2AGSA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2-keto-3-deoxy-d-glycero-d-galacto-2,3-difluoro-nononic acid (2,3-difluoro-kdn)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
MASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPATPPSKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 634
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2agsA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2agsA01
4GZXA 3UL2A 2WJSA 2WNEA 4WA5A 1V6KA 1QDOA 4DQAA 2DTWA 1FNYA 1QGLA 1LOCA 2D43A 1WLCA 2DU0A 5KXDA 4Q27A 3POSA 2PHTA 5DZFA 5DXDA 4MWWA 4J9TA 1YIFA 3SALA 4YFZA 2JJ6A 4Y22B 4YFWA 2XB6C 1ZA4A 4CTEA 3ZYPA 1MR5A 1V0FA 3AZYA 5HCBA 4M3CA 4WZFA 2D6PA 1CONA 2ERFA 1XOGA 4B7MA 5GZEA 3VKFC 2ZKNA 1BXHA 4WEGA 2YV8A 2RKCA 2ZGLA 4QN4A 5HUGA 1Z4VA 2B8HA 3B69A 3WDUA 1Q56A 5DZEA 1BYHA 4R9BA 5DUXA 2P34A 1NMBN 4RA0A 1DLLA 2XZIA 4GZPA 4FOWA 4DFSA 3WDTA 1DZQA 4NN9A 1LEDA 1EURA 2ZMLA 5H9RA 4MYEA 4JRAA 3BODA 3NV4A 4PBPA 4FPYA 4Q1PA 2DVFA 5CBLA 1LHWA 1A4QA 3MPPG 2C4LA 1NMAN 3JU4A 3H72A 2ZGOA 5T50A 5GLTA 3ZSLA 2DUOA 3NN9A 3ZPYA 5HCAA 1NCCN 3ZSKA 1QU0A 2DUPA 1ENQA 3AP5A 3TI6A 2LTNA 4BLJA 1W6OA 4Y1XA 2YXSA 2ZZJA 5JMCA 3FLTA 4GZQA 1S0BA 3LSDA 4XBQA 2P2KA 3UJOA 2VW1A 4GZWA 3V65A 1LHUA 4FPJA 4K1ZA 2ZB6A 4MWXA 5GLWA 3ALXA 4YZ4A 3K36A 1TEIA 3A0NA 4IQPA 4K21A 2ZGNA 1BQPA 2AR6A 1A78A 1WLWA 2P37A 3AZZA 4UW3A 5HCFA 4CPYA 3GALA 1F8EA 4CPOA 3MW2A 2JDZA 1IVFA 2X9MA 4YG6A 4YM2A 3T2TA 2VWDA 1JYCA 2QWGA 3TI5A 4P9WA 1G8WA 4RL7A 2PELA 1SCSA 3SLIA 2ZHNA 1JUIA 5LK5A 1GNZA 2HYKA 1GBGA 4KS5A 3I4IA 1W6MA 3NSSA 1Z4XA 1MZ5A 4M3CF 5HX0A 1HQLA 5E8AA 4LBNA 3O9JA 2VSKA 1DFQA 2YY1A 1CIWA 4OZXA 4DRRA 4CPMA 4FP2A 4Y1ZA 1IS4A 3WCSA 1MACA 1V6IA 4FJ6A 1WBFA 2F12A 2C4AA 4Q8LA 1I1EA 5JDBA 2WSVA 1Y7BA 4HL0A 4X47A 2WT2A 4KS3A 4ITCA 3UJQA 4XILA 3WG2A 4GEZA 2VH9A 2W52A 5KXBA 2DYCA 3JU9A 3OY8B 4Y20A 4ZKTB 2XZJA 2PHFA 2UURA 1C57A 1HDKA 5JOXA 3W09A 3B01A 5JOYA 4XXPA 2PHWA 4MWJA 1Q8PA 1LGCA 4HZVA 4FOYA 5GLZA 4QNPA 3CYEA 3APBA 4I30A 3V64A 2DVDA 1A8DA 5JVVA 4GZTA 2BZDA 2JECA 1VCJA 4CZSA 1MVQA 2AEPA 2CWSA 3POWA 4ATFA 5L73A 3ILRA 2A6XA 4YGEA 4LBQD 1AF9A 3RQ0A 4MWUA 5T5JA 1V6NA 3UK9A 2OUJA 1ENRA 1N1TA 4M4VA 2HTYA 1EUSA 1F8BA 3PVNA 1H9WA 5KXEA 5IK5A 5FRAA 3R4UA 1ULGA 1IS3A 1CESA 1HLCA 1DQ5A 4AVVA 2UWBA 2GNTA 2GDFA 3IM0A 1INHA 3WZ1A 2EXIA 1MS0A 2VXRA 3MW4A 1BZWA 4XJWA 1WW4A 2D44A 1LGNA 4FPOB 2HT7A 3N36A 1IVEA 2D3PA 4XJRA 4QN3A 3DUIA 4Q26A 1SLBA 2A3XA 4SLIA 3POYA 3N7KA 3OPZA 1ULFA 1R1ZA 5JLVA 3VKMA 3WUCA 1NN2A 1W6NA 1OQ1A 1FV3A 1W6QA 3SH4A 1JOJA 1GICA 3W59A 3ASIA 2HU0A 3R05A 1G7YA 2XZKA 3W58A 1VIWB 4XXAA 4AGVA 3N35A 2D3SA 1YYNA 3WG3A 2D6OX 1VALA 1SLLA 3WCRA 2F11A 3TAYA 1AVBA 3D11A 4UW6A 1AX1A 5F9TA 2EXKA 3IPVA 5GZGA 1EPWA 1LESA 3H73A 2A6YA 1QDCA 3AXDA 3USUA 1S0EA 2CMLA 1YRZA 2NN8A 1UZZA 1LECA 4XJAA 1Q8SA 4XJUA 1N1SA 3VV1A 5SV8A 4TYSA 1QOTA 2YA7A 3AZXA 3T1EA 3SH5A 1NCDN 2C9AA 1S0DA 3ZSMA 1FV2A 1GKBA 1IVDA 3GVLA 2ZACA 1SNTA 1SLIA 1MZ6A 4UW4A 4LBQB 4H52A 1E8UA 2EAKA 4XJZA 2GNMA 3AJZA 2QWJA 4LBJA 1JN2P 2AUYA 5JOWA 1LOGA 1XOEA 1GV9A 1MS3A 2A6ZA 2QWAA 2HTRA 2ZAAA 2AEQA 4YZ2A 1V2IA 1F5FA 4UF7A 4FPGA 4FQ4A 2WLQA 3CL2A 1D2SA 2HTUA 4Y22A 3WUDA 5IK7A 3PMEA 2W20A 1USXA 1RINA 2OUHA 1GNHA 4P9YA 2ZBJA 2GMEA 1SCRA 4BBWA 1L7HA 4YZ5A 2YDTA 5EXOA 3FBYA 1CR7A 4K1HA 1GZWB 4B7NA 3K3AA 4GDJA 1FATA 1KJLA 2QWCA 1Z0HA 1DQ4A 3RMYA 4GJTA 1IS6A 1LOAA 3O0XA 1KDMA 4D69A 3AK0A 1QOOA 1JW6A 5CA6A 3FLRA 4FQZA 1DIWA 5GZCA 1JHNA 3M3CA 4HZWA 4XJ8A 2WQZC 3WDVA 1INWA 2YROA 2NZ9A 1L7FA 4GWMA 4YG0A 4CRQA 2HT8A 4GZSA 1LOEA 1YI7A 1WW6A 1B9VA 1IVCA 4AVTA 2A71A 2QWEA 5DG1A 4Z8BA 3AZVA 1MS1A 4LBOA 3GVJA 1LODA 4P14A 4X6KA 4XE9A 2R16A 1V6LA 1BKZA 1N3QA 3NV3A 4ISRA 5FREA 5M1ZA 2UWCA 2WT0A 2F27A 3AXEA 3WVJA 3AYAA 1HKDA 2EXJA 1LTEA 3O0VA 7NN9A 3BIWE 1G9FA 1WUVA 4FPKA 2YZ4A 3OJBA 3TICA 1AXZA 1INYA 4H55A 3BTAA 1IKPA 2A5ZA 2JE9A 4DPNA 1Z50A 2CWMA 1IOAA 3MEPA 1QOSA 3N3HA 2ZMNA 4FPLA 2CYFA 2E7TA 3RG0A 1IKQA 3AYCA 2R1DA 4C1XA 4XJ9A 4KBBA 3CKZA 2ARBA 1VLNA 1PZ9A 3HR9A 4HZYA 1KJRA 3TIAA 2EF6A 1W20A 3TI4A 4YW3A 4QN5A 3WHTA 1LU2A 3PJQA 2EIGA 3WOGA 1V0EA 1W6MB 1MS9A 4ISQA 5IUQA 4GKYA 2F24A 3FUQA 3T1LA 3TB0A 5T5OA 1A14N 2GN3A 2HTVA 1VAVA 5EYXA 1GZ9A 4NOTA 2FHRA 1A4GA 4MWQA 4K1KA 2ARXA 3TIBA 3OY8A 2YA6A 4K1YA 3V0BB 1UL9A 1LENA 2G4IA 4PCRA 4XIOA 3AP7A 1J1TA 2DURA 3SILA 4XOGA 5DUUA 3CNAA 3CL0A 4Y1VA 4QN6A 5F5QA 3KM5A 4KS2A 3IN9A 2GNDA 4BM8A 2DV9A 3K38A 4Y1YA 4Y20B 1LOFC 1SBFA 1DQ1A 1NXD1 3ILFA 4FVKA 4YGBA 4R9DA 3AYDA 2Z42A 1G9CA 3NV2A 1NSDA 4B7JA 3OYWA 5AVAA 4CPNA 1WLDA 4XYXA 3OBRA 6NN9A 3RSJA 3AFKA 3AP4A 1LULA 2VK6A 3QCWA 2E51A 3WDWA 4MJUA 1QKQA 3A72A 2A75A 4BMEA 1W0PA 3K39A 3A4UA 5T52A 3KQRA 2D7FA 1JYIA 4B7QA 1WD4A 2GMPA 2AENA 1INFA 2AH2A 4HZZA 1W1XA 2ZHLA 1DBNA 3TI8A 3ENRA 1CPNA 2ZA9A 3O12A 1BJIA 2F10A 3ZYRA 4GWNA 2ZGMA 3N7JA 1MS8A 2ZGPA 4YGDA 4BLIA 5T55A 4DGRA 3H71A 1W6PB 1CVNA 4NCSA 1DGLA 1F8CA 3O0WA 1YO8A 3FLPA 3B7EA 2A70A 1V3CA 1NNBA 4WA4A 3AX4A 2YDPA 1F31A 2VK7A 4PBOA 3V0AB 1W21A 1ULEA 4WEFA 5EWSA 3ZXKA 1NNAA 2R49A 5GLUA 3D5OA 1DIMA 2GNBA 1V6MA 1AXYA 3PVEA 4PQ9A 1W6NB 2JKBA 1MWEA 1W6QB 1FX5A 2P3IA 4B7RA 4YW4A 3PVOA 3TI3A 4MJVA 1SO7A 4XTMA 2V5YA 4GB1A 4GDIA 1MVEA 3IMNA 3N7LA 4DS0A 4LBMA 2NMOA 1AX2A 1LJ7A 2DTYA 3B3QE 3SANA 3IPVB 1UX6A 1JXNA 1GSLA 5T54A 2A6VA 4YW1A 1V0ZA 2VUAA 2BQPA 2ZGSA 1F8DA 5HUNA 4YW2A 2QWFA 2ZGRA 4M4NA 1OKQA 1Q8QA 3M3EA 3OGGA 4AGGA 1Q8VA 1GZCA 4XZPA 2BERA 1EUUA 1KDKA 1QF3A 1AXKA 3AP6A 5IT6A 2OVUA 5GALA 1NLSA 4MZEA 1RIRA 3ZXFA 3I8TA 2YA4A 3L2YA 2ZB5A 1XQNA 2CL2A 2ZHMA 1FAYA 2W38A 4K1JA 4AWDA 3DGTA 4XDQA 4R9CA 5BYNA 1QMJA 1A3KA 1OFSA 4GXLA 2XCYA 2SBAA 1NSCA 3WDXA 3VKLA 3D12A 1N47A 2P3KA 1NCBN 1USRA 5NN9A 1X50A 3B9CA 1DYKA 3INAA 3AZWA 4C1WA 1ULCA 4UW5A 1INXA 4YM0A 4XTPA 1LGBA 1G9AA 2E7QA 2OW4A 2A3WA 2D3RA 2ZMKA 4Y24A 2F13A 2A6WA 1B9SA 4WV8A 2YA8A 2R1BA 1N3PA 4K1IA 2YMZA 2JD4A 3O5SA 1Q8OA 2YA5A 2SIMA 3Q9OA 5CNAA 1NNCA 2CTVA 2ZABA 2W5OA 3JUUA 3WG1A 4H53A 1AJOA 3WLUA 2A3YA 4BPZA 4KS4A 1AZDA 4K3YA 3GNEA 2UWAA 5EYYA 1LOFA 3QLQA 1GZWA 5DUWA 1PZ7A 1L7GA 1KQRA 1KITA 2F29A 2W68A 4YZ3A 4YW5A 2FMDA 2VY0A 1PZ8A 4M3CB 1V00A 4ZXKA 2LALA 4Q1RA 2ZGKA 2V73A 4GALA 5B2DA 4MWVA 4DRVA 3D6EA 1SFYA 4L8QA 1GLHA 3U4XA 4KS1A 5H9QA 4FPFA 5T5LA 4CPZA 1SBDA 2D6KA 4HIZA 1LHVA 1O4YA 4BQ1A 1CQ9A 4FPCA 4FP3A 3R4SA 1FNZA 2GMMA 2DWRA 4D8SA 4LBLA 4JCKA 2NYYA 3B00A 2R0FA 2SLIA 2PHXA 5GZFA 2W39A 1N1YA 4FPEA 1UKGA 3SISA 2HT5A 1DYPA 3INBA 4MX0A 2WT1A 1V3DA 3WNXA 4JF7A 1N3OA 1WCQA 4AGRA 1W6OB 1C4RA 1S0CA 1LOBA 2ZGTA 3NWKA 1CN1A 3A71A 1DQ6A 2A7AA 3HMYA 2ENRA 2ZGQA 5H9SA 1S0FA 2CNAA 2JE7A 1UN1A 4Y26A 1Z4YA 1LHNA 1U0AA 4MWRA 2ES3A 5CAZA 2XG3A 3ILNA 1UPSA 1LEMA 4YLZA 1DQ2A 1JBCA 2I2SA 2DVBA 2ZHKA 3ZXEA 4WA3A 2QWKA 3M2MA 2D6NA 4FZHA 2VSMA 2RHPA 4U2AA 3VKNA 3SH3A 1KRIA 5DG2A 2W08A 1SBEA 2QWDA 1SLAA 1SLTA 1UMZA 2BATA 1NSBA 2NM1A 4XMAA 3RS6A 2B7YA 4M00A 1Z78A 4XMIA 1URXA 1UAIA 5GZDA 3RMXA 1ULDA 3ALWA 4M4UA 4ATEA 1MS5A 3RRDA 3LCPA 2W5NA 1YXWA 4GA9A 3OBTA 1FYUA 1NCAN 2E6VA 4FPHA 5B2CA 2VW2A 1ENSA 4YGCA 2F28A 4XHBA 2HTQA 1WCSA 4XIKA 1SACA 1W8OA 5E88A 1C1LA 2KM2A 1W0OA 1IVGA 3V0BA 5GM0A 2VK5A 2E53A 4WVVA 1V3EA 3AYEA 4HZXA 4I00A 5KXCA 4K20A 2VU9A 3M3OA 3GVKA 2EXHA 1B09A 1DHKB 3BOPA 4X49A 1AX0A 2DVGA 5DUVA 4M01A 2UU8A 4M3CE 4ASMB 2AYHA 3H6JA 3ZVXA 1ZM1A 2WSUA 3T1MA 1N1VA 3FFZA 3A0KA 2VW0A 4NO4A 3M1HA 2HTWA 5JYYA 5DZGA 1WBLA 5T5PA 1LU1A 5HUKA 1E8VA 2D6LX 5HUMA 4YG3A 3BEQA 1S0IA 1HQWA 5IK4A 3MW3A 4XJQA 3OYWB 1LCLA 1S0GA 1NMCA 5E89A 1EUTA 2QWHA 2SILA 3ZSJA 1V6JA 3H0OA 2HU4A 4X4AA 2H0BA 1APNA 4CPLA 2C5DA 3SNMA 4U36A 4TZDA 1ONAA 2GN7A 5CB7A 4QN7A 3ZXJA 4FOVA 3LSEA 2NP0A 1WD3A 4W65A 1VCUA 4GKXA 2D6MA 1W6PA 4AYUA 1V3BA 2DVAA 2GALA 1AJKA 1F9KA 1O4ZA 1H30A 5H9PA 4PF5A 4MC7A 4XHXA 4XBLA 4YZ1A 4Q8KA 1D0HA 2AGSA 1SLCA 2DUQA 4R9AA 3V0AA 1E8TA 4HANA 2F0ZA 2ZGUA 3C2UA 2Q5TA 1LHOA 1WW5A 4MWLA 4YM1A 2R0HA 1B9TA 4MZAA 3WG4A 2VVZA 3SITA 2PHRA 3D4KA 2PHUA 1IVBA 3NV1A 1QNYA 3K37A 1G86A 3IKWA 4F83A 1V6OA 3VUOA 3VKOA 4LBKA 4BMBA 1CJPA 1G9BA 1CPMA 2WKKA 4P9XA 4MWYA 2AREA 1BJQA 1Z4WA 1IS5A 3HN1A 4JC1A 2F25A 4Q2FA 2P3JA 3N7MA 2QWIA 2CY6A 2DU1A 4AVSA 3FUOA 2EALA 1C1FA 3USUB 1UZYA 1G9DA 3AJYA 4YM3A 3WDYA 2F26A 1WW7A 1S1AA 4Y1UA 1Z4ZA 4GZOA 1W8NA 5IK8A 3ZXLA 4WVWA 1GANA 1MS4A 4LBQA 4FOQA 1I3HA 1H9PA 4BOWA 4NC5A 2NMNA 4Q6KA 2QWBA 1RITA 1S0JA 1DQ0A 3O9KA 4FVVA 4XBNA 5GLVA 5GJ6A 1VAMA 3M3QA 1INVA 1INGA 5JOZA 3AP9A 3ATGA 1DILA 3WV6A 2TEPA 4M3MA 1QNWA 1GYKA 3WHUA 2BF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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