2AGSA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2-keto-3-deoxy-d-glycero-d-galacto-2,3-difluoro-nononic acid (2,3-difluoro-kdn)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
MASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPATPPSKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 634
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2agsA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2agsA01
1YI7A 5T52A 2EXIA 1I1EA 4WA4A 1LECA 2VK7A 3BTAA 5E88A 1Z0HA 3WUCA 3ALWA 4SLIA 4WVVA 4CZSA 1OFSA 1INXA 2W52A 1LGBA 4XJZA 2F13A 4H55A 2AYHA 4UW3A 4HZZA 1QOSA 1WW4A 4YGDA 4MWJA 1WCSA 2ZGRA 2EALA 1W6OA 5CNAA 4WEFA 3N7KA 2HTWA 2ZKNA 2D6KA 4XMIA 1GZWB 2R16A 1CR7A 3CL0A 1BQPA 4MWWA 4BBWA 2ZHNA 1CPMA 4YZ3A 4FPHA 2CL2A 5T50A 2D3RA 2FHRA 3T1LA 1DZQA 1QOTA 3V64A 2GDFA 5GLWA 4K1IA 2D7FA 2E51A 4H52A 3AK0A 2YROA 3OY8B 1JW6A 4XJ8A 4R9CA 1A8DA 2ARBA 1KQRA 5DZFA 2F24A 1W21A 1LESA 4Y1VA 2YA8A 4AGGA 3AZXA 1AXYA 3PMEA 1WW7A 3AX4A 1JYIA 4FJ6A 4R9BA 2XG3A 2YXSA 2ZGKA 1W6PA 1NNCA 2DU1A 4YM2A 2RKCA 2RHPA 5GM0A 5HCAA 1AZDA 2YMZA 1YO8A 1UX6A 2JDZA 4M00A 2NMOA 3CL2A 5CA6A 1AXKA 1LODA 3BEQA 3WDTA 2AREA 1LHNA 4M4NA 1AJKA 2DWRA 4MWQA 3ZSKA 1Q8QA 3OPZA 4XJUA 1G9BA 1HQLA 2WKKA 1UKGA 1IOAA 4P14A 3HMYA 4YW1A 2ZMKA 4MZEA 1V2IA 4XXPA 1S0DA 4LBMA 4K1KA 3TI5A 2R49A 1KDMA 1Y7BA 1DHKB 1Z4ZA 5IK5A 3WZ1A 1UPSA 3OBRA 2AR6A 4WEGA 2ZGLA 4FPJA 5GLTA 2H0BA 2BQPA 2OUJA 3TI3A 4CPOA 1WD4A 2WT1A 3M3OA 1ZA4A 5H9RA 3QCWA 3PVOA 4LBOA 1V6OA 4FP2A 1N1VA 2QWDA 2A3XA 2F28A 3H6JA 1EUUA 1LULA 4Q8LA 1SLCA 3UL2A 1A78A 1V3CA 1ULEA 1NCDN 4CPYA 4GZXA 4XJAA 1QU0A 2DUOA 4YG0A 1QNYA 3ZSJA 1NMAN 4YW5A 3NV1A 1OKQA 2JKBA 4Q1RA 3WG1A 5KXCA 2YZ4A 4GDIA 3RQ0A 3RS6A 1WBFA 4CTEA 1ZM1A 3LSEA 2YA4A 3QLQA 5F9TA 1WCQA 1R1ZA 1V6IA 4GEZA 4K21A 1INHA 4FPGA 2AEQA 3SITA 4DPNA 2QWFA 3D5OA 1W6NA 2ZGPA 1JHNA 3NWKA 5B2CA 4BOWA 3CKZA 1GZ9A 3B00A 4DRVA 3SILA 3AXEA 2PHFA 2QWBA 2HT8A 3LSDA 1FAYA 3POYA 5DZEA 2AH2A 1O4YA 4NC5A 1PZ7A 1LCLA 1FATA 2VK6A 4HIZA 1MZ5A 1HLCA 5H9PA 4XIOA 2CWMA 2HYKA 2WQZC 4MWXA 4NCSA 1DQ2A 2P3JA 2WSVA 3GVJA 1Q8PA 5KXEA 2UWCA 2HTVA 5LK5A 2ZGTA 4OZXA 3ZVXA 3SLIA 2E7QA 4DQAA 1V6LA 4NO4A 1CPNA 4YGBA 3VKOA 1QDCA 2WSUA 1NXD1 4GZPA 1EPWA 3WCRA 1GICA 2PHRA 4X49A 1MR5A 1HKDA 1IVGA 3NV3A 4FPEA 5BYNA 3A71A 3W58A 2VSMA 2D6MA 2SIMA 6NN9A 4HZYA 1NNAA 4FOWA 4K1JA 5JOYA 3JUUA 1W6MA 5H9QA 1IS5A 4C1WA 2QWKA 2W08A 1VIWB 2ZB5A 2DYCA 1V00A 3K3AA 4M4VA 3V65A 3D6EA 2W68A 4U2AA 5IK7A 4YG3A 1GZCA 3AJZA 2YA6A 1W6OB 1A3KA 1B9SA 2A6ZA 5GALA 2BF6A 1QNWA 3ILFA 4DRRA 1BYHA 2GNTA 1V6KA 1EUTA 3INAA 2JJ6A 2VH9A 2ARXA 4IQPA 1HQWA 5T5OA 2VY0A 2B7YA 3T2TA 4C1XA 3SISA 1MS1A 2LALA 2R0HA 2JECA 4BMBA 1MS4A 2JD4A 2ZZJA 3WG2A 1PZ8A 2DUPA 1BJQA 2CWSA 4Y22A 3WV6A 1H9PA 2ENRA 1NSBA 3DGTA 5EWSA 3NSSA 3FUQA 3K36A 4HZWA 4Y20A 4B7RA 1V0ZA 5T5LA 2YY1A 1F8EA 4GB1A 2DVFA 3WHUA 2YV8A 3ALXA 4KS5A 3N36A 3PVNA 1ONAA 4HZVA 2EXKA 4Y1UA 2HTQA 2ZABA 1Z4XA 3C2UA 2CY6A 3JU9A 4UW5A 1DBNA 3H73A 4Y24A 1BZWA 3WG4A 2CMLA 2DV9A 1BKZA 3AZWA 2XB6C 5JOZA 4YZ2A 1MS8A 3UJQA 2PHTA 4FOQA 1DQ1A 1W20A 4PQ9A 1FNZA 3AP6A 2QWHA 3N3HA 1W8OA 1YXWA 1C1LA 3DUIA 2EXJA 1F8BA 1NMCA 1AVBA 1LOEA 1V0EA 1DIMA 4JRAA 4WA3A 3SNMA 3U4XA 1A4QA 4M01A 4Y1XA 4KS4A 3RMYA 1WW6A 4W65A 3POSA 2NP0A 4LBQA 3CYEA 5B2DA 2D43A 1AF9A 3V0BA 2XZJA 5HCBA 2VUAA 2A3WA 4KS1A 2LTNA 3RMXA 2VW1A 4YW4A 1DQ5A 3M3QA 4M3CA 4YM3A 4FPOB 1ENRA 3IPVA 2P2KA 4I00A 1W6QB 5JDBA 1IS3A 5GLVA 1IVCA 1S1AA 3AP9A 3VKNA 2F25A 1S0JA 3FUOA 2VVZA 1F5FA 1JUIA 4CPZA 2ZBJA 4JCKA 1NLSA 1LU2A 4MWVA 4NN9A 3N7MA 3AJYA 1V0FA 1INVA 1IVEA 2BZDA 5AVAA 4P9YA 2ZMNA 3T1MA 1SCSA 4YW3A 1TEIA 4JF7A 4UW6A 3B69A 5HUKA 3A0NA 2C4LA 5JOXA 4P9WA 4X6KA 4AGRA 2DVGA 1LHUA 2QWAA 4GZTA 1GNZA 4PBOA 4QN3A 2HU0A 4WV8A 4LBLA 4XIKA 1W6NB 4XMAA 2A5ZA 3BIWE 5KXBA 2ES3A 1E8VA 2EXHA 3WDVA 1GANA 2A70A 1XOEA 4MWRA 3K39A 3AP5A 2C4AA 2XZKA 3FFZA 1Z4WA 2QWJA 2R1DA 2ZB6A 2TEPA 2VWDA 1YYNA 3VKMA 1G9AA 1V3EA 2A7AA 1W8NA 2ZMLA 4XJWA 3AFKA 2D6NA 1LGCA 2ZGNA 1F8DA 4Y1YA 1KITA 4MWLA 1LGNA 5GZFA 2ZA9A 4YM0A 1JXNA 3FLRA 4GZOA 4M4UA 1CVNA 1Z50A 2ZHMA 4DS0A 5JLVA 1NCAN 1W6QA 1JBCA 3VKLA 5CB7A 4QN7A 1QOOA 3ILRA 1W1XA 2CNAA 3SH4A 4LBQD 2VXRA 5FRAA 2PHXA 4GDJA 4BLJA 2EAKA 4XJQA 1MZ6A 3ZSLA 1MVEA 2ZGQA 2ZGOA 2W5OA 4MZAA 1S0CA 4XZPA 1LEDA 2UU8A 3SH3A 2DTYA 4ITCA 4ASMB 3CNAA 1GKBA 1E8UA 4GJTA 1SLTA 1B9TA 4MWYA 2JE7A 1DYKA 5H9SA 4YGEA 1W6MB 1D2SA 1WD3A 3T1EA 3BODA 4KS2A 3ZXFA 1Z4YA 1DGLA 3M3CA 3WLUA 4KS3A 1QGLA 1L7HA 2D3SA 1LTEA 5DG1A 4X4AA 2ZHLA 4MWUA 2A75A 1HDKA 2OUHA 2ZGMA 3KM5A 4XJ9A 2KM2A 1G86A 4R9AA 4MX0A 4QN4A 1C1FA 5F5QA 4MYEA 3D4KA 1W0OA 4LBNA 3TB0A 3VUOA 4PBPA 4WVWA 1QMJA 2SLIA 2DVBA 1SFYA 3OYWA 2P37A 4GZWA 5HUNA 4Y22B 1LOFA 2ZACA 3IMNA 4ZKTB 4FQZA 1J1TA 2GN3A 2UWBA 3HR9A 4Y20B 1N47A 1VCJA 4BQ1A 2ZGUA 4AGVA 4BM8A 3VKFC 1E8TA 1S0GA 4Q1PA 2SILA 1NCBN 1IKPA 1USXA 1XQNA 4FOVA 1INWA 2WT2A 2P3IA 5KXDA 3OBTA 1G9CA 3GVKA 1LHOA 4I30A 2ZAAA 1KDKA 2GNBA 1FX5A 1IVBA 3V0AA 5E8AA 1QDOA 4DFSA 3MPPG 5DG2A 2XCYA 4MJVA 1FV3A 1UL9A 3IM0A 4B7MA 4HANA 1EUSA 1IVFA 4TZDA 2GN7A 4B7JA 5IK4A 4XBQA 1C57A 5CBLA 1L7GA 2NZ9A 1DQ4A 1SLIA 3NN9A 4AVTA 1LOCA 5M1ZA 1S0BA 1Z4VA 3POWA 1G7YA 4LBQB 4XE9A 1V6NA 3V0BB 5DXDA 1YRZA 4UF7A 1JYCA 3WHTA 4YW2A 1N3PA 2D6LX 3ZXKA 5GZCA 1RIRA 4RA0A 3Q9OA 1W0PA 3SANA 3D12A 1IKQA 4M3CB 3APBA 4LBKA 3USUA 5JMCA 5DUXA 1UMZA 4GZQA 1N1SA 1SBFA 3IPVB 1MS5A 3TAYA 1S0IA 1CJPA 1CESA 1LEMA 1WLWA 1GBGA 1I3HA 4ATEA 3OJBA 5SV8A 5GZDA 3VV1A 1CQ9A 2OW4A 5FREA 1USRA 2R0FA 5CAZA 1DQ0A 1SBDA 4X47A 1FYUA 1BJIA 1MWEA 3O0WA 3SH5A 1APNA 1G8WA 1SACA 2Q5TA 4M3CE 1JOJA 3UK9A 1ENQA 1U0AA 3WNXA 2C9AA 2XZIA 4NOTA 2DURA 2V73A 3WCSA 2VU9A 2GALA 3TI6A 3AP7A 2D44A 4HL0A 4M3CF 1KJRA 1A14N 5EYYA 2DU0A 1DQ6A 3WDUA 1Q56A 2GNMA 3I4IA 2HU4A 3M2MA 4XXAA 1AX0A 1OQ1A 3ZYRA 5DUVA 4F83A 1ENSA 3I8TA 1X50A 1NCCN 4H53A 1S0FA 2GMEA 2NN8A 1G9FA 4CPNA 4YG6A 4AVVA 1LENA 5HX0A 1GNHA 2DTWA 1MS9A 2DUQA 4CPMA 5GJ6A 3BOPA 3TI4A 1NN2A 3TICA 4P9XA 4GKXA 4YFZA 2A3YA 3PVEA 4QN5A 4WA5A 1S0EA 1WLDA 5HUGA 1SO7A 2D6OX 3ATGA 1UZYA 1MVQA 4YZ5A 4XTPA 1Z78A 4Y26A 4MC7A 3MEPA 2P3KA 1XOGA 1RINA 4WZFA 1NSCA 1FNYA 3M1HA 3ZXEA 1UN1A 1LOFC 2F26A 4BPZA 1Q8SA 2VSKA 2WNEA 1INFA 1V3DA 2CYFA 1DYPA 3O9JA 3LCPA 4XYXA 4Q6KA 1CIWA 3N7LA 4XOGA 4D8SA 2VW0A 2D6PA 4K20A 1ULFA 1JN2P 1V3BA 2V5YA 4YM1A 1GSLA 2VW2A 4AYUA 3K38A 2W38A 4FVKA 2NM1A 2YDPA 1IS6A 4GWMA 3MW3A 4PCRA 5IT6A 1QF3A 4GKYA 1IS4A 2D3PA 2A6XA 4YZ4A 1QKQA 1VALA 3O0VA 4M3MA 2C5DA 2VK5A 2A6YA 2QWIA 1N3OA 4DGRA 3O5SA 4Q26A 3B01A 1N1YA 4QNPA 4BLIA 1GYKA 4JC1A 5T55A 5GLUA 1AXZA 2G4IA 3HN1A 3NV2A 2QWEA 4XILA 2DVAA 3H71A 3MW4A 3IKWA 4K1ZA 4L8QA 3GVLA 1LU1A 3ENRA 2A6VA 3ZSMA 3ZPYA 3H0OA 3OYWB 4AWDA 5IK8A 1VCUA 3R4SA 3AYCA 3WOGA 1LJ7A 1VAVA 4XBNA 1N3QA 1CN1A 2NYYA 1F9KA 1GZWA 4ATFA 3O12A 2B8HA 1NMBN 2WJSA 4FVVA 2YA7A 1ULDA 3MW2A 1SNTA 5GLZA 4U36A 1V6MA 2YA5A 4FPYA 3ASIA 1WUVA 2ZGSA 3OY8A 4YZ1A 4QN6A 1SCRA 4XHBA 1ULGA 3V0AB 2F10A 2AENA 2A71A 4K1HA 1DILA 4XDQA 5GZGA 3K37A 1SLLA 5HCFA 3PJQA 3WDYA 3FBYA 1N1TA 3N7JA 4Q27A 4YFWA 2P34A 2SBAA 4FOYA 3AYAA 1VLNA 4TYSA 2ZHKA 5T5PA 4Z8BA 7NN9A 3AXDA 4AVSA 3N35A 4FPFA 1LOBA 3R05A 4Q2FA 1VAMA 3M3EA 5DUWA 4ZXKA 4UW4A 1LHVA 1DLLA 2E6VA 2W20A 2F12A 1BXHA 3R4UA 1MS0A 4B7NA 4MJUA 4FPCA 2F27A 2HTYA 1A4GA 3O0XA 4D69A 1SLBA 2UWAA 3AZZA 1B09A 5T54A 2W5NA 4FQ4A 4GA9A 1LOAA 2FMDA 4KBBA 4FPKA 2OVUA 1Q8OA 1WW5A 3USUB 3IN9A 4HZXA 1AJOA 5JVVA 4XJRA 5JYYA 5GZEA 3WDXA 2GMPA 2F29A 2F0ZA 1INYA 2AEPA 1EURA 1PZ9A 3ZYPA 4LBJA 4XTMA 2UURA 3AP4A 3H72A 4ISRA 2PELA 5T5JA 1O4ZA 3UJOA 5JOWA 3TIBA 2HT7A 5NN9A 1GV9A 2ERFA 3SALA 5HUMA 2NMNA 2I2SA 2W39A 3AYEA 5DUUA 3A0KA 5E89A 3KQRA 4YLZA 1RITA 2AGSA 3W09A 3FLPA 4GXLA 5EXOA 1UAIA 2QWGA 4GZSA 1V6JA 4RL7A 3A4UA 2PHUA 3ILNA 3O9KA 5EYXA 2GMMA 5IUQA 4XHXA 4Q8KA 3ZXJA 2WT0A 2X9MA 3RSJA 3AZVA 2BERA 1YIFA 1KJLA 2E53A 2JE9A 4GALA 4K3YA 3AYDA 4XBLA 2BATA 2E7TA 2DVDA 3B3QE 1ULCA 1D0HA 2Z42A 3FLTA 1SLAA 1URXA 4FPLA 2EF6A 1NSDA 1DIWA 1LHWA 1SBEA 1F31A 2GNDA 2HT5A 3NV4A 1G9DA 5L73A 3WG3A 2CTVA 2F11A 3D11A 1F8CA 3RG0A 1AX1A 2YDTA 1L7FA 1H30A 4K1YA 4FZHA 3AZYA 4B7QA 1KRIA 4YGCA 1FV2A 3B9CA 1AX2A 3WUDA 3L2YA 3GNEA 1INGA 1GLHA 2AUYA 1LOGA 3TI8A 4R9DA 3A72A 1NNBA 4GWNA 3RRDA 1DFQA 1H9WA 4J9TA 3WDWA 4BMEA 1MS3A 2EIGA 4ISQA 3GALA 1IVDA 4Y1ZA 3B7EA 1C4RA 2PHWA 5DZGA 3ZXLA 1UZZA 1WBLA 1Q8VA 2WLQA 3OGGA 3TIAA 2HTUA 1CONA 2A6WA 2HTRA 1W6PB 4PF5A 3W59A 4CRQA 1MACA 3INBA 2R1BA 4FP3A 3WVJA 1B9VA 4CPLA 3JU4A 2QWCA 1WLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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