1AJKA 3N36A 1N1VA 1QDCA 2JKBA 1ZA4A 3TI4A 4BLIA 2OVUA 3O0VA 5GLUA 3POWA 1KJLA 2ZAAA 4YW2A 4FOYA 3SALA 4KS3A 3D5OA 4WEFA 1GZWB 4FQZA 1I1EA 3FFZA 1MS3A 4Y1YA 1E8UA 4M3CA 2ZGUA 2SIMA 2A3XA 3ZPYA 1CR7A 2BZDA 3IPVA 1UMZA 4BLJA 1S0IA 4GDIA 2A3WA 2XB6C 1WCSA 1MZ5A 1YYNA 1A3KA 1JXNA 3CKZA 3FUOA 1H9PA 4LBLA 1SNTA 3CL0A 1W6MB 3OJBA 3V64A 1JBCA 2P3JA 2PHUA 1GICA 5DUWA 2DUOA 1WW6A 1CIWA 4FOWA 2QWHA 1YO8A 4IQPA 1YRZA 1Q56A 1A4GA 5F5QA 1USXA 3WDWA 2ZGLA 3KM5A 1SFYA 2DVDA 4FPOB 1SCRA 4TZDA 4XHBA 3H72A 3D11A 5DG2A 2DTYA 2UU8A 5T5JA 1H9WA 2AYHA 3LSDA 4XJUA 3WHUA 4DPNA 2CWSA 1ZM1A 5T55A 1NNBA 1IVGA 1LHWA 1ONAA 4XBQA 4X4AA 1NSDA 1QKQA 1AXKA 4MWXA 2D44A 2YA7A 4I00A 3V65A 2A6VA 1GSLA 4GALA 1V6NA 4M01A 2W08A 3FBYA 1L7HA 1Z4WA 3WUDA 2E53A 5DZFA 5F9TA 1CPMA 1S0FA 5FRAA 2A6XA 2UWBA 2HTVA 1CN1A 1LHUA 3PVEA 4BPZA 4F83A 4BMBA 4Z8BA 3OY8B 4YZ2A 1WW5A 4GZTA 2YA5A 2PHWA 1DQ6A 4B7QA 2ZGOA 5T54A 2R49A 2R0HA 4HZXA 3CYEA 3O5SA 5B2DA 3A0NA 4LBQD 4K1JA 3W59A 6NN9A 4FPEA 2JDZA 3SLIA 2BF6A 2F0ZA 1SLAA 2DVFA 3C2UA 2YDPA 1LHOA 4LBMA 2WLQA 1FNYA 2WKKA 2NYYA 2DUPA 4YFWA 3ZSMA 4CPNA 3LSEA 2SLIA 1NNCA 4YZ1A 1DQ0A 1PZ8A 4Y1XA 1IS5A 1QOOA 1B9VA 3M3QA 1WBLA 3W58A 4FVKA 1WUVA 3IMNA 3WG4A 1KQRA 5IUQA 2NZ9A 1JOJA 1GV9A 4MC7A 1Z4YA 1D0HA 3B01A 4Q27A 4GEZA 5KXBA 2ENRA 3RQ0A 1NN2A 4XJAA 5E88A 3JUUA 4HZZA 2W38A 5LK5A 2ARXA 2VK7A 1KDMA 3OYWA 4PBOA 1S0GA 2LTNA 4NC5A 4WV8A 2DV9A 3M3OA 2Z42A 1CQ9A 1WW4A 2EXJA 1MS4A 4XIOA 2HU0A 4ATEA 1WBFA 2ERFA 3NV3A 3AYEA 1B09A 2EXHA 1JW6A 1W6PA 1DGLA 2D3PA 5JOWA 1HLCA 3FLPA 3PVOA 4XBLA 2NP0A 1PZ9A 4QN7A 3O9KA 2B8HA 2SILA 4UW5A 3A0KA 2P2KA 4XJQA 2D6KA 3WG2A 3T1EA 1MVQA 2ZABA 5KXEA 1X50A 1QF3A 5KXDA 1NCDN 3OGGA 3TICA 4H55A 1N1SA 2RHPA 1V0FA 2EXIA 3INAA 1NSCA 3L2YA 4XJ8A 3SH3A 4HZYA 2DVGA 3ZXKA 3ATGA 2HTYA 3AJZA 5H9PA 3SNMA 2CMLA 4AVSA 1R1ZA 2KM2A 3BODA 4P9XA 3UL2A 2VH9A 4CZSA 2W20A 3D4KA 3RSJA 2ZGTA 1KRIA 1XOEA 3NN9A 1TEIA 4FPFA 3AXEA 1V3DA 2EIGA 2A3YA 4Y22A 1BKZA 3IPVB 2ZHMA 2P34A 3RMXA 3B00A 2GNBA 2AENA 1INWA 4GA9A 1KITA 1LOEA 1HQLA 3K3AA 2YY1A 2ZACA 2A6ZA 1VIWB 4AGGA 3WCSA 4BM8A 3NV4A 3B9CA 4HL0A 2D6LX 4XYXA 4QN6A 2YA4A 4Q8LA 5IK7A 4FPLA 2A5ZA 4XJWA 4UF7A 1NMBN 1GZ9A 2F28A 1LCLA 4ASMB 2AEPA 1NMAN 2PHTA 1I3HA 1FNZA 4YZ4A 4YW3A 1WCQA 2F29A 1E8VA 1USRA 4GZSA 1ULEA 1IS3A 2ZB5A 2A6YA 3A4UA 1VCUA 1DIMA 1DQ4A 5T52A 1DFQA 3QLQA 4WZFA 2D6OX 3N35A 1QDOA 2WNEA 1MWEA 1Q8OA 2CY6A 5IT6A 4MJUA 3ZXJA 3ALWA 3TAYA 2YDTA 1INFA 1LOCA 4YM2A 3AZZA 5CNAA 1QGLA 2D3SA 1Q8VA 1F8BA 1DYPA 1QMJA 2BQPA 1DBNA 1WW7A 1GNHA 1AJOA 2EALA 3NWKA 3RRDA 4Q1RA 3I4IA 1Q8PA 1QU0A 2JE9A 4XOGA 4NN9A 1SLBA 1AVBA 4MWRA 3LCPA 3N7MA 3ASIA 1G9CA 5NN9A 4FQ4A 3B7EA 5HCFA 4DS0A 1YI7A 2YXSA 1ULCA 1H30A 4GZPA 2BERA 3M1HA 3USUA 4YM3A 1Y7BA 1V3BA 1AZDA 1SLTA 2CTVA 4KS2A 3R4UA 5EXOA 4H53A 2V5YA 3WV6A 1DIWA 1APNA 1CVNA 4QN4A 2CWMA 4B7JA 2ZBJA 1V6OA 1V6KA 3D6EA 1LOAA 1LTEA 1NCCN 4HZWA 1ULDA 4Y1ZA 2DVBA 3AK0A 3O0XA 3ZSLA 1W6NA 3TI8A 3AZXA 3CL2A 1B9TA 1G9BA 5HUNA 2A7AA 3A71A 1LJ7A 3ENRA 1FAYA 3VKFC 1W8NA 1EUTA 1W0OA 4YZ5A 3O0WA 2GNMA 2QWCA 3V0BA 1MVEA 4YGBA 1EUSA 5HX0A 4M4UA 4M4NA 3M3EA 3AJYA 4DFSA 4M3MA 1VAVA 3MEPA 4XXAA 1BXHA 1V2IA 1ENQA 5JVVA 1V0EA 3GVLA 2D3RA 2F11A 1SO7A 5EYXA 1S0EA 4L8QA 2ZGKA 4YLZA 5T5OA 1N3QA 1V0ZA 1O4ZA 3OYWB 1CONA 3H71A 1W21A 3B3QE 2CL2A 5HUGA 1Z4ZA 4H52A 2F24A 1GKBA 3T1MA 3UJQA 3V0AA 4D8SA 3H0OA 1S0BA 4FOQA 2JECA 2WQZC 4QN3A 2ZGSA 3INBA 4XMIA 1WD3A 1W6PB 4GKXA 3ILFA 4LBOA 2BATA 4CTEA 4RL7A 1L7FA 1SBFA 4M00A 3W09A 4LBJA 1UAIA 3POSA 3K37A 3WVJA 2A6WA 5GZEA 5CBLA 5GZFA 1LEMA 4FZHA 2VY0A 1V6JA 4XILA 4ISQA 2A75A 1FYUA 5E89A 3AYDA 3ZYRA 1UL9A 4PCRA 5GZGA 3VKOA 2OW4A 1V3CA 3IM0A 2ZMKA 1MS9A 2P37A 1SLLA 4CPLA 2OUHA 2ZGRA 1F8DA 1EUUA 4YZ3A 3WDYA 4B7NA 1NLSA 4YW5A 1WLWA 1EPWA 1INVA 3ZXEA 2G4IA 4Q6KA 4UW4A 4Y22B 5DUXA 4MZAA 4FPGA 1G7YA 4NOTA 2GNTA 4YFZA 2NMOA 2WT1A 1QNYA 1LHVA 3N7JA 1DILA 1A14N 3SH4A 5DZGA 1GZCA 2AUYA 2DWRA 2P3KA 3I8TA 4YG3A 2VUAA 2XZJA 3K39A 1VCJA 3N7LA 4FJ6A 4SLIA 3BTAA 4HZVA 3WUCA 1MACA 1ULGA 2E7TA 1LGBA 5GZCA 4Q2FA 2QWKA 2QWDA 3HMYA 4KS4A 1AX0A 1SBEA 3H6JA 4XMAA 2W5OA 5EWSA 4GJTA 1DYKA 2ZB6A 7NN9A 1LESA 1F8CA 1PZ7A 1ENSA 3QCWA 5FREA 1MS8A 4GZQA 4YW4A 3IKWA 4XBNA 5EYYA 2AGSA 1SCSA 3WHTA 4HIZA 1JN2P 4AVVA 2D43A 4CPMA 2ARBA 5IK8A 2XCYA 4Y20A 5H9SA 2HYKA 2YA6A 3K36A 5T5LA 3BIWE 5T5PA 3WG3A 2EF6A 1LU1A 3AP4A 1G9DA 3OPZA 3WLUA 1Z78A 1D2SA 2H0BA 5SV8A 4Y24A 2HTUA 1INXA 1BYHA 2F27A 1CPNA 4HANA 4R9CA 1EURA 4GDJA 1OFSA 4MWVA 5IK4A 1NNAA 1G8WA 1UPSA 3TIBA 1E8TA 1LULA 5GZDA 3APBA 3AYAA 3AP5A 4AYUA 2JE7A 2WSUA 4GKYA 1G9FA 1FATA 2VWDA 3Q9OA 3TIAA 2JJ6A 5HUMA 4M3CB 3D12A 3OY8A 4PF5A 2A70A 4LBQA 1Z4VA 3AZYA 1INHA 1SBDA 1V6MA 3IN9A 3RMYA 2R0FA 2YV8A 5GLTA 1GNZA 3JU9A 4X6KA 1IKPA 2F12A 1W6QA 2GN3A 2NMNA 1VAMA 3ILRA 4GXLA 2V73A 4TYSA 3V0BB 1LGCA 1MZ6A 1UKGA 3AFKA 3PJQA 3CNAA 1UZYA 5GALA 1W0PA 2HT7A 3VV1A 2VVZA 3A72A 3TI3A 3TI5A 2W5NA 4QN5A 1NXD1 1S0JA 3FLRA 5GJ6A 4UW6A 1GLHA 4DRVA 1UZZA 1DQ5A 5GLVA 1A78A 4P9WA 4XDQA 4AGRA 5JOZA 2D6PA 4J9TA 2UWCA 5HUKA 2QWIA 4XTMA 1S0DA 4GZXA 3ILNA 2C4AA 2VSKA 3MPPG 4WA3A 1RINA 1IVBA 3FLTA 3ZXLA 1G9AA 5B2CA 1N1TA 5JYYA 1NSBA 2ZGQA 5AVAA 3RS6A 1QOSA 4WA5A 3KQRA 1ULFA 3WCRA 2VK5A 3PVNA 3DGTA 1CESA 4GZWA 2HU4A 4ITCA 1HKDA 2ZHNA 1W20A 2CNAA 4JCKA 4XE9A 2VU9A 2AEQA 2AR6A 1YXWA 4K1HA 1INYA 1LEDA 4YM1A 1LENA 4JF7A 3B69A 2WSVA 4K1YA 2DURA 1AF9A 1Q8SA 5CB7A 1J1TA 4C1XA 2B7YA 4BMEA 1IVFA 2F26A 4K3YA 3BEQA 4WVWA 1NMCA 1GBGA 1OKQA 4UW3A 4MWJA 3TB0A 4B7RA 2YA8A 4M4VA 4FPCA 1OQ1A 5JOXA 1QOTA 3VKLA 1GANA 1N3PA 1W6OA 3AXDA 4K1KA 2E51A 5CA6A 4M3CE 4GB1A 1W8OA 4FP3A 2CYFA 2QWFA 2JD4A 2YZ4A 1XQNA 4DRRA 2DTWA 1JYCA 2ZA9A 3ZYPA 1SLIA 4X49A 3T2TA 4MYEA 2EXKA 1XOGA 2GMMA 1LOBA 2DUQA 2VXRA 1B9SA 2ZMLA 1QNWA 2UURA 4P14A 4CPZA 1DLLA 5E8AA 3MW2A 1IVCA 5HCBA 4XIKA 3TI6A 2FMDA 4MWUA 2R16A 1A8DA 4XTPA 1JYIA 3AX4A 5HCAA 3AYCA 1AXZA 3NV2A 1N3OA 3SITA 2X9MA 1RIRA 4FP2A 4P9YA 3SH5A 1UN1A 3UK9A 4FPHA 4C1WA 2FHRA 4XJ9A 4YG0A 4YW1A 1IS6A 3M2MA 3UJOA 4Q1PA 3H73A 3ZSKA 1KDKA 4U36A 5H9RA 3SILA 5DUVA 1URXA 4XHXA 4Y1UA 1LECA 3SISA 2VSMA 4Y20B 4BBWA 1IVDA 4ISRA 3RG0A 3AP7A 4D69A 4PQ9A 3ZVXA 4CRQA 1HQWA 2C9AA 3VKMA 4GWNA 1LOGA 4Y26A 1LODA 4WA4A 1U0AA 2D6NA 2C5DA 1MS5A 5L73A 3NV1A 3JU4A 2ZKNA 2PHRA 5KXCA 1IS4A 4OZXA 3OBRA 3R05A 3WZ1A 4FPKA 3N3HA 3AP9A 4LBKA 2W39A 4Q8KA 1FX5A 4QNPA 2WJSA 1SLCA 2QWGA 2AH2A 2DU0A 4CPOA 4K21A 4LBQB 2NN8A 2VW0A 5GLWA 3WDUA 4U2AA 3O9JA 2ZHLA 1V3EA 1GZWA 5BYNA 4MZEA 4YGEA 5DG1A 4CPYA 1JUIA 4K1ZA 1W6QB 4WEGA 1DZQA 1RITA 2HT5A 5M1ZA 1AX2A 5DXDA 2EAKA 1S1AA 2WT2A 1N1YA 3WDTA 3GVKA 4RA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P5BA 1JS9A 2ZS6B 1PK6B 1INGA 1C9UA 1RUF1 3U0ZA 5FCCA 5FPLA 1W6MA 5I0UA 2VCMA 1P8JA 5JXGA 3J9SA 1MS0A 3S5AA 3U0SA 2Q5TA 4D6QA 1O3QA 1WLCA 1AYM2 2BFUL 2CDPA 1IOAA 1Q8QA 3ITQA 5LASA 4BK4A 1WD4A 1ZBA3 2DYCA 3P1IA 3POYA 5H9QA 2YUEA 3O12A 4QX0A 1H2MA 4KWLA 4AG4A 4E4DX 2IAUA 1W9FA 3P6BA 3NAPB 2ZGNA 2XZIA 3QH7A 2VD7A 4JAAA 5DUUA 5JMCA 3R4SA 4MSVA 3VD4A 2W94A 2Z69A 2JDUA 4MWQA 3CKHA 4IE5A 1RWLA 1EAH2 5CFCB 4B7EA 1POOA 4EZ4A 4OYUA 1LNSA 2JG9A 3MO4A 2G9GA 4K7JA 3ZSJA 1HXS2 4NHYA 5D9BA 4AHWA 4AQSA 4GN9A 1F31A 1LR5A 1C4RA 2XONA 3WSOA 2JG8C 5JZGA 3DECA 1ZZ7A 4OMDA 1O4YA 4FFFA 1RJ8A 4LUKA 1MQTB 5GX1A 1SG3A 4KH9A 1SACA 1U12A 2WZPP 1NA1B 1O7FA 3G4EA 4LBNA 2CGOA 4UOUA 1VBD3 2WWUA 1NPEA 1XNDA 3CU7A 4FPYA 4OHZA 2GHSA 3SMHA 1KD7A 2ZGPA 3MIFA 4CXWA 3M3IA 1AL22 4MGQA 4AWDA 1SPPA 5L7OB 4MWYA 2B9VA 1UOGA 1Q3EA 3MW3A 5FUNA 3RZKA 1NCQB 1BJIA 4HOOA 3ME2A 4YM0A 2VGDA 1WLDA 1OQEA 2HTQA 1FV3A 1X82A 1HRV2 1LOFA 1PMIA 2ZTNA 2VCBA 4LKDA 4R9BA 4QDSA 5FYUA 3M3CA 2F13A 1ASJ2 3O7OA 4IW3A 4XZPA 2WS93 3OPTA 3IDAA 4M4PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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