2AGSA

Trypanosoma rangeli sialidase in complex with 2-keto-3-deoxy-d-glycero-d-galacto-2,3-difluoro-nononic acid (2,3-difluoro-kdn)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
MASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFIGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPATPPSKGGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Kinetic Analysis of Two Covalent Sialosyl-Enzyme Intermediates on Trypanosoma rangeli Sialidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords sialidase
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 634
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2005-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2agsA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2agsA01
2UURA 3R4UA 1NNCA 4X6KA 5DUXA 1QMJA 5JOWA 4K1YA 2PHTA 2NZ9A 4GDIA 4HZZA 1DQ5A 1V6LA 3M3QA 5CBLA 3DGTA 2VK5A 2WQZC 3RMYA 1SBEA 2PHWA 1UMZA 4FOQA 3POSA 5KXBA 1F8EA 3CL2A 2CTVA 1INFA 1GZWB 4XOGA 4M3CA 1SLCA 4LBOA 2XZJA 4XJWA 3OJBA 4F83A 1CQ9A 3TI4A 4XDQA 3IM0A 3BOPA 2VUAA 1JBCA 1LJ7A 1WBLA 3IPVA 3N7MA 2LALA 5HCFA 1Q8SA 1W6OB 3WDYA 4DFSA 2ZACA 1HQLA 1IVCA 1JHNA 3H73A 1YYNA 1BJIA 4MWJA 4P14A 4WA3A 2SBAA 5H9QA 1ENQA 3R05A 3ILFA 1S0BA 4M00A 5JOXA 1ONAA 3VKLA 1GKBA 1NCCN 1I1EA 2F11A 1QGLA 2ZGUA 3BEQA 2DURA 2AENA 3N35A 1N1YA 1ULCA 5CNAA 2NN8A 2R49A 4KBBA 2FMDA 3V0BA 5HUKA 3PVEA 4R9CA 2A6WA 3APBA 1AXZA 4MWLA 2BQPA 2R1BA 1JUIA 2ZGSA 5CB7A 4HZXA 4XILA 2HTUA 3WG4A 1R1ZA 2W5OA 4WEGA 1DLLA 2ZGNA 2GNBA 1EUSA 1O4YA 4KS5A 3ZSJA 1LTEA 3AJZA 3N36A 1NCBN 1MS8A 3WCRA 1W21A 4MWYA 4GZQA 1W0OA 1ZM1A 3RRDA 1JW6A 2UWCA 3ZXLA 1QDCA 2P34A 2VK6A 3SH4A 3OBRA 4HZWA 2DUQA 4UW4A 3VUOA 4TZDA 1W6QA 2DVAA 4K1KA 4GZTA 3NWKA 2VW2A 4GA9A 4YW2A 4PBOA 1GSLA 4YGBA 4HIZA 1N3OA 4QN5A 3R4SA 5T54A 3WDTA 3AP5A 3IN9A 5IK4A 1XOEA 5FREA 1MS9A 1DQ4A 1V6IA 5IUQA 2QWDA 3HR9A 3CL0A 1UAIA 2DU1A 1W20A 3ZSMA 1A3KA 1GNHA 1V0EA 2CNAA 4MWVA 4XJQA 2OVUA 1G86A 3N7JA 2ZHNA 4M3CB 3W09A 7NN9A 4U2AA 1F8DA 3WZ1A 1D2SA 2QWHA 1MACA 1AJOA 3FFZA 2WSUA 4Y1ZA 3M3OA 4GWMA 2NM1A 2YROA 4XJUA 3AZVA 3UK9A 1DQ6A 1Y7BA 5LK5A 4FVKA 2HYKA 5IK5A 2F26A 2D6LX 4MWUA 1QNYA 3INAA 2FHRA 4BQ1A 1NXD1 2SLIA 3VKMA 1UPSA 4MYEA 3HMYA 2VXRA 4FOYA 4HL0A 3V0BB 3T1MA 4GZXA 1MZ6A 1GNZA 1SLIA 1MVEA 3AXDA 4K1IA 2CY6A 1BXHA 1CR7A 5FRAA 3POYA 1A78A 1V0ZA 4BM8A 4XE9A 3DUIA 1FV3A 2F25A 3A0KA 1DZQA 2EALA 1IVBA 3T1EA 2A6YA 1O4ZA 1GLHA 2ERFA 2PHFA 1WUVA 4YLZA 1B9SA 4SLIA 1L7HA 3TIBA 3TI3A 2WSVA 3U4XA 1INVA 4AGRA 1W6QB 3WG3A 3FUQA 2VW1A 4YZ3A 4M3MA 3D11A 1KDMA 2W52A 2ZB5A 3SALA 3AP4A 2F24A 2XZIA 4FVVA 4FPYA 2XCYA 1DYPA 1U0AA 1BQPA 2DVDA 2VSMA 5E8AA 2VW0A 1WW6A 4YGDA 3AX4A 1HQWA 1LHOA 3JU4A 2ZBJA 2Q5TA 3SH3A 1F8BA 1QU0A 4ATEA 3N3HA 4Q27A 1ULGA 1Q8VA 2DUOA 1GBGA 5T55A 2AREA 4GZPA 2E6VA 2OUHA 5E89A 5JMCA 4DGRA 4OZXA 2GMPA 2D6MA 2EIGA 3I8TA 2XB6C 3WVJA 3B00A 1NMBN 4PQ9A 1V6OA 1BKZA 2P37A 1PZ8A 5JVVA 3K36A 1V3CA 2DVBA 5GJ6A 4XJRA 4B7RA 3D4KA 1V00A 4K1HA 2ZHLA 2SIMA 5DG2A 4R9AA 4FPFA 1LGCA 4KS4A 2CWMA 4M4NA 2PHXA 1Z4XA 4MC7A 4WV8A 1W1XA 4FOVA 1DBNA 1LOGA 5KXEA 2TEPA 1NSCA 4FOWA 3B3QE 1LOCA 4YZ1A 4NO4A 1KQRA 1CPMA 3BIWE 4AVVA 2HT5A 1QOTA 1SCSA 2GDFA 5T5OA 1MS3A 2C5DA 1JYIA 3O12A 3PMEA 2GNMA 4XBLA 3WOGA 5EYXA 5JLVA 2DTWA 1PZ9A 4K3YA 1QOOA 4PCRA 1S0EA 5HUMA 2ZGRA 1WLCA 1WD3A 1V3EA 2A6VA 2W08A 1CN1A 2EXIA 4WA5A 2ZMLA 4GZWA 4YW3A 4NN9A 4Y1UA 3ZYRA 2A3WA 3TB0A 1Z78A 4YG0A 2YDPA 3KQRA 2QWJA 4FJ6A 5L73A 1MS0A 1YRZA 3H6JA 3M2MA 4P9WA 2VK7A 3USUA 3WNXA 1FYUA 1KDKA 3TICA 4BPZA 4NCSA 1NN2A 4XJAA 3LSDA 3ZXFA 4KS2A 2DV9A 3TI6A 1IKPA 4L8QA 4KS1A 2V5YA 4YW5A 2XG3A 5GLWA 1LECA 1CONA 4B7JA 4MX0A 3MPPG 4GWNA 4YG3A 1INXA 4H55A 5GLVA 5EWSA 1SO7A 4D69A 3ZXJA 1G9BA 2YA6A 3I4IA 4IQPA 1BJQA 1V3DA 2X9MA 4LBNA 5DZEA 4XTMA 3H71A 4MWWA 3O0VA 1RINA 2YZ4A 5GZEA 1DQ0A 3IKWA 2VU9A 3WDUA 5HUGA 4PBPA 2OW4A 4MZAA 1LOFC 4FZHA 4HANA 2ZGMA 4XXAA 4XHXA 1EUTA 3D6EA 2CWSA 1NCDN 4QN4A 4FP3A 3O5SA 1LGBA 2D6NA 1UL9A 1JXNA 4CPLA 1GZCA 1IVDA 2PELA 1AZDA 4M4VA 4ZXKA 1APNA 1DFQA 4XZPA 4K20A 5EXOA 3K37A 5F9TA 4W65A 2KM2A 4CPOA 4ISQA 1INHA 3VKNA 2A6ZA 4Y24A 2DWRA 1Z4WA 1ULFA 2PHUA 1G9AA 3FLTA 1F31A 1NSDA 1GICA 4C1XA 4B7QA 1VALA 2BZDA 4NC5A 3H0OA 2A70A 2F0ZA 2D6KA 2AEQA 2YA7A 1LOAA 2ZKNA 3AZXA 4YZ5A 3USUB 1SNTA 6NN9A 3NV3A 3UL2A 1MR5A 2F27A 3NN9A 3M3CA 1WLWA 3AZZA 1N47A 3FLRA 2EXKA 1JYCA 2ZMNA 2ZGTA 4GALA 1AJKA 1S0IA 3WUCA 2A71A 2QWBA 3IPVB 1DQ1A 1LENA 2A7AA 2AYHA 3ALWA 2GALA 1MS4A 3WCSA 5H9SA 2HT8A 2SILA 5T50A 2ZGKA 5AVAA 3GVLA 4ITCA 1GZ9A 5M1ZA 2WJSA 1L7FA 4Y22A 2DVFA 5BYNA 2GN3A 3ZSKA 3KM5A 1FNYA 4B7NA 5T5PA 3L2YA 1IKQA 2JE9A 1SLLA 3A72A 1I3HA 5GLZA 2PHRA 2YMZA 3UJQA 4GZSA 4LBQD 1W8NA 4XIOA 1N1SA 3VKOA 1KJLA 1USRA 1S0GA 3B69A 2RHPA 1IOAA 4Y1VA 4BLIA 1G9CA 3RG0A 2YA8A 2BATA 3GALA 3QCWA 1YO8A 5JOYA 3TI5A 4WEFA 2CYFA 1VCUA 4CPNA 1SACA 4AGGA 2F10A 2HTWA 2VSKA 2GN7A 1EURA 1E8TA 1KITA 4X47A 4DRVA 1MWEA 2WT2A 1J1TA 3W58A 1HDKA 2QWKA 4XTPA 5F5QA 1RITA 4WVWA 1WW5A 2QWIA 3SISA 1LEDA 1ENSA 1ULEA 1F5FA 4XXPA 3HN1A 4FQZA 1MS5A 2OUJA 1OKQA 1L7GA 5HCAA 2ENRA 2RKCA 1FV2A 2YXSA 4FPJA 4Q8KA 1S0JA 2ZA9A 1DQ2A 1Q56A 5T5LA 2D3PA 3WDWA 4BOWA 3AYDA 3OYWA 1DGLA 5DUVA 4Q1PA 5GZFA 1SLTA 2D3SA 1E8VA 3Q9OA 1UX6A 1XQNA 2GNDA 2C4LA 1DIMA 4AVTA 4FPLA 1TEIA 2C4AA 1V3BA 5T5JA 4J9TA 2LTNA 1AX2A 3INBA 4XBQA 4MWXA 3C2UA 4R9DA 4CTEA 4TYSA 2B8HA 2QWEA 1IVEA 4UW3A 1G9DA 1C1LA 1LHUA 2W39A 3TAYA 3N7LA 5CA6A 2WT0A 2AR6A 3LCPA 5IK8A 1Q8PA 4XHBA 3SANA 5KXCA 4XMAA 1B9VA 4FPGA 2W38A 5SV8A 4ISRA 2ARBA 2ES3A 3AZWA 1B9TA 5IK7A 1SLBA 2DVGA 4CPYA 2VVZA 2JDZA 1NMAN 2QWFA 1IS4A 3AP9A 4LBQA 1LOEA 2CMLA 1IVFA 2JECA 3AYAA 4GDJA 1VLNA 1H30A 5GZDA 3TIAA 2GMMA 1N1VA 4XBNA 2HTYA 4I00A 4Q8LA 4MWQA 2BF6A 5DZGA 1MS1A 3T2TA 3ZSLA 1VCJA 2NP0A 3RS6A 3WG2A 3AYEA 4WVVA 3ZVXA 2V73A 4R9BA 1Z4VA 2HTRA 4GEZA 3UJOA 1FAYA 1W0PA 1CPNA 1NLSA 3CKZA 4M3CF 3O0WA 5EYYA 4XJ8A 3WHTA 3V0AA 3RSJA 2JE7A 4C1WA 1C57A 3MW4A 4P9XA 4WZFA 1G9FA 2UWBA 3MW3A 5DUWA 1SCRA 3OYWB 1AVBA 5B2DA 5JOZA 3SNMA 1DIWA 2JD4A 3WG1A 3AP6A 1EPWA 1C1FA 1S0DA 5GALA 4AYUA 5GZCA 5DZFA 1QDOA 4LBJA 4Y1YA 2YV8A 2UU8A 3PVNA 1W8OA 4BMEA 2Z42A 1LULA 5HCBA 1UN1A 1F9KA 4Q1RA 1UKGA 4XJ9A 1XOGA 3WDVA 2C9AA 1HKDA 2HTQA 2VY0A 1SFYA 1V6MA 4LBKA 3GNEA 4UW6A 3W59A 1E8UA 4YG6A 2ZGLA 3FBYA 3ZYPA 4MWRA 3AK0A 1NCAN 1YI7A 4Q26A 4JRAA 4GJTA 1S0CA 4YGEA 1A4GA 1Z0HA 2P2KA 1S1AA 3FUOA 4FPCA 4LBQB 1A4QA 2A3XA 3T1LA 4GXLA 2DU0A 1VAMA 3B9CA 1GANA 2ZHMA 1MVQA 1FATA 4WA4A 4K1JA 4CPMA 5IT6A 2ZGQA 1SBFA 2HTVA 1DHKB 1NNAA 3LSEA 4FQ4A 4AWDA 2GMEA 1Q8OA 2EXJA 1WCQA 2EXHA 1JN2P 4ASMB 2DUPA 3RMXA 1N3QA 3QLQA 2WT1A 4B7MA 4I30A 2R0HA 3MW2A 3NV1A 4ATFA 4YW4A 3AYCA 1WLDA 1B09A 2AEPA 5H9RA 3V0AB 2R0FA 4KS3A 4YFWA 3OPZA 2AUYA 4YZ2A 2ZGOA 1AXKA 3OGGA 2JJ6A 2P3IA 1V6JA 3MEPA 2YA4A 2E7QA 1A8DA 5GZGA 1LOFA 3AP7A 1ZA4A 1X50A 2YY1A 2NMOA 3SILA 1W6MA 4BMBA 3OY8A 1V0FA 1G8WA 4U36A 1FNZA 1LU2A 3B7EA 1AXYA 3O0XA 2D44A 3O9KA 1W6PA 3ZPYA 1QNWA 3WLUA 1LHNA 4BBWA 4X49A 3JUUA 1LOBA 3GVKA 3ILNA 2W68A 1V2IA 1BZWA 1NNBA 2E53A 4Y20A 2F29A 2ZAAA 2GNTA 2R1DA 5DUUA 2H0BA 3FLPA 3NV2A 4K1ZA 2F28A 5HUNA 1GV9A 1UZYA 2D43A 2VH9A 4GKXA 1N1TA 4AVSA 1JOJA 1WD4A 1VIWB 2DYCA 4QN6A 2EF6A 1F8CA 2XZKA 4DQAA 3NSSA 1Q8QA 3VV1A 2NYYA 2QWAA 1INGA 2ZGPA 4PF5A 3K39A 4YFZA 4FPHA 1BYHA 4YZ4A 3V64A 1Z4ZA 4CZSA 4FPKA 4MJVA 1V6KA 4GKYA 1OFSA 5T52A 2A5ZA 1IS5A 3OBTA 1N3PA 4JC1A 3K38A 4DS0A 4GZOA 3K3AA 1LHVA 3SITA 4XJZA 1MZ5A 4QN3A 2G4IA 1LESA 1GYKA 3ASIA 1Z50A 4XYXA 4YM2A 3POWA 2F13A 1CESA 2R16A 1LCLA 1NSBA 2ZHKA 3WHUA 1DILA 3D12A 4LBMA 2QWGA 4UW5A 5E88A 2ZMKA 1EUUA 1Z4YA 4YGCA 2I2SA 4HZVA 2WKKA 3ILRA 3TI8A 4XIKA 4CRQA 2P3KA 5B2CA 4RL7A 2NMNA 2ARXA 1AX1A 3A0NA 3A71A 5NN9A 2UWAA 3H72A 3V65A 2YA5A 2HU0A 4LBLA 3M1HA 1LODA 1V6NA 3ENRA 3WV6A 2P3JA 5GM0A 3ATGA 4XMIA 1IS3A 1CVNA 1UZZA 1URXA 1SBDA 4M01A 4DRRA 3ALXA 1C4RA 5CAZA 1FX5A 4M4UA 1W6NA 1ULDA 1W6MB 5GLUA 3PJQA 1H9PA 3OY8B 3PVOA 1KRIA 5H9PA 1QKQA 1OQ1A 1A14N 1CIWA 2E7TA 1D0HA 4FPOB 2DTYA 1W6PB 3AJYA 3WUDA 4QN7A 2HU4A 4H52A 1PZ7A 4MZEA 5GLTA 3M3EA 5JDBA 4RA0A 2QWCA 2D3RA 4M3CE 4Y20B 4QNPA 2D6OX 4Y1XA 1LHWA 3ZXKA 2AGSA 4YM3A 4Y26A 4GB1A 1GZWA 1WBFA 1LGNA 4Z8BA 4FPEA 4D8SA 3A4UA 3CYEA 4P9YA 4Y22B 3D5OA 1IS6A 2W20A 3GVJA 1AF9A 2WNEA 3WDXA 3ZXEA 1W6OA 1QOSA 4X4AA 3N7KA 1HLCA 4Q2FA 3SH5A 2VWDA 4CPZA 1H9WA 1WCSA 1NMCA 2AH2A 3CNAA 5KXDA 3VKFC 4YW1A 4YM1A 5JYYA 3AZYA 4Q6KA 3BTAA 2YDTA 1CJPA 2CL2A 4FP2A 2JKBA 3AFKA 1LEMA 4YM0A 1G7YA 2ZZJA 2EAKA 1S0FA 4JF7A 1AX0A 2A6XA 2D7FA 4MJUA 1QF3A 1INYA 3B01A 3IMNA 1RIRA 2ZABA 1VAVA 1KJRA 1YIFA 1YXWA 1WW4A 2E51A 2F12A 4JCKA 2W5NA 3NV4A 4AGVA 1SLAA 5DXDA 4H53A 3BODA 2BERA 1ENRA 3AXEA 4BLJA 1LU1A 3JU9A 1USXA 4UF7A 1DYKA 2WLQA 2B7YA 2HT7A 3O9JA 4ZKTB 4DPNA 5HX0A 2A75A 1W6NB 1WW7A 4K21A 2ZB6A 2A3YA 1INWA 5DG1A 3RQ0A 3SLIA 4NOTA 1IVGA 2D6PA 4HZYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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