1W0PA

Vibrio cholerae sialidase with alpha-2,6-sialyllactose
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
753
structure length
753
Chain Sequence
ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGDVIFRGPDRIPSIVASSVTPGVVTAFAEKRVGGGDPGALSNTNDIITRTSRDGGITWDTELNLTEQINVSDEFDFSDPRPIYDPSSNTVLVSYARWPTDAAQNGDRIKPWMPNGIFYSVYDVASGNWQAPIDVTDQVKERSFQIAGWGGSELYRRNTSLNSQQDWQSNAKIRIVDGAANQIQVADGSRKYVVTLSIDESGGLVANLNGVSAPIILQSEHAKVHSFHDYELQYSALNHTTTLFVDGQQITTWAGEVSQENNIQFGNADAQIDGRLHVQKIVLTQQGHNLVEFDAFYLAQQTPEVEKDLEKLGWTKIKTGNTMSLYGNASVNPGPGHGITLTRQQNISGSQNGRLIYPAIVLDRFFLNVMSIYSDDGGSNWQTGSTLPIPFRWKSSSILETLEPSEADMVELQNGDLLLTARLDFNQIVNGVNYSPRQQFLSKDGGITWSLLEANNANVFSNISTGTVDASITRFEQSDGSHFLLFTNPQGNPAGTNGRQNLGLWFSFDEGVTWKGPIQLVNGASAYSDIYQLDSENAIVIVETDNSNMRILRMPITLLKQKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Sialic Acid Recognition by Vibrio Cholerae Neuraminidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE
total genus 192
structure length 753
sequence length 753
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2004-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09264 Sial-lect-inser Vibrio cholerae sialidase, lectin insertion
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1w0pA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1w0pA02
1Z78A 2PHXA 1HQWA 3RMYA 2A6XA 5T50A 2D6MA 4Q1PA 3TI3A 1A4GA 1WW6A 3IPVB 4ITCA 2C9AA 4R9AA 5HUNA 2SBAA 1MS4A 2V73A 5IK8A 1YO8A 2RHPA 2ZGKA 3N3HA 2EXKA 4AGGA 4M3MA 2XB6C 3H72A 2HTRA 4GWNA 1RIRA 4K1YA 2AYHA 3V0AB 1WBLA 4MWYA 2FMDA 1GNZA 2VW1A 1XOGA 4R9DA 3WDVA 3UK9A 1IVGA 1V3CA 4CPZA 2P34A 2HU0A 2ENRA 4FP2A 1Z0HA 2VW0A 5T5JA 1INVA 4HL0A 2W08A 1W0PA 3WLUA 3O12A 2P2KA 3CNAA 1WCSA 1AJOA 4XJ8A 3LSEA 1V6OA 2A3XA 3IMNA 4BPZA 4Q8KA 2D6NA 4FPEA 2YDPA 3R4UA 3CKZA 4M3CB 2A70A 3DUIA 5F5QA 2BZDA 2EALA 3UL2A 4Y22B 4K21A 4GEZA 3SANA 3B3QE 3K39A 1GZWA 3AZVA 1E8VA 1GZ9A 5AVAA 1AX1A 4NN9A 3AYDA 2D44A 4LBNA 1B9SA 2W20A 1NSDA 3B69A 3WCSA 5DUWA 1AX0A 2AENA 2D6PA 2D43A 2DVBA 4X47A 1INWA 5KXBA 3WG3A 3SITA 4FQ4A 1QNWA 4LBQA 4MWXA 1LGCA 5DG1A 2C5DA 3SH5A 1SBDA 3AZYA 4GALA 3MEPA 5H9PA 4R9CA 1QDOA 1N1SA 3JUUA 3O0VA 1J1TA 1V3DA 3K36A 3RRDA 2E6VA 3APBA 4K1ZA 2D7FA 1QF3A 3RS6A 3UJQA 1MACA 1B9VA 2VUAA 4ISRA 1MS1A 1W8OA 4Y20A 3FUQA 4GKXA 1MS5A 1Q8QA 1ZA4A 1GLHA 4WA5A 4HZVA 3V64A 1USXA 5JOZA 1IS3A 3A0NA 5GZDA 2A5ZA 3W58A 2W5NA 3K38A 1EUTA 3K3AA 4XILA 2A3YA 1N3PA 4MZAA 1B9TA 1S0CA 3O5SA 4RA0A 2VK5A 1KDKA 1Q56A 1LESA 5F9TA 1NNCA 3TI4A 1LODA 5DUUA 2F27A 2QWBA 1GANA 1KDMA 3N7KA 4MWVA 1LHWA 1IVFA 1ULCA 1XOEA 3ALXA 3MW4A 3O9KA 2BATA 1G9CA 3WG2A 1NCAN 2HT8A 1MZ5A 3ZYRA 4AWDA 4XYXA 4QN7A 4QN4A 2ZGNA 1AF9A 4WEGA 2ZGOA 5FRAA 4KS3A 1MZ6A 5IK7A 3D6EA 3A4UA 4AGRA 1N1YA 1MS9A 1N47A 1FYUA 2PHFA 4MX0A 1Z50A 3OYWA 1G9FA 2NN8A 1CVNA 2D6OX 5E8AA 4K1KA 1AJKA 1S0GA 1BYHA 2GMEA 2ZHMA 3BOPA 5CNAA 4Y24A 4MWWA 1SLLA 3WDUA 3ENRA 4XMIA 2ZHKA 4BM8A 1JN2P 1DHKB 4WZFA 2XG3A 4MWRA 5HCAA 2ZMLA 3D4KA 2WT1A 3NV1A 4YW5A 5EWSA 2SIMA 4J9TA 4XJRA 5IUQA 4B7JA 1V3BA 1APNA 4H52A 1IS6A 2VSKA 3WG4A 4CZSA 2JE7A 5H9RA 4Y1VA 1N3OA 3I8TA 2R49A 3RSJA 1PZ9A 3ASIA 3H6JA 2Z42A 5E88A 2GMMA 2CWSA 3ILFA 1A14N 3NSSA 4DGRA 3HR9A 5GALA 2JD4A 5JOWA 4YZ3A 1ULEA 4B7RA 1JW6A 3GVLA 4FPHA 1W6OA 3RG0A 2HTYA 3A72A 2W38A 2YROA 3TB0A 2YDTA 4XBQA 4DRVA 3D12A 2AR6A 3GALA 4XTMA 4FPCA 2QWAA 1LEMA 4GA9A 4X49A 1LGNA 1L7HA 3MW3A 5T52A 2P3IA 1VAVA 2RKCA 2F11A 2ARBA 2UURA 3B00A 4ASMB 4AVVA 1R1ZA 5B2DA 5L73A 1A3KA 4PF5A 4MYEA 1QU0A 1DQ1A 1W0OA 4GDIA 4XOGA 2NYYA 4XHXA 1Z4VA 2CWMA 2HT5A 2YXSA 2ZBJA 5JDBA 4FP3A 2DVDA 7NN9A 4Y26A 4IQPA 1DQ0A 4M00A 3NV2A 4ATFA 4YM0A 1W6PA 2ZGRA 4AYUA 3PVNA 1TEIA 1W6QB 3POYA 1F8EA 3AP9A 2QWHA 4GZOA 3WZ1A 4XZPA 2F25A 1A8DA 1V6JA 4H53A 4XJAA 2UWBA 1GKBA 1XQNA 5EYYA 2QWFA 2YA6A 1QOOA 3A0KA 1WW7A 5NN9A 3TI8A 1W6MA 3ZPYA 2ZACA 2UWCA 3OBRA 2EXJA 1Z4YA 5KXEA 1GV9A 2A6WA 2CYFA 3POSA 1JBCA 5JVVA 1NSCA 3VV1A 3TI6A 3FLTA 1SBEA 1WW4A 1FNYA 5DZFA 1OKQA 3AZWA 1LJ7A 4Y1ZA 1INGA 1AXYA 4BLIA 1N3QA 1NNBA 4UW4A 3AXEA 2A6ZA 4B7QA 1YYNA 2A3WA 3V0BA 1DQ2A 2HYKA 2HTVA 4B7NA 2YA7A 1D0HA 2XCYA 2F0ZA 2TEPA 4QN6A 3PJQA 2W39A 3FLPA 4UW5A 5DG2A 3CL0A 1DLLA 3VKLA 4Q27A 4Q6KA 3SH3A 4K3YA 3ZSMA 4FZHA 1I3HA 1Z4XA 1NXD1 1RITA 1MVEA 4YLZA 4JCKA 1YXWA 1DQ4A 2GN3A 2R16A 1PZ7A 3HN1A 2NM1A 3WUDA 2A7AA 2F12A 3OBTA 5DUXA 2JECA 1LOFC 3VUOA 1V6IA 1SCRA 1SO7A 2ZABA 3OY8A 5CAZA 3BIWE 4MWUA 2VU9A 3BTAA 5JLVA 2QWCA 1Z4ZA 1CONA 1WLCA 1W1XA 1W6NA 1QGLA 2VY0A 2YZ4A 4WA4A 4XE9A 3POWA 2DURA 4P14A 1Z4WA 2VK6A 4HANA 5T5LA 1IVCA 1V0ZA 4CTEA 1SCSA 2OVUA 5DUVA 4B7MA 4KS2A 1JXNA 5CBLA 4MWLA 4Q2FA 2Q5TA 3WDWA 2DU1A 2D3RA 1SLBA 3WV6A 5T5OA 1QDCA 4P9XA 3VKOA 1EPWA 4M3CE 4NO4A 2ZGSA 4FPFA 2GNBA 4Y1YA 2QWEA 4YW3A 3ALWA 3QCWA 3IN9A 3AYCA 2I2SA 3SH4A 3R4SA 4YM1A 2EF6A 4F83A 4DFSA 2UWAA 2WQZC 1F8DA 4ZXKA 4C1WA 4CPMA 4UW3A 3I4IA 2A75A 2C4LA 3N7JA 1LHNA 3GNEA 2LTNA 1JUIA 1GBGA 2EXHA 3B01A 4QN3A 1CIWA 4CPOA 2EAKA 2AUYA 2VK7A 4Z8BA 1IS4A 4FOWA 3MW2A 3WDTA 1ENQA 4CPLA 3FLRA 1FATA 3AYEA 2ERFA 2YY1A 2PHRA 3WCRA 1YRZA 2UU8A 1LCLA 2A71A 2AREA 4MJVA 2DVAA 1SNTA 1QOSA 2ARXA 4LBLA 1CN1A 5EXOA 2DYCA 2XZKA 4Y1XA 1UZZA 1ULGA 3D11A 3TAYA 1BJIA 2NP0A 3AX4A 3FFZA 1EUUA 4M4VA 4XIKA 2GNTA 1OFSA 1GICA 2JKBA 1NCDN 5JMCA 2R1BA 1WW5A 5B2CA 1HQLA 3NN9A 3ZXLA 5GM0A 3ZSKA 1D2SA 4BMEA 1VIWB 3PVEA 4K1HA 2D6KA 2X9MA 1NCCN 4U36A 2BF6A 4FVVA 2ZHLA 2PELA 3USUA 1DQ5A 3OY8B 2R0FA 1LOBA 1BQPA 1BZWA 3O0XA 4TZDA 4Q1RA 1NMCA 1L7FA 3JU9A 3B9CA 1F5FA 2CL2A 1NLSA 4AVTA 1ZM1A 1WCQA 4HZZA 1E8UA 5GLTA 3WHTA 4XJUA 1W6NB 4GZTA 1UKGA 1GZWB 1V0FA 3V65A 5CA6A 2VW2A 4QNPA 1CR7A 1WUVA 5M1ZA 4M4UA 2NZ9A 2QWDA 1V0EA 3N35A 1VAMA 1GSLA 4OZXA 5SV8A 2PHTA 3N7MA 2WSUA 1O4ZA 4XTPA 2QWKA 1LOGA 1JHNA 1MWEA 2DUQA 1FX5A 1OQ1A 3WDXA 3AP5A 1RINA 3WG1A 2QWIA 4XBNA 4JF7A 4LBQB 2P3JA 4HZWA 3QLQA 1SLCA 3IPVA 2VWDA 4KS1A 2VH9A 1Q8SA 4GKYA 1JYCA 3T1LA 1LU1A 2PHWA 4TYSA 4WVWA 3SALA 4Y20B 3WDYA 1W8NA 4YM2A 1W20A 5JOXA 1HLCA 2EXIA 1NNAA 2GALA 1INHA 1AXKA 1AXZA 4QN5A 2ZMKA 4UW6A 4XJZA 3TICA 2YV8A 1UZYA 1QOTA 4LBQD 4XBLA 5H9SA 4GZPA 2P3KA 3FBYA 4R9BA 1BKZA 1DFQA 4M3CA 1QKQA 1INYA 1SACA 4FJ6A 4Y22A 2E7TA 3ZYPA 2ZMNA 3AP6A 4ZKTB 1SBFA 1FAYA 2ZKNA 4FPGA 4YGDA 3JU4A 1ENRA 3CL2A 4WEFA 1H9WA 5HUMA 4YG3A 2DUOA 5GZEA 1BXHA 1UL9A 2KM2A 3UJOA 3ZXFA 3WOGA 1V6MA 2DV9A 3AZXA 3BEQA 2ZGMA 2LALA 2F29A 1NN2A 5HUGA 1H9PA 4NCSA 1WD4A 2AEQA 1UN1A 4M01A 3OYWB 4BBWA 2OW4A 1UX6A 3D5OA 1WBFA 1Y7BA 1DQ6A 2NMNA 2F13A 4YGEA 3T2TA 2ZB5A 1V2IA 1KITA 1IKPA 1NMAN 4YFWA 2AH2A 4GZXA 2DTYA 2D3SA 1QMJA 4HZXA 3BODA 3PMEA 1IVEA 2JDZA 2ZAAA 1FV2A 3ZXEA 4X6KA 4YGBA 3N36A 1A4QA 3AZZA 3SLIA 3NWKA 3HMYA 6NN9A 5LK5A 3R05A 1KQRA 1JYIA 1Q8OA 4RL7A 1S0BA 2ZGPA 1LTEA 1W21A 1DBNA 4FQZA 1F8BA 4YG0A 3T1MA 2F26A 3LSDA 1FV3A 2SLIA 2DVGA 3AFKA 1MS3A 5JYYA 4FPJA 1HDKA 1Q8PA 1USRA 1G8WA 1N1TA 2DUPA 2JE9A 2ZGUA 2YA8A 2A6VA 4LBMA 1W6OB 1F9KA 5GLWA 2ZA9A 2WT2A 1URXA 1SLAA 4P9WA 3M3OA 5KXCA 2BQPA 4KBBA 3SILA 3PVOA 1NMBN 1ULFA 1DGLA 4UF7A 3VKFC 2YA5A 4PCRA 1WD3A 1C4RA 3ILRA 3M3EA 4I30A 1NSBA 3INAA 2ES3A 4PBPA 3WHUA 2HTWA 4FVKA 2WNEA 1U0AA 1LENA 3KQRA 4P9YA 2W52A 2B8HA 3WNXA 1DILA 3Q9OA 2V5YA 1G9DA 1JOJA 3H71A 3TI5A 1LGBA 1DIMA 2AEPA 5JOYA 4FPOB 1F8CA 1W6PB 1GYKA 3GVJA 1CPMA 5GZCA 4ATEA 1BJQA 1LOEA 3W09A 4PQ9A 1G9AA 4AVSA 1DIWA 4CPNA 1Q8VA 3ZSLA 1C1LA 1H30A 2B7YA 2WT0A 1N1VA 2NMOA 2WSVA 1FNZA 2CNAA 1C1FA 4NC5A 3AXDA 3O0WA 2BERA 4GZQA 1W6MB 2ZGQA 4PBOA 1G7YA 2SILA 4D69A 3INBA 4KS5A 4BQ1A 1UPSA 2VXRA 3M3CA 1DYKA 5KXDA 4W65A 4YZ1A 1S0JA 2HTUA 4FOQA 4YGCA 4BOWA 1S0IA 5GZFA 3WVJA 2HTQA 2E51A 4AGVA 4BMBA 3AP7A 2W68A 3NV3A 4YW1A 3VKNA 1IOAA 1YIFA 4NOTA 1DYPA 5H9QA 3L2YA 5T54A 5HX0A 5GZGA 4Y1UA 2XZJA 3V0BB 2R1DA 1EURA 3TIBA 4K20A 1V6NA 4FPLA 4GZWA 4YFZA 2CTVA 1AX2A 1LOCA 3M1HA 4YZ5A 2R0HA 1S0EA 5E89A 1SFYA 1X50A 1MVQA 2ZZJA 3A71A 2DVFA 1L7GA 3B7EA 1VCUA 3C2UA 1CESA 1YI7A 2DTWA 4CRQA 1W6QA 4X4AA 4XHBA 2JJ6A 4FPKA 4GDJA 1A78A 4XIOA 1UAIA 1GZCA 3IKWA 2QWGA 2E53A 3T1EA 3MPPG 2DU0A 1V00A 1MS0A 4DS0A 1KJRA 3CYEA 1O4YA 4HZYA 3VKMA 2F24A 4K1JA 1AVBA 1NCBN 4I00A 2DWRA 2XZIA 1IVDA 4MJUA 1F31A 1IVBA 4WVVA 3ZVXA 2A6YA 2HU4A 4JRAA 1KRIA 1CQ9A 2F28A 4DQAA 4XXAA 3M2MA 2OUHA 4BLJA 2H0BA 2YMZA 2GDFA 3M3QA 5GLZA 3ZXKA 1S0FA 4SLIA 1CJPA 3N7LA 3WUCA 2FHRA 1LHUA 2GNMA 2EIGA 2AGSA 4XDQA 4YZ2A 3AJYA 2WKKA 4U2AA 3ZXJA 4GWMA 3O9JA 3OJBA 1C57A 2YA4A 2ZGTA 1MS8A 5HCBA 1SLTA 2E7QA 1B09A 1V3EA 1IS5A 5HCFA 2VVZA 1WLWA 2GNDA 4MZEA 5HUKA 4FOVA 2ZHNA 4YG6A 3OGGA 4MWQA 3DGTA 3V0AA 4XMAA 4MWJA 1G86A 1INXA 1GNHA 4C1XA 4MC7A 4LBJA 2VSMA 3W59A 1ULDA 4WA3A 1MR5A 1QNYA 1ONAA 5DZGA 1LOAA 3AP4A 1AZDA 1KJLA 4JC1A 1PZ8A 4GZSA 4M3CF 3ZSJA 4CPYA 1VLNA 1WLDA 5IK4A 4LBOA 4XJ9A 4WV8A 1SLIA 5GLUA 4XXPA 4HIZA 3RQ0A 4K1IA 4GXLA 1V6LA 5T55A 2ZGLA 3ATGA 3FUOA 4FOYA 1S1AA 4D8SA 3RMXA 2QWJA 3GVKA 2ZB6A 1LHOA 5IT6A 1V6KA 2D3PA 2OUJA 4M4NA 3AK0A 4Q26A 1LECA 4GJTA 1G9BA 2PHUA 4KS4A 4YZ4A 4FPYA 1E8TA 1LHVA 4GB1A 3IM0A 4YW4A 1DZQA 5DZEA 1ENSA 1INFA 1IKQA 2CY6A 4ISQA 3H73A 4XJWA 1LU2A 2GN7A 2CMLA 2P37A 5T5PA 4LBKA 4DPNA 5CB7A 3USUB 3SISA 3TIAA 2WJSA 3SNMA 1EUSA 1LULA 1I1EA 2W5OA 2D6LX 5GJ6A 1LOFA 3ILNA 4YM3A 2G4IA 4DRRA 3NV4A 3U4XA 4H55A 2F10A 5DXDA 1UMZA 3LCPA 3KM5A 5FREA 3OPZA 4Q8LA 3AYAA 3H0OA 3K37A 4XJQA 1VALA 5EYXA 1CPNA 1LEDA 1S0DA 1HKDA 4YW2A 2C4AA 4L8QA 5GLVA 5BYNA 2GMPA 1VCJA 2HT7A 2WLQA 5IK5A 3AJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FBZA 5LBCA 1Z78A 2B39A 2PHXA 2WL1A 4OQ9A 1YWKA 2XLFA 4IE7A 1HQWA 1UYYA 3RMYA 2A6XA 3FBMA 3H3LA 5T50A 3VDBA 3KCYA 1ND3B 2FP9A 2D6MA 1LR5A 3D82A 4LO6B 3CIHA 4Q1PA 4UFKA 4AHWA 2FDHA 1PO23 1POV0 2DBNA 1YNAA 5C6CA 1A4GA 1W2OA 1NAEA 2VZQA 3P5BA 1WW6A 3M4FA 3IPVB 1X9TA 4AFCA 2DCYA 4ITCA 3RNSA 3K4AA 5FP4A 1REFA 3WDZA 3ZFFA 2C9AA 4R9AA 5HUNA 1VMJA 2SBAA 1MS4A 3LA3A 1W8WA 2IXHA 2V73A 4JKMA 3K46A 1NQJA 1YO8A 2RHPA 2ZGKA 5BPXA 2P6CA 3N3HA 3SKVA 3UV9A 4EV0A 5D9BA 1IPJA 1Y9MA 2EXKA 3AMNA 4KH9A 4AGGA 2XJSA 4M3MA 5FOBB 1RUE2 2XB6C 3H72A 4OI2A 2QQWA 2HTRA 2XR4A 4YSFA 4CSWA 5IWFA 3VZLA 4GWNA 4RFT0 4D7TA 1RIRA 3DPRA 4K1YA 5IVEA 2AYHA 3V0AB 4BK5A 1WBLA 3ZN5A 4QQOA 4MWYA 2YBSA 2FMDA 1GNZA 4GH4C 4EYUA 3ZPOA 2VW1A 3OTFA 3LIGA 3ZFGA 2MEV3 4R9DA 3ZIWA 1XOGA 3WDVA 2IXKA 4S2GA 5LW9A 3EQEA 1CX4A 4B1MA 1L3JA 3KVAA 3UK9A 1IVGA 1V3CA 4A4AA 1RUC1 2WINB 5FYIA 3H8OA 4CPZA 2J1AA 2P34A 2HU0A 1X2JA 2ENRA 4FP2A 4D8MA 1Z0HA 5BNOA 1SQ4A 1XB9A 2VW0A 5T5JA 5C8WA 2IXJA 3HQXA 2HWD2 4HL0A 1ACCA 4PF1A 3H3UA 1INVA 1IPSA 3E6BA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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